Anda di halaman 1dari 47

Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA.

Pada sel, replikasi DNA terjadi


sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada eukariota,
waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis
atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu
pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA
dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR). Garpu
replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan
hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masingmasing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru
berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA
baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut
primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotidadalam hal
ini, deoksiribonukleotidake ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang
tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'3', sedangkan DNA
polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah satu untaian
DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya berorientasi
5'3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'3'. Oleh karena
itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh
enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA
yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai tunggal
DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal
DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA polimerase yang
membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut
fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan
lagging strand tersebut.

[sunting] Pembentukan leading strand

Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang disintesis
dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu
membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA
berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

[sunting] Pembentukan lagging strand


Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading
strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen
Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian
dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA
dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H
dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang
tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki
tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.

[sunting] Dinamika pada garpu replikasi


Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein yang terlibat
dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA membentuk gelung
untuk mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini merupakan akibat dari interaksi
antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp loader.
Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan mampu berinteraksi
dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain
itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk
gelungan yang mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi
DNA (seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian dalam sliding clamp memungkinkan
DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk interaksi spesifik dengan DNA.
Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini. Lubang tersebut berukuran sesuai untuk dilalui
DNA dan air menempati tempat sisanya sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA.
Begitu polimerase mencapai ujung templat atau mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah),
sliding clamp mengalami perubahan konformasi yang melepaskan DNA polimerase.
Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada sliding clamp
dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga
DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat berikatan pada
polimerase selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah habis,
polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan bergerak ke posisi baru pada
lagging strand. Pada leading strand, DNA polimerase III bergabung dengan clamp loader dan
berikatan dengan sliding clamp.

[sunting] Replikasi di prokariota dan eukariota


[sunting] Replikasi DNA prokariota

Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus
pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat pengikatan protein
inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan
laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan
bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota dapat
mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran replikasi yang
pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian
telah bereplikasi.
Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah molekul, yang
masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan mengelilingi kompleks DnaAATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai
DNA berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga
sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya
pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan menggunakan
energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh protein pengikat
untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk melindungi DNA untai tunggal
dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim DNA primase kemudian akan menempel
pada DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis
pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase
selain DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru
berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata tidak cukup
untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut
dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini merupakan target serangan antibiotik sehingga
pemberian antibiotik dapat mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.
Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah maupun pada
untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut primosom akan menyintesis
sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase
DnaB dan DNA primase.
Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami elongasi dengan
bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini merupakan dimer, separuh
akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan
demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama.
Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai
fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan berupa
eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan polimerase pada DNA.
Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera
dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA polimerase I,
yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease 5 3, dan eksonuklease
penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3 membuang primer, sedangkan polimerase akan

mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh
enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini
membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan adanya replisom
sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik.
Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180 C dari ori. Di sekitar daerah ini
terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu replikasi. Terminator
tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi
selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim
topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam
kedua sel hasil pembelahan.

[sunting] Replikasi DNA eukariota


Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk memasuki
fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan kinase
tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang berturut-turut akan
diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan
melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada
masing-masing ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota bergerak
hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus
dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu
sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi secara
serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling awal adalah
eukromatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan
telomer dari DNA bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas
struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut dengan
protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk memisahkan kedua untai
DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah
dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas
primase yang merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada untai pengarah
dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase d maupun e mempunyai
fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang
disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen
(PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli.
Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan
selama fase S.

Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu replikasi
akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat divisualisasikan
menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan
menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang
dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali
BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA yang dapat
menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal. Dengan demikian,
informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota
(telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi
genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5. Enzim telomerase mengandung molekul RNA
pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini
akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada ujung 3.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di dalam sel-sel
somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan pemendekan
kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang membawa informasi
genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses
penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel
kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
Mekanisme Replikasi Semikonservatif
Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan, yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA
awal tetap dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada
replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga
kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap
dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untai
polinukleotida baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida
mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida
yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmen
lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru.
konservatif semikonservatif dispersif
Gambar 4.1. Tiga cara teoretis replikasi DNA
= untai
BAB IV. REPLIKASI DNA
Di dalam bab ini akan dibahas tiga fungsi DNA sebagai materi genetik pada
sebagian besar organisme serta cara replikasi DNA baik pada sistem prokariot maupun
eukariot. Dengan mempelajari pokok bahasan ini akan diperoleh gambaran mengenai
perbedaan cara replikasi DNA di antara kedua kelompok organisme tersebut.
Setelah mempelajari pokok bahasan di dalam bab ini mahasiswa diharapkan mampu
menjelaskan:
1. tiga fungsi DNA sebagai materi genetik,
2. mekanisme replikasi semikonservatif,
3. mekanisme replikasi lingkaran menggulung,
4. pengertian replikon, ori, garpu replikasi, dan termini,

5. cara replikasi DNA pada prokariot, dan


6. cara replikasi DNA pada eukariot.
Pengetahuan awal yang diperlukan oleh mahasiswa agar dapat mempelajari pokok
bahasan ini dengan lebih baik adalah struktur asam nukleat, khususnya DNA, dan
struktur molekuler kromosom, yang masing-masing telah dijelaskan pada Bab II dan Bab
III. Selain itu, konsep dasar tentang replikasi DNA yang telah diperoleh pada mata
kuliah Genetika juga sangat mendukung pemahaman materi bahasan di dalam bab ini.
Fungsi DNA sebagai Materi Genetik
DNA sebagai materi genetik pada sebagian besar organisme harus dapat
menjalankan tiga macam fungsi pokok berikut ini.
1. DNA harus mampu menyimpan informasi genetik dan dengan tepat dapat
meneruskan informasi tersebut dari tetua kepada keturunannya, dari generasi ke
generasi. Fungsi ini merupakan fungsi genotipik, yang dilaksanakan melalui
replikasi. Inilah materi yang akan dibahas di dalam bab ini.
2. DNA harus mengatur perkembangan fenotipe organisme. Artinya, materi genetik
harus mengarahkan pertumbuhan dan diferensiasi organisme mulai dari zigot hingga
individu dewasa. Fungsi ini merupakan fungsi fenotipik, yang dilaksanakan melalui
ekspresi gen (Bab V hingga Bab VII).
3. DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga organisme yang
bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan yang berubah.
38
Tanpa perubahan semacam ini, evolusi tidak akan pernah berlangsung. Fungsi ini
merupakan fungsi evolusioner, yang dilaksanakan melalui peristiwa mutasi (Bab
VIII).
Mekanisme Replikasi Semikonservatif
Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan, yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA
awal tetap dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada
replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga
kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap
dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untai
polinukleotida baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida
mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida
yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmen
lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru.
konservatif semikonservatif dispersif
Gambar 4.1. Tiga cara teoretis replikasi DNA
= untai lama = untai baru
39
Di antara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya cara
semikonservatif yang dapat dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang dikenal
dengan nama sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium
density-gradient centrifugation. Percobaan ini dilaporkan hasilnya pada tahun 1958 oleh
M.S. Meselson dan F.W. Stahl.
Mereka menumbuhkan bakteri Escherichia coli selama beberapa generasi di dalam
medium yang mengandung isotop nitrogen 15N untuk menggantikan isotop nitrogen
normal 14N yang lebih ringan. Akibatnya, basa-basa nitrogen pada molekul DNA sel-sel
bakteri tersebut akan memiliki 15N yang berat. Molekul DNA dengan basa nitrogen yang

