TUGAS MIKROBIOLOGI PANGAN LANJUT

MALDI-TOF SPEKTROMETRI MASSA

SEBUAH TEKNOLOGI BARU UNTUK DIAGNOSIS DAN IDENTIFIKASI MIKROBA

OLEH:
NAMA

: ERIKA ARISETIANA DEWI

NIM

: 156100100111022

PROGRAM MAGISTER TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2015

MALDI-TOF SPEKTROMETRI MASSA : Sebuah Teknologi Baru Untuk Diagnosis Dan

Identifikasi Mikroba
Neelja Singhal1 , Manish Kumar2 , Pawan K. Kanaujia1 and Jugsharan S. Virdi1*
1 Department of Microbiology, University of Delhi, New Delhi, India, 2 Department of Biophysics, University
of Delhi, New Delhi, India

Saat ini cara mengidentifikasi mikroorganisme terbaik adalah menggunakan 16S rRNA
18S rRNA dan sequencing gen. Namun, dalam beberapa tahun terakhir matrix assisted laser
desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) telah muncul sebagai
alat yang potensial untuk diagnosis dan identifikasi mikroba. Selama proses MALDI-TOF MS,
mikroba diidentifikasi dengan menggunakan sel utuh atau ekstrak sel. Proses ini cepat, sensitif,
dan ekonomis dalam hal tenaga kerja dan biaya yang digunakan. Teknologi ini telah siap
digunakan oleh ahli mikrobiologi yang telah melaporkan penggunaan MALDI-TOF MS untuk
beberapa tujuan seperti, identifikasi type strain dan mikroba, studi epidemiologi, deteksi agen
senjata biologis, deteksi patogen air dan makanan, deteksi resistensi antibiotik dan deteksi
patogen darah dan saluran kemih dll. Keterbatasan teknologi ini adalah bahwa identifikasi isolat
baru hanya mungkin jika database spektral mengandung peptida sidik jari massa strain jenis
genera / spesies / sub spesies / strain tertentu. Ulasan ini memberikan ikhtisar tentang status
dan aplikasi terbaru dari spektrometri massa untuk identifikasi mikroba. Hal ini juga
mengeksplorasi kegunaan teknologi baru yang menarik untuk diagnosis penyakit yang
disebabkan oleh bakteri, virus, dan jamur.
Pendahuluan
Informasi genomik dalam sel mikroba diterjemahkan ke dalam lebih dari 2000 protein,
sejumlah besar dapat dipelajari dengan menggunakan proteomik (Wasinger et al., 1995).
Diperkirakan bahwa untuk genom yang mengandung kurang dari 1.000 gen, lebih dari 50% dari
prediksi proteoma mungkin diidentifikasi dari genom. Demikian pula diperkirakan 10% - 30%
proteoma kemungkinan diidentifikasi dari genom yang masing-masing membawa gen ca. 2500
dan ca. 4000 (Jungblut dan Thacker, 2004). Dengan demikian, genom mikroba yang
mengandung 600-7000 gen, diprediksi merupakan sistem menengah yang kompleks di mana
aplikasi proteomik dapat memberikan pengetahuan tentang bagian penting dari proteoma
mikroba ini.
Karakterisasi dan diferensiasi dari proteoma mikroba dikembangkan dan berkembang
dengan metode pemisahan berbasis gel dan gel bebas protein. SDS-PAGE protein sel utuh,
dibantu dengan analisis komputer digunakan dalam beberapa penelitian untuk identifikasi dan
klasifikasi mikroorganisme (Vandamme et al., 1996). Ketika dilakukan dalam kondisi standar,
teknik ini dilaporkan menjadi cukup berhasil. Identifikasi spesies menunjukkan korelasi yang
baik dengan hibridisasi DNA-DNA (Vandamme et al., 1996). Namun, profil protein SDS-PAGE
tidak menjadi populer di kalangan ahli mikrobiologi. Ini mungkin dikaitkan dengan: (a)
kurangnya database yang luas untuk mengetahui identifikasi mikroorganisme, (ii) persyaratan
kondisi yang sangat standar, yang termasuk pertumbuhan mikroorganisme yang tidak diketahui
pada media yang identik, standar kondisi elektroforesis, prosedur pewarnaan, dan analisis pola
berikutnya, (iii) teknik itu tidak cukup tepat untuk membedakan strain yang sangat mirip.
Elektroforesis dua dimensi (2-DE) juga gagal menjadi populer di kalangan ahli mikrobiologi
karena metode ini
menggunakan tangan yang sangat melelahkan, bahkan setelah
ketersediaan produksi gel secara komersial dan software analisis untuk meningkatkan gel
(Cash, 2009). Keuntungan dan kerugian dari pendekatan proteomik kuantitatif lainnya telah
dibahas di tempat lain (Tiwari dan Tiwari, 2014).
Analisis proteome seluler adalah metode yang menempati posisi perantara fenotipikgenotypic dikotomi, sejak produk gen yang mencerminkan fungsi metabolisme protein
dianalisis. Berbagai metode yang dimiliki telah digunakan untuk deteksi mikroorganisme dalam
set-up mikrobiologi klinis, dengan keuntungan dan kerugian yang telah tercantum dalam tabel
1. Peningkatan menggunakan metode sidik jari DNA telah ditegaskan dalam dua dekade
terakhir untuk penerapan dan identifikasi utilitas dan klasifikasi mikroorganisme. Namun,
otomatisasi teknologi proteomik, tahun-tahun terakhir ini telah meningkat melalui penggunaan
dan potensi untuk sejumlah tujuan seperti, penentuan type strain dan epidemiologi, identikasi
mikroba yang menghuni ekosistem tertentu, deteksi agen perang biologis, deteksi air dan
makanan yang mengandung patogen dan deteksi patogen dalam darah dan saluran kemih,

deteksi resistensi antibiotik dll. Ulasan ini memberikan gambaran tentang status dan aplikasi
terbaru dari spektrometri massa (MS) untuk identifikasi mikroba dan mengeksplorasi manfaat
dari teknologi ini untuk diagnosis penyakit yang disebabkan oleh bakteri, virus dan jamur.
Spektrometri Massa
Spektrometri massa adalah teknik analisis untuk menentukan struktur kimia di mana
senyawa kimia terionisasi menjadi molekul berdasarkan perhitungan massa dari molekul
tersebut serta pola fragmentasinya (m/z). Meskipun MS ditemukan pada awal 1900-an dengan
ruang lingkup terbatas pada ilmu kimia. Namun, pengembangan electron spray ionization (ESI)
dan matriks dibantu matrix assisted laser desorption ionization (MALDI) di tahun 1980
meningkatkan penerapan MS untuk analisa molekul biologis yang besar seperti protein. Dalam
ESI dan MALDI, peptida diubah menjadi ion, baik dengan penambahan, atau menghilangkan
lebih dari satu proton. Keduanya didasarkan pada "ionisasi lunak" yaitu metode di mana
pembentukan ion tidak menyebabkan hilangnya integritas sampel secara signifikan. MALDITOF MS memiliki kelebihan tertentu dibanding ESI-MS yaitu (i) MALDI- TOF MS menghasilkan
ion bermuatan tunggal, sehingga interpretasi data mudah dikomparatif dengan ESI-MS, (ii)
untuk analisis oleh ESI- MS, pemisahan sebelum kromatografi diperlukan sedangkan untuk
analisis MALDI-TOF MS tidak diperlukan (Everly et al., 2008). Akibatnya, dengan bahan proses
yang lengkap dan dengan kecepatan otomatisasi yang tinggi telah membuat MALDI-TOF
massa spektrometer adalah pilihan yang jelas untuk analisa proteomik pada skala besar
(Ekstrm et al., 2000).
TABEL 1 | Metode deteksi mikroba yang digunakan dalam mikrobiologi klinik.
No
Metode Deteksi
Keuntungan
Kerugian
1
Konvensional, kultur
Sensitif
Proses memakan waktu
pada media mikrobiologi
Murah
yang panjang
dan identifikasi dengan
Mungkin membutuhkan
uji biokimia
waktu 24-48 jam
2
Metode berbasis
Lebih cepat daripada metode Tidak spesifik, sensitif, dan
imunologi
konvensional
cepat sebagai dasar
Dapat mendeteksi organisme
metode deteksi nukleatacid
yang mencemari dan

