P. 1
2-Protein Dan Enzim

2-Protein Dan Enzim

|Views: 310|Likes:
Dipublikasikan oleh Noviani Puji Fitria

More info:

Published by: Noviani Puji Fitria on Nov 25, 2010
Hak Cipta:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

07/21/2013

pdf

text

original

Bagian ke-2: Protein dan enzim

PROTEIN DAN ENZIM
Disajikan sebagai Bahan Kuliah Biokimia bagi Mahasiswa D III Kebidanan Penyusun: Heru Santoso Wahito Nugroho, S.Kep., Ns., M.M.Kes Telefon: 0352-752747 (rumah), 081335251726 (mobile), 0351-895216 (kantor) E-mail: heruswn@yahoo.co.id atau heruswn@telkom.net website: www.heruswn.teach-nology.com

Referensi:
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi XXV, Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC Stryer L, 1996, Biokimia, Edisi IV, Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah Bagian Biokimia FKUI), Jakarta: EGC www.biology.arizona.edu\biochemistry\biochemistry.html, 2003, Biology Project-Biochemistry, Edisi: 28 Januari 2003 The

www.bioweb.wku.edu\courses\BIOL115\Wyatt\Biochem\metabolism.htm, WKU BIO 113-Chemistry

Fungsi protein
Protein memegang peranan penting dalam berbagai proses biologi. Peran-peran tersebut antara lain: 1. Katalisis enzimatik Hampir semua reaksi kimia dalam sistem biologi dikatalisis oleh enzim dan hampir semua enzim adalah protein. 2. Transportasi dan penyimpanan Berbagai molekul kecil dan ion-ion ditansport oleh protein spesifik. Misalnya transportasi oksigen di dalam eritrosit oleh hemoglobin dan transportasi oksigen di dalam otot oleh mioglobin. 3. Koordinasi gerak Kontraksi otot dapat terjadi karena pergeseran dua filamen protein. Contoh lainnya adalah pergerakan kromosom saat proses mitosis dan pergerakan sperma oleh flagela. 4. Penunjang mekanis Ketegangan kulit dan tulang disebabkan oleh kolagen yang merupakan protein fibrosa 5. Proteksi imun Antibodi merupakan protein yang sangat spesifik dan dapat mengenal serta berkombinasi dengan benda asing seperti virus, bakteri dan sel dari organisma lain. 6. Membangkitkan dan menghantarkan impuls saraf
1 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Atom H yang terikat pada atom C α. Struktur asam amino Suatu asam amino-α terdiri atas: 1. Misalnya rodopsin adalah protein yang sensitif terhadap cahaya ditemukan pada sel batang retina. Misalnya faktor pertumbuhan saraf mengendalikan pertumbuhan jaringan saraf. 4. Dengan kata lain protein tersusun atas asam-asam amino yang saling berikatan.1 berikut. pertumbuhan dan diferensiasi diatur oleh protein faktor pertumbuhan.Bagian ke-2: Protein dan enzim Respon sel saraf terhadap rangsang spesifik diperantarai oleh oleh protein reseptor.arizona. yang masing-masing ditentukan oleh jenis gugus R atau rantai samping dari asam amino. The Biology Project-Biochemistry Gambar 2. asam aspartat dan leusin memiliki perbedaan hanya pada jenis gugus R saja. Gugus amino yang terikat pada atom C α. Komponen penyusun protein Unit dasar penyusun struktur protein adalah asam amino.1 Struktur asam amino α Macam asam amino Ada 20 macam asam amino.html. Dari gambar tersebut tampak bahwa asam amino serin. Jika gugus R berbeda maka jenis asam amino berbeda. 5. 2 Biokimia-Program D3 Kebidanan . Sumber: www. Gugus R yang juga terikat pada atom C α. Pengaturan pertumbuhan dan diferensiasi Pada organisme tingkat tinggi. Agar lebih jelas dapat Anda cermati Gambar 2.edu\biochemistry\biochemistry. Contohnya ada pada Gambar 2. 2. 3. Disebut α karena bersebelahan dengan gugus karboksil (asam). Contoh lainnya adalah protein reseptor pada sinapsis 7. Selain itu. Gugus karboksil yang terikat pada atom C α. banyak hormon merupakan protein. Atom C α.2.biology. 2003.

