Anda di halaman 1dari 20

Laporan Praktikum 2

BIOINFORMATIKA, DESAIN PRIMER DAN TEKNIK


BLAST
A.
1.
2.
3.

Tujuan
Untuk mempelajari cara mencari dan mendapatkan data dari genebank
Untuk menganalisa data sekuens menggunakan program BLAST
Untuk mempelajari cara dan mendapatkan desain primer dari genbank

B.
Dasar Teori
Bioinformatika berasal dari kata bioinformatics (inggris) yakni ilmu yang
mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan
menganalisis informasi biologis. Bioinformatika sendiri merupakan ilmu yang lahiir
dari perkembangan biologi molecular modern yang merupakan salah satu bentuk
peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam
molekul DNA. Bidang bioinformatika mencakup penerapan metode-metode
matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah biologis,
penyejajaran sekuens, prediksi struktur protein, analisis filogenetik, analisis ekspresi
gen, sampai struktur sekunder RNA. Bioinformatika ini penting untuk manajemen
data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama nya adalah
program software dan didukung oleh koneksi internet (Utama, 2002).
NCBI

adalah

instansi

yang

bertanggung

jawab

untuk

menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis


profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler. NCBI
membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang
riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis
data

genome,

dan

menyebarkan

informasi

biomedical

yang

kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih


baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia
dan kesehatannya. Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov.

Seiring dengan perkembangan bioinformatika yang amat pesat, informasiinformasi baru dalam bidang ini terus bermunculan. Pangkalan data urutan DNA,
RNA dan protein sangat berperan untuk mendukung berbagai kegiatan penelitian
bioteknologi termasuk menggali berbagai potensi biologis di tengah beraneka
ragamnya organisme (Nuswantara,200). Secara rutin para peneliti mengirimkan
urutan-urutan DNA,RNA atau asam amino kepada bank data dan diolah menurut
kebutuhan. Hasil yang diperoleh umumnya berupa analisis kesamaan dan beberapa
jenis statistik dari urutan basanya yang dilakukan secara cepat oleh komputer.
Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah berikutnya adalah
menganalisa data. Pencarian database umumnya berdasarkan hasil
alignment/pensejajaran sekuen, baik DNA mapun protein. Metode ini digunakan
berdasarkan kenyataan bahwa sekuen DNA/Protein bisa berbeda sedikit tetapi
memiliki fungsi yang sama. Misalnya protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit
berbeda dengan yang berasal dari ikan paus. Kegunaan dari pencarian ini adalah
ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya.
Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa
dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search
Tool). Perangkat lunak ini telah diadaptasi untuk melakukan alignment terhadap
berbagai sekuen seperti DNA (blastn), protein (blastp), (Witarto, 2002).

C.
Alat dan bahan
-Komputer
D.
Cara Kerja
1.
Ketikkan http://www.ncbi.nlm.nih.gov pada location bar pencarian

2.

Pilih preferensi pencarian yang digunakan (pada contoh ini dipilih

nucleotide) dan ketikkan juga molekul IGF1R dan diketik GO

3.

Muncul berbagai pilihan sekuens yang berkaitan dengan IGF1R dan

dipilih (dengan cara mengklik kode) sekuens sesuai kebutuhan. Sekuens dengan kode
awal NM menunjukkan sekuens nukleotida sedangkan NP menunjukkan sekuens
protein. Pada contoh ini dipilih kode NM_000875 dari Homo sapiens.

4.

Kursor di scroll ke bawah sampai diperoleh sekuens protein IGF1R.

Sekuens yang dibutuhkan untuk program BLAST adalah CDS, oleh sebab itu sekuens
pada CDS dicopy
Analisis Alligment
1.
Buka halaman awal NCBI dan pilih BLAST maka akan muncul
tampilan sebagai berikut

2.

Pada tampilan tersebut, terdapat beberapa pilihan penyejajaran, antara

lain program BLAST untuk nukleotida dan untuk protein. Klik BLAST Nukleotida
kemudian akan muncul kolom enter query sequence dan masukan sekuen dalam
format FASTA

3.

Setelah sekuen dimasukkan di klik tanda BLAST pada bagian bawah,

maka akan diperoleh tampilan sebagai berikut

Desain Primer PCR (Polimerase Chain Reaction)

Buka website genbank, sebelum itu kita mencari kode DNA melalui

jurnal, setelah didapatkan kode DNA yang dituju kemudian akan di desain primernya

Memasukkan urutan DNA dalam bentuk FASTA ke dalam kolom yang

telah disediakan, pada bagian akhir diklik GET PRIMER

Setelah di klik get primer maka akan didapatkan 10 primer pair.

Kemudian pilih 3 primer yang memiliki nilai TM, self complementery, dan self 3
complementery yang paling kecil. Copy forward primer dan reverse primer kemudian
paste dalam kolom yang disediakan dan di desain primernya berdasarkan database
mRNA, dan genom kemudian klik get primer. Dan dilihat kespesifikannya.

