Anda di halaman 1dari 14

I.

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Asam

nukleat

adalah

polinukleotida

yang

terdiri

dari

unit-unit

mononukleotida, jika unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam


nukleat itu disebut dioksiribonukleat (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit
mononukleotida disebut asam ribonukleat (RNA) (Eviana, 2013).
Pada hampir semua organisme, Deoxyribonucleid acid (DNA) adalah
materi genetiknya, kecuali pada beberapa bakteriophage, virus dan beberapa
tanaman yang materi genetiknya berupa Ribonucleid acid (RNA). DNA memiliki
bentuk helix ganda dari dua rantai antiparalel yang mempunyai sekuen
nukleotida yang berkomplementer. Lokasi basa saling berhadapan pada kedua
rantai, adenin hanya berpasangan dengan timin, guanin hanya dengan sitosin.
Sedangkan bentuk alami RNA adalah serat tunggal yang memiliki sekuen basa
yang komplementer dengan DNA, namun basa timin pada DNA diganti menjadi
urasil pada RNA (Fujaya, 2005).
Berdasarkan uraian di atas, maka dapat diketahui bahwa DNA sebagai
tempat materi genetik dan RNA sebagai tempat sintesis protein. Maka dari itu
praktikum
membuat model DNA dilakukan untuk memudahkan manusia memahaminya.
B. Tujuan dan Kegunaan Praktikum
Tujuan dari percobaan ini adalah mengenalkan bagaimana struktur DNA dan
menentukan jenis asam amino yang dibentuk berdasarkan kode-kode dari basa
nitrogen.
Kegunaan

dari percobaan ini adalah

membantu mahasiswa

untuk

memahami struktur DNA dengan bantuan peraga model DNA yang telah dibuat.

II.

TINJAUAN PUSTAKA

A. DNA
Era penemuan materi genetik telah dibuka oleh F Miescher dengan
menggunakan mikroskop sederhana, dia telah menetapkan bahwa bahan aktif
yang ada di dalam nukleus disebut sebagai nuclein. Peneliti ini belum bisa
menetapkan apakah nuclein ini kromosom ataukah DNA. Kromosom ditemukan
pada awal abad ke 19 merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel
eukariot yang nampak pada saat sel mulai membelah. Kromosom berjumlah
diploid pada setiap selnya dan pada autosomal maupun seks-kromosom
membawa gen-gen yang berpasangan kecuali pada kromosom-Y (Fatchiyah dan
Arumingtyas, 2006).

Gambar 1. Diagram skematik kromosom, gen dan struktur heliks DNA.


(Fatchiyah dan Arumingtyas, 2006).
Gen adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam
material genetik organisme yang kita kenal sebagai molekul DNA atau RNA pada
beberapa virus dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal atau
eksternal seperti perkembangan fisik atau perilaku dari organisme itu (Fatchiyah
dan Arumingtyas, 2006).
Molekul DNA membawa informasi hereditas dari sel dan komponen
protein (molekul-molekul histon) dari kromosom mempunyai fungsi penting dalam
pengemasan dan pengontrolan molekul DNA yang sangat panjang sehingga

dapat muat didalam nucleus dan mudah diakses ketika dibutuhkan. Selama
reproduksi, Jumlah kromosom yang haploid dan material genetik DNA hanya
separuh

dari

masing-masing

parental

dan

disebut

sebgai

genom

(Fatchiyah dan Arumingtyas, 2006).