1 Nama-nama asam amino No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Nama Alanin (alanine) Arginin (arginine) Asparagin (asparagine) Asam aspartat (aspartic acid) Sistein (cystine) Glutamin (Glutamine) Asam glutamat (glutamic acid) Glisin (Glycine) Histidin (histidine) Isoleusin (isoleucine) Leusin (leucine) Lisin (Lysine) Metionin (methionine) Fenilalanin (phenilalanine) Prolin (proline) Serin (Serine) Treonin (Threonine) Triptofan (Tryptophan) Tirosin (tyrosine) Valin (valine) Singkatan Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val 3 Biokimia-Program D3 Kebidanan .2 Contoh struktur dari beberapa asam amino Sumber: www. Berikutnya adalah alanin dengan gugus metil (-CH3) sebagai rantai samping. Keduapuluh macam asam amino ini tidak pernah berubah. bentuk. Asam amino yang paling sederhana adalah glisin dengan atom H sebagai rantai samping.biology.1 dan Gambar 2.html.3. Tabel 2. kapasitas pengikatan hidrogen serta reaktivitas kimia.Bagian ke-2: Protein dan enzim Gambar2. 2003. dapat Anda cermati nama dan struktur dari 20 macam asam amino pada Tabel 2. Untuk selanjutnya.edu\biochemistry\biochemistry. muatan.arizona. The Biology Project-Biochemistry Gugus R dari asam amino bervariasi dalam hal ukuran.

Bagian ke-2: Protein dan enzim Alanin Arginin Asparagin (asparagine) 4 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Asam aspartat (aspartic acid) Sistein (cystine) Glutamin (Glutamine) 5 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Asam glutamat (glutamic acid) Glisin (Glycine) Histidin (histidine) Isoleusin (isoleucine) 6 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Leusin (leucine) Lisin (Lysine) 7 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Metionin (methionine) Fenilalanin (phenilalanine) Prolin (proline) Serin (Serine) 8 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

Bagian ke-2: Protein dan enzim Treonin (Threonine) Triptofan (Tryptophan) Tirosin (tyrosine) 9 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

3 Struktur 20 macam asam amino Sumber: www. Ikatan peptida ini dapat disebut juga sebagai ikatan amida. coba Anda cermati Gambar 2. dikeluarkan 1 molekul air (H2O).Bagian ke-2: Protein dan enzim Valin (valine) Gambar 2.4. Proses pembentukan protein dari asam-asam amino ini dinamakan sintesis protein. 2003.edu\biochemistry\biochemistry. Agar lebih jelas. Pada protein atau rantai asam amino. 10 Biokimia-Program D3 Kebidanan . The Biology Project-Biochemistry Ikatan peptida Kedua puluh macam asam amino saling berikatan.html. Ikatan antara asam amino yang satu dengan lainnya disebut ikatan peptida.biology. gugus karboksil (-COOH) berikatan dengan gugus amino (-NH2). Coba Anda pelajari kembali struktur dasar asam amino.arizona. dengan urutan yang beraneka ragam untuk membentuk protein. Setiap terbentuk satu ikatan peptida.

1. Struktur primer Struktur primer adalah urutan asam-asam amino yang membentuk rantai polipeptida (Gambar 2.4 Pembentukan ikatan peptida Sumber: www. struktur sekunder.5). The Biology Project-Biochemistry Soal Latihan: Pada gambar berikut.arizona.Bagian ke-2: Protein dan enzim Gambar 2. Gambar 2.biology. 2003.html.edu\biochemistry\biochemistry. ikatan peptida ditunjukkan oleh nomor berapa saja? Struktur arsitektur protein Ada 4 tingkat struktur protein yaitu struktur primer.5 11 Biokimia-Program D3 Kebidanan . struktur tersier dan struktur kuartener.

