Witarto Bioinformatika
Witarto Bioinformatika
Com
Copyright 2003 IlmuKomputer.Com
- 1 -
g elomban g ekono mi b aru tersebut (TI & b io teknolog i). Dalam tulis an ini
d iulas perkem bangan Bioinformatika di dunia dengan didahu lui o leh latar
b elakang leda kan info rm as i dalam bioteknologi, kemudian ditutup
d engan prediksi prospek Bioinformatika di Indon es ia melalui pertanya an
dari mana kita harus mula i?
BIOTEKNOLOGI MODERN
Biotekno logi modern lah ir tahun 70-an diawali den gan inovas i ilmuwan AS
m eng em ban gkan tekno lo gi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahirlah
p erusahaan bioteknologi pertama di dunia, Genentech di AS yang segera
m emp roduksi p ro tein hormon, insulin yang dibutuhka n pend erita diab etes ,
d alam ba kteri. Selama ini insu lin hanya bisa didapatkan da lam jumlah
s angat terba tas dari o rgan pan kreas sa pi. S ebaga imana TI, s aa t ini
p roduk b io teknolog i telah m en gimbas ba hkan kepa da kebutuhan hidup
s eha ri-hari m asyar aka t s eperti pangan, kos metika, ds b.
Ciri da ri b io te knolog i mod ern tadi
adalah kemampuan pada manipulasi
DNA.
Ranta i/s ekuen
DNA
yang
meng kode protein dis ebu t gen. Gen itu
d itra nskrips ikan men jad i mRNA yang
s elan jutnya
m RNA
d itrans las ikan
menjadi protein (Gam bar 1). Protein
s ebaga i produ k akhir adalah yang
bertugas menunjang seluruh proses
kehidupan antara la in s ebaga i katalis
r ea ksi bio kim ia dalam tubuh (p ro tein ini
d is ebu t enzim), iku t s erta da lam s is tem
p ertahanan
tubuh
m ela wan
virus ,
p aras it dll (disebut antibo di), menyus un
s tru ktur tubuh dari ujung kaki (o to t G a m b a r 1 . S e n t r a l d o g m a : A r u s
informasi dalam sel.
terbentuk dari protein ac tin, myosin,
dsb) sampai ujung rambut (ram but
ters us un da ri pro tein keratin), d ll. Arus info rm as i, DNA -> RNA -> Pro tein ,
inilah yang disebut sentral dogma dalam biologi.
Hanya 20-an tahun seja k biotekno lo gi modern lahir, terjadilah ledakan
data biologis yang mencengangkan . Hal ini diseba bkan oleh kemajuan
teknologi biologi molekuler itu sendiri (mis alnya DNA rekombinan, PCR,
dsb) dan d itunjang den gan peralatan yan g memadai membuat wa ktu d an
b iaya lebih pend ek/mu rah. Leda kan awal dimulai dari da ta DNA (Gambar
2 ). Tahun 1977 untuk pertam aka linya s ekuen DNA sa tu or ganism e dibaca
s eca ra men yeluruh ya itu pa da s ejenis virus yang mem iliki kura ng leb ih
5 .000 nukleo tida /mo lekul DNA a tau s ekitar 11 gen. Sekarang s udah a da
m il yar an da ta nukleotida ters imp an d al am d atabas e D NA , Gen Ba nk di AS
yang didirikan tahun 1982 [3]. Sekuen seluruh DN A manusia ya ng terdiri
d ari 3 m ilya r nu kleo tida dirampungkan d alam waktu 3 tahun. Di Indones ia ,
dengan membayar $15, kita bisa membac a sekuen 500- an nukleo tida di
Lem baga Bio logi Molekuler Eijkm an, Jakarta. Trend yang sama juga
nampak pada d atab ase lain seper ti da tabase s ekuen asam amino
penyusun protein, databas e struktur 3D pro tein, ds b. I no vas i teknolo gi
- 2 -
DNA ch ip yang dipelopori oleh perusahaan bio teknologi AS, Affym etrix di
Silicon Valley telah mendorong munculnya da tabase baru mengenai RNA.
