LAPORAN PRAKTIK KERJA LAPANGAN

IDENTIFIKASI ENZIM PROTEASE

DARI BEBERAPA JENIS ISOLAT IKAN ASIN

OKY YOGIA MUHAMAD DIAS

PROGRAM STUDI KIMIA

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SUKABUMI
SUKABUMI
2010

BAB I
 PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Kebutuhan enzim protease dewasa ini semakin meningkat terutama dalam
bidang pangan seperti industri keju, bit dan roti, sedangkan bidang non pangan
seperti dalam pembuatan detergen dan penyamakan kulit. Kemajuan dalam bidang
bioteknologi memungkinkan semakin meluasnya penggunaan enzim protease
dalam berbagai produk komersial. Di Indonesia kebutuhan akan enzim protease
juga semakin meningkat namun kebutuhan ini masih tergantung pada produksi
impor. Salah satu cara mengantisipasi ketergantungan terhadap produksi impor
tersebut perlu adanya usaha untuk memproduksi enzim protease (Daniel, 1979;
Suhartono, 1989; Thomas, 1984).
Enzim protease yang digunakan dalam bidang industri umumnya
dihasilkan oleh mikroorganisme. Penggunaan mikroorganisme untuk produksi
enzim, khusunya protease mempunyai beberapa kelebihan, diantaranya mudah
diproduksi dalam skala besar, waktu produksi relatif pendek serta dapat
diproduksi secara berkesinambungan dengan biaya yang relatif rendah (Thomas,
1984). Mikrooganisme penghasil protease dapat berupa bakteri, kapang maupun
khamir. Enzim protease dari bakteri mulai diperkenalkan sekitar tahun 1960-an
oleh Gebruder Schyder dari Swiss dan Novo Industri A/S dari Denmark, dan
sampai sekarang penggunaan bakteri sebagai penghasil protease mempunyai
peluang yang besar untuk memproduksi protease (Basuki. 1997).

1.2 Tujuan PKL

Tujuan PKL ini adalah untuk :
1. Mengidentifikasi enzim protease yang terkandung di dalam isolat ikan asin
dengan jenis yang berbeda.
2. Mengetahui bentuk koloni bakteri dari isolat ikan asin.
3. Meningkatkan, memperluas dan memantapkan keterampilan yang
membentuk kemampuan mahasiswa sebagai bekal untuk memasuki
lapangan kerja yang sesuai dengan program studi yang dipilih.
4. Meningkatkan pengalaman mahasiswa pada aspek-aspek usaha yang
potensial pada lapangan kerja lain, struktur organisasi usaha, asosiasi
usaha, jenjang karir dan manajemen usaha.

1.3 Kegunaan PKL

Dengan dilakukannya identifikasi enzim protease yang dihasilkan dari
isolat ikan asin dengan cara pembiakan di media agar, kita dapat memproduksi
enzim tersebut untuk pemasok pada industri-industri yang memang menggunakan
enzim ini sebagai starter pada produk olahannya.

BAB II
KEADAAN UMUM
LEMBAGA ILMU PENGETAHUAN INDONESIA (LIPI)
 PUSAT PENELITIAN BIOLOGI BIDANG MIKROBIOLOGI

2.1 Sejarah Singkat dan Lokasi

Pusat Penelitian Mikrobiologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia

merupakan subdivisi dari Pusat Penelitian Biologi - Lembaga Ilmu Pengetahuan
Indonesia (Puslit Biologi-LIPI). Puslit Biologi-LIPI merupakan pusat penelitian
yang berada di bawah lingkungan kerja dan bertanggungjawab langsung kepada
Kedeputian Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati - Lembaga Ilmu Pengetahuan
Indonesia. Puslit Biologi-LIPI semula dikenal dengan nama Lembaga Biologi
Nasional Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LBN-LIPI). LBN yang dibentuk
pada Tahun 1962, pada awalnya merupakan bagian dari Lembaga Pusat
Penyelidikan Alam (LPPA) yang berada di bawah naungan dan koordinasi
Majelis Ilmu Pengetahuan Indonesia (MIPI). Seiring dengan perjalanan waktu,
situasi dan kondisi di Indonesia, maka MIPI berubah namanya menjadi Lembaga
Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI).

Gambar II.1. Gedung Puslit Biologi Bidang Botani dan Mikrobiologi

Pada tahun 1986 LIPI telah melakukan reorganisasi berdasarkan Keppres

Nomor 1 Tahun 1986 dan ditindaklanjuti dengan dikeluarkannya Keputusan
Ketua Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia Nomor 23/Kep/D.5/1987 tentang
Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia dan LBN
berubah dan dimekarkan menjadi Pusat Penelitian dan Pengembangan Biologi
(Puslitbang Biologi) bersama-sama dengan Puslitbang lainnya yaitu : Puslitbang
Oseanologi, Limnologi, Bioteknologi dan Geoteknologi serta satu unit Pelaksana
Teknis (UPT. BP. Kebun Raya) di bawah koordinasi Kedeputian Ilmu
Pengetahuan Hayati-LIPI.

Sejalan dengan tingkat pertumbuhan dan perkembangan ilmu pengetahuan

dan teknologi yang demikian maju pesat pada dua dekade terakhir ini, maka LIPI
dituntut untuk melakukan penyempurnaan organisasi, sehingga pada tahun 2001
LIPI melakukan reorganisasi lagi. Tersurat dalam Keppres Nomor 43 Tahun 2001
dan Keputusan Kepala Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia Nomor
1151/M/2001, maka Puslitbang Biologi berubah namanya menjadi Puslit Biologi
bersama-sama dengan Pusat Penelitian Bioteknologi dan Pusat Konservasi
Tumbuhan Kebun Raya Bogor, namun masih tetap berada di bawah Kedeputian
Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati. Sedangkan Pusat Penelitian Oseanografi,
Geoteknologi dan Limnologi yang semula berada di bawah tanggung jawab
Kedeputian Ilmu Pengetahuan Hayati kini berada di bawah Kedeputian Bidang
Ilmu Pengetahuan Kebumian.

