Kromosom adalah suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di mana informasi

genetik dalam sel disimpan. Kata kromosom berasal dari kata khroma yang berarti
warna dan soma yang berarti badan Kromosom terdiri atas dua bagian, yaitu
sentromer / kinekthor yang merupakan pusat kromosom berbentuk bulat dan lengan
kromosom yang mengandung kromonema & gen berjumlah dua buah (sepasang).

1. Eukariot: merupakan kelompok yang memiliki sel dengan kompartemen

yang dikelilingi membrane (membrane-bound compartments) termasuk
nukleus, organel-organel seperti mitokondria, kloroplas dan lain-lain.
Termasuk ke dalam eukariot adalah hewan, tanaman, fungi dan protozoa.
2. Prokariot: merupakan kelompok yang selnya tidak memiliki kompartemen
internal. Terdapat dua kelompok dalam prokariot yang dibedakan
berbdasarkan karakteristik gentik dan biokimia yaitu:

Struktur Molekuler Kromosom Prokariot

Gambaran umum genom prokariot dapat diwakili oleh kromosom E. coli, yang
merupakan gulungan DNA tunggal berbentuk sirkuler tertutup sepanjang 4,6 x 106
pb. DNA tersebut dikemas di suatu tempat di dalam sel yang dinamakan nukleoid.
Di tempat ini terdapat konsentrasi DNA yang sangat tinggi, mungkin mencapai 30
hingga 50 mg/ml, dan semua protein yang berhubungan dengan DNA seperti
polimerase, represor, dan lain sebagainya.

Percobaan-percobaan yang memungkinkan isolasi DNA E. coli dari semua protein

yang melekat padanya serta pengamatan melalui mikroskop elektron dapat
menunjukkan satu tingkat organisasi nukleoid. Ternyata, DNA terdiri atas 50
hingga 100 domain atau kala (loop), yang ujung-ujungnya dipersatukan oleh
suatu struktur yang diduga terdiri atas protein-protein terikat membran plasma
(Gambar 3.1). Masing-masing kala tersebut berukuran lebih kurang 50 hingga 100
kb. Belum diketahui apakah kala bersifat statis atau dinamis, tetapi ada satu model
yang menyebutkan bahwa DNA mungkin berputar-putar melalui struktur
pemersatu yang ada di dasar kala tersebut.

Gambar 3.1. Struktur skematik kromosom E. coli

Kromosom E. coli secara keseluruhan mengalami superkoiling negatif

(berkebalikan dengan arah putaran heliks untai ganda DNA) meskipun
ada bukti bahwa masing-masing domain dapat mengalami superkoiling
secara independen. Bahkan, gambaran mikrograf elektron menunjukkan
bahwa beberapa domain tidak mengalami superkoiling, mungkin karena
salah satu untai DNAnya patah.

Protein-protein terikat membran plasma yang terdapat pada struktur

pemersatu domain ada beberapa macam. Protein yang paling banyak
dijumpai adalah HU, suatu protein dimerik (mempunyai dua subunit) yang
bersifat basa dan H-NS (dulu disebut H1), suatu protein monomerik netral.
Kedua-duanya mengikat DNA secara nonspesifik dalam arti tidak
bergantung kepada sekuens tertentu, dan sering dikatakan sebagai
protein mirip histon. Akibat pengikatan oleh kedua protein tersebut DNA
menjadi kompak. Hal ini sangat penting bagi pengemasan DNA di dalam
nukleoid dan stabilisasi superkoiling kromosom.

