Anda di halaman 1dari 20

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER


P2
ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
1. Tujuan
a. Mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat mendeteksi hasil ekspresi
gen.
b. Dapat mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan gen
beberapa organisme lain.
2. Dasar teori
Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses ekspresi
gen ditentukan oleh sel itu sendiri, jika sel tersebut membutuhkan suatu protein, maka gen
tertentu akan diekspresikan, namun jika gen tersebut tidak membutuhkan protein maka gen
tersebut tidak diekspresikan. Jadi tidak semua gen akan diekspresikan pada saat yang
bersamaan namun tergantung dari kebutuhan sel tersebut.
Reaksi dasar dari sintesis protein adalah pembentukan ikatan polipeptida antara gugus
karboksil dari asam amino yang akan tumbuh dengan gugus amina dari asam amino bebas.
Reaksi sintesis ini membutuhkan cetakan atau template yaitu mRNA yang diperoleh dari ahsil
transkripsi DNA. Sintesis protein diawali dari proses inisiasi, yaitu berikatanya dua sub unit
ribosom dengan mRNA pada daerah spesifik, yaitu 10-30 nukleotida pada daerah upstream
dan star kodon. Proses inisiasi memerlukan suatu kodon spesifik yaitu AUG ( menyandi asam
amino metionin )
Setelah proses inisiasi selesai maka dilanjutkan dengan terjadinya proses
perpanjangan ( elongasi ). Pada proses perpanjangan rantai polipeptida ini dapat dikatakan
melewati siklus yang terdiri dari tiga tahap. Pertama molekul amina asil tRNA akan terikat
pada A-site yang kosong dengan jalan berikatan dengan kodon dari mRNA yang terdapat
pada A-site. Kedua, gugus karboksil akhir dari rantai polipeptida akan taerlepas dari molekul
tRNA yang ada pada P-site dan membentuk ikatan polipeptida dengan gugus amino dari asam
amino yang terikat pada tRNA dalam A-site. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim peptidil
transferase. Ketiga, peptidil transferase yang baru terbentuk dalam A-site tersebut kemudian
dipindahkan ke P-site saat ribosom bergerak kedepan sepanjang tiga nukleotida dari mRNA.
Pada saat proses translokasi tahap tiga tersebut, tRNA bebas yang semula menduduki P-site

akan terlepas dari ribosom dan siap menerima molekul tRNA yang baru dan mulailah siklus
seperti tadi lagi, proses perpanjangan ini akan terus berlangsung sampai ahirnya ribosom
mengenal salah satu dari tiga stop kodon yakni UAA, UAG, UGA sehingga sintesis protein
akan mengalami terminasi dan rantai polipeptida yang sudah terbentuk tadi akan lepas dari
ribosom.
Seperti telah dijelaskan sebelumnya, protein merupakan polipeptida yang tersusun
atas asam amino. Sekuens asam amino dari masing-masing protein tertentu oleh gen yang
mengkodenya. Gen ditranskripsi menjadi mRNA dan kemudian mRNA ditranslasikan
menjadi protein oleh ribosom. mRNA merupakan nukleotida yang terdiri atas fosfat, gula
deoksi dan basa. Urutan basa yang berbeda akan menghasilkan asam amino dan protein yang
sama, misalnya insulin terdapat pada manusia, babi, kera, kuda, dan beberapa hewan mamalia
lainya. Meskipun fungsi insulin pada masing-masing organism tersebut sama, namun ternyata
memiliki struktur primer yang berbeda, sehingga manusia tidak dapat dengan mudah
memakai produk insulin dari berbagai organisme untuk terapi karena dapat menimbulkan
reaksi antigen antibody.
Oleh sebab itu diperlukan penelitian mengenai homologi protein antar organisme
sehingga dapat dibandingkan kemiripan asam amino yang menyusun protein. Melalui
program blastp yang terdapat pada situs NCBI, kita dapat mencari protein sehomolog dari
berbagai macam organisme. Homologi bukan berarti sama persis, namun terdapat kemiripan
antara satu dengan yang lainnya dengan persen kemiripan tertentu. Untuk tujuan terapi,
misalnya diinginkan suatu protein pengganti dari hewan tertentu, tentu akan dipilih protein
yang memiliki persen kemiripan yang paling tinggi dengan protein yang kita miliki, sehingga
diharapkan reaksi alergi tidak terjadi dan protein tersebut dapat bekerja dengan baik sesuai
yang diharapkan.
Analisis computer sangat penting bagi penentuan lokasi gen dalam rangkaian DNA,
tujuanya adalah untuk pencarian homologi, dengan membandingkan rangkaian DNA dengan
rangkaian DNA lainya. Dasar dari pencarian homologi ini adalah dengan membandingkan
gen-gen yang memiliki kemiripan atau sama sehingga gen baru dapat ditemukan dengan
kemiripan dengan gen-gen yang lain. Homologi gen merupakan salah satu dari revolusioner
ancestor yang dibuka oleh rangkaian yang mirip antara gen-gen. persamaan ini dapat dilihat
dari molekuler filogeni sebagai dasarnya.
Homologi dapat dicari dengan rangkaian DNA tetapi biasanya rangkaian gen tentative
ini dimasukan oleh rangkaian asam amino sebelum pencarian dilakukan. Alasanya adalah
karena asam amino memiliki 20 asam amino yang berbedadalam protein, tetapi hanya 2

