Anda di halaman 1dari 13

TIGA LOKUS STR DNA INTI MANUSIA DENGAN SERI ALEL BERPASANGAN

YANG PALING VARIATIF

THREE HUMAN STR LOCI WITH THE MOST VARIED GENOTYPE

Dalam berbagai kasus kriminal, para pelaku kejahatan biasanya


memiliki identitas palsu yang menyulitkan para penyidik untuk
mengidentifikasi pelaku yang sebenarnya. Identitas individu
berdasarkan kode genetik manusia merupakan suatu identitas yang
pasti dan tidak dapat dimanipulasi. Identitas individu dapat ditentukan
dengan menggunakan pola polimorfisme DNA inti maupun DNA
mitokondria (mtDNA). Secara umum mtDNA digunakan sebagai
identitas individu dalam analisis forensik rutin memiliki beberapa
keunggulan antara lain: kemudahan untuk mendapatkan kembali
mtDNA pada sampel yang sudah terdegradasi dan adanya daerah
hipervariabel (D-loop). Tetapi disayangkan mtDNA akan memiliki pola
yang sama jika individunya segaris keturunan ibu. Pola polimorfisme
DNA inti yang lazim digunakan untuk identifikasi ialah Short Tandem
Repeat (STR) dan dengan menggunakan tiga belas lokus STR identitas
individu dapat secara umum dapat ditentukan. Namun analisis STR
memiliki kelemahan yaitu mensyaratkan penggunaan tiga belas lokus
sedangkan DNA inti hanya memliki dua salinan molekul dalam setiap
sel dan membutuhkan peralatan yang canggih untuk menganalisis ke-
tiga belas lokus sehingga sulit untuk diaplikasikan pada laboratorium

forensik dengan prasarana sederhana. Tujuan penelitian


ini adalah mendapatkan beberapa lokus STR dari tiga
belas lokus STR yang rutin digunakan sehingga dapat
memisahkan individu dengan pola mtDNA yang
sama. Riset ini terdiri atas tahapan studi in silico dan
tahapan pengujian hasilnya. Tahap studi in silico
dilakukan dengan mendownload data pola STR dari
public database, melakukan pengelompokan pola
STR berdasarkan nilai pengulangan per lokus dan
kemudian dipilih lokus-lokus yang memiliki pola
pasangan alel yang paling bervariasi. Pengujian pola
STR untuk lokus-lokus terpilih dilakukan dengan PCR
dan dilanjutkan dengan identifikasi hasil PCR dengan
elektroforesis gel agarosa. Data pola STR didownload
dari situs resmi European Network of Forensic Sience
Institute (ENFSI), kemudian data pola pengulangan
yang diperoleh dikelompokan per lokus dan
diurutkan dari nilai pengulangan terkecil sampai
terbesar menggunakan Microsoft Excel. Selanjutnya
seri alel berpasangan dihitung, dan dipilih lokus-
lokus yang memiliki nilai terbanyak. Setelah lokus-
lokus dengan variasi alel berpasangan terbesar
dipilih, dilakukan sintesis primer tiga pasang primer
berdasarkan urutan primer-primer Powerplex 1.1 dari
Promega. Dengan bantuan primer-primer tersebut
lokus-lokus terpilih diamplifikasi dengan PCR dan
hasilnya dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa.
Sembilan lokus STR dari 1173 individu yang berhasil didownload dari
public database ialah D3S1358, vWA, FGA, D8S1179, D21S11, D18S51,
D5S818, D13S317, dan D7S820. Berdasarkan hasil pengelompokan
dan perhitungan seri alel, enam buah lokus memiliki 9-12 seri alel,
sedangkan tiga buah lokus memiliki 21-33 seri alel. Lokus FGA memiliki
seri alel berpasangan terbanyak yaitu sebanyak 113 jenis, dan yang
memiliki seri alel berpasangan terbanyak kedua yaitu lokus D21S11
dan D18S51 dengan masing-masing memiliki 87 seri alel berpasangan.
Seri alel berpasangan terbanyak ketiga dimiliki lokus D8S1179 dengan

