I.

PENDAHULUAN

I.1. Latar Belakang

Bioteknologi merupakan cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan
makhluk hidup (bakteri, jamur, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk
hidup (enzim, alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan
jasa. Dewasa ini, perkembangan bioteknologi tidak hanya didasari pada biologi
semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lain, seperti biokimia,
komputer, biologi molekular, mikrobiologi, genetika, kimia, matematika, dan lain
sebagainya (Smith, 2004).
Pada masa ini, bioteknologi berkembang sangat pesat, terutama di negara
negara maju. Kemajuan ini ditandai dengan ditemukannya berbagai macam
teknologi semisal rekayasa genetika, kultur jaringan, DNA rekombinan,
pengembangbiakan sel induk, kloning, dan lain-lain (Peters, 1993).
Filogeni merupakan deskripsi hubungan gen, protein atau spesies. Dalam
filogeni diasumsikan objek yang diteliti berhubungan melalui evolusi. Pohon
filogeni digunakan untuk menunjukkan hubungan evolusi antar organisme.
Analisis filogenetik ini memerlukan data yang tepat untuk menentukan pohon
filogenetik yang tepat (Weising et al, 2005).
Pencarian database umumnya berdasarkan pada hasil alignment/ pensejajaran
sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Salah satu perangkat lunak pencari
database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), merupakan program pencarian
kesamaan yang didesain untuk mengeksplorasi semua database sekuen yang
diminta, baik itu berupa DNA atau protein. Program BLAST dapat digunakan
untuk mendeteksi hubungan di antara sekuen yang hanya berbagi daerah tertentu
yang memiliki kesamaan (Aprijani, 2003). Dengan banyaknya manfaat dari DNA
BLAST maka diadakanlah praktikum ini.
I.2.
1.

Tujuan
Mengidentifikasi kekerabatan terdekat suatu sekuen DNA.
2.
Mengetahui cara membuat pohon filogenetik yang menunjukan
tingkat kekerabatan terdekat.

1.3

Manfaat
1.
2.

Mahasiswa dapat mengetahui manfaat dari DNA BLAST

Mahasiswa dapat menegetahui peran-peran Bioinformatika dalam
kehidupan sehari-hari.

II.
2.1

TINJAUAN PUSTAKA

Sejarah Bio-informatika

Bioteknologi secara sederhana sudah dikenal oleh manusia sejak ribuan

tahun yang lalu. Sebagai contoh, di bidang teknologi pangan adalah pembuatan
bir, roti, maupun keju yang sudah dikenal sejak abad ke-19, pemuliaan tanaman
untuk menghasilkan varietas-varietas baru di bidang pertanian, serta pemuliaan
dan reproduksi hewan (Smith, 2004).
Teknologi ini memungkinkan kita untuk memperoleh penyembuhan
penyakit-penyakit genetik maupun kronis yang belum dapat disembuhkan, seperti
kanker ataupun AIDS. Penelitian di bidang pengembangan sel induk juga
memungkinkan para penderita stroke ataupun penyakit lain yang mengakibatkan
kehilangan atau kerusakan pada jaringan tubuh dapat sembuh seperti sediakala. Di
bidang pangan, dengan menggunakan teknologi rekayasa genetika, kultur jaringan
dan DNA rekombinan, dapat dihasilkan tanaman dengan sifat dan produk unggul
karena mengandung zat gizi yang lebih jika dibandingkan tanaman biasa, serta
juga lebih tahan terhadap hama maupun tekanan lingkungan (Clark et al, 2009).
Kemajuan di bidang bioteknologi tak lepas dari berbagai kontroversi yang
melingkupi perkembangan teknologinya. Sebagai contoh, teknologi kloning dan
rekayasa genetika terhadap tanaman pangan mendapat kecaman dari bermacammacam golongan.Bioteknologi secara umum berarti meningkatkan kualitas suatu
organisme melalui aplikasi teknologi. Aplikasi teknologi tersebut dapat
memodifikasi fungsi biologis suatu organisme dengan menambahkan gen dari
organisme lain atau merekayasa gen pada organisme tersebut (Smith, 2004).
2.2

BLAST
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu

institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler.