Membutuhkan
sejumlah
racunnya
besar antigen
Dikembangkan hanya untuk
sejumlah kecil
mikroorganisme
3
Florescent in situ
Deteksi cepat dan identifikasi Uji dibatasi oleh
hybridization (FISH)
langsung dari slide smears
ketersediaan antigen
Cepat dan kemudahan
spesifik untuk deteksi
penggunaan metode
pewarnaan konvensional
dikombinasikan dengan
kekhususan metode
molekuler
4
Metode berbasis molekular Pembiakan sampel tidak
Cycler termal yang tepat
(i)
Real-time
diperlukan
sangat dibutuhkan
PCR
Spesifik, sensitif, cepat, dan pegawai laboratorium
(ii)
Multiplexakurat
terlatih diperlukan untuk
PCR
Sistem tabung tertutup
melakukan tes
mengurangi risiko
kontaminasi
Dapat mendeteksi patogen
secara bersamaan
5
Sequen/urutan DNA
sequen 16S rDNA dan 18S Diperlukan pegawai

Mikroarray

Uji loop-mediated
isothermal amplification
(LAMP)

Uji metagenomic

MALDI-TOF MS

rDNA adalah standar utama

laboratorium terlatih dan
Dapat mengidentifikasi
interpretasi software yang
kuat
kondisi dan pemilihan

Mahal
mikroorganisme
Tidak cocok untuk
penggunaan klinis rutin
Skala sistem penyaringan
Mahal
pegawai laboratorium
besar untuk diagnosis
simultan dan deteksi
terlatih diperlukan
patogen
Dapat menghasilkan salinan Dikembangkan untuk hanya
besar DNA dalam waktu
sejumlah kecil
kurang dari satu jam
mikroorganisme
Mudah digunakan
Tidak diperlukan peralatan
canggih
Berguna untuk deteksi acak Data akuisisi dan analisis
patogen
data memakan waktu
pegawai laboratorium
terlatih diperlukan
Cepat
Biaya awal yang tinggi dari
Tepat
peralatan MALDI-TOF
Lebih murah daripada
metode deteksi molekuler
dan berbasis imunologi
pegawai laboratorium terlatih
tidak diperlukan

MALDI Prinsip dan Metodologi

Sampel yang akan dianalisis oleh MALDI MS disiapkan dengan mencampur atau melapisi
dengan larutan energi dari absorben dan senyawa organik yang disebut matriks. Ketika matriks
mengkristal pada pengeringan, sampel yang terperangkap dalam matriks juga mengkristal.
Sampel dalam matriks otomatis terionisasi dengan sinar laser. Desorpsi dan ionisasi dengan
sinar laser menghasilkan ion tunggal terprotonasi dari analit dalam sampel. Ion-ion terprotonasi
kemudian dipercepat pada fixed potensial, di mana sampel terpisah satu sama lain atas dasar
rasio massa-analit bermuatan (m / z). Analit bermuatan kemudian dideteksi dan diukur dengan
menggunakan perbedaan jenis analisis massa seperti analisis massa quadrupole, analisa
perangkap ion, analisis time of flight (TOF) dll. Untuk aplikasi mikrobiologi analisis massa
terutama menggunakan TOF. Selama analisis MALDI-TOF, rasio m / z dari ion diukur dengan
menentukan waktu yang diperlukan untuk untuk menghantarkan sepanjang tabung flight.
Beberapa analisis TOF menggabungkan cermin ion di bagian belakang tabung flight, yang
berfungsi untuk memantulkan kembali ion melalui tabung flight ke detektor. Dengan demikian,
cermin ion tidak hanya meningkatkan panjang tabung flight, juga mengoreksi perbedaanperbedaan kecil energi antara ion (Yates, 1998). Berdasarkan informasi TOF, karakteristik
spektrum yang disebut peptide mass ngerprint (PMF) dihasilkan untuk menganalisa sampel
(Gambar 1).

Identifikasi mikroba dengan MALDI-TOF MS dilakukan baik dengan membandingkan PMF

organisme yang tidak diketahui dengan PMFs terkandung dalam database, atau dengan cara
mencocokkan massa biomarker organisme yang tidak diketahui dengan database proteome.
Pencocokan PMF, spektrum MS dari isolat mikroba yang tidak diketahui dibandingkan dengan
MS spektrum isolat mikroba yang diketahui dalam database. Untuk identifikasi mikroba tingkat
spesies, digunakan berbagai type massa m / z 2-20 kDa, yang mewakili protein terutama
ribosom bersama dengan beberapa turunan protein. Pola karakteristik protein ribosom sangat
melimpah, yang mewakili sekitar 60-70% dari berat kering sel mikroba, di kisaran massa 2-20
kDa (Murray, 2012) digunakan untuk mengidentifikasi mikroorganisme tertentu dengan
mencocokkan pola PMF dengan PMFs protein ribosom yang terdapat dalam database. Dengan
demikian dalam banyak kasus untuk spesies dan level strain, identitas mikroorganisme dapat
dibentuk ke genus (Fagerquist et al.,2010). Pendekatan ini banyak digunakan dalam identifikasi
mikroba karena sederhana dan dapat dengan mudah diadopsi dalam laboratorium diagnostik
mikroba, dibantu oleh ketersediaan banyak perpustakaan PMFs organisme komersial.
Identifikasi mikroba dengan mencocokkan biomarker massa dengan massa molekul protein
dengan memperkirakan urutan/sequen genom tidak populer dilakukan di laboratorium diagnostik
mikrobiologi, karena membutuhkan pengetahuan tentang urutan/sequen genom lengkap dari
suatu organisme sebelum prediksi database massa molekul protein bisa dibuat.
Meskipun, kondisi kultur mungkin memberikan efek fisiologi pada mikroba dan profil
ekspresi protein (Welker, 2011) tetapi tidak berpengaruh pada identifikasi mikroba oleh MALDITOF MS. Valentine et al. (2005) kultur tiga bakteri spesies pada empat media kultur berbeda dan
ditemukan identifikasi mikroba dengan kondisi independen kultur oleh MALDI-TOF MS.
Kelompok penelitian lain (Carbonnelle et al., 2007) juga melaporkan bahwa kedua kondisi kultur
dan waktu kultur tidak memberi pengaruh pada identifikasi mikroba oleh MALDI- TOF MS.
Sejumlah senyawa organik telah digunakan sebagai matriks pada MALDI-TOF MS tetapi
untuk aplikasi mikrobiologi, a-siano-4-hydroxycinnamic asam (CHCA), 2,5-dihidroksi asam
benzoat (DHB), dan 3,5-dimetoksi-4-hydroxycinnamic asam (acid sinapinic) paling banyak
digunakan. Larutan matriks terdiri dari air dan campuran organik pelarut yang mengandung
ethanol / methanol atau asetonitril dan asam kuat seperti tri fluoro asam asetat (TFA), yang
melarutkan matriks. Pelarut menembus dinding sel mikroorganisme dan ekstrak protein
intraseluler keluar. Ketika pelarut menguap, 'co-kristalisasi' molekul protein dan senyawa selular
lainnya terperangkap dalam larutan matriks (Horne ff er et al., 2001).
Proses persiapan sampel untuk identifikasi mikroba dengan MALDI-TOF MS tergantung
pada sumber dari mana terisolasinya, atau pada sifat kimia dari konstituen pada dinding sel nya.
Peneliti telah mengevaluasi perbedaan metode persiapan sampel untuk membedakan kelompok
mikroorganisme. Beberapa mikroba mungkin diidentifikasi langsung oleh MS, yang disebut profil
langsung sel (pro filing), sementara untuk beberapa sel lisat lain atau ekstrak sel mentah harus
disiapkan. Dalam identifikasi sel secara langsung, koloni tunggal mikroorganisme diambil dan
dilihat langsung ke plate sampel dan segera dilapisi dengan larutan matriks. Bakteri gram negatif
seperti Neisseria spp. (Ilina et al., 2009), Yersinia spp. (Stephan et al., 2011), dan Vibrio spp.
(Eddabra et al., 2012) yang diidentifikasi oleh MALDI-TOF MS menggunakan profil sel langsung.
Persiapan ekstraksi mikroba dengan asam format (FA) dikabarkan meningkatkan kemampuan
MALDI-TOF MS dalam mengidentifikasi spesies Gram-positif. Penelitian telah melaporkan
bahwa ekstraksi persiapan yang diperlukan untuk identifikasi bakteri Gram-positif dengan
MALDI-TOF MS, tetapi tidak untuk bakteri Gram negatif (Alatoom et al, 2011;. Sa ff ert et al,

