PRODUKSI ASAM SHIKIMAT DENGAN DUA JENIS BAKTERI E.

COLI

LAPORAN
Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Mikrobiologi Industri yang dibina oleh Dr,
Endang Suarsini, M.ked dan Ibu Sitoresmi

Oleh:
Kelompok 2/ HK
Elsa Mega Suryani (130342615336)
Khoirum Mawarti (120341421965)
Maulidiana Finansa Yusuf (

The Learning University

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI

BAB I
Pendahuluan
1.1 Latar Belakang
Asam shikimat (SA) adalah senyawa bernilai tinggi yang digunakan dalam
sintesis obat antivirus. Ini adalah bahan awal kunci yang digunakan dalam sintesis
neuraminidase inhibitor oseltamivir-fosfat, yang dikembangkan dengan nama flu
Tami untuk pengobatan infeksi antivirus. (Kramer et al, 2003, Ahn et al, 2008)
asam Shikimic adalah synthon kiral menarik yang sangat difungsikan dengan
enam cincin karboksilat dan beberapa pusat asimetris. Sebuah metabolisme
menengah aromatik biosintesis asam amino, asam shikimic telah muncul sebagai
bahan awal kiral penting dalam sintesis inhibitor neuraminidase yang efektif
dalam pengobatan influenza. (Kim et al, 1997, Rohloff et al, 1998; Chandran et al,
2003).
Kiral, serta bahan kimia aromatik juga dapat disintesis dari asam shikimat.
Misalnya asam katalis dehidrasi asam shikimic menghasilkan asam phidroksibenzoat. P-Hydroxybenzoic asam, yang memiliki produksi tahunan dari 7
10 kg ,, adalah prekursor kunci untuk paraben dan monomer yang digunakan
dalam sintesis polimer kristal cair. asam shikimat juga baru-baru ini telah
digunakan sebagai titik awal untuk sintesis besarperpustakaan kombinatorial
molekul. (Shiraiet al, 2001; Escalante et al, 2010).
Awalnya asam shikimat ini diproduksi dari pepohonan atau tumbuhtumbuhan namun karena hasil produksinya sangat sedikit dan musiman maka para
ilmuwan mengusahakan untuk memproduksi asam shikimat dari bakteri.
Alternatif utama untuk proses ini adalah fermentasi menggunakan
mikroorganismememproduksi asam shikimat. Menurut 2003 Ulasan, fermentasi
asam shikimat bisa memberikan, pada prinsipnya, tidak terbatas pasokan bahan
baku. Dan peneliti bekerja keras untuk meningkatkan proses fermentasi, sehingga
lebih mudah untuk menghasilkan bahan utama obat. asam shikimat adalah
perantara alami dalam pembentukan asam amino mikroba. Hal ini terakumulasi
dalam jumlah kecil di banyak bakteri Gram negatif di mana asam amino aromatik
jalur biosintesis adalah fungsional (Zhou et al, 2008; Chemler et al, 2008; Marner
W. D. 2009) .Dalam konteks ini, karya ini bertujuan untuk mempelajari produksi
asam shikimic dari coliform diisolasi dari alam lingkungan Hidup.
1.2 Rumusan Masalah
Dari latar belakang tersebut maka didapatkan rumusan masalah sebagai berikut:
a. Apakah jenis E.Coli berpengaruh terhadap hasil produksi asam shikimat?

1.3 Hipotesis Penelitian

Jenis E. Coli tidak berpengaruh terhadap hasil produksi asam shikimat.