44 seri alel berpasangan. Selanjutnya dipilih 3 lokus


dengan seri alel berpasangan yang paling variatif
dari seri alel berpasangan STR. Tiga buah lokus
dengan seri alel berpasangan yang paling banyak
yaitu lokus D8S1179, D21S111, dan FGA. Sintesis
primer dan amplifikasi sampel ketiga lokus dengan
PCR telah menunjukkan hasil yang positif dengan
elektroforesis gel agarosa. Pola alel berpasangan
yang paling variatif dipilih dengan tujuan mencari
lokus-lokus tertentu yang memiliki kemampuan
diskriminatif yang baik sehingga dengan
menggunakan pola daerah hipervariabel mtDNA
yang dilengkapi dengan beberapa lokus STR
identitas seseorang dapat ditentukan. Lokus STR
yang diujikan diusahakan seminimal mungkin
dengan tujuan efisiensi analisis. Lokus FGA dipilih
dari sembilan lokus yang dianalisis karena memiliki
seri alel berpasangan yang diamati dengan jumlah
terbesar, lokus D21S111 dipilih karena memiliki seri
alel berpasangan yang diamati terbesar kedua dan
memiliki seri alel berpasangan secara teoritis yang lebih besar dari
D18S51 dan lokus D8S1179 memiliki seri alel berpasangan terbesar
ketiga. Tiga buah lokus yang dipilih merupakan lokus-lokus yang
memiliki variasi seri alel berpasangan baik yang teramati maupun
secara teoritis paling tinggi dan diperkirakan dengan besarnya seri alel
berpasangan secara teoritis maka di luar populasi data yang diolah
terdapat seri-seri alel berpasangan yang lain sehingga nilai variasinya
akan tinggi. Variasi seri alel berpasangan yang tinggi akan dapat
mempertinggi kemampuan diskriminasi dua individu segaris ibu.
Diharapkan metoda gabungan antara mtDNA dengan tiga lokus STR
dapat digunakan untuk membedakan individu-individu yang memilki
pola mtDNA yang sama.

ITB Central Library

This study investigated the use of human short tandem repeat (SIR) or
microsatellite loci markers for assessing paternity and genetic
structure of pig-tailed macaques (Macaca nemestrina) breeding colony.
Four human microsatellite primer pairs located at human map position
D1S548, D3S1768, D5S820, and D2S1777, were amplified by
polymerase chain reaction (PCR) for pig-tailed macaques. Four loci

were found to be clearly and reliably amplified, and three loci


exhibited high levels of genetic heterogeneity. These
loci were sufficiently informative to differentiate
discretely between related and unrelated pairs.
Perpustakaan unika atmajaya
Di balik Teknologi Tes DNA
Kata Kunci: DNA, forensik, tes
Ditulis oleh Sinly Evan Putra pada 18-08-2008

Sekarang ini istilah tes DNA sudah sangat familiar di tengah


masyarakat Indonesia. Dari peristiwa bom Bali pada tahun 2002
sampai dengan perstiwa yang sekarang sedang hangatnya diberitakan
adalah kasus pembunuhan berantai 11 orang oleh Very Idham
Henniansyah atau dikenal dengan nama Ryan Sang Penjagal di
Jombang Jawa Timur. Dari berbagai kasus ini, terlihat bahwa terdapat
kesulitan dalam mengidentifikasi identitas korban/mayat secara fisik
ataupun biometri, yang disebabkan kondisi tubuh mayat yang telah
rusak atau hancur. Untuk itu, identifikasi dengan metode tes DNA
menjadi mencuat.

Tes DNA

DNA atau DeoxyriboNucleic Acid merupakan asam


nukleat yang menyimpan semua informasi tentang
genetika. DNA inilah yang menentukan jenis rambut,
warna kulit dan sifat-sifat khusus dari manusia. DNA
ini akan menjadi cetak biru (blue print) ciri khas
manusia yang dapat diturunkan kepada generasi
selanjutnya. Sehingga dalam tubuh seorang anak
komposisi DNA nya sama dengan tipe DNA yang
diturunkan dari orang tuanya. Sedangkan tes DNA
adalah metode untuk mengidentifikasi fragmen-
fragmen dari DNA itu sendiri. Atau secara
sederhananya adalah metode untuk
mengidentifikasi, menghimpun dan menginventarisir
file-file khas karakter tubuh.

