Anda di halaman 1dari 16

BAB I

PENDAHULUAN
Kajian baru Bioinformatika ini tak lepas dari perkembangan biologi molekul modern
yang ditandai dengan kemampuan manusia untuk memahami genom, yaitu cetak biru informasi
genetik yang menentukan sifat setiap makhluk hidup yang disandi dalam bentuk pita molekul
DNA (asam deoksiribonukleat). Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik
DNA ini sangat didukung oleh TI melalui perangkat perangkat keras maupun lunak. Hal ini bisa
dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan
pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan TI sehingga bisa
melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun), dibanding usaha
konsorsium lembaga riset publik AS, Eropa, dan lain-lain, yang memakan waktu lebih dari 10
tahun
Eksperimen basah biologi molekuler telah menghasilkan data biologi dalam jumlah
banyak. Data tersebut diserahkan kepada online database. Bioinformatika adalah ilmu gabungan
antara ilmu biologi dan ilmu komputer. Tugas bioinformatika adalah mengolah data tersebut
menjadi informasi yang berguna. Online database yang tersedia adalah GenBank dari Amerika
Serikat (http://www.ncbi.nlm.nih.gov), DDBJ dari Jepang (http://www.ddbj.nig.ac.jp/), dan EBI
dari Uni Eropa (http://www.ebi.ac.uk/)
Beberapa metode penting prediksi interaksi protein membutuhkan elusidasi struktur dan
kompleks protein yang telah dipecahkan secara eksperimen, dan hal ini dapat diperoleh dengan
kristalisasi. Struktur protein dapat dipecahkan dengan menggunakan hasil sintesis kristal,
menggunakan difraksi sinar X atau analisis difraksi neutron. Di sisi lain, nuclear magnetic
resonance (NMR) adalah teknik yang digunakan pada protein larutan, biasanya untuk protein
yang tak dapat dikristalisasi. Penggunaan teknik NMR untuk memecahkan berbagai struktur
protein ternyata mengalami keterbatasan, karena teknik ini hanya mampu memecahkan struktur
atau kompleks berukuran kecil (Sekitar 30 KDa). Spektrum NMR diperoleh dengan meletakkan
sampel pada medan magnetik, dan mengaplikasikan pulsa frekuensi radio.
1.1

Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang masalah yang ada, maka perumusan masalah dalam
makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Apa yang dimaksud dengan bioinformatika?

2. Apa yang dimaksud dengan CAMK4?


3. Bagian manakah sekuen gen, sekuen protein,

struktur gen dan protein, daerah

promoter, motif dan domain protein dari CAMK4?


4. Bagaimanakah mekanisme kerja (signaling pathways) dari CAMK4?
1.2

Tujuan
Dalam penulisan laporan ini terdapat beberapa tujuan yang ingin didapat, antara lain:
1. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan bioinformatika.
2. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan CAMK4.
3. Untuk mengetahui bagian sekuen gen, sekuen protein, struktur gen dan protein, daerah
promoter, motif dan domain protein dari CAMK4.
4. Untuk mengetahui mekanisme kerja (signaling pathways) dari CAMK4.
5. Untuk mengetahui penyakit apa saja pada CAMK4.

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Bioinformatika berasal dari bahasa yaitu bioinformatics yang artinya (ilmu

yang

mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola danmenganalisis informasi


biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metodematematika, statistika, dan informatika
untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan
asam amino sertainformasi yang berkaitan
Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembanganteknologi
informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik initidak terlepas dari
perkembangan

biologi

molekular

modern,

salah

satunya peningkatan pemahaman

manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalammolekul DNA (James,2001)


