ACARA V

ISOLASI DNA TUMBUHAN

A. PELAKSANAAN PRAKTIKUM
1. Tujuan Praktikum
a. Mengetahui cara isolasi DNA dari beberapa jenis tumbuhan.
b. Mengetahui keefektifan beberapa deterjen untuk isolasi DNA dari beberapa
jenis tumbuhan.
c. Mengamati DNA sel tumbuhan.
2. Waktu Praktikum
Selasa, 12 April 2016
3. Tempat Praktikum
Lantai III, Laboratorium Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Mataram.
B. LANDASAN TEORI
DNA (asam deoksiribonukleat) adalah polimer asam nukleat yang tersusun
secara sistematis dan yang membawa informasi genetik dari sel khususnya dan dari satu
generasi ke generasi berikutnya. Informasi genetik tersebut disusun dalam bentuk kodon
yang berupa tiga pasang basa nukleotida dan menentukan bentuk, struktur maupun
fisiologi suatu jasad. Isolasi DNA adalah teknik yang dilakukan untuk memisahkan
DNA dari zat yang lain dalam sel. Fungsi dari pengisolasian DNA adalah mendapatkan
DNA murni dari dalam sel yang akan digunakan untuk penganalisisan genotip suatu
organisme (Triwibowo, 2005 : 51).
Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Franccis Crick.
Mereka memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh
Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Watson dan Crick menyimpulkan bahwa
struktur DNA merupakan rantai ganda (double helix). Untai ganda tersusun dari dua
rantai polinukleotida yang terpilin. Komponen nukleotida DNA adalah gula, fosfat dan
basa nitrogen. Komponen gula pada DNA adalah gula deoksiribosa, yaitu gula ribose
yang kehilangan satu atom oksigen. Basa yang ada pada DNA ada dua macam, yaitu
purin dan pirimidin. Purin terbagi lagi menjadi dua macam, yaitu adenine dan guanine.
Pirimidin terdiri dari dua jenis, yaitu timin dan sitosin (Sadava, 2004 : 218).

Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom adalah
komplemen lengkap gen-gen atau materi genetik suatu organisme dan terorganisasi
menjadi kromosom. DNA genom adalah semua gen-gen dan semua sekuens DNA
(urutan polinukleotida) yang fungsional maupun non-fungsional dalm inti suatu
organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen. DNA manusia dapat diisolasi
melalui darah. Darah adalah modifikasi jaringan dengan matriks cair yang disebut
plasma (Campbell, 2002 : 221).
Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam
proses rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip dasar
isolasi total DNA/RNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi
jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri DNA, RNA dan
substansi dasar lainnya. Ekstrak sel kemudian dipurifikasi sehingga dihasilkan pelet sel
yang mengandung DNA/RNA total. Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu:
(1)Isolasi sel; (2)Lisis dinding dan membran sel; (3)Ekstraksi dalam larutan;
(4)Purifikasi; dan (5)Presipitasi. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2,
yaitu sentrifugasi dan presipitasi (Faatih, 2009).
Isolasi DNA berkualitas tinggi murni, utuh, dan sangat penting untuk setiap
studi molekuler. Namun, isolasi DNA dari tanaman biasanya terganggu oleh
kontaminasi yang berlebihan oleh metabolit sekunder. Metode isolasi DNA perlu
disesuaikan untuk setiap spesies tanaman dan bahkan untuk setiap jaringan tanaman
karena kehadiran metabolit ini, tidak seperti hewan dan mikroba. Pencarian lebih untuk
mencari cara yang efisien mengekstraksi DNA dari kedua kualitas yang lebih tinggi dan
hasil telah menyebabkan pengembangan beberapa protocol untuk mengisolasi DNA dari
tanaman yang mengandung metabolit sekunder tingkat tinggi. Banyak faktor yang dapat
menyebabkan pergeseran atau perubahan dari DNA selama ekstraksi. Degradasi DNA
karena endonuklease adalah salah satu masalah yang ditemui di isolasi dan pemurnian
DNA berat molekul tinggi dari tanaman, yang langsung atau tidak langsung
mengganggu reaksi enzimatik. Polisakarida mungkin sangat bermasalah ketika hadir
dalam sampel DNA, karena kehadiran mereka juga dapat menghambat aktivitas
enzimatik (Sahu, 2012).
Untuk

