Kelompok 3

Asam Nukleat:
Dari Struktur Hingga
Aplikasi

Andy Khootama 1406573942 Michaelle Flavin Carli 1406533516 Nadia Alisha 1406533623
Nur Annisa 1406605862
Sangghadatu Abda M 1406569913

Struktur Asam
Nukleat

Struktur
Umum
Asam nukleat
adalah senyawa
kimia yang
membawa informasi
genetik dari suatu
sel. Ada dua jenis
asam nukleat yang
diketahui hingga
saat ini, yaitu DNA
(Deoxyribonucleic
Acid) dan RNA
(Ribonucleic Acid).

Asam nukleat ini merupakan biopolimer, yaitu

polimer yang disintesis dari monomermonomer organik yang berasal dari bahan
nonmigas. Asam nukleat yang berupa DNA
maupun RNA memiliki struktur monomer yang
disebut dengan nukleotida seperti yang
terlihat pada Gambar di samping.

Komponen Penyusun Asam

Nukleat
Basa
Nitrogen

Gula
Aldopentosa

Gugus
Fosfat

Basa Nitrogen Heterosiklik

Basa nitrogen heterosiklik yang merupakan penyusun asam nukleat adalah
turunan Purina dan pirimidina.
Purin
Purina atau purin adalah senyawa heterosiklik majemuk yang mempunyai
lingkar pirimidina dan imidazol yang berimit. Turunan purina yang
merupakan penyusun asam nukleat adalah adenine atau 6-aminopurina dan
guanine atau 2-amino-6-oksipurina.
Pirimidin
Pirimidina atau pirimidin termasuk senyawa heterosiklik sederhana lingkar
6, dengan 2 atom nitrogen sebagai heteroatomnya. Turunan-turunan
pirimidina yang meupakan penyusun asam nukleat adalah sitosin atau 2oksi-4-aminopirimidina yang disingkat C, timin atau 2, 4-dioksi-5metilpirimidina yang disingkat T dan urasil atau 2, 4-dioksipirimidina yang
disingkat U.

Basa
Nitrogen
Basa purin atau pirimidin
yang terdapat pada asam
nukleat ada 5 jenis, yaitu
adenin (A) dan guanin (G)
yang memiliki struktur
purin, dan sitosin (C),
timin (T) serta urasil (U)
yang memiliki struktur
pirimidin. Tidak semua
basa ini ada pada DNA
ataupun RNA. DNA tidak
memiliki basa pirimidin
yang
berupa
urasil,
sedangkan RNA tidak
memiliki basa pirimidin
yang berupa timin.

Gula Aldopentosa

Pentose yang menyusun asam

nukleotida adalah ribose dan
2-deoksiribosa.

Dalam struktur kimia asam

nukleat, kedua pentose
tersebut terdapat dalam
bentuk lingkar furanosa.

Ribose merupakan penyusun

RNA dan 2-deoksiribosa
merupakan penyusun DNA.

Pentosa Memiliki Struktur

Cincin Segi Lima Empat Atom
C (C1 C4)

Satu Atom O Membentuk

Struktur Cincin Gambar 1.
Struktur Pentosa

Satu Atom C Yaitu C5 Ada Di

Luar Cincin.

Fosfat
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau
asam ortofosfat. Fosfat ini berupa kristal berbentuk
orto-rombik, tak stabil dan melebur pada suhu 42,35C.
Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan
bervalensi tiga jenis garam natrium. Garam natrium
tersebut dapat terbentuk pada suhu kamar yaitu,
Natrium fosfat Na3PO4, Natrium hidrogen fosfat
Na2HPO4, dan Natrium dihidrogen fosfat NaH2PO4.

Tingkatan Struktur Asam

Nukleat
Primer
Sekunder
Tersier
Kuarter

Struktur Primer

Struktur primer asam nukleat merupakan urutan linear

nukleotida, yang dihubungkan satu sama lain dengan
sambungan fosfodiester.

Struktur
Sekunder
Struktur sekunder adalah
interaksi antara basa.
Struktur ini menunjukkan
bagian mana helai terikat
satu sama lain. Kedua
untai DNA dalam double
heliks DNA terikat satu
sama lain dengan batas
hidrogen.
Nukleotida
pada pasangan basa satu
untai dengan nukleotida
untai lainnya. Struktur
sekunder DNA didominasi
pasangan basa dua helai
polinukleotida
membentuk
double
heliks.

Struktur Tersier
Struktur tersier adalah bentuk tiga
dimensi di mana seluruh rantai dilipat.
Pengaturan struktur tersier berbeda dalam
empat bentuk struktural:
Tangan Kiri atau kanan
Panjang pergantian heliks.
Jumlah pasangan basa per giliran.
Perbedaan ukuran antara utama dan alur
kecil.

Struktur Kuarter
Struktur Kuarter adalah tingkat yang lebih
tinggi dari organisasi asam nukleat.
Struktur ini mengacu pada interaksi asam
nukleat dengan molekul lain. Organisasi
yang paling sering terlihat adalah bentuk
kromatin yang menunjukkan interaksi
dengan protein histon kecil.

Struktur DNA
DNA
merupakan
rantai
polinukleotida yang berbentuk
heliks ganda (double helix).
Bentuk ini disarankan oleh
Watson
dan
Crick
yang
menyatakan bahwa DNA adalah
untai ganda yang terdiri atas
dua rantai polinukleotida yang
antiparalel. Antiparalel tersebut
maksudnya adalah seperti yang
ditunjukkan oleh Gambar 6 di
samping ini, ujung 5 sejajar
dengan ujung 3. Kedua rantai
ini
bukanlah
rantai
yang
identik, melainkan rantai yang
saling komplementer.