2.2 KEADAAN UMUM LIPI BIDANG MIKROBIOLOGI

2.2.1 Sejarah Lembaga

Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) merupakan badan yang

bergerak pada bidang penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan dan
kemudian diaplikasikan kepada masyarakat luas. LIPI bidang mikrobiologi
terletak di Jl. Raya Jakarta Bogor km 46 Cibinong, Kabupaten Bogor.
Sejarah terbentuknya LIPI Pusat Penelitian Biologi berawal dari zaman
penjajahan Belanda pada tahun 1834 yaitu pada saat Raffles yang menjabat
sebagai gubernur Jawa Barat. Raffles mendirikan kebun botani di Bogor dan
kemudian berkembang menjadi pusat penelitian yang dikenal sebagai Land
Plantetuin. Badan ini digunakan untuk mengembangkan ilmu taksonomi baik
tanaman maupun hewan yaitu suatu ilmu yang menidentifikasi suatu tanaman dan
hewan asal Indonesia kemudian diberi nama sesuai dengan speciesnya.
 Setelah Indonesia merdeka, Indonesia mengambil alih Land Plantetuin
dan mengubah namanya menjadi Lemabah Hortus Botanicus Pusat (LHBP) yang
sering dikenal sebagai Bogor Botanical Garden. Badan ini berada dibawah
naungan Djawatan Penelitian Alam (DPA) yang kemudian diubah menjadi
Lembaga Pusat Penelitian Alam (LPPA) dibawah Departemen Pertanian. Tahun
1962, LPPA menjadi lembaga yang terpisah dari Departemen Pertanian dengan
adanya keputusan MPR No. II 1960. Selanjutnya LPPA berubah nama menjadi
Lembaga Biologi Nasional (LBN) yang merupakan bagian dari Majelis Ilmu
Pengetahuan Indonesia (MIPI) yang sekarang dikenal dengan Lemabaga Ilmu
Pengetahuan Indonesia (LIPI). Berdasarkan keputusan Presiden No. 1 tahun 1986
tentang penataan organisasi LIPI, maka LBN beruabah nama menjadi Pusat
Penelitian dan Pengembangan (Puslitbang) Biologi yang diikuti dengan berdirinya
dua institusi baru, yaitu Pusat Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan
Limnologi. Tanggal 17 Januari 1987, berdasarkan keputusan MPR
23/KP/D.5/1987, didirikan Balai Penelitian dan Pengembangan Biologi dan
Mikrobiologi yang merupakan bagian dari Puslitbang Biologi. Puslitbang Biologi
kemudian diubah menjadi Pusat Penelitian Biologi (puslit Biologi) dan Balitbang
Mikrobiologi menjadi Bidang mikrobiologi pada tanggal 1 Juli 2001. Awalnya,
Puslit Biologi dan Bidang Mikrobiologi berada pada dua temapat, yaitu di dalam
Kebun Raya Bogor (KBR) dan di lantai 5 gedung Kusnoto jalan Ir. H Djuanda 18
Bogor. Tanggal 1 April 2007, puslit Biologi Bidang Mikrobiologi dipidahkan ke
kompleks LIPI di Kecamatan Cibinong Kabupaten Bogor tepatnya di Jalan Raya
Jakarta Bogor km 46.