mengetahui

efektifitas

dalam

memperoleh

konsentrasi

dan

kemurnian DNA serta efisiensi waktu pengerjaan dari metode isolasi DNA
dengan membandingkan beberapa metode isolasi DNA diantaranya ektraksi DNA

dengan Kit (Promega), CTAB dengan phenol, modifikasi CTAB, dan ekstraksi
DNA dengan thermal lysis. Parameter yang digunakan adalah nilai kemurnian dan
kualitas DNA hasil isolasi yang diperoleh dari analisis spektrofotometri dan analisis
elektroforesis serta efisiensi waktu pengerjaan. Konsentrasi DNA dan kemurniannya
diukur dengan metode spektrofotometri, sedangkan untuk visualisasi DNA hasil
isolasi menggunakan metode elektroforesis serta pengujian keberadaan KHV
dideteksi dengan bantuan PCR dengan menggunakan Primer pendeteksi KHV. Hasil
penelitian

secara

umum

menunjukkan

bahwa

metode

modifikasi

CTAB

memberikan hasil isolasi DNA dengan konsentrasi yang tertinggi yaitu 70,10
g/ml dengan nilai kemurnian berkisar antara 1,9-2,0. Namun waktu yang
dibutuhkan untuk pengerjaannya cukup lama. Metode ekstraksi DNA dengan
thermal lysis memiliki waktu pengerjaan yang singkat. Namun konsentrasi DNA
yang diperoleh cukup rendah yaitu 9,25 g/ml dengan nilai kemurnian berkisar
antara 1,6-1,8 (Mulyani, 2012).
DNA diisolasi dari berbagai sumber seperti pisang, kembang kol, otot dan
limpa kambing. Seluruh DNA yang telah diekstrak ditemukan memiliki berat molekul
yang berbeda dan dipandang sebagai pta-pita terpisah bila dilihat di bawah sinar UV.
Konsentrasi DNA diperkirakan dengan menggunakan spektrofotometer UV. Konsentrasi
DNA ditemukan paling banyak dari bawang merah dan rasio absorbansi mereka pada
260 dan 280 nm, adalah 1,88 yang menunjukkan kontaminasi sedikit. Konsentrasi DNA
ditemukan paling sedikit dari limpa dan rasio ditemukan 1,48 menunjukkan adanya
kontaminasi. DNA diisolasi dari kembang kol ditemukan 100% murni dan bebas dari
kontaminasi (Paikara, 2014).

C. ALAT DAN BAHAN

1. Alat-alat Praktikum
a. Aluminium foil
b. Blender
c. Corong kaca 50 mm
d. Erlenmeyer 250 mL
e. Gelas kimia 250 mL
f. Gelas kimia 600 mL
g. Gelas ukur 10 mL

h. Gelas ukur 100 mL

i. Kertas saring
j. Pipet tetes
k. Pipet gondok 5 mL
l. Pisau
m. Plastik klip
n. Rak tabung reaksi
o. Rubber bulb
p. Spatula
q. Tabung reaksi
r. Timbangan analitik
s. Water bath
2. Bahan-bahan Praktikum
a. Aquades (H2O)(l)
b. Bawang bombay
c. Brokoli
d. Buah pepaya
e. Buah pisang
f. Buah tomat
g. Detergen bubuk
h. Detergen krim
i. Es batu(s)
j. Garam dapur (NaCl)(s)
k. Larutan etanol (C2H5OH) 96%

D. SKEMA KERJA
1. Pembuatan Etanol Dingin

100 mL etanol 96%

Dimasukkan ke dalam erlenmeyer 250 mL
Ditutup rapat erlenmeyer dengan aluminium foil agar etanol tidak menguap
Dimasukkan erlenmeyer ke dalam gelas kimia 600 mL yang telah diisi air dan es batu

Hasil

2. Preparasi Larutan Tumbuhan

50 gram daging buah
(bawang bombay, brokoli, pepaya, pisang, tomat)

Masing-masing dipotong kecil-kecil dengan pisau

Dimasukkan ke dalam blender

Ditambahkan 50 mL aquades
Diblender selama 40 detik
Hasil

3. Isolasi DNA dengan Detergen Bubuk

4 mL larutan detergen bubuk
a. Pembuatan Larutan Detergen Bubuk

5 gram detergen bubuk

Dimasukkan ke dalam tabung reaksi
Dimasukkan ke dalam gelas kimia 600 mL
Ditambahkan masing-masing 4 mL larutan tumbuhan
Ditambahkan 100 mL aquades
Ditambahkan 1 spatula garam dapur kemudian dikocok hingga campuran homogen
Diaduk perlahan-lahan selama 15 menit agar tidak muncul gelembung pada larutan sabun
Dipanaskan dalam water bath selama 2 menit (T = 40-50oC)
Disaring campuran dengan kertas saring
b. Isolasi DNA
Hasil

