Anda di halaman 1dari 7

REPLIKASI DNA

Replikasi adalah proses rumit yang melibatkan replisom/ aparatus replikasi (enzim
helikase, enzim polimerase yang memulai sintesis perpanjangan untai DNA dan enzim
ligase yang menyambungkan fragmen-fragmen DNA hasil sintesis)
Teori Replikasi:1. Teori konservatif
2. Teori semikonservatif yang banyak diterima para ahli
3. Teori dispersif

Teori semikonservatif
Pada saat replikasi dimulai, terdapat enzim helikase untuk melepaskan pilinan DNA
dengan memutus dan membebaskan ikatan hidrogenantar pasangan basa. Setiap untai
DNA lama berfungsi sebagai cetakan bagi untai DNA baru sehingga masing-masing
untai DNA baru terdiri atas 1 untai DNA lama dan 1 untai DNA baru.
Selama daur sel suatu bekteri, pertama-tama kromosom utama mengalami replikasi
untuk membentuk dua salinan duplikat. Kemudian, masing-masing sel anak menerima
satu salinan pada waktu pembelahan sel. Bagi organisme yang memiliki nukleus (inti
sel) terdapat juga mitosis. Dalam sitogenetikawaan dikenal istilah kariotipe yaitu
morfologi kromosom yang mengalami mitosis. Cara ini digunakan secara luas untuk
menganalisis jumlah dan integritas kromosom dalam tipe-tipe sel tertentu.

DAUR SEL BAKTERI DAN REPLIKASI KROMOSOM


Organisme prokariot seperti bakteri Escherichia coli, Bacillus subtilis dan Salmonella
typhimurium merupakan sel kecil yang dikelilingi oleh satu atau beberapa selaput
(membran) dan dinding.
Pada bakteri, terdapat daerah –daerah yang jelas berisi DNA yang dikenal sebagai
nukleoida. DNA itu dikemas sangat padat ke dalam nukleoida tetapi nukleoida itu tidak
dikelilingi membran. Karena itulah bakteri dikatakan sebagai prokariot karena tidak
memiliki membran pada nukleusnya (pro- berarti sebelum(dalam arti waktu) dan karion
berarti inti dalam bahasa Yunani).
DNA bakteri pada umumnya adalah dalam bentuk kromosom utama tunggal.
DNA ini bebrbentuk seperti cincin raksasa: kromosom dupleks itu melingkar balik dan
melekat secara kovalen sehingga bila sepanjang molekul DNA itu ditelusuri, akan tidak
mungkin untuk menemukan “awal” atau “akhir” kromosom itu. Disamping kromosom
utama itu, sel-sel bakteri sering memiliki satu kromosom minor atau lebih, masing-
masing disebut plasmid, yang terdiri atas 0,5 – 2 persen DNA sel. Plasmid tersebut juga
melingkar balik untuk membentuk cincin kecil.
DAUR SEL BAKTERI
Daur sel E. coli terdiri atas tiga periode: persiapan untuk memulai replikasi kromosom ,
replikasi kromosom dan periode antara berakhirnya replikasi kromosom dan
pembelahan sel. Laju pertumbuhan cepat, ronde kedua replikasi DNA mungkin dimulai
sebelum yang pertama selesai; oleh karena itu, tiga periode itu menjadi kabur dan
sintesis DNA dapat diaktakan pada adsarnya bersinambung.
Pada saat pembelahan sel, dua kromosom anak harus berpisah (bersegregasi) satu
dari yang lain dan menduduki dua sel anak. Karena pembelahan sel diselesaikan
dengan melekuknya membran bakteri yang disebut mesosom, pada segregasi
kromosom bakteri, kromosom bakteri akan menempel pada membran melalui titik
penempelan. Ketika dimulainya replikasi, titik penempelan anak disintesis sebelum
berlangsungnya replikasi dan mesosom yang melekuk itu memisahkan kedua titik
penempelan itu secaar ruang (spatial) sehingga memisahkan kromosom-kromosom
anak ke dalam sel-sel anak. DNA E. coli benar-benar terikat pada protein membran
yang khas pada waktu replikasinya, tetapi rincian mekanismenya masih belum jelas.
Sejumlah besar organisme yang identik secara genetik akan muncul dari satu sel
tunggal dalam waktu yang sangat pendek. Hal ini terbukti pada E. coli yang memiliki
waktu generasi 20 menit saja. Sel-sel yang jelas identik itu sisebut dengan koloni
bakteri; sel-sel sesaudara dalam kiloni sering disebut dengan klon.