Struktur Molekuler Kromosom Eukariot

Berbeda dengan DNA prokariot yang berbentuk sirkuler tertutup, DNA

eukariot merupakan molekul linier yang sangat panjang. Panjang DNA
eukariot di dalam nukleus jauh melebihi ukuran nukleus itu sendiri. Oleh
karenanya, agar dapat dikemas di dalam nukleus, DNA harus
dimampatkan dengan suatu cara. Derajad pemampatan (kondensasi)
DNA dinyatakan sebagai nisbah pengepakan (packing ratio)-nya, yaitu
panjang molekul DNA dibagi dengan panjang pengepakannya. Sebagai
contoh, kromosom manusia yang terpendek, yaitu kromosom nomor 21,
berisi 4,6 x 107 pb DNA (sekitar 10 kali ukuran genom E. coli). Ukuran
DNA kromosom ini setara dengan panjang 14.000 μm jika DNA ditarik
lurus. Pada kondisi yang paling mampat, yaitu selama mitosis, kromosom
tersebut panjangnya hanya sekitar 2 μm. Angka ini memberikan nisbah
pengepakan sebesar 7.000 (14.000/2).

Untuk mencapai nisbah pengepakan totalnya, DNA tidak langsung

dikemas ke dalam struktur terakhirnya (kromatin). Pengemasan DNA
dilakukan melalui sejumlah tingkatan organisasi kromosom. Tingkatan
yang pertama diperoleh ketika DNA melilit-lilit di sekeliling sumbu protein
sehingga menghasilkan struktur seperti manik-manik yang disebut
nukleosom. Pada tingkatan ini terdapat nisbah pengepakan sebesar 6.
Tingkatan yang kedua adalah pemutaran sejumlah nukleosom
membentuk struktur heliks yang disebut serabut 30 nm. Struktur serabut
30 nm dijumpai baik pada kromatin interfase maupun pada kromosom
mitosis. Dengan struktur ini nisbah pengepakan DNA meningkat menjadi
sekitar 40. Pengemasan terakhir terjadi ketika serabut 30 nm tersusun
dalam sejumlah kala, struktur tangga, dan domain, yang memberikan
nisbah pengepakan tertinggi sebesar lebih kurang 1.000 pada kromatin
interfase dan 10.000 pada kromosom mitosis.

Kromosom eukariot terdiri atas suatu kompleks DNA-protein yang

tersusun sangat kompak sehingga memungkinkan DNA yang ukurannya
begitu panjang tersimpan di dalam nukleus. Istilah bagi struktur dasar
kromosom adalah kromatin, sedangkan satuan dasar kromatin adalah
nukleosom. Dengan demikian, kromatin merupakan satuan analisis
kromosom yang menggambarkan struktur umum kromosom.
Nukleosom

Nukleosom dijumpai pada semua kromosom eukariot. Telah dikatakan di

atas bahwa nukleosom merupakan struktur yang paling sederhana dalam
pengemasan DNA eukariot. Pengemasan terjadi dengan cara pelilitan
DNA di sekeliling sumbu nukleosom, yang merupakan oktamer protein
basa berukuran kecil dan disebut histon sumbu. Protein histon sumbu ini
bersifat basa atau bermuatan positif karena banyak mengandung asam
amino arginin dan lisin.

Ada empat macam histon sumbu yang menyusun sumbu nukleosom, yaitu
H2A, H2B, H3, dan H4. Keempat macam histon ini berada dalam bentuk
oktamer karena masing-masing terdiri atas dua molekul. Selain itu, ada
satu macam histon lagi, yaitu H1, yang letaknya bukan di sumbu
nukleosom, melainkan di bagian tepi nukleosom. Dengan adanya molekul
H1 ini, ukuran nukleosom menjadi lebih besar 20 pb dan biasanya disebut
dengan kromatosom.

Setiap untai DNA sepanjang 146 pb mengelilingi satu sumbu nukleosom,

sementara bagian-bagian DNA lainnya menjadi penghubung (linker)
antara satu sumbu nukleosom dan sumbu nukleosom berikutnya. Pelilitan
DNA di sekeliling sumbu nukleosom berlangsung dengan arah ke kiri atau
terjadi superkoiling negatif. Pelilitan terjadi demikian kuat karena DNA
bermuatan negatif, sedangkan histon sumbu bermuatan positif.