BAB II
Kajian Pustaka
2. 1 Asam Shikimat
Asam shikimat (1) mula pertama diisolasi pada tahun 1885 oleh Eykman
dari tanaman yang berasal dari Jepang,Illicium anisatum jauh sebelurn
mengetahui signifikasi biosintesisnya. Nama shikimat diturunkan dari nama
tanaman yang berasal dari Jepang. Peranan asam shikimat dapat menggantikan
asam amino esential fenilalanin, tirosin, dan triptopan dalam auksotropik
mutan Escherichia coli hingga ia harus merupakan zat antara dalam serangkaian
biosintesis.
Eritrosa-4-fosfat merupakan senyawa penting dalam biosintesis. Kita telah
mengetahui bahwa senyawa tersebut merupakan zat antara dalam proses
regeneratif dalam fotosintesis ribulosa-l,5-difosfat dan senyawa tersebut juga
muncul dalam daur pentosa. Eritrosa-4-fosfat merupakan senyawa awal dalam
serangkaian biosintesis untuk menghasilkan asam shikimat dengan cara
kondensasi dengan asam fosfoenol piruvat (PEP) menjadi asam 3-deoksi-Darabino-heptulo-sonat-7-fosfat (DAHP). (1). Eliminasi asam fosfat menghasilkan
keton, mula-mula dalam bentuk enolnya, yang kemudian mengalami siklisasi
menjadi asam-3-dehidroquinat. Lebih lanjut eliminasi air dan kemudian reduksi
menghasilkan asam shikimat. Semula mekanisme yang diusulkan tersebut tanpa
didukung dengan bukti percobaan secara rinci. Studi lebih lanjut mengungkapkan
bahwa reaksi tersebut tidaklah semudah yang dibayangkan dan digambarkan
secara jelas bahwa semua segi langkah reaksi harus diuji sebelum diterima.
Pertama, (1) mengatakan secara tidak langsung bahwa ikatan P-O putus
bukannya-ikatan C-O dalam kondensasi PEP dengan eritosa-4-fosfat. Fosfat
cenderung dilepaskan sebelum eritrosa. 4-fosfat diserap oleh enzim. penemuan
tersebut memberikan indikasi suatu penggantian fosfat dengan nukleofil enzim
dan senyawa kompleks tersebut kemudian bereaksi dengan gula (2). Penemuan
yang terbukti ini menjadi tidak dapat dipertahankan karena perumusan tersebut
secara tidak langsung menyatakan bahwa penggantian proton dalam metil piruvat
harus terjadi dengan pelarut. Hanya penggabungan yang rendah teramati dan
dengan menggunakan tanda yang khusus Z dan E 3-3H PEP menunjukkan bahwa
kondensasi dengan eritrosa-4-fosfat adalah stereo spesifik (3). Z-PEP
menghasilkan 3S-DAHP dan E-PEP memberikan 3-R-DAHP, yaitu muka Si PEP
ditambah muka re eritrosa-4-fosfat.

2.2 E.Coli
Escherichia Coli pertama kali diidentifikasikan oleh dokter hewan Jerman,
Theodor Escherich dalam studinya mengenai sistem pencernaan pada bayi hewan.
Pada 1885, beliau menggambarkan organisme ini sebagai komunitas bakteri coli
(Escherich 1885) dengan membangun segala perlengkapan patogenitasnya di
infeksi saluran pencernaan. Nama Bacterium Coli sering digunakan sampai
pada tahun 1991. Ketika Castellani dan Chalames menemukan genus Escherichia
dan menyusun tipe spesies E. Coli.
Klasifikasi
Superdomain : Phylogenetica
Filum : Proterobacteria
Kelas : Gamma Proteobacteria
Ordo : Enterobacteriales
Family : Enterobacteriaceae
Genus : Escherichia