mengandung 15N mempunyai tingkat kerapatan (berat per satuan volume) yang lebih
tinggi daripada DNA normal (14N). Oleh karena molekul-molekul dengan tingkat
kerapatan yang berbeda dapat dipisahkan dengan cara sentrifugasi tersebut di atas, maka
Meselson dan Stahl dapat mengikuti perubahan tingkat kerapatan DNA sel-sel bakteri E.
coli yang semula ditumbuhkan pada medium 15N selama beberapa generasi, kemudian
dikembalikan ke medium normal 14N selama beberapa generasi berikutnya.
Molekul DNA mempunyai kerapatan yang lebih kurang sama dengan kerapatan
larutan garam yang sangat pekat seperti larutan 6M CsCl (sesium khlorida). Sebagai
perbandingan, kerapatan DNA E.coli dengan basa nitrogen yang mengandung isotop 14N
dan 15N masing-masing adalah 1,708 g/cm3 dan 1,724 g/cm3, sedangkan kerapatan
larutan 6M CsCl adalah 1,700 g/cm3.
Ketika larutan 6M CsCl yang di dalamnya terdapat molekul DNA disentrifugasi
dengan kecepatan sangat tinggi, katakanlah 30.000 hingga 50.000 rpm, dalam waktu 48
hingga 72 jam, maka akan terjadi keseimbangan tingkat kerapatan. Hal ini karena
molekul-molekul garam tersebut akan mengendap ke dasar tabung sentrifuga akibat
adanya gaya sentrifugal, sementara di sisi lain difusi akan menggerakkan molekulmolekul
garam kembali ke atas tabung. Molekul DNA dengan tingkat kerapatan tertentu
akan menempati kedudukan yang sama dengan kedudukan larutan garam yang tingkat
kerapatannya sama dengannya.
40
medium 15N ekstrak DNA
(generasi 0)
ekstrak DNA
medium 14N (generasi 1)
ekstrak DNA
(generasi 2)
medium 14N
ekstrak DNA
medium 14N (generasi 3)
interpretasi data hasil sentrifugasi DNA
Gambar 4.2. Diagram percobaan Meselson dan Stahl yang memperlihatkan
replikasi DNA secara semikonservatif
DNA yang diekstrak dari sel E. coli yang ditumbuhkan pada medium 15N terlihat
menempati dasar tabung. Selanjutnya, DNA yang diekstrak dari sel E.coli yang pertama
kali dipindahkan kembali ke medium 14N terlihat menempati bagian tengah tabung. Pada
generasi kedua setelah E.coli ditumbuhkan pada medium 14N ternyata DNAnya
menempati bagian tengah dan atas tabung. Ketika E.coli telah ditumbuhkan selama
beberapa generasi pada medium 14N, DNAnya nampak makin banyak berada di bagian
atas tabung, sedangkan DNA yang berada di bagian tengah tabung tetap. Meselson dan
Stahl menjelaskan bahwa pada generasi 15N, atau dianggap sebagai generasi 0, DNAnya
mempunyai kerapatan tinggi. Kemudian, pada generasi 14N yang pertama, atau disebut
sebagai generasi 1, DNAnya merupakan hibrid antara DNA dengan kerapatan tinggi dan
41
rendah. Pada generasi 2 DNA hibridnya masih ada, tetapi muncul pula DNA baru dengan
kerapatan rendah. Demikian seterusnya, DNA hibrid akan tetap jumlahnya, sedangkan
DNA baru dengan kerapatan rendah akan makin banyak dijumpai. Pada Gambar 4.2
terlihat bahwa interpretasi data hasil percobaan sentrifugasi ini jelas sejalan dengan cara
pembentukan molekul DNA melalui replikasi semikonservatif.

Pada percobaan Meselson dan Stahl ekstrak DNA yang diperoleh dari sel-sel E. coli
berada dalam keadaan terfragmentasi sehingga replikasi molekul DNA dalam bentuknya
yang utuh sebenarnya belum diketahui. Replikasi DNA kromosom dalam keadaan utuh _
yang pada prokariot ternyata berbentuk melingkar atau sirkular _ baru dapat diamati
menggunakan teknik autoradiografi dan mikroskopi elektron. Dengan kedua teknik ini
terlihat bahwa DNA berbagai virus, khloroplas, dan mitokhondria melakukan replikasi
yang dikenal sebagai replikasi (theta) karena autoradiogramnya menghasilkan
gambaran seperti huruf Yunani tersebut. Selain replikasi , pada sejumlah bakteri dan
organisme eukariot dikenal pula replikasi yang dinamakan replikasi lingkaran
menggulung (rolling circle replication). Replikasi ini diawali dengan pemotongan ikatan
fosfodiester pada daerah tertentu yang menghasilkan ujung 3 dan ujung 5. Pembentukan
(sintesis) untai DNA baru terjadi dengan penambahan deoksinukleotida pada ujung 3
yang diikuti oleh pelepasan ujung 5 dari lingkaran molekul DNA. Sejalan dengan
berlangsungnya replikasi di seputar lingkaran DNA, ujung 5 akan makin terlepas dari
lingkaran tersebut sehingga membentuk ekor yang makin memanjang (Gambar 4.3).
penambahan
nukleotida
ujung 3
tempat ujung 5 pelepasan ujung 5 pemanjangan ekor
terpotongnya ikatan fosfodiester
Gambar 4.3. Replikasi lingkaran menggulung
= untai lama = untai baru
Replikon, Ori, Garpu Replikasi, dan Termini
Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan tunggal
dinamakan replikon. Dimulainya (inisiasi) replikasi DNA terjadi di suatu tempat tertentu
42
di dalam molekul DNA yang dinamakan titik awal replikasi atau origin of replication
(ori). Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang masingmasing
akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru sehingga akan
diperoleh suatu gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya, inisiasi
replikasi DNA, baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah (bidireksional).
Dalam hal ini dua garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori menuju dua arah yang
berlawanan hingga tercapai suatu ujung (terminus). Pada eukariot, selain terjadi replikasi
dua arah, ori dapat ditemukan di beberapa tempat.
Replikasi pada kedua untai DNA
Proses replikasi DNA yang kita bicarakan di atas sebenarnya barulah proses yang
terjadi pada salah satu untai DNA. Untai DNA tersebut sering dinamakan untai
pengarah (leading strand). Sintesis DNA baru pada untai pengarah ini berlangsung
secara kontinyu dari ujung 5 ke ujung 3 atau bergerak di sepanjang untai pengarah dari
ujung 3 ke ujung 5.
Pada untai DNA pasangannya ternyata juga terjadi sintesis DNA baru dari ujung 5
ke ujung 3 atau bergerak di sepanjang untai DNA cetakannya ini dari ujung 3 ke ujung
5. Namun, sintesis DNA pada untai yang satu ini tidak berjalan kontinyu sehingga
menghasilkan fragmen terputus-putus, yang masing-masing mempunyai arah 5 3.
Terjadinya sintesis DNA yang tidak kontinyu sebenarnya disebabkan oleh sifat enzim
DNA polimerase yang hanya dapat menyintesis DNA dari arah 5 ke 3 serta
ketidakmampuannya untuk melakukan inisiasi sintesis DNA.
Untai DNA yang menjadi cetakan bagi sintesis DNA tidak kontinyu itu disebut

