Anda di halaman 1dari 12

ISOLASI GENOM DENGAN METODE

RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)


LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MOLEKULER

SITI MARIYAH
P051140151

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI


SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

1 PENDAHULUAN
Gen adalah satuan biologis yang membawa sifat keturunan. Gen terletak secara
spesifik dalam lokus-lokus kromosom dan mempunyai tiga sifat dasar: (1) gen
mempunyai fungsi spesifik dalam sel dan organisme seutuhnya, (2) gen harus mampu
menggandakan dirinya secara tepat sehingga spesifikasi fungsinya selalu dapat
dipertahankan dari satu generasi ke generasi selanjutnya, dan (3) dalam keadaan
normal, gen merupakan molekul yang stabil, namun dalam menghadapi perubahan
lingkungan, gen dapat bersifat sensitif atau rentan sehingga dapat menimbulkan mutasi
pada urutan basa nukleotidanya. Gen adalah unit hereditas suatu organisme hidup.
(Fatchiyah et al, 2011)
Asam nukleat adalah makromolekul pertama yang berhasil diisolasi dari dalam
inti sel. Makromolekul adalah molekul besar dengan jumlah molekul lebih dari 1000
yang disusun oleh molekul-molekul dasar atau subunit yang lebih kecil. Molekul ini
menyimpan informasi pertumbuhan sel dan reproduksi. Hidrolisis asam nukleat
menghasilkan nukleotida yang merupakan monomer pembangun asam nukleat.
Nukleotida disusun oleh tiga komponen utama, yaitu gula, basa, dan fosfat (Hart 2003).
Asam nukleat dalam sel terdiri atas Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) dan Ribo
Nucleic Acid (RNA). Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil
tambahan pada cincin gula ribosa (sehingga dinamakan ribosa). Basa nitrogen pada
RNA sama dengan DNA, kecuali basa timin pada DNA diganti dengan urasil pada
RNA. Jadi tetap ada empat basa nitrogen yakni adenin, guanin, sitosin, atau urasil untuk
suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda
sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya (Poedjiadi &
Supriyanti 2006).
Isolasi DNA merupakan tahap pertama dari berbagai teknologi analisis DNA.
Untuk mengekstrak DNA diperlukan langkah-langkah laboratorium untuk memecahkan
dinding sel dan membran inti sel, yang dilanjutkan dengan pemisahan DNA dari berbgai
komponen sel yang lain. Pada saat melakukannya, DNA harus dijaga agar tidak rusak
dan didapatkan DNA dalam bentuk rantai yang panjang. (Fatchiyah et al, 2011).
Penanda molekuler banyak digunakan dalam analisis keragaman genetik
tumbuhan, salah satunya adalah Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Teknik
ini digunakan untuk mengidentifikasi genotipe tumbuhan, karena memiliki kelebihan
dalam pelaksanaan dan analisisnya. Dibandingkan dengan penanda DNA yang lain,
seperti Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) dan Simple Sequence
Repeats (SSR), teknik RAPD lebih murah, mudah dilakukan, cepat memberikan hasil,
menghasilkan polimorfisme pita DNA dalam jumlah banyak, tidak memerlukan
pengetahuan tentang latar belakang genom yang dianalisis dan mudah memperoleh
primer acak yang diperlukan untuk menganalisis genom semua jenis organisme (Tingey
et al., 1994).

TUJUAN

Tujuan dilakukannya praktikum ini adalah untuk mengetahui dan mengenal


analisa kekerabatan filogenetik dengan menggunakan marka molekuler RAPD.