nukleotida dalam DNA, jadi gen-gen itu biasanya tidak berhubungan dengan lebih dari satu
asam amino yang lainya.
Software computer yang biasa digunakan untuk analisis homologi gen adalah blast
(basic local alighment search tool ) ( Altshul et al., 1990 ). Analisis ini lebih mudah atau
dengan masuk ke salah satu jaringan DNA database dang kemudian rangkaiannya dapat
dilihat secara langsung. Hasil yang cocok atau positif pada gen yang sudah ada pada database
dapat memberikan indikasi yang jelas tentang fungsi dari gen yang baru atau implikasi dari
gen-gen yang cocok untuk gen lebih halus atau licin. Kenyataanya, gen-gen secara tidak
langsung memiliki segmen-segmen yang pendek yang sama antara yang satu dengan yang
lain. Walaupun gen-gen tidak berhubungan, tetapi protein-proteinya memiliki fungsi yang
sama.
Contoh dari analisis computer adalah tudor domain, memiliki 120 asam amino yang
diidentifikasi pertama kali pada gen Drosophila melonogaster. Di bawah ini adalah struktur
dari tudor protein D. melanogaster, yang di dalamnya terdapat 10 kopian dari tudor domain,
domain ini ditemukan pada protein kedua Drosophila, homoles pada protein ancestor Akinase pada manusia (AKAPI149) yang berperan dalam metabolism RNA. Protein ini
memiliki kesamaan struktur dengan lainya dan lebih tampak dari tudor domain, dan aktifitas
pada masing-masing protein melibatkan RNA. Informasi yang berasal dari analisis computer
tidak lengkap, tetapi titik utamanya adalah tipe dari percobaan itu harus diselesaikan untuk
menghasilkan data lebih jelas lagi tentang fungsi dari tudor domain tersebut.
Kandungan genom inti manusia (Segmen 50-kb pada kromosom 7) Untuk memulai
mengungkapkan tentang komposisi dari genom inti manusia akan dipelajari mengenai
segmen 50-kb pada kromosom 7, segmen ini membentuk bagia dari reseptor lokus sel-T,
wilayah yang lebih besar (685 kb) pada genom yang mempunya protein spesifik dalam
respon imun. Segmen 50kb mengandung informasi genetic sebagai berikut :
Satu gen, gen ini dinamakan TRY4 dan mengandung iformasi untuk sintesis protein
bernama tripsinogen, yang merupakan prekusor inaktif dalam enzim digesti tripsin. TRY4
merupakan salah satu anggota dari kelompok gen tripsinogen yang mengandung dua kluster
pada kesemua bagian ahir dari lokus reseptor sel-T. Gen ini tidak berhubungan dengan
respon imun, dan merupakan contoh gen diskontinyu. Informasinya digunakan untuk sintesis
protein tripsinogen yang terpisah menjadi 5 ekson, dan dipisahkan oleh 4 intron non koding.
Dua segmen gen, mereka adalah V28 dan V29-1, dan merupakan bagian spesifik dari
setiap reseptor protein sel T. V28 dan V29-1 merupakan gen tidak lengkap, hanya satu
segmen dari sebuah gen, dan sebelumnya diekspresikan, mereka harus terhubung dengan