The Biology Project-Biochemistry 2. pola lipatan berulang dari rangka protein. The Biology Project-Biochemistry 3.arizona.edu\biochemistry\biochemistry.arizona.edu\biochemistry\biochemistry. Sebagai contoh. Lihat contoh Gambar 2. Struktur tersier Struktur tersier protein adalah lipatan secara keseluruhan dari rantai polipeptida sehingga membentuk struktur 3 dimensi tertentu.html. Dua pola terbanyak adalah alpha helix dan beta sheet.biology.Bagian ke-2: Protein dan enzim Struktur primer protein Sumber: www.6. struktur tersier enzim sering padat. 2003. Struktur kuartener 12 Biokimia-Program D3 Kebidanan .html. 2003. berbentuk globuler. Gambar 2.biology. Gambar 2.7. Struktur sekunder Struktur sekunder protein bersifat reguler.7 Struktur tersier dari protein enzim triosa fosfat isomerase (TPI) 4. Lihat Gambar 2.6 Alpha helix dan beta sheet sebagai struktur sekunder protein Sumber: www.

Sebagai contoh adalah molekul hemoglobin manusia yang tersusun atas 4 subunit. Gambaran spesifitas enzim tercantum pada Gambar 2.9. yaitu mampu mempercepat reaksi kimia minimal sejuta kali. baik terhadap terhadap jenis reaksi yang dikatalisisnya maupun terhadap substrat atau reaktan yang diolahnya. kecepatan sebagian besar reaksi kimia di dalam sistem biologi sangatlah rendah sehingga tak dapat diukur.Bagian ke-2: Protein dan enzim Beberapa protein tersusun atas lebih dari satu rantai polipeptida. Masih ingatkah Anda apa yang dimaksud dengan katalis? Katalis adalah molekul yang berfungsi mempercepat reaksi kimia.html. Satu enzim biasanya mengkatalisis satu jenis reaksi kimia saja. 13 Biokimia-Program D3 Kebidanan . Dalam reaksi enzimatik sangat jarang terjadi reaksi sampingan yang menyebabkan terbentuknya hasil sampingan yang tak berguna. Gambar 2. Hampir semua enzim merupakan protein. Dua sifat penting enzim adalah memiliki daya katalitik yang sangat besar dan sangat spesifik. Struktur kuartener menggambarkan subunit-subunit yang berbeda dipak bersama-sama membentuk struktur protein. yang dipaparkan pada Gambar 2.edu\biochemistry\biochemistry. Tanpa enzim. Bahkan reaksi yang sederhana sekalipun seperti hidrasi CO2 harus dikatalisis oleh enzim karbonat anhidrase.biology. Daya katalitik enzim Daya katalitik enzim sangat besar. CO2 Karbonat anhidrase + H2O ―――――――――→ H2CO3 Spesifitas enzim Enzim sangat spesifik. The Biology Project-Biochemistry Pengertian enzim Enzim merupakan katalis dalam sistem biologi.8. 2003.8 Struktur hemoglobin yang merupakan struktur kuartener protein Sumber: www. atau seperangkat reaksi yang sejenis.arizona.

html. 2003.wku.10 Sumber: www. WKU BIO 113-Chemistry Kompleks enzim-substrat Sebagian besar daya katalitik enzim berasal dari kemampuan enzim menempatkan substrat ke dalam kedudukan yang menguntungkan pada kompleks enzim-substrat.htm. Emil Fischer mengumpamakan substrat dan situs aktif sebagai anak kunci dan kunci.biology. dan kebanyakan mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan kovalen.Bagian ke-2: Protein dan enzim Gambar 2.arizona.edu\biochemistry\biochemistry. Lihat Gambar 2. Enzim memiliki situs aktif. The Biology Project-Biochemistry Klasifikasi enzim Enzim diklasifikasikan berdasarkan tipe reaksi dan mekanisme reaksi yang dikatalisis. Gambar 2. yaitu tempat tertentu pada molekul enzim untuk mengikat substrat.edu\courses\BIOL115\Wyatt\Biochem\metabolism.10 untuk ilustrasi lebih jelas.bioweb. Semua 14 Biokimia-Program D3 Kebidanan . Pada awalnya hanya ada beberapa enzim yang dikenal.9 Model spesifitas enzim terhadap substrat dan reaksi tertentu Sumber: www.