2 METODOLOGI
Tempat dan Waktu
Praktikum ini dilakukan pada tanggal 16, 23, 30 September, dan 7 Oktober
2014, bertempat di laboratorium Biorin, gedung Pusat Antar Universitas lantai 4, IPB
Bogor.
Bahan
Bahan yang digunakan dalam praktikum dengan menggunakan sampel
tumbuhan adalah sample nanas dari 5 pohon yang berbeda, nitrogen cair, polivinil
pirrolidon (PVP) 2%, 0.2% -Merkaptoetanol, 600l CTAB, kloroform:isoamilalkohol
(C:I) 24:1, PCI (fenol kloroform, isoamilalkohol) 25:24:1, NaOAC 2M pH 5.2, EtOH
100%, EtOH 70%, ddH2O, RNAse, agarosa, bufer Tris Acid EDTA (TBE) 0.5x,
Etidium bromida (EtBr) 1% (w/v), loading buffer (Bromfenol biru 2.5%:sukrosa 40%),
marker 1 kb plus DNA ladder, complete buffer, dNTPs, dan Taq DNA Polimerase, 3
primer yaitu OPA02 dengan urutan sekuensnya 5 CAGGCCCTTC 3, OPA03 dengan
urutan sekuensnya 5 TGCCGAGCTG 3, dan OPA04 dengan urutan sekuensnya 5
AGTCAGCCAC 3.
Bahan-bahan yang digunakan untuk praktikum dengan menggunakan sampel
hewan dalam praktikum ini adalah 3 ekor ikan mas, potongan daging ayam, nitrogen
cair, buffer lisis yang mengandung proteinase K, es, NaCl 5N, RNAse, isopropanol,
EtOH 70%, ddH2O, agarose 1%, buffer TAE, loading dye, marker , ethidium bromide
(EtBr), ddH2O, Taq DNA polymerase, buffer taq 10X, dNTPs, primer untuk daging
(OPA5 dan OPA7), primer untuk ikan (OPA11 dan OPA 17)
Alat
Alat-alat yang digunakan adalah dalam teknik isolasi genom dan PCR adalah
micropipet ukuran 10, 200, dan 1000 l; tip; mortar; sudip; tube ukuran 1,5 ml;
inkubator; sentrifusee; vacuum dry; timbangan; penangas air; spektrofotometer UV-VIS;
cetakan gel; sisir gel; Erlenmeyer; gelas piala; gelas ukur; microwave; parafilm; power
supply; perangkat elektroforesis; UV Transilluminator dan kamera, serta mesin
thermocycler /PCR.
Metode Pelaksanaan
Isolasi DNA Nanas

Langkah awal yang dilakukan untuk memperoleh sampel DNA dari daun nanas
dengan menggerus 0.05 gram potongan daun nanas. Penggerusan dengan menggunakan
mortar dengan dibantu oleh nitrogen cair agar sel tidak rusak. Sampel dimasukkan ke
dalam tube yang berisi CTAB sebanyak 600 l 0.2 % mercapto etanol 2 % PVP
(polyvinylpyrrolidone) dan diinkubasi pada suhu 650C selama 20 sampai 30 menit.
Sampel ditambahkan dengan Cloroform Isoamilalkohol (C:I;24:1) sebanyak 600 l,
kemudian dibolak-balik sebanyak 6 sampai 8 kali. Sampel dimasukkan kedalam unit
sentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Supernatan hasil
sentrifugasi diukur volumenya dan dipindahkan ke tube baru. Volume supernatant yang
diambil selanjutnya dinotasikan dengan v. Sampel pada tube baru ditambahkan dengan
PCI (Phenol Cloroform Isoamilalkohol (P:C:I;25:24:1) sebanyak v, kemudian dibolakbalik sebanyak 6 sampai 8 kali. Sampel dimasukkan kedalam unit sentrifugasi selama
10 sampai 15 menit dengan kecepatan putara 10.000 rpm, kemudian supernatant hasil
sentrifugasi di ambil dan dimasukkan kedalam tube baru. Sampel ditambahkan dengan
EtOH 100% sebanyak 2 kali v dan NaOH 2M pH 5,2 sebanyak 0,1 kali v. Sampel
dimasukkan kedalam freezer selama minimal 2 jam. Sampel dimasukkan kedalam unit
sentrifugasi yang didukung dengan pengaturan untuk suhu rendah selama 15 menit pada
suhu 40C. Supernatant hasil sentrifugasi dibuang, sedangkan tube yang mengandung
pellet ditambahkan dengan EtOH 70%. Sampel disentrifugasi selama 5 menit selama
10.000 rpm. Supernatant hasil sentrifugasi dibuang, sedangkan tube yang mengandung
pellet dikeringkan dengan vacuum drying sampai kering, biasanya selama 10 menit.
Sampel ditambahkan dengan 20 l ddH2O dan 4 l RNAse, kemudian diinkubasi
selama 10 menit pada suhu 370C. Pekerjaan dilanjutkan dengan menghilangkan aktivitas
RNAse dengan cara menginkubasi sampel pada suhu 700C selama 10 menit.
Isolasi Genom dari Ikan dan Ayam
Praktikum isolasi genom dari ayam dan ikan menggunakan sampel yang berasa
dari potongan daging segar. Potongan daging ini lalu digerus dengan dibantu oleh
nitrogen cair agarsel dalam daging tidak ikut rusak. Sampel dimasukkan kedalam tube
yang berisi buffer lisis yang mengandung proteinase K sebanyak 350 l. Sampel
kemudian diinkubasi selama 15 menit pada suhu 55 0C dan dibolak-balik (invert) setiap
5 menit. Setelah itu, sampel didinginkan di dalam es selama 10 menit, kemudian
ditambahkan NaCl sebanyak 150 l dan dibolak-balik. Sampel dimasukkan kembali ke
dalam es selama 5 menit. Sampel kemudian dimasukkan kedalam unit sentrifugasi
selama 10 menit dengan kecepatan putaran 10.000 rpm. Supernatant dari hasil
sentrifugasi diambil dan ditambahkan 4 l RNAse. Sampel diinkubasi selama 15 menit
pada suhu 370C. Sampel kemudian ditambahkam dengan isopropanol sebanyak 350 l
dan dibolak-balik sebanyak 6 sampai 8 kali. Sampel dimasukkan kedalam sentrifugasi
selama 20 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Supernatant hasil sentrifugasi dibuang,
kemudian dimasukkan 500 l EtOH 70% kedalam tube. Sampel dimasukkan kedalam
unit sentrifugasi selama 5 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Supernatant hasil
sentrifugasi dibuang, sedangkan tube yang berisi endapan dikeringkan dengan unit
vacuum drying selama 15 sampai 20 menit. Tube kemudian ditambahkan dengan 20 l
ddH2O.