Tipe-tipe DNA

Tipe-tipe DNA

Jenis Ikatan Kimia dalam

DNA
Ikatan Hidrogen
Interaksi ikatan hidrogen antara masing-masing basa nitrogen
menyebabkan bentuk dari dua rantai DNA menjadi sedemikian
rupa, bentuk ini disebut double helix. Interaksi spesifik ini terjadi
antara basa A dengan T, dan C dengan G.
Ikatan Fosfodiester
Pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus
fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada
posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3 gula
pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan
fosfodiesterkarena secara kimia gugus fosfat berada dalam
bentuk diester.

Ikatan Glikosidik
Ikatan yang menghubungkan antara gula
pentosa dengan basa nitrogen. Ikatan ini
terletak pada posisi 1 pada gula dengan
posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi
1 (N-1) pada basa pirimidin.

Tiga Struktur Penting DNA

Gene Regulatory
Segment

Mengandung srtuktur yang

terlibat pada proses inisiasi dan
pengaturan proses transkripsi.

Exon

Bagian yang mengandung

codon untuk ditranslasikan
oleh mRNA menjadi protein.

Intron

Bagian struktur yang tidak

mengandung codon
(intervening sequence).

Gambar 13. Struktur DNA; gene regulatory segment, exon,

dan intron

RNA
RNA merupakan polinukleotida dengan
untai tunggal yang dapat memiliki bentuk
yang kompleks yang terdiri atas banyak
tonjolan (bulges) dan lipatan (loops).
Lipatan-lipatan dalam RNA ditutup dengan
batang untai ganda yang memiliki
konformasi A. RNA tidak dapat memiliki
konformasi B karena adanya gugus OH
pada karbon nomor 2 gula ribosa (C2).

RNA (2)
RNA memiliki bentuk yang kompleks
dengan banyak tonjolan dan simpul. Ujung
lipatan jepit (hairpin loop) yang biasa
terjadi pada RNA dapat terdiri atas 3 atau
lebih nukelotida. Salah satu susunan
nukleotida yang membentuk lipatan jepit
yang stabil adalah 5-GGACUUCGGUCC.
Susunan lainnya yang sering muncul
adalah UGAA, CCCG, GCAA, dan GAAA.

RNA (3)
Selain lipatan jepit, ada
juga
yang
disebut
pseudoknot yang lebih
kompleks.
Pseudoknot
ini
dapat
terbentuk
ketika
susunan
nukleotida
memilih
untuk
membentuk
formasi yang terdiri atas
dua batang RNA pendek
yang saling tumpang
tindih.
Pembentukan
pseudoknot ini seperti
ditunjukkan gambar di
samping.

RNA (4)
RNA juga merupakan Polinukleotida, nukleotioda pada RNA
juga tersusun dari komponen gula, gugus fosfat, dan basa
nitrogen.
Basa nitrogen pada RNA juga ada 4 jenis. Namun Gula
pentosa pada RNA adalah gula ribose. Pada RNA tidak
terdapat basa timin, sebagai gantinya terdapat basa urasil,
basa ini juga dari golongan pirimidin sebagaimana timin.
Dalam sel eukariot, RNA merupakan rantai polinukleotida
tunggal, bukan rantai heliks ganda sebagaimana DNA.

Jenis-Jenis RNA

GENET
IK

Memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu

sebagai pembawa keterangan genetik. RNA
genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup
tertentu yang tidak memiliki DNA, misalnya virus.
Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan
DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam
mengatur aktivitas sel.

NONGENETIK

Tidak berperan sebagai pembawa keterangan

genetik sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh
makhluk hidup yang juga memiliki DNA.
Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA nongenetik dibedakan menjadi mRNA, tRNA, dan
rRNA.

Jenis-Jenis RNA

PramRNA

mRNA

tRNA

rRNA

Pra-mRNA

Pre-mRNA merupakan RNA yang baru saja di transkripsi dari DNA dan
merupakan RNA yang belum matang. RNA ini mengandung intron dan ekson
seperti ditunjukkan Gambar 12 di bawah ini. Bagian intron tidak mengandung
kode untuk asam amino, sehingga akan dibuang pada saat pematangan RNA ini
untuk menjadi mRNA. Sementara itu bagian ekson merupakan bagian yang
mengandung kode untuk asam amino. Bagian-bagian ekson yang terputus
karena penghilangan intron akan menyatu kembali dan menjadi kesatuan mRNA
yang utuh.

mRNA (Messenger RNA)

mRNA ini berbentuk rantai untai tunggal yang lurus
dan panjang. Pada RNA jenis ini tidak terdapat
tonjolan atau pun lipatan. mRNA merupakan salinan
dari salah satu untaian rantai DNA dengan intron
yang telah dipotong. RNA ini berfungsi sebagai
pembawa pesan genetik dari DNA ke ribosom.

tRNA (Transfer
RNA)
RNA jenis ini berfungsi
untuk
membaca
kode
genetik dan meletakkan
asam amino di urutannya
yang tepat pada protein.
Seluruh
tRNA
dapat
berbentuk
seperti
semanggi
(clover
leaf)
dengan tiga atau empat
lipatan jepit. Pada tRNA,
terdapat antikodon yang
merupakan
pasangan
triplet basa dari triplet
kodon yang terdapat pada
mRNA. Salah satu contoh
tRNA ditunjukkan pada
Gambar di samping ni.

tRNA (Transfer RNA)

rRNA (Ribosomal
RNA)
RNA ini disebut ribosomal
RNA karena merupakan
materi yang menyusun
ribosom bersama dengan
protein-protein
penyusun
lainnya. RNA ini terdiri atas
untai
tunggal
yang
berbentuk cukup kompleks
seperti
terlihat
pada
gambar di samping. RNA
ini menyediakan material
struktural
dan
pusat
katalitik untuk membentuk
ikatan
peptida
dalam
pembentukan protein.