Species : Escherichia Coli

Morfologi E. Coli dari anggota family Enterobacteriaceae. Ukuran sel dengan
panjang 2,0 6,0 m dan lebar 1,1 1,5 m. Bentuk sel dari bentuk seperti
coocal hingga membentuk sepanjang ukuran filamentous. Tidak ditemukan spora..
E. Coli batang gram negatif. Selnya bisa terdapat tunggal, berpasangan, dan dalam
rantai pendek, biasanya tidak berkapsul.bakteri ini aerobic dan dapat juga aerobic
fakultatif. E. Coli merupakan penghuni normal usus, seringkali menyebabkan
infeksi. Morfologi Kapsula atau mikrokapsula terbuat dari asam asam
polisakarida. Mukoid kadang kadang memproduksi pembuangan ekstraselular
yang tidak lain adalah sebuah polisakarida dari speksitifitas antigen K tententu
atau terdapat pada asam polisakarida yang dibentuk oleh banyak E. Coli seperti
pada Enterobacteriaceae. Selanjutna digambarkan sebagai antigen M dan
dikomposisikan oleh asam kolanik.
Biasanya sel ini bergerak dengan flagella petrichous. E. Coli memproduksi
macam macam fimbria atau pili yang berbeda, banyakmacamnya pada struktur
dan speksitifitas antigen, antara lain filamentus, proteinaceus, seperti rambut
appendages di sekeliling sel dalam variasi jumlah. Fimbria merupakan rangkaian
hidrofobik dan mempunyai pengaruh panas atau organ spesifik yang bersifat
adhesi. Hal itu merupakan faktor virulensi yang penting.E. Coli merupakan
bakteri fakultatif anaerob, kemoorganotropik,mempunyai tipe metabolisme
fermentasi dan respirasi tetapi pertumbuhannya paling sedikit banyak di bawah
keadaan anaerob.pertumbuhan yang baik pada suhu optimal 370C pada media
yang mengandung 1% peptone sebagai sumber karbon dan nitrogen. E.Coli
memfermentasikan laktosa dan memproduksi indol yang digunakan untuk
mengidentifikasikan bakteri pada makanan dan air. E. coli berbentuk besar (2-3
mm), circular, konveks dan koloni tidak berpigemn pada nutrient dan media
darah. E. Coli dapat bertahan hingga suhu 600C selama 15 menit atau pada 550C
selama 60 menit.
Patogenesis :
Penyakit yang sering ditimbulkan oleh E. Coli adalah DIARE. Berikut adalah
penyakit diare yang berkaitan. Penyakit diare yang berkaitanE. Coli yang
menyebabkan diare sangat sering ditemukan diseluruh dunia. E, Coli ini
diklasifikasikan oleh cirri khas sifat sifat virulensinya dan setiap grup
menimbulkan penyakit melalui mekanisme yang berbeda, antara lain:
a. E. Coli Enteropatogenik (EPEC)
Penyebab penting diare pada bayi, khususnya di Negara berkembang. EPEC
melekat pada sel mukosa yang kecil. Faktor yang diperantarai secara kromosom
menimbulkan pelekatan yang kuat. Akibat dari infeksi EPEC adalah diare cair

yang biasanya sembuh sendiri taetapi dapat juga kronik. Lamanya diare EPEC
dapat diperpendek dengan pemberian anibiotik. Diare terjadi pada manusia,
kelinci, anjing, kucing dan kuda. Seperti ETEC, EPEC juga menyebabkan diare
tetapi mekanisme molekular dari kolonisasi dan etiologi adalah berbeda. EPEC
sedikit fimbria, ST dan LT toksin, tetapi EPEC menggunakan adhesin yang
dikenal sebagai intimin untuk mengikat inang sel usus. Sel EPEC invasive (jika
memasuki sel inang) dan menyebabkan radang.
b. E. Coli Enterotoksigenik (ETEC)
Penyebab yang sering dari diare wisatawan dan sangat penting menyebabkan
diare pada bayi di Negara berkembang. Faktor kolonisasi ETEC yang spesifik
untuk menimbulkan pelekatan ETEC pada sel epitel usus kecil. Lumen usus
terengang oleh cairan dan mengakibatkan hipermortilitas serta diare, dan
berlangsung selama beberapa hari. Beberapa strain ETEC menghasilkan eksotosin
tidak tahan panas. Prokfilaksis antimikroba dapat efektif tetapi bisa menimbulkan
peningkatan resistensi antibiotic pada bakteri, mungkin sebaiknya tidak
dianjurkan secara umum. Ketika timbul diare, pemberian antibiotic dapat secara
efektif mempersingkat lamanya penyakit. Diare tanpa disertai demam ini terjadi
pada manusia, babi, domba, kambing, kuda, anjing, dan sapi. ETEC menggunakan
fimbrial adhesi (penonjolan dari dinding sel bakteri) untuk mengikat sel sel
enterocit di usus halus. ETEC dapat memproduksi 2 proteinous enterotoksin: dua
protein yang lebih besar, LT enterotoksin sama pada struktur dan fungsi toksin
kolera hanya lebih kecil, ST enterotoksin menyebabkan akumulasi cGMP pada sel
target dan elektrolit dan cairan sekresi berikutnya ke lumen usus. ETEC strains
tidak invasive dan tidak tinggal pada lumen usus.
c. E. Coli Enterohemoragik (EHEC)
Menghasilkan verotoksin, dinamai sesuai efek sitotoksinya pada sel Vero, suatu
sel hijau dari monyet hijau Afrika. Terdapat sedikitnya dua bentuk antigenic dari
toksin. EHEC berhubungan dengan holitis hemoragik, bentuk diare yang berat dan
dengan sindroma uremia hemolitik, suatu penyakit akibat gagal ginja akut, anemia
hemolitik mikroangiopatik, dan trombositopenia. Banyak kasus EHEC dapat
dicegah dengan memasak daging sampai matang. Diare ini ditemukan pada
manusia, sapi, dan kambing.

