Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan Gedi Merah

(Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau

(Abelmoschusmoschatus)Berdasarkan Gen matK

Oleh:
Yusuf Rifki Fattah
101011010

PROGRAM STUDI KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SAM RATULANGI
MANADO
2014

Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan Gedi Merah

(Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau
(Abelmoschusmoschatus)Berdasarkan Gen matK

Oleh:
Patrisia Jaklin Landeng
13101101001

PROGRAM STUDI KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SAM RATULANGI
MANADO
2014

ABSTRAK

YUSUF RIFKI FATTAH. Isolasi dan Identifikasi Barcode Tanaman Gedi Merah
(Abelmoschusmanihot
L.medik)
dan
gedi
hijau
(Abelmoschus
moschatus)Berdasarkan Gen matK. Di bawah bimbingan Vanda S. Kamu, S.Pd,
M.Si dan Dr. Ir. Max Runtuwene, M.Si.
Gedi (Abelmoschus L.) merupakan tumbuhan tropis. Tumbuhan ini memilki efek
farmakologis. Suatu metode baru untuk mengidentifikasi dan menganalisis
keanekaragaman genetika spesies telah dikembangkan dengan menggunakan
potongan gen standar yang dikenal dengan teknik DNA barcoding. Salah satu gen
yang terdapat pada tumbuhan yaitu gen matK yang dijadikan standar untuk
barcoding. Pada penelitian ini telah dilakukan isolasi DNA total dan gen matK
penanda barcode DNAdari gedi merah dan gedi hijau, serta analisis in-silico
terhadap produk gen matK gedi merah, gedi hijau,dan kerabat terdekatnya.Gen
matK diisolasi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
menggunakan PrimerForward (5-CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAG-3)
dan Primer Reverse (5-ACCCAGTCCATCTGGAAATCTTGGTTC-3).Hasil
pengurutan
nukleotida
DNA
barcodematKmenunjukkan
bahwa
sebanyak828pbmatK berhasil diisolasi untuk tumbuhan gedi merah dan tumbuhan
gedi hijau.Selain itu, hasil isolasi matK gedi merah dan gedi hijau menunjukkan
tingkat kemiripan yang tinggi.Analisis in-silico menunjukkan sebagian besar
protein matK dari sepuluh tumbuhan yang dipilih memilki kesamaan residu asam
amino.
Kata kunci: TumbuhanGedi, matK, DNA barcoding, in silico.

SURAT PERNYATAAN
Saya mahasiswa Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas
Sam Ratulangi yang bertanda tangan di bawah ini:
Nama
Yusuf Rifki Fattah
:
NIM
101011010
:
Program Studi
Kimia
:
Strata
1
:
Judul Skripsi
Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan Gedi
:
Merah (Abelmoschusmanihot L.medik) dangedi
hijau(Abelmoschusmoschatus)Berdasarkan
Gen
matK.
menyatakan bahwa pustaka yang digunakan di dalam Skripsi saya tersebut di atas
adalah benar adanya dan isi dari Skripsi bukan merupakan plagiat. Apabila
pernyataan ini tidak benar, maka saya sebagai mahasiswa bersangkutan siap
diberikan sanksi dengan ketentuan yang berlaku.
Demikian pernyataan ini dibuat.
Manado, 19 September 2014
Mengetahui:
Pembimbing:

Tanda Tangan:

1. Vanda S. Kamu, S.Pd, M.Si

1.

2. Dr. Ir. Max Runtuwene, M.Si

2.

Yusuf Rifki Fattah

Mengetahui:
Wakil Dekan Bidang Akademik

Prof. Dr. Ir. John S. Kekenusa, MS

NIP. 19580824 198303 1 005

Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan Gedi Merah

(Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau (Abelmoschus

moschatus)Berdasarkan Gen matK

YUSUF RIFKI FATTAH

Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains (S.Si)
Pada Program Studi Kimia

PROGRAM STUDI KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SAM RATULANGI
MANADO
2014

Judul Skripsi

Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan

Gedi

Merah

(Abelmoschusmanihot

L.medik) dan Gedi Hijau (Abelmoschus

Nama
NIM
Program Studi

moschatus)Berdasarkan Gen matK

Yusuf Rifki Fattah
101011010
Kimia

:
:
:

Menyetujui:
1. Komisi Pembimbing

Vanda S. Kamu, S.Pd, M.Si

Ketua

2. Dekan F-MIPA UNSRAT

Dr. Ir. Max Runtuwene, M.Si

Anggota

3. Ketua Program Studi

Prof. dr. Edwin de Queljoe, M.Sc, Sp. AndDra. Meiske S. Sangi, M.Si
NIP. 19510612 198103 1 006
NIP. 19580113 198503 2 002

Tanggal Lulus : 19 September 2014

RIWAYAT HIDUP

Penulis lahir di Gorontalo pada tanggal 21 Juli 1992, sebagai anak pertama dari 2
bersaudara,dari pasangan Ayah Rahmat Fattah dan Ibu Rosmiyati Adam.

Penulis mengawali jenjang pendidikan pada tahun 1999 di Sekolah Dasar Negeri
1 Kecamatan Suwawa Kabupaten Bone Bolango di Kota Gorontalo, pada tahun
2003 pindah ke Sekolah Dasar Negeri 2 Inpres Tondo Kota Palu, lulus pada tahun
2005. Pada tahun yang sama terdaftar sebagi anak didik di Sekolah Lanjut Tingkat
Pertama Negeri 15 Palu, pada tahun 2006 pindah ke Sekolah Lanjut Tingkat
Pertama Negeri 7 Manado, lulus pada tahun 2007. Kemudian melanjutkan studi di
Sekolah Menengah Atas Negeri 2 Manado, lulus pada tahun 2010.Penulis
melanjutkan studi ke Universitas Sam Ratulangi Manado pada tahun 2010.
Penulis lulus seleksi program Timou Tou di Universitas Sam Ratulangi, yaitu di
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, di Jurusan Kimia.

Selama mengukuti perkuliahan penulis melaksanakan Praktek Kerja Lapangan

(PKL) di Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pencegahan Penyakit (BTKLPP) Kelas 1 Manado dan Kuliah Kerja Terpadu (KKT) angkatan 103 pada tahun
2014.
Penulis pernah aktif dalam beberapa organisasi diantaranya menjadi anggota
Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM) pada tahun 2012, anggota Himpinan
Mahasisiwa Kimia (HIMMAKIM) dan anggota Biro Kerohanian Islam (BKI) di
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sam Ratulangi.

KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT Tuhan Yang Maha Esa karena
atas limpahan rahmat dan karuniaNya, sehingga penulis dapat menyelesaikan
penelitian dan penulisan skripsi dengan baik. Skripsi ini ditulis berdasarkan
penelitian dengan judul Isolasi dan Identifikasi Barcode Tanaman Gedi
Merah (Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau (Abelmoschus
moschatus)Berdasarkan Gen matK, yang dilaksanakan pada bulan April s/d
Juli 2014.
Penulis sangat menyadari bahwa dalam penulisan skripsi ini masih jauh dari
sempurna. Kepada semua pihak yang telah memeberikan bantuan pemikiran,
bimbingan, tenaga, materil dan moral serta dorongan semangat sehingga
terselesaikannya karya ini. Untuk itu penulis ingin menyampaikan ucapan rasa
terima kasih yang tulus dan sedalamnya kepada :
1

Bapak Prof. dr. Edwin de Queljoe, M.Sc, Sp. And. selaku Dekan Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universits Sam Ratulangi Manado.

Ibu Dra. Meiske S. Sangi, M.Si selaku Ketua Program Studi Kimia dan Ibu
Lidya I. Momuat, M.Si selaku Sekretaris Program Studi Kimia Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universits Sam Ratulangi Manado.

Ibu Vanda S. Kamu, S.Pd, M.Si , Bapak Dr. Ir. Max Runtuwene, M.Si dan Ibu
Maureen Kumaunang, S.Si, M.Si selaku pembimbing yang telah meluangkan
waktu untuk mengarahkan, memberikan masukan dan membimbing penulis
dengan penuh tanggung jawab bagi penyelesaian skripsi ini.