Sintesis Asam
Nukleat

Definisi dan jenis sintesis

Sintesis berarti membuat, sehingga sintesis
asam nukleat berarti rangkaian reaksi yang
berperan dalam membuat rantai asam nukleat
Untuk membuat rantai asam nukleat, dikenal
2 cara yaitu sintesis secara de novo dan
secara salvaging.
Sintesis de novo berarti baru, dimana sintesis
asam nukleat dilakukan dengan menyusunnya dari
prekurson-precursor
Sintesis secara salvaging menyusun asam nukleat
dari asam nukleat yang dikonsumsi, sehingga tidak
perlu dibuat kembali, hanya menyusun ulang rantai

Sintesis de novo Purin

Sintesis secara de novo dibagi menjadi 2
yaitu untuk Purin dan Pirimidin.
Sintesis de novo Purin dimulai dari
precursor Phosphoribosyl pyrophosphate
(PRPP). PRPP juga akan berperan dalam
pertengahan jalur reaksi sintesis de novo
Pirimidin.

Metabolic Pathway PRPP

Purin

Amidophosph
oribosyltransf 5erase
PHOSPHORIBOSYLAM

INE
GLUTAMI
NE

Metabolic Pathway PRPP

Purin

5PHOSPHORIBOSYLAMIN
AT
E
P

GLYCINE

GAR
Synthetase

GAR
(GLYCINAMIDE
RIBONUCLEOTI
DE)

+ADP

PYROPHOSPHA
TE

Metabolic Pathway PRPP

Purin

GAR
(GLYCINAMIDE
RIBONUCLEOTI
DE)

FORMYLTETRAHYDROF
OLATE

PHOSPHORIBOSYL-NFORMYLGLYCINEAMIDE
(FGAR)

PRGA-Formyl
Transferase

TETRAHYDROFOLIC
ACID

Metabolic Pathway PRPP

Purin

PHOSPHORIBOSYL-NFORMYLGLYCINEAMIDE
(FGAR)

L-GLUTAMINE

+AT
P

fGAM
Synthase

+AD
P

5-PHOSPHORIBOSYL
FROMYLGLYCINAMIDE
(fGAM)

L-GLUTAMATE

Metabolic Pathway PRPP

Purin

5-PHOSPHORIBOSYL
5-AMINOIMIDAZOLE
FROMYLGLYCINAMIDE
RIBOTIDE (AIR)
(fGAM)
fGAM Cyclase

ATP

ADP, Pi, dan

air

Metabolic Pathway PRPP

Purin

5-AMINOIMIDAZOLE
RIBOTIDE (AIR)

CO2

Phosphoribos
ylaminoimida
zole
carboxylase

5-PHOSPHORIBOSYL-4CARBOXY-5AMINOIMIDAZOLE (CAIR)

2H

Metabolic Pathway PRPP

Purin

PHOSPHORIBOSYL-NFORMYLGLYCINEAMIDE
(FGAR)

L-ASPARTATE

+AT
P

+AD
P

SAICAR
Synthase

PHOSPHORIBOSYLAMINO
IMIDAZOLESUCCINOCAR
BOXAMIDE (SAICAR)

Metabolic Pathway PRPP

Purin

5-AMINOIMIDAZOLE-4CARBOXAMIDE
Adenylosuccin
RIBONUCLEOTIDE (AICAR)
PHOSPHORIBOSYLAMINO
IMIDAZOLESUCCINOCAR
BOXAMIDE (SAICAR)

ate
lyase

FUMARATE

Metabolic Pathway PRPP

Purin

FORMAMINOIMIDAZOLE-4CARBOXAMIDE
5-AMINOIMIDAZOLE-4RIBONUCLEOTIDE (FAICAR)
CARBOXAMIDE
RIBONUCLEOTIDE (AICAR) Formyltransfer
ase

FORMYL
TETRAHYDROFUR
ANS (fTHF)

TETRAHYDROFUR
ANS (THF)

Metabolic Pathway PRPP

Purin

IMP Synthase

FORMAMINOIMIDAZOLE-4CARBOXAMIDE
RIBONUCLEOTIDE (FAICAR)

INOSINE MONOPHOSPHATE
(IMP)


GUANOSINE
MONOPHOSPHATE (GMP)

INOSINE MONOPHOSPHATE
(IMP)
ADENOSINE
MONOPHOSPHATE (AMP)
48

Metabolic Pathway PRPP

Pirimidin
+AT
P
BICARBON
ATE

+AD
P

Carbamoyl
phosphate
synthase

CARBAMOYL
PHOSPHATE
(CMP)

GLUTAMI
NE
49

Metabolic Pathway PRPP

Pirimidin

CARBAMOYL
PHOSPHATE
(CMP)

ASPARTATE

Aspartate
Transcarbamoyl
ase

CARBAMOYL
ASPARTIC ACID

Metabolic Pathway PRPP

Pirimidin

CARBAMOYL
ASPARTIC ACID

Dihydroorotase

DIHYDROOROTIC
ACID

Metabolic Pathway PRPP

Pirimidin

DIHYDROOROTIC
ACID

Dihydroorotate
dehydrogenase

OROTIC ACID

Metabolic Pathway PRPP

Pirimidin

OROTIC
ACID

OMP Synthase OROTIDINE

MONOPHOSPHATE
(OMP)

Metabolic Pathway PRPP

Pirimidin

OROTIDINE
MONOPHOSPHATE
(OMP)

Decarboxylatio
n

URIDINE
MONOPHOSPHATE
(UMP)


THYMIDINE
MONOPHOSPHATE (TMP)

URIDINE
MONOPHOSPHATE
(UMP)

CYTIDINE
MONOPHOSPHATE (CMP)

DNA dan RNA

DNA dan RNA merupakan rantai dari
nukleotida Purin dan Pirimidin.
Sintesis keduanya berkaitan dengan
penyusunan nukleotida-nukleotida ini.
Sintesis DNA dari DNA biasa disebut
replikasi, sementara sintesis RNA dari
DNA biasa disebut transkripsi.