Pengukuran Kualitas dan Kuantitas DNA


Setelah DNA stock diperoleh, langkah selanjutnya adalah melakukan uji
kuantitatif
dengan menggunakan spektrofotometer dan uji kualitatif dengan
menggunakan elektroforesis.
Sampel nanas dan daging sebanyak 5 l diencerkan dengan ddH 2O 695 l,
volume ini disesuaikan dengan volume cuvette yaitu sebesar 700 l. Kemurnian isolat
kemudian dibaca menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm
untuk mengetahui kemurnian dan konsentrasi DNA dan 280 nm untuk mengetahui
kemurnian dan konsentrasi untuk protein.
Amplifikasi DNA Genom Tumbuhan dan Hewan
Sampel hasil isolasi genom dilanjutkan dengan analisis RAPD. Analisis RAPD
dilakukan dengan membuat volume 10 l reaksi PCR yang mengandung 100 g DNA
dari setiap jenis nanas, ikan dan ayam, 0.2 l primer DNA, 1 l 2mM dNTP, 5 Unit (0.2
l) Taq polimerase 10x buffer PCR, 6.3 l ddH2O. Sampel nanas menggunakan primer
OPA 2, OPA 3 dan OPA 4 dari Operon Technologies (Alameda, CA). Sampel ikan
menggunakan primer OPA 11 dan OPA 17. Sampel ayam menggunakan primer OPA 5
dan OPA 7. Reaksi amplifikasi DNA dilakukan menggunakan Perkin Thermocycler
ABI-Biosystem. Program PCR terdiri dari 1 siklus pada 94C selama 5 menit
(PreDenaturasi); 40 siklus pada: 94C selama 1 menit (Denaturasi), 32C selama 3
menit (Annealing), 72C selama 2 menit (Ekstension); 1 siklus pada 72C selama 7
menit (Postekstension); diakhiri dengan inkubasi pada 25C. Produk PCR kemudian
dielektoforesis dengan agarose 1% (Promega) dan divisualisasikan di atas UV
transilumimator kemudian didokumetasikan dengan alat Geldoc.
Amplifikasi isolate DNA manusia dilakukan dengan menambahkan Primer
D1S80_F dan D1S80_R pada sampel. Sebanyal 1 l sampel DNA ditambahkan 5 l
master mix yang berisi 2 l PCR buffer yag mengandung Mg +, 1,6 L dNTP-Mix, 2 L
D1S80 Primer-Mix, o,5 L enzim Taq Polymerase, dan aquadest. Campuran lalu
dimasukkan ke dalam sumur-sumur gel agarosa yang direndam dalam running buffer
TAE 1x, sebelumnya telah dimasukkan 1 kB DNA ladder sebagai marker juga kontrol
positif dan kontrol negatif.
Amplifikasi dilakukan dalam 3 tahap. yaitu tahap denaturasi pada suhu 94 oC
selama 6 detik , annealing pada suhu 55oC selama 60 detik, sintesis DNA pada suhu
72oC selama 6 detik. Amplifikasi dilakukan sebanyak 30 siklus menggunakan mesin
thermocycler. Putaran terakhir berlangsung selama 5 menit pada suhu 72 oC. seluruh
proses berlangsung selama 2 jam.
Isolat hasil PCR lalu dianalisis menggunakan elektroforesis dengan cetakan gel
agarosa 1% dalam buffer TAE 1x. sebanyak 10 l larutan DNA hasil amplifikasi
dimasukkan ke dalam sumuran gel agrosa kemudian dialiri arus listrik 100 volt selama
30 menit. Gel agarose kemudian direndam dalam larutan EtBr, sehingga pita dapat
dilihat dengan bantuan mesin UV Transiluminator.
Analisis Keragaman