2.2.2 Sarana dan Sumber Daya Manusia

 Bidang Mikrobilogi berada di kompleks LIPI di Jalan Raya Jakarta Bogor
km 46 Kecamatan Cibinong Kabupaten Bogor. Fasilitas yang tersedia di
dalamnya adalah koleksi biakan, laboratorium, perpustakaan, ruang staf kelompok
peneliti (kelti) Genetika Mikrob, Kelti Biokimia Mikrob, Kelti Ekologi dan
Fisiologi Mikrob, Kelti Bioprospeksi Mikrob, serta Kelti Koleksi Kultur Mikrob,
ruang Tata Usaha (TU), kantin, mushola, ruang rapat besar dan kecil, gudang, dan
rumah kaca.
Laboratorium mikrobiologi dilengkapi dengan alat-alat penelitian yang
cukup lengkap antara lain alat-alat gelas, alat sterilisasi (autoklaf, oven),
inkubator, sentrifus, mikrosentrifus, spektrofotometer, mikroskop, laminar air
flow cabinet, spektrofotometer, freezer, cooler (lemari pendingin), pH meter,
destilator, waterbath, microwave, shaker, Cork-Borer dengan berbagai ukuran,
neraca analitik, elektroforesis, PCR, ruang asam, bioreactor, HPLC, dan GC.
Setiap kelompok peneliti dalam Bidang mikrobiologi masing-masing
memiliki peneliti. Pada awalnya, Bidang Mikrobiologi memiliki empat kelompok
peneliti yaitu Kelti Biosistematika dan Genetika Mikroba, Kelti Biokimia
Mikroba, Kelti Ekologi dan Fisiologi Mikroba, dan Kelti Pengembangan Potensi
Mikroba. Berdasarkan surat keputusan pada bulan Januari 2007, kelompok
peneliti menjadi lima yaitu Kelti Genetika Mikrob, Kelti Ekologi dan Fisiologi
Mikrob, Kelti Biokimia Mikrob, Kelti Bioprospeksi Mikroba, serta Kelti Koleksi
Kultur Mikroba. Peneliti-peneliti dalam puslit Biologi bidang Mikrobiologi terdiri
atas peneliti dalam berbagai bidang dalam melaksanakan tugas dan penelitiannya
yaitu bidang Bakteriologi, Mikologi, Alpalogi, Protozoalogi, Enzimologi,
Molekuler Biologi dan bidang-bidang lain yang terkait. Jumlah pegawai yang
tercatat pada LIPI puslit Biologi bidang Mikrobiologi adalah sebanyak 54
pegawai, yang terdiri atas 16 orang staf peneliti dan 8 orang teknisi, sedangkan
berdasarkan tingkat pendidikannya terdapat orang yang memiliki pendidikan
perguruan tinggi yaitu 7 orang doktor, 10 orang master, 28 orang sarjana, 1 orang
sarjana muda, dan 8 orang SMA. Sedangkan untuk kelti Biokimia Mikrob terdiri
atas 9 orang peneliti dan 6 orang teknisi. Sebagian besar pegawai LIPI mendapat
beasiswa dari Jepang untuk melanjutkan studi S2 dan S3.
2.2.3 Tugas Bidang Mikrobiologi
 Puslit Biologi LIPI, Bidang Mikrobiologi bertugas melakukan penelitian,
bimbingan penelitian, rencana penelitian, penyusunan, evaluasi laporan penelitian
di bidang mikrobiologi dan menggali potensi jasad renik yang kemudian dapat
dimanfaatkan masyarakat luas. Jasad renik yang sedang dikembangkan antara lain
bakteri, kapang, dan ganggang. Selain itu, pusat penelitian ini juga memberikan
bimbingan pada mahasiswa baik dalam melakukan praktik lapang maupun
penelitian guna tugas akhir.
Tugas Pusat Penelitian Biologi Bidang Mikrobiologi antara lain pertama,
mempersiapkan, mengkoordinasi, serta melaksanakan penelitian dan
pengembangan di bidang mikrobiologi. Kedua, mengumpulkan, mengevaluasi,
memelihara jasad renik, serta meningkatkan nilai tambah produk hasil
pemanfaatan mikroba dalam menunjang industri pangan, farmasi, dan konservasi
lingkungan. Ketiga, mengadakan kerja sama penelitian dan pengembangan di
bidang mikrobiologi dengan perguruan tinggi, lembaga pemerintah maupun
swasta baik di dalam maupun di luar negeri. Keempat, memberikan pelayanan
jasa di bidang mikrobiologi berupa jasa konsultasi, identifikasi, dan penjualan
biakan mikroba, baik untuk keperluan penelitian, pendidikan, maupun dalam
suatu proses industri. Kelima, membantu dan membimbing mahasiswa program
diploma, S1, S2, S3 dan peneliti muda dalam melakukan penelitian. Keenam,
mengadakan pendidikan dan pelatihan bagi siswa, mahasiswa, dan peneliti muda.

2.2.4 Struktur Organisasi

Struktur organisasi Deputi Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati terdiri atas

Pusat Penelitian Biologi, Pusat Penelitian Bioteknologi, dan Pusat Konservasi
Tumbuhan Kebun Raya Bogor. Struktur organisasi ini dapat dilihat pada
Lampiran 1.
Struktur organisasi Pusat Penelitian Biologi terdiri atas Bidang Botani,
bidang Zoologi, bidang Mikrobiologi, Bidang Sarana dan Pengelolaan Koleksi,
dan Bidang Tata Usaha. Bidang Mikrobiologi terdiri atas lima kelompok
penelitian (kelti), yaitu Kelti Genetika Mikrob, Kelti Ekologi dan Fisiologi
Mikrob, Kelti Biokimia Mikrob, Kelti Bioprospeksi Mikroba, serta Kelti Koleksi
Kultur Mikroba.
2.2.5 Kegiatan Kelompok-Kelompok Penelitian

