Kromosom, gen,DNA, sinthesis 

protein dan regulasi 

Oleh:
Fatchiyah dan Estri Laras Arumingtyas

Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler

Universitas Brawijaya

Malang 2006
 2.1.Pendahuluan

Era penemuan materi genetik telah dibuka oleh F Miescher dengan

menggunakan mikroskop sederhana, dia telah menetapkan bahwa bahan aktif

yang ada di dalam nukleus disebut sebagai nuclein. Peneliti ini belum bisa

menetapkan apakah nuclein ini kromosom ataukah DNA. Kromosom ditemukan

pada awal abad ke 19 merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel

eukariot yang nampak pada saat sel mulai membelah. Kromosom berjumlah

diploid pada setiap selnya, dan pada

autosomal maupun seks-kromosom

membawa gen-gen yang berpasangan,

kecuali pada kromosom-Y.

Gambar 1. Diagram skematik kromosom,

gene dan struktur heliks
DNA.

Gena adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam

material genetik organisme, yang kita kenal sebagai molekul DNA, atau RNA

pada beberapa virus, dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal

atau eksternal seperti perkembangan fisik atau perilaku dari organisme itu.

Gena tersusun atas daerah urutan basa nukleotida baik yang mengkode suatu

informasi genetik (coding-gene region as exon) dan juga daerah yang tidak

mengkode informasi genetik (non-coding-gene region as intron), hal ini

penting untuk pembentukan suatu protein yang fungsinya diperlukan di

tingkat sel, jaringan, organ atau organisme secara keseluruhan.

Molekul DNA membawa informasi hereditas dari sel dan komponen

protein (molekul-molekul histon) dari kromosom mempunyai fungsi penting

dalam pengemasan dan pengontrolan molekul DNA yang sangat panjang

sehingga dapat muat didalam nucleus dan mudah diakses ketika dibutuhkan.

Selama reproduksi, Jumlah kromosom yang haploid dan material genetik DNA

hanya separoh dari masing-masing parental, dan disebut sebgai genom.

2.2 Struktur DNA

Pada tahun 1953, James Watson and Francis Crick telah membuka

wawasan baru tentang penemuan model struktur DNA. Publikasi dari model

double heliks DNA ini disusun berdasarkan penemuan:

1. Penemuan struktur asam nukleat dari Pauling & Corey

2. Pola difraksi DNA (Single-crystal X-ray analysis) dari Wilkins &

Franklin

3. Pola perbandingan jumlah A-T, G-C (1:1) dari Chargaff atau dikenal

sebagai Hukum Ekivalen Chargaff:

· Jumlah purin sama dengan pirimidin

· Banyaknya adenin sama dengan timin, juga jumlah glisin sama

dengan sitosin.

DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara

kovalen membentuk rantai polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA)

dengan tulang punggung gula-fosfat tempat melekatnya basa-basa. Dua

rantai polinukleotida saling berikatan melalui ikatan hydrogen antara basa-

basa nitrogen dari rantai yang berbeda. Semua basa berada di dalam double

helix dan tulangpunggung gula-fosfat berada di bagian luar. Purin selalu

berpasangan dengan pirimidin (A-T, G-C). Perpasangan secara komplemen

tersebut memungkinkan pasangan basa dikemas dengan susunan yang paling

sesuai. Hal ini bisa terjadi bila kedua rantai polinukleotida tersusun secara

antiparalel.

Gambar2. Struktur basa pirimidine (Cytosine, Thimine, Urasil), purine

(Adenine, Guanine), Gula pentosa, ribonucleic acid, dan
deoxyribonucleic acid.
 B 
A 

Gambar 3. Pembentukan secara skematik struktur dsDNA dari gula

fosfat sebagai ‘backbone‛ dan basa nukleotida (A). Dua ikatan
hidrogen dari AT dan 3 ikatan hidrogen untuk GC (B).

Untuk memaksimumkan pengemasan

pasangan basa tersebut, kedua tulangpunggung

gula-fosfat tersebut berpilin membentuk

double heliks, dengan satu putaran

komplementer setiap 10 pasang basa. Polaritas

dari rantai DNA ditunjukkan dengan sebutan

ujung 5‛ dan ujung 3‛. Arah pembacaan basa

nukleotida dari ujung-5‛ menuju ujung-3‛. 

Gambar 4. Bentuk skematik

double-helix DNA
 Gambar 4. Jarak antara basa nukleotida dan lekukan minor dan major dari
Jarakmolekul
antara dsDNA
nukleotida satu dengan berkutnya adalah 3.4 nm. Ujung

3‛ membawa gugus –OH bebas pada posisi 3‛ dari cincin gula, dan ujung 5‛

membawa gugus fosfat bebas pada posisi 5‛ dari cincin gula.

DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena masing-masing

untai mengandung sekuen nukleotida yang persis berkomplemen dengan

sekuen untai pasangannya.

Masing-masing untai dapat

berperan sebagai cetakan

untuk sintesis dari untai

komplemen baru yang identik

dengan pasangan awalnya.

