Definisi mikrobiologi laut adalah suatu ilmu yang mempelajari jasad kecil yang tidak dapat

dilihat dengan mata telanjang yang ada dilaut. Yakni bisa berupa bakteri, fungi, ragi, protozoa,
amoeba, alga, diatom, plankton, copepoda. Dll.
Apa perbedaan antara bakteri laut dan bakteri tawar/tanah.
Perbedaan utama adalah bakteri air laut bisa hidup pada konsentrasi salinitas yang tinggi tanpa
adanya komponen garam tersebut pada media maka bakteri air laut tidak bisa tumbuh dan
berkembang.
Peranan bakteri gram negatif heterotrof dari ocean dan laut terdiri dari 90% bakteri gram negatif
(Bouman, 1981) yang mempunyai morfologi dan komposisi kimia sama dengan sel bakteri
lainnya. Sama dengan jaringan metabolisme ditulis pada spesies tertentu tidak ada keistimewaan
(Bertrand et al, 1976). Kemudian dilaut juga terdapat bakteri yang memiliki aktifitas
Mekanisme bioluminesens dalam semua kelompok organisme tersebut umumnya sama dan
sangat menarik. Tampaknya bahwa aktivitas bioluminesens telah ada di sepanjang evolusi hidup
mereka. Bakteri yang memiliki aktivitas bioluminesens kebanyakan adalah spesies-spesies dalam
lingkungan laut (marine environments). Pemancaran cahaya yang dilakukan sangat
menguntungkan organisme tersebut karena berguna untuk mencari makan, menghindari musuh,
dan mengenal spesiesnya atau untuk mencari mangsa, komunikasi, dan aktivitas kamuflase.
Di perairan Indonesia, tepatnya di perairan Jepara terdapat hewan cumi jenis komersial
yang dapat memancarkan cahaya. Cahaya yang dipancarkan disebabkan adanya hubungan
simbiosis antara cumi dan bakteri yang hidup di dalamnya. Bakteri tersebut merupakan
jenis Photobacterium phosphoreum yang hidup di dalam organ cahaya cumi jenis Laligo
duvaucelli. Cumi jenis ini merupakan populasi yang sangat dominan di perairan Indonesia
sehingga dengan mudah dapat ditemukan.
Penelitian mengenai Photobacterium phosphoreum di Indonesia masih kurang. Padahal,
bakteri jenis ini merupakan bakteri yang memancarkan cahaya paling terang dari semua bakteri
luminesens. Spesies bakteri ini memancarkan cahaya pada daerah visibel yang memungkinkan
terlihat dengan kasat mata karena berada di sekitar panjang gelombang 460-490 nm.
Dalam kerja laboratorium bakteri ini amat mudah diisolasi dan ditumbuhkan, dan juga
tidak menyebabkan penyakit sehingga dapat bekerja dengan aman dan leluasa serta tidak