Bapak Prof. Dr. Edi Suryanto, M.Si dan Bapak Audy Wuntu, M.Si selaku
dosen penguji yang telah memberikan saran dan masukan dalam penyelesaian
skripsi ini.

Seluruh staf Dosen FMIPA yang telah membekali penulis dengan ilmu
pengetahuan selama berada di fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan
Alam Universitas Sam ratulangi Manado.

Teman-teman seangkatan, Kimia 2010 (Kurniawan Adi Saputra, Wiwin

Abdullah, Billy Mokoagow, Cindy Kalangi, Irmi Bangol, Christiviany
Lalompoh, Chaleb Maanari, Tanza A. Tubagus, Grace A. B. Patiung, Ryan V.
Saryana, Sitti N. Sultan, Cindy Satolom, Filbert, Christmas Togas, Grace
Baud, Chendy Dapas, Lysa Datu, Magdalena Sidabutar, Nadhilah Bachmid,
Yosep Tempomona, Maradja Dawanaka, Fendy Mondong, Sitti R. Limo, Juan
Prawira, Sulistiawaty Udjaili, Erpi Bangol, Randy Banggai, Eka Ayu Wardani,
Angel Tomo Colling, Jesse Pendong, Enggelina Pahu, dan Eunike Oping )

terima kasih atas kebersamaanya.

Bapak Ustadz Nadikin, drg. Nushiddiq Hadyatmaja (Kak Shiddiq) dan Kak
Surono yang telah banyak membantu dan memberi motivasi serta dukungan

selama penyelesaian skripsi ini.

Teman-teman seperjuangan Masjid Ulil-Albab Kampus (Kak Ryan, Kak
Fachrul, Kak Mail, Kak Zaid, Sanja, Jefri, Zaid, Syarif, Daud, Edo, Ido, Raju,

Olan, Faisal, dan Mas Eno) terima kasih atas doa dan dukungannya.
Semua pihak yang telah membantu dalam perkuliahan, penelitian hingga
penulisan skripsi ini, yang tidak dapat dituliskan satu persatu. Terima kasih
untuk semuanya.

Ungkapan terima kasih dan penghargaan tak terhingga juga penulis sampaikan
kepada yang terkasih kedua orang tua, serta seluruh keluarga besar atas segala
doa, kasih sayang, perhatian, motivasi, teguraan dan nasehat yang selalu diberikan
dengan tulus kepada penulis.
Akhir kata bahwa penulisan skripsi ini masih jauh dari kesempurnaan dan
memerlukan banyak kritikdan saran yang membangun demi perbaikan
selanjutnya. Meskipun demukian, semoga apa yang dituangkan didalam skripsi
ini dapat bermanfaat bagi kita semua.
Manado, 19 September 2014

Yusuf Rifki Fattah

DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR ...
i
DAFTAR ISI . iii
DAFTAR GAMBAR
v
DAFTAR TABEL . vi
DAFTAR LAMPIRAN vii
I
PENDAHULUAN 1
1.1 Latar Belakang ... 1
1.2 Perumusan Masalah .... 4
1.3 Tujuan .................... 4
1.4 Manfaat ... 4
II

III

IV

TINJAUAN PUSTAKA ..
2.1 Tumbuhan Gedi ..
2.1.1
Klasifikasi Tumbuhan
2.1.2
Manfaat dan Kandungan Senyawa .
2.2 DNA Barcoding ..
2.2.1
Isolasi DNA dengan Polymerase Chain reaction (PCR)

2.3 Elektroforesis .
2.4 Analisis in silico

5
5
5
7
8
9

METODOLOGI PENELITIAN ..
3.1 Tempat dan Waktu Penelitian
3.2 Bahan dan Alat ..
3.2.1 Bahan..
3.2.2 Alat.
3.3 Metode Penelitian
3.3.1 Preparasi Sampel
3.3.2 Isolasi DNA total...........
3.3.3 Isolasi Gen matK dengan Proses Amplifikasi pada
polymerase Chain Reaction (PCR)
3.3.4 Elektroforesis..
3.3.4.1 Pembuatan Sel Agarosa...
3.3.4.2 Elektroforesis Gel Agarosa.
3.3.5 Pengolahan Data Sekuens dan Analisis data secara Insilico.

12
12
12
12
12
13
13
13
13

HASIL DAN PEMBAHASAN ...

4.1 Hasil Isolasi DNA Total Tumbuhan Gedi...
4.2 Amplikasi gen matK Polymetase Chain Reaction (PCR)
...
4.3 Hasil Sekuensi ...

16
16
17

10
11

14
14
14
15

18

4.4

4.3.1 Sekuense DNA Tumbuhan Gedi Merah.

4.3.2 Sekuense DNA Tumbuhan Gedi Hijau .
4.3.3 Perbandingan Barcode DNA Gedi merah dan Gedi Hijau
Analisis in-silico
4.4.1 Analisis Kemiripan matK Tumbuhan Gedi
4.4.2 Sifat fisiologis aktif ...

18
20
22
24
24
27

PENUTUP 31
5.1 Kesimpulan.. 31
5.2 Saran ... 31

DAFTAR PUSTAKA.
LAMPIRAN ..

32
34

DAFTAR GAMBAR

Halaman
Gambar 1
Gambar 2
Gambar 3
Gambar 4
Gambar 5
Gambar 6
Gambar 7
Gambar 8
Gambar 9
Gambar 10
Gambar 11
Gambar 12
Gambar 13
Gambar 14
Gambar 15
Gambar 16

Tumbuhan Gedi ..
Tahapan Proses PCR Secara Umum .
Hasil Isolasi DNA Total Tumbuhan Gedi...
Elektriforegram Tumbuhan Gedi
Sekuens Primer Forward Tumbuhan Gedi Merah .
Sekuens Primer Reverse Tumbuhan Gedi Merah
Sekuens DNA Barcode matK Tumbuhan Gedi Merah...
Sekuens Primer Forward Tumbuhan Gedi Hijau
Sekuens Primer Reverse Tumbuhan Gedi Hijau.
Sekuens DNA Barcode matK Tumbuhan Gedi Hijau ..
Perbandingan Sekuens DNA Barcode ..
Proses BLAST Dalam Situs NCBI..
Daftar Kemiripan Protein matK
Penjajaran matK Tumbuhan Gedi
Format FASTA Dari Protein matK dalam NCBI
Analisis Sifat Fisiologis aktif dengan ProtParam

6
10
16
17
19
19
20
21
21
22
23
24
25
26
27
28

DAFTAR TABEL

Halaman
Tabel 1
Tabel 2
Tabel 3

Potein matK Dari Beberapa Tumbuhan

Hasil Analisis Sifat Fisika Kimia matK ...............................
Analisis Komposisi Asam Amino matK

DAFTAR LAMPIRAN

25
28
29

Halaman
Lampiran
Lampiran
Lampiran
Lampiran

1
2
3
4

Bagan Isolasi DNA Total ...

Bagan Amplifikasi gen matK dengan PCR
Dokumentasi isolasi DNA Total.
Dokumentasi PCR Dan elektroforesis

35
36
37
38

I. PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Gedi (Abelmoschus L.) merupakan tumbuhan tropis famili Malvaceae,
secara tradisional telah lama dikenal di Sulawesi Utara sebagai tanaman sayuran.
Tumbuhan ini memilki efek farmakologis untuk membantu penyembuhan
berbagai

jenis

penyakit

(Mamahit

dan

Sukamto,

2010).

Masyarakat

memanfaatkan daun gedi yang direbus tanpa diberi bumbu sebagai obat
tradisional untuk menurunkan kadar kolesterol, hipertensi dan antidiabetes (Suoth
et al., 2013).
Tumbuhan genus Abelmoschus hanya dapat ditemui di daerah beriklim
tropik, terutama di Afrika dan Asia. Abelmoschus terdiri dari 15 spesies, di
Indonesia hanya dikenal 3 spesies yaitu: Abelmoschus moschatus, A. esculentus
dan A. manihot. Abelmoschus adalah kelompok tanaman herbal dengan
pertumbuhan cepat, tinggi tanaman sampai 2 meter, panjang daun 20-40 cm,
bentuk daun menjari sebanyak 3-7 helai daun (Bourdy dan Walter, 1992).
Abelmoschus menunjukkan kandungan lendir pada daun segar ketika dipotongpotong kecil (Morris, 2006).
Kemajuan teknologi pada bidang biokimia memungkinkan para ahli
melakukan rekayasa secara genetika dengan mengubah susunan asam amino pada
DNA dari genus tanaman tertentu untuk membuat tanaman yang lebih unggul
dalam bidang farmakologi, pangan, dan pertanian (Hidayati dan Dermawan,
2012). Hal ini memungkinkan hilangnya sumberdaya genetika dari genus
tanaman yang sebagian besar belum teridentifikasi (Krismawati dan Sabran,
1

2004).