Gambar 3.2. Struktur skematik nukleosom dan kromatosom

Serabut 30 nm

Telah dikatakan di atas bahwa terbentuknya rangkaian heliks nukleosom secara

keseluruhan terlihat sebagai serabut dengan diameter 30 nm yang dikenal sebagai
serabut 30 nm (Gambar 3.3). Keberadaan histon H1 berfungsi menstabilkan
struktur serabut 30 nm. Hal ini didukung oleh bukti percobaan bahwa
penghilangan histon tersebut dari kromatin ternyata tidak dapat mempertahankan
struktur serabut 30 nm meskipun struktur nukleosomnya tetap dipertahankan.

Hasil studi menggunakan mikroskop elektron menunjukkan bahwa nukleosom-

nukleosom di dalam serabut 30 nm membentuk heliks yang berputar ke arah kiri
dengan jumlah nukleosom sebanyak enam buah tiap putaran. Meskipun demikian,
organisasi struktur serabut 30 nm yang tepat sebenarnya masih berupa suatu
perkiraan.

Struktur kromatin yang tertinggi

Organisasi kromatin pada tingkatan yang paling tinggi nampak agak menyerupai
struktur DNA prokariot. Hasil pengamatan menggunakan mikroskop elektron
terhadap kromosom eukariot yang telah dibersihkan dari protein-protein histonnya
memperlihatkan gambaran struktur domain (kala) seperti pada kromosom
prokariot (Gambar 3.1). Bahkan, ukuran tiap kalanya pun lebih kurang sama,
yaitu hingga sekitar 100 kb. Meskipun demikian, pada kromosom eukariot
terdapat lebih banyak kala.

Kala-kala tersebut dipersatukan oleh kompleks protein yang dinamakan matriks

nuklear. DNA di dalam kala berada dalam bentuk serabut 30 nm, dan kala-kala
tersebut membentuk susunan yang membentang sekitar 300 nm (Gambar 3.4).

Gambar 3.3. Struktur skematik serabut 30 nm

Gambar 3.4. Organisasi serabut 30 nm ke dalam domain kromosom

Kromosom mitosis

Gambaran fisik kromosom eukariot yang dapat kita lihat dengan jelas adalah
ketika kromosom mengalami kondisi yang paling mampat pada tahap mitosis,
khususnya metafase. Pada waktu kromosom-kromosom hasil replikasi ditarik ke
dua kutub yang berlawanan, DNA kromosom yang mempunyai nisbah aksial
sangat tinggi (sangat tipis memanjang) seharusnya akan terpotong-potong oleh
kekuatan penarikan tersebut. Namun, tidaklah demikian kenyataannya. Hal ini
karena, seperti telah disinggung di atas, DNA kromosom eukariot telah mencapai
nibah pengepakan yang paling tinggi.

Gambar 3.5. Struktur kromosom mitosis

Sentromir

Sentromir merupakan daerah pada kromosom eukariot yang mengalami

penyempitan dan menjadi tempat bersatunya dua kromatid kembar
(kromosom hasil replikasi) pada saat metafase. Di dalam sentromir terjadi
perakitan kinetokor, suatu kompleks protein yang berikatan dengan
mikrotubulus dari benang spindel. Mikrotubulus akan bekerja memisahkan
kromatid kembar pada anafase. Oleh karena itu, dengan adanya
sentromir, segregasi kromatid kembar ke masing-masing kutub sel dapat
berlangsung dengan tepat.

DNA pada sentromir khamir diketahui hanya terdiri atas suatu sekuens
pendek (88 pb) yang kaya akan AT dan diapit oleh dua sekuens
konservatif (selalu tetap) yang sangat pendek. Sementara itu, DNA pada
sentromir mamalia berupa sekuens yang agak lebih panjang dan diapit
oleh sejumlah besar sekuens repetitif (berulang) yang disebut dengan
DNA satelit.

