NAMA

: SISKA SHELVIA DEVIANI

NIM

: 4311413048

PRODI

: KIMIA/2013

TUGAS KOMPUTASI BAB 3

1. Salah satu metode kimia komputasi yang digunakan untuk menentukan energi dari
suatu senyawa adalah Mekanika Molekular. Persamaan mekanika molekular
dinyatakan sebagai berikut :

a. Jelaskan makna masing-masing suku dalam persamaan di atas sehingga

dapat dijelaskan kontribusi setiap komponen penentu besaran energy
tersebut.
JAWAB :
E =energy yang berkaitan dengan konformasi tertentu dari molekul. Energy MM
ini tidak memiliki makna sebagai kuantitas tetap, hanya perbedaan energy antara
dua atau lebih konformasi yang mempunyai arti. Persamaan energy MM yaitu :
Eneri = energi rentangan + energy pembengkokan + energy torsi +energy interaksi
tak berikatan.
( 0 )2 = energy rentangan ini didasarkan atas hukum Hooke,
mengontrol kemiringan dari pegas ikatan, sementara 0 adalah panjang ikatan
dalam keseimbangan, persamaan ini mengestimasi energy yang berkaitan dengan
vibrasi di sekitar panjang ikatan kesetimbangan.
( 0 )2 = merupakan parameter pengontrol kemiringan pegas
sudut, sementara 0 =menunjukkan sudut kesetimbangan dan persamaan ini
berkaitan dengan vibrasi di sekitar sudut ikat keseimbangan.
(1 + cos( ) = A merupakan parameter pengontrol amplitude kurva,
parameter n mengontrol periodisitasnya, merupakan sudut torsi.

+ 12
+

= energy tak berikatan memperhitungkan tarikan,

tolakan van des waals dan interaksi elektrostatik, parameter A dan B mengontrol
kedalaman dan posisi dari sumber energy potensialnya untuk suatu pasangan
atom-atom yang berinteraksi secara bukan ikatan
b. Jelaskan kekuatan dan kelemahan metode mekanika molekul dalam
penentuan sifat senyawa.
JAWAB : Kekuatan dan kelemahan metode MM dalam menentukan sifat
senyawa
Kelebihan : mampu dalam menganalisis sifat senyawa untuk yang memiliki massa
molekul tinggi dengan perhitungan yang relative cepat.
Kekurangan : tidak akurat jika digunakan untuk memprediksikan system yang
sifatnya didominasi oleh electron, misalnya keadaan transisi, polarisabilitas, dan
sifat ionisasi.

2. Kestabilan bentuk kursi dan bentuk perahu dari senyawa sikloheksana dapat
ditentukan dengan menentukan struktur yang paling stabil dari bentuk-bentuk
tersebut. Dari perhitungan mekanika molekul dengan medan gaya AMBER,
dihasilkan data energi struktur berikut:
Konformasi

Energi Single point

Energi

teroptimasi

(kkal/mol)
(kkal/mol)
Kursi

3,6094

3,1102

Perahu

14,3245

11,4719

a. Mengapa energi terhitung hasil optimasi selalu lebih rendah dari energi single
point. Jelaskan apa yang terjadi pada proses optimasi.
JAWAB :
Karena energy single point berguna untuk memperoleh energi total dalam kkal mol1
dan gradien akar-purata-kuadrat (RMS) dalam kkal mol-1 -1 untuk konfigurasi saat
itu dari suatu sistem molekular atau dari atom-atom terpilih, sedankan energy dari
hasil optimasi ini komponen yang memberikan kontribusi pada energy dihitung dan
setiap perubahan geometri akan diikuti dengan perhitungan energy selanjutnya proses
ini diulangi terus sampai perubahan dalamenergi antara satu interaksi dan gerakan
selanjutnya berada dibawah harga cut-off. Harga cut-off yang umum adalah