Suatu

metode

baru

untuk

mengidentifikasi

dan

menganalisis

keanekaragaman genetika spesies telah dikembangkan dengan menggunakan

potongan gen standar yang dikenal dengan teknik (DNA) barcoding (Kress et al.,
2005).
Teknik DNA barcoding

pada tumbuhan dapat digunakan sebagai

identifikasi dan konfirmasi penemuan spesies baru dan monitoring perubahannya

dari waktu ke waktu dengan biaya yang efektif. Teknologi barcoding ini hanya
bertujuan untuk mengidentifikasi suatu spesies baik hewan atau tumbuhan dengan
metode yang efisien (Cowan et al., 2012).
Untuk mengidentifikasi DNA tanaman telah disepakati menggunakan
potongan DNA pendek standar yaitu gen ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase(rbcL)
dan maturase K (matK). Gen pengkode yang di gunakan adalah gen matK karena
lebih baik dan lebih akurat dibandingkan gen rbcL untuk mengidentifikasi suatu
spesies (Kolondam et al., 2012).
Analisis DNA dapat juga dilakukan dengan cara analisis in-silico, yang
dilakukan dengan menggunakan piranti lunak komputer, yang bertujuan untuk
mengetahui hubungan antara struktur, fungsi, dan stabilitas suatu protein sebagai
produk gen. (Radford and Dobson, 1999).Melalui hasil analisis dapat
diidentifikasi urutan DNA suatu organisme. Berdasarkan urutan DNA dapat juga
dianalisis sifat fisika-kimia produk proteinnya, sehingga dapat dijadikan studi
pendahuluan mengenai manfaat suatu organisme.Misalnya, tumbuhan gedi yang
diketahui mempunyai efek farmakologis,terdiri atas 15 spesies (mamahit.,2009).
Masing-masing spesies memilliki keunggulan tersendiri. Melalui analisis in-silico
tentang protein yang ada dalam tanaman gedi, maka dapat dilakukan studi lanjut

tentang efek farmakologis tumbuhan gedi. Data urutan DNA suatu protein dapat
diperoleh dengan mudah dalamsitus National Center for Biotechnology
Information (NCBI) (http://ncbi.nlm.nih.gov) yang dapat diakses lewat internet.
Dari data publikasi teknologi DNA barcoding yang diperoleh melalui
Barcode of Life Database (BOLD) Systems (www.boldsystems.org),belum ada
publikasi yang mencantumkan DNA barcode untuk tumbuhan gedi merah
(Abelmoschus manihot L). Selain itu juga belum ada publikasi yang
mencantumkan urutan nukleotida matK tumbuhan gedi hijau (Abelmoschus
moschatus) dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI).
Berdasarkan tinjauan tersebut, perlu dilakukan pengkodean DNA (DNA
barcoding) untuk mengidentifikasi DNA tumbuhan gedi merah dan gedi hijau.
Dalam penelitian ini dilakukan ekstraksi dan isolasi DNA terlebih dahulu
menggunakan DNA kit untuk tanaman. Kemudian dilakukan proses amplifikasi
gen menggunakan alat Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil dari PCR
tersebut dilihat dari jumlah salinan gen yang dihasilkan (amplikon). Selanjutnya
dilakukan elektroforesis DNA menggunakan gel agarosa dengan buffer yang
sesuai untuk memastikan keberhasilan proses PCR (Kress et al., 2005).Hasil
sequencing dari tanaman gedi merah (Abelmoschus manihot L. Medik) dan gedi
hijau (Abelmoschus moschatus), dilanjutkan dengan analisis secarain-silico untuk
mengetahui fungsi fisiologis aktif dari tumbuhan gedi dan melihat daerah yang
lestari (tingkat kemiripan) dari susunan sekuen DNA pada tumbuhan lainnya yang
tersedia dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI)
(http://ncbi.nlm.nih.gov).

I.2 Perumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas, maka rumusan masalah yang diambil adalah :
1. Bagaimana urutan sekuensdan kode barcode DNA dari tumbuhan gedi merah
dan hijau?
2. Bagaimanasifat fisiologis aktif matK tumbuhan gedi merah dan gedi hijau?

I.3 Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk :
1. Menentukan urutan sekuensdan kode barcode DNA dari tumbuhan gedimerah
dan gedi hijau.
2. Menganalisis matK tumbuhan Abelmoschus L. secara in-silico.

I.4 Manfaat

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah mengenai

kode barcodeDNA serta fungsi fisiologis aktif dari tumbuhan gedi merah
(Abelmoschus manihot L. Medik) dan gedi hijau (Abelmoschus moschatus).

II.

II.1

TINJAUAN PUSTAKA

Tumbuhan Gedi

II.1.1 Klasifikasi Tumbuhan

Tumbuhan gedi (Abelmoschus manihot), suku Malvaceae, merupakan

tumbuhan tahunan yang berbatang tegak dengan timggi sekitar 1,2 1,8 m.
Menurut data dari situs (www.ncbi.nlm.nih.gov) , tumbuhan gedi merah dan gedi
hijau diklasifikasikan sebagai berikut :

Tumbuhan

Gedi merah

Kingdom

Plantae

Subkingdom :

Tracheobionta

Divisi

Magnoliophyta

Subdivisi

Spermatophyta

Kelas

Magnoliopsida

Subkelas

Dilleniidae

Ordo

Malvales

Familia

Malvaceae

Genus

Abelmoschus

Nama latin

Abelmoschus manihot

Tumbuhan

Gedi hijau

Kingdom

Plantae

Subkingdom :

Tracheobionta

Divisi

Magnoliophyta

Subdivisi

Spermatophyta

Kelas

Magnoliopsida

Subkelas

Dilleniidae

Ordo

Malvales

Familia

Malvaceae

Genus

Abelmoschus

Nama latin

Abelmoschus moschatus

Di beberapa negara tumbuhan gedi memiliki nama lain seperti:

Langikuway (Philipina), Po fai (Thailand) danedible hibiscus (Ingris). Tumbuhan
gedi merah dan gedi hijau dapat dilihat pada gambar 1.

Gambar 1. a.) Tumbuhan Gedi merah b.) Tumbuhan Gedi Hijau (koleksi
pribadi)
II.1.2 Manfaat dan Kandungan Senyawa

Kandungan mucilago dari tanaman tersebut terdiri atas polisakarida dan

protein.

Tanaman

ini

mengandung

quercetin-3-o-robinobiosid,

hyperin,

isoquercetin, gossipetin-8-o-glukuronid dan myricetin (Liu et al., 2006). Tanaman

gedi dapat meningkatkan fungsi penyaringan glomerular, mengurangi proteinuria,
hyperplasia messangium yang dapat mengurangi kerusakan jaringan ginjal (ShaoYu et al., 2006). Daun gedi juga telah diuji dapat mencegah ovariectomy-induced
femoral ostopenia (kondisi densitas mineral tulang yang lebih rendah dari batas
normal pada bagian sendi tungkai akibat operasi pengangkatan rahim/ovarium)
(Lin-lin et al., 2007; Jain et al., 2009).

Tumbuhan gedi mengandung senyawa steroid (Mamahit, 2009), senyawa

asam heptadekanoat (Mamahit dan Soekamto, 2010) yang diisolasi dari fraksi nheksana. Ekstrak tumbuhan gedi mengandung flavanoid golongan flavanon dan
flavanonol (South et al., 2013). Daun dari tumbuhan gedi mengandung flavanoid
yang berperan sebagai anti-oksidan yang dapat mereduksi LDL dan trigliserida,
sehingga menghambata penumpukan LDL di dinding pembuluh darah. Daun gedi
juga mengandung steroid yang terdiri dari fitosterol yang dapat menurunkan kadar
kolesterol dan memepercepat ekskresi kolesterol.