Filtrat

Dimasukkan ke dalam tabung reaksi

Ditambahkan 5 mL larutan etanol 96% dingin melalui dinding tabung reaksi
Didiamkan hingga terbentuk DNA
Diperhatikan proses munculnya DNA dan dicatat semua perubahan yang terjadi
Dicatat waktu yang diperlukan hingga munculnya DNA serta banyak sedikitnya DNA yang terbentu
Digunakan pipet tetes untuk mengambil DNA

Hasil

4. Isolasi DNA dengan Detergen Krim

a. Pembuatan
5 gram
detergenLarutan
krim Detergen Krim

Dimasukkan ke dalam gelas kimia 600 mL

Ditambahkan 100 mL aquades
Diaduk perlahan-lahan selama 15 menit agar tidak muncul gelembung pada larutan sabun

Hasil

b. Isolasi DNA
4 mL larutan detergen krim

Dimasukkan ke dalam tabung reaksi

Ditambahkan masing-masing 4 mL larutan tumbuhan

Ditambahkan 1 spatula garam dapur kemudian dikocok hingga campuran homogen

Dipanaskan dalam water bath selama 2 menit (T = 40-50oC)
Disaring campuran dengan kertas saring

Filtrat

Dimasukkan ke dalam tabung reaksi

Ditambahkan 5 mL larutan etanol 96% dingin melalui dinding tabung reaksi
Didiamkan hingga terbentuk DNA

Diperhatikan proses munculnya DNA dan dicatat

semua perubahan yang terjadi

Dicatat waktu yang diperlukan hingga munculnya

DNA serta banyak sedikitnya DNA yang terbentuk

Digunakan pipet tetes untuk mengambil DNA

Hasil

E. HASIL PENGAMATAN
1. Pembuatan Larutan Buah

No
1

Langkah Kerja
50 gram daging buah (bawang bombay,

Hasil Pengamatan
Daging buah dibuat menjadi potongan-

brokoli, pepaya, pisang, tomat) dipotong

potongan kecil.

kecil-kecil
Dimasukkan ke dalam blender,

Didapatkan daging buah seperti bubur

ditambahkan 50 mL aquades, dihaluskan

(slurry).

dengan blender selama 40 detik

Bawang bombay = putih kehijauan.

Brokoli = hijau muda.
Pepaya = orange.
Pisang = kuning kecoklatan.
Tomat = orange kemerahan.

2. Isolasi DNA dengan Detergen Bubuk

No
1

Langkah Kerja
5 gram detergen bubuk dilarutkan dalam

Hasil Pengamatan
Warna awal detergen putih. Setelah

100 mL aquades, diaduk perlahan selama

ditambah aquades, detergen larut dan

15 menit
4 mL larutan detergen bubuk

terbentuk larutan berwarna putih keruh.

Didapatkan campuran bawang bombay =

dicampurkan dengan 4 mL larutan buah

keruh kehijauan. Brokoli = hijau muda

keruh. Pepaya = orange keruh. Pisang =

Ditambahkan 1 spatula garam dapur

coklat keruh. Tomat = orange keruh.

Garam larut dalam campuran. Larutan

kemudian dikocok

campuran tidak mengalami perubahan

Campuran dipanaskan dan disaring

warna.
Didapatkan larutan campuran menjadi

dengan kertas saring

Filtrat ditambahkan 5 mL larutan etanol

lebih jernih dan warna larutan tetap.

Etanol tidak larut dalam campuran.

96% dingin melalui dinding tabung reaksi

Terbentuk dua fasa. Etanol pada bagian

dan didiamkan hingga terbentuk DNA

atas dan campuran larutan tumbuhan pada

DNA diambil dengan pipet tetes

bagian bawah.
Tidak terjadi perubahan warna pada DNA

masing-masing tumbuhan.
3. Isolasi DNA dengan Detergen Krim
No
1

Langkah Kerja
5 gram detergen krim dilarutkan dalam

Warna

Hasil Pengamatan
awal detergen biru.