membutuhkan ruangan dan peralatan khusus. Selain itu, bakteri ini dapat tumbuh dengan subur
pada ruangan bertemperatur 20-250C dan tidak membutuhkan banyak nutrisi serta hanya
membutuhkan waktu 18-20 jam untuk membutuhkan sel mikrobiologi dalam media
pertumbuhan.
Dari hasil penelitian yang dilakukan, bakteri Photobacterium phosphoreumyang hidup
dalam organ cahaya cumi jenis Laligo duvaucelli akan memancarkan cahaya bila kerapatannya
mencapai jumlah 4,6x109 CFU/ml. Apabila kerapatannya kurang dari jumlah tersebut, bakteri
tidak dapat memancarkan cahaya. Dalam media agar, koloni bakteri memancarkan cahaya
selama 3 hari secara kontinu dan setelah itu tidak memancarkan cahaya lagi. Namun, bila
dimurnikan kembali, akan memancarkan cahaya kembali. Sementara ini penulis pertama tengah
melakukan penelitian tentang bakteri ini yang dapat memancarkan cahaya di ruang gelap
(Gambar 1). Hal ini diduga karena enzim lusiferase sedah mencapai kondisi tidak aktif yakni
senyawa lusiferin dalam media sudah habis.
Reaksi yang terjadi pada bakteri yang tergolong luminesens sehingga dapat memancarkan
sinar dikatalisis oleh enzim lusiferase. Enzim lusiferase ini terdiri atas dua subunit, yaitu
subunit ? dan _ . Kedua subunit ini dikode oleh gen luxA dan luxB. Substrat-substrat lusiferase
memiliki rantai aldehid yang panjang dan FMNH2. Reaksi awal untuk mengoksidasi FMNH2
menjadi FMN dan oksidasi aldehid menjadi asam-asam lemak organik. Asam-asam lemak yang
dihasilkan ini dikatalisis oleh enzim lusiferase kemudian direduksi menjadi aldehid oleh suatu
reduktase spesifik. Pada reaksi yang sama, NADPH + H+ diubah menjadi NADP+ dan ATP
terhidrolisis menjadi ADP. FMNH2 sangat diperlukan dalam reaksi luminesens yang dihasilkan
dari FMN melalui NAD(P)H-FMN oksidoreduktase.
Selain bakteri Photobacterium phosphoreum, ada beberapa contoh bakteri yang hidup di
laut yang dapat memancarkan sinar adalah Vibrio fischeri dan Vibrio harveyi. Berbeda dengan
Photobacterium phosphoreum yang hidup dalam tubuh cumi, V. fischeri merupakan suatu bakteri
yang

hidup

bersimbiosis

dalam

tubuh

ikan

dari family

Monocentridae, sedangkan V.

harveyi adalah suatu jenis bakteri yang hidup bebas, yang kadang-kadang terdapat pada
permukaan tubuh hewan-hewan laut dan juga ada yang terdapat dalam usus hewan laut tersebut.

Regulasi genetik dari gen-gen bakteri bioluminesens, seperti yang ada padaV.
fischeri dan V. harveyi, gen-gennya terorganisasi dalam suatu operon bersama dengan gen-gen
yang terlibat dalam reaksi bioluminesens. Pada V. fischeri operon ini terdiri dari gen-gen luxI,
luxC, luxD, luxA, luxB, luxE, dan luxG. Sementara itu, pada V. harveyi, lux operon terorganisasi
dengan urutan yang sama dengan V. fischeri, tetapi luxI tidak ada dan luxG setelah gen luxH.
LuxC, luxD, dan luxE mengkode protein-protein dalam suatu bentuk kompleks dari asam lemak
reduktase. Produk gen luxG dan luxH merupakan gen yang bertanggung jawab untuk
mensintesis flavin tereduksi.
Sistem regulasi lux pada V. harveyi tampaknya lebih sulit dipahami daripadaV. fischeri.
Terpisah dari operon luxCDABEGH, V. harveyi memiliki beberapa gen tambahan yang terlibat
dalam regulasi bioluminesens. Gen-gen regulasi tersebut adalah luxR, luxO, dan luxU, gen-gen
pengkode untuk 2 autoinducer sintetase(luxL, dan luxM untuk mengkode sintetase dari
suatu autoinducer yang disebut AI-1, luxS, untuk mengkode sintetase dari autoinducer AI-2),
dan gen-gen untuk mengkode sensor-sensor autoinducer luxN (sensor AI-1), dan luxP dan luxQ
(sensor AI-2). Produk gen luxR adalah suatu aktivator dari operon luxCDABEGH (protein ini
menunjukkan tidak homology dengan luxR dari V. fischeri). Yang bertindak sebagai regulator
negatif dari operon ini adalah protein luxO.
Sebuah studi yang dilakukan oleh Czyz dan koleganya tahun 2000, memberi penjelasan
mengenai misteri fungsi biologi dari bakteri luminesen. Tahap permulaan dari studi ini dilakukan
mutagenesis acak dari V. harveyi dan isolasi beberapa mutan yang sensitif UV. Ternyata sangat
mengejutkan, secara umum mutan-mutan tersebut kehilangan kemampuan untuk memancarkan
sinar.
Penelitian yang dilakukan Nealson dan koleganya yang dimuat pada jurnal ilmiah
prestisius Microbial Review mengungkapkan bahwa aktivitas bioluminesens merupakan suatu
reaksi yang mengeluarkan energi. Pada kenyataannya untuk suatu bakteri memancarkan cahaya
bisa menggunakan lebih dari 20% energinya dari keseluruhan energi seluler. Fenomena
pemancaran cahaya yang dilakukan bakteri ini amat menarik untuk diteliti karena pemancaran