II.2

DNA Barcoding
Metode baru untuk mempelajari DNA adalah DNA barcoding dengan

menggunakan potongan DNA pendek yang diambil dari jaringan hewan maupun
tumbuhan. Tujuan dari metode ini yaitu untuk mencari satu atau beberapa daerah
DNAyang akan membedakan berbagai mayoritas spesies yang terdapat di dunia.
Potongan DNA pendek standar yang digunakan dalam penentuan barcode
tumbuhan, adalah gen ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase (rbcL) dan gen
maturaseK (matK) yang terdapat pada plastida sedangkan barcode DNA untuk
hewan yaitu gen cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) yang terdapat pada mito
kondria (Kress et al., 2011).

Gen matK memiliki kecepatan subtitusi yang tinggi pada nukleotida dan
asam amino, serta memiliki variasi yang tinggi pada kodon posisi pertama dan
kedua. Sehingga, gen matK ini memiliki keakuratan dalam identifikasi pada
tingkat spesies dibandingkan gen lainnya (Jing et al., 2011).Gen matK lebih sulit
diamplifikasi tetapi memberikan resolusi yang lebih tinggi untuk perbandingan
spesies dan relatif beragam dalam satu spesies. Gen matK memiliki tingkat
keakuratan lebih besar dibandingkan dengan gen rbcL karena kecepatannya untuk
mensubtitusi DNA sehingga gen matK mampu mengidentifikasi sampai pada
tingkat spesies sedangkan gen rbcL hanya mampu membedakan sampel pada
tingkat genus saja. Sebab itu gen matK banyak digunakan dalam penelitian
(Hollingsworth et al., 2009).

II.2.1 Isolasi DNA dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)

Proses amplifikasi gen DNA barcoding menggunakan alat Polymerase
Chain Reaction (PCR). PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk
menggandakan jumlah molekul DNA. DNA disintesis dengan cara molekul DNA
baru yang berkoplemen dengan molekul DNA cetakan dengan bantuan enzim
DNA polymerase dan primer dalam suatu thermocyler (Mulis et all., 1987).

Dalam proses isolasi DNA genom tanaman, keberadaan polisakarida dan

senyawa metabolit sekunder dalam sel tanaman sering menyulitkan dalam proses
isolasi asam nulkeat. Struktur polisakarida yanag mirip dengan asam nukleat akan
menyebabakan polisakarida terseebut mengendap bersama dengan asam nukleat.
Penambahan senyawa pereduksi dapat mencegah proses oksidasi senyawa fenolik
sehingga menghambata kativitas radikal bebas yang dihasilkan dari proses
oksidasi fenol dengan asam nukleat (Wikneswari, 1995). Metabolit sekunder dan
polisacharida juga dapat menghambat kerja enzim. Adanya polisacharida dalam
tanaman ditandai dengan kekentalan pada hasil isolasi DNA yang menyebabkan
kesulitan dalam reaksi PCR akibat penghambatan aktivitas Taq polymerase
(Vijayalakshmi et al., 2012). Tahapan proses PCR secara umum dapat dilihat pada
Gambar 2.

Gambar 2. Tahapan proses PCR secara umum ( www.google.co.id )

Secara umum tahapan prose PCR yang diperlihatkan pada gambar 2
meliputi denaturasi DNA, pembukaan utas ganda DNA menjadi utas tunggal,
tahap annealing yaitu penempelan primer pada DNA cetakan, tahap extension
yaitu pemanjangan primer dengan melakukan rekasi polimerisasi nukleotida untuk
membentuk rantai DNA. Ketiga tahapan tersebut akan dilakukan secara berulang
(Zulfahmi, 2013).

II.3

Elektroforesis
Elektroforesis adalah suatau cara analisis kimiawi yang didasarkan pada

pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik

isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul. Pemisahan dilakukan
berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang dikandung

10

oleh makro molekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium
penyangga yang telah berisi protein plasma maka komponen- komponen protein
tersebut akan mulai bermigrasi (Pretiwi., 2001).

Media penunjang yang biasa dipakai adalah gel agarosa, gel pati, gel
poliakrilamida dan kertas sellulose poliasetat. Elektroforesis gel memiliki dua
model, yaitu horizontal dan vertikal. Metode yang biasa digunakan adalah model
horizontal, karena mempunyai beberapa keuntungan yaitu peralatan yang
digunakan sangat sederhana, relatif murah dan pemisahan untuk enzim tertentu
dapat menghasilkan pemisahan yang lebih baik (Moore et al., 1999).

II.4

Analisis In-silico
Analisis in-silico merupakan suatu teknik analisis menggunakan piranti

lunak komputer untuk mengetahui hubungan antara struktur, stabilitas dan fungsi
protein. Analisis secara in-silico mencakup prediksi struktur dan simulasi protein,
dan pemodelan protein komperatif. Studi in-silico digunakan untuk simulasi
komputer yang memodelkan proses laboratorium atau alami.Syarat suatu protein
untuk dapat diprediksi strukturnya adalah struktur urutan asam amino dari templat
protein harus memiliki kemiripan dengan protein yang dimodelkan. Metode
pemodelan protein yang paling umum adalah homology modelling, yang
berasumsi bahwa dua protein yang homolog akan memilki struktur yang
mirip(Radford and Dobson, 1999).

11

III.

III.1

METODOLOGI PENELITIAN

Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi FMIPA

UNSRAT Manado dengan waktu pelaksanaan penelitian selama 4 bulan, yaitu

bulan April-Juli 2014.

III.2
Bahan dan Alat
III.2.1 Bahan

Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah daun gedi merah
dan gedi hijau yang diperoleh dari pekarangan rumah. Kit untuk isolasi DNA
tanaman (InnuPREP Plant DNA kit, Analytik Jena), primer forward dan reverse,
master mix untuk PCR (GoTaq mastermix Promega), agarosa, akuades, dan bufer
Tris-borat-EDTA (TBE).

III.2.2 Alat
Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah alat-alat gelas, hot
plate, tabung Eppendorf, mikropipet, inkubator, sentrifugator, alat PCR (Biometra
T-personal, Jerman), elektroforesis, spektrofotometer UV-Vis dan freezer.

12

III.3

Metode Penelitian

III.3.1 Preparasi Sampel

Jaringan daun gedi merah dan gedi hijau masing-masing diambil 0,004
gram dimasukan ke dalam tabung Eppendorf kemudian digerus menggunakan
penggerus tabung Eppendorf secara manual.

III.3.2 Isolasi DNA

Sampel daun gedi yang sudah disiapkan dalam tabung Eppendorf
diekstraksi menggunakan Kit Inuprep (Analytik Jena) sesuai petunjuk manual,
dengan menambahkan bufer lisis dan proteinase K.Kemudian diinkubasi selama
45 menit pada suhu 55C. Setelah itu, sel dipisahkan dengan sentrifugasi selama 1
menit pada 12.000 rpm. Supernatan yang diperoleh dilewatkan melalui kolom
bermembran. DNA total yang diperoleh dicuci dari sisa-sisa protein dan garam,
selanjutnya dielusikan dalam tabung mikro dan disimpan dalam lemari pembeku
dengan suhu -10C (Kolondam et al., 2013).

III.3.3 Amplifikasi dengan Polimerase Chain Reaction (PCR)

Reaksi PCR dilakukan dalam volume total 25L. Komposisi dari reaksi
PCR yaitu: DNA templat 2L, Firepol Master Mix 5x 5L, Primer Forward (5-

13

CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAG-3)

1L,Primer

Reverse

(5-

ACCCAGTCCATCTGGAAATCTTGGTTC-3) 1L, dd H2O 16L.

