NAMA

: TASQIA TUNNISA

NIM

: 4311413008

JAWABAN SOAL BAB 2

1.

Perhitungan sifat-sifat molekul air menggunakan perangkat lunak HyperChem

a. Sifat molekul air dihitung menggunakan mekanika molekul. HyperChem dapat
digunakan secara mudah dalam menghasilkan struktur molekul 3D, dengan pilihan 4
metode mekanika molekular, teknik optimasi geometri untuk menda-patkan struktur
stabil, dan teknik dinamika molekular untuk mendapatkan pencarian konformasi dan
menginvestigasi perubahan struktur.
Penerapan metode mekanika molekular:
Perhitungan energi konformasi relatif dari satu seri struk-tur analog (deret
homolog).
Reoptimasi peptida setelah ditentukan mutasi selktifnya.
Mendapatkan struktur yang mendekati realitas untuk per-hitungan dengan
metode kimia kuantum.
Kebolehjadian terjadinya efek sterik pada zat antara reaktif.
Empat metode medan gaya (force field) memudahkan kita untuk
mengeksplorasi stabilitas dan dinamika sistem molekular untuk senyawa yang
mempunyai massa atom besar.
b. Parameter perhitungan sebagai input HyperChem pada molekul air
Panjang ikatan
Sudut ikatan

2. Metoda Ab initio merupakan metoda yang mempunyai akurasi paling tinggi diantara
metoda penghitungan kimia komputasi lainnya seperti semi-empiris atau mekanika
molekular. Sebagai konsekuensi dari pencapaian ketelitian yang tinggi dari metoda ab
initio, metoda ini memerlukan waktu operasi yang tinggi sehingga metoda ini hanya
mungkin diterapkan pada senyawa degan massa molekul kecil. Hal yang perlu
diperhatikan adalah pada langkah pemilihan basis set. Pemilihan basis set akan sangat
berpengaruh terhadap hasil yang dicapai. Untuk itu diperlukan data eksperimen sebagai
pembanding. Secara teoritis, keabsahan penggunaan basis set dapat ditentukan dengan
menghitung basis set superposition error yang menyatakan besarnya kesalahan
penggunaan basis set dalam perhitungan. Untuk melakukan kalkulasi dengan metoda
mekanika kuantum ab initio, dipilih ab initio di menu Setup dalam program Hyperchem.

Metode ab initio ini dapat digunakan untuk semua kalkulasi yang ada pada
menu Compute.
3. Operasi Hamilton berkait dengan energi suatu molekul
a. Arti masing-masing suku
Z A ZB

suku di A B r AB atas merupakan interaksi elektrostatik antara elektron dan

inti

r A
A

Al

r
l

lj

h2
8 m 2l
l
l

suku-suku di atas merupakan tolakan anatar elektron

h2
8 m 2l
l
l

Suku-suku di atas merupakan energi kinetik

b. Suku yang dianggap tetap dengan menggunakan pendekatan Born-Oppenheimer
Z Z
rA B
A
B
AB

4. Docking molekul obat

Docking adalah sebuah metode yang digunakan untuk memprediksi orientasi terbaik dari
suatu molekul ketika berikatan satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil,
dimana orientasi tersebut dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau
afinitas ikatan antara dua molekul yang digunakan. Hubungan antara molekul biologi
untuk molekul relevan seperti protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid memilki
peran pnting dalam transduksi sinyal. Kemudian orientasi relatif dari dua pasangan yang
berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan. Berikut diagram alir
dari docking molekular:

gambar 2. diagram alir docking molekuler

Docking secara sering digunakan untuk memprediksi orientasi ikatan dari molekul kecil
dari obat sebagai protein target untuk merubah afinitas dan aktivitas molekul
kecil. Docking memainkan pearana penting dalam desain obat. Docking molekular sulit
karena banyak keadaan dapat diaskses pada makromolekul dan ligan mereka, dan
masalah keakuratan perhitungan energi yang tumbuh secara eksponensial dengan derajat
kebebasan dari molekuldocking.

Docking molekular dapat diumpamakn seperti gembok dan kunci, dimana satu
akan tertarik menemukan orientasi yang benar dari kunci yang akan membuka
gembok (permukaan gembok adalah lubang kunci, yang mana akan mengubah
kunci setelah itu dimasukkan). Protein dapat dianggap sebagai gembok dan ligan
sebagai kunci.

Fokus docking molekular adalah untuk simulasi secara komputasi proses

pengenalan molekul. Tujuan dari docking molekular adalah untuk mencapai
konformasi yang optimal pada protein dan ligan sehingga energi bebas dari sistem
secara keseluruhan dapat diminimalkan.

Dari pengertian di atas dapat diketahui bahwa antara dinamika molekuler dan
docking molekuler saling berhubungan dn melengkapi satu sama lain. Hal ini
dapat diketahui bahwa docking molekuler merupakan tahap awal untuk memulai
simulasi dinamika molekuler. Docking molekular dapat digunakan untuk
memprediksi konformasi antara protein-ligan untuk membentuk kompleks yang
stabil. namun dalam docking molekuler ini menghasilkan struktur protein yang
kaku, yang tidak memfasilitasi efect induced-fit dari interaksi protein dengan
ligan-nya. oleh sebab itu, fleksibilitas protein dan interaksinya dengan senyawa

lain dapat dianalis menggunakan dinamika molekuler yang dapat melihat

perubahan struktur suatu senyawa terhadap waktu berdasarkan parameterparameter tertentu.

