Prokaryotes: Open Reading

Frame
Praktikum 3 Bioinformatika
 Prokaryotes
• Gene tidak saling tumpang tindih
• Memiliki genome tunggal, molekul DNA sirkular
• Gene ditranskripsi (mRNA) tepat setelah daerah
promotor
• Sekuen genom kolinear dengan mRNA. Dengan kata
lain gene berada pada satu potongan, tidak terpotong
dengan daerah noncoding (intron)
• Sekuens protein berasal dari translasi ORF (dari ATG
hingga daerah sebelum STOP kodon)
• Daerah ORF umumnya memiliki jumlah >300 bp,
(sedikit yang kurang dari 100bp)
 Hubungan antara gen, mRNA, dan
sekuen protein
GENE
RBS
Promoter

ATG STOP
mRNA
ORF

PROTEIN
ORF: Bagian sekuens DNA yang akan ditranslasi menjadi
sekuen protein, tanpa mengandung STOP kodon
 Tujuan
• MEMPELAJARI DATA BASE GENOME
• MENCARI DAERAH ORF PADA GENOME
PROKARIOT

Untuk referensi materi praktikum baca :

Bioinformatics for dummies mengenai pencarian ORF pada BAB 5
 Retrieve : Data genome
1

1. Klik genome

2. Klik microbial
Genome project
 Retrieve microbial genome data

CARI & PILIH ORGANISM : Ralstonia eutropha JMP 134

 DATA GENOME DARI Ralstonia eutropha

GENOME INFORMATION : GENBANK

& REFSEQ
BUKA TAB BARU
- Ketik alamat:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/orfig.cgi
ORF Finder

Ketik no. accssion :

CP00093 atau copy-paste
sequence _ FASTA format
 OUTPUT DARI ORF (OPEN READING
1 2

Gerakkan kursor hingga kotak (berwarna), output

informasi detail tentang ORF (daerah gen yang
diekspresikan)

FRAME : +1, +2, -3 DST artinya

posisi pembacaan tricodon yang
berbeda
9
 Situs website - Bioinformatika
Genome database. http://www.jgi.doe.gov/

10
- Microbial database. http://www.tigr.org

11