Kemudian kita akan mendesain dari 3 primer(yang didapat dari

kalkun) dengan organisme lainnya berdasarkan data base mRNA dan genom

E.
1.

Hasil Pengamatan
Deskripsi sekuen

2.

Grafik hasil Alignment

3.
a.

Deskripsi sekuen kalkun


Gen

b.

Pick primer

c.

Primer

Ambil

PRIMER yang Self Complementary dan Self 3 Complementary- nya

mendekati 1 yaitu ( primer1,5,8) kemudian di blast untuk membuktikan dia adalah daging
KALKUN maka di BLAST . Pilih primer 3 diatas. Kembali ke tab yang buat PRIMER
masukkan kebawahnya forward dan Reverse Primernya .
4.

Analisis spesifikasi

a.

Primer 1
Pada kerbau

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Buballus). ternyata primer pair 1
pada kalkun juga terdapat pada kerbau sehingga tidak spesifik.

Pada ayam

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Gallus gallus). ternyata primer pair 1
pada kalkun juga terdapat pada ayam sehingga tidak spesifik

pada kambing

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Capra hircus ternyata primer pair 1
pada kalkun juga terdapat pada kambing sehingga tidak spesifik

Pada domba

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Ovis aries) ternyata primer pair 1
pada kalkun juga terdapat pada domba sehingga tidak spesifik

pada sapi

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Bos taurus) ternyata primer pair 1
pada kalkun juga terdapat pada sapi sehingga tidak spesifik
b.

Primer pair 5

primers pairs are specific to the input PCR template as no other targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Meleagris gallopavo). ternyata
primer pair 5 pada kalkun spesifik

Pada kerbau

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Buballus). ternyata primer pair 5
pada kalkun juga terdapat pada kerbau sehingga tidak spesifik.

Pada ayam

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Gallus gallus). ternyata primer pair 5
pada kalkun juga terdapat pada ayam sehingga tidak spesifik

pada kambing

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Capra hircus ternyata primer pair 5
pada kalkun juga terdapat pada kambing sehingga tidak spesifik

Pada domba

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Ovis aries) ternyata primer pair 5
pada kalkun juga terdapat pada domba sehingga tidak spesifik

pada sapi

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Bos taurus) ternyata primer pair 5
pada kalkun juga terdapat pada sapi sehingga tidak spesifik

c.

Primer pain 8
Pada kerbau

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Buballus). ternyata primer pair 8
pada kalkun juga terdapat pada kerbau sehingga tidak spesifik.

Pada ayam

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Gallus gallus). ternyata primer pair 8
pada kalkun juga terdapat pada ayam sehingga tidak spesifik

pada kambing

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Capra hircus ternyata primer pair 8
pada kalkun juga terdapat pada kambing sehingga tidak spesifik

Pada domba

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Ovis aries) ternyata primer pair 8
pada kalkun juga terdapat pada domba sehingga tidak spesifik

pada sapi

primers may not be specific to the input PCR template as targets were found in
selected database:Refseq mRNA (Organism limited to Bos taurus) ternyata primer pair 8
pada kalkun juga terdapat pada sapi sehingga tidak spesifik
F. Pembahasan
Protein merupakan polipeptida yang tersusun atas asam amino. Sekuens
asam amino dari masingmasing protein ditentukan oleh gen yang meng
kodenya.

Gen

ditranskripsi

menjadi

mRNA

dan

selanjutnya

mRNA

ditranslasikan menjadi protein oleh ribosom. Urutan basa yang berbeda pada
mRNA akan menghasilkan asam amino yang berbeda. Beberapa organisme
dapat memiliki jenis protein yang sama namun demikian pada masingmasing

organisme memiliki struktur primer yang berbeda karena adanya perbedaan


beberapa sekuen asam amino.
Oleh sebab itu diperlukan penelitian mengenai homologi nukleotida
antarorganisme sehinga dapat dibandingkan. Melalui program blast pada situs
NCBI dapat ddilakukan pencarian nukleotida homolog dari berbagai macam
organisme. Homologi bukan berarti sama persis, namun terdapat kemiripan
antara satu dengan yang lainnya dengan persentase kemiripan tertentu.
Sekuen yang diperoleh dari hasil penelitian di laboratorium dapat dianalisis
dengan data serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya di gen bank. Salah satu
bentuk analisis yang dapat dilakukan misalnya adalah analisis penyejajaran. Analisis
penyejajran dapat digunakan untuk membandingkan dua sekuen atau lebih. Program
yang digunakan untuk analisis penyejajaran yaitu program BLAST (Basic Local
Allignment Search Tools). Program ini dapat diakses melalui website National Center
for Biotechnology Information at The National Library of Medicine in Washington,
DC (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST
Pada praktikum ini dilakukan percobaan terhadap nukleotida kalkun. Langkah
pertama yang dilakukan adalah membuka situs NCBI. Website ini menyediakan gen
bank database yang diperlukan untuk merancang suatu probe, kemudian setelah itu
pilih nukleotida dan yang dipilih adalah kode gen IGF1R , setelah didapat scrool ke
bawah dan akan didapatkan urutan basa nukleotida kemudian di copy dan akan di
BLAST. BLAST merupakan suatu program analisis penyejajaran, terdapat beberapa
pilihan penyejajaran, antara lain program BLAST untuk nukleotida dan untuk protein.
Pada praktikum ini dilakukan BLAST untuk nukleotida dari IGF1R Homo sapiens.
Berikut ini adalah urutan basa nukleotida pada IGF1R