Analisi keragaman dilakukan dengan melihat hasil visualisasi elektroforesis. Data


dihitung dengan melihat ada tidaknya pita yang terbentuk. Program yang digunakan
untuk membuat pohon filogenetik adalah program NTSYS (Numerical Taxonomy
System)

3 HASIL DAN PEMBAHASAN


Proses isolasi DNA dimulai dengan menghancurkan jaringan sehingga sel dapat
diperoleh. Proses ini dilakukan dengan menyiram jaringan dengan nitrogen cair sebelum
digerus dan ditambahkan lysis buffer. Hal ini sesuai dengan pendapat Fatchiyah, et al
(2011).
Berbagai teknik analisis dalam pemuliaan tanaman dan biologi molekuler yang
berdasarkan pada hibridisasi molekuler atau Polymerase Chain Reaction (PCR)
membutuhkan DNA dalam jumlah yang cukup dan kualitas yang baik. Oleh karena
kandungan senyawa sekunder dalam sel tanaman berbeda-beda, maka setiap tanaman
membutuhkan prosedur isolasi yang optimum agar diperoleh DNA genom yang dapat
digunakan sebagai bahan dalam analisis molekuler. Optimasi prosedur tersebut dapat
dilakukan terhadap komposisi larutan buffer lisisnya ataupun teknik penanganan fisik
dalam pemisahan DNA genom dari senyawa lain. Pada prinsipnya optimasi prosedur ini
bertujuan melindungi DNA genom dari degradasi akibat senyawa sekunder yang
dilepaskan ketika sel dihancurkan atau kerusakan akibat penanganan fisik (Milligan
1992 dalam Restu, 2012).
Proses pengeluaran DNA dari nucleus, mitokondria maupun organel lain
dengan ara diekstraksi atau dilisiskan biasanya dilakukan dengan homogenasi dengan
menambahkan bufer ekstraksi atau bufer lisis untuk mencegah DNA rusak. Pada kondisi
sampel tertentu, untuk membantu lisis dari membran sel/nuleus/organel atau juga
dinding sel, maka sampel daun dimasukkan dulu ke nitrogen cair dan langsung digerus
sebelum ditambahkan bufer ekstraksi.
Untuk membersihkan isolat, DNA lalu diendapkan. Selain oleh etanol,
pengendapat DNA dapat dilakukan oleh isopropanol. Keuntungan penggunaan
isopropanol adalah volume yang diperlukan untuk mengendapkan lebih kecil. Namun
demikian, isopropanol lebih sulit menguap diandingkan dengang etanol, sehingga lebih
sulit pula memisahkannya dari isolate DNA. Kerugian lainnya adalah : di dalam
medium isopropanol garam sodium klorida dan sukrosa lebih mudah mengendap
bersama-sama dengan DNA (Suhartono, 1990)
Berikut adalah hasil analisis kuantitas genom.
Sampel Ikan Nila
Kelompok no. 5
Kelompok no. 9
Kelompok no. 10