100 mL aquades, diaduk perlahan selama

ditambah aquades, detergen larut dan

15 menit

terbentuk larutan berwarna biru muda.

Setelah

4 mL larutan detergen krim dicampurkan

Didapatkan campuran bawang bombay =

dengan 4 mL larutan buah

hijau. Brokoli = hijau lumut. Pepaya =

orange coklat keruh. Pisang = kuning

Ditambahkan 1 spatula garam dapur

keruh. Tomat = hijau lumut keruh.

Garam larut dalam campuran. Larutan

kemudian dikocok

campuran tidak mengalami perubahan

Campuran dipanaskan dan disaring

warna.
Didapatkan larutan campuran menjadi

dengan kertas saring

Filtrat ditambahkan 5 mL larutan etanol

lebih jernih dan warna larutan tetap.

Etanol tidak larut dalam campuran.

96% dingin melalui dinding tabung reaksi

Terbentuk dua fasa. Etanol pada bagian

dan didiamkan hingga terbentuk DNA

atas dan campuran larutan tumbuhan pada

DNA diambil dengan pipet tetes

bagian bawah.
Tidak terjadi perubahan warna pada DNA

masing-masing tumbuhan.

4. Tabel Kerja
No

Buah

Pepaya

Pisang

Tomat

4
5

Bawang
bombay
Brokoli

Bubuk
Krim
Bubuk
Krim
Bubuk
Krim
Bubuk
Krim

Warna
Orange muda
Kuning coklat
Putih keruh
Bening biru
Bening keruh
Hijau lumut
Kuning muda
Hijau muda

Pengamatan
Bentuk
Waktu
Benang terpilin
21 menit
Benang terpilin
9,10 menit
Benang terpilin
12,56 menit
Benang terpilin
7,59 menit
Benang terpilin
10,8 menit
Benang terpilin
9,34 menit
Benang terpilin
6,9 menit
Benang terpilin
8,2 menit

Bubuk
Krim

Kuning hijau
Hijau muda

Benang terpilin
Benang terpilin

Detergen

Keterangan:
+

= sedikit

++

= cukup banyak

+++

= banyak

++++

= sangat banyak

25 menit
5,23 menit

Jumlah
+
++
++
+
+
+
+
+
+
+

F. ANALISIS DATA
1. Buah Pepaya dengan Detergen Bubuk
Keterangan:
Hasil dari campuran antara larutan buah pepaya,
larutan detergen bubuk dan etanol dingin adalah
terbentuk 2 fase larutan dimana bagian atas
berwarna bening keruh dan bagian bawah
berwarna orange muda. Di antara kedua fase
terlihat cincin kabut yang sedikit. DNA terlihat
pada menit ke 21, dengan jumlah yang sangat
sedikit.

2. Buah Pepaya dengan Detergen Krim

Keterangan:
Hasil dari campuran antara larutan buah pepaya,
larutan detergen krim dan etanol dingin adalah
terbentuk 2 fase larutan dimana bagian atas
berwarna bening dan bagian bawah berwarna
kuning kecoklatan. Di antara kedua fase terdapat
cincin kabut kuning bening kecoklatan dengan
DNA yang muncul ke permukaan cukup banyak.
Waktu yang diperlukan untuk munculnya DNA
adalah 9,10 menit.

3. Buah Pisang dengan Detergen Bubuk

Keterangan:
Campuran antara larutan buah pisang, larutan
detergen

bubuk

dan

etanol

dingin

adalah

terbentuk 2 fase larutan dimana bagian atas

berwarna bening dan bagian bawah berwarna
putih keruh. Di antara kedua fase terlihat cincin
kabut. Gumpalan DNA terlihat setelah 12,56
menit dengan jumlah yang cukup banyak.

4. Buah Pisang dengan Detergen Krim

Keterangan:
Campuran antara larutan buah pisang, larutan
detergen krim dan etanol dingin adalah terbentuk
2 fase larutan dimana bagian atas berwarna
bening dan bagian bawah berwarna bening
kebiruan. Di antara kedua fase terdapat cincin
kabut. DNA pisang terisolasi kurang baik
sehingga DNA yang muncul sangat sedikit. Waktu
yang dibutuhkan DNA adalah 7,59 menit.
5. Buah Tomat dengan Detergen Bubuk

Keterangan:
Campuran antara larutan buah tomat, larutan
detergen

bubuk

dan

etanol

dingin

adalah

terbentuk 2 fase larutan dimana bagian atas

berwarna bening dan bagian bawah berwarna
bening keruh. Di antara 2 fase terlihat cincin
kabut dengan jumlah yang sedikit. DNA tomat
terisolasi dengan jumlah yang sedikit. Waktu yang
diperlukan DNA terpisah adalah 10,8 menit.