Denga n ini, ris et tida k dila kuka n la gi sa tu persa tu terhadap mo lekul
(DNA/RNA/pro tein) ya ng dim inati, namun pa da kes eluruhan/s a tu s et
m as ing-m asing moleku l (untuk DNA dari gen ke genom , untuk RNA
d is ebu t transkriptom d an proteo m untuk protein).
- 3 -
- 4 -
untuk mela kukan alignment terhadap seku en terbatas di anta ranya yang
lazim diguna kan a da la h CLUSTAL dan CLUS TAL W [16].
Data
yang
m em erlukan
analisa
b io info rm atik a
dan
cukup
men dapat
b anya k p erhatian saat
ini ada lah da ta has il
DNA chip (Gamba r 4).
Mengg unakan
p era ngka t ini da pat
d iketa hui
kuantitas
m aupun
ku alitas
transkrips i satu gen
s ehingga
bis a
menunjukkan gen -gen
apa saja yang aktif
Gambar 4. DNA chip.
ter hadap
p erla kuan
tertentu,
m isalnya
timbulnya kanker, dll. mRNA yang diiso las i dari sampel dikemba likan dulu
dalam bentuk DNA menggun akan reaksi revers e tr anscription. Selanjutnya
melalui proses hibridis asi, hanya DNA yang komplementer saja yang akan
b erikatan denga n DNA d i a tas chip. DNA ya ng tela h diber i lab el warna
b erb ed a ini akan menun jukkan pa ttern yang unik. Berbag ai a lgo ritma
p attern recog nition telah d iguna kan untuk m engena li gen-gen yang a ktif
d ari eks perim en DNA chip ini, sala h sa tunya ya ng p aling ampuh ad alah
Suppo rt Vecto r Ma chine (S VM) [17].
Bio info rmatika s udah menja di bisnis bes ar sekarang . Perusahaan
b io teknologi yang menghas ilkan data b es ar s ep er ti perus ahaa n s ekuen
geno m, senantiasa mem erlukan ba gian analisa Bioinformatika. P roduk
Bio info rmatika pun s udah dipatenkan b aik di AS, Ero pa ma upun Asia [18 ].
Berdasa r jen is nya pro duk yang dipa tenkan itu bis a diba gi menjadi tiga
ya itu (1 ) pera ngka t lunak Bioinfo rm atika , term as uk dian ta ra nya adalah
p era ngka t lunak penca rian datab as e dsb dengan co ntoh misalnya paten
no. 6,125 ,331 di AS berjud ul Structura l alignmen t method making us e of
a dou ble dynamic programming a lgor ithm , (2) m eto de Bioinformatika, ini
m enggunakan a nalogi meto de bis nis telah dapa t dipa tenkan di AS s ep erti
p ada kasus pematenan Amazon .com, s ebagai contoh adalah paten no.
6 ,125 ,383 di AS tentan g Res ea rch system us ing multi-platfo rm object
oriented program lan guage for providing objects at runtime for creating
and manipulating biological o r chem ic al data , terakhir (3) produk
Bio info rmatika itu s endiri yaitu info rmasi b io lo gis hasil analisanya.
DARI MANA KITA MULAI?
Di Indo nesia Bioinforma tika masih belum dikenal o leh m asyarakat luas . Di
kalangan peneliti s endiri, mung kin hanya para peneliti biologi molekuler
ya ng s edikit banyak mengikuti perkem bangannya kar en a keha rus an
- 5 -
17.
18.
MENGENAI PENULIS
Dr. Arief B. Witarto dilahirkan di Lahat (Sumatera Selatan), Mei 1971.
Menyelesaikan pendidikan sampai S-3 di Department of Biotechnology,
Tokyo University of Agriculture and Technology, Jepang tahun 2000.
Setelah itu bekerja sebagai peneliti di Japan Advanced Institute of
Science and Technology, Jepang selama 2 tahun sebelum menempati
posisinya sekarang. Terpilih sebagai Peneliti Muda Indonesia tahun
2002 terbaik untuk bidang Ilmu Pengetahuan Teknik dan Rekayasa.
Spesialisasi pada bidang Rekayasa Protein yang dalam penelitiannya
menggunakan tool-tool bioinformatika. Salah satu topik penelitiannya
saat ini adalah analisa bioinformatika protein folding motif.
- 6 -