Tahapan dalam proses ampifikasi PCR meliputi: Denaturasi DNA (awal)
pada suhu 95C selama 120 detik, i) denaturasi pada suhu 95C salama 30 detik,
ii) primer annealing pada suhu 50C selama30 detik, iii) DNA extension pada
suhu 72C selama 50 detik. Ketiga tahapan (i,ii,iii) akan berlangsung dalam siklus
sebanyak 35 kali, dan tahap akhir final extension pada suhu 72C selama 60 detik.

III.3.4 Elektroforesis
III.3.4.1

Pembuatan Gel Agarosa

Pembuatan agarosa 1 % adalah sebagai berikut: agarosa dtimbang

sebanyak 1g dan dilarutkan dengan 100 mL akuades. Kemudian dipanaskan dan

langsung diangkat saat larutan mulai mendidih dan didinginkan hingga suhu
50C. Selanjutnya ditambahkan etidium bromida 0,5 g/mL. Larutan agarosa
tersebut dituangkan ke dalam cetakan dan dibiarkan hingga padat(Pretiwi., 2001).

III.3.4.2

Elektroforesis Gel Agarosa

Gel agarosa diletakkan dalam alat elektroforesis yang telah diisi dengan

larutan buffer Tris-borat-EDTA. Kemudian sampel hasil PCR dimasukkan ke

dalam sumur gel elektroforesis. Elektroforesis dilakukan selama 30 menit pada
tegangan 100 Volt dan divisualisasikan dengan UV-Transiluminator dan
didokumentasi (Kolondam et al., 2013).

14

III.3.5 Pengolahan Data Sekuens dan Analisis Data Secara Insilico

Hasil sekuensing DNA disunting menggunakan software Geneious v5.6.
dengan langkah sebagai berikut: bagian awal DNA dihapus kira-kira 30bp. Hasil
sekuensing menggunakan primer reverse (matK-R) dilakukan proses reverse and
complement kemudian dipadukan dengan hasil sekuens primer forward (matK-F)
menggunakan MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation)
oleh Edgar (2004). Sepuluh kerabat terdekat dari Abelmoschusyang memiliki
kemiripan matK 97-99% dianalisis in-silico, meliputi: analisis sifat fisika kimia,
anlisis kandungan asam amino (%), dan penjajaran matK Abelmoschus
menggunakan

piranti

lunak

CliustalX

dan

divisualisasikan

dengan

GeneDoc(Ratnasingham and Hebert, 2007). Keakuratan amplifikasi gen target

yang diuji yaitu gen matK diidentifikasi melalui BOLD (Barcode of Life
Database) Systems. Hasil sekuens dibandingkan dengan GenBank menggunakan
BLASTn

(Basic

Local

Alignment

Search

Tool.

Protein;

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)(Kumaunang et al., 2009).

15

IV.

IV.1

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil Isolasi DNA Total Tumbuhan Gedi

DNA merupakan biomolekul penyususn utama dari setiap organisme.

Isolasi DNA tumbuhan gedi merah dan gedi hijau masing-masing telah dilakukan
menggunakan Kit Inuprep (Analytik Jena) sesuai dengan petunjuk manual dengan
gen target yaitu gen matK yang terdapat dalm kloroplas. Gambar 3 menunjukan
hasil isolasi DNA total dari tumbuhan gedi merah dan gedi hijau.

Ganbar 3. Hasil isolasi DNA total (a) DNA total tumbuhan gedi merah ; (b)
DNA total tumbuhan gedi hijau (Dokumentasi pribadi)

DNA total yang dihasilkan dari tumbuhan gedi merah berwarna bening
kecoklatan sedangkan DNA total dari tumbuhan gedi hujau berwarna bening
kehijauan. DNA total dari ke dua tumbuhan masing-masing diambil 2L untuk

16

untuk dilanjutkan ke proses amplifikasi gen matKdengan

Polymerase Chain

Reaction (PCR).

IV.2

Amplifikasi Gen matK dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)

DNA total tumbuhan gedi merah dan gedi hijau yang diperoleh masing-

masing diamplifikasikan dengan PCR dengan volume total dari komposisi PCR
yaitu 25L. Dalam proses PCR DNA total dari tumbuhan gedi merah dan gedi
hijau melalui beberapa tahapan yaitu: denaturasi DNA dimana terjadi pembukaan
utas ganda DNA menjadi utas tunggal (Zulfahmi, 2013), tahap annealing yaitu
penempelan primer pada DNA cetakan, serta tahap extension yaitu pemanjangan
primer dengan melakukan reaksi polimerisasi nukleotida untuk membentuk rantai
DNA. Hasil PCR dari tumbuhan gedi merah dan gedi hijau masing-masing
dilanjutkan dengan melakukan elektroforesis gel agarosa. Hasil elektroforegram
DNA gedi merah dan gedi hijau dapat dilihat pada Gambar 4.
(a)

2
1

(b)

853 bp

850 bp

853 bp

840 bp

DNA Lader

Gambar 4. Hasil elektroforesis. (a) Elektroforegram tumbuhan gedi merah ;

(b) Elektroforegram tumbuhan gedi hijau.
Catatan : 1. Marker ; 2. DNA gedi merah ; 3. DNA gedi hijau

17

Dari hasil elektroforegram tumbuhan gedi merah dan gedi hijau yang
didapat menunjukan amplifikasi gen pengkode matK menghasilkan fragmen DNA
dengan ukuran matK primer forward danprimer reverse 853 bp pada tumbuhan
gedi merah sedangkan pada tumbuhan gedi hijau matK primer reverse 850 bp dan
primer forward 840 bp untuk gedi hijau. Pada tumbuhan gedi hijau memiliki
perbedaan ukuran fragmen antara primer reverse dan primer forward karena
primer tidak menempel dengan baik. Kemudian gen matK hasil PCR dari
tumbuhan gedi merah dan gedi hijau masing-masing di sekuens (DNA
Sequencing). Hal ini membuktikan bahwa yang teramplifikasi adalah benar gen
matK yang memiliki lebih dari 500 pasangan basa (bp).

IV.3

Hasil Sekuensing
Data Sekuensing

DNA tumbuhan gedi merah (YFM) dan gedi hijau

(YFH) yang diperoleh masing-masing disunting menggunakan software Geneious

v.5.7.1. menunjukan tingkat kemiripan identik yang ditunjukan oleh nilai Hight
Quality (HQ). Nilai HQ% yang terbaca pada Geneious v5.7.1 adalah >93,7%
untuk gedi merah dan >92,7% untuk gedi hijau. Hal ini menunjukkan bahwa
kromatogram yang terbaca maupun matK yang berhasil diamplifikasi berkualitas
tinggi.

IV.3.1 Sekuens DNA Tumbuhan Gedi Merah

18

Berikut ini adalah hasil sekuens DNA barcode matK primerreverse dan primer
forward dari tumbuhan gedi merah yang ditunjukan pada Gambar 5 dan

19

Gambar 6 berikut ini :

Gambar

5. Sekuens

DNA barcode matK (primer forward) tumbuhan gedi merah

Gambar 6. Sekuens DNA barcode matK (primer reverse) tumbuhan gedi merah.
Fragmen sekuens DNA barcode matK (primer forward dan primer reverse)
dari tumbuhan gedi merah yang diperlihatkan pada Gambar 5 dan Gambar 6
menunujukan kode barcode dengan dominan warna biru muda yang menandakan
sekuans DNA barcode matK (primer forwarddan primer reverse) memiliki
kualitas yang bagus sesuai dengan nilai HQ yang terbaca Geneious v,5.7.1 adalah

19

>93,7%. Kemudian

primer

forward dipadukan

dengan

primer

reverse

menggunakan Multiple Sequence Comparison by Log-expectation (MUSCLE)

yang terintegrasi dalam Genious v,5.7.6. yang ditunjukan pada Gambar 7.

Gambar 7. Sekuens DNA barcode matK Tumbuhan Gedi Merah

Dari hasil penjajaran antara primer reverse dan primer forward didapatkan
sekuens DNA barcode matK dari tumbuhan gedi merah. Dari hasil perpaduan
antra primer reverse yang telah melalui proses reverse and complement dan
primer forward didapatkan hasil fragmen barcode DNA dari gedi merah828 bp
yang ditunjukan pada Gambar 7.