Bukti lebih lanjut bahwa DNA merupakan materi genetik berasal dari
laboratorium ahli biokimia Erwin Chargaff. Saat itu sudah diketahui bahwa DNA
merupakan polimer dari nukleotida-nukleotida yang masing-masing terdiri atas
tiga komponen : basa nitrogen (mengandung nitrogen), gula pentosa yang
disebut deoksiribosa dan gugus fosfat. Basa nitrogen dapat berupa adenin (A),
timin (T), guanin (G), dan sitosin (C). Chargaff menganalisis komposisi basa DNA
dari beberapa organisme yang berbeda (Campbell dkk, 2008).
Pada tahun 1950, ia melaporkan bahwa komposisi dasar DNA berbedabeda dari satu spesies ke spesies lain. Misalnya, 30,3% nukleotida DNA manusia
mengandung basa A, sedangkan DNA dari bakteri E. coli hanya mengandung
26,0% basa A. Bukti kenekaragaman molekular di antara spesies ini yang dahulu
diduga tidak ada untuk DNA hal ini menjadikan DNA sebagai kandidat yang lebih
sesuai untuk materi genetik (Campbell dkk, 2008).
Chargaff menyadari keteraturan yang aneh pada rasio basa nukleotida
dalam satu spesies. Dalam DNA masing-masing spesies yang diteliti, jumlah
adenin kira-kira sama dengan jumlah timin, sedangkan jumlah guanin kira-kira
sama dengan jumlah sitosin. Kesamaan antara jumlah basa A dengan basa T
serta jumlah basa G dengan basa C dalam spesies apapun dikenal sebagai
aturan Chargaff (Chargaffs rules). Dasar dari aturan ini tetap tidak dapat
dijelaskan hingga akhirnya heliks ganda ditemukan (Campbell dkk, 2008).
Ketika mengunjungi laboratorium Maurice Wilkins, Watson melihat suatu
citra difraksi sinar-X terhadap DNA yang dihasilkan oleh kolega Wilkins yang
handal, Rosalin Franklin (Campbell dkk, 2008).

Gambar 2. Foto difraksi sinar-X DNA buatan Franklin. (Campbell dkk, 2008)
Citra-citra yang dihasilkan oleh kristalografi bukanlah gambar sungguhan
dari molekul. Bercak dan sumir yang terlihat pada gambar 2 dihasilkan oleh
sinar-X yang didifraksi (dibelokkan) saat melewati serat-serat berjejer DNA hasil
purifikasi.

Kristalografer

menggunakan

persamaan

matematis

untuk

menerjemahkan pola-pola semacam itu menjadi informasi tentang bentuk tiga


dimensi molekul, dan Watson tahu benar tipe-tipe pola yang dihasilkan oleh
molekul heliks. Penelitian mendalam terhadap foto difraksi sinar-X DNA oleh
Franklin tidak hanya membuat Watson mengethui bahwa DNA berbentuk heliks.
Ia juga mampu memperkirakan lebar heliks dan jarak di antara basa-basa
bernitrogen di sepanjang heliks tersebut. Lebar heliks menunjukkan bahwa heliks
tampaknya tersusun atas dua untai, bertentangan dengan model tiga untai yang
diajukan oleh Linus Pauling tak lama sebelum itu. Keberadaan dua untai itu
melahirkan istilah yang kini akrab kiat sebut sebagai heliks ganda (double helix)
(Campbell dkk, 2008).

Gambar 3. Heliks ganda pada DNA. (Campbel dkk, 2008)


B. Fungsi DNA
Substansi dasar nukleus adalah nukleoprotein yang dibangun oleh senyawa
protein dan asam nukleat. Asam nukleat yang berkaitan dengan hereditas adalah
DNA dan RNA yang bertanggung jawab terhadap sintesis protein serta
mengontrol sifat-sifat keturunan. Dengan demikian fungsi DNA yaitu (Sugiharto,
2005) :
1. Membawa informasi genetik
2. Mengontrol aktivitas baik langsung maupun tidak langsung
3. Berperan dalam proses sintesis protein
4. Membentuk RNA
C. Struktur DNA
Ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini. Struktur-struktur

DNA

tersebut adalah sebagai berikut (Kusuma, 2010) :


1. Struktur primer
DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotida terdiri
dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula pentosa
berupa 2-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa dan

satu molekul fosfat.

Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5 bebas (tidak terikat
nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3 hidroksil bebas atau dengan arah
5

3.

2. Struktur sekunder
Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya sebagai
pembawa informasi genetik adalah komposisi basa penyusun. Pada tahun 19491953, Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk pemisahan dan
analisis kuantitatif keempat basa DNA yang diisolasi dari berbagai organisme.
Kesimpulan yang diambil dari data yang terkumpul adalah :

a. Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan spesies
yang lain.
b. Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesies yang sama
mempunyai komposisi basa yang sama.
c. Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh perubahan usia,
keadaan nutrisi maupun perubahan lingkungan.
d. Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah residu adenin yang
sama dengan jumlah residu timin (A=T) dan jumlah residu guanin yang
sama dengan jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G = C+T yang disebut
aturan Charrgaff.
e. DNA yang diekstraksi dari spesies-spesies dengan hubungan kekerabatan
yang dekat mempunyai komposisi basa yang hampir sama.
3. Struktur tersier
Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul lingkar.
Konformasi ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur
tertutup yang tidak berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari
bakteri, virus dan mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA
dapat berbentuk molekul linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