2.1 Bioinformatika "klasik"
Sebagian besar ahli Biologi mengistilahkan mereka sedang melakukan Bioinformatika
ketika mereka sedang menggunakan komputer untuk menyimpan, melihat atau mengambil data,
menganalisa atau memprediksi komposisi atau struktur dari biomolekul. Ketika kemampuan
komputer menjadi semakin tinggi maka proses yang dilakukan dalam Bioinformatika dapat
ditambah dengan melakukan simulasi. Yang termasuk biomolekul diantaranya adalah materi
genetik dari manusia --asam nukleat-- dan produk dari gen manusia, yaitu protein. Hal-hal
diataslah yang merupakan bahasan utama dari Bioinformatika "klasik", terutama berurusan
dengan analisis sekuen (sequence analysis). Definisi Bioinformatika menurut Fredj Tekaia dari
Institut Pasteur [TEKAIA2004] adalah: "metode matematika, statistik dan komputasi yang
bertujuan untuk menyelesaikan masalah-masalah biologi dengan menggunakan sekuen DNA dan
asam amino dan informasi-informasi yang terkait dengannya. Monomer dapat dianalogikan
sebagai bagian dari bangunan, dimana meskipun bagianbagian tersebut berbeda warna dan
bentuk, namun semua memiliki ketebalan yang sama dan cara yang sama untuk dihubungkan
antara yang satu dengan yang lain. Monomer yang dapat dikombinasi dalam satu rantai ada
dalam satu kelas umum yang sama, namun tiap jenis monomer dalam kelas tersebut mempunyai
karakteristik masing-masing yang terdefinisi dengan baik. Beberapa molekul-molekul monomer
dapat digabungkan bersama membentuk sebuah entitas yang berukuran lebih besar, yang disebut
macromolecule. Macromolecule dapat mempunyai informasi isi tertentu yang menarik dan sifat-

sifat kimia tertentu. Berdasarkan skema di atas, monomer-monomer tertentu dalam


macromolecule dari DNA dapat diperlakukan secara komputasi sebagai huruf-huruf dari alfabet,
yang diletakkan dalam sebuah aturan yang telah diprogram sebelumnya untuk membawa pesan
atau melakukan kerja di dalam sel. Proses yang diterangkan di atas terjadi pada tingkat molekul
di dalam sel. Salah satu cara untuk mempelajari proses tersebut selain dengan mengamati dalam
laboratorium biologi yang sangat khusus adalah dengan menggunakan Bioinformatika sesuai
dengan definisi "klasik" yang telah disebutkan di atas.
2.2 Bioinformatika "baru"
Bioinformatika baru telah berhasil mencapai suatu metode besar yang belum dapat
dilakukan pada bioinformatika klasik. Proyek pemetaan genommanusia disebut dengan (Human
Genome Project). Proyek Human Genome Project menyebabkan berubahnya bentuk dan
prioritas riset, serta terjadi perubahan pula pada penerapan Bioinformatika. Berhasilnya
riset Human Genome Project membawa perkembangan yang pesat bagi biologi terutama bidang
biologi molekuler

dengan memanfaatkan bioinforamtika

yang

berteknologikan

komputer.

Para ahli mengatakan bahwa kita berada pada masa pascagenom. Selesainya proyek Human
Genome Project maka membawa perubahan pada bioinformatika yaitu, dapat mencari perbedaan
dan persamaan d antara gen gen yang berbeda pada spesies yang sama maupunspesies yang
berbeda. Dari perbedaan perbedaan tersebut maka dapat digunakan untuk proses identifikasi
secara molekuler, identifikasi dan pengelompokkansecara filogenik dengan berdasarkan
persamaan dan perbedaan genetic, sehinggadapat diketahui proses evolusi, sehingga melahirkan
cabang ilmu yang disebutdengan ilmu evolusi yang disebut juga dengan perbandingan genom
(comparative genomics) ( Homan, 2000 ).
Dalam DNA atau RNA, monomernya merupakan keempat jenis nukleotida, ynag berbeda
dalam basa nitrogenny. Gen biasanya panjang mencapai ratusan atau ribuan nukleotida, masing
masing memiliki urutan basa yang spesifik. Setiap polipeptida dari suatu protein juga memiliki
monomer yang tersusun dalam tatanan linear tertentu, tetapi monomernya adalah dua puluh asam
amino. Dengan demikian, asam nukleat dan protein berisi informasi yang di tulis dalam dua
bahsa kimiawi yang berbeda. Untuk beralih dari DNA, yang ditulis dalam satu bahasa, ke
protein, yang ditulis dalam bahasa lain, membutuhkan dua tahapan utama yaitu transkripsi dan
translasi.

2.3 CAMK4 (Kalsium / kalmodulin-dependent protein kinase Jenis IV)


CAMK adalah

singkatan

untuk Ca 2+ /

kalmodulin

tergantung kelas protein

kinase enzim. CAMKs diaktifkan oleh peningkatan konsentrasi ion intraselular kalsium
(Ca 2+) dan transfer fosfat dari ATP ke serin ditentukan atau residu treonin protein
lainnya. Diaktifkan CAMK terlibat dalam fosforilasi faktor transkripsi dan oleh karena itu, dalam
regulasi ekspresi gen menanggapi.
Kalsium / kalmodulin-dependent protein kinase Jenis IV adalah enzim yang pada
manusia dikodekan oleh CAMK4 gen. Produk dari gen ini milik serin / treonin protein kinase
keluarga, dan Ca 2+ / kalmodulin-dependent protein kinase subfamili. Enzim ini adalah serine /
treonin protein kinase multifungsi dengan jaringan distribusi yang terbatas, yang telah terlibat
dalam regulasi transkripsi dalam limfosit, neuron dan sel-sel germinal laki-laki.

