Anda di halaman 1dari 13

LAPORAN PRAKTIKUM

KIMIA FISIK II
GAYA ANTAR MOLEKUL PADA ASAM KARBOKSILAT
( VII )

Disusun oleh:
Nama : Yumarotun
NIM

: 10/297677/PA/13054

Jurusan/Fakultas

: Kimia/MIPA

Hari/Tanggal : Selasa, 29 Mei 2012

LABORATORIUM AUSTRIAN-INDONESIAN CENTRE OF


COMPUTATIONAL SCIENCE
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2012

A. TUJUAN PERCOBAAN
Memahami terjadinya ikatan antar molekul dalam dimer asam karboksilat yang
berbentuk ikatan hidrogen.

B. DASAR TEORI

Kimia

komputasi

adalah

cabang

ilmu

kimia

yang

menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam


program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan
perubahannya. Kimia komputasi dapat pula melakukan simulasi
terhadap sistem-sistem besar (atau banyak molekul protein gas,
padatan, cairan, dan kristal cair) dan menerapkan program tersebut
pada sistem kimia nyata. Contoh sifat-sifat yang dihitung antara lain
struktur aatom, energi dan selisih energi, muatan, momen dipole,
kereaktifan, frekuensi getaran, dan besaran spektroskopi lainnya.
Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat)
dan system besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan

perubahannya (misalnya proses denaturasi protein), perubahan


massa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis)
berdasarkan perilaku tingkat atom dan molekul. Istilah kimia
komputasi sering digunakan juga sebagai ilmu komputer dan kimia.
(Prianto, 2007)
Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 bagian
besar yaitu metode mekanika molekul dan metode struktur
elektronik yang terdiri dari ab initio dan semiempiris. Mekanika
molekul merupakan metode yang digunakan dalam pemodelan
molekul untuk senyawa-senyawa dengan massa molekul besar
seperti protein, DNA, dan RNA akan memerlukan perhitungan
dengan metode kimia komputasi yang memungkinkan untuk tetap
dapat memperoleh sifat sistem kimia yang akurat tetapi dengan
waktu perhitungan yang rasional. Kekuatan dari metode MM adalah
kemampuannya dalam menganalisis sifat senyawa untuk senyawa
yang memiliki massa molekul tinggi dengan waktu perhitungan
yang relative cepat. Namun demikian, kekurangannya terletak pada
asumsi dasar dari MM yang memperlakukan atom-atom dalam
molekul yang sudah saling berikatan, sehingga MM tidak akurat
jika digunakan untuk memprediksi sistem kimia yang sifatnya
didominasi oleh electron, misalnya keadaan transisi, polarisabilitas,
dan sifat ionisasi. Penyusunan persamaan MM yang dikenal dengan
medan gaya sangat bergantung pada ketersediaan sifat fisik
eksperimental yang dimiliki oleh golongan senyawa tertentu. Itulah
sebabnya banyak jenis medan gaya yang hanya teliti digunakan
untuk golongan senyawa tertentu saja, misalnya AMBER untuk
protein, MM1-MM4 untuk hidrokarbon, MM+ untuk keperluan
umum semua senyawa.

Metode semiempirik berdasarkan pada pendekatan HF. Matrick


Fock disusun dan persamaan HF diselesaikan secara iterative. Pendekatan
lain dari metode semiempiris adalah hanya mempertimbangkan electron
valensi. Perbedaan metode semiempiris yang satu dengan yang lain
terletak pada pendekatannya (misalnya tolakan core-core) dan secara
khusus pada nilai dari parameter tersebut. Berbeda dengan pendekatan
mekanika molekuler, hanya parameter untuk atom tunggal dan untuk
pasangan

atom

yang

diperlukan.

Metode

semiempiris

dapat

dioptiomasikan untuk keperluan yang berbeda. Metode MNDO, AM1,


dan PM3 dirancang untuk memproduksi panas pembentukan dan struktur
dari sejumlah besar molekul organik. Metode semiempiris yang lain
dioptimasi khusus untuk spektroskopi misalnya INDO, ZINDO atau
CNDO yang melibatkan perhitungan CI dan cukup baik dalam
memprediksi keadaan transisi elektronik dalam daerah spectra UV/Vis.
(Pranowo dan Hetadi, 2011)
HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan
molekular

yang

memungkinkan

perhitungan

kimiawi

yang

kompleks. Software ini dapat digunakan untuk menggambar


struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam model,
study molecular dinamik dasar, study QSAR, dan lain-lain.
HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik
mekanika kuantum dan mekanika molekuler dengan fasilitas
manipulasi dan visualisasi struktur. simulasi dinamika molekul dan
pengaturan yang sesuai kehendak pengguna, dengan program
HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara
yang mudah.
Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah
perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul.
Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan

menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan isomerisasi,


panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia.
(Shabrina, 2011)
Perangkat lunak kimia komputasi seperti HyperChem
memberikan fasilitas memadai untuk melihat bentuk molekul,
menikmati vibrasi ikatan antar atom yang terekam sebagai spektra
infra merah, dan dinamika perubahan struktur molekul akibat
pengaruh sistem reaksi. VSEPR (Valence Shell Electron Pair
Repulsion) dapat memodelkan bentuk molekul, dan orbital molekul
Hoeckel mampu memprediksi tingkat energi ikatan adalah sebagian
dari upaya mengubah teori ke dalam prediksi kimia. Metode kimia
komputasi memberikan hasil pengujian yang jauh lebih memadai
dari prediksi teoritis. Model mudah untuk digunakan, tidak mahal
dan aman (Rode dkk., 2007).
Rode, B.M., Hofer, T.S., Kugler, M.D., 2007, The Basic of
Theoretical and Computational Chemistry, Wiley-VCH Verlag
GmbH & Co., KGaA, Weinheim.
Manly, C. J., Louise-May, S., and Hammer, J.D., 2001, The Impact
of Informatics and Computational Chemistry on Synthesis and
Screening, Drug Discovery Today, 6, 1101.
Ikatan hidrogen merupakan ikatan khusus dipol-dipol antara
atom hidrogen dalam ikatan polar (seperti N-H, O-H, dan F-H)
dengan atom elektronegatif. Atom-atom yang memiliki sifat
elektronegatif yang kuat antara lain N, O, dan F. Energi ikatan pada
ikatan hidrogen cukup kuat. Kekuatan ini dipengaruhi olehinteraksi
coulomb antara pasangan elektron bebas pada atom elektronegatif
dengan inti hidrogen.

Dimer disusun oleh dua monomer yang identik dan terikat


bersama. Hubungan antara dua monomer tersebut dapat melalui
ikatan kovalen atau ikatan hidrogen.( Chang,2005)

C. CARA KERJA
Mula- mula dibuka Icon hyperchem dibuka, kemudian Icon default element
diklik, digambar model atom asam asetat, setelah itu, diklik icon
Build dan Add H & Model Build,lalu File disimpan dengan cara diklik icon
File kemudian Save as. File disimpan sebagai dimer.
Percobaan berikutnya, file

dimer dibuka kembali, lalu salah satu

molekul di blok kemudian molekul tersebut dipindahkan atau diputar


sedemikian rupa menggunakan icon rotate in-plane atau translate sehingga
jarak antar atom yang berbeda molekul 2 sesuai dengan letak dimer yang
diinginkan, lalu dipilih icon Setup,selanjutnya Semi Empirical , lalu dipilih
point AM1. Diklik icon Options, pada pilihan Spin Pairing dipilih
UHF, convergence limit diganti pada 0.01, OK, lalu dipilih Compute dan diklik
Geometry Optimization.
Conv harus dipastikan YES, lalu energi yang ditampilkan dicatat
sebagai energi kompleks. Kemudian, setup diklik lalu Recompute H Bonds
untuk menampilkan ikatan hydrogen, kemudian setelah selesai file disimpan
dengan nama dimer 1a.
Selanjutnya salah satu molekul dihapus , lalu diklik icon Compute
pilih Single Point .Energi yang ditampilkan sebagai energi asam asetat I

File asam asetat yang kedua dibuka kembali, salah satu molekul lagi
dihapus, lalu dipilih icon compute pilih Single Point. Energi yang
ditampilkan dicatat sebagai energi asam asetat II

Dengan langkah yang sama dilakukan untuk perhitungan MM+. Untuk


mengubah perhitungan MM+, diklik icon Setup kemudian Molecular
Mechanics, setelah itu pilih MM+.

D. HASIL DAN PEMBAHASAN


Data hasil percobaan
1. AM1
NO

DIMER

2
3

Ekompleks

E kal1

Ekal2

Edimer

-1551.1788

-772.3152

-772.3094

-6.5542

II

-1547.6760

-772.4008

-772.4038

-2.8714

III

-1549.4475

-772.3720

-772.3791

-4.6964

Ekompleks

E kal1

Ekal2

Edimer

2. MM+
NO

DIMER

-15.3826

-6.0013

-6.0056

-3.3757

II

-12.1047

-6.0177

-6.0141

-0.0729

III

-15.3015

-6.0047

-5.9988

-3.2980

Pembahasan

Percobaan Gaya Antar Molekul pada Asam Karboksilat ini bertujuan


untukl memahami terjadinya ikatan antar molekul dalam dimer asam
karboksilat yang berbentuk ikatan hidrogen.
Metode yang digunakan dalam percobaan ini adalah metode seno
empiris dan metode mekanika molekul. Metode semi empiris dengan