2011.). Ekstraksi persiapan mikroba dengan asam format juga digunakan untuk persiapan
sampel spesies bakteri gula-non fermentasi (Mellmann et al., 2008) dan Staphylococcus spp.
(Dubois et al., 2010).
Karena sifat kompleks dari dinding sel aerobik maka actinomycetes, Nocardia dan
mycobacteria memerlukan prosedur pengolahan khusus sebelum analisis MALDI-TOF. Verroken
dkk.(2010) menjelaskan prosedur modifikasi untuk identifikasi dari Nocardia spp. oleh MALDITOF MS. Bakteri dipecah dalam air mendidih, diikuti oleh presipitasi etanol dari protein. Protein
yang diendapkan, dikeringkan, disuspensi dalam 70% asam format dan asetonitril dan dianalisis
oleh MALDI-TOF MS. Para peneliti telah melaporkan perbedaan metode untuk persiapan
sampel untuk identifikasi mikobakteri oleh MALDI-TOF MS, mulai dari profil bakteri untuk
treatmen dengan asam format, keselamatan menjadi perhatian utama bagi penelitian. EI
Khchine et al. (2011) menjelaskan prosedur yang dikombinasikan inaktivasi dan metode
pengolahan. Koloni mikrobakteri dikumpulkan dalam tabung secrew yang mengandung air dan
0,5% Tween 20 yang diinaktif dengan pemanasan pada suhu 95C selama 1 jam. Sampel tidak
aktif disentrifugasi dan divortex dengan kaca beads untuk mengganggu dinding sel mikobakteri,
pelet yang dihasilkan kembali disuspensikan di asam format, asetonitril, dan disentrifugasi lagi.
Akhirnya, supernatan disimpan ke plat target MALDI dan dilapisi dengan matriks.
Seperti dalam bakteri, berbagai metode pengolahan sampel telah diselidiki untuk
identifikasi ragi oleh MALDI-TOF MS, dari mulai ekstraksi persiapan dengan asam format yang
dilaporkan paling cocok (Stevenson et al, 2010b;. Theel et al., 2012). Cassagne dkk. (2014)
mengevaluasi lima metode untuk persiapan sampel untuk hifa jamur dan spora. Mereka
akhirnya merancang protokol dimana jamur yang dibudidayakan pada sabouraud gentamisinkloramfenikol agar selama 72 jam pada suhu 27 C, diekstraksi dengan asam format berikut
inkubasi dalam etanol. Asetonitril ditambahkan, campuran disentrifugasi dan supernatan
digunakan untuk analisis MALDI-TOF MS. Lau dkk. (2013) melaporkan metode berdasarkan
mekanisme lisis untuk persiapan sampel dari jamur hifa dan spora. Spesimen kecil dari isolat
jamur disuspensikan dalam etanol dan zirkonia-silika beads, di vortex kembali dan
disentrifugasi. sampel kembali disuspensi dengan 70% FA, di vortex kembali, dan
disentrifugasi. Supernatan digunakan untuk analisis selanjutnya oleh MALDI-TOF MS. Kedua
metode tersebut dilaporkan memberikan hasil yang baik dalam studi masing-masing. Analisis
sel utuh anggota genus Penicillium menghasilkan sedikit spektrum MALDI, tetapi disuspensi
kembali dengan konidia dan spora pada tri fluoroacetic asam-asetonitril dan dikacaukan dengan
diskriminasi spesies pada glass beads dengan akurasi 100% (Hettick et al.,2008a).
Penemuan matriks yang sesuai, penggunaan seluruh/sel utuh untuk merekam PMF
mikroba dalam kisaran massa khas (m / z) 2-20 kDa, diikuti oleh ketersediaan database yang
didedikasikan untuk identifikasi mikroba telah membuat MALDI-TOF MS menguntungkan
sebagai alternatif untuk identifikasi mikroba. Yang pertama sistem MALDI-TOF MS mampu
mengidentifikasi mikroba, disebut "MALDI Biotyper "dikembangkan oleh Bruker Daltonics.
MALDI Biotyper terdiri dari dasar platform MALDI-TOF, operasi analisis dan software, database
didalamnya dan metode yang sederhana untuk persiapan ekstraksi/sampel (Seng dkk., 2009).
Software dan database yang terintegrasi dengan mudah dengan instrumen Bruker MALDI-TOF
dan operasi yang terkait dan analisis software. Sistem ini juga memungkinkan untuk gradasi
dengan menyediakan pilihan untuk menambahkan organisme pada perpustakaan internal.
Selain itu platform MALDI untuk identifikasi mikroba juga diperkenalkan oleh Shimadzu
bekerjasama dengan bioMerieux. Shimadzu menyediakan instrumentasi dan perangkat lunak
analisis "Launchpad," sementara bioMerieux menyediakan dan mempertahankan Database
terpusat, "SARAMIS" yang bisa terus diperbarui. Kemudian, Andromas memperkenalkan
perbedaan jenis database dan software untuk identifikasi bakteriologis yang kompatibel dengan
kedua Bruker dan instrumen Shimadzu (Emonet et al., 2010). Terobosan terbesar dalam
pengembangan MALDI-TOF MS datang dengan persetujuan peraturan untuk identifikasi bakteri
dan jamur di laboratorium mikrobiologi klinis. Dalam 2 tahun terakhir, sistem MALDI Biotyper CA
(Bruker Daltonics Inc) telah disetujui oleh US Food dan Drug Administration (FDA) untuk
identifikasi kultur bakteri dari spesimen manusia (in vitro diagnosis). Demikian pula, VITEK R
MS (bioMerieux Inc) telah disetujui oleh FDA AS untuk identifikasi kultur bakteri dan ragi (Patel,
2015). Daftar mikroorganisme yang disetujui untuk identifikasi untuk sistem unik individual
(Patel, 2015). MALDI-TOF MS adalah identifikasi pertama yang disetujui untuk penggunaan
klinis di Cina pada tahun 2012 ketika bioMerieux Sistem VITEK MS telah disetujui oleh FDA
Negara China untuk tujuan in vitro diagnostik (IVD) (Luo et al., 2015). Kemudian, FDA Negara