Kegiatan penelitian dilaksanakan oleh kelompok-kelompok penelitian

sesuai dengan bidang masing-masing. Masing-masing kelomnpok memiliki
peneliti dan teknisi dalam melaksanakan kegiatan-kegiatan tersebut.
Kelti Genetika Mikroba hingga tahun 2007 memiliki 9 orang peneliti dan
2 orang teknisi dengan ketua kelompok Drs Noviek . Kelti ini memiliki tugas
mengkaji keanekaragaman mikroba serta sumber daya genetis di ekosistem-
ekosistem yang khas di Indonesia. Penelitian ini dilakukan terhadap karakter
spesifik morfo-fisiologis seluler dan molekuler. Selain mengungkap taksonomi,
karakter ini juga berperan dalam biologis dan potensi pengemabangannya dalam
kehidupan manusia. Kajian taksonomi dilakukan secara konvesional dan genetis
untuk mengetahui identitas mikroba dan karakter dasar serta potensi yang dimiliki
mikroba tersebut.
Kelti Biokimia Mikroba memiliki tenaga ahli yang memiliki latar
belakang kimia, biologi, dan mikrobiologi. Kelti ini memiliki jumlah peneliti
sebanyak 9 orang dan 1 orang teknisi dengan ketua kelompok Drs. Ir. Bambang
Sunarko. Kegiatan-kegiatan yang dilakukan dalam kelompok ini adalah
melakukan karakteristik enzim dan mikroba potensial, yang lebih mengarah pada
peningkatan nilai produk dengan jalan mempelajari proses biokimia yang terjadi.
Penelitian mengenai produksi enzim dan pemanfaatan mikroba ini diarahkan
untuk menghasilkan bahan aktif melalui bioproses, sehingga produk pangan dan
farmasi yang dihasilkan lebih memiliki kualitas dan daya tahan yang lebih tinggi.
Kegiatan dalam kelompok ini terutama difokuskan pada produk pangan dan
farmasi seperti minyak, yoghurt, aneka produk susu, kecap, antibiotik, kosmetik,
dan senyawa bioaktif.
Kelti Ekologi dan Fisiologi Mikroba memiliki kegiatan yang
menitikberatkan pada penelaah peran, fungsi, dan dinamika mikroba pada habitat
tanah, perairan, dan lingkungan lainnya tempat mikroba tersebut hidup. Kelti ini
memiliki tujuan dan sasaran untuk memahami biodiversitas dan aktivias mikroba
di lingkungan alam serta interaksi berbagai kelompok mikroba di dalam
komunitasnya. Untuk memahami biodiversitas mikroba diperlukan pentahapan
kegiatan dari mulai isolasi, identifikasi, kualifikasi, dan kuantifikasi mikroba dari
berbagai habitat, sedangkan untuk memahami aktivitas spesifik mikroba
diperlukan pengkajian fisiologi dan aktivitas metabolik. Pengkajian dan
pemahaman ekologi dan fisiologi mikroba dilakukan secara insitu dan eksitu.
Kegiatan lain yang dilakukan kelompok ini adalah mengkaji dampak kerusakan
lingkungan terhadap komunitas dan aktivitas mikroba pada berbagai habitat.
Hingga tahun 2008, kelti Ekologi dan Fisiologi Mikroba memilki 14 orang
peneliti dan 2 orang teknisi yang diketuai oleh Ibu Ninuk.
Kelti Bioprospeksi Mikroba didukung oleh staf peneliti di bidang
Enzimologi, Teknologi Fermentasi, Teknologi Bioproses, Analis Kimia, dan
Teknisi Perekayasa. Hingga saat ini, kelti ini terdiri atas 6 orang peneliti dan 1
orang teknisi yang diketuai oleh Bapak Joko. Kegiatan-kegiatan yang dilakukan
dalam kelompok ini adalah pertama, mensinergikan antara kegiatan penelitian di
bidang mikrobiologi dengan industri dan masyarakat pengguna. Kedua,
melakukan kegiatan pengembangan dan pengkajian pada skala pilot dengan cara
memaksimalkan pemanfaatan mikroba dan teknologi bioproses melalui proses
produksi sehingga diharapkan mampu dalam memberikan dampak secara
ekonomis. Salah satu kegiatan yang dilakukan adalah budidaya jamur sebagai
sumber nutrisi dan obat-obatan serta pembiakan mikroba potensial untuk
pemanfaatan bagi industri pangan, farmasi, kosmeti, dan kimia alam.
Kelti Koleksi Kultur Mikroba memiliki tugas memelihara koleksi mikroba
yang telah berhasil dikumpulkan dari berbagai habitat di seluruh Indonesia.
Hingga saat ini koleksi kultur mikroba yang dimiliki oleh LIPI Biologi adalah
sekitar 1400 koleksi biakan mikroba. Teknik presevasi yang dilakukan adalah
dalam suspense gliserol, cair beku, kering beku dalam bentuk ampul. Kelti ini
memiliki 8 orang peneliti dan 2 orang teknisi.

2.2.6 Sumber Dana

 Penelitian yang dilakukan oleh LIPI Biologi bidang Mikrobiologi
mendapat dana utama dari pemerintah, dana intensif, dana kompetitif (sebagian
dana dibantu oleh pemerintah daerah), dan bantuan dari luar negeri.

2.2.7 Kerja Sama Penelitian

LIPI Puslit Biologi bidang Mikrobiologi melakukan kerja sama penelitian

dengan lembaga lain baik dari dalam negeri maupun luar negeri seperti Perguruan
Tinggi, sektor swasta, JICA (Japan International Cooperation Agenc), GEF (The
Global Environment Facility). Bentuk kerja sama tersebut meliputi pendidikan
(beasiswa), penelitian, dan pelatihan sumber daya manusia. Kerja sama ini
dilakukan untuk meningkatkan kualitas, kapasitas, dan dana penelitian.

2.2.8 Perpustakaan

Jenis koleksi yang dimiliki LIPI Puslit Biologi adalah pertama, buku yang
berjumlah 190.000 judul, terdiri atas buku umum dan referensi, majalah terjilid,
laporan penelitian dan penemuan ilmiah, disertasi, dan literatur sekunder seperti
bibliografi, indeks, serta sari karangan. Koleksi kedua adalah berupa majalah
yaitu majalah ilmiah yang terdiri atas 2000 judul majalah iptek luar negeri, 700
judul majalah Indonesia dan majalah serta surat kabar sebanyak 1900 judul yang
tersedia dalam bentuk kliping dan pangkalan data khusus. Koleksi ketiga adalah
media audio visual yang terdiri atas bentuk mikro, disket, CD-ROOM, kaset
video, dan sebagainya.