Nilai
Absorbans
i pada 260
0,485
0,157
0,172

Nilai
Absorbans
i pada 280
0,272
0,108
0,103

Nilai
Kemurnia
n
1,8
1,5
1,7

Nilai
Konsentras
i
3.395
1.099
1.204

Tabel 1. Hasil spektrofotometer sampel ikan Nila pada 260 dan 280
6

Tabel 1 menunjukkan bahwa nilai konsentrasi DNA tertinggi diperoleh dari


sampel ikan nila dengan nilai 3.395 ng/l sedangkan nilai terendah adalah 1.099 ng/l.
Nilai kemurnian DNA sampel yang diperoleh berkisar antara 1,5-1,8. Sampel dengan
nilai tertinggi diperoleh dari sampel ikan milik kelompok 5 termasuk pada kategori
murni, sebab sesuai dengan nilai harapan untuk tingkat kemurnian yaitu 1,8-2. Dua
sampel lainnya masuk ke dalam kategori tingkat kemurnian rendah sebab memiliki nilai
kurang dari 1,8.
Sampel Daging
Ayam
Kelompok no. 6
Kelompok no. 7

Nilai
Absorbans
i pada 260
0,424
0,082

Nilai
Absorbansi
pada 280
0,647
0,059

Nilai
Kemurnian
0,655
1,390

Nilai
Konsentras
i
2.968
574

Tabel 2. Hasil spektrofotometer sampel daging ayam pada 260 dan 280
Tabel 2 menunjukkan hasil spektrofotometer sampel daging ayam dari kelompok 6 dan
7. Nilai konsentrasi tertinggi diperoleh dari sampel milik kelompok 6, yaitu 2.968.ng/l
sedangkan nilai konsentrasi sampel daging ayam milik kelompok 7 sangat rendah yaitu
574 ng/l. Nilai kemurnian DNA dari kedua kelompok sangant rendah yaitu 0,655 dan
1,390. Nilai yang rendah menunjukkan terdapat pengotor protein dalam sampel.
Sampel nanas
Kelompok no. 1
Kelompok no. 2
Kelompok no. 3
Kelompok no. 4
Kelompok no. 8

Nilai
Absorbans
i pada 260
0,185
0,083
0,133
0,090
1,549

Nilai
Absorbansi
pada 280
0,148
0,069
0,112
0,073
0,936

Nilai
Kemurnian
1,25
1,203
1,188
1,233
1,655

Nilai
Konsentras
i
1.295
581
931
630
10.843

Tabel 3. Hasil spektrofotometer sampel nanas pada 260 dan 280


Dari lima buah sampel yang diisolasi, nilai konsentrasi tertingi diperoleh dari
sampel milik kelompok 8. Sedangkan nilai konsentrasi terendah diperoleh dari sampel
milik kelompok 2, yaitu 581. Nilai kemurnian yang diperoleh kelima buah sampel
bervariasi dengan rentang nilai 1,25-1,655. Seluruh nilai kemurnian DNA sampel
berada pada taraf rendah karena kurang dari nilai standar kemurnian, yaitu 1,8.
Hasil uji kualitas sampel dapat dilihat dari visualisasi hasil elektroforesis sampel
berikut ini.