BAB III
METODE
3.1.
-

Alat dan Bahan


Seperangkat komputer dengan aksesorisnya dan koneksi internet
Gen tertentu dari manusia sebagai pembelejaran

3.2.

Prosedur Kerja
1. Mencari sekuen DNA, sekuen asam amino, struktur protein, dan domain fungsional

BKK ulliikkkabliangkiaEnn ptrreozteGinenyeanugn tduikcamrie,nagkeatnahmuui n cu l b eb erap a lin k sep erti E n trez G en e, G en B an k ,


KkKllliiikkk llliiinnnkkk PPGaretohntweBiaanynusknuutnuntktuukmk memmeenpngegreeottalaehhhuuiiin fo rm asi
KsKNKintllClfuiiiokkkBsrmlllIiiinnnSakkkseiqpNOmurCMeoentBneIcMgiInesveIuiDaqniutw,ugeskenerncl,maednevajuniegtnOweytMeaarhIkuuMlinikptuelkninymkaekCnitDg etasheuairch resu lt u n tu k m en g etah u i
mpseaekthnuwgeenanyasui ksuleeakotuuteidpnarsopterointein
dlteeotramkkaaigitnednfeundngagalsnimopnrkaorltoepmirnootseoinm
protein

2. Mencari struktur sekunder suatu protein

PiBK ukal ikh prsa iolt aut ehs i ns a ct uh a hai n s uni l pet u kn cm a re ila nh a det s nt rgau ktn uc ra r a m e n gkl i k l i n k t e r s e b ut s e h i n gga
diPDpdbs e pk eBunderdiso u l em hr prdis t ro ut ekti nu r ku a r t e n e r pr o t e i n
3. Mencari transduksi sinyal terkait dengan protein tertetntu

KB ukal i k paG o,t h wpi al iyh sH e a (r hc umh e r a, nm ) a unts u kkau k mn enal i mh a t prt r ao n t se di nuks i s i n ya l di m a n us i a , da n kl i k l e g e n d
yasunti t un sg k dim c ea lr ih paa tkeh w t ea rya - n gaya n pa t h w a y

BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Bioinformatika
Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang merupakan perpaduan
antara biologi dan juga teknologi informasi. Ilmu ini mengajarkan aplikasi, analisis, dan
mengorganisir miliaran bit informasi genetik dalam sel mahluk hidup. Studi bioinformatika
terutama didukung oleh studi genomik, biologi komputasi, dan teknologi komputer.
Menurut Roderick (Hieter & Boguski; 1997), genomik adalah studi yang berhubungan
dengan pemetaan, sekuen, dan analisis genom. Walaupun belum jelas, secara umum Genomik
bisa diartikan sebagai penggunaan informasi genom secara sistematis, dengan data eksperimental
baru untuk menjawab permasalahan biologis, medis, maupun industri (Jordan, 1999).
Pada praktikum kali ini hal-hal yang dilakukan antara lain, yang pertama pada situs
www.genename.org mencari protein yang sudah ditentukan oleh dosen pada kolom search.
Disini menggunakan CAMK4. Kemudian mengklik protein tersebut, kami membuka beberapa
situs yang ada dihalaman tersebut. Yang pertama kali dibuka situs Enterez gene. Dimana situs ini
berfungsi untuk mengetahui informasi mengenai gen.

Kalsium / kalmodulin-dependent protein kinase Jenis IV adalah enzim yang pada


manusia dikodekan oleh CAMK4 gen. Produk dari gen ini milik serin / treonin protein kinase
keluarga, dan Ca 2+ / kalmodulin-dependent protein kinase subfamili. Enzim ini adalah serine /
treonin protein kinase multifungsi dengan jaringan distribusi yang terbatas, yang telah terlibat
dalam regulasi transkripsi dalam limfosit, neuron dan sel-sel germinal laki-laki.

Banyak sekali jalur yang dimiliki oleh CAMK4 sehingga protein ini sangat penting bagi
perkembangan bioteknologi.