6. Buah Tomat dengan Detergen Krim

Keterangan:
Campuran antara larutan buah tomat, larutan
detergen krim dan etanol dingin adalah terbentuk
2 fase larutan dimana bagian atas berwarna
bening dan bagian bawah berwarna hijau lumut
dan terdapat cincin kabut yang sedikit di antara 2
fase. DNA yang muncul sedikit. Waktu yang
diperlukan untuk munculnya DNA adalah 9,34
menit.
7. Bawang Bombay dengan Detergen Bubuk
Keterangan:
Campuran antara larutan bawang bombay, larutan
detergen

bubuk

dan

etanol

dingin

adalah

terbentuk 2 fase, bagian atas berwarna bening,

bagian bawah berwarna hijau muda dan terdapat
cincin kabut di antara kedua fase tersebut. DNA
terisolasi kurang baik, DNA yang terlihat sangat
sedikit sehingga susah diamati. Waktu yang
diperlukan untuk munculnya DNA adalah 6,9
menit.

8. Bawang Bombay dengan Detergen Krim

Keterangan:
Campuran antara larutan bawang bombay, larutan
detergen krim dan etanol dingin adalah terbentuk
2 fase larutan dimana bagian atas berwarna
bening dan bagian bawah berwarna hijau muda.
Di antara kedua fase terdapat cincin kabut dengan
warna hijau pudar yang sedikit. DNA bombay
kurang terisolasi dengan baik dan dalam jumlah
yang sedikit sehingga sulit untuk diamati. Waktu
yang diperlukan adalah 8,2 menit.

9. Brokoli dengan Detergen Bubuk

Keterangan:
Campuran antara larutan brokoli, larutan detergen
bubuk dan etanol dingin adalah terbentuk 2 fase
larutan dimana bagian atas berwarna bening dan
bagian bawah berwarna kuning kehijauan. Pada
fase antara terlihat kabut yang tipis dan sedikit.
DNA tidak terisolasi dengan baik dan sulit
diamati Waktu yang diperlukan DNA adalah 25
menit.
10. Brokoli dengan Detergen Krim

Keterangan:
Campuran antara larutan brokoli, larutan
detergen krim dan etanol dingin adalah
terbentuk 2 fase larutan dimana bagian atas
berwarna bening dan bagian bawah berwarna
hijau muda. Pada fase antara terlihat larutan
berwarna hijau bening dengan sedikit kabut
cincin yang sangat sedikit. Waktu yang
diperlukan untuk munculnya DNA adalah 5,23
menit.

G. PEMBAHASAN
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengkode semua
informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme setiap organisme hidup. DNA
tersusun atas tiga komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat.
DNA terletak pada kromosom, dijumpai di nucleus, mitokondria dan kloroplas. DNA
dapat mengalami denaturasi yaitu proses pemisahan untai ganda molekul DNA sehingga
konformasinya berubah, sedangkan renaturasi DNA merupakan proses pembentukan
kembali struktur untai ganda DNA dari keadaan terdenaturasi. Hal-hal yang dapat
mempengaruhi proses denaturasi antara lain suhu yang tinggi, pH yang ekstrim ,
kandungan elektrolit Na+ atau K+ dan lain-lain.
Untuk memperoleh DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk
hidup dapat dilakukan teknik isolasi. Hasil isolasi DNA setiap jenis atau bagian
tumbuhan dapat berbeda-beda, hal ini dapat terjadi karena adanya perbedaan
konsentrasi senyawa polifenol dan polisakarida yang terkandung di dalamnya. Proses
isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk memisahkan
DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan
hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan
DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel membrane plasma dam
membrane inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi (Tim Biokimia
FMIPA Unram, 2016).

Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan

atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat
dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah
untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan lapisan
bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air.
Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat.
Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka akan
berkumpul/ menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabutserabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih
kecil dari pada masa jenis air.
Pada praktikum isolasi DNA ini bertujuan untuk mengetahui cara isolasi
DNA dari beberapa jenis tumbuhan, mengetahui keefektifan beberapa deterjen untuk
isolasi DNA dari beberapa jenis tumbuhan dan mengamati DNA dari sel tumbuhan.
Terdapat 4 tahap dalam praktikum ini yaitu pembuatan etanol dingin, preparasi larutan
tumbuhan, isolasi DNA dengan detergen bubuk dan dengan detergen krim.
Tahap pertama pembuatan etanol dingin dilakukan dengan merendam etanol
96% di dalam es batu dan ditutup dengan aluminium foil. Penggunaan etanol dingin ini
bertujuan untuk menyempurnakan proses presipitasi pada DNA sehingga dapat terlihat
seperti serabut-serabut putih atau berbentuk benang terpilin. Etanol tidak melarutkan
DNA dan berat jenis etanol lebih ringan dari air sehingga DNA lebih mudah untuk naik
ke permukaan. Proses presipitasi berpengaruh terhadap pekatnya DNA, semakin pekat
DNA yang dihasilkan pada proses isolasi semakin baik pula proses presipitasi yang
terjadi. Penggunaan etanol 96% ini dapat juga membersihkan DNA dari pengotorpengotornya. Etanol merupakan senyawa yang mudah menguap sehingga saat proses
inkubasi wadah ditutup dengan aluminium foil agar etanol tidak menguap ke udara.
Tahap kedua yaitu preparasi larutan tumbuhan. Tahap ini dilakukan dengan
menghancurkan sampel tumbuhan (bawang Bombay, brokoli, tomat, pisang dan papaya)
dengan air menggunakan blender. Proses ini bertujuan untuk merusak jaringan yang ada
pada sel sehingga mempermudah bahan-bahan kimia lain yang akan digunakan untuk
masuk ke dalam organel-organel sel, dalam hal untuk mengambil DNA. Pemblenderan
dilakukan selama 40 detik, jika proses dilakukan kurang dari 40 detik membrane dan

dinding sel tidak hancur secara sempurna sehingga DNA di dalamnya tidak dapat
keluar. Sedangkan jika proses dilakukan lebih dari 40 detik sampel akan sangat hancur
dan DNA didalamnya juga akan rusak. Warna sampel bawang bombay, brokoli, papaya,
pisang dan tomat setelah diblender berturut-turut yaitu putih kehijauan, hijau muda,
orange, kuning kecoklatan dan orange kemerahan.
Tahap ketiga dan keempat yaitu proses isolasi DNA dengan detergen bubuk dan
krim. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane
sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan
lemak pada membrane membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks.
Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia. Pertama dilakukan proses pelarutan detergen bubuk dan krim dengan aquades
dan diaduk secara perlahan agar tidak menimbulkan gelembung selama 15 menit.
Gelembung-gelembung tersebut dapat mengganggu pengamatan pada proses isolasi
DNA. Proses pengadukan dilakukan selama 15 menit bertujuan agar proses pelarutan
detergen bubuk dengan aquades dapat terjadi sempurna. Warna larutan detergen bubuk
ialah putih dan larutan krim biru muda. Selanjutnya proses isolasi DNA dilakukan
dengan menambahkan larutan detergen bubuk dengan larutan sampel dan ditambahkan
garam dapur dan dihomogenkan. Penambahan garam ini bertujuan untuk memisahkan
benang-benang DNA dari larutan, juga untuk mengendapkan kotoran-kotoran sehingga
benang DNA akan mudah diamati. Kemudian larutan yang telah homogen dipanaskan
dalam waterbath selama 2 menit. Warna pada larutan setelah dipanaskan tidak berubah.
Proses pemanasan dilakukan untuk mencegah denaturasi DNA karena DNA akan rusak
pada suhu kamar. Dan dengan pemanasan ini akan mempercepat reaksi karena molekulmolekul dalam campuran akan lebih sering bertumbukan.
Penggunaan detergen dan garam ini juga berfungsi sebagai buffer yaitu
mempertahankan pH larutan. Dimana seperti yang kita ketahui bahwa DNA dapat rusak
pada pH yang tinggi sehingga dibutuhkan buffer agar DNA pada tumbuhan tidak rusak
dan dapat diamati. Larutan buffer juga dapat berfungsi untuk purifikasi dimana RNA
dan protein yang menempel pada DNA akan hilang dan mencegah aktivitas ezim
pendegradasi DNA sehingga molekul DNA tidak mengalami perubahan. Sampel yang
telah dipanaskan menjadi lebih jernih hal ini dapat terjadi karena adanya proses