1 2

3 4 8 1 3 5 5 9

7 6 10

Gambar 1. Hasil elektroforesis genom sampel nanas, daging ayam, dan


ikan. 1,2,3,4,8, sampel kelompok 1, 2, 3, 4, dan 8 (nanas). 1, 3, 5,
marker lamda dengan ukuran 23.000 bp dengan konsentrasi 10 ng, 30 ng,
dan 50 ng.
Pengamatan kualitas DNA dengan elektroforesis gel agarosa 1% bertujuan untuk
mengetahui ada tidaknya DNA, keutuhan DNA hasil isolasi dan tingkat kemurnian
DNA dari kontaminan RNA (Brown, 2002). Dari gambar 1 dapat dilihat bahwa tidak
semua sampel menunjukkan adanya pita DNA. Pada kelompok 1, 2, 3, dan 4 tidak
terbentuk pita. Hal ini diduga karena tidak adanya DNA yang terkadung dalam sampel
atau konsentrasi DNA terlalu rendah. Munculnya usapan (smear) pada hasil milik
kelompok 8, 5, 9, 7, 6, dan 10 menunjukkan bahwa DNA yang terpotong-potong
menjadi ukuran yang lebih kecil.
Hasil analisis elektroforesis RAPD menunjukkan hasil negatif. Hal ini diduga
terjadi karena adanya kesalahan pada proses isolasi. Beberapa hambatan yang dapat
menyebabkan kegagalan analisis elektroforesis antara lain adanya kontaminan dalam
sampel. Kontaminan ini dapat berupa protein atau RNA. Selain kontaminan yang
menjadi hambatan adalah rendahnya konsentrasi DNA dalam sampel dan kesalaha
teknis yang menyebabkan DNA terdegradasi.
Teknik RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) merupakan salah
satu cara untuk menganalisis keragaman genetik melalui amplifikasi genom dengan
menggunkan primer acak tunggal. Teknik analisis ini berbasis PCR (Polymeration
Chain Reaction). Keragaman genetik dilihat berdasarkan polimorfisme pita DNA pada
elektroforesis yang berhasil diamplifikasi. Prinsip dasar RAPD adalah komplementasi
atau kecocokan urutan basa primer dengan urutan basa cetakan. jika terdapat adanya
komplementasi urutan basa antara primer dan DNA cetakan, maka akan terjadi
penempelan pada ujung 3OH utas DNA cetakan. Apabila kedua situs penempelan
primer berada dalam jarak yang dapat diamplifikasi, maka produk PCR akan diperoleh
berupa fragmen atau pita DNA (Tingey dan Tufo, 1993).
Primer yang digunakan pada praktikum ini adalah OPA 2 (5-CAG GCC CTT C3), OPA 3 (5-TGC CGA GCT G-3), dan OPA 4 (5-AGT CAG CCA C-3).
Untuk melatih analisis menggunakan program NTSYS, maka digunakan hasil
penelitian tahun lalu berupa hasil visualisasi RAPD dari sampel nanas.
OPA 2

a b

c d e

OPA 3

i j M k

l m n o p

s t

Gambar 2. Hasil elektroforesis sampel nanas dengan menggunakan primer


OPA 2 dan OPA 3. a, b, c, d, e, f, g, h, i, j, sampel nanas dengan primer OPA2.
M, 1 kB DNA Ladder, k, l, m, n, o, p, q, r, s, t, sampel nanas dengan primer
OPA 3.

OPA 4

Aa ab ac ad ae af ag ah ai aj

Gambar 3. Hasil elektroforesis sampel nanas dengan menggunakan primer


OPA 4. Aa, ab, ac, ad, ae, af, ag, ah, ai, aj, sampel nanas dengan primer
OPA 4, M, marker 1 kB DNA Ladder.
Dari seluruh sampel nanas yang dianalisis, terlihat dari banyaknya pita yang
terbentuk, menunjukkan hasil amplifikasi yang baik. Beberapa sampel masih ada yang
tidak membentuk pita, diduga karena tidak adanya DNA yang terkandung dalam sampel
atau akibat konsentrasi DNA yang terlalu rendah.
Untuk menganalisis data hasil elektroforesis dengan menggunakan program
NTSYS, hal pertama yang dilakukan adalah mengubah hasil visualisasi menjadi Binary
matrix. Simbol 1 menandakan adanya pita pada lokus, sedangkan simbol 0 menandakan
tidak ada pita pada lokus.
Sampel
a
b
c
d
e
f
g
h
i
j

Lokus OPA 2
5 6 7 8 9

0
0
0
0
1
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
1
0

0
0
0
0
0
0
0
0
1
0

0
0
0
0
1
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
1
0

0
0
0
0
1
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
1
0
1
0

0
0
0
0
1
0
0
0
0
0

0
0
0
0
1
0
0
0
1
0

10

11

12

13

14

0
1
0
1
0
0
0
0
0
0

1
0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
1
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
1
0
1
0