Replikasi DNA

Replikasi DNA
Terdiri dari 3 tahap besar yaitu Inisiasi,
Elongasi, dan Terminasi
Pada saat Inisiasi, double helix DNA akan
diubah menjadi lurus oleh Topoisomerase lalu
dipecah oleh Helixase.
Fragmen nukleotida (dikenal juga sebagai
Fragmen Okazaki) bebas akan disusun menjadi
RNA Primer oleh DNA Primase/Primerase, lalu
direkatkan dengan RNA Ligase.
RNA primer akan disatukan dengan rantai DNA
awal oleh DNA Polymerase.

Transkripsi RNA
Terdiri dari 3 tahap besar yaitu Inisiasi,
Elongasi, dan Terminasi
Pada saat Inisiasi, double helix DNA akan
diubah menjadi lurus oleh Topoisomerase lalu
dipecah oleh Helixase.
Fragmen nukleotida (dikenal juga sebagai
Fragmen Okazaki) bebas akan disusun
menjadi RNA.
RNA yang terbentuk kemudian dapat
langsung dikirim keluar nukleus untuk
digunakan atau dimatangkan terlebih dahulu.

Fungsi Asam
Nukleat

Fungsi Nukleotida dan

Asam Nukleat
Fungsi Nukleotida:
Energi dalam metabolisme (ATP, GTP, CTP,
UTP)
Kofaktor enzim (NAD+, NADP+, FAD)
Transduksi sinyal (cAMP, cGMP)

Fungsi asam nukleat:

Penyimpanan informasi genetik (DNA)

Transmisi informasi genetik (mRNA)
Pengolahan informasi genetik (ribozymes)
Sintesis protein (tRNA and rRNA)

Fungsi Nukleotida (ATP)

Trifosfat nukleotida yang terkenal ialah ATP, atau adenosine triphosphate.
Didalam peristiwa respirasi sel, energi dari metabolisme makanan
digunakan untuk melampirkan fosfat ketiga. Dengan cara ini energi
disimpan oleh sel sampai diperlukan. Sebagai contoh, sebuah enzim dapat
menghapus fosfat dan menggunakan energi yang dihasilkan untuk
melakuan aktifitasnya dalam sel.

Sumber:
campbell

Fungsi Nukleotida (Kofaktor

Enzim)
Secara umum kofaktor memiliki
peran sebagai berikut.
Kofaktor akan melengkapi dan
memodifikasi
struktur
enzim
sehingga substrat (bahan yang
diolah enzim) dapat melekat.
Kofaktor bereaksi sebagai donor
elektron atau donor atom bagi
sbstrat.
Kofaktor dapat bertindak sebagai
penerima sementara untuk atom,
elektron,
atau
proton
yang
selanjutnya
dapat
kembali
setelah reaksi selesai.
Kofaktor bersama residu tertentu
mempolarisasi substrat sehingga
mudah dikatalisis enzim.

Sumber:
pearson

Fungsi Nukleotida (Transduksi

Sinyal)
cAMP sebagai second messenger
akan
masuk
ke
sitosol
dan
mengaktifkan protein kinase A (PKA).
Protein kinase terdiri dari 2 subunit
regulatori dan 2 subunit katalitik.
cAMP berikatan dengan bagian
regulatorinya
sementara
bagian
katalitiknya akan masuk ke nucleus.
Bagian katalitik memfosforilasi Creb
transcription factor. Kemudian faktor
transkripsi ini akan menempel di CRE
(Cyclic AMP Response Element).
Ditambah
koaktivator
P300/CBP.
Transkripsi berjalan dan melakukan
ekspresi
gen.
GTP
terhidrolisis
menjadi GDP + P oleh GTPase
sehingga G kembali terikat ke G
dan G. Produksi cAMP berhenti.
Fosfatase
menghidrolisis
gugus
fosfat pada protein yg difaktifkan
oleh PKA

Sumber:
campbell

Fungsi Asam Nukleat

(Penyimpanan
Informasi
Genetik)
Fungsi DNA sebagai bahan
warisan sel
DNA atau Asam deoksiribonukleat
merupakan bahan yang dapat
diwariskan pada semua sel. DNA
seara
tepat
bereplikasi
(memperbanyak diri) selama setiap
generasi
sel.
Pada
saat
sel
melakukan pembelahan, salinan
yang identik dengan DNA parental
dibagikan ke setiap sel anak.
Sehingga,
DNA
menyediakan
instruksi untuk semua generasi
masa depan sel tunggal dan
keseluruhan organisme multiseluler.
Sumber:
yourgenome.org

Fungsi Asam Nukleat

(Penyimpanan
Informasi Genetik)
Fungsi DNA dalam mengendalikan
aktivitas sel
DNA dalam mengendalikan aktivitas
sel dilakukan dengan menentukan
sintesis enzim dan protein lainnya.
Seperti yang diketahui, protein adalah
kelas molekul dengan keanekaragamn
fungsi selular esensial paling besar;
protein berfungsi sebagai katalisator
dan mengatur reaksi metabolik,
menyediakan bahan mentah untuk
struktur
sel,
memungkinkan
pergerakan,
berinteraksi
dengan
lingkungan
dan
sel
lain,
dan
mengendalikan pertumbuhan serta
pembelahan sel.