cahaya merupakan suatu proses fisika yang berkaitan erat dengan elektron yang dalam keadaan
tereksitasi kembali ke tingkat dasarnya.
Spektrum radiasi yang diamati dalam bioluminesens adalah sangat lebar dan berada pada
daerah warna violet menjadi merah, dan biru/biru hijau juga sangat umum. Dasar pendeteksian
dan penentuan warna dalam bioluminesens sangat bergantung pada struktur dari lusiferin itu
sendiri
Perbedaan lusiferin akan menghasilkan warna yang berbeda-beda dalam aktivasi sebagai
hasil dari struktur kimianya. Warna juga dapat dipengaruhi oleh struktur 3 dimensi dan urutan
asam amino dari protein lusiferase. Gambar-gambar struktur 3 dimensi dari bakteri dan lusiferase
dapat dilihat atau diperoleh dari Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb) dan dianalisis
dengan RasMol.
Pemanfaatan bakteri yang memiliki sensitivitas yang tinggi ini dapat dipakai dalam
aplikasi bioteknologi. Penggunaan bakteri luminesens dalam mendeteksi bahan-bahan kimia
beracun yang dijadikan acuan dalam penentuan kualitas air telah dilakukan dalam 20 tahun
terakhir ini.
Dalam penelitian ini, sifat toksisitas dari bahan-bahan kimia beracun yang berbeda
ditentukan melalui metode yang relatif sederhana. Metode tersebut didasarkan pada penurunan
bioluminesens (cahaya yang terpancar dari organisme) pada penambahan senyawa-senyawa
toksik (beracun) tersebut.
Dalam bidang kedokteran bakteri ini dapat digunakan untuk assaylipopolisakarida, dalam
menentukan jumlah ikatan albumin, memonitor substansi psikofarmakologi, dan mendiagnosis
penyakit gigi. Selain itu, manfaat yang telah diketahui dari bakteri Photobacterium
phosphoreum yang hidup dilaut Indonesia ini dapat dijadikan dasar dalam bidang-bidang
aplikasi, seperti biosensor dan pembuatan film tipis. Riset lain yang tengah dikembangkan
berkaitan dengan aktivitas dan sifat bioluminesens ini adalah dalam bidang riset bioteknologi,
riset pengujian lingkungan, aplikasi-aplikasi pada Industri, dan riset dalam bidang kedokteranfarmasi.
Penemuan fungsi biologi pada gen-gen dari organisme luminesens membawa manfaat
signifikan bagi kita untuk memahami dengan pasti tahap-tahap awal pada saat evolusi organisme
bioluminesens dalam proses ini, yang merupakan salah satu problem yang belum terjawab dalam