perubahan energy dalam, antara struktur terhitung terakhir dengan struktur terakhir
kedua yang harus lebih kecil dari 0,5 kJ.
Yang terjadi pada saat proses optimasi adalah : Pada menu Compute pilihlah item
Geometry Optimization untuk membuka kotak dialog Molecular Mechanics
Optimization. Pada kotak Algorithm, tersedia lima pilihan metode algoritme (dua di
antaranya tidak aktif) yang dapat digunakan oleh HyperChem untuk menghitung
geometri dengan energi potensial minimum dari suatu sistem molekular atau atomatom terpilih. Kelima metode itu tidak akan dibahas secara rinci dalam penuntun ini.
Untuk tujuan umum, metode Polak Ribiere merupa-kan pengoptimalisasi yang baik,
maka Anda pilih metode tersebut. Baik metode Fletcher-Reeves maupun PolakRibiere melakukan serangkaian pencarian (atau siklus) satu-dimensi-onal dalam arah
gradien konjugat (negatif dari gradien saat itu).
Kotak Termination condition digunakan untuk mengeset kondisi (gradien
RMS atau siklus maksimum) untuk mengakhiri perhitungan. Kisaran praktis untuk
nilai gradien RMS ialah 10-30.1. Nilai kurang dari 10-3 tidak mungkin karena adanya
galat pembulatan numeris, sedangkan nilai lebih dari 0,1 dapat digunakan untuk
perhitungan kira-kira secara cepat. Anda gunakan nilai patokan untuk gradien RMS,
yaitu 0.1. Sementara itu, kisaran praktis untuk jumlah siklus maksimum ialah 100
1000. Anda gunakan pula nilai patokan-nya, yaitu 270 (15 jumlah atom dalam
sikloheksana).
Untuk perubah lainnya, Anda gunakan kondisi patokan, yakni In vacuo aktif
dan Screen refresh period: 1 cycles. Pilihan In vacuo berarti perhitungan dilakukan
tanpa kondisi batas periodik. Ini menjadi satu-satunya pilihan apabila sistem tidak
diset dalam kotak periodik. Pilihan Periodic boundary conditions ialah kebalikan
dari In vacuo, dan hanya aktif jika Anda telah menggunakan pilihan menu Periodic
Box. Sementara itu, Screen refresh period merupakan frekuensi menunjukkan hasil
perhitungan pada ruang kerja selama siklus optimalisasi. Nilainya dapat berupa
bilangan bulat dari 1 sampai 32,767.
Setelah semua peubah untuk optimalisasi Anda set, perhitungan dapat
dilakukan dengan klik-kiri OK. Optimalisasi geometri dimulai, dan informasi tentang
proses itu ditampilkan pada baris status. Setelah beberapa waktu, proses selesai, dan
pada baris status, akan tertera Energy = 1.33 dan Gradient = 0.07. Tampak bahwa
optimalisasi (peminimuman energi) menurunkan gradien dengan sangat bermakna.
Jumlah siklus ialah jumlah arah pencarian yang digunakan, sedangkan jumlah titik
ialah jumlah evaluasi energi dan gradien.

b. Struktur mana yang lebih stabil dari dua bentuk sikloheksana tersebut.
Gambarkan strukturnya. Sebe-rapa besar (kkal/mol) kestabilan bentuk yang
Saudara pilih relatif dari bentuk lainnya.
JAWAB :
Struktur kursi lebih stabil karena Jarak yang sangat dekat untuk atom-atom maka
atom-atom yang tidak berikatan akan menimbulkan apa yang disebut interaksi
tiang-bendera, yang menyebabkan kurang stabilnya konformasi perahu.

TUGAS KOMPUTASI BAB 5

3. Perhatikan data perhitungan kimia komputasi dengan program Hyperchem

menggunakan metode AM-1 tentang kestabilan termodinamik dari kesetimbangan
bentuk keto-enol berikut. Energi yang dimaksud adalah beda energi antara bentuk enol
dan keto.

a. Untuk memprediksi sifat senyawa berdasar perhitungan kimia komputasi selalu

didahului dengan proses optimasi geometri. Mengapa demikian? Apa yang
terjadi selama proses optimasi geometri? Kapan optimasi geometri dinyatakan
selesai?
b. Jika saudara mendapatkan data perhitungan dengan dua metode yang berbeda
(AM1 vs PM3) apakah Saudara dapat secara langsung membandingkan energi
yang berharga negatif lebih akurat? Jelaskan jawabannya!
c. Pada umumnya bentuk enol dari senyawa diketon lebih stabil daripada bentuk
keto. Mengapa demikian?
d. Jelaskan kaitan antara ukuran dari substituen pada atom C-3 senyawa 2,4pentanadion dengan pergeseran keseimbangan ke arah bentuk keto.