Sumber:
pearson

Fungsi Asam Nukleat

(Penyimpanan
Informasi
Genetik)
Fungsi
DNA
sebagai
kumpulan
unit
informasi
Gen
yang
merupakan
fragmen
fragmen
fungsional
pada
DNA
berfungsi
dalam
menentukan
rangkaian
asam amino suatu protein.
Banyak gen baik itu ribuan
hingga jutaan gen yang
berlainan
dibutuhkan
untuk membuat seluruh
protein
yang
penting
dalam sebuah sel.

Sumber:
passel.unl.edu

Fungsi Asam Nukleat

(Transmisi Informasi
Genetik)
mRNA (messenger RNA)
DNA membawa kode genetik dan salinan
dari semua protein yang dibuat dalam
tubuh. Langkah pertama dalam sintesis
protein adalah untuk salinan dari gen
yang akan dibuat dalam bentuk mRNA.
Proses ini disebut transkripsi. Ketika copy
selesai, mRNA melakukan perjalanan dari
inti sel dan ke dalam sitoplasma sel.
mRNA kemudian tersambung dengan
ribosom, yang terbuat dari rRNA. Langkah
berikutnya adalah untuk tRNA bersama
string asam amino dikodekan oleh mRNA.
Ini disebut terjemahan. Ketika akhir dari
urutan pengkode pada mRNA tercapai,
asam amino akhir ditambahkan dan
protein selesai.

Sumber:
campbell

Fungsi Asam Nukleat

(Pengolahan Informasi
Genetik)
Gagasan dari peran katalitik untuk snRNA
berkembang dari penemuan ribozymes,
molekul RNA yang berfungsi sebagai
enzim.
Pada
sebagian
organisme,
penyambungan RNA dapat terjadi tanpa
protein atau bahkan tambahan molekul
RNA: Intron dari RNA berfungsi sebagai
ribozyme
dan
mengkatalis
pemotongannya sendiri. Sebagai contoh,
pada
siliata
protist
Tetrahymena,
penyambungan
sendiri
terjadi
pada
produksi dari RNA ribosoma (rRNA). PrarRNAnya benar- benar menghilangkan atau
membuang intronnya sendiri. Penemuan
dari RNA katalitik telah mengubah definisi
dari enzim, memperluasnya diluar dari
sekedar molekul protein.

Sumber:
campbell

Fungsi Asam Nukleat

(Sintesis Protein)
RNA transfer(tRNA)
merupakan RNA terpendek yang
bertindak sebagai penerjemah
kodon dari mRNA. Selain itu,
tRNA berfungsi mengikat asamasam amino yang akan disusun
menjadi protein dan
mengangkutnya ke ribosom.
Pada tRNA terdapat bagian yang
berhubungan dengan kodon
yang disebut antikodon dan
bagian yang berfungsi sebagai
pengikat asam amino.
Sumber:
campbell

Fungsi Asam Nukleat

(Sintesis Protein)
RNA
ribosom(rRNA)
merupakan RNA
dengan jumlah
terbanyak dan
penyusun ribosom.
RNA ini berupa
pita tunggal, tidak
bercabang, dan
fleksibel. Lebih
dari 80% RNA
merupakan rRNA.
Fungsi rRNA
sampai sekarang
masih belum
banyak diketahui,
tetapi diduga
memiliki peranan
penting dalam
proses sintesis
protein.

Sumber:
campbell

Aplikasi Asam
Nukleat

PENDAHULUAN
Asam Nukleat Membawa kode genetik
(pewarisan sifat) penyilangan hasilnya
organisme dengan sifat yang diinginkan

Aplikasi Asam Nukleat

Bidang Pertanian dan Peternakan
Bidang Kedokteran dan Farmasi
Bidang Forensik
Bidang Arkeologi dan Evolusi
Bidang Lingkungan

Pertanian dan Peternakan

Genetically Modifed Organism (GMO)

Rekayasa Genetik Manipulasi
gen mendapatkan galur baru
dengan cara menyisipkan bagian
gen ke tubuh organisme tertentu
untuk
dikembangbiakkan
menghasilkan
keturunan
yang
memiliki
sifat
unggul
yang
diinginkan.
Teknologi genetik rekombinan
yang
digunakan
untuk
menghasilkan
organisme
yang
genomnya telah diubah pada
tingkat molekul

Pertanian dan Peternakan

Tanaman Transgenik
Transfer gen
Untuk menyisipkan sebuah gen pada sel tumbuhan, kita
membutuhkan vektor tertentu karena tumbuhan tidak memiliki
plasmid seperti bakteri.

Pertanian dan Peternakan

Tanaman Transgenik
Kultur Tanaman

Bakteri terintegrasi Ti-plasmid dimasukkan ke dalam potongan kecil dari sel tanaman/eksplan. dengan
metode transformasi yaitu memasukkan DNA plasmid sel bakteri ke sel tanaman
Selanjutnya, eksplan yang sudah memiliki gen tertentu tersebut akan dikulturkan/dibiakkan secara in
vitro(di luar tubuh tanaman, misalnya pada cawan petri). Eksplan dari tanaman tersebut akan tumbuh
menjadi kalus (kumpulan sel) yang dapat diinduksi untuk membentuk batang dan akar. Kalus ini akan
tumbuh menjadi plantlet (tanaman kecil). Plantlet kemudian akan tumbuh menjadi individu tanaman
transgenik yang bisa ditanam di tanah.