China juga menyetujui Sistem Bruker IVD MALDI Biotyper untuk identifikasi mikroorganisme
yang diisolasi dari spesimen manusia.
Database organisme adalah komponen kunci dari platform MALDI komersial. Mereka
terus meningkat dalam ukuran dan secara teratur diperbarui oleh produsen dengan penemuan
spesies mikroba baru dan penjelasannya. Keduanya, Bruker dan sistem Shimadzu mempunyai
koleksi organisme yang reperesentatif di database mereka dan menghasilkan hasil positif yang
sebanding, dengan tingkat kesalahan sangat rendah (Carbonnelle et al., 2012). Dengan
beberapa pengecualian, isolat jarang tidak dapat diidentifikasi oleh perangkat ini. Dalam studi
identifikasi berbasis MALDI, beberapa organisme tidak bisa diidentifikasi. Kegagalan ini
disebabkan oleh organisme yang tidak termasuk dalam database awal karena kesalahan
metodologis (Carbonnelle et al., 2012). Kelemahan penting dari software dan database dengan
hak milik adalah aksesibilitas mereka yang terbatas untuk para peneliti swasta karena biaya
tinggi. Namun demikian, beberapa kelompok penelitian telah mengembangkan beberapa
software open-source dan database yang tersedia secara bebas untuk masyarakat ilmiah
menggunakan beberapa nama ini, mMASS,
Mass-Up,
pkDACLASS, MALDIquant,
SpectraBank, BIOSPEAN, dll (Strohalm et al.,2008; Ndukum et al, 2011.; Bhme et al, 2012.;
Gibb danStrimmer, 2012; Raus dan ebela, 2013).
Aplikasi pada Diagnosis Mikroba
MALDI-TOF MS pada Bakteriologi klinis
Diagnosis infeksi bakteri secara konvensional pada fluida tubuh dilakukan atas dasar
biokimia dan profil metabolik yang membutuhkan waktu 24-48 jam untuk mengidentifikasi
spesies bakteri. Sementara itu, pasien diberikan antibiotik empiris, yang kadang-kadang tidak
pantas. Laboratorium mikrobiologi klinik membutuhkan metode yang efektif, cepat dan handal
serta biaya yang rendah, untuk identifikasi patogen potensial dalam sampel klinis sehingga
terapi antimikroba yang tepat dapat dimulai dari awal. Sejumlah peneliti telah menunjukkan
bahwa MALDI-TOF MS dapat digunakan untuk identifikasi awal bakteri dalam kultur darah,
infeksi saluran kemih (ISK), fluida cerebrospinal, infeksi saluran pernapasan, sampel tinja dll.
Banyak penelitian telah menunjukkan bahwa MALDI-TOF MS menyamai atau bahkan
melampaui metode diagnostik konvensional dalam kecepatan dan akurasi dalam mendeteksi
infeksi aliran darah (La Scola dan Raoult, 2009; Stevenson et al, 2010a.; Foster, 2013; Haigh et
al, 2013.; Tadros dan Petrich, 2013). Beberapa penelitian menyarankan bahwa tambahan praperawatan fluida tubuh oleh amonium klorida (Prod'hom et al., 2010), asam format (Christner et
al.,2010), atau inkubasi jangka pendek pada media padat (Idelevich et al., 2014) agar lebih
ditingkatkan untuk potensi diagnostik MALDI-TOF MS.
Ketika metode konvensional digunakan untuk mengidentifikasi patogen dari saluran urin
dengan diagnosis menggunakan ISK dibandingkan dengan MALDI-TO MS berdasarkan sistem
identifikasi, ditemukan bahwa MALDI-TOF MS memerlukan waktu pemrosesan minimal dan
bahkan identifikasi bakteri dari sampel urine didapati lebih dari dua uropathogens (Ferreira et al,
2010;.. Khling et al, 2012; Burillo et al., 2014). Beberapa peneliti telah menyarankan prosedur
yang melibatkan perbedaan sentrifugasi sampel urin (Rossello et al., 2014) atau di infiltrasi
(Demarco dan Burnham,2014) untuk lebih meningkatkan sensitivitas klinis dan berdasarkan
perputaran saat diagnosis menggunakan MALDI-TOF MS ISK.
Diagnosis infeksi diare di laboratorium biasanya dilakukan oleh kultur dan identifikasi
bakteri dalam sampel tinja. Ini adalah proses yang memakan biaya dan dibutuhkan waktu 3-5
hari untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogen enterik. Dia et al. (2010) melakukan
studi banding dari identifikasi oleh MALDI-TOF MS dibandingkan metode fenotipik biasa untuk
identifikasi koloni yang mencurigakan dari sampel tinja. Mereka menemukan bahwa seluruh
prosedur untuk identifikasi oleh MALDI- TOF MS, mulai dari persiapan smear untuk pelaporan
hingga hasil final akan selesai dalam waktu 30 menit, sehingga memperpendek waktu
penyelesaian tes yang sebelumnya 2-3 hari.
Bakteri meningitis adalah neurologis darurat. Awal diagnosis sangat penting untuk inisiasi
cepat antimikroba untuk terapi yang tepat. MALDI-TOF MS telah digunakan untuk deteksi
langsung bakteri penyebab meningitis pada fluida cerebrospinal (Segawa et al.,2014). Ini juga
telah digunakan untuk identifikasi cepat dari atipikal, organisme lingkungan gram negatif dan
patogen saluran pernapasan kronis yang menginfeksi pasien dengan cystic fibrosis (Alby et al,
2013;.. Baillie et al, 2013). Baru-baru ini, penerapan baru MALDI-TOF MS ditunjukkan oleh

Guembe dkk. (2014) yang melaporkan bahwa MALDI-TOF MS dapat melakukan kultur yang
lebih baik daripada metode konvensional dalam diagnosis catheter yang terkait infeksi aliran
darah.
Bakteri Yang Terbawa oleh Air dan Makanan
Identifikasi cepat pada mikroorganisme patogen penting untuk memastikan keamanan
dan kualitas air dan produk makanan. MALDI-TOF MS telah terbukti berguna untuk deteksi dini
bahaya bakteri yang mungkin mencemari air minum. Genus Aeromonas pada permukaan air
saat ini terdiri dari 17 spesies, yang tujuh dapat menyebabkan wabah yang terbawa oleh air .
Donohue dkk. (2007) menggunakan tanda m/z dari strain yang dikenal Aeromonas untuk
menetapkan isolat spesies lingkungan yang tidak diketahui. Hasil penelitian mereka
menunjukkan bahwa MALDI-TOF MS cepat dan akurat mengklasifikasikan spesies yang tidak
diketahui dari genus Aeromonas, yang cocok untuk pemantauan lingkungan.
MALDI-TOF MS juga telah berhasil diterapkan pada mikrobiologi makanan untuk berbagai
keperluan seperti identifikasi dan klasifikasi bakteri asam laktat dalam makanan fermentasi
(Nguyen et al., 2013), deteksi bakteri yang terlibat dalam pembusukan susu dan daging babi
(Nicolaou et al ., 2012), identifikasi bakteri yang diisolasi dari susu sapi perah (Barreiro et al.,
2010), identifikasi bakteri yang hadir dalam probiotik dan yoghurt (Angelakis et al., 2011),
identifikasi bakteri patogen yang mengkontaminasi bubuk formula untuk makanan bayi (.
Stephan et al, 2010), karakterisasi biogenik bakteri yang memproduksi amina, yang
bertanggung jawab pada keracunan makanan (Fernndez-ada et al, 2010) dan untuk
identifikasi agen bakteri gastroenteritis yang terbawa oleh seafood (Hazen et al, 2009.; Bhme
et al., 2010, 2011).
Bakteriologi pada lingkungan
Tes berdasarkan sifat biokimia biasanya gagal untuk mengidentifikasi mikroba yang
diisolasi dari sampel lingkungan, karena keragaman mikroba di habitat ini sangat besar (Torsvik
et al., 2002). Berbagai penelitian telah menunjukkan bahwa seluruh sel MALDI-TOF MS dapat
digunakan sebagai alat yang efisien untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi isolat yang
berasal dari ekosistem spesifik. Para peneliti telah melaporkan penggunaan MALDI-TOF MS
dalam identifikasi mikroba yang diisolasi dari lumpur limbah (Ruelle et al., 2004), untuk
pengelompokan bakteri yang diisolasi dari spons laut ke dalam kelompok proteotaxanomic
(Dieckmann et al., 2005) dan untuk mengidentifikasi bakteri yang mendiami tanah yang
terkontaminasi oleh polychlorinated biphenyl (Uhlik et al., 2011).
Kelompok penelitian lain melakukan analisis MS MALDI-TOF yang diolah dari fraksi
sampel lingkungan. Mereka memperoleh regangan-spesifik spektrum yang membantu dalam
pengelompokan aerobik dan halofilik prokariota ke dalam kelompok fenotipik dengan taksa
yang berbeda. Mereka menyarankan bahwa, jika perbedaan kondisi kultur yang tidak radikal,
terlepas dari usia atau kualitas kultur, MS mencerminkan ulang spektrum mikroba dengan
takson spesifik dan dijamin menghasilkan identifikasi sifat fenotip (Munoz et al., 2011).
Dalam studi lain MALDI-TOF MS digunakan untuk membedakan spesies bakteri dari
keluarga Rhizobiaceae dan membaginya dalam tiga generasi, spesies bakteri ini membentuk
simbiosis atau interaksi saprophytic dengan kelompok tanaman. Database dibuat bagi yang
termasuk type strain spesies ini dan divalidasi dengan mengidentifikasi semua strain rhizobial
yang diisolasi dari nodul dan tumor (Ferreira et al., 2011).
Deteksi dan Identifikasi Agen Perang Biologi
Identifikasi mikroba yang cepat dan handal diperlukan sebagai agen bioterorisme yang
menimbulkan ancaman, tidak hanya untuk memerangi serangan biologis, tetapi juga untuk
mencegah wabah alam yang disebabkan oleh organisme ini. Secara konvensional, organisme
yang menimbulkan ancaman yang berat sebagai agen bioterorisme telah diidentifikasi oleh
fenotype, genotype, dan identifikasi sistem imunologi yang lambat, rumit dan menimbulkan
risiko yang signifikan untuk personil laboratorium. Baru-baru ini berbagai peneliti melaporkan
MALDI-TOF MS sebagai pendekatan sederhana, cepat dan dapat diandalkan untuk
mengidentifikasi organisme yang sangat patogen seperti Brucella spp, Coxiella burnetii, Bacillus
anthracis, Francisella tularensis, dan Y. pestis (Shaw et al, 2004;.. Pierce dkk ., 2007; Lasch et
al, 2009;.. Ayyadurai et al, 2010;. Seibold et al, 2010;. Lista et al, 2011;. Vranakis et al, 2013).