Masukkan urutan basa nukleotida yang sudah di copy pada kolom yang
tersedia. Kemudian didapatkan color key for allignment scores

Langkah selanjutnya adalah mendesain primer dari kode DNA kalkun,


kembali lagi kehalaman awal situs NCBI pilih nukleotida pada kolom all databases
dan ketik L76587 kode DNA kalkun pada kolom for kemudian klik pick primer untuk
mendapatkan primer. Setelah di klik pick primer maka akan muncul tampilan seperti
dibawah, untuk ukuran PCR product pada kolom max diganti dengan angka 200 yang
bertujuan agar data primer yang didaptkan dalam rentang PCR 70-200
Primer adalah molekul oligonukleotida untai tunggal yang terdiri atas sekitar
30 basa. Primer berfungsi sebagai penginisiasi reaksi polimerisasi DNA secara in
vitro karena tanpa primer. reaksi polimerisasi DNA tidak akan terjadi meskipun enzim
dan komponen lainnya sudah tersedia. Selain itu, primer juga berfungsi untuk
membatasi daerah mana yang akan diamplifikasi pada reaksi PCR (Pramono, 2011).
Primer spesifik untuk mengamplifikasi suatu fragmen DNA dirancang berdasarkan
informasi urutan nukleotida dari gen yang sama yang dapat diakses menggunakan
program Primer3 yang dapat diakses secara online , dengan memperhatikan beberapa
parameter seperti ukuran dan posisi fragmen DNA target, titik leleh (Tm),
komplementasi pada ujung 3 dan lain sebaginya (Budiani dan Purba, 2010).
Fungsi primer sebagai inisiator sekaligus pembatas daerah yang akan
diamplifikasi, maka idealnya primer memiliki urutan basa nukleotida yang tepat
berpasangan dengan urutan basa DNA target yang akan diamplifikasi dan tidak
menempel di bagian lainnya. Oleh sebab itu, primer dirancang (perancangan primer)
untuk menentukan keseimbangan antara spesifisitas dan efisiensi. Spesifisitas
didefiniskan sebagai frekuensi terjadinya mispriming (kesalahan penempelan) primer
pada tempat yang tidak seharusnya..
Klik get primer maka akan didapatkan 10 macam primer pair yang kemudian
akan dipilih 3 primer berdasarkan hasil seleksi nilai TM, CG dan self complementery,
dan self 3 complementery
Dari beberapa primer yang didapat saya memililih primer pair no 1, 5 dan 8 .
Kemudian dari ketiga primer tersebut akan di BLAST berdasarkan database mRNA.
Dari hasil BLAST yang didapatkan menunjukkan bahwa primer pair no 1,5 dan 8
ternyata primer pair pada kalkun spesifik .

Langkah selanjutnya adalah mengecek parameter spesifikasi primer pair, dari


primer pair no 1,5 dan 8 yang didapatkan dari gen kalkun dengan organisme Bos
taurus, Ovis aries, Gallus gallus, Bubalus, dan Capra hircus ternyata primer pair 1, 5
dan 8 pada kalkun juga terdapat pada Bos taurus, Ovis aries, Gallus gallus, Bubalus,
dan Capra hircus sehingga tidak spesifik

G. Kesimpulan
Pangkalan data urutan DNA, RNA dan protein sangat berperan untuk
mendukung berbagai kegiatan penelitian bioteknologi termasuk menggali
berbagai potensi biologis melalu situs NCBI.

Primer yang digunakan adalah primer nomor dua, tiga dan


delapan dikarenakan nilai self complementary dan
pasangannya hamper mendekati nol
Dari hasil BLAST yang didapatkan menunjukkan bahwa primer pair no 1,5

dan 8 ternyata primer pair pada kalkun spesifik .


Primer pair 1, 5 dan 8 pada kalkun juga terdapat pada Bos taurus, Ovis aries,
Gallus gallus, Bubalus, dan Capra hircus sehingga tidak spesifik

H. Daftar Pustaka
National Center for Biotechnology Information (2016). Terdapat online di http://www.ncbi.
nlm.nih.gov/ (9 April 2016).

Nuswantara S. 2000. Internet untuk biologi molekuler. Warta Biotek Vol.14


No 2 Juni 2000
Utama, A. 2003. Peran Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran. Ilmu
Komputer. Jakarta.
Witarto, AB. 2003. Bioinformatika Mengawinkan Teknologi Informasi
dengan Bioteknologi. Ilmu Komputer, Jakarta.