Koenzim yang berikatan secara erat dengan enzim melalui ikatan kovalen atau non kovalen sering disebut sebagai gugus prostetik. Nama enzim terdiri atas 2 bagian. Setiap enzim mempunyai nomor kode (EC) yang terdiri atas: .Enzim spesifik 1 : heksokinase atau ATP:D-heksosa 6fosfotransferase Suatu enzim yang mengkatalisis pemindahan fosfat dari ATP ke gugus hidroksil atom C ke enam molekul glukosa.37 L-malat:NAD+ oksidoreduktase (dekarboksilasi). enzim transferase mengkatalisis pemindahan gugus tertentu. maka International Union of Biochemistry (IUB) telah mengadopsi sistem penamaan yang kompleks tetapi tidak meragukan berdasarkan mekanisme reaksi. Reaksi-reaksi yang memerlukan koenzim antara lain: reaksi 15 Biokimia-Program D3 Kebidanan . protease menghidrolisis protein. pertama menunjukkan substrat dan kedua ditambah dengan –ase yang menunjukkan tipe reaksi yang dikatalisis. Jika diperlukan. amilase menghidrolisis amilum. Contoh: 1. masingmasing mempunyai 4-13 subkelas 2. namun ditambahkan pada jenis reaksi yang dikatalisisnya.Bagian ke-2: Protein dan enzim enzim ini diidentifikasi dengan menambahkan akhiran –ase pada nama substansi atau substrat yang dihidrolisis.Kelas 2 : transferase .Digit keempat : untuk enzim spesifik Contoh: 2. Pemakaian penamaan tersebut terbukti tidak memadai karena banyak enzim mengkatalisis substrat yang sama tetapi dengan reaksi yang berbeda. Koenzim akan memperbesar kemampuan katalitik suatu enzim sehingga jauh melebihi kemampuan yang ditawarkan.Subsubkelas 1 : alkohol merupakan akseptor fosfat . Secara ringkas.1.1 diuraikan menjadi: . Namun sampai sekarang masih banyak buku-buku yang masih menggunakan sistem penamaan lama yang lebih pendek. Reaksi dan enzim yang mengkatalisis membentuk 6 kelas.1. Sistem penamaan enzim sekarang tetap menggunakan –ase.Digit ketiga : subsubkelas tipe reaksi . Contoh: heksosa isomerase (subsrat: heksosa dengan reaksi isomerase).Subkelas 7 : transfer fosfat . Contoh: lipase menghidrolisis lipid. sistem penamaan enzim menurut IUB dijelaskan sebagai berikut: 1. Contohnya ada enzim yang megkatalisis reaksi reduksi terhadap fungsi alkohol gula dan ada pula yang mengkatalisis reaksi oksidasi pada substrat yang sama. 4. Untuk menghindari kesulitan penamaan karena semakin banyak ditemukan enzim yang baru.7. 3. Contoh: enzim dehidrogenase mengkatalisis reaksi pengeluaran hidrogen.1.Digit kedua : subkelas tipe reaksi . ditambah dengan informasi tambahan tentang reaksi dalam tanda kurung di bagian akhir nama. Koenzim Banyak enzim yang memerlukan koenzim untuk dapat berfungsi aktif sebagai katalisator.Digit pertama : kelas tipe reaksi .

Bagian ke-2: Protein dan enzim oksidoreduksi. pemindahan gugus serta isomerisasi. dan reaksi yang membentuk ikatan kovalen. 16 Biokimia-Program D3 Kebidanan .

You're Reading a Free Preview

Mengunduh
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->