Pekerjaan lebih lanjut sedang dilakukan untuk mengembangkan MS-protokol yang aman
dan kompatibel untuk inaktivasi sel vegetatif dan organisme spora yang sangat patogen, yang
dapat diintegrasikan ke laboratorium mikrobiologi. Lasch dkk. (2008) mengusulkan tri fluoro
asam asetat (TFA) berdasarkan inaktivasi protokol untuk sel vegetatif dan spora dari organisme
patogen, tapi Couderc dkk. (2012) menemukan bahwa untuk isolat Yersinia, inaktivasi
menggunakan etanol secara signifikan menghasilkan spektrum MALDI-TOF MS dengan
kualitas tinggi dari inaktivasi TFA. Jeong et al. (2014) melaporkan langsung pada situs MALDITOF MS yang memungkinkan mendeteksi jumlah bahan yang tinggi dan identifikasi dari
Bacillus aerosol spora, tanpa proses pre treatment. Spora dari Bacillus spp. langsung terlihat
pada plate target MALDI dan plate kiri untuk udara-pengeringan, sampel kemudian dilapisi
dengan larutan matriks. Setelah larutan matriks udara kering, maka sampel akan terlihat dan
dianalisis oleh MS (Jeong et al., 2013, 2014).
MALDI-TOF MS juga telah terbukti berguna untuk deteksi toksin protein, seperti
enterotoksin staphylococcal B, neurotoksin botulinum, Clostridium perfringens epsilon toksin,
toksin shiga dll yang dapat digunakan sebagai agen potensial untuk bioterorisme saat dikirim
melalui rute aerosol (. Kull et al, 2010; Alam et al, 2012.). Dalam perang biologis deteksi racun
dari aerosol diperlukan untuk memulai penanggulangan medis. Alam dkk. (2012)
mengembangkan metode sederhana pengolahan sampel untuk identifikasi protein racun
dengan metode MALDI-TOF/TOF MS. Nebulizer digunakan untuk menghasilkan aerosol yang
dikumpulkan menggunakan kolektor siklon. Data MS tandem dengan informasi dari urutan
peptida digunakan untuk mendeteksi racun yang berasal dari organisme dari setiap lokasi
geografis.
Deteksi Resistensi Antibiotik pada Bakteri
MALDI-TOF MS telah menunjukan hasil file PDF yang mampu membedakan garis
keturunan dari methicillin-resistant S. aureus strain (Wolters et al., 2011). Dalam kondisi
eksperimental yang hati-hati, telah menunjukan subtyping yang berguna untuk methicillin
resistant strain S. aureus (Croxatto et al., 2012). Demikian pula, MALDI-TOF MS telah terbukti
sangat bermanfaat dalam mengidentifikasi vankomisin yang tahan terhadap enterococci (Gri
FFI n et al., 2012; Nakano et al., 2014). Wang et al. (2014) menyarankan bahwa MALDI-TOF
MS dapat digunakan sebagai alat skrining untuk membedakan vankomisin-resistan strain
Enterococcus faecium dari vankomisin-susceptible strain E.faecium
Modus yang paling umum dari resistensi mikroba untuk beta-laktam, kelas terbesar
antibiotik, adalah hidrolisis enzimatik mereka dengan beta-laktamase. Produksi -laktamase
terdeteksi oleh MALDI-TOF MS menggunakan 'massa spektrometri -laktamase (MSBL) assay.
Dalam pengujian ini, larutan buffer antibiotik dicampur dengan kultur bakteri dan diinkubasi.
Reaksi campuran supernatan disentrifugasi dan diaplikasikan pada analisis MALDI-TOF MS.
Para produsen -laktamase menonaktifkan cincin -laktam dari antibiotik dengan penambahan
residu air. Pergantian massa pada non-hidrolisis dan bentuk dihidrolisis dari antibiotik
memastikan ada atau tidak adanya -laktamase yang diproduksi bakteri. Pengujian assay
MSBL telah diterapkan untuk deteksi resistensi terhadap beta-laktam antibiotik seperti penisilin,
ampisilin, piperasilin, ceftazidime, sefotaksim, ertapenem, meropenem, dan imipenem. Peneliti
menggunakan uji MSBL telah berhasil mendeteksi -laktamase organisme seperti Escherichia
coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumanni, Citrobacter
freundii, Enterobacter cloaceae, Salmonella spp. dll (. Hrabk et al, 2011; Hoo ff et al, 2012;..
Sparbier et al, 2012a;. Kostrzewa et al, 2013). Mengingat keakuratan resistensi deteksi dengan
MSBLs, dilanjutkan inovasi dan perbaikan dalam hal kecepatan deteksi resistensi dan
memperluas deteksi untuk kelas yang lebih baru dari antibiotik -laktam dengan tes MSBL
adalah yang diinginkan. Baru-baru ini, Johansson et al. (2014) mengembangkan metode
MALDI-TOF MS untuk mendeteksi dan verifikasi dari produksi carbapenemase pada bakteri
anaerob, Bacteroides fragilis selama 2,5 jam. Hoyos-Mallecot dkk. (2014) mengevaluasi
Metode MALDI-TOF MS untuk identifikasi dan perbedaan dari carbapenemase untuk
memproduksi strain klinis Enterobacteriaceae dan P. aeruginosa dari Metallo--laktamase
strain. Hart et al. (2015) melaporkan strategi modifikasi untuk deteksi biomarker resistensi
antibiotik di strain klinis E. coli menggunakan MALDI-TOF MS, mereka menyarankan bahwa
jangan menggunakan sel bakteri utuh untuk MS, kompartemen periplasmic harus diekstrak
(karena -laktamase terletak di periplasma); dilarutkan dengan tripsin, dipisahkan oleh nano-LC
sebelum analisis MALDI-TOF MS. Dengan menggunakan pendekatan ini mereka melaporkan