Gambar 4. Proses replikasi sederhana
molekul DNA.
2.3 Sintesis Protein

Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Seperti

kita ketahui DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada di

kromosom dan terikat oleh protein histon. Saat menjelang proses transkripsi

berjalan, biasanya didahului signal dari luar akan kebutuhan suatu protein

atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan,

metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan. Kemudian RNA

polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari gen yang akan

ditranskripsi. Kemudian RNA polymerase ini akan menempel (binding) di

daerah promoter spesifik dari gene yang akan disintesis proteinnya, daerah

promoter ini merupakan daerah consesus sequences, pada urutan -10 dan -35

dari titik inisiasi (+1) yang mengandung urutan TATA-Box sebagai basal

promoter. Setelah itu, polimerase ini akan membuka titik inisiasi (kodon ATG)

dari gene tersebut dan mengkopi semua informasi secara utuh baik daerah

exon maupun intron, dalam bentuk molekul immature mRNA (messenger RNA).

Kemudian immature mRNA ini diolah pada proses splicing dengan

menggunakan smallnuclearRNA (snRNA) complex yang akan memotong hanya

daerah intron, dan semua exon akan disambungkan menjadi satu urutan gen

utuh tanpa non-coding area dan disebut sebagai mature mRNA.

Pada tahap berikutnya, mRNA ini diproses lebih lanjut pada proses

translasi di dalam ribosom, dalam tiga tahapan pokok yaitu inisiasi sebagai

mengawali sintesis polipeptida dari kodon AUG yang ditranslasi sebagai asam

amino methionine. Proses ini berlangsung dengan bantuan initiation factor

(IF-1, IF-2 dan IF3) dan enzim  tRNA-methionine synthethase (pada bakteri

diawali oleh formylmethionine) sehingga  tRNA dan asam amino methionine

membentuk ikatan cognate dan bergerak ke ribosom tempat sintesis protein

berlangsung. Langkah selanjutnya adalah elongasi atau pemanjangan

polpeptida sesuai denga urutan kodon yang dibawa oleh mRNA.

Gambar5. Proses splicing dari pematangan mRNA.

Pada proses elongasi ini diperlukan elongation factor complex. Seperti

juga proses inisiasi enzim  tRNA-amino acid synthethase berperan dalam

pembentukan cognate antara  tRNA dan asam amino lainya dari sitoplasma

yang sesuai dengan urutan kodon mRNA tersebut. Proses elongasi akan

berhenti sampai kodon terminasi dan poly-adenyl (poly-A), dan diakhiri

sebagai proses terminasi yang dilakukan oleh rho-protein. Polipeptida akan

diproses sebagai molekul protein yang fungsional setelah melalui proses post-

translation di retikulum endoplasmik (RE) hingga tingkat jaringan.

2.4 Regulasi gen

Sebelum penemuan DNA, telah diketahui bahwa gen adalah unit fisik

dan fungsional dari hereditas yang mengandung informasi untuk sintesis

protein. Jadi gen mengandung informasi hereditas. Gen-gen membawa

informasi yang harus dikopi secara akurat untuk ditransmisikan kepada

generasi berikutnya. Sekarang pertanyaannya adalah bagaimana suatu

informasi dapat diformulasikan dalam bentuk molekul kimia? Bagaimana

molekul tersebut dapat dikopi secara akurat? Pada tahun 1940-an, peneliti

menemukan bahwa informasi genetik terutama terdiri dari instruksi untuk

membentuk protein. Protein adalah molekul makro yang berperan dalam

hampir semua fungsi sel yaitu: sebagai bahan pembangun struktur sel dan

membentuk enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi kimia di dalam sel;

meregulasi ekspresi gen, memungkinkan sel untuk bergerak dan

berkomunikasi antar sel.

Jadi fungsi paling penting dari DNA adalah membawa gen yang

mengandung informasi yang menentukan jenis protein yang harus disintesis,

kapan, dalam tipe sel yang mana, dan seberapa banyak jumlah protein yang

harus disintesis.

Gambar 6. Proses sintesis protein pada prokariota.

Dengan semakin berkembangnya pengetahuan molekuler maka definisi

dari gen adalah :

• Keseluruhan sekuen asam nukleat yang dapat ditranskrip menjadi RNA

fungsional dan protein, pada waktu dan tempat yang tepat selama

pertumbuhan dan perkembangan oraganisma.

 • Komposisi gen adalah: daerah pengkode (exon and intron) yang

mengkode RNA atau protein + sekuen-sekuen pengaturan (Regulatory

sequences: termasuk. promoter yang menginisiasi terjadinya

transkripsi, enhancer/silencer yang menentukan tinggi rendahnya

aktivitas transkripsi, polyadenylation site, splicing sites serta signal

terminasi transkripsi).

• Produk gen : 

­  RNA yang kemudian ditranslasi menjadi protein 

­  Hanya RNA seperti rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA dan miRNA

• Satu gen mempunyai potensi menghasilkan banyak produk karena

adanya : 

­  promoter-promoter yang berbeda 

­  alternative splicing

Gambar 7. Daerah regulasi gen, exon, intron, dan signal akhir proses
Transkripsi dari gen prokariota dan eukaryota.