NCBI membuat database yang dapat diakses oleh public, merangsang riset biologi
terkomputasi,

mengembangkan

software

penganalisis

data

genome

dan

menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada

pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi
manusia dan kesehatannya. Pada NCBI GenBank, kita dapat menemukan
rangkaian-rangkaian DNA yang terdapat dalam tubuh makhluk hidup, baik itu
rangkaian yang mengkodekan warna kulit, warna mata, bentuk hidung, bentuk

bibir, bentuk telinga, bentuk mata, dan banyak lainnya. Semua itu dapat kita
dapatkan di NCBI GenBank dengan cara memasukkan nomor akses yang telah
disahkan (Rizki, 2008).
Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI adalah BLAST (Basic
Local Alignment Search Tool), yaitu suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan
dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki
melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu
singkat. Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan
pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Rizki, 2008).
BLAST merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan
penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search)
pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam
nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal
ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau
untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi
gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah
penyejajaran sekuens (Rizki, 2008).
2.3

Pohon Filogenik
Filogeni merupakan deskripsi hubungan gen, protein atau spesies. Dalam

filogeni diasumsikan objek yang diteliti berhubungan melalui evolusi. Pohon

filogeni digunakan untuk menunjukkan hubungan evolusi antar organisme.
Analisis filogenetik ini memerlukan data yang tepat untuk menentukan pohon
filogenetik yang tepat (Weising et al, 2005).
Data yang tepat tersebut berupa taxa, yaitu kelompok organisme yang
ingin diketahui hubungan evolusinya, sedangkan karakter yaitu daftar sifat
organisme dan beberapa anggota kelompok memiliki sifat yang berbeda
(character states) (Weising et al, 2005).
Berikut merupakan contoh pohon filogenetik menurut Nuswantara (2000):

Gambar 1. Pohon Filogenetik Universal Berdasarkan Urutan rRNA Subunit Kecil

Pendekatan klasik dalam filogeni menggunakan karakteristik morfologi
untuk mempelajari hubungan antar spesies. Selanjutnya berkembang Molecular
Phylogeny, yang menggunakan data molekuler untuk menentukan hubungan antar
spesies. Molecular phylogenetics bertujuan menentukan kecepatan dan pola-pola
perubahan yang terjadi pada DNA dan protein dan merekonstruksi evolutionary
history gen danorganisme (Wolfe dan Liston, 1998).
2.4

Software Bio-informatika
Bioinformatika adalah penerapan teknik komputasional untuk mengelola

dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode

metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah
masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino
serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh dari topik utama bidang ini
meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens
(sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein

maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen
(Rashidi, 2000).
2.4.1

Bioedit

Hasil sequencing berupa elektroferogram dan urutan basa nukleotida dianalisis

dengan menggunakan program DNA Baser dan BioEdit. BioEdit merupakan
program yang digunakan untuk mengedit dan menganalisis sequence aligment.
BioEdit dirancang untuk mengatasi permasalahan yang berhubungan dengan
waktu yang relatif lama dan kesulitan peneliti dalam menganalisis sekuen
(Rashidi, 2000)
2.4.2 ClustalX
ClustalX merupakan program yang dibuat untuk membuat multiple
sequence alignment secara tepat dan dapat dipercaya. Program ClustalX
digunakan untuk mengiudentifikasi pola sekuan dari motif protein atau asam
nukleat. Pohon filogenetik dapat dikontruksi dengan menggunakan ClustalX
berdasarkan multiple sequnce alignment (Rashidi, 2000).
2.4.3

MEGA5
Penambahan terbaru di MEGA5 adalah kumpulan kemungkinan

maksimum (ML) analisis untuk menyimpulkan pohon evolusioner, memilih

model substitusi kecocokan (asam amino atau nukleotida), menyimpulkan negara
leluhur dan urutan (bersama dengan probabilitas), dan memperkirakan tingkat
evolusi situs demi situs. Dalam analisis simulasi komputer, ML algoritma
inferensi pohon MEGA5 baik dibandingkan dengan paket perangkat lunak lain
dalam hal komputasi efisiensi dan keakuratan perkiraan pohon filogenetik,
parameter substitusi, dan variasi tingkat antara situs. User interface MEGA kini
telah ditingkatkan menjadi aktivitas didorong untuk memudahkan penggunaan
kedua pemula dan ilmuwan berpengalaman. Versi MEGA ditujukan untuk
platform Windows, dan telah dikonfigurasi untuk penggunaan yang efektif di Mac
OS X dan Linux desktop (Rashidi, 2000).
2.5 DNA Sekuen