Telomir
Telomir adalah ujung kromosom eukariot yang sekaligus juga merupakan
ujung molekul DNA. Sebuah telomir terdiri atas beratus-ratus salinan
(copy) sekuens pendek repetitif yang disintesis oleh enzim telomerase
dengan mekanisme yang tidak bergantung kepada replikasi DNA biasa.
Pada manusia, misalnya, sekuens ini berupa 5’-TTAGGG-3’.

DNA telomerik membentuk struktur sekunder tertentu, yang fungsinya

untuk melindungi ujung kromosom dari degradasi. Sintesis DNA telomerik
yang bersifat independen dari replikasi DNA lainnya akan mengimbangi
terjadinya pemendekan kromosom secara bertahap. Pemendekan itu
sendiri terjadi karena ketidakmampuan replikasi biasa untuk menyintesis
bagian yang paling ujung pada suatu molekul DNA linier.

Kromosom interfase

Pada waktu interfase, gen-gen di dalam kromosom mengalami transkripsi.

Demikian pula, replikasi DNA berlangsung. Selama kurun waktu tersebut,
yang merupakan bagian terbesar di antara tahapan-tahapan daur sel,
kromosom mempunyai struktur yang sangat baur dan tidak dapat dilihat
satu demi satu. Meskipun demikian, diyakini bahwa kala-kala kromosomal
seperti pada Gambar 3.4. tetap ada dan terikat pada matriks nuklear.

Heterokromatin

Bagian kromatin yang selama interfase tetap nampak sangat kompak

meskipun tidak sekompak ketika metafase dinamakan heterokromatin.
Jika diamati di bawah mikroskop, heterokromatin terlihat sebagai daerah
yang gelap di bagian tepi nukleus. Dewasa ini telah diketahui bahwa
heterokromatin berisi sejumlah sekuens repetitif yang secara genetik tidak
aktif atau tidak banyak mengalami transkripsi. Diyakini bahwa kebanyakan
heterokromatin terdiri atas DNA satelit yang letaknya berdekatan dengan
sentromir. Meskipun demikian, dalam kasus tertentu seluruh kromosom
bisa saja berupa heterokromatin, misalnya salah satu dari dua kromosom
X pada mamalia betina.

Eukromatin

Eukromatin adalah bagian kromatin yang berisi sekuens-sekuens

nonrepetitif (tunggal, tidak berulang) yang secara genetik sangat aktif atau
banyak mengalami transkripsi. Kenampakannya tidak sejelas
heterokromatin. Meskipun demikian, eukromatin tidaklah homogen
sempurna. Masih banyak juga daerah-daerah yang secara genetik relatif
inaktif. Hanya sekitar 10% di antaranya merupakan daerah dengan gen-
gen yang sedang dan akan ditranskripsi. Di daerah semacam ini serabut
30 nm mengalami disosiasi menjadi struktur seperti tasbih. Bahkan,
beberapa bagian di antaranya kehilangan nukleosom. Diduga hal ini
dimaksudkan untuk memudahkan pengikatan faktor-faktor transkripsi dan
protein lainnya.

Sensitivitas kromatin terhadap enzim DNase I, yang memotong tulang

punggung molekul DNA kecuali jika DNA tersebut terlindungi oleh protein
yang terikat padanya, telah digunakan untuk memetakan daerah-daerah
yang aktif mengalami transkripsi. Daerah-daerah pendek yang
hipersensitif terhadap DNase I dianggap menggambarkan daerah yang
serabut 30 nm-nya diselingi oleh pengikatan suatu protein regulator
tertentu sehingga memperlihatkan DNA yang tebuka dan mudah diserang
oleh DNase I. Sementara itu, daerah sensitif yang lebih panjang
menggambarkan sekuens-sekuens yang mengalami transkripsi. Daerah-
daerah tersebut bevariasi di antara jenis sel yang berbeda, sesuai dengan
tempat gen yang akan diekspresikan pada sel tertentu.