BAB III
 TINJAUAN PUSTAKA

3.1 Enzim Protease

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis

(senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu
reaksi kimia organik. Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat
perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk. Jenis produk yang akan
dihasilkan bergantung pada suatu kondisi/zat, yang disebut promoter. Semua
proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan cukup cepat
dalam suatu arah lintasan metabolisme yang ditentukan oleh hormon sebagai
promoter.
Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk
menghasilkan senyawa intermediat melalui suatu reaksi kimia organik yang
membutuhkan energi aktivasi lebih rendah, sehingga percepatan reaksi kimia
terjadi karena reaksi kimia dengan energi aktivasi lebih tinggi membutuhkan
waktu lebih lama. Meskipun senyawa katalis dapat berubah pada reaksi awal,
pada reaksi akhir molekul katalis akan kembali ke bentuk semula.
Sebagian besar enzim bekerja secara khas, yang artinya setiap jenis enzim
hanya dapat bekerja pada satu macam senyawa atau reaksi kimia. Hal ini
disebabkan perbedaan struktur kimia tiap enzim yang bersifat tetap. Sebagai
contoh, enzim α-amilase hanya dapat digunakan pada proses perombakan pati
menjadi glukosa. Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah
substrat, suhu, keasaman, kofaktor dan inhibitor.
Tiap enzim memerlukan suhu dan pH (tingkat keasaman) optimum yang
berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat mengalami perubahan
bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau pH yang sesuai, enzim
tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya akan mengalami kerusakan.
Hal ini akan menyebabkan enzim kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim
juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor adalah molekul yang menurunkan
aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang meningkatkan aktivitas enzim.
 Protease ekstraselular adalah enzim yang dapat menghidrolisis protein
menjadi senyawa-senyawa yang lebih sederhana seperti peptida rantai pendek dan
asam amino. Berdasarkan cara pemotongan ikatan peptida, enzim protease dapat
dibagi menjadi eksopeptidase dan endopeptidase. Eksopeptidase terdiri dari
karboksiekso-peptidase yang memotong peptida dari arah gugus karboksil
terminal dan amino-ekso-peptidase dari gugus amino terminal, sedang
endopeptidase memecah ikatan peptida dari dalam (Bergmann, 1942; Mubarik et
al., 2000).

3.2 Media Tanam Enzim

Media produksi unuk menghasilkan enzim harus memenuhi kebutuhan

dasar untuk menghasilkan sel serta produk. Unsur utama yang paling dibutuhkan
adalah nitrogen dan karbon. Nitrogen sangat diperlukan untuk pertumbuhan sel,
sedang unsur karbon digunakan untuk meningkatkan energi biosintesis (Aunstrup,
1979). Berdasarkan alasan tersebut di atas, penelitian ini dilakukan untuk mencari
biakan bakteri penghasil enzim protease.
Mikroba seperti makhluk hidup lainnya memerlukan nutrisi pertumbuhan.
Pengetahuan akan nutrisi pertumbuhan ini akan membantu di dalam
mengkultivasi, mengisolasi dan mengidentifikasi mikroba. Mikroba memiliki
karakteristik dan ciri yang berbeda-beda di dalam persyaratan pertumbuhannya.
Ada mikroba yang bisa hidup hanya pada media yang mengandung sulfur dan ada
pula yang tidak mampu hidup dan seterusnya. Karakteristik persyaratan
pertumbuhan mikroba inilah yang menyebabkan bermacam-macamnya media
penunjang pertumbuhan mikroba.
Media alamiah, misalnya susu skim, tidak begitu sulit di dalam
penyiapannya sebagai media pertumbuhan mikroba, karena hanya cukup dengan
dituang ke dalam wadah yang telah disterilkan. Media dalam bentuk kaldu nutrien
atau yang mengandung agar, disiapkan dengan cara melarutkan masing-masing
bahan yang dibutuhkan atau lebih mudah lagi dengan cara menambahkan air pada
suatu produk komersial berbentuk medium bubuk yang sudah mengandung semua
nutrien yang dibutuhkan. Pada praktisnya, semua media tersebut secara komersial
dalam bentuk bubuk, seperti PCA (Plate Count Agar), NA (Nutrient Agar), TSA
(Trypticase Soy Agar) dan lain lain. Penyiapan media komersial ini pada
umumnya mengikuti langkah-langkah sebagai berikut :
1. Setiap komponen atau medium terhidrasi (bubuk) dilarutkan ke dalam
aquades atau air suling pada volume yang tepat dan sesuai.
2. Dituang ke dalam media yang sesuai, seperti erlenmeyer atau tabung
labu dan disumbat dengan penutup yang kuat.
3. Disterilisasi dengan suhu dan waktu yang adequate (memadai) sesuai
dengan yang tertera pada kemasan. (Umumnya pada suhu 121oC selama
15 menit).
Nutrien agar adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy. NA
juga digunakan untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak
selektif, dalam artian mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media
sederhana yang dibuat dari ekstrak beef, pepton, dan agar. Na merupakan salah
satu media yang umum digunakan dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa
dari air, sewage, produk pangan, untuk membawa stok kultur, untuk pertumbuhan
sampel pada uji bakteri, dan untuk mengisolasi organisme dalam kultur murni.
Untuk komposisi nutrien adar adalah eksrak beef 10 g, pepton 10 g, NaCl 5 g, air
desitilat 1.000 ml dan 15 g agar/L. Agar dilarutkan dengan komposisi lain dan
disterilisasi dengan autoklaf pada 121°C selama 15 menit. Kemudian siapkan
wadah sesuai yang dibutuhkan.