untai tertinggal (lagging strand). Sementara itu, fragmen-fragmen DNA yang dihasilkan
dari sintesis yang tidak kontinyu dinamakan fragmen Okazaki, sesuai dengan nama
penemunya. Fragmen-fragmen Okazaki akan disatukan menjadi sebuah untai DNA yang
utuh dengan bantuan enzim DNA ligase.
fragmen-fragmen untai tertinggal
3 Okazaki 5
5 3 5 3
untai pengarah
Gambar 4.4. Diagram replikasi pada kedua untai DNA
43
Replikasi DNA prokariot
Replikasi DNA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan
siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat
pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein
DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan
dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi, DNA
kromosom prokariot dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru
terbentuk, sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil
pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian telah bereplikasi.
Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah
molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan
mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling
negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling
negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya
dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya pengikatan protein DnaB, yang
merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan menggunakan energi ATP hasil
hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh
protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk
melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim
DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang
pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah.
Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain
DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru
berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata tidak
cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe
II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini merupakan target serangan
antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat mencegah berlanjutnya replikasi DNA
bakteri.
Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah
maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut
44
primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga 2.000
basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.
Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami
elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini
merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya bekerja
pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan dengan

kecepatan yang sama.


Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit , yang
mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit , yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapat subunit yang
menempelkan polimerase pada DNA.
Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka
akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh
DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease 5
3, dan eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 3 membuang primer,
sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen
Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim
DNA polimerase III dan primosom diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang
disebut dengan replisom. Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung
dengan kecepatan 900 pb tiap detik.
Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180C dari ori. Di sekitar
daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu replikasi.
Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi helikase
DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan
dilakukan oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi
kemudian disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan.
Replikasi DNA eukariot
Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk
memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin
dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang
45
berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel.
Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang
diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariot
bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA
harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi
akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini
diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada
kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami
inisiasi secara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami
inisasi paling awal adalah eukomatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah
heterokromatin. DNA sentromir dan telomir bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini
mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang
disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk
memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat
dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi
oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang merupakan bagian integral
enzim DNA polimerase . Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi
kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase pada untai pengarah dan DNA
polimerase pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase maupun mempunyai fungsi
penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase untuk menyintesis DNA yang panjang

disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell
nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit holoenzim DNA
polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam
sel juga mengalami penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan
garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat
divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang
bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin
46
(BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi
menggunakan antibodi yang mengenali BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA
yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal.
Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini,
ujung kromosom eukariot (telomir) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif
sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5.
Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek, yang sebagian sekuensnya
komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai cetakan
(templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada ujung 3.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di
dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan
pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang
membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga
sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang
tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim
telomerase.
http://biomol.edublogs.org/files/2010/02/BAB-IV-REPLIKASI-DNA.pdf

menyatakan bahwa pada awal proses evolusi, RNA merupakan bahan genetik universal
sebelum
organisme hidup memakai DNA.

Interferensi RNA
Suatu gejala yang baru ditemukan pada penghujung abad ke-20 adalah adanya
mekanisme peredaman (silencing) dalam ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa RNA
tidak diterjemahkan (translasi) menjadi protein oleh tRNA. Ini terjadi karena sebelum sempat
ditranslasi, mRNA dicerna/dihancurkan oleh suatu mekanisme yang disebut sebagai
"interferensi RNA". Mekanisme ini melibatkan paling sedikit tiga substansi (enzim dan
protein lain). Gejala ini pertama kali ditemukan pada nematoda Caenorhabditis elegans tetapi
selanjutnya ditemukan pada hampir semua kelompok organisme hidup.

Kromosom

Kromosom. (1) Kromatid. Salah satu dari dua bagian identik kromosom yang
terbentuk setelah fase S pada pembelahan sel. (2) Sentromer. Tempat persambungan kedua
kromatid, dan tempat melekatnya mikrotubulus. (3) Lengan pendek (4) Lengan panjang.
Kromosom merupakan struktur makromolekul besar yang memuat DNA yang membawa
informasi genetik dalam sel. DNA terbalut dalam satu atau lebih kromosom.
Gambar 1:

Sebuah kromosom (dalam bahasa Yunanichroma = warna dan soma= badan) adalah seberkas
DNA yang sangat panjang dan berkelanjutan, yang terdapat banyak gen unsur regulator dan
sekuens nukleotida lainnya.
Dalam kromosom eukariota, DNA yang tidak terkondensasi berada dalam struktur orderquasi dalam nukleus, dimana ia membungkus histon (protein struktural, Gambar 1), dan di
mana material komposit ini disebut chromatin. Selama mitosis (pembelahan sel), kromosom
terkondensasi dan disebut kromosom metafase. Hal ini menyebabkan masing-masing
kromosom dapat diamati melalui mikroskop optik.
Setiap kromosom memiliki dua lengan, yang pendek disebut lengan p (dari bahasa Perancispeti
t

yang berarti kecil) dan lengan yang panjang lengan q (q mengikuti p dalam alfabet).
Prokariota tidak memiliki histon atau nukleus. Dalam keadaan santainya, DNA dapat diakses
untuk transkripsi, regulasi, dan replikasi.
Kromosom pertama kali diamati oleh Karl Wilhelm von Ngeli pada 1842 dan ciri-cirinya
dijelaskan dengan detil oleh Walther Flemming pada 1882. Pada 1910, Thomas Hunt Morgan
membuktikan bahwa kromosom merupakan pembawa gen.

Transkripsi
Penyalinan kode genetik dari DNA menjadi RNA dalam proses ekspresi genetik. Proses ini
terutama dikendalikan oleh enzim RNA polimerase

Replikasi DNAReplikasi DNA bersifat s em i ko n se rva t i f, yaitu kedua untai tunggal


DNA bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru; seluruh untai
tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotida-nukleotida.
Replikasi DNA

adalah proses penggandaan molekul DNA untai

ganda. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus
melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur,
yaitu pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut

memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotidanukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam
proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).

Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatanikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda
tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing- masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA
baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian
DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA
) yang dibentuk oleh enzimprimase dan
disebutprimer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida dalam
hal
ini, deoksiribonukleotidake ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang
http://www.scribd.com/doc/12896552/DNA-dan-RNA

Dalam tulisan ku sebelumnya tentang Replikasi DNA telah dijelaskan mengenai prosesnya. Nha
sekarang ini kita saatnya bahas mengenai zat-zat yang berjasa dakam replikasi DNA.
Jadi dalam proses replikasi DNA melibatkan beberapa protein baik berupa enzim maupun nonenzim
yaitu
:
1. Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotida-nukleotida
2. Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging
3. Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand
4. Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double heliks
5. Single strand DNA-binding protein : mestabilkan DNA induk yang terbuka
http://www.inforedia.com/2009/11/pekerja-replikasi-dna.html

lamp forms no specific interactions with DNA. There is a large 35A hole in the middle of the
clamp. This allows DNA to fit through it, and water to take up the rest of the space allowing the
clamp to slide along the DNA. Once the polymerase reaches the end of the template or detects
double stranded DNA (see below), the sliding clamp undergoes a conformational change which
releases the DNA polymerase.
The clamp loader, a multisubunit pro

3 tahun lalu

Lapor Penyalahgunaan

0% 0 Suara

Anggrek Platypus
DNA merupakan molekul hidup pembawa materi genetik yang nantinya akan diwariskan kepada
keturunannya. DNA tersusun atas dua pita polinukleotida yang saling berpilin membentuk
double helix.Polinukleotida tersusun atas banyak nukleotida. Sedangkan nukleotida sendiri
tersusun atas Basa nitrogen, asam fosfat, dan gula.deoksiribosa
DNA memiliki sifat heterokalis dan autokalis. Heterokalis adalah kemampuan DNA untuk
membentuk molekul DNA lainnya, dapat kita lihat pada proses transkripsi (pembentukan RNA
duta/ messenger RNA). Sedangkan kemampuan autokalis merupakan kemampuan DNA untuk
membentuk molekul yang sama dengan dirinya, prosesnya disebut dengan REPLIKASI.
Jadi replikasi adalah proses penggandaan atau penduplikasian DNA. Setelah replikasi 1 molekul
DNA yang terdiri dari dua pita polinukleotida akan menjadi 2 molekul DNA yang masingmasing tersusun atas dua pita polinukleotida.
Mengenai replikasi sendiri, prosesnya masih belum dapat dipastikan. tetapi kebolehjadiaannya
telah digambarkan dalam tiga hipotesis dari para ahli, yaitu:
1) Hipotesis Konservatif
menurut hipotesis ini, proses replikasi terjadi spontan. Satu molekul DNA langsung mengganda
menjadi dua.
2) Hipotesis Dispersif
menurut hipotesis ini, proses replikasi terjadi dengan diawali masing-masing pita nukleotida dari
DNA yang menjadi putus-putus, bagian yang putus-putus ini memisah kemudian membentuk
rangkaian baru sehingga terbentuk 2 molekul DNA
3) Hipotesis Semikonservatif
Hipotesis ini paling banyak dianut. Menurut teori semi konservatif replikasi DNA terjadi dengan
diawali memsiahnya dua pita nukleotida. Kemudian masing-masing pita nukleotida tersebut akan
membentuk komplemennya mulai dari basa nitrogen pasangannya, asam fosfat, dan
deoksiribosa. Sehingga tiap pita polinukleotida akan memiliki pasangan masing masing
membentuk dua molekul DNA
Replikasi DNA
DNA (Asam deoksiribonukleat)
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:
deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul
utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya
terletak di dalam inti sel.
Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik;
artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi
setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis
virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency
Virus).DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama antara lain :
gugus fosfat, gula deoksiribosa, basa nitrogen, yang terdiri dari: o Adenina (A)o
Guanina(G)o Sitosina (C)o Timina (T)\Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari

ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida,sehingga DNA tergolong sebagai


polinukleotida. Rantai DNA memiliki lebar 22-24 , sementara panjang satu unit
nukleotida 3,3 . Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki
jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom terbesar
padamanusia terdiri atas 220 juta nukleotida.Rangka utama untai DNA terdiri dari
gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa
(berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat
melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan
atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA
adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa. DNA terdiri atas dua untai yang
berpilin membentuk struktur heliks ganda. Pada struktur heliks ganda, orientasi
rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai
lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka
utama, sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai
DNA satunya pada heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan
hidrogen antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut.
Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenin (dilambangkan A),sitosin (C,
dari cytosine), guanin (G), dan timin (T).
Adeninberikatanhidrogendengantimin,sedangkan guanin berikatan dengan
sitosin.Replikasi merupakanperistiwa sintesis DNA. Pada setiap sel, kecuali sel
gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel
turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi
memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu
merupakan komplemen dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan
mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan
mudah dibentuk. Prinsip dari replikasi itu sendiri adalah memasangkan nukleotida
triposphat baru pada rantai tunggal/single strand DNA.
Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan
ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri
harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi
genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa
DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan "konjugat" dari rantai
pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka
susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori yang
mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori
yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang
diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA
dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai
yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut
bertindaksebagai "cetakan" untuk membuat rantai pasangannya.

Replikasi DNA sangat penting agar DNA kita tidak termutasi, dimana DNA
menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Pada proses replikasi terdapat pos-

pos pengecekan, sehingga jika ada kode yang salah tercetak, dapat langsung
dikenali dan langsung diperbaiki. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan
bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi, yaitu konservatif, semikonservatif, dan
dispersif.
Tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA
1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi
sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan molekul
dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru.
2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.
Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu
rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.
3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya
diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru.
Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang saling
berselang-seling pada setiap untai.
Setelah berhasil membuat model struktur DNA, Watson dan Crick memprediksi
bahwa DNA bereplikasi dengan cara semikonservatif. Kemudian pada tahun 1958,
Matthew Meselson dan Franklin Stahl melakukan percobaan untuk menguji ketiga
alternatif hipotesis replikasi DNA tersebut dengan menggunakan DNA bakteri
Eschericia coli. Hasilnya ternyata mendukung model replikasi semikonservatif yang
telah diprediksi oleh Watson dan Crick.
Berikut ini merupakan animasi proses replikasi DNA :

Gambar 33. Animasi replikasi DNA (Sumber : http://ancala.hostjournalbook.eu)


Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang
terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim
pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer.
Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik
tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh
enzim helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang
mampu membuka pilinan rantai DNA. Jika dianalogikan, dua rantai DNA heliks
ganda yang terpisah berbentuk seperti ritsleting terbuka. Setelah cukup ruang
terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan
mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut.
Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran
DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Setiap rantai DNA yang
lama akan berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida di
sepanjang rantai DNA komplementer baru yang bersesuaian dengan cara
mendeteksi basa komplemennya. Monomer DNA yang berupa nukleotida
ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase
bergeser. Setelah mendapatkan pasangan yang sesuai, nukleotida yang baru
tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang punggung gula-fosfat
rantai DNA yang baru. Jadi, setiap molekul DNA terdiri atas satu rantai DNA lama
dan satu rantai DNA baru. Setelah seluruh rantai benar-benar terpisah,
maka,terdapat dua molekul DNA yang sama persis dengan satu molekul DNA induk.
Berikut ini merupakan video dari replikasi DNA :
Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA yang baru
terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki DNA yang
rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian nukleotida DNA sangat stabil
dan mutasi jarang terjadi.
Yang berikut ini merupakan awal dari proses replikasi DNA yang diambil dengan
menggunakan mikroskop. Enzim DNA polimerase memisahkan dua rantau DNA
heliks ganda :
Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis
rantai. Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang
terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim
pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses
replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di
sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh enzim
helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang mampu
membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan
untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA

yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut
berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah
membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang
membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh
rantai telah benar-benar terpisah. Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang
rumit namun teliti.
Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah
terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena
mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil. Jadi,
replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu
pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).
Mekanisme replikasi DNA
Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan, yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin
DNA awal tetap dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukan tangga
berpilin baru. Pada replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan
terlebih dahulu sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun,
masing-masing untai ini tetap dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan
(template) bagi pembentukan untai polinukleotida baru. Sementara itu, pada
replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami fragmentasi di sejumlah
tempat. Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi
cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan
dijumpai berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru. antara ketiga cara
replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya cara semikonservatif yang dapat
dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient
centrifugation.Percobaan ini dilaporkan hasilnya padatahun1958 oleh M.S. Meselson
dan F.W. Stahl.
Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yangterbentuk
ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang
memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat
terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri
dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi
"cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan
nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru
dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase dan
disebut primer. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan

menambahkan nukleotidadalam hal ini, deoksiribonukleotidake ujung 3'hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain,
rantai DNA baru disintesis dari arah 5'3', sedangkan DNA polimerase bergerak
pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah satu untaian DNA
induk pada garpu replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya
berorientasi 5'3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan
arah 5'3'. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah
berlawanan tersebut.

Pembentukan leading strand


Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang
disintesis dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA
polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah
primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah
dengan arah pergerakan garpu replikasi.
Pembentukan lagging strand
Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan
dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmensegmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk
primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3'
bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5'3'.
Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA
Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang
tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen
Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.
Dinamika pada garpu replikasi
Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein
yang terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA
membentuk gelung untuk mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini
merupakan akibat dari interaksi antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp
loader.
Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan
mampu berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif
yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu faktor
prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk gelungan yang mampu berinteraksi
dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA (seperti DNA
polimerase dan clamp loader). Bagian dalam sliding clamp memungkinkan DNA
bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk interaksi spesifik dengan DNA.
Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini. Lubang tersebut berukuran sesuai
untuk dilalui DNA dan air menempati tempat sisanya sehingga clamp dapat
bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase mencapai ujung templat atau

mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah), sliding clamp mengalami


perubahan konformasi yang melepaskan DNA polimerase.
Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada
sliding clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas dari
sliding clamp sehingga DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding
clamp hanya dapat berikatan pada polimerase selama terjadinya sintesis utas
tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah habis, polimerase mampu berikatan
dengan subunit pada clamp loader dan bergerak ke posisi baru pada lagging strand.
Pada leading strand, DNA polimerase III bergabung dengan clamp loader dan
berikatan dengan sliding clamp.
Replikasi diprokariota dan eukariota
Replikasi DNA prokariota\Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri,
sangat berkaitan dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya,
berisi empat buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing
panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri
sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju
pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota dapat mengalami
reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran replikasi yang
pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom
yang sebagian telah bereplikasi.
Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah
molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan
mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi
superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka).
Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif
sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya
pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan
menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai
DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh
protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk
melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim
DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer
yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar
replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB.
Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru
berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata
tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu
topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini
merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.
Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah
maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut
primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga

2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase. Primer baik
pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami elongasi
dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini
merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya
bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan
berjalan dengan kecepatan yang sama. Masing-masing bagian dimer pada kedua
untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai fungsi polimerase
sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan berupa
eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapatsubunit b yang menempelkan polimerase
pada DNA. Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III,
mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer
tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3,
eksonuklease 5 3, dan eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3
membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan.
Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase.
Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini
membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan
adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap
detik.
Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180C dari ori. Di sekitar
daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu
replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi
helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih
menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing
lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikanke dalam kedua sel hasil
pembelahan. Replikasi DNA eukariota
Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk
memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut
siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs),
yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai
permukaan sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan
protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota
bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan
penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga
gerakan garpu replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan
kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA
kromosom pada kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami
inisiasi secara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang
mengalami inisasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang agak
lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan telomer dari DNA bereplikasi
paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang
berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.

Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang
disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk
memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda
terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai
tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang
merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada
untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase d
maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d untuk
menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan
nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara
dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi
penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan
selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan
garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut
dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang
bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu
bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan
dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA
yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal.
Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini,
ujung kromosom eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif
sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5.
Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek, yang sebagian sekuensnya
komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai
cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada ujung 3.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di
dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan
menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan
mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan
mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu,
kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga
berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
SINTESIS PROTEIN
Semua aktivitas sel dikendalikan oleh aktivitas nukleus. Cara pengendalian ini
berkaitan dengan aktivitas nukleus memproduksi protein, dimana protein ini
merupakan penyusun utama dari semua organel sel maupun penggandaan
kromosom. Contoh protein yang dapat dihasilkan seperti protein struktural yang
digunakan sebagai penyusun membran sel dan protein fungsional (misalnya enzim)
yang digunakan sebagai biokatalisator untuk berbagai proses sintesis dalam sel.
Protein adalah polipeptida (gabungan dari beberapa asam amino). Maka untuk

membentuk suatu protein diperlukan bahan dasar berupa asam amino. Polipeptida
dikatakan protein jika paling tidak memiliki berat molekul kira-kira 10.000. Di dalam
ribosom, asam amino-asam amino dirangkai menjadi polipeptida dengan bantuan
enzim tertentu. Polipeptida dapat terdiri atas 51 asam amino (seperti pada insulin)
sampai lebih dari 1000 asam amino (seperti pada fibroin, protein sutera). Macam
molekul polipeptida tergantung pada asam amino penyusunnya dan panjang
pendeknya rantai polipeptida. Seperti yang telah kita pelajari sebelumnya bahwa
ada 20 macam asam amino penting yang dapat dirangkai membentuk jutaan
macam kemungkinan polipeptida.
PRA SINTESIS PROTEIN
Sebelum sintesis protein dilakukan, perlulah diadakan persiapan yang menyeluruh,
salah satunya pemasangan asam amino pada salah satu ujung tRNA. 1 asam amino
harus diikatkan pasada salah satu ujung tRNA dengan antikodon yang benar,
namun protein ini sesuai dengan kodon bukan antikodon. Enzim yang melakukan
proses ini adalah enzim tRNA aminoasil sintetase. Enzim ini mengikatkan asam
amino pada bagian sisi asam amino kemudian tRNA dengan antikodon spesifik
untuk asam aminonya. tRNA dan asam amino berikatan pada enzim sebelum
akhirnya dilepaskan.
SINTESIS PROTEIN
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang
diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel,
sitoplasma dan ribosom. Sintesis protein terdiri dari 3 tahapan besar yaitu:
1. Transkripsi.
DNA membuka menjadi 2 rantai terpisah. Karena mRNA berantai tunggal, maka
salah satu rantai DNA ditranskripsi (dicopy). Rantai yang ditranskripsi dinamakan
DNA sense atau template dan kode genetik yang dikode disebut kodogen.
Sedangkan yang tidak ditranskripsi disebut DNA antisense/komplementer. RNA
Polimerase membuka pilinan rantai DNA dan memasukkan nukleotida-nukleotida
untuk berpasangan dengan DNA sense sehingga terbentuklah rantai mRNA. Contoh
transkripsi:
2. Translasi
mRNA / RNAd yang sudah terbentuk keluar dari anak inti sel menuju rRNA. Disana
mRNA masuk ke rRNA / RNAr diikuti oleh tRNA / RNAt. Ketika antikodon pada tRNA
cocok dengan kodon mRNA kemudian rantai bergeser ke tengah. Kodon mRNA
berikutnya dicocokkan dengan tRNA kemudian asam amino yang pertama berikatan
dengan asam amino kedua. tRNA pertama keluar dari rRNA. Proses ini berlangsung
hingga kodon stop, ribosom subunit besar dan kecil terpisah, mRNA dan tRNA keluar
dari ribosom.
Kodon stop : UAA,UAG, UGA
Rumus cepat:mRNA=DNA komplementer=DNA antisense=kode protein
tRNA=DNA template=DNA sense=kodogen. Berikut ini adalah gambar proses
sintesis protein.
Semua aktivitas sel dikendalikan oleh aktivitas nukleus. Cara pengendalian ini
berkaitan dengan aktivitas nukleus memproduksi protein, dimana protein ini