e. Jelaskan adanya perubahan kestabilan ekstrem yang dapat terjadi jika gugus
besar seperti finil tersubstitusi pada C-3 untuk bentuk diketo? Gambarkan
struktur senyawa tersebut berdasarkan hasil optimasi.
f. Gambarkan bentuk keto dan enol dari senyawa 3-phenyl-2,4-pentanedion
berdasarkan hasil optimasi struktur dengan program Hyperchem.
Jawab:

a. Suatu molekul harus dioptimasi terlebih dahulu agar memberi kedekatan dengan sifat
molekuler yang dihasilkan dari perhitungan eksperimental. Selama proses optimasi
komponen yang memberikan kontribusi pada energi dihitung. Setiap perubahan geometri
akan diikuti dengan perhitungan energi. Proses ini diulangi terus sampai perubahan dalam
energy antara satu iterasi dan gerakan selanjutnya berada di bawah harga cut-off. Struktur
kemudian dikatakan telah teroptimasi. Seringkali diperlukan untuk mengoptimasi beberapa
onformasi yang berbeda sehingga didapatkan konformasi dengan energy terendah dari
molekul. Dengan demikian perlu dilakukan pengaturan kembali oleh peneliti tentang
konformasi molekul, tidak hanya berdasarkan default computer.
b. Tidak bisa, karena harus dilihat senyawa yang dianalisis. Perbedaan karakteristik dalam
penentuan metode berdasarkan beberapa hal:
Sterik
Keadaan transisi
Spesies yang bermuatan
Radikal
Senyaawa aromatis
Hipervalensi
Ikatan hidrogen
Geometri
Kedua metode tersebut menerapkan teori dasar yang sama merintis NDDO oleh Michael
Dewar sementara di University of Texas di Austin.

Yang berbeda adalah bahwa

bagaimana parameter metode semi empirical guna mengganti bagian-bagian dari

pelaksanaan ab initio penuh teori Hartree Fock.Selain itu mungkin perbedaan paling
penting antara AM1 dan PM3 adalah keterlibatan peneliti dalam proses parameterisasi.
PM3 dikembangkan sebagian besar menggunakan diarahkan proses optimasi matematis

dengan bimbingan sangat berkurang dari pengetahuan kimia atau intuisi, selain itu bahwa
metode Dewar pertimbangkan penting.
Dalam AM1, sejumlah besar nilai digunakan dari spektroskopi untuk beberapa pusat satusyarat dan yang lainnya parameter diperoleh dengan nilai-nilai ini tetap.(Hal ini
dimungkinkan hanya untuk unsur yang lebih ringan dalam Grup Utama) PM3
diperbolehkan semua nilai-nilai ini mengambang, menghasilkan parameter substansial
lebih.
c. Hal ini dikarenakan oksigen lebih elektronegatif daripada karbon, sehingga oksigen
membentuk energi ikatan rangkap yang lebih kuat. Ikatan ganda karbon-oksigen
(karbonil) lebih kuat dua kali lipat daripada ikatan tunggal karbon-oksigen, namun ikatan
ganda karbon-karbon lebih lemah daripada dua ikatan tunggal karbon-karbon.

4. Hasil perhitungan kimia komputasi untuk senyawa metanol dengan berbagai metode
kimia komputasi disajikan dalam tabel berikut:

a. Jelaskan fakta bahwa metode MM+ tidak mampu menentukan secara tepat
momen dipol dari metanol.
b. Jelaskan apa yang dimaksud dengan notasi himpunan basis yang terdapat pada
metode ab initio di atas (STO-2G, 3-21G, 6,31G, 6-31G*, 6-31G**)
c. Pilih himpunan basis mana yang tepat untuk penentuan sifat methanol, jelaskan
alasan saudara.

d. Apakah saudara dapat menggunakan parameter energi total (kolom-2) untuk

menentukan ketepatan metode kimia komputasi dalam penentuan sifat metanol?
Jelaskan.
e. Dengan melihat hasil perhitungan di atas, tentukan metode mana yang paling
tepat untuk menentukan sifat dari metanol. Jelaskan jawaban saudara.
Jawab:
a. Pada perhitungan momen dipol dari metanol yang digambarkan dengan hyperchem
dan dihitung dengan menggunakan MM+ tidak bisa terhitung dengan baik.
Dibuktikan dengan tidak adanya hasil perhitungan momen dipol pada struktur
metanol tersebut.
b. STO-2G
Akronim untuk kemudian S-T-O rbitals ype disimulasikan dengan 2
Gaussians

ditambahkan

bersama-sama.