segmen gen lainya dari lokus manapun. Hal ini terjadi pada limfosit T dan merupakan contoh
perubahan permanen dalam aktifitas genom yang muncul sepanjang diferensial sel. V28 dan
V29-1 merupakan gen diskontinyu.
Satu pseudoen, sebuah pseudogen merupakan salinan nonfungsional dari sebuah gen,
biasanya satu sekuens nukleotida dapat berubah sehingga infotmasi biologi di dalamnya
menjadi tidak dapat dibaca. Pseudogen ini dinamakan TRY5 dan pseudogen ini berhubungan
dengan anggota fungsional dari kelompok gen tripsinogen. 52 gen sekuens panjang berulang,
sekuens terdapat di berbagai tempat pada genom. Terdapat 4 tipe utama genom panjang
berulang, dinamakan LINEs ( elemen nuclear panjang yang berselang-seling ), elemen LTR
( ujung panjang yang berulang ) dan tranpor DNA. Dua mikrosatelit, sebutan di atas
merupakan sekuens dimana sebuah motif pendek berulang dalam tandem. Satu dari mikro
satelit dapat dilihat di bawah ini yang mempunyai motif GA berulang sebanyak 16 kali,
sepanjang sekuens :
5- GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
3- CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
Mikrosatelit kedua meliputi 6 motif TATT berulang.
Terakhir, kira-kira 50% dari segmen 50kb pada genom manusia terbuat dari
peregangan non gen, tidak berulang, satu salinan DNA yang belum diketahui fungsinya atau
signifikan. Sesuai dengan informasi biologis yang disimpanya, basis data sekuens biologis
dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun
protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur
untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data utama untuk
sekuens asam nukleat saat ini adalang GenBank (Amerika Serikat),EMBL(Eropa),dan
DDBJ(Dna Data Bank of japan). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertutur data
secara harian untuk menjaga keluasan kecakupan masing-masing basis data. Sumber utama
data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari pariset individual, proyek sekuens
genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data
sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA
atau RNA), nama organism sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan
dengan sekuens asam amino nukleat. Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang
menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (protein informasi resource,USA), SwissProt(EUR), dan TrEMBEL(EUR). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam
UniProt yang didanai sebagian besar oleh AS. Entri dalam UniProt mengandung informasi

tentang sekuens protein, nama organism sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan
komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.
BLAST merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan
basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST pada basis data sekuens memungkinkan gen
sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun
untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST
adalah penyejajaran sekuens. PDB adalah basis data tunggal yang menyimpan model
structural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan
kristalografi-X,spektokrofi NMR dan mikroskopi electron). PDB menyimpan data struktur
sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein
ataupun asam nukleat. Analisis ekspresi genbAnalisis klastering ekspresi gen pada kangker
payudarab Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai
macam teknik. Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala
besar yang mengukur ekspresi banyak gen, bahkan genom dan menghasilkan data skala besar.
Metode-metode pengalian data diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola
informative. Sebagai contoh, metode-metode komprasi digunakan untuk membandingkan
ekspresi diantara gen-gen, sementara metode-metode klastering digunakan untuk mempartisi
data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen.
Basis data sekuens biologis
Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis
dapat

berupa

basis

data

primer

untuk

menyimpan

sekuens

primer asam

nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan
basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data
utama

untuk

sekuens

asam

nukleat

saat

ini

adalah GenBank (Amerika

Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(en) (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga basis
data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan
masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung
dari periset individual, proyek sekuensinggenom, dan pendaftaran paten. Selain berisi
sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung
informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam
nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.
Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein
adalah PIR (Protein

Information

Resource,

Amerika

Serikat), Swiss-Prot (Eropa),

dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang
didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang
sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang
umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut. BLAST (Basic Local
Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan
penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data
sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang
mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk
menemukan gen sejenis

pada

beberapa organisme atau

untuk

memeriksa

keabsahan

hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritmayang
mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. PDB (Protein Data Bank, Bank Data
Protein)

adalah

basis

data

tunggal

yang

menyimpan

model

struktural

tiga

dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinarX, spektroskopi

NMR dan mikroskopi

elektron).