Gambar 4. Struktur tersier (a). konformasi DNA sirkular (b).


konformasi DNA linear (Kusuma, 2010).
D. Replikasi DNA
Ada tiga jenis replikasi dari DNA (Campbel dkk, 2008) :
1. Model konservatif
Kedua unti induk menyatu lagi seteleha bertindak sebagai cetakan
untuk untai-untai baru sehingga mengembalikan heliks ganda induk.
2. Model semikonsevartif
Kedua induk molekul memisah dan masing-masing berfungsi
sebagai cetakan untuk sintesis untai baru komplementer.
3. Model dispersif
Setiap untai pada kedua molekul anakan mengandung campuran

DNA sintesis yang lama dan baru.


E. Sintesis Protein
Sintesis protein terjadi melalui dua tahap utama, yaitu transkripsi dan
translasi. Transkripsi merupakan proses penyalinan kode genetik dari DNA oleh
mRNA, sedangkan translasi merupakan penerjemahan kode genetik pada mRNA
oleh tRNA (Kusuma, 2010).
Sintesis protein merupakan proses yang rumit dan memiliki pengaturan yang
sangat kompleks serta berlangsung dalam kecepatan yang tinggi. Meskipun
demikian, secara ringkas tahap-tahap dalam sintesis protein dapat dijelaskan
sebagai berikut (Kusuma, 2010) :
a. Kode genetik yang dibawa DNA akan disalin melalui proses transkripsi
untuk menghasilkan mRNA. Utas DNA yang ditranskripsi adalah utas
sense atau kodogen. mRNA yang dihasilkan kemudian akan menuju
sitoplasma dan bergabung dengan ribosom.
b. Asam-asam amino yang ada di sitoplasma akan diaktifkan oleh ATP dan
akan terikat dengan tRNA. Setiap tRNA hanya mengikat asam amino
yang spesifik.
c. tRNA yang telah membawa asam amino akan menuju ribosom. Antikodon
pada tRNA akan berpasangan dengan kode triplet atau kodon yang
dibawa oeh mRNA. Kodon pertama untuk dimulainya translasi ini adalah
AUG yang memberi sinyal pada peralatan penyintesis protein untuk
mentranslasi mRNA di tempat itu. Karena AUG mengkode asam amino
metionin maka sentesis rantai polipeptida juga dimulai dengan metionin.
tRNA ini akan memberika asam aminonya pada bagian ribosom dan tRNA
akan dilepas ke sitoplasma untuk mengangkut asam amino lainnya.
d. tRNA berikutnya, yang telah membawa asam amino, juga akan menuju
ribosom sesuai urutan kodon pada mRNA. tRNA ini juga akanmemberikan
asam aminonya dan bergabung dengan asam amino pertama tadi. Begitu
seterusnya sehingga akan terbentuk rantai panjang asam amino yang

disebut polipeptida. Rantai polipeptida ini pajangnya dapat mencapai


ratusan sampai ribuan asam amino.
e. Pemanjangan rantai asam amino akan berhenti jika telah sampai pada
kodon stop, yaitu UAA, UAG, atau UGA. Ketiganya merupakan kodon
terminal, yaitu kodon yang tidak berkepentingan dengan asam amino,
tetapi mengakhiri pembentukan rantai suatu polipeptida.

III.
A. Waktu dan Tempat

METODOLOGI PRAKTIKUM

Praktikum membuat model DNA dilakukan pada Selasa, 22 September 2015


pukul 14.00 WITA. Adapun tempat pelaksanaannya di Laboratorium Pengelolaan
Kualitas Air Jurusan Perikanan Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan,
Universitas
Hasanuddin, Makassar.
B. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah cutter, spidol dan gunting.
Adapun bahan yang digunakan adalah lem, kertas karton, kertas marmer (hitam,
ungu, hijau, merah, dan kuning) dan sterofom.
C. Prosedur Kerja
1. Menyiapkan alat dan bahan.
2. Menentukan jenis asam amino esensial, start kodon dan stop kodon.
3. Membentuk sterofom dengan menggunakan cutter sesuai dengan bentuk
basa nitrogen, gula pentosa dan gugus fosfat.
4. Menggunting kertas marmer sesuai bentuk pada sterofom.

