Archaeal and Bacterial

Communities In Three
Alkaline Hot Springs In
Heart Lake Geyser
Basin, Yellow Stone
National Park

Kara Bowen De Leon, Robin Gerlach, Brent M Peyton, Matthew W

Fields

Mhd Fauzi Ramadhani Nasution

(10612025)
Rosi Oktavia Purba (10612059)

PENDAHULUAN
Sumber air panas Heart Lake Geyser Basin (HLGB) memiliki kondisi
pH unik yang berubah dari asam ke basa ketika sungai mendekati
danau.
HLGB terletak pada lokasi yang terpencil sehingga pengetahuan
tentang populasi bakteri dan archaea masih sedikit.
Penelitian sebelumnya mempelajari fisiologi spesifik dan tidak
menganalisis struktur komunitasnya.
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memahami dan mengetahui
komunitas bakteri dan archaea di sumber air panas alkalin yang
berbeda temperaturnya.

MATERI DAN METODE

Deskripsi Lokasi

Heart Lake Geyser Basin (HLGB) dan Tiga Sumber Air Panas yang Dipilih
Sebagai Lokasi Pengambilan Sampel. (A) Peta Taman Nasional Yellowstone,
(B) HLGB dilihat dari atas Gunung Sheridan, (C) sumber air panas 44 oC, (D)
sumber air panas 63oC, dan (E) sumber air panas 75oC.

Persiapan Sampel

Pengambilan sampel dilakukan pada Juli 2007, September 2008,

dan Agustus 2009.
Sampel kemudian segera ditempatkan pada dry ice dan disimpan
pada suhu -80oC hingga isolasi DNA. Sebelum isolasi DNA
dilakukan, sampel disentrifugasi pada 3900 g selama 20 menit.
Sebanyak 5 gram sampel digunakan dalam isolasi DNA sesuai
dengan protocol dari Zhou et al. (1996) yang dimodifikasi.
Isolat DNA dari sampel sumber air panas 75oC dipekatkan 20 kali
lipat.
DNA dikuantifikasi menggunakan dsDNA BR assay.

Analisis Parameter Geokimiawi

Sampel air dari setiap sumber air panas juga dikumpulkan dan
disaring dengan 0.2 m nylon syringe filter ke dalam vial 50 mL.
Aliquot dari setiap sampel diencerkan dengan perbandingan 1:100
dan kemudian diawetkan dalam asam nitrat 5% (trace metal
grade).
Logam terlarut (Na, Mg, K, Ca, Al, As, Fe, Be, V, Cr, Mn, Co, Ni, Cu,
Zn, Se, Mo, Ag, Cd, Sb, Ba, Tl, Pb, Th, dan U) dianalisis di dalam
sampel yang diasamkan menggunakan Agilent 7500 yang dikopel
dengan plasma mass spechtrometer.
Ion F-, Cl-, dan SO42- dianalisis di dalam sampel nonasidifikasi
menggunakan kromatografi ion.
Total sulfide terlarut (DS) dianalisis pada sampel yang tidak
disaring menggunakan metode amine sulfuric acid.
Total karbon (TC), non-purgable organic carbon (NPOC), dan total
nitrogen (TN) diukur dengan Shimadzu TOC-VCSH dengan attached
TNM-1.

DNA Sequencing

Amplifikasi gen small subunit (SSU) rRNA dari bakteri diamplifikasi

menggunakan primer bakteri universal 530F (5GTGCCAGCMGCNGCGG-3) dan 1100R (5-GGGTTNCGNTCGTTR-3)
sesuai dengan protocol dari Hwang et al. (2009).
Gen SSU rRNA Archaea diamplifikasi menggunakan primer 751F
(5-CCGACCCTGAGRGRYGAA-3) dan 1204R (5TTMGGGGCATRCNKACCT-3).
PCR dilakukan dengan tahapan denaturasi awal pada 94oC selama
5 menit, deanturasi pada 94oC selama 30 detik, annealing pada
55oC selama 30 detik, elongasi pada 72oC selama 2 menit,
elongasi akhir pada 72oC selama 7 menit, dan penyimpanan pada
4oC.
Jumlah siklus PCR disesuaikan hingga didapatkan hasil sebanyak
500 ng atau 50 ng. Produk PCR diekstraksi menggunakan gel
extraction column dan dikuantifikasi dengan dsDNA BR assay.
Produk PCR selanjutnya di-sequencing menggunakan metode
pyrosequencing.

HASIL
Analisis Parameter
Geokimiawi

DNA Sequencing dan Analisis Komunitas

Bakteri dan Archaea

PEMBAHASAN
Komunitas Bacteria
Komunitas bakteri pada suhu 44oC Cyanobacteria dan Chloroflexi
(populasi termofilik moderat dan fotosintetik) mat merah
Chloroflexi.
Pada suhu 63oC, komunitas bakteri Deinococcus-Thermus
(campuran termofilik dan fotosintetik) mat hijau Cyanobacteria.
Komunitas bakteri pada suhu 75oC Deinococcus-Thermus
(termofilik nonfotosintetik) mat tak berpigmen.
Perbedaan komunitas ini menunjukkan bahwa suhu merupakan
faktor kunci yang mempengaruhi komunitas.
Batas atas suhu yang masih memungkinkan fotosintesis tetap terjadi
adalah 73-75 oC.

PEMBAHASAN
Komunitas Archaea
Komunitas Archaea pada sumber air panas 44 dan 63oC didominasi
oleh metanogen acetoclastic dan hydrogenoclastic .
Sumber air panas 75oC didominasi oleh Archaea termofilik.
Beberapa metanogen dapat ditemukan pada suhu >75 oC, tetapi
metanogenesis tidak terjadi pada suhu di atas 60-70 oC di sumber air
panas netral dan basa lainnya di Taman Nasional Yellowstone.