REPLIKASI DNA SEMIKONSERVATIF PADA BAKTERI: PERCOBAAN MESELSON-


STAHL
Sekali replikasi kromosom dimulai, dua untai polinukleotida heliks yang asli akan
terlepas, paling sedikit secara lokal, sehingga masing-masing dapat bertindak sebagai
pencetak untai baru. Kedua dupleks yang dihasilkan dari replikasi seharusnya bersifat
bastar, masing-masing mengandung selembar untai lama yang berasal dari molekul asli
dan selembar untai baru yang dibentuk selama proses replikasi. Percobaan yang
dilakukan oleh M. Meselson dan F. Stahl tahun 1958 mengatakan bahwa tidak ada pola
transisi yang terjadi dan bahwa untai-untai DNA induk putus dimana saja selama proses
replikasi sehingga dupleks-dupleks DNA di dalam sel-sel anak mengandung berbagai
jumlah kedua DNA yang lama dan yang baru. Replikasi DNA secara terpencar
(dispersif) juga gugur oleh percobaan ini.
Mereka menggunakan kenyataan bahwa bila sel ditumbuhkan dalam medium yang
mngandung 15 N, isotop berat nitrogen, DNA serl akan menjadi lebih beratdaripada
DNA biasa, dan perbedaan bobot ini dapat diketahui dengan sentrifugasi dalam gradien
CsCL. Dengan menumbuhkan E. coli dalam isotop 15N sampai beberapa generasi,
Meselson dan Stahl memperoleh populasi sel yang berisi molekul-molekul berlabel 15N
seluruhnya. DNA dari sel-sel ini ternyata menunjukkan kepadatan elastis seperti yang
diharapkan dari DNA berlabel 15N. kemudian sel-sel tersebut dipindahkan ke medium
yang berisi 14N sebagai sumber nitogen. Diketahui bahwa sesudah satu kali putaran
replikasi, DNA pada sel-sel anak tidak mempunyai kepadatan baik 15N asli ataupun
14N murni. Malahan, ditemukan suatu jenis tunggal dengan kepadatan pertengahan
bastar 15N-14N, tepat seperti yang diharapkan dari replikasi yang diajukan oleh Watson
dan Crick.
Cara yang ditempuh DNA untuk bereplikasi diberi nama semikonservatif untuk
menunjukkan bahwa untai induk DNA itu dikonservasi (berlawanan dengan terpencar),
tepai bahwa sementara replikasi berlangsung, untai-untai itu berputar pada dua heliks
yang berbeda.
Komponen utama genom bakteri adalah sebuah molekul DNA sirkular untai-
ganda. Kromosom bakteri sangat berbeda dari kromosom eukariotik yang memiliki
molekul DNA linear yang berasosiasi dengan sejumlah besar protein. DNA kromosom
pada bakteri terdiri dari kurang lebih 4,6 juta pasangan nukleotida, mempresentasikan
4300 gen. jumlah ini 100 kali lebih banyak daripada DNA yang ditemukan pada virus
biasa, tetapi hanya sekitar seperseribu dari DNA yang terdapat pada sel eukariotik
Emillimeter, 500 kali lebih panjang daripada se tersebut. Namun demikian, di dalam
bakteri kromosom ini terbungkus begitu rapat sehingga ia bahkan tidak mengisi seluruh
bagian sel tetapi membentuk struktur seperti untaian panjang benang yang membentuk
bola. Daerah DNA yang padat ini, yang disebut nukleoid, tidak dibungkus oleh
membran seperti nukleus sel eukariotik. Selain kromosom, banyak bakteri juga memiliki
plasmid, yaitu lingkaran-lingkaran DNA yang jauh lebih kecil lagi. Setiap plasmid hanya
memiliki sedikit gen, berkisar dari beberapa gen sampai beberapa lusin gen.
Sel bakteri membelah diri dengan pembelahan biner, yang didahului oleh
replikasi kromosom bakteri. Dari satu titik awal replikasi, penggandaan DNA
berlangsung dalam dua arah di sekeliling kromosom sirkular.
Bakteri dapat berproliferasi sangat cepat apabila linkungannya cocok, baik di
habitat alami atau di kultur laboratorium. Misalnya E.coli yang tumbuh pada kondisi
optimal dapat membelah diri setiap 20 menit. Kultur laboratorium yang hanya berisi satu
sel tunggal dapat menghasilkan suatu koloni yang berisi 107-108 bakteri dalam
semalam (12 jam). Laju reproduktif di habitat alami organisme yaitu usus besar (kolon)
mamalia, juga sangat mengagumkan. Misalnya, di dalam kolon manusia E.coli
bereproduksi cukup cepat untukbisa menggantikan 2x 1010 bakteri yang hilang setiap
harinya melalui feses.
Karena pembelahan merupakan proses aseksual-produksi keturunan dari satu
induk tunggal-sebagian besar bakteri di dalam koloni identik secara genetis dengan sel
induknya. Namun, sebagai hasil dari mutasi, beberapa keturunannya memang memiliki
kandungan genetik yang sedikit berbeda.

