Jelajahi eBook
Kategori
Jelajahi Buku audio
Kategori
Jelajahi Majalah
Kategori
Jelajahi Dokumen
Kategori
Kromosom merupakan struktur makromolekul besar yang memuat DNA yang membawa
informasi genetik dalam sel. DNA terbalut dalam satu atau lebih kromosom.
Kromosom tersusun atas nucleoprotein, yaitu persenyawaan antara asam nukleat yang
terdapat dalam inti sel serta protein histon atau protamin, yang membawa keterangan
genetik hanyalah asam nukleat saja.
Kromosom dilapisi oleh histon (protein structural). Setiap kromosom memiliki dua lengan,
yang pendek disebut lengan p (dari bahasa Perancis petit yang berarti kecil atu pendek) dan
lengan yang panjang lengan q (q mengikuti p dalam alfabet).
DNA berfungsi memiliki fungsi :
1. Menyampaikan atau membawa informasi genetik suatu sel mahkluk hidup dari satu
generasi ke generasi berikutnya.
2. Sebagai heterokatalitis, yaitu DNA mampu mensintesis molekul kimiawi lainnya secara
langsung. Seperti mensintesis protein, dan RNA.
3. Sebagai autokatalis, yaitu DNA dapat mensisntesa dirinya sendiri.
Molekul DNA menyediakan mekanisme untuk meneruskan informasi genetic dari sel
parental ke sel anak (pada tingkat seluler), dari induk ke ekturunan (pada tingkat organis)
serta dari generasi ke generasi (pada tingkat populasi). Struktur DNA ditemukan dan diamati
oleh James D. Watson (Perancis) dan F.C Crick (Inggris), meraka menemukan bahwa struktur
DNA adalah double helix. Double helix yaitu tangga tali yang terpilin.
Struktur DNA memiliki 3 tingkatan, dari struktur yang sederhana hingga struktur DNA yang
kompleks. Strutur tersebut diketahui sebagai struktur primer, struktur sekunder dan struktur
tersier.
Struktur Primer DNA :
1. Mengacu pada struktur nukleotida dan nukleotida yang bergabung bersama.
2. Struktur primer DNA terdiri dari nukleotida string.
3. Setiap nukleotida terdiri dari atas :
- Gugusan gula deoksiribosa (gula pentosa yang kehilangan satu atom oksigen)
- Gugusan asam fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula)
- Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula. Ada dua jenis
DNA basa yaitu purin (adenin dan guanin) dan pirimidin (timin dan sitosin).
4. Suatu nukleotida mengandung gula ribosa (pada RNA) dan gula deoksiribosa (pada
DNA). Atom dari lima karbon membentuk cincin segi lima yang diberi angka secara urut.
5. Suatu nukleotida juga mengandung fosfat kelompok, yang terdiri dari atom fosfor terikat
empat atom oksigen.
6. Ikatan antara gula pentosa dan basa nitrogen disebut nukleosida. Ada 4 macam basa
nukleosida yaitu :
- Ikatan A-gula disebut adenosin deoksiribonukleosida (deoksiadenosin)
- Ikatan G-gula disebut guanosin deoksiribonukleosida (deoksiguanosin)
- Ikatan C-gula disebut sitidin deoksiribonukleosida (deoksisitidin)
- Ikatan T-gula disebut timidin deoksiribonukleosida (deoksiribotimidin)
7. Nukleotida DNA dikenal sebagai deoksiribonukleotida atau deoksiribonukleotida
5-monophosphates. Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin
deoksiribonukleotida, timidin deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida, timidin
deoksiribonukleotida. Nukleotida-nukleotida itu membentuk rangkaian yang disebut
polinukleotida. DNA terbentuk dari dua utas poinukleotida yang saling berpilin sehingga
disebut double heliks.
BAB 2.
REPRODUKSI DNA
Proses reproduksi DNA disebut dengan replikasi DNA, dimana terdapat 3 tipe replikasinya
yaitu, tipe konservatif, semi konservatif, dan dispersif. Menurut percobaan meselson dan stahl
replikasi DNA termasuk tipe semikonservatif.
Percobaan meselson dan Stahl menggunakan sebuah bakteri dengan perlakuan pertama
diisolasi dalam medium N15 yang didapatkan beberapa hasil reproduksi bakteri, yang
kemudian diisolasi pada perlakuan kedua yaitu dengan medium N14. Didapatkan kenyataan
bahwa setelah isolasi kedua dan didapatkan beberapa bakteri hasil reproduksi, hasil
sentrifugasi bakteri dengan medium N15 terdapat lebih banyak didasar dan hasil fusi
keduanya setengah N15 dan setengah lagi N14.