5. Menempelkan kertas marmer pada sterofom yang telah dibentuk.


6. Setelah semua ditempel sesuai warna dan bentuk, kemudian
menempelkan sterofom tersebut pada kertas karton.
7. Mengurutkan model DNA mulai dari start kodon lalu jenis asam amino
esensial yang dipilih dan mengakhiri dengan stop kodon.

IV.

HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil
Hasil yang diperoleh dari praktikum model DNA yang kami buat sebagai berikut :

Gambar 5. Model DNA yang dibuat


1. Start kodon yang kami gunakan adalah AUG
2. Jenis asam amino esensial yang kami gunakan adalah Histidin (CAC),
Treonin (ACA) dan Lisin (AAA).
3. Stop kodon yang kami gunakan adalah UAA.
B. Pembahasan
1. Perbedaan DNA dan RNA

Dalam melakukan sintesis protein terdapat dua molekul yang bekerja,


yaitu DNA dan RNA. Adapun perbedaan dari kedua molekul tersebut sebagai
berikut :

Tabel 1. Perbedaan DNA dan RNA (Eviana, 2013).


No
Objek

DNA

RNA

.
Inti sel, sitoplasma, dan
1.
2.

Letak

Inti sel
Pita spiral ganda (double

ribosom
Pita tunggal

helix)

helix)

(singel

Bentuk

3.
4.

Komponen gula
Ukuran

5.

Basa nitrogen

Deoksiribosa
Sangat panjang

Ribosa
Pendek
Purin : Adenin, Guanin.

Purin : Adenin, Guanin.


Pirimidin : Urasil,
Pirimidin : Timin, Sitosin.
Sitosin.
Berubah-ubah menurut
Tidak
6.

dipengaruhi

oleh

Kadar

kecepatan

sintesis

kecepatan sintesis protein


protein
Mengendalikan
7.

Fungsi

keturunan

dan

faktor
sintesis

Sintesis protein

protein
2. Sintesis Protein
Proses sintesis protein terbagi menjadi dua tahap, yaitu transkripsi dan
translasi.
a. Transkripsi

Proses ini terjadi di sitoplasma di awali dengan melekatnya enzim


RNA Polimerse pada untaian ganda DNA sehingga ke dua untaian DNA
akan terlepas dan saling memisah. Rantai yang akan di transkripsi adalah
rantai yang berada di sebelah kanan di sebut rantai sense dan rantai
yang tidak di transkripsi atau rantai di sebelah kiri disebut rantai anti
sense. RNA polimerase akan menyusun untaian nukleotida-nukleotida
RNA lalu RNA akan mengalami pertambahan panjang seiring dengan
pembentukan pasangan basa nitrogen DNA. Pada RNA, basa pirimidin
timin akan di ganti oleh basa pirimidin urasil sehingga basa purin adenin
akan berpasangan dengan basa pirimidin urasil dan basa purin guanin
tetap akan berpasangan dengan basa pirimidin cytocin. Setelah itu,
untaian DNA yang terpisah tadi akan kembali seperti semula dan enzim
RNA polymerase akan terlepas lalu terbentuklah mRNA yang membawa
pesan atau kode genetik. Setiap tiga urutan basa nitrogen pada
nukleotida mRNA di sebut dengan kodon. Misalnya (Fatchiyah dan
Arumingtyas, 2006) :
TAC GTG TGT TTT ATT

rantai sense DNA

AUG CAC ACA AAA UAA

mRNA

b. Translasi
mRNA yang membawa kode genetik atau kodon akan masuk ke
dalam ribosom. Lalu molekul-molekul tRNA akan mengikat dan membawa
kode asam amino ke dalam ribosom. Ujung tRNA mngandung anti kodon
berupa triplet basa nitrogen, sedangkan ujung yang lain membawa satu
jenis asam amino dari sitoplasma. Asam amino tersebut akan diaktifkan
oleh

tRNA dengan

memasangkan

(Fatchiyah dan Arumingtyas, 2006).