urutan peptida biomarker untuk beberapa kelas -laktamase seperti kelompok CTX-M-1
memperpanjang spektrum -laktamase, -laktamase TEM, VIM sebuah Metallo--laktamase
dan CMY-2 sebuah - ampC laktamase. Selain menggunakan pendekatan ini mereka juga
mendeteksi peptida spesifik aminoglikosida untuk memodifikasi enzim Kan-R.
Mirip dengan beta-laktam, resistensi mikroorganisme untuk aminoglikosida terutama
karena modifikasi enzimatik antibiotik oleh bakteri acyltransferases, adenyltransferase, dan
phosphotransferases. Sejak enzim ini menunjukkan perbedaan istimewa untuk substrat CoA
pada aminoglikosida, belum memungkinkan untuk membangun pengujian menyeluruh untuk
mendeteksi resistensi aminoglikosida berbasis MS. Selanjutnya upaya untuk mengembangkan
dan standarisasi MALDI-TOF MS untuk deteksi resistensi aminoglikosida di laboratorium masih
berlangsung.
Taksonomi dan Type Strain Bakteri
Klasifikasi konvensional bakteri telah dilakukan pada biokimia dasar, metabolisme dan
sifat antigenik. Namun, spesies mikroba diidentifikasi terutama atas dasar informasi genomik.
Sequencing dari 16Sr DNA dianggap sebagai 'standar emas,' karena itu hadir dalam setiap
prokariota dan memungkinkan rekonstruksi dari filogeni global (Woese et al, 1990;. Stacke
Brandt dan Goebel, 1994; Pace, 1997). Kebanyakan metode fingerprinting DNA, tidak
berkorelasi filogenetis dan gagal untuk memberikan informasi mengenai hubungan evolusi
antara teknik berbagai spesies. Teknik genomic seperti amplified fragment length polymorphism
(AFLP), pulse-field gel elektroforesis (PFGE), dan multilocus sequencetyping (MLST)
digunakan untuk sub type bakteri untuk tujuan epidemiologi. Meskipun pengurutan16S DNAr
adalah cukup untuk menetapkan isolasi genus atau spesies, dalam kebanyakan kasus itu tidak
cukup untuk type halus, misalnya, studi epidemiologi. PFGE, dapat diterapkan untuk type
kelarutan tinggi, tetapi pada umumnya tepat untuk digunakan pada genus atau spesies
mikroorganisme (O'Learyetal., 2011).
Proteomik mewakili aspek fungsional genomik dan dapat digunakan sebagai alat
taksonomi. Gel berbasis protein untuk profil seluruh sel mungkin sangat rumit dan memakan
waktu sama sepert setiap teknik genomik lainnya. Di sisi lain MALDI-TOF MS untuk sel utuh
atau berdasarkan type sel PMF secara keseluruhan adalah metode cepat dan sensitif untuk
identifikasi bakteri. Dalam banyak kasus ditunjukkan memiliki kelarutan dan reproduktifitas yang
lebih baik daripada gel berdasarkan protein atau teknik fingerprinting DNA (van Baar, 2000;
Fenselau dan Demirev, 2001; Lay, 2001).
Sejumlah penelitian menunjukan MALDI-TOF MS adalah teknik yang cepat, handal dan
hemat biaya untuk metode identifikasi bakteri. Tetapi bagaimanapun, memiliki beberapa
kekurangan: (i) identifikasi organisme hanya mungkin bila spektral data base berisi informasi
tentang gen tertentu seperti 16S rRNA prokariotik, gyrB, rpoB, atau hsp60 strain/spesies dari
genus tertentu, (ii) basis data yang harus disiapkan secara lokal untuk taksa tertentu (misalnya,
Streptococcus atau Staphylococcus) dimana variasi geografis menyebabkan variasi dalam
genotype dan fenotype (Bengali et al., 2011).
Selama beberapa tahun terakhir berbagai peneliti telah menunjukkan penerapan MS
untuk identifikasi bakteri, taksonomi dan type strain. Haag et al. (1998) menggunakan MALDITOF MS untuk karakterisasi cepat strain patogen Haemophilus. Mereka juga menentukan
perbedaan-perbedaan regangan spesifik di antara isolat H. influenzae dari beberapa pasien.
Nilsson (1999), mendeteksi regangan spesifik biomarker berdasarkan perbedaan analisis dari
enam di strain dari Helicobacter pylori. Lundquist et al. (2005) menunjukkan perbedaan dari
empat subspesies
F. tularensis menggunakan pendekatan ini. Carbonnelle dkk. (2007)
menunjukkan bahwa MALDI- TOF MS adalah alat yang ampuh untuk identifikasi isolat klinis
koagulase stafilokokus negatif. MALDI-TOF MS digunakan untuk identifikasi cepat perbedaaan
dari sepuluh spesies S. viridans (Friedrichs et al., 2007). Bila diperoleh hasil identifikasi spesies
menggunakan MALDI-TOF MS dibandingkan dengan fenotype/genotype sistem identifikasi,
kecocokan 100% dicapai. Demikian pula, berbagai Staphylococcus spp., Patogen Neisseria
spp., spesies klinis penting ragi dan Mycobacterium spp. yang diidentifikasi menggunakan
MALDI-TOF MS (Ilina et al, 2009;. Dubois et al, 2010;.. Stevenson et al, 2010b; Saleeb et al.,
2011). Tabel 2 daftar mikroorganisme dalam sel utuh (profil bakteri langsung) digunakan untuk
identifikasi bakteri dan type strain.

MALDI-TOF MS tidak hanya digunakan untuk identifikasi spesies namun juga memiliki aplikasi
dalam type strain. Kumar et al. (2004) menunjukan bahwa MALDI-TOF MS mungkin menjadi
alat yang berguna untuk membedakan strain beta hemolitik streptokokus, dan juga untuk
karakterisasi strain untypable kelompok streptokokus A. Eddabra dkk. (2012) menggunakan
MALDI-TOF MS untuk membedakan 30 strain lingkungan Vibrio spp. Stephan et al. (2011)
menggunakan MALDI-TOF MS untuk identifikasi cepat strain spesies dari Y. Enterocolitica, dan
subtyping ke tingkat biotype. Metode MALDI berdasarkan TOF MS telah menjelaskan
diskriminasi dan strain mikobakteri, type resisten dan type strain K. pneumonia, yang
bertanggung jawab atas wabah nosokomial A. baumannii (Shitikov et al, 2012;. Berrazeg et al,
2013.; Mencacci et al., 2013).
Spektrum MALDI-TOF MS pada individu mikroba adalah takson properti - spesifik
organisme yang independen dari lokasi geografisnya, kondisi kultur (harus tidak ada perbedaan
yang drastis) atau metodologi persiapan sampel. Dengan pendekatan ini, identifikasi tidak
hanya bagi anggota spesies isolat baru yang ada tetapi mungkin jika jenis strain mereka
sebelumnya telah dipelajari (Ruelle et al., 2004), pengakuan pola fenotipik koheren mungkin
juga mencerminkan kembali identitas taksonomi. Kemudahan dan kecepatan dalam identifikasi
dari sejumlah besar isolat dapat digunakan untuk mempelajari taksonomi dan keragaman
spesifik luar dan dalam (Feli dan Dallaglio, 2007).
MALDI-TOF MS pada Virologi
Virologi klinis
Virus secara tradisional terdeteksi oleh kultur sel, yang meskipun menjadi standar emas,
sering embutuhkan waktu beberapa hari atau bahkan minggu sebelum hasil apapun tersedia. Ia
kemudian diganti atau dilengkapi dengan metode imunologi dengan tingkat sensitif lebih
rendah, berdasarkan analisis antibodi (oleh immunoassay atau immuno fluorescence) dan
dengan metode molekuler berdasarkan PCR dan hibridisasi dot blot yang lebih sensitif.
Penggunaan MALDI-TOF MS dalam virologi sudah maju seperti yang telah dilakukan pada
bakteriologi atau mikologi. Ini mungkin menjadi konsekuensi dari kandungan protein virus yang
relatif rendah (Kliem dan Sauer, 2012), bobot molekul protein virus yang lebih tinggi (> 20.000
Da) dan kemungkinan akumulasi larutan dari substrat sel di mana virus yang dikultur secara in
vitro. Namun demikian, banyak peneliti telah membuktikan kegunaan MALDI-TOF MS untuk
diagnosis berbagai virus menular dalam sampel klinis seperti dalam virus influenza, enterovirus,
papillomaviruses manusia (HPV), virus herpes, hepatitis virus dll (Sjholm et al, 2008;. Yi . et al,
2011; Piao et al, 2012). Menariknya di sebagian besar penelitian, analisa materi genetik virus itu
dianalisis oleh PCR dan diperkuat dengan identifikasi oleh MALDI. Sjholm dkk. (2008)
mengembangkan metode skrining efisien berdasarkan MALDI-TOF MS untuk deteksi multipleks
dari semua virus herpes manusia yang hadir dalam sampel biologis dibandingkan dengan data
arsip. Sensitivitas dan batas deteksi virus dengan metode MALDI-TOF MS tinggi dan sebanding