teori Darwin. Akhirnya, terlepas dari model-model penelitian dalam riset-riset dasar, bakteribakteri laut yang dapat menunjukkan aktivitas luminesens memiliki potensi dalam aplikasiaplikasi bioteknologi, terutama dalam mendeteksi senyawa-senyawa kimia yang bersifat beracun
dan bisa membuat mutasi (mutagen) pada lingkungan perairan.
4.1.2 Fungsi bakteri laut :
Proses dekomposisi materi organik . Jika tidak ada bakteri dapat dibayangkan bangkai-bangkai
hewan, tumbuhan maupun materiorganik lainnya akan memenuhi perairan laut tersebut dalam
waktu singkat.
1. Fungsi bakteri ini akan menguraikan komponen-komponen yang komplek menjadi komponen
yang sederhana, yang mana awalnya komponen ini tidak dapat digunakan oleh organisme di
lingkungan, dengan adanya bakteri, maka komponen tersebut dapat dimanfaatkan.
2. Berperanan pada produksi primer sebagai mana diketahui bakteri ada yang autotrof maupun
heterotrof. Bakteri autotrof yaitu bakteri yang menggunakan CO 2 dan H2O untuk membentuk
materiorganik dengan bantuan energi yang berasal dari matahari (photoautotrof) ataupun energi
yang berasal dari reaksikimia (Chemoautotrof).
3. Peranan bakteri pada industrialisasi. Yang dibagi menjadi dua bagian sesuai dengan hasil
metabolisme bakteri tersebut yaitu :
3.a Metabolit primer merupakan komponen yang dihasilkan oleh organisme yang dibutuhkan
untuk pertumbuhan dan reproduksi. Komponen yang mengandung berat jenis yang rendah
seperti asam-asam amino, nukleotida, asam-asam organik dan vitamin. Sebagai informasi
American Type Culture Collections telah mempunyai 1400 komponen organik yang diproduksi
oleh mikroba, mereka telah mempunyai hak paten pada tahun 1981. Pada table 1 dapat dilihat
produksi dari bakteri yang sudah diproduksi secara industri.
3.b Komponen metabolit skunder.
- Komponen yang mempunyai berat jenis rendah
- Tidak dibutuhkan pada pertumbuhan oleh
organisme tersebut.
- Komponen ini diproduksi ketika organisme pada
kondisi phase stationer
- Maksimum dan pada phase pertumbuhan.
- Memiliki struktur kimia yang beraneka ragam dan khas.

- Berfungsi melindungi dirinya terhadap lingkungan.

- Komponen yang telah dipropduksi secara komersil adalah : Antibiotika, obat-obatan, enzim,
insektisida, herbisida, anti tumor, anti virus dan anti toxin.
- Pigmen B-carotenoid dihasilkan oleh bakteri blakeslea trispora dengan menggunakan komposisi
media yang berbeda juga bisa dihasilkan olehRhodotorulla gracilis.
Komponen Antibiotik yang dihasilkan oleh mikroorganisme, yang mempunyai konsentrasi yang
rendah bisa menghambat pertumbuhan atau membunuh organisme lainnya.
Beberapa jenis antibiotik yang dihasilkan mikroorganisme : genus Bacillusmemproduksi
antibiotik type peptida, Psudomonas menghasilkan antibiotik Phenazine, derivat pyrol dan
derivat indole.
Beberapa produk antibiotik : Penicilin disintesa oleh penicillium chrysogenum, Streptomysin,
tetracycline.
4. Fungsi selanjutnya adalah Produksi enzim
Walaupun semua makhluk hidup dapat menghasilkan enzim, tetapi enzim yang berasal
dari mikroba merupakan enzim yang paling banyak dikomersilkan. Enzim berfungsi
mempercepat reaksi kimia.
Enzim yang berasal dari tumbuh-tumbuhan mempunyai kekurangan :
- Tergantung kepada variasi musim
- Mempunyai konsentrasi yang rendah.
Enzim yang berasal dari hewan mempunyai kekurangan :
- Persediaan terbatas.
- Persaingan dengan pemanfaatan lainnya.
5. Peranan yang kelima dari mikroba adalah memproduksi energi.
Produksi methane banyak digunakan sebagai pelengkap pada negara tertentu seperti pada
negara India dan China. Dari 15 Kg materi organik dapat menghasilkan 3m3 biogas dengan
konsentrasi 55%.
Ethanol sebanyak 80% yang diproduksi berasal dari proses fermentasi dan baru sisanya
diproduksi dari sintesa ethilen oleh industri. Ethanol semakin banyak berfungsi sebagai sumber
energi untuk menggantikan sumber energi dari minyak. Seperti di Brazil yang telah
memproduksi 10 juta ton ethanol dari proses fermentasi sebagai sumber karbonnya adalah