DAUR SEL EUKARIOT


Eukariot didefinisikan sebagai organisme yang kromosomnya biasaya terbatas di dalam
daerah yang dibatasi emmbran yang disebut nukleus. Organisme bersel satu seperti
khamir Saccharomyces cerevisiae, dan jamur lendir berbentuk sel Dictyostelium
discoideum dikenal sebagai eukariot tingkat rendah, untuk membedakannya dari
eukariot tingkat tinggi seperti lalat buah Drosophila melanogaster atau manusia. Pada
bagian ini, struktur sel eukariot pertama-tama diperiksa dengan tekanan pada nukleus.
Nukleus sel eukariot yang tidak sedang mengalami mitosis disebut nukleus interfase.
Pada nukleolus interfase yang berwarna lebih tebal, berbentuk bulat besar berisi DNA,
RNA dan protein serta mewakili tempat disintesisnya dan disimpannya ribosom
sitoplasma sel. Kromosom nukleus interfase tidak dapat dibedakan sebagai wujud
individu, melainkan dalam bentuk amorf (tak berbentuk) yang diberi nama kromatin
(substansi yang dapat diwarnai dengan zat pewarna). Kromatin dalam nukleus interfase
dikelilingi oleh membran yang melipatkan diri kembali untuk membentuk pembungkus.
Pembungkus ini terlihat sebagai dua garis tebal –membran dalam dan membran luar-
yang mengelilingi saluran sempit atau siterna. Berselang-selang pada pembungkus ini
terdapat lubang yang disebut pori yang tertutup sekat bertebal sedang dan merupakan
material yang belum diketahui. Pada selang-selang yang lain, pembungkus meluas ke
dalam sitoplasma sebagai jaringan saluran dan sisterna-sisterna besar dikenal sebaga
retikulum endoplasma. Beberapa sel eukariot mengandung enzim yang larut, ribosom
bebas dan dan organel sel. Salah satu organel ini adalah RE (Retikulum Endoplasma)
dan ini sering diasosiasikan dengan aparatus golgi, sebuah hubungan yang penting
untuk sintesis banyak protein yang dihasilakn dari sel. Kloroplas dan mitokondria
memiliki kromosonmnya sendiri.