BAB III
Data dan Pembahasan
3.1 Data
Absorbansi
354

sampel

0,005

Lab 1

0,000

Lab 2

0.033

Lab 3

0,004

0,053

0,047

Sungai 1

Sungai 2

Sungai 3

Kurva standar diatas digunakan sebagai dasar penentuan konsentrasi as. Shikimic
dengan :
Y= konsentrasi as. Shikimic
X = absorbansi
Dengan demikian konsentrasi as shikimic yang didapat adalah
Lab 1
83,86491

Lab 2

Lab 3

Sungai 1

83,8
6

83,89

83,863
3

Sungai 2
83,91202

Sungai 3
83,90613

3.2 Analisis Data

Jenis E.
Coli
Lab
Sungai

Ulangan
1
2
83,86491 83,86
83,8633
83,91202

3
83,89
83,90613

Hasil sidik ragam

sk
db
blok
perlakuan
galat
total

f tab 5 f tab
jk
kt
f hit
%
1%
2 0,001186 0,000593 0,920458
199
1 0,000738 0,000738 1,145782
216
3 0,001932 0,000644
6

Dikarenakan hasil sidik ragam Fhitung kurang dari F tabel maka hipotesis
penelitian ditolak. Sehingga jenis E.Coli tidak berpengaruh pada hasil produksi
asam shikimat.

3.3 Prosedur Kerja

a. Isolasi Bakteri Coliform
b. Pembiakan Bakteri Coliform pada medium agar miring
c. Preparasi Bakteri Coliform pada medium NC
d. Produksi Asam Shikimat
bahan :
Glucose ( 50.00 gms ), Monopotassium Phosphate ( 1 gm ), Ammonium Sulphate
( 25 gms ), Magnesium Sulphate - 7 H2O ( 00.40 gm ), L Tyrosine (
00.10 gm ), L Tryptophan ( 00.10 gm ), L Phenylalanine ( 00.10 gm ), P
Aminobenzoic Acid ( 01.00 mg ), Ferrous Sulphate - 7 H2O ( 09.90
mg), Manganese Sulphate - 4 H2O ( 07.20 mg ), Zinc Chloride ( 25.00
mg ), Copper Sulphate - 7 H2O ( 00.50 mg ), Calcium Carbonate ( 20.00
gms ), pH 7
e. Deteksi Asam Shikimat dengan spektrofotometer.