Suatu modifikasi kimia penting yang diduga terlibat dalam sinyal

pengemasan kromosom di tempat gen-gen yang diekspresikan pada sel-
sel mamalia adalah metilasi atom C ke 5 pada basa sitosin (C) dengan
sekuens 5’-CG-3’, yang biasa dikenal sebagai metilasi CpG. Keberadaan
CpG biasanya relatif jarang karena 5-metil sitosin secara spontan akan
mengalami deaminasi menjadi timin. Metilasi CpG berkaitan dengan
daerah-daerah kromatin yang tidak aktif mengalami transkripsi. Akan
tetapi, ada daerah sepanjang lebih kurang 2 kb yang dinamakan
kepulauan CpG, yang berisi CpG yang tidak mengalami metilasi dan
ternyata sensitif terhadap DNase I. Kepulauan CpG menjadi tempat
pengikatan promoter gen-gen yang akan ditranskripsi.

Gambar 3.6. Eukromatin

Kompleksitas Genom Eukariot

Genom organisme eukariot dapat mengandung jumlah DNA lebih dari

1000 kali jumlah yang ada pada genom prokariot seperti E. coli. Akan
tetapi, banyaknya protein pada eukariot, misalnya manusia, tidaklah 1000
kali jumlah protein pada E. coli. Dengan demikian, dapat dipastikan bahwa
tidak semua sekuens DNA eukariot menyandi pembentukan protein.
Sekuens DNA eukariot yang tidak menyandi sintesis protein ini dinamakan
intron.

Intron akan menginterupsi daerah penyandi protein (coding sequence) di

dalam gen-gen eukariot sehingga sekuens gen-gen tersebut dapat
mencakup panjang beberapa kilobasa tetapi tidak semuanya merupakan
coding sequence. Hingga sekarang fungsi intron, kalau pun ada, tidak
diketahui. Hal yang pasti adalah bahwa kebanyakan intron terdiri atas
sejumlah pengulangan salinan beberapa macam sekuens yang serupa
atau sama. Salinan sekuens tersebut dapat dijumpai berurutan
(tandemly repeated) seperti pada DNA satelit yang ada di dekat
sentromir, atau tersebar (interspersed) di sepanjang genom, misalnya
pada elemen Alu pada genom manusia.

Kecepatan renaturasi atau kinetika reasosiasi sampel DNA kromosom

digambarkan sebagai kurva yang dikenal sebagai kurva Cot. Pemberian
nama ini berkaitan dengan variabel-variabel yang dihubungkan. Sumbu X
memetakan variabel yang merupakan hasil kali konsentrasi DNA awal (Co)
dengan waktu yang dibutuhkan untuk renaturasi (t). Sementara itu, sumbu
Y memetakan banyaknya fragmen DNA yang masih tetap berupa untai
tunggal (f).

Kurva Cot untuk DNA kromosom manusia memperlihatkan adanya tiga

fase, yaitu fase cepat, fase sedang, dan fase lambat. Fase cepat
menunjukkan bahwa fragmen-fragmen untai tunggal membawa sekuens
repetitif yang sangat banyak sehingga mudah sekali untuk mengalami
renaturasi. Fase sedang menunjukkan bahwa fragmen-fragmen untai
tunggal membawa sekuens repetitif dalam jumlah yang tidak terlalu besar
sehingga kecepatan renaturasinya pun sedang-sedang saja. Fase lambat
menunjukkan bahwa fragmen-fragmen untai tunggal sedikit sekali atau
sama sekali tidak membawa sekuens repetitif sehingga sangat sulit untuk
mengalami renaturasi. Dengan demikian, genom atau DNA kromosom
manusia dapat dibagi dalam tiga daerah, yaitu daerah dengan banyak
sekuens repetitif (highly repetitive DNA), daerah dengan beberapa
sekuens repetitif (moderately repetitive DNA), dan daerah dengan
sekuens unik atau tanpa sekuens repetitif. Sementara itu, genom
prokariot, misalnya E. coli, hanya terdiri atas sekuens-sekuens unik