Pertanian dan Peternakan

Hewan Transgenik
Di beberapa kasus, DNA diinduksi
(dimasukkan) secara langsung ke dalam
oosit yang sedang berkembang, telur,
atau embrio awal. Pada tikus mencit
(mice), biasanya memungkinkan juga
untuk menggunakan kultur sel stem dari
embrio yang berasal dari embrio
praimplantasi
dan
dapat
berguna
terhadap semua jaringan hewan yang
sedang berkembang (termasuk jaringan
germinal). DNA disisipkan ke dalam
embrio inang pada kondisi yang sangat
mungkin untuk mengalami rekombinasi
yang
homolog
yang
memungkinkan
mereka untuk digunakan sebagai target
gen. Kemudian, terjadi penggantian yang
akurat dari segmen endogen genom
dengan segmen eksogen DNA homolog.

Pertanian dan Peternakan

Tanaman Transgenik vs Hewan

Transgenik
Transgenik ini lebih sulit diterapkan pada hewan

Sel hewan menjadi tidak berkembang kembali

setelah mencapai tahap diferensiasi sehingga sel
hewan yang telah terdiferensiasi tidak mampu
kembali ke bentuk awal atau bentuk pada tahap
pembelahan.
2. Sebagian besar hewan memiliki sel somatik dan sel
germinal yang berkembang secara terpisah.
Walaupun begitu, cara yang mampu ditempuh untuk
dapat mentransfer DNA ialah menginduksi DNA ke
dalam sel totipotent sebelum tahap perkembangan
di mana jaringan germinal terbentuk.
1.

Kedokteran dan Farmasi

Kedokteran
a) Diagnosis Penyakit

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Reaksi rantai polimerase merupakan teknik di mana
setiap
fragmen
DNA
dapat
diperkuat
(diamplifikasi/disalin beberapa kali) dengan cepat
tanpa menggunakan sel. DNA diinkubasi dalam
tabung reaksi dengan DNA polimerase jenis khusus,
suatu pasokan nukleotida dan potongan pendek DNA
untai-tunggal sintetik yang berfungsi sebagai primer
untuk sintesis DNA. Secara otomatis, PCR dapat
membuat miliaran salinan segmen DNA target
dalam beberapa jam, jauh lebih cepat daripada
pengklonan sepotong DNA yang membutuhkan waktu
berhari-hari dengan membuat plasmid rekombinan
dan membiarkannya bereplikasi di dalam bakteri.

Kedokteran dan Farmasi

Kedokteran
b) Terapi Gen (Gene Therapeutics)
Terapi gen mengganti gen yang cacat membantu
jaringan maupun organ yang rusak untuk dapat
kembali bekerja dengan baik. Beberapa metode dapat
dilakukan:
1. Menggunakan virus untuk mengirimkan gen ke dalam
sel secara tepat karena memiliki kemampuan untuk
mengirimkan gen dengan cara menginfeksi sel
target
2. Metode in vivo, yakni menginjeksikan vektor secara
langsung ke dalam tubuh dengan menyasar pada sel
yang menjadi target.
3. Metode ex vivo, dengan cara menyelipkan gen ke
dalam sel yang telah dikeluarkan dari tubuhgen
teraktivasisel dikembalikan ke dalam tubuh si
pasien. Metode ini memungkinkan ilmuwan untuk
memastikan bahwa sel dapat berfungsi dengan baik
sebelum dimasukkan kembali ke dalam tubuh pasien.

Kedokteran dan Farmasi

Kedokteran
c) Xenotransplantasi (Xenotransplantation)
Transplantasi Organ dengan kemungkinan menggunakan binatang sebagai
sumber organ dan jaringan untuk ditransplantasikan. Teknik ini tetap memiliki
kendala yakni fenomena penolakan hiperakut tergantung pada antibodi yang
dihasilkan terhadap organ asing dan aktivasi sistem pelengkap.
Strategi transgenik telah diteliti untuk menghindari penolakan hiperakut,
termasuk ekspresi dari complement-inactivating protein pada sel permukaan.
Strategi sederhana seperti melumpuhkan gen oleh rekombinasi homolog.
Meskipun penolakan hiperakut telah diatasi, ada kemungkinan masalah yang lebih
lanjut, termasuk penolakan tubuh inang yang tertunda, melibatkan sel-sel
pembunuh alami dan makrofag dan kebutuhan untuk toleransi sel T. Jenis
transplantasi ini masih terus dikembangkan hingga saat ini.

Kedokteran dan Farmasi

Farmasi
a) Vaksin
Secara umum, vaksin melindungi tubuh seseorang terhadap paparan
pathogen. Vaksin menstimulasi penyerangan infeksi agen. Sehingga
tubuh menghasilkan memori imunologis dan dapat mempertahankan
diri dari bahaya penyerangan agen virus.
Teknik DNA rekombinan dapat menghasilkan molekul protein spesifik
dalam jumlah besar yang secara normal dapat ditemukan pada
permukaan suatu patogen. Jika protein tersebut dianggap sebagai
subunit, salah satu protein yang memicu respon imun melawan
patogen utuh, maka protein itu dapat digunakan sebagi vaksin. Cara
lainnya, metode rekayasa genetik dapat digunakan untuk
memodifikasi genom patogen tersebut untuk memperlemahnya.

Vaksin
Vaksin
Vaksin
Vaksin

Bakteri Rekombinan
Virus Rekombinan
dari Tanaman
DNA

Kedokteran dan Farmasi

Farmasi
b) Pharming : Produksi Protein dari Hewan
Dengan asumsi bahwa gen mengkode protein yang
diinginkan dalam jumlah besar, hewan-hewan
transgenik bertindak sebagai Pabrik farmasi.
Sebagai contoh, sebuah protein transgen untuk darah
manusia seperti antitrombin dapat dimasukkan ke
dalam genom kambing dengan sedemikian rupa
sehingga produk transgen disekresikan dalam susu
hewan. Protein ini kemudian dimurnikan dari susu
(yang lebih mudah daripada pemurnian dari kultur
sel).