IV.3.2 Sekuens DNA Tumbuhan Gedi Hijau

Berikut ini adalah hasil sekuens DNA barcode matK primer reverse dan
primer forward dari tumbuhan gedi merah yang ditunjukan pada Gambar 8 dan
Gambar 9 berikut ini :

Gambar 8. Sekuens DNA barcode matK (primer forward) tumbuhan gedi hijau

Gambar 9. Sekuens DNA barcode matK (primer reverse) tumbuhan gedi hijau
Fragmen sekuens DNA barcode matK (primer forward primer reverse)
dari tumbuhan gedi hijau yang diperlihatkan pada Gambar 8 dan Gambar 9
menunujukan kode baecode dengan dominan warna biru muda yang menandakan
sekuans DNA barcode matK (primer forward) memiliki kualitas yang bagus
sesuai dengan nilai HQ yang terbaca Geneious v,5.7.1 adalah>92,7%. Kemudian
primer forward dipadukan dengan primer reverse menggunakan Multiple
Sequence Comparison by Log-expectation (MUSCLE) yang terintegrasi dalam
Genious v,5.7.6. yang ditunjukan pada Gambar 10.

21

Gambar 10. Sekuens DNA barcode matK Tumbuhan Gedi Hijau

Dari hasil perpaduan antra primer reverse yang telah melalui proses
reverse and complement dan primer forward didapatkan hasil fragmen barcode
DNA dari gedi hijau 828 bp yang ditunjukan pada gambar 10.
IV.3.3 Perbandingan Barcode DNA Tumbuhan Gedi Merah dan Gedi Hijau
Hasil penjajaran sekuens barcode DNA dari gedi merah dan gei hijau
yang di tujnjukan pada Gambar 7 dan Gambar 10 yang menunjukan kemiripan
genetika yang lestari. Dengan demikian bahwa hasil dari amplifikasi dengan
Polymerase Chain Reaction (PCR) dari primer forward dan primer reverse pada
tumbuhan gedi merah dan gedi hijau

teramplifikasi gen matK dengan baik.

Perbandingan hasil sekuen DNA barcode dari gedi merah dan gedi hijau
ditunjukan pada Gambar 11.

Gambar 11. Perbandingan sekuens DNA bercode dari tumbuhan gedi merah
(YFM) dan gedi hijau dengan (YFH).
Dari hasil perbandingan hasil sekuan DNA barcode antara gedi merah dan
gedi hijau menunjukan kemiripan yang lestari yaitu sekitar >95%, dan hanya

terdapat perbedaan nukleotida pada permulaan sekuens dan akhir sekuens yang
disebabkan pada saat pembacaan sekuen DNA pada proses sequencing fragmen
DNA bertumpuk sehingga tidak terbaca oleh sequencer yang ditunjukan dengan
warna abu-abu pada Gambar 11. Hal ini menunujukan bahwa gen matK pada
tumbuhan gedi merah dan gen matK pada tumbuhan gedi hijau memiliki tingkat
kemiripan yang tinggi .
IV.4 Analisisin-silico
IV.4.1 Analisis Kemiripan matK Tumbuhan Gedi
Hasil sekuen protein matK dari tumbuhan gedidibandingkan dengan
protein dari beberapa spesies yang memiliki kemiripan protein matK dengan cara
dilakukan BLAST dalam situs National Center for Biotechnology Information
(NCBI) (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov) seperti yang ditunjukan pada gambar 12 .

Gambar 12. Proses BLAST dalam situs NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)

Kemudian dipilih sepuluh tumbuhan yang memiliki kemiripan protein
matK

antara

98%-100%

yang

tersedia

dalam

situs

NCBI

(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). untuk melihat daerah lestari dari sekuens

DNAmatK untuk tumbuhan gedi

dengan beberapa verietas lainnya yang

ditunjukan pada Gambar 13.

23

Gambar 13. Daftar tumbuhan yang memiliki kemiripan protein matK

dalan situs NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
Dalam penelitian ini dipilih 10 protein matK dari beberapa spesies
tumbuhan dan salah satunya adalah tumbuhan gedi merah (Abelmochus manihot
L). Data mengenai tumbuhan gedi hijau (Abelmoschus moschatus) belum tersedia
dalam situs NCBI. Tabel 1 memperlihatkan protein yang dipilih untuk dilakukan
analisis in-silico.
Tabel 1. Protein matK dari tumbuhan yang digunakan untuk analisis in-silico
No.

Kode protein

Organisme

AFK09827.1

maturase K [Abelmoschus manihot L]

ABU85043.1

maturase K [Abelmoschus esculentus]

ABR14768.1

maturase K [Hibiscus surattensis]

AAU06170.1

maturase K [Pavonia cauliflora]

AAU06175.1

maturase K [Malvaviscus arboreus]

BEA80201.1

maturase [Talipariti tiliaceum]

BAD89713.1

maturase [Talipariti tiliaceum]

BAD89703.1

maturase [Talipariti tiliaceum]

BAD89694.1

maturase [Talipariti glabrum]

10

ABR14770.1

maturase K [Kydia calycina]

Dari kesepuluh sekuens protein yang dipilih kemudian diunduh dalam

format FASTA, dan dilakukanpenjajaran terhadap sekuen protein tersebut
menggunakan

ClustalX

(http://www.clustal.org/clustal2/)

dan

(http://www.nrbsc.org/gfx/genedoc/) yang diperlihatkan pada gambar 14.

Genedoc

gi|1565733
gi|3878653
gi|5155681
gi|5155680
gi|5979692
gi|8900073
gi|1488414
gi|5979688
gi|5979690
gi|1550528

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

*
20
*
40
*
60
*
8
MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFFENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMHQQNHLIISANNSN
------------------------------------------------------------------------------MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
MEESQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENRGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
MEKFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSN
meefqvylelnrsrrhdflyplifreyiyalahdhglnksmiflenqgygnkfsslivkrliirmdqqnhliisan sn

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

79
79
79
79
79
79
79
79
79

gi|1565733
gi|3878653
gi|5155681
gi|5155680
gi|5979692
gi|8900073
gi|1488414
gi|5979688
gi|5979690
gi|1550528

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

0
*
100
*
120
*
140
*
1
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNCVLEVLIPHPIHLE
------------------------------------------------------------------------------QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNCVLEVLIPYPIHLE
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIQFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKFSHLNCVLEVLIPHPIHLE
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLE
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLE
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIQFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKFSHLNCVLEVLIPHPIHLE
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLE
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLE
QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLE
qnpffghnnnlysqtisagfavivei fslrlvsysqgeevakshnlqsihsifpfledk shln vlevliphpihle

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

158
158
158
158
158
158
158
158
158

gi|1565733
gi|3878653
gi|5155681
gi|5155680
gi|5979692
gi|8900073
gi|1488414
gi|5979688
gi|5979690
gi|1550528

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

60
*
180
*
200
*
220
*
ILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
-LVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
ILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
iLVQALRYW6KDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

237
78
237
237
237
237
237
237
237
237

gi|1565733
gi|3878653
gi|5155681
gi|5155680
gi|5979692
gi|8900073
gi|1488414
gi|5979688
gi|5979690
gi|1550528

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

240
*
260
*
280
*
300
*
FLERIYFYGKIEYLVEVFSNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWFQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFSNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWFQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWTQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVR
FLERIYFYGKIEYLVEVFyNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMW QSGRVR

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

316
157
316
316
316
316
316
316
316
316

Gambar 14. Penjajaran matK tumbuhan gedi dengan beberapa tumbuhan

menggunakan perangkat lunak ClustalX v.s 2.1 dan GeneDoc.
Dari hasi penjajaran matK Abelmoschus manihot L dengan kerabat
gi|1565733
gi|3878653
gi|5155681
gi|5155680
gi|5979692
gi|8900073
gi|1488414
gi|5979688
gi|5979690
gi|1550528

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

320
*
340
*
360
*
380
*
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLD--------------------------------------------------------------------INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPTISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIRSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSD
INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPXXXXXXXXXXX
INQLYKYSLDflgylssvrlnpsvvrsqmlensfiidnamktldtripiisligslskakfcntlghpiskptwadssd

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

395
167
395
395
395
395
395
395
395
395

gi|1565733
gi|3878653
gi|5155681
gi|5155680
gi|5979692
gi|8900073
gi|1488414
gi|5979688
gi|5979690
gi|1550528

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

400
*
420
*
440
*
460
*
SDIIDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEHVFSLIF
------------------------------------------------------------------------------SDIIDRFVRIGRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSAFLEEFFTETEEEHVFSLIF
SDIIDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEHVFSLIF
SDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIF
SDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIF
SDIVDRFVRICRNLSHYXSGSSKKKSLYQIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIF
SDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIF
SDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIF
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXLEEFFTETEEEYVFSLIF
sdi drfvri rnlshy sgsskkksly ikyilrfscvktlarkhkstvraflkrlgs fleeffteteee vfslif

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

474
474
474
474
474
474
474
474
474

dekatnya menunjukan daerah lestari dari asam amino ke 60 sampai asam amino
ke-328 yang ditunjukan dengan warna hitam. Semakin gelap warna dari hasil
penjajaran maka susunan asam amino juga semakin mirip.