sacharosa. Ethanol bisa digunakan secara langsung dengan problem ekologi yang bisa di
perbaharui dan tersedia dalam jumlah yang banyak seperti gula, tepung (kanji), cellulose dari
sampah industri dan urbains.
6. Peranan yang keenam adalah bakteri tersebut dapat melakukan penangan air limbah. Karena
Bakteri dapat digunakan untuk meguraikan senyawa-senyawa organik dalam air limbah menjadi
senyawa sederhana.
7. Peranan yang ketujuh yaitu dapat digunakan dalam Penanganan polusi minyak bumi. Bakteri
dapat menggunakan komponen minyak sebagai sumber karbon. Jadi komponen minyak yang
berbahaya bagi lingkungan dapat digunakan oleh bakteri sebagai bahan makanan. dan akhirnya
dapat menghasilkan CO2 yang bisa di manfaatkan oleh bakteri organisme autotrof.
4.1.3 Aspek Bioenergetik Halophisme.
Adaptasi osmotiK Mikroorganisme mempunyai 2 strategi.
Mikroorganisme bisa hidup dan ditemukan pada range salinitas nol air tawar sampai
kepada salinitas tinggi di laut mati (mencapai 40 o/oo). Halophilik dan halotoleran
mikroorgansime di temukan pada 3 domain hidup yaitu Arhae, bacteria dan eukaryo,
Mikroorganisme ini bisa hidup pada lingkungan hypersalin seperti pada laut mati, makanan salin
sering dijumpai.
Jika membran biologi permeable pada air, sel tidak bisa menjaga water activity dari
cytoplasma lebih tinggi dari kandungan garam lingkungan, sebab bisa menyebabkan kehilangan
kandungan air dari tubuhnya ke lingkungan, Jadi banyak mikroorganisme yang hidup
dilingkungan pada konsentrasi yang tinggi, diperkirakan bahwa cytoplasma sekurang-kurangnya
isoosmotik dengan ekstra seluler lingkungan
Ada dua perbedaan dasar dalam dunia mikroba yang menyebabkan mikroorganisme dapat hidup
pada

tekanan

osmotik

yang

tinggi

1. Sel mungkin mempunyai komponen intraseluler yang mempunyai garam yang tinggi, dimana
osmotiknya lebih kurang sama dengan konsentrasi eksternal (The salt-in Strategy), seluruh
system intra seluler beradaptasi dengan konsentrasi garam yang tinggi.
2. Sel mungkin mempunyai komponen konsentrasi garam yang rendah dalam cytoplasma
mereka, yang disebut dengan THE COMPATIBLESOLUTE STRATEGY. Tekanan osmotik
media diseimbangkan oleh Larutan organik kompatible. Tidak ada spesial adaptasi dari sistem
intraseluler yang dibutuhkan.

The salt-in strategy digunakan oleh phylogenetik unrelated groups: Aerobik ekstrmely
halophylic

archae

dari

ordo Halobacteriales dan

anaerobic

halophibic

bacteria

dari

ordo Haloanaerobiales. Tidak ada larutan osmotik ditemukan pada group ini, dari laporan
penelitian terbaru konsentrasi ion intraseluler sama dengan media di sekelilingnya. Komposisi
ion cytoplasma umumnya berbeda dari media, ini menyangkut kasus yang mengandung NaCl
sebagai garam utama. Intraseluler lingkungan mempunyai ciri-ciri konsentrasi KCl.
Sel yang menggunakan strategi ini untuk osmotik adaptasi, semua enzimnya dan
struktur komponen sel harus beradaptasi dengan tingginya konsentrasi garam menjamin
memastikan fungsi yang pantas dari mesin enzymatic intraseluler. Enzim toleransi pada garam
adalah

aturan.