presipitasi protein, lipid, dan karbohidrat yang tidak diinginkan pada proses isolasi
DNA. Kemudian sampel larutan disaring dengan kertas saring untuk didapatkan
filtratnya. Selanjutnya ditambahkan etanol dingin untuk membantu proses pemisahan
DNA. Penambahan etanol dilakukan melalui dinding tabung agar etanol tidak
bercampur dan larut dalam sampel. Etanol berfungsi untuk menggumpalkan dan
membawa DNA ke permukaan sehingga mudah diamati.
Hasil pengamatan isolasi DNA dengan detergen bubuk pada sampel papaya
terbentuk 2 fase dimana bagian atas berwarna bening keruh dan bagian bawah berwarna
orange muda. Di antara kedua fase terlihat cincin kabut yang sedikit. DNA terlihat pada
menit ke 21, dengan jumlah yang sangat sedikit. Pada sampel pisang terbentuk 2 fase
larutan dimana bagian atas berwarna bening dan bagian bawah berwarna putih keruh. Di
antara kedua fase terlihat cincin kabut. Gumpalan DNA terlihat setelah 12,56 menit
dengan jumlah yang cukup banyak. Pada sampel tomat terbentuk 2 fase larutan dimana
bagian atas berwarna bening dan bagian bawah berwarna bening keruh. Di antara 2 fase
terlihat cincin kabut dengan jumlah yang sedikit. DNA tomat terisolasi dengan jumlah
yang sedikit. Waktu yang diperlukan DNA terpisah adalah 10,8 menit. Pada sampel
bawang bombay terbentuk 2 fase, bagian atas berwarna bening, bagian bawah berwarna
hijau muda dan terdapat cincin kabut di antara kedua fase tersebut. DNA terisolasi
kurang baik, DNA yang terlihat sangat sedikit sehingga susah diamati. Waktu yang
diperlukan untuk munculnya DNA adalah 6,9 menit. Pada sampel brokoli terbentuk 2
fase larutan dimana bagian atas berwarna bening dan bagian bawah berwarna kuning
kehijauan. Pada fase antara terlihat kabut yang tipis dan sedikit. DNA tidak terisolasi
dengan baik dan sulit diamati Waktu yang diperlukan DNA adalah 25 menit.
Hasil pengamatan isolasi DNA dengan detergen krim. Pada sampel papaya
terbentuk 2 fase larutan dimana bagian atas berwarna bening dan bagian bawah
berwarna kuning kecoklatan. Di antara kedua fase terdapat cincin kabut kuning bening
kecoklatan dengan DNA yang muncul ke permukaan cukup banyak. Waktu yang
diperlukan untuk munculnya DNA adalah 9,10 menit. Pada sampel pisang terbentuk 2
fase larutan dimana bagian atas berwarna bening dan bagian bawah berwarna bening
kebiruan. Di antara kedua fase terdapat cincin kabut. DNA pisang terisolasi kurang baik
sehingga DNA yang muncul sangat sedikit. Waktu yang dibutuhkan DNA adalah 7,59
menit. Pada sampel tomat terbentuk 2 fase larutan dimana bagian atas berwarna bening