5. Penggunaan metode semiempiris

Metode semi-empiris adalah jenis perhitungan kimia kuantum mekanik yang
menggunakan parameter yang berasal dari eksperimen untuk menyederhanakan perhitungan.
Dalam metode semi-empiris banyak integral untuk menafsirkan dengan menarik data
spektroskopi dan sifat fisik seperti energi ionisasi dan menggunakan serangkaian aturan untuk
mengatur integral tertentu yang sama dengan nol. Metode semi-empiris dapat diterapkan
dalam sistem yang besar dan menghasilkan fungsi gelombang yang baik sehingga sifat
elektronik dapat diprediksi. metode semi- empiris bergantung pada ketersediaan parameter
empiris dan realibilitas yang agak rendah.
Salah satu pendekatan sedehana disebut complete neglect of differential overlap (CNDO),
dimana semua integral diatur ke nol kecuali A dan B yang merupakan orbital yang sama
berpusat pada inti yang sama, dan juga C dan D. Integral hidup kemudian disesuaikan sampai
tingkat energi berada dalam perjanjian baik dengan eksperimen.
Beberapa catatan kemampuan umum dari metode semiempiris:
1. Sterik.
MNDO memberikan overestimasi dari pengaruh kesesakan sterik (sebagai contoh,
neopentana memberikan panas pembentukan sangat tinggi). Kebalikannya, cincin beranggota 4 terlalu stabil dengan MNDO (kubena diprediksi terlalu stabil sebesar 50 kkal/mol).
AM1 dan PM3 dapat dijalankan lebih baik dengan energi cincin beranggota-4, tetapi masih
memprediksi mereka sebagai bentuk planar yang berbeda dengan eksperimen. AM1 dan PM3
juga jelek dalam memprediksi cincin beranggota-5, yang diprediksi dengan bentuk terlalu
datar (misalnya pada furanosa). Metode AM1 dan PM3 cukup baik untuk memprediksi cincin
beranggota 6.
2. Keadaan transisi.
MNDO overestimasi untuk memprediksi kebanyakan ha-langan reaksi karena hal ini
mempunyai kecenderungan untuk overestimasi dalam menghitung tolakan antar atom yang

terpisah pada jarak van der Waals. AM1 dan PM3 dapat mengoreksi cukup besar atas
kesalahan ini.
3. Spesies bermuatan
Spesies bermuatan diperlakukan kurang teliti dibanding-kan dengan senyawa netral. Anion
pada khususnya sulit diprediksi karena menggunakan orbital atom dalam himpunan
basis LCAO tidak terlalu diffuse, karena hanya menggunakan orbital valensi yang sederhana.
4. Radikal cenderung diprediksi dengan overestimasi oleh metode semiempiris.
5. Senyawa aromatis secara konsisten dihitung terlalu tinggi dengan menggunakan metode
MNDO, AM1 dan PM3, dengan kesalahan berkisar antara 4 kkal/mol.
6. Hipervalensi diprediksi sangat jelek karena fungsi orbital d tidak merupakan bagian dari
himpunan basis yang digunakan dalam perhitungan.
7. Ikatan hidrogen dihitung dengan baik untuk geometri dan energi secara umum dengan
Hamiltonian PM3. Tetapi jarak oksigen-oksigen dalam air dimer lebih baik ditentukan
dengan AM1.
Geometri ditunjukkan dengan tabel berikut 5.1:
Tabel 5.1 Kemampuan beberapa metode semiempiris dalam analisis geometri molekul
Metode

Kesalahan

Panjang ikatan Sudut

()
(o)
4,3
MNDO 0,054
AM1
0,050
3,3
PM3
0,036
3,9

ikat Dihedral
(o)
21,6
12,5
14,9

Contoh perhitungan pada metana mengguakan metode empiris:

Percobaan ini diawali dengan membuka program atau software yang ingin digunakan,
contoh: Hyperchem. HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular
yang memungkinkan perhitungan kimiawi yang kompleks(Andriesta, 2012). Langkah
selanjutnya adalah menetapkan cursor sebagai draw (menggambar) pada menu dan diklik dua
kali pada menu draw hingga muncul kotak susunan berkala unsur, lalu dipilih atom karbon
sebagai kursor (default). Cursor diklik satu kali pada kanvas gambar Hyperchem hingga
muncul satu atom karbon pada kanvas dalam bentuk lingkaran yang berwarna hijau. Masuk
ke menu build, lalu diklik add H and model build hingga muncul senyawa metana.
Langkah selanjutnya yaitu masuk ke menu option untuk mengaur metode yang akan
kita gunakan. Metode yang akan digunakan dalam menghitung optimasi struktur senyawa
metana, yaitu semiempiris AM 1. Lalu dimasukkan muatan dan spin multiplicity sesuai
dengan sistem yang dihitung. Spin multiplicity = 2s + 1, dengan s berharga 1/2 untuk satu
elektron tak berpasangan. Senyawa metana ini memiliki spin multiplicity berharga 0.

Lalu masuk ke menu file, diklik pada start log dan disimpan dalam nama file tertentu
dalam folder anda untuk mencatat semua perhitungan anda. Hal tersebut dimaksudkan untuk
mempermudah melihat hasil perhitungan. Kemudian hitung energi sistem dapat dilakukan
dengan dipilih geometry optimization pada menu compute, dengan parameter berikut:
algoritma = Polak-Ribiere, RMS gradient = 0,01 kkal/(angstrom.mol), maksimun siklus =
100, in vacuo. Setelah perhitungan selesai yang ditandai dengan adanya
kata convergen=YES pada bagian kiri bawah kanvas, lalu masuk kembali ke menu file dan
diklik pada stop log. Energi, muatan dan momen dipol dari file hasil start log yang telah
dibuat kemudian dicatat