3.3 Metode Isolasi

Populasi dari mikroba yang ada di linkungan ini sangatlah beraneka ragam
sehinga dalam mengisolasi diperlukan beberapa tahap penanaman sehingga
berhasil diperoleh koloni yang tunggal. Koloni yang tunggal ini kemudian yang
akan diperbanyak untuk suatu tujuan penelitian misalnya untuk menngisolasi
DNA mikroba yang dapat mendeteksi mikroba yang telah resisten terhadap suatu
antibiotik. Atau untuk mengetahui mikroba yang dipakai untuk bioremediasi
holokarbon (Ferdiaz, 1992).Pemindahan bakteri dari medium lama ke medium
yang baru atau yang dikenal dengan istilah inokulasi bakteri ini memerluakn
banyak ketelitian. Terlebih dahulu kita harus mengusahakan agar semua alat- alat
yang akan digunakan untuk pengerjaan medium dan pengerjaan inokulasi benar-
benar steril. Hal ini untuk menghindari terjadinya kkontaminasi, yaitu masuknya
mikrooba lain yang tidak diinginkan sehingga biakan yang tumbuh di dalam
medium adalah benar- benar biakan murni (Dwidjoseputro, 1990).
Di dalam keadaaan yang sebenarnya dapat dikatakan bahwa tidak ada
bakteri yang hidup secara tersendiri terlepas dari spesies yang lainnya. Kerap kali
bakteri patogen kedapatan bersama- sama dengan bakteri saprob. Untuk
menyendirikan suatu spesies dikenal beberapa cara, yaitu (Dwidjoseputro, 1990) :
1. Degan pengenceran
Cara ini pertama kali dilakukan oleh Lister pada tahun 1865. Ia berhasil
memelihara Streptococcus lactis dalampiraan murni yang diisolasi dari sampel
susu yang sudah masam. Suatu sampel dari suatu suspensi yang berupa campuran
bermacam- macam spesies diencerkan dalam suatu tabung yang tersendiri. Dari
hasil pengenceran ini kemudian di ambil kira- kira 1 mL untuk diencerkan lebih
lanjut. Jika dari pengenceran yang ketiga ini diambil 0,1 mL untuk disebarkan
pada suatu medium padat, kemungkinan besar kita akan mendapatkan beberapa
koloni yang akan tumbuh dalam mdium tersebut, akan tetapi mungkin juga kita
hanya akan memperoleh satu koloni saja. Dalam hal yang demikian ini dapat kita
jadikan piaraan murni. Jika kita belum yakin, Bahwa koloni tunggal yang kita
peroleh tersebut merupakan koloni yang murni, maka kita dapat mengulang
pengenceran dengan menggunakan koloni ini sebagai sampel.

2. Dengan penuangan
Robert Koch (1843- 1905) mempunyai metode yang lain, yaitu dengan
mengambil sedikti sampel campuran bakteri yang mudah diencerkan, dan sampel
ini kemudian di sebar di dalam suatu medium yang terbuat dari kaldu dan gelatin
encer. Dengan demikian dia memperoleh suatu piaraan adukan. Setelah medium
tersebut mengental maka selang beberapa jam kemudian nampaklah koloni-
koloni yang masing- masing dapat dianggap murni. Dengan mengulang pekerjaan
di atas, maka akhirnya akan diperoleh piaraan murni yang lebih terjamin. Ada
beberapa metode yang biasanya dilakukan untuk menanam biakan di dalam
medium diantaranya adalah (Lay, 1994) :
 A. Metode cawan gores
Metode ini mempunyai dua keuntungan yaitu menghemat bahan dan
waktu. Namun untuk memperoleh hasil yang baik diperlukan keterampilan yang
lumayan yang biasanya diperoleh dari pengalaman. Metode cawan gores yang
dilakukan dengan baik kebanyakan akan menyebabkan terisolasinya
mikroorganisme yang diinginkan. Dua macam kesalahan yang umum sekali
dilakukan adalah tidak memanfaatkan permukaan medium dengan sebaik-
baiknya untuk digores sehingga pengenceran mikroorganisme menjafi kurang
lanjut dan cenderung untuk menggunakan inokulum terlalu banyak sehingga
menyulitkan pemisahan sel- sel yang digores.

(a).

(b). (c).

Gambar 1. (a) Cara membuka cawan petri saat penggoresan. (b). Sektor O adalah tempat mula-
mula meletakkan inokulum dengan lup inokulasi. (c). Sektor I merupakan pengenceran pertama
garis-garis goresan pada sektor I hendaknya saling terpisah seragam seperti yang ditunjukkan
dalam gambar.
 B. Metode cawan tuang
Cara lain untuk memperoleh biakan koloni murni dari populasi campuran
mikroorganisme ialah dengan mengencerkan eksperimen dalam medium agar
yang telah dicairkan dan didinginkan kemudian dicawankan. Konsentrasi sel- sel
mikroba di dalam eksperimen pada umumnya tidak dapat diketahui sebelumnya,
oleh karena itu dilakukan pengenceran dalam beberapa tahap sampai sekurang-
kurangnyya satu diantara cawan-cawan tersebut mengandung koloni- koloni
terpisah baik di atas permukaan maupun di dalam agar. Metode ini memboroskan
waktu dan bahan namun tidak memerlukan keterampilan yang terlalu tinggi.
Proses pemisahan atau pemurnian dari mikroorganisme lain perlu
dilakukan karena semua pekerjaan mikrobiologis, misalnya telaah dan identifikasi
mikroorganisme, memerlukan suatu populasi yang hanya terdiri dari satu macam
mikroorganisme saja. Teknik tersebut dikenal dengan Isolasai Mikroba. Terdapat
berbagai cara mengisolasi mikroba, yaitu (Admin, 2008) :
a) Isolasi pada agar cawan
Prinsip pada metode isolasi pada agar cawan adalah mengencerkan
mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies yang dapat dipisahkan dari
organisme lainnya. Setiap koloni hasil inkubasi berasal dari satu sel tunggal yang
tampak pada cawan tersebut. Terdapat beberapa cara dalam metode isolasi pada
agar cawan, yaitu: Metode gores kuadran, dan metode agar cawantuang.Metode
gores kuadran. Bila metode ini dilakukan dengan baik akan menghasilkan
terisolasinya mikroorganisme, dimana setiap koloni berasal dari satusel.
Metode agar tuang. Berbeda dengan metode gores kuadran, cawan tuang
menggunakan medium agar yang dicairkan dan didinginkan pada suhu 50oC,
kemudian dicawankan. Pengenceran tetap perlu dilakukan sehingga pada cawan
yang terakhir mengandung koloni-koloni yang terpisah di atas permukaan atau di
dalam cawan.
b) Isolasi pada medium cair
Metode isolasi pada medium cair dilakukan bila mikroorganisme tidak
dapat tumbuh pada agar cawan (medium padat), tetapi hanya dapat tumbuh pada
kultur cair. Metode ini juga perlu dilakukan pengenceran dengan beberapa serial
pengenceran. Semakin tinggi pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel
semakin besar.
c) Isolasi sel tunggal
Metode isolasi sel tunggal dilakukan untuk mengisolasi sel
mikroorganisme berukuran besar yang tidak dapat diisolasi dengan metode agar
cawan/medium cair. Sel mikroorganisme dilihat dengan menggunakan perbesaran
sekitar 100 kali. Kemudian sel tersebut dipisahkan dengan menggunakan pipet
kapiler yang sangat halus ataupun micromanipulator, yang dilakukan secara
aseptis.
 BAB IV
KEGIATAN PRAKTIK