merupakan penyusun utama dari semua organel sel maupun penggandaan


kromosom. Contoh protein yang dapat dihasilkan seperti protein struktural yang
digunakan sebagai penyusun membran sel dan protein fungsional (misalnya enzim)
yang digunakan sebagai biokatalisator untuk berbagai proses sintesis dalam sel.
Protein adalah polipeptida (gabungan dari beberapa asam amino). Maka untuk
membentuk suatu protein diperlukan bahan dasar berupa asam amino. Polipeptida
dikatakan protein jika paling tidak memiliki berat molekul kira-kira 10.000. Di dalam
ribosom, asam amino-asam amino dirangkai menjadi polipeptida dengan bantuan
enzim tertentu. Polipeptida dapat terdiri atas 51 asam amino (seperti pada insulin)
sampai lebih dari 1000 asam amino (seperti pada fibroin, protein sutera). Macam
molekul polipeptida tergantung pada asam amino penyusunnya dan panjang
pendeknya rantai polipeptida. Seperti yang telah kita pelajari sebelumnya bahwa
ada 20 macam asam amino penting yang dapat dirangkai membentuk jutaan
macam kemungkinan polipeptida.
Sintesis protein melibatkan DNA sebagai pembuat rantai polipeptida. Meskipun
begitu, DNA tidak dapat secara langsung menyusun rantai polipeptida karena harus
melalui RNA. Seperti yang telah kita ketahui bahwa DNA merupakan bahan
informasi genetik yang dapat diwariskan dari generasi ke generasi. Informasi yang
dikode di dalam gen diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis
protein. Informasi ditransfer secara akurat dari DNA melalui RNA untuk
menghasilkan polipeptida dari urutan asam amino yang spesifik.
Suatu konsep dasar hereditas yang mampu menentukan ciri spesifik suatu jenis
makhluk menunjukkan adanya aliran informasi bahan genetik dari DNA ke asam
amino (protein). Konsep tersebut dikenal dengan dogma genetik. Tahap pertama
dogma genetik dikenal sebagai proses transkripsi DNA menjadi mRNA. Tahap kedua
dogma genetik adalah proses translasi atau penerjemahan kode genetik pada RNAd
menjadi urutan asam amino. Dogma genetik dapat digambarkan secara skematis
sebagai berikut.
Secara umum, beginilah mekanisme terjadinya sintesis protein :

Gambar 43. Sintesis protein terdiri dari tahap transkripsi dan translasi (Sumber :
http://faculty.irsc.edu)
Transkripsi
Transkripsi merupakan pembentukan/sintesis mRNA dari fragmen salah satu rantai
DNA, sehingga terjadi proses pemindahan informasi genetik dari DNA ke mRNA.
Transkripsi adalah bagian dari rangkaian ekspresi genetik (proses penerjemahan
informasi genetik dalam bentuk urutan basa menjadi protein). Pengertian asli
transkripsi adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang dimaksud adalah
mengubah teks DNA menjadi RNA. Sebenarnya, yang berubah hanyalah basa
nitrogen timin di DNA yang pada RNA digantikan oleh urasil.
DNA berperan sebagai materi genetik; artinya DNA menyimpan cetak biru bagi
segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. DNA melakukan
transkripsi agar gen asli tetap terlindung di dalam inti sel, sementara hasil kopinya
ditugaskan untuk melaksanakan pesan-pesan yang dikandungnya dalam proses
sintesis protein. Jika RNA rusak, maka akan segera diganti dengan hasil kopian yang
baru.
Proses transkripsi ini terjadi di dalam inti sel (nukleus). DNA tetap berada di dalam
nukleus, sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus menuju sitoplasma
dan melekat pada ribosom. Namun pada sel tumbuhan, transkripsi terjadi di dalam
matriks pada mitokondria dan plastida.
Pada proses transkripsi, rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai tunggal
mRNA dengan bantuan enzim RNA polimerase. Enzim tersebut menempel pada
bagian yang disebut promoter, yang terletak sebelum gen. Pertama-tama, ikatan
hidrogen di bagian DNA yang akan disalin terbuka. Akibatnya, dua rantai DNA
berpisah. Salah satu DNA berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai

antisense. Misalnya pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan pasangan


komplemen memiliki urutan C-T-C-T-G-A. Karena pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka
mRNA hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, mRNA C-U-C-U-G-A merupakan hasil
kopian dari DNA C-T-C-T-G-A, dan merupakan komplemen dari pencetak.
1. Inisiasi (permulaan)
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut
sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga
menentukan yang mana dari kedua rantai heliks DNA yang digunakan sebagai
cetakan.
2. Elongasi (pemanjangan)
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka rantai heliks ganda DNA
dengan bantuan enzim polimerase, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan
lepas dari cetakan DNA-nya.
3. Terminasi (pengakhiran)
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang
berfungsi sebagai kodon terminasi (kode stop) yang sesungguhnya. Pada sel
prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir kodon terminasi, yaitu
ketika polimerase mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA.
Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus melewati sinyal terminasi, suatu
urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang jauh kira-kira 10 hingga 35
nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.
Sejumlah ATP diperlukan untuk membuat RNA polimerase mulai bergerak dari ujung
3 (ujung karboksil) berkas templat ke arah ujung 5 (ujung amino). RNA yang
terbentuk dengan demikian berarah 5 3. Pergerakan RNA polimerase akan
berhenti apabila ia menemui urutan basa yang sesuai dengan kodon berhenti.
Setelah proses selesai, RNA polimerase akan lepas dari DNA.
Berikut merupakan ilustrasi terjadinya transkripsi :

Gambar 7. Transkripsi (Sumber : www.bio.miami.edu)

Beginilah proses transkripsi yang terlihat dengan menggunakan mikroskop :

Gambar 8. Proses transkripsi yang dilihat dengan menggunakan mikroskop.


(Sumber : www.utexas.edu)

Translasi itu translasi?


Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida atau kodon yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu
polipeptida atau protein. Transkripsi dan translasi merupakan dua proses utama
yang menghubungkan gen ke protein. Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA,
sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA yang merupakan salinan
urutan DNA menyusun suatu gen dalam bentuk kerangka baca terbuka. mRNA
membawa informasi urutan asam amino.
rTempat translasi ini ialah ribosom, partikel kompleks yang memfasilitasi
perangkaian secara teratur asam amino menjadi rantai polipeptida. Asam amino
yang akan dirangkaikan dengan asam amino lainnya dibawa oleh tRNA. Setiap asam
amino akan dibawa oleh tRNA yang spesifik ke dalam kompleks mRNA-ribosom.
Proses translasi berupa penerjemahan kodon atau urutan nukleotida yang terdiri
atas tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu. Kodon
pada mRNA akan berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA. Setiap tRNA
mempunyai antikodon yang spesifik. Tiga nukleotida di anti kodon tRNA saling
berpasangan dengan tiga nukleotida dalam kodon mRNA menyandi asam amino
tertentu.
Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi,
dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang
membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi
rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh
GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.
Inisiasi
Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah tRNA yang
memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom.
Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya mRNA, sebuah tRNA yang
memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom. Dalam
kompleks inisisasi, ribosom membaca kodon pada mRNA. Pembacaan dilakukan
untuk setiap 3 urutan basa hingga selesai seluruhnya. Sebagai catatan ribosom
yang datang untuk membaca kodon biasanya tidak hanya satu, melainkan
beberapa ribosom yang dikenal sebagai polisom membentuk rangkaian mirip tusuk
sate, di mana tusuknya adalah mRNA dan daging adalah ribosomnya. Dengan
demikian, proses pembacaan kodon dapat berlangsung secara berurutan. Ketika
kodon I terbaca ribosom (misal kodonnya AUG), tRNA yang membawa antikodon
UAC dan asam amino metionin datang. tRNA masuk ke celah ribosom.

Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan perlekatan yang spesifik antara


antikodon tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub unit ribosom
dibangun oleh protein-protein dan molekul-molekul RNA ribosomal.
Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan satu per

satu diawali dari asam amino pertama (metionin). Ribosom akan terus bergerak dan
membaca kodon-kodon di sepanjang mRNA. Masing-masing kodon akan
diterjemahkan oleh tRNA yang membawa asam amino yang dikode oleh pasangan
komplemen antikodon tRNA tersebut. Di dalam ribosom, metionin yang pertama kali
masuk dirangkaikan dengan asam amino yang di sampingnya membentuk
dipeptida.
Ribosom terus bergeser, membaca kodon berikutnya. Asam amino berikutnya
dirangkaikan dengan dipeptida yang telah terbentuk sehingga membentuk
tripeptida. Demikian seterusnya proses pembacaan kode genetika itu berlangsung
di dalam ribobom, yang diterjemahkan ke dalam bentuk asam amino guna dirangkai
menjadi polipeptida.
Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul
tRNA yang baru masuk yang membawa asam amino yang tepat. Molekul mRNA
yang telah melepaskan asam amino akan kembali ke sitoplasma untuk mengulangi
kembali pengangkutan asam amino. Molekul rRNA dari sub unit ribosom besar
berfungsi sebagai enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang
menggabungkan polipeptida yang memanjang ke asam amino yang baru tiba.
Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga ribosom mencapai
kodon stop. Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak
mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sebagai sinyal untuk
menghentikan translasi. Polipeptida yang dibentuk kemudian diproses menjadi
protein.
Berikut merupakan ilustrasi secara umum terjadinya sintesis protein (transkripsi dan
translasi):

Ghttp://denydendhi.blogspot.com/2011/03/replikasi-dna.html
ambar 47. Sintesis Protein (Sumber : http://stemcells.nih.gov)

Sumatra diguncang GEMPA


Bersyukurlah

Sebuah Kontemplasi Dibalik Replikasi DNA


October 12, 2009 by oktaplantlover
Tumbuhan, hewan, bakteri, jamur, dan manusia dalam mempertahankan kelangsungan jenisnya
melakukan reproduksi. Sebelum sel-sel gamet saling melebur menjadi suatu kesatuan individu
baru, masing-masing dari DNA gamet bereplikasi untuk membawa sifat-sifat dari parentalnya,
masing-masing 50%.
Apakah replikasi itu? Seberapa pentingnya dalam kehidupan suatu organisme, khususnya kita,
manusia? Bagaimanakah proses kerjanya? Siapakah/apakah yang mengatur proses tersebut?
Berikut akan sedikit saya jelaskan dalam tulisan kali ini.
Bismillah

Replikasi DNA adalah suatu mekanisme penggandaan DNA. Namanya juga replikasi, ya pasti
tujuannya untuk membuat replikat, dari DNA yang merupakan cetak biru dari arsip-arsip penting
pemerintahan, dalam tubuh kita. Prinsip dari replikasi itu sendiri adalah memasangkan n-TP atau
nukleotida triposphat baru pada rantai tunggal / single strand DNA.
Kenapa DNA harus bereplikasi?
Selain jawaban yang di atas, replikasi DNA penting agar DNA kita tidak termutasi. Pada proses
replikasi terdapat pos-pos pengecekan, jikalau ada kode yang salah tercetak, dapat langsung
dikenali dan langsung diperbaiki.
Gimana caranya? Kok bisa gitu si?
Ya bisa aja! Kalo yang nyiptain bilang bisa. Hehe.
Iya deh, akan coba saya ceritakan teori proses replikasi yang sementara ini diketahui para
ilmuan yang berkecimpung di bidang molekuler pada tahun 2009^^
Pada prinsipnya DNA merupakan rantai ganda yang basa-basa penyusunnya saling
berkomplemen, saling berpasangan yang hidup dalam harmoni. Untuk bereplikasi, double strand
tersebut harus dipisahkan agar menjadi single strand DNA, yang kemudian akan berperan
sebagai cetakan DNA, dan ditambahkan basa nukleotida baru pada masing-masing strand, untuk
kemudian menjadi dua DNA baru yang sama seperti sebelumnya. Apakah gerangan yang tega
mengadu domba double strand DNA hingga akhirnya berpisah dan tidak dalam satu ikatan lagi?
Itu adalah kerja dari enzim helikase. Enzim ini berjalan terus, membuat double strand DNA

menjadi terpisah. Jika dianalogikan, prinsip kerjanya seperti resleting. Pergerakan molekul enzim
ini pada double strand DNA, membutuhkan suplai energi berbentuk ATP atau Adenosine
Triposphat.
Setelah rantai ganda DNA dipisahkan, maka masing-masing dari rantai primer tersebut akan
dibuat menjadi rantai DNA ganda kembali oleh enzim DNA polimerase. Penambahan basa untuk
menjadi rantai ganda dilakukan dari urutan 5 ke 3. Mengapa hanya bisa ditambahkan dari
urutan 5 ke 3? Hal ini terjadi karena tiap-tiap basa baru yang hendak berikatan membawa tiga
molekul posphat pada ujung 3-nya, untuk menempel ke ujung 5 dari rantai primer, maka basa
baru yang hendak berikatan harus melepaskan 2 molekul posphat untuk menciptakan energi agar
bisa menempel. Saat terjadi kesalahan, maka basa baru tersebut dapat lepas, dan digantikan
dengan basa lain yang cocok. Sedangkan andaikata basa baru yang hendak berikatan menempel
dari sisi 3 dari rantai primer, dimana pada urutan 3 dari rantai primer terdapat 3 molekul
posphat, dan pada sisi 5 dari basa baru hanya terdapat 1 molekul posphat. Ya, jadi jika basa baru
ingin menempel, maka 2 posphat yang dilepaskan harus dari rantai primer. Celahnya adalah saat
terjadi kesalahan pemasangan basa nukleotida yang baru, maka saat basa nukleotida yang baru
dilepaskan, sisi 3 dari rantai DNA primer hanya tersisa 1 molekul basa posphat, jadi tidak akan
dimungkinkan adanya penempelan basa nukleotida baru lagi, karena tidak adanya 2 molekul
posphat yang dilepaskan unutk menghasilkan energi yang dipergunakan untuk menempel. Jadi
itulah mengapa arah replikasi berlangsung dari 5 ke 3.