dengan metode referensi seperti microarray oligonukleotida dan PCR multipleks (Sjholm et
al.,2008).
Yi et al. (2011) melaporkan penggunaan metode berbasis PCR MS untuk mendeteksi
HPV berisiko tinggi, penyebab utama dari kanker serviks pada manusia. Mereka mengklaim
bahwa bahan proses tinggi dan efektifitas biaya terkait dengan metode yang membuatnya
cocok untuk diagnosis dalam pengaturan klinis rutin dan untuk studi epidemiologi. Piao et al.
(2012) menggabungkan PCR multipleks dengan MALDI-TOF MS dan mengembangkan uji
PCR-Massa yang bersamaan mendeteksi delapan virus yang berbeda terkait dengan infeksi
enterik pada manusia. Kemudian, Peng et al. (2013) membuktikan utilitas multiplexing MALDITOF untuk mendeteksi jenis-spesifik enterovirus manusia yang berhubungan dengan penyakit
tangan, kaki dan mulut. Baru-baru ini, Calderaro dkk. (2014) menyatakan bahwa MALDI- TOF
MS adalah alat yang efektif, cepat dan murah untuk mengidentifikasi berbagai serotype virus
polio dari perbedaan sampel klinis. Lebih lanjut mereka melaporkan bahwa MALDI-TOF MS,
melalui biomarker spesifik virus dapat membantu mendeteksi dan membedakan antara sel yang
terinfeksi virus dan sel-sel yang sehat.
Viral genotype, Subtyping, dan Studi epidemiologi
Terlepas dari identifikasi virus, MALDI-TOF MS juga telah digunakan dalam virologi untuk
genotip dari JC polyomaviruses (Bayliss et al, 2010.), Hepatitis B dan virus hepatitis C (Ilina et
al, 2005;..Ganova-Raeva et al, 2010) dan untuk mendeteksi mutasi pada virus hepatitis B (Luan
et al., 2009). Selain itu, banyak peneliti telah menunjukkan penerapan MALDI-TOF MS untuk
penyaringan pada subtype virus influenza dan untuk melacak epidemiologi pada virus influenza
(Schwahn et al, 2009, 2010;.Fernandes dan Downard, 2014). Strain baru dari virus influenza
sering berasal dari mencampur berbagai bahan genetik dengan beberapa strain umum. Dengan
demikian, perkembangan deteksi pada virus influenza merupakan tantangan bagi metode PCR
berdasarkan molekuler, karena kegagalan untuk menguatkan mereka ke urutan target primer
masing-masing dan perlu dirancang ulang berulang kali. Demikian pula, tes imunologi berbasis
antibodi gagal untuk mengidentifikasi antigen reassorted strain virus yang berbeda. Identifikasi
dan karakterisasi cepat strain virus influenza diperlukan untuk terapi awal, dan efektif untuk
mencegah kemungkinan pandemi. MALDI-TOF MS telah muncul sebagai pendekatan yang
sangat berkembang serta cepat dan dapat diandalkan untuk subtype dan jenis virus influenza.
Chou et al. (2011) melaporkan penggunaan MALDI-TOF MS dalam kombinasi dengan
nanopartikel antibodi-magnetik untuk deteksi dan skrining cepat pada subtype virus influenza.
Kemudian, Downard (2013) menjelaskan metode untuk mendeteksi strain dari virus influenza
dengan menggunakan seluruh protein virus. Pendekatan proteotyping, subtyping dan type,
berhasil menelusuri silsilah virus influenza pada manusia. Dia bahkan menggambarkan
keberhasilan pendekatan proteotyping pada karakterisasi strain virus parain influenza, sebagai
agen infeksi pernapasan.
Deteksi Antiviral Perlawanan
Studi mengeni hal ini adalah langka. Namun, MALDI-TOF MS telah membuktikan
keampuhan dalam mendeteksi resistensi obat untuk gansiklovir pada cytomegaloviruses yang
sering menginfeksi penerima transplantasi (Zrcher et al., 2012).
MALDI-TOF MS pada Mikologi
Mikologi klinis
Metode konvensional untuk identifikasi jamur didasarkan pada sifat morfologi, biokimia,
dan imunologi mungkin membutuhkan rentang waktu 2-5 hari, atau lebih, dan sering
membutuhkan penggabungan beberapa metode fenotipik untuk interpretasi konklusif. Metode
molekuler berdasarkan analisis internal dan gen penyandi 18S rRNA ditulis spacer wilayah 1
dan atau 2 (ITS 1/2) yang membosankan dan memakan banyak waktu (Sendid et al., 2013).
identifikasi cepat dan akurat spesies jamur diperlukan untuk inisiasi awal terapi anti jamur.
Identifikasi jamur oleh MALDI-TOF MS dalam laboratorium medis mikologi telah bergerak
pada kecepatan yang lebih lambat untuk identifikasi bakteri, Karena kompleksitas biologis
mereka yang membuat sulit untuk mempelajari mereka secara keseluruhan, dan juga karena
keberadaan perbedaan fenotipe jamur (hyphae dan/atau conidia) dalam organisme yang sama
(Santos et al., 2010). Untuk mendapatkan hasil PMF , maka direproduksi parameter seperti
media kultur, kuantitas / jenis bahan koloni dan waktu inkubasi, sesuai standar prosedur. Juga,

sel-sel jamur mungkin memerlukan pengobatan tambahan dengan asam format, atau asetonitril
bersama aliran darah untuk mengganggu dinding sel yang kuat.
Studi pertama yang menjelaskan penggunaan MALDI-TOF MS untuk identifikasi dan
karakterisasi jamur bersel tunggal, Saccharomyces cerevisiae dilaporkan oleh Amiri-Eliasi dan