IV.4.2 Sifat Fisiologis Aktif

Selanjutnya format FASTA protein matK dari ke sepuluh tmbuhan yang
gi|1565733
gi|3878653
gi|5155681
gi|5155680
gi|5979692
gi|8900073
gi|1488414
gi|5979688
gi|5979690
gi|1550528

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

480
*
500
PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
-----------------------------PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
PRGSFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
PKGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE
PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALINHE
p gfftlrkfyrgriwyldiicinal nhe

dipilih diunduh

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

504
504
504
504
504
504
504
504
504

satu persatu dari situs NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)

seperti yang ditunjukan pada gambar 15.

25

Gambar 15. Format FASTA dari protein matK dari situs NCBI
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
Selanjutnya dilakukan analisis sifat fisiologis aktif. Format FASTA dari
sepuluh protein matK dimasukan satu persatu kedalam situs Bioinformatics
Resource Portal atau ExPASy (http://expasy.org) menggunakan ProtParam seperti
yang ditunjukan pada Gambar 16.

Gambar 16. Analisis sifat fisiologis aktif menggunakan ProtParam

(http://expasy.org)

Sifat fisiologis aktif dari kesepuluh protein matK yang dianalisis in-silico
adalah sifat fisika kimia dari masing-masing protein matK yang ditunjukan pada
Tabel 2.
Tabel 2. Hasil Analisis Sifat fisika kimia matK
N
o
1

Protein

BM (Da)

pI

Rumus molekul

JA

II

AI

GRAVY

AFK09827.1

20631,8

9,61

C984H1436N238O246S3

2907

37,91

91,62

-0,165

ABU85043.1

69910,2

9,51

C2779H4215N725O732S13

8464

39,79

96,88

-0,123

ABR14768.1

59880,3

9,37

8468

38,81

96,69

-0,123

AAU06170.1

59904,1

9,46

C2772H4213N725O737S13

8460

40,5

96,88

-0,145

AAU06175.1

59793

9,48

C2774H4212N720O735S12

8453

39,98

97,86

-0,121

BEA80201.1

59917,1

9,43

C2779H4212N720O739S12

8462

39,89

96,46

-0,145

BAD89713.1

59869

9,43

C2775H4212N720O739S12

8458

39,89

97,26

-0,142

BAD89703.1

60028,3

9,47

C2785H4225N723O738S12

8483

40,77

97,26

-0,143

BAD89694.1

59929,1

9,43

C2781H4216N720O738S12

8467

39,89

97,26

-0,135

10

ABR14770.1

20422,1

9,21

2684

34,41

86,05

-0,062

Catatan : Bobot molekul (BM), Titik isoelektrik (pI), Jumlah Asam amino (JA)
Indeks ketidakstabilan (II), Grand everage dydropathy (GRAVY).
Sifat fisika kimia yang dari protein matK tumbuhan gedi dengan beberapa
tanaman lainnya pada Tabel 2 memperlihatakan berat molekul (BM) dari
kesepuluh spesies tersebut berkisar antara 20422,1-59904,1 Da. Kesepuluh
spesies tanaman tersebut memiliki nilai isoelektrik (pI) lebih dari 7 yang
menunjukan pH dari suatu protein yang berarti bersifat basa. Dari sepuluh protein
matK pada tabel diatas menunjukan nilai GRAVY yang berkisar -0,062 sampai
-0,165 yang menunjukan bahwa kesepuluh protein tersebut membentuk ion
negatif dan dalam suasana basa yang tidak larut dalam air. Kemudian ditentukan
juga kandungan asam amino (dalam bentuk %mol) dari protein matK yang
diperlihatkan pada Tabel 3.
Tabel 3.Analisis komposisi asam amino matK menggunakan Protparam
Residu

Komposisi Asam Amino (% mol)

27

Asam
Amino
Ala(A)
Arg (R)
Asn (N)
Asp (D)
Cys (C)
Gln (Q)
Glu(E)
Gly (G)
His (H)
Ile (I)
Leu (L)
Lys (K)
Met (M)
Phe (F)
Pro (P)
Ser (S)
Thr (T)
Trp (W)
Tyr (Y)
Val (V)

Protein matK
AFK0
9827.1
1.8
6.0
5.4
3.6
0.6
4.8
3.0
2.4
2.4
6.6
12.1
10.2
1.8
11.4
1.8
3.0
10.2
3.6
0.0
0.0

ABU8
5043.1
3.0
6.3
6.0
3.2
1.2
3.4
5.0
3.4
4.2
8.7
12.1
5.8
1.4
8.5
2.8
10.9
2.6
1.4
6.0
4.4

ABR1
4768.1
3.0
6.0
5.8
3.6
1.2
3.8
5.0
3.4
3.6
8.5
12.1
6.0
1.4
8.3
2.6
10.7
2.8
1.4
6.3
4.6

AAU0
6170.1
3.0
6.5
5.8
3.6
1.2
3.4
5.0
3.4
4.0
8.7
12.1
5.8
1.4
8.1
2.6
11.1
2.6
1.4
6.2
4.4

AAU0
6175.1
3.2
6.3
5.8
3.6
1.0
3.4
4.8
3.6
3.8
3.7
12.3
5.8
1.4
8.1
2.8
10.9
2.6
1.4
6.3
4.4

BAE8
0201.1
3.0
6.3
5.8
3.6
1.0
3.4
5.0
3.4
3.8
8.1
12.3
5.8
1.4
8.1
2.8
10.9
2.8
1.4
6.5
4.8

BAD8
9713.1
3.0
6.3
5.8
3.6
1.0
3.4
5.0
3.4
3.8
8.3
12.3
5.8
1.4
7.9
2.8
11.1
2.6
1.4
6.5
4.8

BAD8
9703.1
3.0
6.5
5.8
3.6
1.0
3.4
5.0
3.2
3.8
8.3
12.3
5.8
1.4
8.1
2.8
10.9
2.6
1.4
6.5
4.8

BAD8
9694.1
3.0
6.3
5.8
3.6
1.0
3.4
5.0
3.4
3.8
8.3
12.3
5.8
1.4
8.1
2.8
10.9
2.6
1.4
6.5
4.8

Berdasarkan analisis komposisi asam amino matK tumbuhan gedi dengan

beberapa kerabatnya, terlihat residu asam amino leusin (L) yang tinggi pada
masing-masing protein matK dari ke sepuluh tumbuhan yaitu 11,1 % - 12,3 %
residu asam amino. Sedangakan residu asam amino yang paling redah dari ke
sepuluh protein adalah sistein (C) dengan residu asam amino 0,6 % - 1,2 %. Pada
Protein dengan kode AFK09827.1 (Abelmischus manihot)memiliki residu asam
amino fenilalanin (F), lisin (K) dan leusin (L) yang tinggi dari protein lainnya dan
tidak memiliki residu asam amino turisin (Y) dan valin (V) yaitu 0,0 %.
Berdasarkan pada Tabel 3 sebagian besar residu asam amino memiliki kesamaan
antara protein dengan kode AFK09827.1 (Abelmischus manihot) dengan ke
sembilan protein lainnya.