Forensik

Arkeologi dan Evolusi

PCR (polymerase chain reaction) dapat digunakan

dengan sampel lama atau sampel yang lebih baru,
dan
kadang-kadang
digunakan
untuk
mengamplifikasi DNA kuno (bahan yang sudah
sangat tua yang kadang-kadang disebut bersejarah)
dari spesimen museum dan peninggalan arkeologis.

Lingkungan
Rekayasa genetika dapat diaplikasikan untuk bioremidiasi lingkungan yang
sudah terlanjur rusak.
Mikroba digunakan dalam pabrik pengolahan air limbah atau digunakan oleh para
manufaktur sebelum senyawa-senyawa itu dilepas ke lingkungannya
(Chambellet al, 2000)
Keragaman metabolisme mikroba digunakan dalam menangani limbah. Pabrik
pengolahan air kotor mengandalkan kemampuan mikroba untuk mendegradasi
berbagai senyawa organik menjadi bentuk nontoksik. Akan tetapi, peningkatan
jumlah senyawa yang secara potensial berbahaya yang dilepas ke lingkungan
tidak lagi bisa didegradasi oleh mikroba yang tersedia secara alamiah,
hidrokarbon klorinasi merupakan contoh utamanya. Para ahli bioteknologi
sedang mencoba merekayasa mikroba untuk mendegradasi senyawa-senyawa ini.

Deteksi & Analisis

Purifikasi Asam Nukleat

Konvensional
Langk
ah

Purifikasi DNA

Purifikasi RNA

Homogenisasi sel & isolasi nukleus

Ekstraksi asam nukleat

Deproteinasi

Separasi protein

Pemisahan fasa cair

Pengendapan asam nukleat

Pembuangan (lisis) RNA

Pembuangan (lisis) DNA

Pembuangan (lisis)
ribonuklease

Pembuangan (lisis)
protease

10

Pengendapan DNA

Sumber: Karp, 2010

Alternatif Purifikasi DNA

Alternatif Purifikasi RNA

4 M guanidine
thiosianat

phenol

chloroform
Sumber: www.google.com

centrifuge
90

Elektroforesis Gel

Sumber: Watson dkk, 2004

Sumber: Karp, 2010

91

Ultrasentrifugasi

Sumber: Karp, 2010

92

Hibridisasi Asam Nukleat

Sumber: Stansfield, 2003

Asam nukleat memiliki

kemampuan membentuk
molekul stabil beruntai
ganda saat 2 untaian
tunggal
dengan
basa
komplementer
dipasangkan
dengan
kondisi tertentu.
Hibridisasi dimanfaatkan
untuk
deteksi
DNA
patogen pada spesimen
klinis dan menemukan
lokasi gen spesifik pada
sel.
93

Blotting

Sumber: Karp, 2010

Southern Blot

Northern Blot

Target: DNA

Target: RNA
94

Polymerase Chain Reaction

Teknik untuk menguatkan fragmen DNA
spesifik tanpa membutuhkan sel bakteri.
Ditemukan oleh Kary Mullis tahun 1983.
DNA PCR, RNA RT-PCR (Reverse
Transcriptase PCR).
Digunakan untuk menguatkan DNA untuk
kloning/analisis,
deteksi
keberadaan
urutan DNA spesifik, membandingkan
molekul DNA, menghitung DNA atau RNA
template.
95

Polymerase Chain Reaction

Komponen kunci dari
PCR, Taq polymerase
(diisolasi dari
Thermus aquaticus,
bakteri pada mata
air panas >90oC)

Langkah 1: 94oC
Langkah 2: 60oC
Langkah 3: 3760oC (enzimnya
tahan
hingga
72oC)

Sumber: Reece, 2014

96

Polymerase Chain Reaction

umber: Reece, 2014

97

Nucleic Acid Sequencing

Pengurutan
asam
nukleat
untuk
menggambarkan kode genetik dari DNA.
Terdapat 2 cara: Maxam-Gilbert dan Sanger.
Menggunakan gel poliakrilamida denaturasi
(memecahkan untaian ganda DNA dan
memisahkan DNA berdasarkan panjang dari
basa nitrogen).
Diaplikasikan untuk mempelajari genom dan
kode protein, deteksi perubahan pada gen,
deteksi penyakit dan fenotipe.
98

Metode Maxam-Gilbert
Memanfaatkan proses katalitik 2 langkah
yang melibatkan piperidin dan 2 zat kimia
yang secara selektif menyerang purin
(dimetil sulfat) dan pirimidin (hidrazin).
Langkah pertama, purin bereaksi dengan
dimetil
sulfat
sementara
pirimidin
bereaksi dengan hidrazin sedemian rupa
untuk memecah ikatan glikosida di antara
gula ribosa dan basa nitrogen sehingga
basa nitrogen tergantikan.
99

Metode Maxam-Gilbert
Langkah
kedua,
piperidin
akan
mengkatalisis
pembelahan
ikatan
fosfodiester (tempat basa tergantikan).
Kemudian dimetil sulfat dan piperidin akan
secara
selektif
membelah
nukleotida
guanine sementara jika dimetil sulfat dan
piperidin berada dalam asam format, maka
mereka akan membelah guanine dan
adenine. Demikian pula hidrazin dan
piperidin dalam 1,5 M NaCl hanya akan
membelah sitosin.
100

Skema Metode MaxamGilbert

mber: Integrated DNA Technologies

101

Metode Sanger
Memanfaatkan
reaksi
enzimatis
yang
melibatkan bentuk ketiga dari gula ribosa, yaitu
dideoksiribosa (gugus 3 OH diganti dengan
gugus 3 H)
Dideoksiribosa akan memutus rantai jika
digabung dengan polinukleotida, sehingga
ikatan difosfat tidak dapat terbentuk sehingga
menghambat (memutus) sintesis DNA pada
ujung 3 rantai DNA.
4 campuran reaksi yang berbeda digunakan
untuk mengurutkan fragmen DNA di mana
setiap campuran mengandung molekul DNA
template yang diurutkan, primer berlabel
radioaktif, 4 deoksinukleotida, DNA polymerase,
dan terminator dideoksi (ddATP, ddCTP, ddGTP,
102
atau ddTTP).