0
0
0
0
0
0
1
0
1
0

Tabel 4. Data biner untuk sampel dengan lokus OPA 2

Sampel
a
b
c
d
e
f
g
h
i
j

15

16

17

1
0
0
0
0
0
0
0
0
0

1
0
0
0
1
0
0
0
0
0

1
0
0
0
1
0
0
0
1
0

Lokus OPA 3
18 19 20 21
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0

1
0
0
0
1
0
0
0
0
0

1
1
0
1
0
0
0
0
1
0

0
1
0
0
0
0
0
0
0
0

22

23

24

25

26

1
1
0
1
1
0
0
0
1
0

0
0
0
0
0
0
0
0
1
0

1
1
0
1
0
0
0
0
0
0

1
1
0
1
0
0
0
0
1
0

1
1
0
1
0
0
0
0
1
0

Tabel 5. Data biner untuk sampel dengan lokus OPA 3


Lokus OPA 4
Sampe 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
10

l
a
b
c
d
e
f
g
h
i
j

0
0
0
1
1
0
0
0
1
0

0
0
0
1
1
0
0
0
1
0

0
0
0
1
1
0
0
0
1
0

1
1
0
1
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
1
0
0
0
1
0

1
1
0
1
1
0
0
0
0
0

0
0
0
0
1
0
0
0
1
0

1
1
1
1
0
0
0
0
1
0

0
0
0
0
1
0
0
0
0
0

1
1
1
1
0
0
0
0
0
0

1
1
1
1
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
1
0

0
0
0
0
0
0
1
0
0
0

1
1
1
1
0
0
0
0
0
0

Tabel 6. Data biner untuk sampel dengan lokus OPA 4

Gambar 4. Pohon filogenetik analisis pengelompokkan berbagai jenis nanas


dengan koefisien Similarity (SM) berdasarkan polimorfisme OPA 2, OPA 3 dan
OPA 4.
Gambar 4 menunjukkan bahwa terdapat dua kelmpok kecil yang memiliki
kemiripan yang cukup dekat. Kelompok pertama berisi sampel nanas a, b, dan d.
kelompok kedua berisi sampel nanas c,f, h, j, dan g. sampel nanas e dan i memiliki
hanya sedikit kemiripan disbanding dengan nanas lain. Kemiripan dengan koefisien
Similarity (SM) ini didasarkan pada dominasi ketidakmunculan pita pada hasil
elektroforesis.

4 SIMPULAN
Proses isolasi DNA untuk analisis dengan menggunakan marka RAPD tidak
berhasil dilakukan. Hasil visualisasi yang negative diduga karena adanya kesalahan
dalam proses isolasi yang menyebabkan tidak adanya kandungan DNA dalam sampel
atau konsentrasi DNA yang terlalu rendah.

11

DAFTAR PUSTAKA
Brown, TA. 2002. Genomes 2nd Ed. BIOS Scientific Publishers Ltd: New York.
Fatchiyah. Arumingtyas EL. Widyarti S. Rahayu S. 2011. Biologi Molekular-Prinsip
Dasar Analitis. Penerbit Erlangga. Jakarta
Poedjiadi, A, Supriyanti., 2006. Dasar-dasar Biokimia, UI Press, Jakarta
Restu, M, Mukrimin , Gusmiaty. 2012. Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan Isolasi DNA
Tanaman Suren (Toona SureniMerr.) untuk Analisis Keragaman Genetik
berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Natur
Indonesia [Internet]. [diunduh pada 2015 Des 15]. 14(2):138-142. Tersedia pada
http://download.portalgaruda.org/article.php?article=31648&val=2271
Suhartono, MT. 1990. Metode di dalam Biologi Molekular. Laboratorium Teknologi
Mikrobe dan Biokimia. PAU, IPB. Bogor
Tingey, SV., Tufo, JP. 1993. Genetic analysis with RAPD Markers. Plant Physiology.
[Internet]. [Diunduh pada 2014 Des 28]. 101: 349-352. Tersedia pada
www.plantphysiol.org/content/101/2/349.full.pdf

12