dan bagian bawah berwarna hijau lumut dan terdapat cincin kabut yang sedikit di antara
2 fase. DNA yang muncul sedikit. Waktu yang diperlukan untuk munculnya DNA
adalah 9,34 menit. Pada sampel bawang bombay terbentuk 2 fase larutan dimana bagian
atas berwarna bening dan bagian bawah berwarna hijau muda. Di antara kedua fase
terdapat cincin kabut dengan warna hijau pudar yang sedikit. DNA bombay kurang
terisolasi dengan baik dan dalam jumlah yang sedikit sehingga sulit untuk diamati.
Waktu yang diperlukan adalah 8,2 menit. Pada sampel brokoli terbentuk 2 fase larutan
dimana bagian atas berwarna bening dan bagian bawah berwarna hijau muda. Pada fase
antara terlihat larutan berwarna hijau bening dengan sedikit kabut cincin yang sangat
sedikit. Waktu yang diperlukan untuk munculnya DNA adalah 5,23 menit.
Berdasarkan hasil pengamatan sampel pisang dan papaya memiliki hasil
isolasi DNA yang cukup banyak diantara sampel yang lainnya. Hal ini dapat terjadi
karena kandungan air pada buah papaya dan pisang lebih sedikit dibandingan sampel
tomat, bawang bombay dan brokoli. Dimana kandungan air yang sedikit memiliki sel
yang lisis lebih banyak dibandingkan sampel yang memiliki kandungan air yang
banyak. Sehingga DNA pada sampel yang kandungan airnya sedikit akan banyak yang
dipresipitasikan. Waktu munculnya DNA pada masing-masing sampel berbeda-beda.
Perbedaan ini terjadi dikarenakan perbedaan jenis detergen yang digunakan.
Keefektifan penggunaan detergen bubuk dan krim dapat dilihat dari jumlah
DNA yang mengalami presipitasi pada saat isolasi. Detergen krim memiliki kualitas
yang paling baik dalam pembentukan DNA pada sampel tumbuhan dikarenakan dalam
detergen krim, kandungan senyawa kimia untuk melisiskan sel terdapat dalam
konsentrasi yang lebih tinggi daripada jenis detergen bubuk. Berdasarkan hasil literature
didapatkan hasil bahwa antara detergen cair, bubuk, dan cream yang seharusnya
mempunyai daya rusak paling tinggi dalam memecah membran sel adalah detergen cair.
Karena di dalam detergen cair mengandung konsentrasi yang tinggi misalnya lauryl
sulfat yang dapat berfungsi sama dengan dodesil sulfat dan disodium EDTA, serta
kandungan zat pewarna dan zat aktif pemutih yang biasanya ada dalam detergen cair.

H. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa :

1. Isolasi DNA pada beberapa jenis tumbuhan dapat dilakukan dengan beberapa tahap.
Tahap penghancuran membrane dan dinding sampel agar DNA tumbuhan dapat
diisolasi dengan baik. Tahap isolasi DNA yang dilakukan dengan mencampurkan
larutan sampel dengan larutan detergen dan larutan garam yang akan
mempertahankan pH larutan sehingga DNA tidak rusak. Garam juga akan
membantu memisahkan benang-benang DNA dan mengendapkan kotoran-kotoran.
2. Keefektifan detergen yang digunakan dalam isolasi DNA berbeda berdasarkan jenis
detergennya. Dimana detergen krim memiliki konsentrasi senyawa kimia yang lebih
tinggi dibandingkan detergen bubuk untuk melisiskan dinding dan membrane sel
sehingga isolasi DNA lebih efektif menggunakan detergen krim.
3. DNA dari sel tumbuhan berbentuk benang terpilin atau serabut-serabut putih yang
dapat diamati pada proses isolasi DNA. Larutan etanol akan membantu
mengendapkan DNA dan membuat DNA terapung ke permukaan karena perbedaan
massa jenis DNA yang lebih ringan.

DAFTAR PUSTAKA

Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Surakarta : Jurnal
Penelitian Sains dan Teknologi.
Hartono, Andry. 2006. Terapi Gizi, Diet dan Rumah Sakit. Jakarta: Penerbit Buku
Kedokteran EGC.

Mulyani, Yuniar, dkk. 2012. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi DNA Untuk
Deteksi Dini Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan Mas (Cyprinus Carpio L.).
Jatinangor : Universitas Padjajaran.
Paikara, Divya, dkk. 2014. Isolaton, Qualitative and Quantitative Estimation of DNA
from Various Sources. India: Department of Biotechnology and Microbiology
Bhilai Mahila Mahavidyalaya.

Sadava, D. 2004. Life: The Science of Biology 5th Edition. United States: Sinauer
Associates Inc.
Sahu, Sunil Kumar, dkk. 2012. DNA Extraction Protocol for Plants with High Levels of
Secondary Metabolites and Polysaccharides without Using Liquid Nitrogen and
Phenol. India : International Scholarly Research Network.
Tim Biokimia. 2016. Petunjuk Praktikum Biokimia II untuk Prodi Kimia. Mataram :
Universitas Mataram.
Triwibowo, Y. 2005. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga.

LAPORAN MINGGUAN PRAKTIKUM

BIOKIMIA II
ACARA V
ISOLASI DNA TUMBUHAN

Disusun Oleh
NAMA

: RIZKI AMALIA PUTRI

NIM

: G1C 013 040

PROGRAM STUDI KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS MATARAM
2016