Tes DNA umumnya digunakan untuk 2 tujuan yaitu


(1) tujuan pribadi seperti penentuan perwalian anak
atau penentuan orang tua dari anak dan (2) tujuan
hukum, yang meliputi masalah forensik seperti
identifikasi korban yang telah hancur, sehingga
untuk mengenali identitasnya diperlukan pencocokan
antara DNA korban dengan terduga keluarga korban
ataupun untuk pembuktian kejahatan semisal dalam
kasus pemerkosaan atau pembunuhan. Hampir
semua sampel biologis tubuh dapat digunakan untuk
sampel tes DNA, tetapi yang sering digunakan
adalah darah, rambut, usapan mulut pada pipi
bagian dalam (buccal swab), dan kuku. Untuk kasus-
kasus forensik, sperma, daging, tulang, kulit, air liur
atau sampel biologis apa saja yang ditemukan di
tempat kejadian perkara (TKP) dapat dijadikan
sampel tes DNA.
DNA yang biasa digunakan dalam tes ada dua yaitu
DNA mitokondria dan DNA inti sel. Perbedaan kedua
DNA ini hanyalah terletak pada lokasi DNA tersebut
berada dalam sel, yang satu dalam inti sel sehingga
disebut DNA inti sel, sedangkan yang satu terdapat
di mitokondria dan disebut DNA mitokondria. Untuk
tes DNA, sebenarnya sampel DNA yang paling akurat
digunakan dalam tes adalah DNA inti sel karena inti
sel tidak bisa berubah. DNA dalam mitokondria dapat
berubah karena berasal dari garis keturunan ibu
yang dapat berubah seiring dengan perkawinan
keturunannya. Sebagai contoh untuk sampel sperma
dan rambut. Yang paling penting diperiksa adalah
kepala spermatozoanya karena didalamnya terdapat
DNA inti, sedangkan untuk potongan rambut yang
paling penting diperiksa adalah akar rambutnya.
Tetapi karena keunikan dari pola pewarisan DNA
mitokondria menyebabkan DNA mitokondria dapat
dijadikan sebagai marka (penanda) untuk tes DNA
dalam upaya mengidentifikasi hubungan
kekerabatan secara maternal.

Untuk akurasi kebenaran dari tes DNA hampir


mencapai 100% akurat. Adanya kesalahan bahwa
kemiripan pola DNA bisa terjadi secara random
(kebetulan) sangat kecil kemungkinannya, mungkin
satu diantara satu juta. Jikapun terdapat kesalahan
itu disebabkan oleh faktor human error terutama
pada kesalahan interprestasi fragmen-fragmen DNA
oleh operator (manusia). Tetapi dengan menerapkan
standard of procedur yang tepat kesalahan human
error dapat diminimalisir atau bahkan ditiadakan.

Metode Tes DNA

Metode tes DNA yang umumnya digunakan di dunia


ini masih menggunakan metode konvensional yaitu
elektroforesis DNA. Sedangkan metode tes DNA yang
terbaru adalah dengan menggunakan kemampuan
partikel emas berukuran nano untuk berikatan
dengan DNA. Metode ini ditemukan oleh dua orang
ilmuwan Amerika Serikat yaitu Huixiang Li dan Lewis
Rothberg.

Prinsip metode ini adalah mempergunakan untai


pendek DNA yang disebut Probe yang telah diberi zat
pendar. Probe ini dirancang spesifik untuk gen
sampel tertentu dan hanya akan
menempel/berhibridisasi dengan DNA sampel
tersebut. Partikel emas berukuran nano dalam
metode ini berperan dalam mengikat Probe yang
tidak terhibridasi. Pendeteksian dilakukan dengan
penyinaran pada panjang gelombang tertentu.
Keberadaan DNA yang sesuai dengan DNA Probe
dapat dilihat dari pendaran sampel tersebut. Jumlah
DNA target tersebut kira-kira berbanding lurus
terhadap intensitas pendaran sinar yang dihasilkan.

Keunggulan metode ini dibandingkan dengan metode


konvensional adalah pada kecepatan dan harganya
yang jauh lebih cepat dan murah dibandingkan
metode elektroforesis DNA. Tetapi karena metode ini
masih tergolong baru, sehingga masih dalam
pengembangan di Amerika Serikat, sehingga untuk
penguna (user) di Indonesia, sekarang ini belum
dapat memanfaatkan fasilitas tersebut, karena
memang belum terdapat di Indonesia.

Tahapan Metode Tes DNA

Di Indonesia, terdapat dua laboratorium yang dapat


melayani user dalam tes DNA yaitu Laboratorium
Pusdokkes Polri Jakarta Timur dan di Lembaga Bio
Molekuler Eijkman Jakarta Pusat. Untuk di Lembaga
Eijkman, biaya per paket tes DNA adalah berkisar Rp.
7,5 Juta dengan hasil tes yang dapat diperoleh dalam
12 hari kerja terhitung dari tanggal diterimanya
sampel.