PEMBAHASAN

Banyak faktor yang dapat mempengaruhi perbedaan komunitas

mikroba di sumber air panas.
Suhu merupakan salah satu faktor utama yang menyebabkan
perbedaan tersebut.
NPOC memiliki kesesuaian dengan perubahan suhu, NPOC
menurun seiring peningkatan suhu, walaupun perbedaan NPOC
antarsumber air panas kecil.
Sumber air panas 63 oC memiliki kandungan logam berat dan
anion yang lebih rendah daripada sumber air panas lainnya. Hal
ini disebabkan karena sumber air panas 63oC mengandung air
campuran yang berasal dari sumber air panas yang terletak di
atas sumber air panas 63 oC.

PEMBAHASAN

Dari tiga tahun pengamatan, sumber air panas 75oC memiliki

variasi komunitas Bacteria dan Archaea yang paling besar
dibandingkan dengan sumber air panas lainnya.
Sumber air panas 75oC merupakan sumber air panas yang paling
terisolasi dalam arti tidak memiliki koneksi terhadap run-off
maupun sumber atau badan air lain.
Hal ini dapat memberikan pengaruh variablitas ataupun
keseimbangan komposisi komunitas. Hal ini belum diketahui
secara pasti.
Selain koneksi terhadap sumber air, parameter geokimiawi yang
tidak diketahui kemungkinan juga berpengaruh kepada variasi
temporal komunitas mikroba di sumber air panas. Tetapi,
pengaruh tersebut tergolong kecil karena kemungkinan parameter
geokimiawi tersebut merupakan senyawa atau molekul yang
terperangkap di dalam fasa solid, seperti sedimen.

PEMBAHASAN

Selain bervariasi secara temporal, komunitas mikroba di sumber

air panas 75oC juga bervariasi karena perbedaan region gen SSU
rRNA yang digunakan dalam amplifikasi.
Pada sampel dari tahun 2007, komunitas Archaea reverse
menunjukkan keberadaan kelompok Candidatus Nitrosocaldus
dengan kelimpahan relatif >90%. Candidatus Nitrosocaldus
merupakan kelompok Crenarchaeota pengoksidasi amonia yang
dapat ditemukan di sumber air panas 72oC di Heart Lake dan
dominan di hydrothermal vent yang ber-pH netral dan basa di
Yellowstone Lake.
Diduga bahwa Candidatus Nitrosocaldus merupakan kelompok
mikroba transien di sumber air panas 75oC karena kelompok
mikroba tersebut tidak ditemukan di sampel dari tahun 2009.
Bergantung pada region gen SSU rRNA, sampel dari tahun 2009
didominasi oleh Thermofilum atau Candidatus Caldiarchaeum.

PEMBAHASAN
Analisis kesamaan setiap OTU terhadap representasi database
nukleotida yang telah diidentifikasi dari NCBI pada tingkat genus
mengindikasikan bahwa sebagian besar OTU tidak mirip dengan
genus yang telah diketahui. Hal ini menimbulkan dugaan bahwa
sumber air panas tersebut berpotensi mengandung kelompok
filogenetik baru.

KESIMPULAN
Untuk komunitas Bakteria, pada suhu 44oC didominasi oleh
Cyanobacteria dan Chloroflexi. Pada suhu 63oC, didominasi oleh
Deinococcus-Thermus, demikian juga untuk sumber air panas 75 oC.
Untuk komunitas Archaea pada sumber air panas 44oC dan 63oC
didominasi oleh metanogen acetoclastic dan hydrogenoclastic
sementara sumber air panas 75oC didominasi oleh Archaea
termofilik.
Sumber air panas berpotensi mengandung kelompok filogenetik
baru.

DAFTAR PUSTAKA
Boomer,S.M.,Lodge,D.P.,Dutton,B.E.,& Pierson,B.(2002). Molecular characterization of novel red green non
sulfur bacteria from five distinct hot spring communities in Yellowstone National Park. Appl. Environ.
Microbiol. 68, 346355. doi:10.1128/AEM.68.1.346-355.2002
de la Torre, J.R., Walker,C.B., Ingalls,A.E.,Knneke,M., & Stahl,D.A. (2008). Cultivation of a thermophilic
ammonia oxidizing archaea on synthesizing crenarchaeol.

Environ. Microbiol. 10:810818. doi:

10.1111/j.1462 2920.2007.01506.x
de Leon, K. B., R. Gerlach, B. M. Peyton, & M. W. Fields (2013). Archaeal and Bacterial Communities in Three
Alkaline Hot Springs in Heart Lake Geyser Basin, Yellowstone National Park. Frontiers in Microbiology
4(330), 1-10.
Hamilton, T. L., Vogl, K., Bryant, D. A., Boyd, E. S., & Peters, J. W. (2012). Environmental Constraints Defining
the Distribution, Composition, and Evolution of Chlorophototrophs in Thermal Features of Yellowstone
National Park. Geobiology 10, 236249.
Lowenstern,J.B.,Bergfeld,D.,Evans,W.C., & Hurwitz,S.(2012). Generation and evolution of hydrothermal fluids
at Yellowstone: insights from the Heart Lake Geyser Basin. Geochem. Geophy. Geosy. 13, Q01017.doi:
10.1029/2011GC003835
Wang, S., W. Huo, H. Dong, H. Jiang, L. Huang, G. Wu, C. Zhang, Z. Song, Y. Zhang, H. Ren, J. Zhang, & L.
Zhang (2013). Control of Temperature on Microbial Community Structure in Hot Springs of the Tibetan
Plateau. PLOSONE 8(5), e62901.