DAUR SEL EUKARIOT


Dalam eukariot sederhana, seperti khamir, sintesis DNA yang menuju replikasi
kromosom terjadi sepanjang interfase dan hanya berhenti selama periode singkat
pembelahan nukleus dan sel secara mitosis. Akan tetapi, pada tumbuhan dan hewan
tingkat tinggi, replikasi DNA hanya terjadi selama selang interfase tersendiri yang
disebut sebagai periode S (S adalah singkatan dari Sintesis). Sebelum dan sesudah
periode S, sel giat dalam pertumbuhan dan kegiatan metabolisme dalam periode
interfase G1 atau G2 (G adalah singkatan dari gap atau rumpang). Periode G2
biasanya diikuti oleh mitosis (M). diikuti oleh G1 yang lain, dikenal sebagai daur sel.
Pada umumnya, waktu untuk fase S merupakan sifat konstan yang dimiliki satu tipe sel.
Jumlah waktu yang diperlukan untuk segregasi mitosis anak-anak kromosom yang
sebenarnya biasanya relatif pendek. Dari pandangan genetikawan, dua peristiwa unci
dalam daur sel eukariot adalah replikasi kromosom DNA, yang terjadi selama fase S,
dan pembagian yang tepat kromosom-kromosom yang direplikasi ini kepada sel-sel
anak , yang terjadi pada mitosis.

DNA dan Replikasi Kromosom pada Eukariot


Setiap kromosom dalam suatu sel eukariot diperkirakan mengandung heliks DNA
tunggal yang luar biasa yang berasosiasi dengan bermacam-macam protein,
pernyataan yang akan dipertegas lagi pada bab berikutnya. Selama fase S, heliks ini
harus disalin sehingga heliks tersebut akan menghasilkan dua sel anak. Replikasi ini
bersifat semikonservatif.
Pada sel manusia, DNA direplikasi mulai dari ujung kromosom dan berlanjut berurutan
sampai ke ujung yang lain, replikasi ini akan memerlukan 1000 jam, bertentangan
dengan fase S yang umumnya 6-8 jam. Dalam percobaan J. Huberman dan A. Riggs,
sel-sel manusia daalm fase S dikultur untuk dapat dilabel dengan isotop radioaktif
tritium (3H) kemudian mengisolasi fragmen –fragmen besar DNA dari sel-sel ini,
menebarkan fragmen-fragmen itu pada permukaan rata dan memperlakukan fragmen-
fragmen itu denga autoradiografi. Mereka mendapatkan bahwa serat DNA yang ada
menunjukkan banyak bagian yang berlabel tritium dengan berat, membuktikan bahwa
setiap kromosom “digarap” oleh enzim replikasi pada banyak tempat berbeda dalam
waktu yang sama. Dengan kata lain, setiap kromosom eukariot berisi sejumlah unit
replikasi atau replikon. Ruas-ruas DNA yang pendek yang terbentuk pada setiap unit,
akhirnya bersambung untuk membentuk untai anak yang panjang dan bersinambung.
MEKANISME REPLIKASI DNA
Replikasi DNA terjadi dalam 3 tahap: 1. Permulaan replikasi, 2. Pemanjangan untai-
untai anak, yang terjadi pada letupan-letupan sintesis yang tidak bersinambung dan 3.
Reaksi pemotongan –penyambungan yang kompleks, mengoreksi, menambah, dan
menyambung berbagai potongan.

PERMULAAN REPLIKASI DNA

Replikasi dua arah krkromosom E. coli selalu dimulai pada tempat unik yang saam, asal
replikasi (oriC) terdapat pada 86 menit. Daerah oriC telah diklon dan diurutkan dengan
teknologi DNA rekombinan. Daerah ini diperkirakan menerima struktur sekunder yang
seksama dengan lingkaran-lingkaran multipel yang mengisyaratkan pengikatan protein-
protein awal.
DNA Polimerase III
DNA Ligase
Aktivitas pelepasan untai induk pada E. coli diperantarai oleh “helikase” yang dikenal
sebagai protein rep yang menghidrolisis ATP , sementara secara aktif memeksa heliks
DNA memisah. DNA girase mengintroduksi kelitan super pada DNA, jadi
mengkompensasi kelitan positif yang diintroduksi dengan melepaskan lilitan, denagn
perpatahan dan pelepasan bersama heliks DNA.
Sekali terbuka, untai tunggal yang terbuka distabiklan dengan protein ketiga yang
dikenal sebagai protein pengikat untai tunggal atau protein destabilisasi heliks.

Goodenough. 1984. GENETIKA Edisi Ketiga. Jakarta: Erlangga