Replikasi DNA merupakan proses yang kompleks, dapat dilihat pada saat terjadinya interfase
pembelahan. Beberapa enzim terlibat pada replikasi DNA, yakni enzim DNA polimerase I, II, III;
RNA primase, helikase, ligase dan SSB.
Proses replikasi DNA yang double heliks diawali saat topoisomerase meluruskan pilinan DNA.
Rantai ganda DNA kemudian dibuka ikatan hidrogen antar basa nitrogennya dengan enzim
helikase menjadi dua rantai yang masing-masing diikat oleh SSB agar rantai DNA tidak kembali
menyatu. Rantai DNA yang merupakan antipararel yaitu memiliki sisi molekul 5’-3’ dan 3’-5’
menjadikan proses replikasi berbeda antara satu rantai dengan rantai yang lain.
Penambahan nukleotida baru hanya bisa dimulai dari 3’ ke 5’.Pada rantai DNA dengan awalan
molekul 3’ DNA polimerase III langsung berikatan melengkapi nukleotida, rantai ini dinamakan
dengan leading strands. Sedang pada rantai DNA berawal molekul 5’ lebih kompleks, karena
penambahan nukleotida baru dari molekul 3’ maka penambahannya dilakukan bagian
perbagian.
RNA primase berikatan dengan rantai DNA membentuk protein RNA primer untuk melekatnya
DNA polimerase III yang akan menambahkan nukleotida, kemudian DNA polimerase I melepas
ikatan DNA polimerase III dan protein primer pada rantai DNA.
Penambahan nukleotida bagian perbagian tersebut menyisakan rongga antar nukleotida yang
kemudian ditambal dengan enzim ligase, demikian seterusnya hingga melengkapi semua
rantai. Rantai ini dinamakan lagging strands, dan nukleotida per nukleotida yang ditambahkan
bagian perbagian disebut dengan fragment okazaki.
BAB 3.
KERJA MATERI GENETIK
Pada Prokariotik :
- Terjadinya translasi tidak menunggu proses transkripsi selesai
- Semua untaian DNA mengkode genetik
Pada Eukariotik :
- Terjadinya traslasi menunggu proses transkripsi selesai
- Tidak semua benang mengkode genetik. Bagian yang tidak mengkode disebut intron
sedangkan bagian yang mengkode disebut ekson.
Unit Transkripsi adalah untaian DNA dengan kode genetik yang diperlukan untuk menghasilkan
sebuah melekul RNA dan urutan kode genetik.
Daerah penting dalam proses transkripsi :
- Promotor : sebagai nukleotida pertama yang akan ditranskripsi menjadi RNA atau tempat awal
pelekatan enzim RNA polimerase yang nantinya melakukan transkripsi pada bagian
struktural. Terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian struktural gen.
- Daerah RNA –coding : urutan nukleotida DNA yang mengkode urutan nukleotida RNA.
Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai kodon stop (TAA /
TGA / TAG). Pada prokariot tidak ada sekuens intron (yg tidak dapat diekspresikan)
sehingga semuanya berupa ekson. Namun kadang pada archaebacteria dan
bakteriofag ada yg memiliki intron.
BAB 4.
REGULASI MATERI GENETIK
Mekanisme pengaturan ekspresi gen disebut dengan regulasi ekspresi gen. Proses ini dilakukan
dengan cara menghentikan produk enzim, dengan penghentian ekspresi gen penyandinya.
SISTEM REGULASI OPERON LAKTOSA.
Sistem regulasi ini merupakan sistem regulasi pada tingkat inisiasi transkripsi atau regulasi pada
tingkat promoter. Pengaturan ini pertama kali dijelaskan oleh jacob dan monod. Dalam
penjelasannya jacob dan monod memperkenalkan istilah operon, yang mempunyai pengertian
sekelompok gen yang diapit bersamaan oleh sepasan promoter dan terminator.
Gen-gen pada satu operon yang akan diekspresikan secara bersamaan melaluiu inisiasi
transkripsi pada promoter yang sama dan berakhir pada terminator yang sama. Pada operon
laktosa terdapat tiga gen, yaitu lac-Y, lac-Z, dan lac-A yang masing-masing menyandikan β-
galaktosidase, permease, dan transasetilase. Gen-gen yang berada pada satu operon
mempunyai hubungan fungsi dalam metabolisme.