kodon

dengan

anti

kodon

Tahap penerjemahan kodon satu demi satu sehingga dihasilkan


asam-asam amino. Asam-asam amino yang telah terbentuk di hubungkan
dengan ikatan peptida membentuk polipeptida. Tahap penerjemahan
akan berakhir ketika antikodon tRNA bepasangan dengan kodon stop
yang di bawa oleh mRNA. Dengan demikian, rantai polipeptida tersebut
akan membentuk protein. Misalnya (Fatchiyah dan Arumingtyas, 2006) :
AUG CAC ACA AAA UAA

mRNA

3. Tabel Asam Amino


Tabel 2. Tabel Asam Amino

Asam Amino

Kodon

Asam amino

Kodon
UUA, UUG, CUU,
CUC, CUA, CUG

Alanin

GCU, GCC, GCA,


GCG

Leusin

Arginin

CGU, CGC, CGA,


CGG, AGA, AGG

Lisin

AAA, AAG

Asparagin

AAU, AAC

Metionin

Asam
aspartat

GAU, GAC

Fenilalanin

Sistein

UGU, UGC

Prolin

CCU, CCC, CCA,


CCG

Glutamin

CAA, CAG

Serin

UCU, UCC, UCA,


UCG, AGU,AGC

Asam
glutamat

GAA, GAG

Treonin

ACU, ACC, ACA,


ACG

Glycine

GGU, GGC, GGA,


GGG

Histidin

CAU, CAC

Isoleusin
Start

Trpytophan

Tirosin

AUG
UUU, UUC

UGG

UAU, UAC UAU,


UAC

AUU, AUC, AUA

Valin

GUU, GUC,

AUG, GUG

Stop

UAG, UGA, UAA

V.

PENUTUP

A. Simpulan
Kromosom tersusun dari DNA dan protein. DNA merupakan molekul yang
menyimpan informasi genetik (genom). Genom DNA tersusun atas gen gen.
Dengan kata lain gen adalah fragmen DNA di dalam kromosom. Ekspresi gen
merupakan proses di mana informasi yang dikode di dalam gen diterjemahkan
menjadi urutan asam amino selama sintesis protein.
Pada sintesis protein untuk menghasilkan ekspresi gen tertentu melalui
serangkaian proses yang sangat kompleks terbagi atas proses transkripsi dan
translasi. Proses sintesis protein dimulai dari AUG yang mengkode asam amino
metionin, CAC yang mengkode asam amino histidin, ACA yang mengkode asam
amino treonin, AAA yang mengkode asam amino lisin, dan akhir dari sintesis
protein yaitu kodon stop UAA.
B. Saran

Ketika menjalani praktikum ada baiknya ditunjang dengan peralatan


praktikum yang memadai agar praktikum lebih memahami kegiatan praktikum.
Selain itu pada saat praktikum seharusnya kita melakukan praktik untuk model
DNA pada ikan agar kami sebagai praktikan mampu menguasai atau paling tidak
mengetahui hal tersebut baik secara teori maupun praktik.

DAFTAR PUSTAKA

Campbel, N. A., J. B. Reece, L. A. Urry, M. I. Cain, S. A. Wasserman, P. V.


Minorsky, R. B. Jackson. 2008. Biologi Edisi Kedelapan Jilid 1. Penerbit
Erlangga. Jakarta.
Eviana,
N.
2013.
Perbedaan
DNA
(https://www.academia.edu).
September
2015 pukul 20.00 WITA di Makassar.

dan
RNA.
Online
pada
Diakses pada Jumat, 25

Fatchiyah, E. L. Arumingtyas. 2006. Kromosom, Gen, DNA, Sintesis Protein, dan


Regulasi. Online pada (http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id).
Diakses pada
Sabtu, 26 September 2015 pukul 17.04 WITA di Makassar.
Fujaya, Y. 2005.
Hasanuddin.
Makassar.

Genetika

dan

Pengembangbiakan

Ikan.

Universitas

Kusuma, S. A. F. 2010. PCR (Polymerase Chain Reaction). Online pada


(https://www.google.co.id/ pustaka.unpad.ac.id). Diakses pada Minggu, 27
September 2015 pukul 06.00 WITA di Makassar.
Sugiharto,
B.
2005.
Kromosom
Manusia.
Online
pada
(https://www.google.co.id.bowo.staff.fkip.uns.ac.id). Diakses pada Sabtu,
26 September 2015 pukul 06.00 WITA di Makassar.