Sumber gambar: Bruce Albert, The Molecular Biology of The Cell 5Th ed
Lalu bagaimana mekanisme pengenalan terjadinya eror saat pemasangan basa nukleotida
baru?
DNA polimerase selain bertugas untuk memanjangkan strain baru, enzim ini juga memiliki
fungsi sebagai proofreader. Proofreader adalah mekanisme pengenalan terjadinya kesalahan
pasang pasangan basa nukleotida. Karena pada stain primer berfungsi sebagai cetakan, maka
apabila ada basa nukleotida baru yang masuk dan tidak sesuai dengan cetakan, maka kesalahan
tersebut akan langsung dikenali oleh DNA polimerase, dan akan langsung dibuang untuk
digantikan dengan basa nukleotida baru lainnya. Akan tetapi kerja dari enzim DNA polimerase
ini belumlah memiliki akurasi dan presisi yang tinggi, seringkali ada basa nukleotida salah yang
lolos dari editing. Untuk itulah, Allah menciptakan suatu enzim yang bernama enzim DNA
Topoisomerase I dan DNA Topoisomerase II. Fungsinya adalah memperbaiki dengan cara
memotong salinan DNA yang salah, akan tetapi untuk enzim topoisomerase II, khusus untuk
menangani masalah yang lebih rumit. Prinsip kerja dari enzim Topoisomerase I adalah mengatasi
terjadinya belibet (maaf, gak nemu kata-kata yang pas selain belibet). Jadi analoginya seperti ada

karet gelang dipilin-pilin terus, sampai akhirnya abis pilinannya, nah, kalo ada yang maju ke arah
pilinan yang semakin ketat pasti susah kan?! Nah, untuk mengatasi masalah yang seperti itulah
enzim ini bekerja. Topoisomerase I akan memotong salah sati dari untai DNA, yang tadi saya
analogikan sebagai karet gelang. (Hehe, kebayang gak? Kalo gak kebayang, langsung tanyain aja
ya=p). Kerja Topoisomerase I itu berlangsung secara spontan (sigap), hanya memotong satu
untai DNA (abis itu langsung disambungin lagi), mempunyai mekanisme ligasi dan nukleasi.
Karena kinerjanya yang spontan inilah mengapa enzim Topoisomerase I tidak membutuhkan
ATP untuk beroperasi.
Berbeda dengan enzim Topoisomerase I, pada enzim Topoisomerase II beroperasi dengan
membutuhkan ATP, dan untuk memperbaiki kesalahan, terdapat dua rantai DNA yang dipotong.
Berikut adalah gambar perbedaan dari prinsip kerja dari enzim Topoisomerase I dan
Topoisomerase II:

Selain itu ada mekanisme lain untuk menanggulangi kesalahan pemasangan basa nukleotida.
Yaitu dengan agen bernama MutS dan MutL. MutS bertugas mengenali tempat terjadinya
kesalahan pada DNA, sedangkan MutL bertugas untuk mengenali nich (ini berhubungan dengan
mekanisme lagging pada fragmen okazaki yang sayangnya tdak sempat saya jelaskan, punten_-*) terdekat, agar diketahui mana strand primer/cetakannya, dan mana yang strand
sekunder/rantai baru yang salah. Setelah dikenali oleh kedua agen ini, kemudian giliran tugas
enzim eksonuklease atau bisa juga enzim endonuklease yang akan memotong nich salah yang
telah dikenali tersebut.
Lalu, siapa/apa yang mengatur semua mekanisme replikasi DNA dalam suatu sel kecil,
yang amat kompleks dan begitu rumit ini?
Hanya ada satu jawaban, Allah. Hanya itu jawaban buat saya yang paling rasional. Dari sekian
banyak agen-agen yang bekerja di sel untuk membantu terjadi proses replikasi DNA (atau sama
seperti mem-foto copy blue print kehidupan), hanya Ia yang bisa mengharmoniskan agen-agen
kecil tersebut untuk tetap bekerja dalam keselarasan. Jangankan mengharmoniskan agen kecil
(enzim)yang tak bernyawa ini (tapi menyusun kehidupan), untuk mengharmoniskan hati sesama
manusia disekitarnya saja, manusia begitu sulit melakukannya (sampai-sampai saya ikut mata
kuliah Manajemen Sumber Daya Manusia untuk mempelajari bagaimana mengharmoniskan dan
mewujudkan keharmonisan antara manusia yang menjadi komponen dalam suatu organisasi,
hehe^^) coba lihat surat Al Anfal ayat 63. dan Yang mempersatukan hati mereka.
Walaupun kamu membelanjakan semua kekayaan yang ada di bumi, niscaya kamu tidak dapat

mempersatukan hati mereka, akan tetapi Allah telah mempersatukan hati mereka. Sesingguhnya
Dia Maha Gagah lagi Maha Bijaksana
Saat mempelajari ini, apakah kau rasakan bahwasannya mekanisme yang sedemikian kompleks
tersebut (yeng tentunya masih banyak fakta lain yang tidak dijelaskan dalam artikel ini, dan
belum diketahui oleh para peneliti molekuler) tengah berlangsung dalam tubuhmu sekarang?
Tiap-tiap sel penyusunmu sekarang sedang melakukan replikasi tersebut; proofreading, leading,
lagging, dan editing. Itu memang sedang berlangung sekarang, dan bersyukurlah pada Rabbmu,
karena dirimu tidak perlu mengeluarkan tenaga dan pikiran agar proses penting itu terjadi, dirimu
tidak perlu mengeluarkan uang agar kau dapat menerima salinan blue print kehidupanmu
(padahal untuk hanya mem-fotocopy selembar kertas tak berharga saja kita harus merogoh
kocek), dan dirimu tidak perlu mengambil mata kuliah Manajemen Sumber Daya Agen Replikasi
(yang notabene memang belum ada mata kuliahnya sampai sekarang, hehe=P) untuk mengatur
agar agen-agen replikasi tersebut bekerja secara efektif dan harmonis. Maka, nikmat Tuhanmu,
yang mana lagikah yang akan kau dan aku dustakan?
http://oktaplantlover.wordpress.com/2009/10/12/sebuah-kontemplasi-dibalikreplikasi-dna/