Sinyal pathways salah satunya yang dibuka adalah aktivasi dari CAMK4 dari organisme.
CAMK4 ini juga berhubungan langsung dengan protein p53. Dimana p53 ini akan diubah
menjadi protein-protein lain sesuai dengan targetnya masing-masing. Aktivasi siklase adenilat
menyebabkan peningkatan pembentukan cAMP. cAMP mengikat enzim yang disebut cAMPdependent protein kinase, PKA berikatan dengan cAMP untuk meregulasi subunit PKA
menyebabkan pelepasan dan aktivasi berikutnya dari subunit katalitik. Subunit katalitik
kemudian memphosphorylase sejumlah protein pada serin dan residu treonin.
Membuka situs GenBank. Situs ini berfungsi untuk mengetahui sekuen nukleotida. Disini
kita bisa melihat CDS (coding sequence), kodon start dan kodon stop. Kodon start merupakan
kodon pertama yang diterjemahkan pada saat translasi atau disebut juga dengan kodon inisiasi
(AUG yang menyandi metionin). Kodon stop merupakansalah satu dari tiga kodon yaitu UAG,
UUA atau UGA. Kodon akhir disebut juga engan kodon terminal yang tidak menyandikan asam
amino. Kodon akhir menyebabkan proses translasi berakhir dengan bantuan faktor pelepasan
untuk melepas ribosom. Pada gambar dibawah ini kita dapat melihat CDS, kodon start dan kodon
stop

Lebih jelasnya:

ORIGIN
1
61
121
181
241
301
361
421
481
541
601
661
721
781
841
901
961
1021
1081
1141
1201
1261
1321
1381
1441
1501
1561
1621
1681

gcggcggctg
ggagtcccgc
cttcggtcac
acggctccaa
gtgctacatc
aagtgttaaa
gcctctcaca
gtctggtcct
attacagtga
tacatgaaaa
cagccccaga
aagtgctcat
gttgtgccta
tttgtggatt
tgaattgtga
acttggtcag
tccagcatcc
agaagctcca
cctcttcccg
ctagccgaga
gagagaaaat
tgaaggtgca
aaatggtgcc
gcctagcaga
gaagctctgc
cagcttcctt
gaaaggtgtg
acatatatac
gtgtcttcta

gcggccggct
tgcgaagatg
cgccagtgcg
cagggatgcg
cattgtgtac
gaaaacagtg
tccaaacatt
agaactcgtc
gcgagatgct
tgggattgtc
tgcaccactc
gaagacagta
tggacctgag
tgaaccattc
atattacttt
aaaattaatt
gtgggtcaca
agaattcaat
cctgggaagt
cccttctcca
tcaaggcgat
agccttagag
caaggcagtg
ggagaagctg
tgtgggtttt
cagatctgga
gaagcatgat
cagttggtaa
tggcatgtaa

tctcgctcgg
ctcaaagtca
gccccgggga
ctgagcgatt
agatgcaaac
gacaaaaaaa
ataaaactta
acaggaggag
gcagatgccg
catcgtgatc
aaaatcgctg
tgtggaaccc
gtggacatgt
tatgatgaaa
atctccccct
gttttggatc
ggtaaagcag
gcccggcgta
gccagcagca
atccaagatg
ggggcccaag
aaagttaaag
gaggatggga
aagactgtgg
gaagttccac
agccaaacac
atgtactata
ttctaacttc
tggataccta

gcagcggcgg
cggtgccctc
ccgcgagcct
tcttcgaggt
agaaggggac
tcgtaagaac
aagagatatt
aactgtttga
ttaaacaaat
tcaaaccaga
attttggact
cagggtactg
ggtctgtagg
gaggcgatca
ggtgggatga
caaagaaacg
ccaattttgt
agcttaaggc
gccatggcag
gcaacgagga
ccgcagttaa
gtgcagatat
taaaggtggc
aggaggcagc
agcaagatgt
cggcatttta
gtgattctgt
aatgcatgtg
ataccgatga

cggcggcggc
ctgctccgcc
cgtcccggat
ggagtcggag
ccagaagcct
tgagatagga
tgaaacccct
taggattgtg
cctggaggca
gaatcttctt
ctctaaaatt
cgcacctgaa
aataatcacc
gttcatgttc
agtatctcta
gctgactaca
acacatggat
agcggtgaag
catccaggag
catgaaagct
gggggcacag
aaatgctgaa
tgacctggaa
agctcccaga
gatcctgcca
tgtactttgt
ttttgaggtg
actgctttat
gttaaatctt

ggcggcttcc
tcgtcctgct
tactggatcg
ctgggacggg
tatgctctca
gttcttcttc
acagaaatca
gaaaagggat
gttgcttatc
tatgcaactc
gtggaacatc
attcttagag
tacatcttac
aggagaattc
aatgccaagg
tttcaagctc
accgctcaaa
gctgtggtgg
agccacaagg
attccagaag
gctgagctga
gaggccccca
ctagaggagg
gaagggcaag
gagtactaaa
ccttcagcaa
caaaaaacat
gaaaataata
gcaagttaac