Sekuensing DNA adalah proses atau teknik penentuan urutan basa nukleotida
pada suatu molekul DNA. Urutan tersebut dikenal sebagai sekuens DNA, yang
merupakan informasi paling mendasar suatu gen atau genom karena mengandung
instruksi yang dibutuhkan untuk pembentukan tubuh makhluk hidup. Sekuensing
DNA dapat dimanfaatkan untuk menentukan identitas maupun fungsi gen atau
fragmen DNA lainnya dengan cara membandingkan sekuens-nya dengan sekuens
DNA lain yang sudah diketahui (Boffey, 1984).
Analisa DNA sequencing merupakan salah satu tools yang sangat penting
dalam mengungkap rahasia genetik di balik kehidupan. Banyak sekali penelitian
life scienceyang melibatkan analisa ini. Pencapaian terbesar teknologi DNA
sequencing saat ini adalah terungkapnya urutan basa nukleotida yang menyusun
genom manusia. Para peneliti yang menggunakan tools ini seringkali menghadapi
masalah dalam melakukan analisa, output yang dihasilkan seringkali tidak
memuaskan. DNA sequencing menggunakan elektrophoresis kapiler merupakan
teknologi kunci pada laboratorium-laboratorium life science. Berikut ini adalah
beberapa hal yang penting untuk diketahui yang menjadi faktor penentu
keberhasilan analisa DNA Sequencing (Gardner et al, 1991).
Sekuens DNA menyandikan informasi yang diperlukan bagi makhluk hidup
untuk melangsungkan hidup dan berkembang biak. Dengan demikian, penentuan
sekuens DNA berguna di dalam ilmu pengetahuan 'murni' mengenai mengapa dan
bagaimana makhluk hidup dapat hidup, selain berguna dalam penerapan praktis.
Karena DNA merupakan ciri kunci makhluk hidup, pengetahuan akan sekuens
DNA dapat berguna dalam penelitian biologi manapun. Sebagai contoh, dalam
ilmu pengobatan sekuensing DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi,
mendiagnosis, dan mengembangkan pengobatan penyakit genetik. Demikian pula
halnya, penelitian pada agen penyebab penyakit (patogen) dapat membuka jalan
bagi pengobatan penyakit menular. Bioteknologi, yang dapat pula memanfaatkan
sekuensing DNA, merupakan bidang yang berkembang pesat dan berpotensi
menghasilkan banyak barang dan jasa berguna. Pengetahuan akan sekuens DNA
berguna untuk mengetahui sekuens asam amino yang disandikan oleh gen
(Santoso, 2008).

DAFTAR PUSTAKA
Boffey, S. A. (1984). Isolation of high molecular weight DNA, in Methods in
Molecular Biology, vol. 2: Nucleic Acids (Walker, J. M., ed.), Humana,
Totowa, NJ.
Clark, DP., dan Pazdernik NJ. 2009. Biotechnology : Applying the Genetic
Revolution. Elsevier : China.
Gardner, E.J., M.J. Simmons, & D.P Snustad. 1991. Principles of genetics 8th ed.
John Wiley & Sons Inc., New York.
Rizki. 2008.

Bioinformatika. http://bioinformatika-q.blogspot.com/. Diakses

pada tanggal 16 Juni 2015 pukul 14.18 WIB.

Santoso, J. 2008. Pengembangan Pelacak DNA Spesifik Gen Melalui
Bioinformatika: Indentifikasi Gen Penyandi Protein Biji 21 kDa pada Kakao
UAH Indonesia. Menara Perkebunan, 69 (1) : 10-17.
Smith, JE. 2004. Biotechnology : Studies in Biology. Ed ke-4. Cambridge :
Inggris.
Weising, K., Nybom, H., Wolff, K., dan Kahl, G. 2005. DNA fingerprinting in
Plants. Principles, Methods and Applications. CRC Press. Taylor and
Francis Group : Boca Raton, FL.
Wolfe A.D., dan Liston A. 1998. Contributon Of PCR-Based Methods to Plant
Systematic and Evolutionary Biology. In Molecular Systematics of Plants.
Lewitter, F. 1987. Online use of the GenBank Genetik Seguence Data Bank.
Development

in

Industrial

Microbiology.

Journal

of

Industrial

Microbiology Suppl. 27 (1).

Nuswantara S. 2000. Internet untuk Biologi Molekuler. Warta Biotek. 14 (2).
Rashidi, H.H., dan L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. Applications in
Biological Science and Medicine. CRC Press : London.
Witarto, AB. 2003. Bioinformatika Mengawinkan Teknologi Informasi dengan
Bioteknologi. Ilmu Komputer : Jakarta.