Anda di halaman 1dari 6

II.

2.1.

TINJAUAN PUSTAKA

DNA
DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya dalam

bentuk heliks ganda yang mengandung instruksi genetik yang menentukan


perkembangan biologis dari seluruh bentuk kehidupan sel. DNA berbentuk
polimer panjang nukleotida, mengkode barisan residu asam amino dalam protein
dengan menggunakan kode genetik, sebuah kode nukleotida triplet. DNA
seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk
penurunan sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia,
ciri-ciri ini misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit.
Selama pembelahan sel, DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan
selama reproduksi (Peyrard, 2004).
Menurut Peyrard (2004), DNA adalah resep, skema, sistematika, manual,
peta, cetak biru, rancangan, dan informasi biologis yang unik dari makhluk hidup.
Persis seperti setiap bangunan gedung yang ada cetak birunya masing-masing.
Tidak hanya bentuk fisik makhluk hidup, tapi juga sifat, lewat keturunan. Jadi
sifat manusia bisa terbentuk dari 2 hal:
1. Turunan genetis dari orang tua
2. Unsur Lingkungan
DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan
Swiss Friedrich Miescher, di Tubingen, Jerman yang menamainya nuclein
berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap
peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan dengan
ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua molekul
yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori
tersebut. (Van Berkum, 1995).
DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang
molekul yang digandeng oleh ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai
komplementer dengan ikatan hidrogen di antara mereka. Masing-masing untai
DNA adalah rantai kimia yakni nukleotida, yang terdiri dari empat tipe: Adenine
(A), Cytosine (C), Guanine (G) dan Thymine (T) (Peyrard, 2004).

DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama
sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui
jembatan fosfodiester antara posisi 3 suatu mononukleotida dan posisi 5 pada
mononukleotida lainnya. Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat
(DNA) dan asam ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan
keterangan di dalam semua sel (Jamilah, 2005).
2.2.

Pengertian Ekstraksi DNA


Ekstraksi DNA adalah langkah pertama yang sangat penting dalam analisis

DNA sequencing. Kualitas secara keseluruhan, akurasi dan panjang pembacaan


urutan basa DNA dapat dipengaruhi secara signifikan oleh karakter sample itu
sendiri, dan metode yang dipakai untuk ekstraksi DNA. Mengisolasi DNA dengan
kualitas tinggi dari berbagai jenis sample memiliki tantangan tersendiri, dan
metode yang ideal akan beragam bergantung pada jenis jaringan/tissue (termasuk
darah), bagaimana ia diperoleh dari sumbernya, dan bagaimana sample ditangani
atau disimpan sebelum diekstrak (Peters, 1993).
Isolasi DNA dilakukan dengan tu!uan untuk memisahkan DNA dari bahan
lain seperti protein,lemak, dan karbohidrat. Ekstraksi merupakan pemisahan DNA
dari bahan padatseperti selulosa dan protein. Pemurnian adalah menghilangkan
beberapa kontaminan seperti senyawa sekunder (fenol), polisakarida, DNA dan
juga protein (Syukur, 2013).
2.3.

Metode Ekstraksi DNA


Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan

senyawa kimia seperti EDTA (ethyllenediamine tetraacetic acid), dan SDS


(Sodium Dodecyl Sulfate). EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara
mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel
maupun mempertahankan aktivitas enzim nuclease yang merusak asam nukleat).
SDS merupakan sejenis deterjen yang berfungsi merusak membran sel. enzim
proteinase K dapat digunakan untuk menghancurkan protein. Kotoran akibat lisis
sel dipisahkan dengan cara sentrifugasi. kemudian molekul nuleotida (DNA dan
RNA) yang telah dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan

menggunakan phenol. Dalam proses ini sebagian kecil DNA juga dapat
dibersihkan.
Setelah sentrifugasi akan terbentuk 2 fase yang terpisah yakni fase organik
pada lapisan bawah dan fase aquoeus (air) pada lapisan atas sedangkan DNA dan
RNA akan berada pada fase aquoeus setelah sentrifugasi sedangkan protein yang
terdenaturasi akan berada pada interfase dan lipid akan berada pada fase organik.
Selain fenol, dapat pula digunakan campuran fenol dan kloroform atau campuran
fenol, kloroform, dan isoamil alkohol untuk mendenaturasi protein. Ekstrak DNA
yang didapat seringkali juga terkontaminasi oleh RNA sehingga RNA dapat
dipisahkan dari DNA ekstrak dengan cara pemberian RNAse (Cooper, 2000).

2.4.