Untuk metode tes DNA di Indonesia, masih


memanfaatkan metode elektroforesis DNA. Dengan
intreprestasi hasil dengan cara menganalisa pola
DNA menggunakan marka STR (short tandem
repeats). STR adalah lokus DNA yang tersusun atas
pengulangan 2-6 basa. Dalam genom manusia dapat
ditemukan pengulangan basa yang bervariasi jumlah
dan jenisnya. Dengan menganalisa STR ini, maka
DNA tersebut dapat diprofilkan dan dibandingkan
dengan sampel DNA terduga lainnya.

Dari berbagai literatur yang penulis pelajari, pada


dasarnya tahapan metode tes DNA dengan cara
elektroforesis meliputi beberapa tahapan berikut
yaitu pertama tahapan preparasi sampel yang
meliputi pengambilan sampel DNA (isolasi) dan
pemurnian DNA. Dalam tahap ini diperlukan
kesterilan alat-alat yang digunakan. Untuk sampel
darah, dalam isolasinya dapat digunakan bahan
kimia phenolchloroform sedangkan untuk sampel
rambut dapat digunakan bahan kimia Chilex.
Selanjutnya DNA dimurnikan dari kotoran-kotoran
seperti protein, sel debris, dan lain lain. Untuk
metode pemurnian biasanya digunakan tehnik
sentrifugasi dan metode filtrasi vakum. Tetapi
berbagai ilmuwan telah banyak meninggalkan cara
tersebut dan beralih ke produk-produk pemurnian
yang telah dipasarkan seperti produk butir magnet
dari Promega Corporation yang memanfaatkan silica-
coated paramagnetic resin yang memungkinkan
metode pemisahan DNA yang lebih sederhana dan
cepat.

Tahapan selanjutnya adalah memasukan sampel


DNA yang telah dimurnikan kedalam mesin PCR
(polymerase chain reaction) sebagai tahapan
amplifikasi. Hasil akhir dari tahap amplifikasi ini
adalah berupa kopi urutan DNA lengkap dari DNA
sampel. Selanjutnya kopi urutan DNA ini akan
dikarakterisasi dengan elektroforesis untuk melihat
pola pitanya. Karena urutan DNA setiap orang
berbeda maka jumlah dan lokasi pita DNA (pola
elektroforesis) setiap individu juga berbeda. Pola pita
inilah yang disebut DNA sidik jari (DNA finger print)
yang akan dianalisa pola STR nya. Tahap terakhir
adalah DNA berada dalam tahapan typing, proses ini
dimaksudkan untuk memperoleh tipe DNA. Mesin
PCR akan membaca data-data DNA dan
menampilkannya dalam bentuk angka-angka dan
gambar-gambar identfikasi DNA. Finishing dari tes
DNA ini adalah mencocokan tipe-tipe DNA.

Penutup

Tes DNA yang dilakukan di Indonesia jika menilik dari


faktor waktu, tergolong sangat lama. Diperkirakan
memerlukan waktu sampai 12 hari kerja atau hampir
dua minggu. Untuk masalah waktu ini, penulis sering
mendengar dari berita TV termasuk berita
pembunuhan berantai oleh Ryan, banyak dari
keluarga korban Ryan yang terpaksa "menjerit"
karena mayat keluarga mereka tidak dapat
dikuburkan secara cepat dan terpaksa berdiam di
kamar mayat selama lebih dari 1 minggu,
dikarenakan harus menunggu tes DNA terlebih
dahulu.
Hal ini berbanding jauh terbalik dengan waktu yang
seharusnya selesai. Dari literatur yang pernah
penulis baca, untuk tes DNA dengan metode
elektroforesis DNA, jika dikerjakan secara cepat dan
tepat dapat selesai dalam tempo 1 jam. Dan dari
literatur lain menyebutkan untuk di Amerika Serikat,
hasil tes DNA sudah dapat diketahui dalam waktu 3-5
hari kerja. Tetapi bagaimanapun untuk di Indonesia,
mungkin masalah waktu ini masih dapat dimaklumi
karena sangat terbatasnya instansi yang dapat
melayani tes DNA. Tetapi bagaimanapun kecepatan
dan ketepatan tes DNA di Indonesia seyogyanya
dapat terus ditingkatkan.

www.chem-is-try.org/artikel.../di-balik-teknologi-tes-
dna/ -