PDB

menyimpan

data

struktur

sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein
ataupun asam nukleat.
Penyejajaran sekuens
Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan
dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil
dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris
sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "") sedemikian rupa
sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuenssekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang
berbeda, "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di
antara kedua sekuens).
ccat---caac
| ||

||||

caatgggcaac
Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan
untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor).
Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan
kesenjangan (gap, tanda "") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence
alignment memberikan hipotesis atas prosesevolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens

tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari
sekuens yang sama "ccatgggcaac". Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat
menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuenssekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi
struktur atau fungsi protein tersebut. Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk
mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu
metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens.
Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur
suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Salah satu penerapan
metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling), yaitu prediksi struktur tersier
protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Pemodelan homologi didasarkan
pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama
lain. Pada metode ini, struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan
struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens
dengan protein target tersebut. Selain itu, penerapan lain pemodelan komparatif
adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens
primer. Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi
daripada sekuens protein selama evolusi; daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein
dipertahankan strukturnya. Pada pendekatan ini, struktur yang paling kompatibel untuk suatu
sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. Metodemetode yang tergolong dalam protein threading berusaha menentukan tingkat kompatibilitas
tersebut.
Dalam pendekatan de novo atau ab initio, struktur protein ditentukan dari sekuens primernya
tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Terdapat banyak kemungkinan dalam
pendekatan ini, misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens
primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular), atau
dengan optimisasi global fungsi energi protein. Prosedur-prosedur ini cenderung
membutuhkan proses komputasi yang intens, sehingga saat ini hanya digunakan dalam
menentukan struktur protein-protein kecil. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi
kekurangan sumber daya komputasi tersebut, misalnya dengan superkomputer (misalnya
superkomputer Blue Gene [1] dari IBM) atau komputasi terdistribusi (distributed computing,
misalnya proyek Folding@home) maupun komputasi grid.
Analisis ekspresi gen

Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai
macam

teknik

(misalnya

dengan microarray ataupun Serial

Analysis

of

Gene

Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen", SAGE]). Teknik-teknik tersebut umumnya


diterapkan

pada

analisis

ekspresi

gen

skala

besar

yang

mengukur

ekspresi

banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode penggalian
data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif.
Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di
antara gen-gen, sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk
mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen.
3. Alat dan Bahan
a. Alat :
Komputer
Charger
Modem
Alat tulis
b. Bahan :
Situs NCBI
Kode gen
NM_000125
NM_006177.3

4. Cara Kerja
A. Analisis ekspresi Gen
Buka situs NCBI

Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen yang akan dianalisis (kode keterangan
homosapiens)

Pilih gen yang akan dianalisis

Copy sekuens dalam region CDS

Buka situs NCBI lagi kemudian klik OFR Finder

Masukan sekuens CDS yang telah di-copy (langkah 4) ke kolom FASTA Format-V

Klik Orf Find, akan muncul 6 frame

Klik frame tersebut satu-persatu maka akanmuncul sekuens asam amino hasil
transkripsi CDS yang telah dimasukan tadi. Carilah frame mana yang merupakan

sekuens gen pengkode protein target dengan mencocokan sekuens asam amino yang
didapat dengan sekuens asam amino pada tampilan awal identitas gen (features)

B. Homologi protein

Buka situs NCBI

Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen yang akan dianalisis (kode keterangan
homosapiens)

Tentukan suatu gen yang akan dianalisis homologi proteinnya

Setelah masuk ke halaman pge sequence viewer, klik link protein.

Copy sequens asam aminonya

Keluar dari halaman tersebut atau buka situs yang sama. Klk menu BLAST

Pilih protein protein blast (Blastp), klik. Paste sekuens asam amino pada kotak
QUERY untuk mencari homologinya.