Elektroforesis
Elektroforesis berasal dari bahasa Yunani yang mempunyai arti transport

atau perpindahan melalui partikel-partikel listrik. Elektroforesis adalah suatu cara


analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan molekul-molekul protein
bermuatan di dalam medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam
medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari
molekul (Lewis, 2003).
Elektroforesis pertama kali dicetuskan oleh virologiwan yang bernama Vin
Thorne dari Institut Virologi Glasgow. Thorne tertarik untuk menemukan cara
yang paling efektif dalam analisis hasil amplifikasi DNA. Thorne beranggapan
bahwa sumber listrik mampu memisahkan molekul-molekul DNA berdasarkan
ukurannya. Hal tersebut didasarkan juga pada sifat DNA yang bemuatan negatif.
Thorne berhasil memisahkan superhelical nicked dan bentuk linear dari DNA
poliomavirus dengan menggunakan gel agar (Smith, 2004).
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik.
Medan listrik dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan
dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang
ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul
yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus

listrik dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka molekul
tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif (Lewis, 2003).
Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya. Pergerakan ini dapat
dijelaskan dengan gaya Lorentz. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub
yang berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub
negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah
muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya (Lewis,
2003).
Menurut Peters (1993), berikut ini adalah macam-macam dari
elektroforesis:
1. Elektroforesis Kertas
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai
fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama
ialah ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi
sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada
muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan,
konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan adsorpsivitas zat
terlarut (Anonym, 2011).
2. Elektroforesis Gel
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam
untuk memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel dilakukan
dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul
yang lebih besar seperti protein-protein. Kemudian elektroforesis gel
berkembang dengan menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel media.
Dalam elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam
dan fase bergerak (eluen). Fase diam berfungsi menyaring objek yang akan
dipisah, sementara fase bergerak berfungsi membawa objek yang akan dipisah.
Sering kali ditambahkan larutan penyangga pada fase bergerak untuk menjaga
kestabilan objek elektroforesis gel. Elektroda positif dan negatif diletakkan
pada masing-masing ujung aparat elektroforesis gel (Jamilah, 2005).
3. Elektroforesis Kapiler

Elektroforesis kapiler adalah metode elektroforesis yang digunakan untuk


memisahkan asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan nukleotida dengan
resolusi tinggi yang dilakukan pada pipa kapiler berisi buffer. Metode ini mulai
digunakan secara luas pada akhir tahun 1940 untuk aplikasi dalam berbagai
bidang seperti bioteknologi, kimia, lingkungan, dan analisis farmasi.
Elektroforesis

kapiler

menggunakan

listrik

bertegangan

tinggi

yang

menyebabkan semua komponen ion atau molekul netral bergerak ke katoda.


Deteksi dapat dilakukan dengan teknik pendeteksian spektrometri atau
elektrokimia. Teknik

pemisahan ini dipengaruhi oleh tegangan listrik,

koefisien difusi, panjang, dan diameter pipa kapiler, serta konsentrasi sampel.
Metode ini memiliki efisiensi dan selektivitas yang baik namun boros listrik
karena menggunakan tegangan tinggi dan alatnya juga mahal (Jamilah, 2005)

2.5.

DNA Ladder
DNA ladder atau juga biasa disebut ladder merupakan suatu larutan dari

beberapa DNA yang diketahui panjangnya. Saat digunakan bersamaan dengan


larutan DNA lain yang tidak diketahui panjangnya pada gel agarose, ladder dapat
membantu kita dalam penentuan ukuran dari fragmen dengan membandingkannya
pada panjang yang dimiliki DNA Ladder (Higgins, 2012).
Ladder juga dapat digunakan bersama produk seperti RFLP untuk
membantu mengukur ukuran hambat dari fragmen. Namun karena bagian DNA
yang didapat pada analisa RFLP lebih kecil dibanding dari hasil analisa PCR,
DNA ladder yang digunakan adalah ladder yang memiliki fragmen berukuran
kecil (Higgins, 2012).

Gambar 1. Range of DNA Ladder (Higgins, 2012).

DNA ladder yang ukurannya sudah diketahui dimasukkan juga ke dalam


gel untuk mengidentifikasi DNA. Agarose gel elektroforesis adalah suatu prosedur
yang

terdiri

dari

pengisian

DNA dalam

agarose

gel

dan

kemudian

menghubungkan arus listrik pada gel. Sebagai hasilnya, rantai DNA yang lebih
kecil bergerak lebih cepat dari pada rantai yang lebih besar melalui gel menuju
arus positif (Hays, 2005).