BAB IV
Pembahasan
4.1 Pembahasan
Bakteri metabolik rekayasa memberikan rute penting untuk produksi asam
shikimic melalui fermentasi (Campbell et al., 1993; Krmer et al., 2003). Bakteri
E. coli telah menjadi fokus dari kebanyakan upaya rekayasa metabolik (Ahn et al,
2008;.. Escalante et al, 2010; Johansson dan Liden, 2006; Johansson et al, 2005,
2006. Knop et al., 2001; Yi et al., 2002, 2003), tetapi penelitian pada bakteri
lainnya juga telah dilaporkan.Beberapa pendekatan rekayasa metabolik telah
dikembangkan untuk kelebihan asam shikimat di E. coli (Ahn et al, 2008;..
Chandran et al, 2003; Escalante et al, 2010.; Gibson et al., 2001; Johansson et al.,
2005; Knop et al., 2001; Krmer et al., 2003). Semua ini didasarkan pada genetik
modi fi kasi untuk mengubah metabolisme karbon pusat dan jalur asam shikimat
(Tabel 1).
Jalur asam shikimat membutuhkan PEP dan E4P (Gbr. 2). The sup-ply dari PEP
dan E4P dapat ditingkatkan melalui rekayasa metabolik dari jalur glikolisis dan
jalur fosfat pentosa, masing-masing. Kedua pendekatan ini telah dibuktikan. Lebih
dari ekspresi transketolase (tktA) mengakibatkan peningkatan yield asam shikimic
0,12-0,18 mol / mol dan titer 38-52 g / L dengan meningkatkan konsentrasi E4P
(Knop et al., 2001). Dalam rekombinan E. coli, peningkatan ketersediaan dari PEP
telah meningkatkan produksi shikimic Asam (Chandran et al, 2003;.. Yi et al,
2002). The modi fi kasi dari jalur glikolisis melibatkan lebih dari ekspresi PEP
synthase (PPSA) mengarah ke peningkatan titer asam shikimic untuk 66 g / L dan
yield glukosa 0,23 mol / mol (Chandran et al., 2003). Inaktivasi operon PTS (PTS
), ekspresi PTS non-transporter glukosa seperti glukosa Difasilitasi-tor (GLF),
glukokinase (GLK) dalam kombinasi dengan lebih dari ekspresi tktA gen
dilaporkan meningkatkan titer asam shikimic untuk 71 g / L (Chandran et al,
2003;.. Gibson et al, 2001). Menggunakan rekayasa E. coli galur, konsentrasi
asam shikimic bisa lebih diangkat ke 84 g / L dengan menambah media minimal
dengan ekstrak ragi (Chandran et al., 2003). asam shikimat bisa diproduksi selama
pertumbuhan expo-nential pada glukosa untuk konsentrasi fi nal dari 87 g / L
(Chandran et al., 2003). Sifat dari sumber karbon yang terkena dampak
produktivitas asam shikimic (Ahn et al, 2008;.. Li et al, 1999). Dalam studi
sebelumnya, titer asam shikimic dari E. coli strain metabolisme rendah sebagian
disebabkan produksi simultan asam quinic (Knop et al., 2001). Produksi asam
quinic selama bio-sintesis asam shikimic merupakan konsekuensi dari mikrobadikatalisasi equilibrium dari asam shikimic (Knop et al., 2001). Masalah ini
tampaknya telah diselesaikan dalam pandangan titer tinggi sungai tersebut. asam
shikimat dapat diproduksi dengan mudah dari DHS. Ada-kedepan, beberapa studi

rekayasa metabolik telah difokuskan pada overpro-duksi dari DHS. kelebihan

besar DHS dimetabolik mikroorganisme direkayasa telah dicapai (Draths dan
Frost, 1990; Li dan Frost, 1999; Li et al., 1999; Yi et al., 2002, 2003) Misalnya, E.
coli konstruksi telah memproduksi sebanyak 60 g / L DHS dari glukosa dalam 60
h (Yi et al., 2003). Sebuah analisis komparatif D-xylose, D-glukosa dan Darabinosa sebagai sumber karbon untuk m icrobial sintesis DHS juga dilaporkan
(Li dan Frost, 1999) (Tabel 3). strain E. coli rekombinan yang berbeda digunakan
dengan berbagai sumber karbonuntuk produksi DHS. Selain bakteri E.Coli
Bakteri Bacillus Subtilis dan citrobacter juga dikenal dapat memproduksi asam
shikimat. Dengan hasil produksi rata-rata 20 g/L.

Daftar Rujukan
Ahn JO, Lee HW, Saha R, Park MS, Jung JK, Lee DY Exploring the
effects of carbon sources on the metabolic capacity for shikimic
acid production in Escherichia coli using in silico metabolic
predictions. J Microbiol Biotechnol; 18(11)1773-84.(2008).
Chandran S.S., Yi J, Draths K.M., Von Daeniken R, Weber W, Frost JW.
Phosphoenolpyruvate availability and the Biosynthesis of shikimic
acid. Biotechnol Prog.; 19:808-804. (2003)
Chemler, J. A. & Koffas, M. A. Metabolic engineering for plant natural
product biosynthesis in microbes. Curr. Opin. Biotechnol. 19, 597605
(2008).
Collier, L.,1998, Microbiology and Microbial Infections, Edisi 9, 935 939,
Oxford University Press, Inc., New York.
Jawetz, 1996, Mikrobiologi Kedokteran, Edisi 20, 238 240, EGC, Jakarta.
Pelczar, 1988, Dasar Dasar Mikrobiologi, 809 812, UI Press, Jakarta.