Tekan BLAST, setelah muncul halaman baru, tekan FORMAT. Akan muncul hasil
format pada new window.

Lakukan analisis lebih lanjut mengenai homologi protein terhadap sekuens asam
amino yang dimasukkan tadi, yaitu pada orgamisme selain homo sapiens,
perhatikan scorenya, kilk masing masing organisme yang sehomolog untuk
membandingkan residu asam aminonya dengan query.

5. Data pengamatan
A. Latihan Analisis Ekspresi gen

Kode Gen

: NM_000125

Nama Gen

: Homo sapiens estrogen reseptor

CDS

: 235...2022

Jumlah AA

: 595 aa

Frame
+1
+2
+2
+3
+3
-1
-2
-2
-3

Start kodon
27
4
2
1
2
3
9
1

Stop kodon
Tga
Tga
Tga
Tga
Taa
Tga
Tag
Tga
Tga

B. Tugas analisis ekspresi gen


Kode

: NM_006177.3

Nama Gen

: homo sapien neural retine leucine zipper

CDS

: 132...845

Jumlah AA

: 237 aa

Frame
+1
+2
-1
-2

Start kodon
6
2
1
2

C. Latihan Homologi Protein


Kode gen

: NM_000125

Nama gen

: homo sapiens estrogen receptor

Stop kodon
Tga
Taa
Tga
taa

Kode protein : NP_000116


No
.
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Description
Estrogen reseptor isoform 1
Estrogen reseptor isoform X2 (pan troglodites)
Estrogen reseptor isoform X2 (pan paniscus)
Estrogen reseptor isoform X2 (pan abelli)
Estrogen reseptor isoform X2 (macaca fascicularis)
Estrogen reseptor isoform X2 (colombus angelensis paliatus)

Maks.
Score
1241
1229
1228
1227
1227
1225

D. Tugas homologi protein


Kode gen

: NM_006177.3

Nama gen

: homo sapien neural retine leucine zipper

Kode protein : NP_006168


No
.
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Description
Neural retina spesifik leucine zipper protein
Neural retina spesifik leucine zipper protein (pongo abeli)
Neural retina spesifik leucine zipper protein (papio anubis)
Neural retina spesifik leucine zipper protein isoform X3 (autus
nacymae)
Neural retina spesifik leucine zipper protein (nomascus
leucogenys)
Neural retina spesifik leucine zipper protein (macaca nemstrina)

Maks.
Score
473
469
467
467
467
465

6. Pembahasan
Pada praktikum ini bertujuan untuk menganalisis ekspresi gen dan mendeteksi hasil
ekspresi gen juga mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan
beberapa organismre lain. Pratikum ini menggunakan kode NM_00125 yaitu homo
sapiens estrogen receptor 1 yang memiliki CDS 235...2022 yang digunakan untuk latihan.
Dan kode NM_006177.3 yaitu homo sapiens neural retina leucine zipper yang memiliki