Skema Metode Sanger

mber: Integrated DNA Technologies

103

Microarray
Analisis profil ekspresi gen yang terdiri dari
urutan-urutan DNA untuk diuji pada
eksperimen hibridisasi secara paralel.
Memberikan
gambaran
pada
level
transkripsi yang dapat dimanfaatkan untuk
mengamati ekspresi gen
Digunakan untuk mempelajari perubahan
ekspresi gen yang timbul pada kejadian
biologis yang bervariasi seperti pembelahan
sel dan mempelajari keanekaragaman RNA
yang dihasilkan sel tumor.
104

Sumber: Karp, 2010

Microarray

105

Sumber: Karp, 2010

Microarray

106

Spektrofotometri
Digunakan untuk menentukan konsentrasi, yield dan
kemurnian RNA atau DNA melalui pengukuran absorbansi
(optical density).
Alat yang digunakan adalah spektrofotmeter UV-Vis, kuvet
transparan UV dan larutan berisi DNA atau RNA murni.

107

Spektrofotometri
Konsentrasi DNA (g/ml) =
(A260-A320) (faktor dilusi) (50 g DNA/ml)
Konsentrasi RNA (g/ml) =
(A260-A320) (faktor dilusi) (40 g RNA/ml)
Yield DNA/RNA (g) =
Konsentrasi DNA/RNA (g/ml) volume total
sampel (ml)
KemurnianDNA/RNA (A260/A280) =
(A260-A320) (A280-A320)

108

Spektrofotometri
Pengukuran absorbansi sampel dilakukan pada
panjang gelombang 230 nm, 260 nm, 280 nm dan 320
nm.
230 nm: senyawa organik atau garam chaotropic
(menurunkan kestabilan ikatan hidrogen, gaya van der
Waals dan interaksi hidrofobik).
260 nm: RNA/DNA.
280 nm: asam amino aromatik pada protein.
320 nm: turbiditas/kekeruhan dari kontaminan lainnya.
Sampel dengan kualitas baik rasio A260/A280
(kemurnian) sebesar 1.7-2.0 (jika di bawah itu maka
kontaminan semakin banyak) dan rasio A 260/A230
(tingkat salt carryover) di atas 1.5
109

Referensi
Anonim. How do I determine the concentration, yield and purity of DNA.
[Online] Dapat diakses pada:
<https://worldwide.promega.com/resources/pubhub/enotes/how-do-idetermine-the-concentration-yield-and-purity-of-a-dna-sample/> [Diakses 20
Februari 2016].
Anonim. UV Spectrophotometric Analysis of DNA and RNA. [Online] Dapat
diakses pada:
<https://people.hofstra.edu/Beverly_Clendening/Adv_Molecular_Biology/Prot
ocols/UV_Spec_Analysis_RNA&DNA.htm> [Diakses 20 Februari 2016].
Dnacenter.com, (2015). Recombinant DNA Technology - Uses and Applications.
[online] Tersedia di: http://www.dnacenter.com/science-technology/healthnutrition.html [diakses 20 Feb. 2016].
Fridovich-Keil, Judith L., 2014, Genetically Modified Organism (GMO), dilihat 20
Februari 2016,
<http://www.britannica.com/EBchecked/topic/897705/genetically-modifiedorganism-GMO>.
Genetic Home Reference, 2014. Handbook : Help Me Understand Genetics
Gene Therapy [pdf] Lister Hill National Center for Biomedical
Communications, U.S. National Library of Medicine, National Institutes of
Health, Department of Health & Human Services. Terdapat pada: <
http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/therapy.pdf> [diakses pada 20 Februari
2016]
110

Referensi
Howe, Christopher, 2007, Gene Cloning and Manipulation, 2nd edn,
Cambridge University Press, New York.
Integrated DNA Technologies. DNA Sequencing. [Online] Dapat diakses
pada: <https://www.idtdna.com/pages/docs/educational-resources/dnasequencing.pdf?sfvrsn=5> [Diakses 20 Februari 2016].
Karp, G. 2010. Cell and Molecular Biology Concepts and Experiments.
Edisi Keenam. Amerika Serikat: John Wiley & Sons, Inc.
Reece, J.B., dkk. 2014. Campbell Biology. Edisi Kesepuluh. Amerika
Serikat: Pearson Education, Inc.
Reusch, W. 2013. Nucleic Acids. [Online] Dapat diakses pada:
<https://www2.chemistry.msu.edu/faculty/reusch/virttxtjml/nucacids.ht
m> [Diakses 20 Februari 2016].
Stansfield, W., dkk. 2003. Schaums Easy Outline Molecular and Cell
Biology. America Serikat: The McGraw-Hill Companies, Inc.
The RNA Society. What is RNA?. [Online] Dapat diakses pada: <
http://www.rnasociety.org/about/what-is-rna/> [Diakses 20 Februari
2016].
Watson, J.D., dkk. 2004. Molecular Biology of the Gene. Edisi Kelima.
Amerika Serikat: Pearson Education, Inc.
111