Fenselau (2001). Di antara jamur, spektrum PMF telah direproduksi dan dilaporkan untuk
ascomycetous dan basidiomycetous ragi termasuk organisme seperti Candida, Cryptococcus,
dan Pichia. Genus ragi dari kelompok koloni di dalam plate agar yang dapat secara efisien
segaris dengan standar prosedur (seperti yang digunakan dalam bakteri) untuk persiapan
sampel MALDI-TOF (Bader, 2013). Namun, Cassagne dkk. (2014) melaporkan bahwa berbagai
prosedur MALDI-TOF MS dievaluasi untuk pretreatment identifikasi ragi dan meskipun banyak
menyerap tenaga kerja, identifikasi hasil ekstraksi intensif lengkap dengan asam/hasil asetonitril
format menghasilkan yang lebih baik. Berbagai peneliti telah melaporkan MALDI-TOF MS
adalah pendekatan yang handal dan hemat waktu untuk identifikasi dari berbagai jenis ragi
dalam Infeksi aliran darah (Spanu et al, 2012;. Yaman et al, 2012;.. Lavergne et al, 2013).
Beberapa peneliti telah menjelaskan penggunaan MALDI-TOF MS untuk mendeteksi berbagai
patogen jamur manusia (dalam Tabel 3).
Deteksi Resistensi antibiotik di Fungi
Identifikasi /prediksi untuk anti jamur oleh MALDI- TOF MS belum maju sebanyak seperti
dalam memprediksi resistensi pada bakteri. Ini mungkin disebabkan fakta bahwa resistensi
antimycotic pada jamur tidak sesering pada bakteri karena tidak adanya obat untuk
menurunkan enzim. Hanya beberapa spesies jamur seperti C.glabrata atau C.krusei dan
C.parapsilosis telah dilaporkan masing-masing secara intrinsik resisten terhadap azoles dan
echinocandins (Bader, 2013). Demikian pula, resistensi spesies spesifik untuk agen antimycotic
diamati pada jamur dan zygomycetes (Pfaller et al, 2002;.. Alastruey-Izquierdo et al, 2010).
Dengan demikian, resistensi obat pada isolat jamur dapat diprediksi hanya dengan identifikasi
pada spesies jamur oleh MALDI-TOF MS (Bader,2013).
Jamur Type Strain dan Taksonomi
Penggunaan MALDI-TOF MS untuk type strain dari isolat jamur masih dalam masa
percobaan dan tidak sesukses pada bakteri. Berbeda dengan ragi type jamur lebih sulit karena
mereka memiliki hubungan filogenetik rumit (Samson dan Varga, 2009) dan morfologi lebih
rumit. Bagaimanapun, metode MALDI-TOF MS, dilaporkan layak untuk jenis type strain dengan
C. albicans dan C. parapsilosis (Qian et al, 2008;. Pulcrano et al,.2012).
Perspektif masa depan
Meskipun upaya MS berdasarkan identifikasi bakteri dan diagnosis mikrobiologi dari
pertengahan 1970-an hingga dalam beberapa tahun terakhir, tetapi telah disadari potensi dan
penerapan MALDI-TOF MS di laboratorium mikrobiologi. Standar emas 16S rRNA-18S rRNA
saat identifikasi mikroba dan sequencing gen tidak menguntungkan dari segi biaya dan waktu.
Bizzini dkk. (2011) menyatakan bahwa termasuk biaya bahan habis pakai, gaji, dan depresiasi
aparat, identifikasi dari isolat bakteri tunggal dengan 16S rRNA sequencing jika dihitung

biayanya sekitar 100 dolar AS di laboratorium mereka dan hasil tersedia setelah 48 jam. Di sisi
lain identifikasi dari isolat bakteri tunggal dengan MALDI-TOF MS dapat dilakukan dalam
hitungan menit dan jika dihitung biayanya hanya beberapa dolar AS (Seng et al, 2009;..
Cherkaoui et al, 2010).
Perbandingan isolat PMF diketahui untuk referensi fingerprinting massa yang ada dalam
database adalah langkah paling penting untuk identifikasi spesies yang membutuhkan database
yang berisi tidak hanya referensi fingerprinting massa dari semua spesies, tetapi juga
fingerprinting massa beberapa strain masing-masing spesies (Lartigue et al., 2009). Teknologi
MALDI-TOF MS gagal untuk membedakan E. coli dan Shigella spp. (Bizzini et al., 2010) atau
membedakan antara spesies kompleks S.mitis dari Streptococcus (Seng et al, 2009;. Van Veen
et al, 2010.). Kegagalan sebelumnya telah dijelaskan oleh fakta bahwa E. coli dan Shigella
adalah salah satu spesies filogenetis namun karena kendala sejarah dan klinis mikrobiologi
telah dikelompokkan menjadi dua spesies. Alasan untuk deliniasi yang tidak tepat dari S.
pneumoniae dan S. mitis adalah hubungan erat antara dua spesies (kendala mikrobiologi) yang
tidak dapat dibedakan oleh update database, kecuali tes seperti sensitivitas optochin atau
kelarutan empedu (Kilian et al., 2008 ). Kendala MALDI-TOF MS seperti itu tentu perlu ditangani
di masa depan.
Kendala utama tidak menggunakan MALDI-TOF MS untuk diagnosis mikrobiologis rutin
adalah reproduksibilitas PMFs dari spesies mikroba yang sama selama percobaan di
laboratorium yang sama atau selama percobaan pada laboratorium yang menggunakan
peralatan yang sama/MALDI- TOF. Studi reproduktifitas intra-laboratorium telah menunjukkan
konkordansi tingkat yang lebih tinggi pada PMFs selama pengulangan percobaan dengan
peralatan MS yang sama menggunakan teknik persiapan sampel sejenis (Walker et al., 2002).
Studi lain melaporkan bahwa reproduktifitas intra-laboratorium PMFs tergantung hanya pada
kualitas sampel mikroba dan teknik independen persiapan sampel (Croxatto et al., 2012).
Namun, mempelajari tentang reproduksibilitas PMFs antar laboratorium penelitian telah
menghasilkan hasil yang saling bertentangan. Dua studi penelitian independen menunjukkan
tingkat reproduktifitas mikroorganisme identik PMFs yang lebih tinggi, diidentifikasi di
laboratorium terpisah menggunakan persiapan sampel dengan teknik yang sama, peralatan MS
yang sama dan perangkat lunak analisis yang sama (Wang et al, 1998;.. Walker et al, 2002). Di
sisi lain, studi antar laboratorium lain melaporkan konkordansi rendah selama analisis MALDITOF dari aliquot identik E. Coli oleh tiga laboratorium terpisah menggunakan teknik persiapan
sampel yang sama, tapi terdapat perbedaan peralatan MALDI-TOF komersial (Wunschel et al.,
2005). Kelompok riset ini lebih lanjut menggabungkan spektrum PMF pada laboratorium
individu dan membentuk beberapa master laboratorium PMF. Pada beberapa laboratorium
master spektrum PMF digunakan untuk mengidentifikasi E. coli, identifikasi diamati 100 persen
pada setiap laboratorium (Wunschel et al., 2005). Dengan demikian, studi ini memberikan solusi
yang sangat penting untuk pertanyaan mengenai potensi MALDI-TOF MS untuk perbedaan
identifikasi mikroba, perbedaan lokasi geografis dan dengan perbedaan peralatan MALDI-TOF.
Dengan menggunakan protokol standar untuk analisis MALDI-TOF MS dan menciptakan
sebuah perpustakaan/database yang berisi PMFs dari beberapa laboratorium (dengan
perbedaan peralatan MALDI-TOF), kendala ini bisa diatasi dengan mudah.
Dalam beberapa tahun terakhir telah muncul sejumlah informasi besar tentang MALDITOF MS dan aplikasinya untuk spektrum yang luas terhadap mikroba mulai dari bakteri gram
positif dan gram negatif, dari sampel klinis untuk halophiles ekstrim dan dari organisme BSL-3
untuk isolat lingkungan. Alam Luar dunia mikroba, studi terbaru menunjukkan bahwa MALDITOF MS bahkan dapat diterapkan untuk mengidentifikasi alga (von Bergen et al., 2009),
nyamuk (Yssouf et al., 2014), nematoda (Perera . et al, 2005), dan serangga (Feltens et al,
2010;. Hoppenheit et al., 2013). Kebebasan kondisi kultur, formulasi kultur, waktu kultur, jumlah
inokulum yang dibutuhkan untuk identifikasi, telah membuat MALDI-TOF MS sebagai teknik
pilihan di laboratorium mikrobiologi. Ketentuan untuk mengintegrasikan database yang
dibangun dalam database publik MALDI-TOF MS, serta pengembangan software denga biaya
murah serta dengan penggunaan yang mudah untuk perbandingan dan analisis akan lebih
meningkatkan kredibilitas MALDI-TOF MS di masa depan. Apa yang tampak berlebihan
kadang-kadang kini telah kembali menjadi realitas. MALDI-TOF MS telah menjadi alat yang
berharga untuk laboratorium mikrobiologi, yang berpotensi menggantikan teknik identifikasi
molekuler dalam waktu dekat.