CDS 132...845 yang digunakan sebagai tugas. Pratikum ini menggunakan fasilitas ORI
Finder (Opening Reading Frame) pada situs NCBI.
Ekspresi gen disebut juga dengan rangkaian atau varian asam amino. Proses ekspresi
gen diawali dengan transkripsi DNA menjadi mRNA yang kemudian menjadi protein.
Analisis ekspresi gen dilakukan dengan cara melihat sekuens suatu gen yang
diekspresikan melalui sintesis protein dalam proses translasi.
Analisis ekspresi gen sebagai latihan dengan kode NM_000125 lalu di lakukan
langkah seperti di cara kerja dan didapatkan hasil 9 frame yaitu +1 dengan 27 start kodon
dan stop kodonnya tga, +2 dengan 4 start kodon dan stop kodonnya tga, +2 dengan 2 start
kodon dan stop kodonnyas tga, +3 tidak ada start kodon dan stop kodon tga, +3 dengan 1
start kodon dan stop kodonnya tga, -1 dengan 2 start kodon dan stop kodonnya tga, -2
dengan 3 start kodon dan stop kodonnya tag, -2 dengan 9 start kodon dan stop kodonnta
tga, -3 dengan 1 start kodon dan stop kodonnya tga.
Analisis ekspresi gen sebagai tugas dengan kode NM_006177.3 lalu di lakukan
langkah seperti di cara kerja dan didapatkan hasil 4 frame yaitu +1 dengan 6 start kodon
dan stop kodonnya tga, +2 dengan 2 start kodon dan stop kodonnya taa, -1 dengan 1 start
kodon dan stop kodonnya tga, dan -2 dengan 2 start kodon dan stop kodonnya taa.
Mencari homolog dari kode NM_000125 sebagai latihan dan dilakukan langkah
seperti di cara kerja, diperoleh hasil 5 spesies yang memiliki score maksimal mendekati
Estrogen reseptor isoform 1 yaitu 1241 sebagai berikut
Estrogen reseptor isoform X2 (pan troglodites)
1229
Estrogen reseptor isoform X2 (pan paniscus)
1228
Estrogen reseptor isoform X2 (pan abelli)
1227
Estrogen reseptor isoform X2 (macaca fascicularis)
1227
Estrogen reseptor isoform X2 (colombus angelensis paliatus)
1225
Kelima Spesies di atas memiliki kedekatan score dengan kode yang dicari. Dan
gambar dari kelima tersebut terdapat pada lampiran.
Mencari homolog dari kode NM_006177.3 sebagai tugas dan dilakukan langkah
seperti di cara kerja, diperoleh hasil 5 spesies yang memiliki score maksimal mendekati
Neural retina spesifik leucine zipper protein dengan score 473 yaiitu sebagai berikut :
Neural retina spesifik leucine zipper protein (pongo abeli)
Neural retina spesifik leucine zipper protein (papio anubis)
Neural retina spesifik leucine zipper protein isoform X3 (autus
nacymae)

469
467
467

Neural retina spesifik leucine zipper protein (nomascus leucogenys)


467
Neural retina spesifik leucine zipper protein (macaca nemstrina)
465
Kelima Spesies di atas memiliki kedekatan score dengan kode yang dicari. Dan
gambar dari kelima tersebut terdapat pada lampiran.

7. Kesimpulan
a. Analisis ekspresi gen kode gen NM_000125 memiliki 9 frame yang mencerminkan
ekspresi gen karena memiliki start kodon dan stop kodon. Sedangkan kode gen
NM_006177.33 memiliki 4 frame yang mencerminkan ekspresi gen karena memiliki
start kodon dan stop kodon.
b. Beberapa organisme yang sehomolog dengan Homo sapiens estrogen antara lain Pan
troglodytes ( simpanse ), Pan panicus ( simpanse kerdil ), Pongo abelii ( Orangutan
Sumatera ), Macaca fascicularis ( monyet kra/monyet ekor panjang ), Colobus
angolensis palliates ( Angola colobus ). Sedangkan organisme yang sehomolog
dengan Neural retina spesifik leucine zipper protein antara lain pongo abeli, papio
anubis, autus nacymae, nomascus leucogenys, dan macaca nemstrina.

8. Daftar Pustaka
Anonim 2016.Buku Petunjuk Praktikum Biologi Sel Molekular.Universitas Wahid Hayim
Semarang
http://www.ncbi.hlm.nih.gov (diakses tanggal 4 april 2016 )
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Erlangga: Jakarta.

Lampiran
1. Analisis ekspresi gen (latihan)
Kode Gen
: NM_000125
Nama Gen
: Homo sapiens estrogen reseptor

2. analisis ekspresi gen (tugas)


Kode

: NM_006177.3

Nama Gen

: homo sapien neural retine leucine zipper

3. Homologi Protein (latihan)


Kode gen

: NM_000125

Nama gen

: homo sapiens estrogen receptor

1. Pan troglodytes ( simpanse )

2. Pan panicus ( simpanse kerdil )

3. Pongo abelii ( Orangutan Sumatera )

4. Macaca fascicularis ( monyet kra/monyet ekor panjang )

5. Colobus angolensis palliates ( Angola colobus )

4. homologi protein (tugas)


Kode gen

: NM_006177.3

Nama gen

: homo sapien neural retine leucine zipper