4.1 Waktu dan Tempat PKL

Praktek kerja lapangan yang dilakukan oleh saya yaitu di Lembaga Ilmu
Pengetahuan Indonesia (LIPI), Pusat Penelitian Biologi bidang Mikrobiologi.
Yang sering disebut oleh khalayak yaitu Cibinong Science Center, yang berlokasi
di Jalan Raya Jakarta-Bogor Km 46 Cibinong, Kabupaten Bogor. Kegiatan
praktek kerja lapangan ini dilaksanakan sesuai dengan jadwal yang telah
ditentukan oleh pihak dari Program studi kimia Universitas Muhammadiyah
Sukabumi (UMMI), yaitu dimulai pada tanggal 26 Juli 2010 dan berakhir pada
tanggal 4 september 2010.

4.2 Kegiatan Utama

Kegiatan yang dilakukan selama praktek kerja lapangan yaitu mengenai

teknik isolasi bakteri, purifikasi atau biakan murni, dan preservasi gliserol stok 20
%.

Purifikasi I
Preservasi
Isolasi Enzim Gliserol stok 20
%

Purifikasi II

Gambar 1. Skema Kerja

4.3.1 Prosedur Kerja
4.3.1 Isolasi Bakteri
• Alat dan Bahan
• Alat
• Vorteks • Sudip
• Tip 2 Box • Aluminium foil
• Pipet Mikro • Neraca analitik
• Gelas Piala 1000 mL • Magnetic Stiirer
• Neraca Analitik • Beaker glass 1000 mL
• Aluminium Foil • Lampu spirtus
• Sudip • Laminar air flow
• Petridish 60 buah • Ose
• Erlenmeyer 300 mL 4 buah • Plastik seels
• Gelas ukur 1000 mL • Label
• Bahan
• Ikan asin pipih (A) • Glukosa 1 gram
• Ikan asin besar berjamur • Casein 1 gram
putih (B) • Yeast extract 2,5 gram
• Ikan asin besar berbakteri • Skim milk 10 gram
merah (C) • H2O 1000 mL
• Ikan asin pipih berjamur • Agar 15 gram
putih (D)
• Lampu spirtus
• Ikan asin teri kecil (E)
• Laminar air flow
• Ikan asin teri besar (F)
• Ose
• Rebon (J)
• Plastik seels
• Ikan asin pipih transfaran
• Label
(K)

• Cara Kerja
 Isolat enzim protease didapat dari beberapa jenis ikan asin yang telah
ditimbang sebanyak 10 gram dengan neraca analitik, dan dicampurkan dengan
aquades sebanyak 90 ml pada gelas kimia 150 ml, dihomogenkan dengan
Magnetic Stirer. Larutan ikan asin dimasukan kedalam tabung reaksi yang telah
diberi label, tabung reaksi divorteks untuk menghomogenkan kembali antara ikan
asin dengan aquades dengan alat Vorteks Mixer, pengenceran yang pertama ini
disebut pengenceran 10-1, dari pengenceran ini diambil 1 ml dengan pipet mikro 5
ml untuk diencerkan kembali sampai ke tahap pengenceran 10-7.
Media yang digunakan untuk penanaman isolat ikan asin itu yaitu media
agar nutrien padat, komposisi dari media agar nutrien padat yaitu : Skim Milk 10
gram, Casein 1 gram, Yeast Extract 2,5 gram, Glukosa 1 gram, H2O 1 liter, Agar
15 gram yang telah ditimbang dengan neraca analitik. Medi yang telah dibuat
dibagi menjadi empat dan dimasukan ke dalam erlenmeyer 300 ml. Sebelum
media ini dijadikan media tanam terlebih dahulu disterilisasi untuk
menghindarkan kontaminasi dengan alat Otoklap pada suhu 121oC selama 2 jam.
Media yang telah dibuat kemudian dicawankan pada Petridish perkiraan
sebanyak 20 ml. Petridish yang berisi media kemudian didiamkan dibawah sinar
UV di Laminar Air Flow selama 24 jam.
Penanaman isolat dilakukan didalam Laminar Air Flow agar terhindar dari
bakteri-bakteri yang bersifat patogen, isolat diambil dari tabung reaksi dengan
menggunakan Ose yang telah dipijarkan dibawah lampu spirtus, ose yang telah
dipenuhi dengan isolat kemudian digoreskan pada media agar nutrien padat
dengan pola seperti pada gambar 1.(b). Untuk lebih terhindar dari kontaminasi
Petridish yang telah berisi isolat dilapisi dengan plastik Seels. Setelah itu
dilakukan inkubasi selama 48 jam pada suhu kamar sekitar 25 oC.