menggunakan AM1 sedangkan metode mekanika molecular menggunakan


MM+. Kedua metode ini digunakan karena memiliki perbedaan. Dimana
metode semi empiris dengan AM1 lebih spesifik dibandingkan MM+, hal ini
karena pada AM1 yang dihitung adalah masing- masing energi, seperti
ditunjukkan adanya energi-energi yang lain seperti binding energy, heat of,
electronic, dan nuclear energy, serta tentu saja total energy dari semua energi
yang disajikan tersebut sedangakan pada MM+ yang dihitung adalah total
energinya saja.
Dalam percobaan ini jarak antar atom H pada dimer satu dengan atom
O pada dimer 2 dibuat 2. Pada pengaturan option total charge dibuat 0
karena semua elektron dibuat untuk berpasangan, Sedangkan pada spin pairing
diisi UHF, option ini digunakan untuk melihat interaksi antar muka atau
interaksi dianggap belum terjadi sehingga masih ada spin yang tidak
berpasangan. Fungsi gelombang UHF ini lebih fleksibel daripada fungsi RHF
sehingga dapat menghasilkan penyelesaian yang mendekati eksak dan
menghasilkan energi terhitung yang lebih rendah.
Pada perhitungan bentuk dimer, digunakan geometry optimization
sedangkan pada bentuk monomernya digunakan single point. Hal ini karena
pada geometry optimization yang dihitung adalah energi antar molekul yang
sebenarnya sedangkan pada single point energi yang dihitung adalah energi
dari molekul yang dibuat atau di input ke dalam program.
Dari hasil percobaan yang telah dilakukan diperoleh hasil bahwa
besarnya energi monomer asam karboksilat antara monomer 1 dengan
monomer 2 (E

kal1

dan E

kal2

) hampir sama. Hal ini karena memang kedua

molekul asam karboksilat ini pada dasarnya sama, hanya sedikit berbeda pada
kondisi lingkungannya.
Dari hasil pembuatan 3 konformasi asam karboksilat, ternyata
ketiganya memiliki energy kompleks teroptimasi yang hampir sama, baik
menggunakan perhitungan MM+ maupun AM1. Akan tetapi apabila dilihat
darin perubahan energi dimer (Edimer ) maka konformasi 1 memiliki
kestabilan paling tinggi karena nilai energinya paling rendah, kemudin
berturut- turut diikuti oleh konformasi 3 dan yang terakhir adalah konformasi
2. Hasil perhitungan dengan metode AM1 dan MM+, ternyata MM+ memiliki

energi kompleks yang jauh lebih rendah. Namun demikian Ekompleks keduanya
hampir sama.
Ikatan Hidrogen yang dibuat, hanya trbentuk pada konformasi dimer 1
saja, sedangkan pada konformasi dimer 2 dan 3 tidak terbentuk ikatan
hidrogen, hal ini terjadi karena ikatan hidrogen akan terbentuk apabila jarak
antara atom H dari gugus hidroksi dari monomer satu dengan atom O karbonil
dari monomer yang lain memiliki jarak yang dekat, akan tetapi apabila
jaraknya semakin jauh, maka ikatan hidrogen yang terbentuk akan semakin
lemah atau bahkan tidak terbentuk ikatan hidrogen sama sekali. Hal ini juga
dapat dilihat bahwa pada konformasi dimer 1 atom O dan H saling berdekatan
dan berhadap- hadapan sehingga ikatan hidrogen yang etrbentuk kuat,
sedangkan pada konformasi dimer 2 dan 3, antara atom O dan H memiliki jarak
yang lebih jauh, dan tidak memungkinkan terjadinya ikatan hidrogen.

E. KESIMPULAN
Ikatan Hidrogen yang terjadi pada asam asetat dapat tergantung pada
konformasi dimer yang terbentuk, yaitu jauh dekatnya jarak antara atom
hidrogen pada gugus hidroksi pada monomer yang satu dengan atom oksigen
pada karbonil pada monomer yang lainnya.

F. DAFTAR PUSTAKA
Chang, Raymond, 2005, Kimia Dasar Konsep-Konsep Inti, Erlangga, Jakarta.
Pranowo, Harno Dwi dan Abdul Kadir RH, 2011, Pengantar Kimia
Komputasi, Penerbit Lubuk Agung, Bandung.
Prianto, Bayu, 2007, Pemodelan Kimia Komputasi, Berita Dirgantara, Vol.8,
Halaman 1-2.
Shabrina, 2011, Optimasi Struktur Molekul [HyperChem], http://shabrinachemist.blogspot.com/2011/12/optimasi-struktur-molekul.html
pada tanggal 27 Mei 2012 pada pukul 21.58 WIB)

(diakses

G. LAMPIRAN
DIMER 1

DIMER 2

DIMER 3