ABR1
4770.1
2.4
4.8
5.6
2.8
0.6
3.4
4.6
3.0
3.2
7.5
11.1
4.2
1.4
7.3
2.6
8.5
2.0
1.2
6.0
3.8

V.
PENUTUP
V.1
Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian yang diperoleh, dapat disimpulkan bahwa
1. Hasil pengurutan nukleotida DNA barcodematKmenghasilkan828pb untuk
tumbuhan gedi merah dan tumbuhan gedi hijau. Dari hasil sekuens DNA
barcode matK dari gedi merah dan gedi hijau menunjukan kode barcode
DNA dari gedi merah dan gedi hijau memiliki tingkat kemiripan yang tinggi.
2. Hasil analisis in-silico matK dari Abelmoschus L. dengan beberapa kerabat

dekatnya menunjukan daerah lestari antaraasam amino ke-60 sampai asam

amino ke-320. Dari kesepuluh matK tumbuhan gediyang dianalisis, semuanya
bersifat hidrofobik.
V.2

Saran
Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut

terhadap tanaman gedi

merah dan gedi hijau dengan menggunakan gen standar barcode lainya,
agar hasil yang didapatkan dapat menunjukan perbedaan antara tumbuhan
gedi merah dan gedi hijau.

DAFTAR PUSTAKA

29

Bourdy, G. andA. Walter. 1992. Materniity and Medicinal Plants in Vanuatu I. The
Cycle of Reproduction. J. Ethnopharmacology. 37 : 179-196.
Cowan, R. S. and M. F. Fay. 2012. Challenge in The DNA Barcoding of Material
Plant. Springer Science, New York.
Edgar, R.C.2004. MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and
high throughput.Nucleic Acid Res.5 : 1792-1797.
Hidayati, N. dan R. Dermawan. 2012. Tomat Unggul. Penebar Swadaya, Jakarta.
Hollingsworth, P. M, L. L. Forrest, J. L. Spouge, M. Hajibabaei, and R.
Ratnasingham. 2009. A DNA Barcode for Land Plants. Proc. Natl. Acad.
Sci. USA. 106: 12794-12797.
Jain, P.S, S. B. Bari, S. J. Surana. 2009.Isolation of Stigmasterol and -Sitosterol
from Petroleum Ether of Woody Stem of Abelmoschus manihot. Dalam :
Asian Journal of Biological Sciences. 2 : 112-117.
Jing, Y., X. Jian-Hua, dan Z. Shi-Liang. 2011. New Universal matK Primers for
DNA Barcoding Angiosperms. J. System and Evolution. 49: 176-181.
Kolondam, B. J., E. Lengkong dan J. Polii-Mandang. 2012. Barcode DNA
Berdasarkan Gen rbcL dan matK Anggrek Payus Limondok (Phalus
tancarvilleae). J. Bioslogos. 2: 55-62.
Kolondam, B. J., E. Lengkong, J. Polii-Mandang, S. Runtunuwu, dan A. Pinaria.
2013. Barcode DNA Anthurium Gelombang Cinta (Anthurium plowmanii)
Berdasarkan gen rbcL dan matK. J. Bioslogos. 3:17-25.
Krismawati, A. dan E. Sabran. 2004. Pengelolaan sumber daya genetik tanaman
obat spesifik kalimantan tengah. Buletin Plasma Nutfah. 12 : 16-23.
Kress, W. J., K. J. Wurdack, E. A. Zimmer, L. A. Weigt and D. H. Janzen. 2005.
Use of DNA Barcodes to Identify Flowering Plants. PNAS. 102: 83698374.
Kumaunang, M., V. S. Kamu, dan Y. I. Mandik. 2009. Analisis In-silico Protein
DnaJ Bacillus stearothermophilus. Chemistry Progres. 2: 47-51.
Lin-lin, W., Y. Xin-bo, H. Zheng-ming, L. He-zhi dan W. Guang-xia. 2007. In
Vivo and In Vitro Antivirial Activity of Hyperoside Extracted From
Abelmoschus manihot (L) Medik. Acta Pharmacol Sin. 28 : 404-409.
Liu, Y., L. Xianyin, L. Xiaomei, Z. Yuying, C. Jingrong. 2006. Interactions
Between Thrombin with Flavonoids from Abelmoschus (L.) Medicus by
CZE. Chromatographia. 6: 45-56.

Mamahit, L. P. 2009. Satu Senyawa Steroid dari Daun Gedi (Abelmoschus

manihot L. Medik.) asal Sulawesi Utara. Chemistry Pogres.2 : 33-38.
Mamahit, L.P dan N.H. Soekamto. 2010. Satu Senyawa Asam Organik yang
Diisolasi dari Daun Gedi (Abelmoschus manihot L. Medik). Chemistry
Progress. 3 : 42-45.
Moore, J. M dan A. R Isenberg. 1999. Mitochondrial DNA Analysis at the FBI
Laboratory. Forensic Science Communication. 2: 21-26.
Morris, R. 2006. Plant for A Future: Edible, Medicinal and Useful Plants for A
Healthier
Word
(Online),
(www.ptaf.org/database/plants,
http://books.google.co.id) [diakses 29 april 2014].
Mullis, E.R dan S.D. Faloona.1987. Specific synthesis of DNA Invitrovia
polymerase chain reaction.Methods Enzymology.155 : 350-355.
Pretiwi, R. 2001. Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana. 1 : 25-31.
Radford, S. E. and C. M. Dobson. 1999. From Computer Simulations to Human
Disease: Emerging Themes in Protein Folding. Cell. 97: 291-296.
Ratnasingham, S dan PDN. Hebert. 2007. BOLD: The Barcode of Life Data
System. Molec. Ecology Notes. 7: 355-364.
Shao-Yu, Z., S. Nai-ning, G. Wen-Yuan, J. Wei, D. Hong-Quan, X. Pei-Gen. 2006.
Progress in the Treatment of Chronic Glomerulonephritis with Traditiona
Chinese Medicine. Asian Journal of
Pharmacodynamic and
Pharmacokinetics. 6 : 317-325.
Suoth, E., H. Kaempe dan A. Tampi. 2013. Evaluasi Kandungan Total Polifenol
dan Isolasi senyawa Flavonoid Pada Daun Gedi Merah (Abelmoschus
manihot L.). Chemistry Pogres. 6 : 86-91.
Vijayalakshmi, N., D. Muralidhara Rao dan K. N. Jayaveera. 2012. DNA
purification and PCR Standardization of Hildegardia populifolia (Roxb.)
Schott & Endll.-a rare Plant in Eastern Ghats. Current Biotica. 6 : 314319.
Wikneswari, R. 1995. Development of Biochemical Genetic Marker for Tropical
Rainforest Species. Biochem. Soc. Cont. 16 : 6.
Zulfahmi.2013.Penanda DNA Untuk
Agroekoteknologi.3 : 41-52.

31

Analisis

Genetik

Tanaman.Juenala

LAMPIRAN
Lampiran 1. Bagan isolasi DNA Total

Disentrifugasi
Ditambahkan
bufer elusi (Elution Buffer) 100 L
Sampel DNA Total

33

Lampiran 2. Bagan Amplifikasi gen matK dengan PCR

Filtrat

Ditambahkan larutan pen

Ditambahkan lar

Divisualisasi dengan UV-Transiluminator

Dielektroforesis

Elektroforegram
o Tag Master Mix 2x= 20 L;
Primer Forward matK-3F= 1,5 L; Primer Reverse matK-1R= 1,5 L; dan ddH2O
Hasil elektroforesis
Proses amplifikasi PCR
Sampel DNA 2 L (YFM)
Hasil PCR

35

Sampel DNA 2 L

Lampiran 3. Dokumentasi proses isolasi DNA total Tumbuhan Gedi

Preparasi Sampel

Ditambahkan Lysis Solution

Ditambahkan Binding Solution

Pegerusan dengan alat penggerus

Diinkubasi dengan termoblok

DitaHasil Isolasi DNA Total

Lampiran 4. Dokumentasi amplifikasi gen matK dengan PCR dan

Elektroforesis

Proses amplifikasi PCR

Elektroforesis

Hasil elektroforesis

37