4.3.2 Purifikasi
 • Alat dan Bahan
• Alat • Bahan
• Tabung reaksi 120 buah • Glukosa 1 gr
• Kertas label • Casein 1 gr
• Sumbat kapas 120 buah • Yeast extract 2,5 gr
• Rak tabung • Skim milk 10 gr
• Pipet mikro 5 ml • Aquades 1 l
• Tip 5 ml • Agar 15 gr
• Papan miring • Isolat media padat
• Gelas kimia 1000 ml sebanyak 120 buah

• Neraca analitik • Media agar miring 120

• Magnetik stirrer buah

• Sudip • Alkohol taksonomi

• Ose • Lampu spirtus

• Tissue
• Laminar air flow
• Cara Kerja
Bahan-bahan yang digunakan untuk pembuatan media agar nutrien padat
pada tahap purifikasi ini sama dengan media yang digunakan pada tahap isolasi,
yaitu Milk 10 gram, Casein 1 gram, Yeast Extract 2,5 gram, Glukosa 1 gram, H2O
1 liter, Agar 15 gram, setelah bahan-bahan ditimbang sesuai dengan takaran, lalu
diletakkan di Magnetic Stirer untuk dihomogenkan. Setelah homogen larutan
media ini dipipet sebanyak 8 ml dengan pipet mikro 5 ml, kedalam tabung reaksi
untuk dijadikan media agar nutrien miring (Slan Medium), pemipetan dilakukan
sampai ke tabung 120, tabung yang berisi media tersebut kemudian ditutup
dengan sumbat kapas agar terhidar dari bakteri-bakteri patogen. Sterilisasi pada
suhu 121oC selama 2 jam dilakukan pada media agar nutrien miring ini juga agar
media yang didapat benar-benar steril.

Media agar miring yang telah disterilisasi kemudian disimpan pada papan
miring untuk menghasilkan media agar miring, dan mendiamkan selama 24 jam
dibawah sinar UV, setelah 24 jam media agar miring ini siap ditanami bakteri
enzim protease yang telah tumbuh dimedia agar nutrien padat. Ose dipijarkan
diatas lampu spirtus lalu distabilkan suhunya dengan membenamkan pada sisi lain
pada media, kemudian isolat diambil dengan Ose tersebut kemudian dipindahkan
pada media agar miring dengan teknik cawan gores, dan menutup dengan sumbat
kapas. Untuk melihat pertumbuhan enzim protease tersebut dilakukan inkubasi
selama 48 jam.
 BAB V
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil dan Identifikasi Enzim Protease

No Bentuk Tepi Permukaan Elevasi Ukuran Warna
Bakteri Koloni (Egde) (Surface) (Elevation) (Size) (Colour)
1 Irregular Flamentous Rough Flat 3-8 Krem

2 Irregular Undulate Rough Umbonate 7-12 Krem

3 Irregular Undulate Rough Flat 2-12 Krem

4 Circular Entire Rough Umbonate 2-9 Krem

5 Circular Emtire Glistening Flat 2-6 Krem

6 Circular Entire Smooth Flat 2 Krem

7 Irregular Undulate Rough Flat 6-14 Krem

8 circular Entire Smooth Flat 2 Krem

9 Circular Entire Rough Umbonate 4-6 Krem

10 Circular Entire Glistening Umbonate 4-8 Krem

11 Irregular Undulate Rough Flat 3-6 Krem

12 Circular Entire Glistening Umbonate 4-8 Krem

13 Circular Entire Glistening Umbonate 3-8 Krem

14 Circular Entire Glistening Umbonate 2-4 Krem

15 Irregular Undulate Rough Flat 4-7 Krem

16 Circular Entire Smooth Umbonate 3-8 Krem

17 Circular Entire Glistening Umbonate 3-8 Krem

18 Irregular Undulate Glistening Flat 2-6 Krem

19 Circular Entire Glistening Umbonate 4-9 Krem

20 Irregular Undulate Rough Flat 3-6 Krem

21 - - - - - Krem

22 Irregular Entire Smooth Umbonate 2-4 Krem

23 Irregular Undulate Rough Flat 2-5 Krem

24 Irregular Undulate Smooth Flat 3-5 Krem

25 Irregular Undulate Rough Flat 3-5 Krem

26 Circular Entire Rough Flat 2 Krem

27 Circular Entire Rough Flat 2-9 Krem

Punctifor Krem
28 Entire Powdery Flat 1
m
29 Circular Entire Rough Flat 2-7 Krem

Punctifor Krem
30 Entire Powdery Flat 1
m
31 Circular Entire Glistening Umbonate 3-5 Krem

32 Circular Entire Glistening Umbonate 2-4 Krem

33 Circular Entire Powdery Flat 2 Krem

34 Irregular Undulate Rough Flat 7 Krem

35 Circular Entire Rough Umbonate 3-8 Krem

36 Irregular Undulate Powdery Flat 2 Krem

37 Circular Entire Rough Flat 4 Krem

38 Circular Entire Smooth Flat 1 Krem

39 Circular Entire Powdery Flat 1-4 Krem

40 Circular Entire Glistening Flat 1-4 Krem

41 Circular Entire Smooth Flat 2-7 Krem

42 Circular Entire Rough Umbonate 3-7 Krem

43 Circular Entire Rough Flat 1 Krem

44 Circular Entire Glistening Convex 3-9 Krem

45 Circular Entire Rough Flat 2-4 Krem

46 Circular Entire Doff Umbonate 3-5 Krem

47 Circular Entire Powdery Flat 2-4 Krem

48 Circular Entire Glistening Umbonate 3-8 Krem

49 Circular Entire Rough Convex 2-8 Krem

50 Irregular Undulate Rough Flat 3-8 Krem

51 Irregular Undulate Rough Flat 3-9 Krem

Punctifor Krem
52 Entire Powdery Flat -
m
Punctifor Krem
53 Entire Powdery Flat -
m
54 Irregular Undulate Rough Flat - Krem

Punctifor Krem
55 Entire Powdery Flat -
m
Punctifor Krem
56 Entire Powdery Flat -
m
Punctifor Krem
57 Entire Powdery Flat -
m
Punctifor Krem
58 Entire Powdery Flat -
m
Punctifor Krem
59 Entire Powdery Flat -
m
60 Circular Emtire Smooth Flat 2 Krem