Keterangan:
Blok merah adalah start kodon; Blok biru adalah stop kodon
Klik link protein ID, dan mengklik CDD search untuk mengetahui domain fungsional protein
dan protein target. Miosin merupakan keluarga protein motorik yang berhubungan dengan aktin.
Miosin rantai berat terdiri dari satu atau lebih kepala, leher, dan domain ekor. Secara fungsional
miosin juga memperkuat jaringan aktin oleh silang serat aktin. Miosin menggunakan ATP untuk
menghasilkan energi sehingga memulai kontraksi otot dengan memaksa kepalanya ke arah serat

aktin. Satu molekul myosin menghasilkan sekitar 1,4 pN kekuatan ketika perubahan
dikonfirmasi.
Pada gambar bawah ini kita bias melihat domain protein :
Domain
protein

Kemudian membuka OMIM dengan ini bias diketahui penyakait terkait dari protein CAMK4

Penyakit mengenai protein CAMK4 yaitu pada jalur glikogenasi atau pembentukan
glikogen. Dimana tanpa adaya CAMK4 jalur glikogenasi akan terhambat. Penyakit timbunan
glikogen adalah istilah umum untuk menggambarkan sekumpulan penyakit yang diturunkan
yang ditandai dengan timbunan glikogen jenis atau jumlah yang abnormal dalam jaringan. Juga

telah dilaporkan adanya defisiensi adenylyl kinase dan protein kinase yang tergantung cAMP.
Beberapa keadaan ini dapat diperingan dengan transplantasi hepar.

Untuk struktur sekunder dari CAMK4 lebih tepatnya dengan kode gen 5F8K tidak tersedia
sehingga kelengkapan struktur belum ada.

Tranduksi sinyal dengan penentuan pathways juga ditentukanpada protein CAMK4. Caranya
dengan membukahttp://cgap.nci.nih.gov/Pathways, kemudianpilih pathway searcher akan
tampak hasil pathways dari protein tersebut. Untuk melihat legend dari pathways maka pilih ikon
H pada hasil penelusuran pathways searcher.

BAB V
KESIMPULAN
5.1 Kesimpulan
1. Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang merupakan perpaduan
antara biologi dan juga teknologi informasi. Ilmu ini mengajarkan aplikasi, analisis,
dan mengorganisir miliaran bit informasi genetik dalam sel mahluk hidup. Studi
bioinformatika terutama didukung oleh studi genomik, biologi komputasi, dan
teknologi computer.
2. Mencari sekuen DNA, sekuen asam amino, struktur protein, dan domain fungsional
protein dapat melalui www.genenames.org, selain itu juga dapat mencari Entrez Gene
(untuk mengetahui informasi mengenai gen), GenBank (untuk mengetahui sekuen
nukleotida), Pathways (untuk mengetahui pathways suatu protein), CDD Search Result
(untuk mengetahui domain fungsional protein), NCBI Squence Viewer (untuk
mengetahui letak gen dalam kromosom), OMIM (untuk mengetahui penyakit terkait
dengan protein yang dicari).
3. Mencari struktur sekunder suatu protein dapat melalui www.pdb.org.
4. Penyakit pada gen CAMK4 adalah penyakit timbunan glikogen.
5.2 Saran
Protein yang akan dicari sebaiknya disesuaikan dengan materi pada praktikum karena
banyak protein yang datanya belum lengkap, sehingga perlu peninjauan kembali.

DAFTAR PUSTAKA
Campbell, N. A., J. B. Reece, L. G. Mitchell. 1999. Biology fifth edition., Benjamin Cummings.
Gong, Sungsam., Park, Changbun,. Hansol, Choi., Ko, Junsu., Jang, Insoo., Jungsul, Lee.,
Bolser, Dan M., Oh, Donghoon., Kim, Deok-Soo., and Bhak, Jong. 2005. A Protein
domain interaction interface database: InterPare. BMC Bioinformatics Vol.6: 207
Hooman H. Rashidi&Lukas K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. UnitedStates of America:
CRL Press LLC
James D. Tisdall. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. United States of America : O'Reolly
Media.
www.ncbi.nlm.nih.gov
www.genename.gov
www.pdb.org