Keduanya

pada

aerobik

archae,

dan

anaerobic

bakteri

pada

ordo Haloanaerobiales.
Seperti halophilic protein menunjukkan keunikan adaptasi molekular. Ini termasuk
adanya jumlah yang besar dari asam amino dan sejumlah kecil hydrophobic asam amino.
Rendahnya konsentrasiasam amino hydrophobic serine dan threonin. Aspek dari evolusioner
mungkin memegang peranan penting beradaptasi pada salinitas tinggi dari protein tersebut.
Sebahagian protein halophilic archa tergantung dengan adanya relativitas konsentrasi tinggi dari
garam untuk menjaga bentuk konformasi mereka dan aktifitasnya. Mikroorganisme ini
tergantung pada secara terus menerus konsentrasi salinitas tinggi dari lingkungan mereka.
Halophilik lainnya dan halotoleran mikroorganisme keseimbangan osmotiknya
membutuh molekul organik yang kecil yang dibuat oleh sel atau yang diambil dari media yang
tersedia. The compatible solute strategi tidak mempengaruhi kebutuhan spesial protein.
Kompatible solutes didefinisikan sebagai konsentrasi tinggi yang membuat enzim berfungsi
efisien. Enzim convetinal berfungsi baik dengan adanya beberapa molar konsentrasi dari larutan
ini. Sejumlah larutan ini dijumpai banyak sekali. Compatible ini ditemukan pada pada halophilik
dan halotoleran mikroorganisme. Beberapa solute compatible ini antara lain : polyols, glycerol,
arabitol, gula, dan derivatnya (sukrosa, trehalose, glucosylglycerol, asam amino dan derivatnya.
Pengetahuan tentang osmotik, pada larutan organik, sedang berkembang saat ini. Larutan
pada konsentrasi yang tinggi di air juga tidak bermuatan listrik pada pH normal. Kelautan zat
lebih efisien dibandingkan dibawah perlindungan enzim, pada konsentrasi garam yang tinggi.

Dasar interaksi larutan kompartible dengan protein masih sedikit yang dapat di mengerti,
sehingga sangat dimungkinkan untuk memproduksi struktur molekul untuk mempertahankan
kestabilan osmotik. Sebagai contoh mikroba non halophilik Halomonas elongatayang kaya
asam amino, kemungkinan adaptasi pada garam, intraseluluer menggunakan larutan kompatible
selama adapatasi osmotik.
Fisiologi

bakteri Halomonas

halodenitrifians (lebih

dikenal Micrococcus

halodenitrifians) oleh Baxter dan Gibbons memiliki adapatasi seluler, mekanismenya

memungkinkan ketergantungan energi garam intraseluler yang dapat diseimbangkan dengan
lingkungan. Halopilik memiliki proses energi yang spesifik, tidak perhitungan sistematik dari
sejumlah energi yang dibutuhkan oleh bakteri dan mikroorganisme lain untuk mencapai
konsentrasi garam pada lingkungan.

Mikroba tersebut bernama Bacillus licheniformis. Para peneliti du Newcastle University

meyakini bahwa enzim yang dihasilkan oleh mikroba ini bisa membersihkan kerak gigi dan
melindungi daerah sela-sela gigi yang sulit dijangkau. Tes di laboratorium memperlihatkan
bahwa enzim yang dihasilkan mikroba ini bisa menghilangkan plak dan membersihkan gigi dari
bakteri

yang

menyebabkan

kerusakan

gigi.

"Plak gigi terdiri dari bakteri yang berkumpul pada suatu daerah di gigi," jelas Dr Nick
Jakubovics, peneliti dari University's School of Dental Science, pada BBC (04/07).
"Pasta gigi bekerja dengan cara tradisional, yaitu menyikat plak dan bakteri-bakteri ini. Tetapi
cara ini tak selalu efektif. Itulah mengapa orang yang rajin sikat gigi masih terkena gigi
berlubang," tambahnya.

Peneliti menemukan bahwa enzim yang dikeluarkan oleh mikroba ini bisa menghilangkan
beberapa bakteri yang membuat gigi busuk. Saat bakteri-bakteri itu mati, mereka meninggalkan
biofilm pada gigi. Menurut para ilmuwan, zat tersebut tidak berbahaya dan malah bisa
melindungi gigi dari bakteri berbahaya.