Fungsi

Gaussian

disesuaikan

untuk

memberikan cocok sama bagusnya mungkin dengan orbital Slater. Ini adalah salah
satu alasan mengapa metode ab initio tidak tepat apa namanya: perhitungan dari
prinsip-prinsip pertama tanpa konsesi untuk diturunkan parameter empiris. STO 2G
dikenal sebagai basis set minimal, yang berarti bahwa hanya sebagai orbital sebanyak
yang

diperlukan

untuk

mengakomodasi

elektron

dari

atom

netral

dan

mempertahankan simetri bola.

Dengan demikian, STO-2G hanya memiliki satu fungsi basis per hidrogen,
lima per atom dari Li ke Ne (1s, 2s, 2p 2p

y, x,

dan 2p z), dan enam untuk elemen baris

kedua Na - Ar (1s, 2s , 2p x, 2p y, 2p z, ). Perhatikan dimasukkannya "inti" orbital, yang

dihilangkan dalam perhitungan semi-empiris. Hanya satu yang paling cocok untuk
jenis tertentu orbital Slater adalah mungkin untuk sejumlah tertentu fungsi Gaussia.
Oleh karena itu, semua set basis STO-2G untuk setiap baris dari tabel periodik adalah
sama, kecuali untuk eksponen fungsi Gaussian. Para eksponen disajikan sebagai
faktor skala, kuadrat yang digunakan sebagai pengali dari eksponen disesuaikan
dalam fungsi aslinya Gaussian terbaik fit. Dengan cara ini, rasio eksponen tetap sama
sedangkan eksponen efektif setiap orbital dapat bervariasi. Basis STO-2G set, dan
lainnya set dasar yang minimal, biasanya cukup baik pada mereproduksi geometri
molekul organik sederhana. Namun, mereka melebih-lebihkan-karakteristik akseptor

untuk cincin kecil. Mereka gagal untuk hal-hal buruk seperti karbokation dan
karbanion.
b. 3-21G
Di sini kita menggunakan basis 3-21G diatur untuk menghitung atom karbon. Ini
berarti kita menjumlahkan 3 gaussians untuk orbital shell batin, dua gaussians untuk
STO pertama orbital valensi dan 1 gaussian untuk STO kedua. Setelah Anda
mengambil file basis set output, Anda bisa menggunakan angka ini untuk menghitung
persamaan Anda. Untuk karbon, Anda akan memerlukan tiga persamaan: orbital 1s,
2s orbital, dan 2p orbital.
c. 6-31G*
* 6-31G menambahkan polarisasi untuk semua atom, dan meningkatkan pemodelan
elektron inti. * 6-31G sering dianggap sebagai kompromi terbaik dari kecepatan dan
akurasi, dan merupakan basis set paling sering digunakan.
d. 6-31G**
Difusi fungsi untuk 6-311G **. 6-311G ** merupakan fungsi yang menambahkan
fungsi polarisasi untuk hidrogen set 6-311G * basis.
c. Himpunan basis yang tepat untuk penentuan sifat metanol adalah INDO. Hal ini
dikarenakan pada perhitungan menggunakan model INDO mendapatkan hasil akhir
yang paling baik dan mendekati hasil akhir dari eksperimen.
d. Iya. Dengan menggunakan parameter energi total pada kolom kedua nantinya kita
akan bisa mendapatkan hasil perhitungan momen dipol, sudut ikatan dan panjang
ikatan yang paling sesuai dengan hasil eksperimen. Apabila hasil perhitungan yang
didapat mendekati hasil dari hasil eksperimen maka dapat diambil kesimpulan bahwa
metode yang digunakan untuk menghitung merupakan metode yang paling tepat dalam
penentuan sifat dari senyawa metanol.
e. Metode yang paling tepat untuk penentuan sifat metanol adalah INDO. Hal ini
dikarenakan pada perhitungan menggunakan model INDO mendapatkan hasil akhir
yang paling baik dan mendekati hasil akhir dari eksperimen.