TUGAS KOMPUTASI BAB 2

Lina Lathifa/4311413041/Kimia rombel 1

Metode Mekanika Molekular

Kelebihan:

Metode empirik
Kelebihan:

Dapat dilakukan dengan cepat Waktu lebih singkat,

dan tidak memerlukan kapasitas mampu
melakukan
computer yang handal.
perhitungan pada molekul
yang lebih besar,
menghasilkan fungsi
gelombang elektronik yg
baik sehingga sifat dapt
diprediksi

Kelemahan:

Metode ab initio
Konsep perhitungan yang
bersifat dari penyelesaian
persamaan Schrodinger yang
secara praktis dapat diprediksi
tentang
keakuratan
dan
kesalahannya.

Kelemahan:

Kebutuhan yg besar terhadap

Tidak
dapat
menjelaskan Memerlukan waktu hitung kemampuan dan kecepatan
membutuhkan
fenomena
kimia
yang yang lama, media simpan komputer,
perhitungan
bergantung
pada
perilaku dan memori komputer waktu
komputasinya
lam
elektron dan medan gaya.
harus besar.
dibandingkan
dengan
perhitungan
yang
menggunakan
pendekatan
mekanika molekul.

1. a. Metode yang cocok untuk menentukan perhitungan sifat-sifat molekul air yaitu metode
semiempiris karena
b. Parameter molekul H2O yang dapat dihitung antara lain: momen dipol, jarak ikatan, sudut
ikatan, dan energi molekul.
Untuk memperoleh parameter molekul air ikuti langkah-langkah berikut :

1. Klik Build , Klik Default Elements, pilih atom O dan klik.

2. Klik Build, Klik Add Hydrogen, Klik Model Build.
3. Klik Setup, klik Semiempiris, Klik Metode : Extended Hckel, Klik Options, set Multiplicity
= 1, Total Charge = 0.
4. Klik File, Klik Start log, tulis nama file = air.log (masukkan ke direktori kerja anda).
5. Klik Compute, Klik Geometry Optimization, set RMS : 0.0001 kcal/mol dan 5000 cycles.
Klik Ok.
6. Klik File, Klik Stop log.
7. Buka Notepad dan Klik File, Klik Open dan buka file air.log.
8. Catatlah energi molekul dan momen dipolnya.
9. Kembali ke windows Hyperchem. Klik Select, Klik Atom. Klik
. Klik atom H kemudian
O dan dicatat jarak ikatnya. Berikutnya Klik atom hidrogen satunya dan catat sudutnya.
10. Langkah 3 - 9 diulangi untuk metode semiempiris yang lain.
2. Pernyataan (a) salah, karena metode mekanika molekular digunakan untuk menganalisis
senyawa dengan masa molekul besar.
Pernyataan (b) benar,
Pernyataan (c) benar, metode Ab initio memerlukan waktu yang lama karena metode Ab
initio menyelesaikan semua persamaan secara eksak dan semua elektron yang ada
diperhitungkan, sehingga memerlukan waktu perhitungan yang cukup lama.
3. a. Suku pertama menggambarkan energi total dalam model Born Oppernheimer, suku kedua
menyatakan interaksi elektrostatik antara elektron dan inti, suku ketiga merupakan tolakan
elektrostatik antar elektron suku ketiga menggambarkan energi kinetik inti dan suku keempat
energi kinetik elektron.
b. jika menggunakan pendekatan Born Oppenheimer suku suku pertama dan keempat
dianggap tetap karena Pendekatan Born Oppenheimer diterapkan dengan pemisahan fungsi
gelombang untuk inti dan elektron. Pendekatan ini didasarkan pada fakta bahwa elektron
begitu ringan relatif terhadap inti sehingga gerakan elektron dapat mudah mengikuti gerakan
inti
4. Penggunaan metode mekanika molekul dalam dalam menentukan pelaksanaan docking
molekul suatu obat dengan suatu reseptor yaitu dengan menghasilkan peta potensial
elektrostatik yang dapat memberikan gambaran trajektori dalam penerapan
proses docking antara obat dan reseptor.

5. Metode semiempiris dapat dioptimasikan untuk keperluan yang berbeda. Metode MNDO,
AM1 dan PM3 dirancang untuk memproduksi panas pembentukan dan struktur dari sejumlah
besar molekul organik. Metode semi empiris yang lain dioptimasi khusus untuk spektroskopi
misalnya INDO, ZINDO atau CNDO yang melibatkan perhitungan CI dan cukup baik dalam
memprediksi keadaan transisi elektronik dalam daerah spektra UV/VIS.