Pengaturan ekspresi operon laktosa dilakukan oleh suatu protein regulator yang akan
berinteraksi dengan promotor. Protein regulator tersebut akan mennetukan inisiasi translasi
yang akan dilakukan oleh transkriptase. Protein pengatur yang dihasilkann oleh gen regulator,
yaitu gen yang produk ekspresinya berperan mengatur ekspresi gen yang lain.
Dalam kasus operon laktosa terdapat dua gen regulator, yaitu gen lac-i dan gen crp. Gen lac-i
berhubingan dengan kehadiran laktosa, sedangkan gen crp berhubungan dengan kehadiran
glukosa. Gen yang diatur tersebut dinamakan gen strukturan, sebagai contoh gen lac-Z, lac-Y,
dan lac-A pada operon laktosa. Jadi gen regulator berperan mengatur ekspresi gen struktural.
Gen lac-i akan menghasilkan suatu polipeptida, yang kemudian setiap empat polipeptida akan
membentuk satu molekul protein tetramer yang berperan sebagai regulator. Dalam proses
regulasi protein tetramer ini akan menempel pada wilayah promoter yang disebut operator.
Penempelan itu terjadi karena ada kecocokan tertentu antara runtunan basa operator dengan
protein regulator. Akibat adanya protein regulator yang menempati wilayah operator maka
transkriptase tidak dapat melakukan inisiasi translasi, sehingga gen-gen yang terdapat di
belakang promoter menjasi tidak terekspresi. Protein regulator seperti di atas bersifat
menghalangi atau menekan terjadinya transkripsi, maka disebut inhibitor. Lawan sifat dari
represor disebut aktivator, yaitu yang bersifat mendorong terjadinya ekspresi gen.
Kehadiran laktosa pada media tumbuh akan mendorong terjadinya ekspresi operon laktosa atau
terjadi sintesis β-galaktosidase. Berarti kehadiran laktosa harus mampu melepaskan protein
regulator dari promoter agar terjadi ekspresi gen lac-Z, untuk menghasilkan β-galaktosidase.
Dalam sistem regulasi ini laktosa yang diambil oleh bakteri dapat berinteraksi dengan protein
regulator dan asosiasi yang akan mengubah konfigurasi molekul protein regulator.
Perubahan konfigurasi pada protein represor menyebabkan protein tersebut menjadi tidak
mampu bersosiasi dengan operator. Dengan tidak adanya inhibitor pada promoter maka
transkriptase menjadi tidak terhalang untuk melakukan inisiasi transkripsi, dan terjadi ekspresi
gen-gen pada operon laktosa. Selain oleh kehadiran laktosa ekpresi operon lac juga diatur oleh
keberadaan glukosa. Bila bakteri telah mengkonversi laktosa menjadi glukosa, dan bila kuantitas
glukosa sudah mencukupi maka β-galaktosidase harus dihentikan sisntesisnya.
Regulasi oleh glukosa ini disebut represi katabolit atau represi glukosa. Proses regulasi ini
melibatkan tiga komponen yaitu glukosa, cAMP (cyclic AMP), dan CAP (protein
aktivator/represor). CAP merupakan protein yang berperan mengaktifkan enzim transkriptase,
protein ini disandikan oleh gen regulator crp.
Asosiasi antara CAP dengan transkriptase menyebabkan transkriptase menjadi aktif dan mampu
mengkatalisis proses transkripsi; CAP yang terbebas dari cAMP tidak dapat berperan sebagai
aktivator.
Kuantitas cAMP berbanding terbalik dengan kuantitas berbanding terbalik dengan kuantitas
glukosa. Saat glukosa di dalam sel berjumlah kecil cAMP ditemukan berada dlam jumlah yang
besar, dan bila kuantitas glukosa dlam sel meningkat maka cAMP akan menurun. Dalam
keadaan kuantitas rendah cAMP tidak dapat berasosiasi dengan CAP,akibatnya CAP tidak dapat
menjadi aktivator.
Jadi pada saat glukosa rendah cAMP berada dalam jumlah besar dan membentuk asosiasi
cAMP-CAP yang berperan menjadi aktivator enzim transkriptase, sehingga terjadi transkripsi
operon laktosa. Ketika glukosa meningkat sampai jumlah tertentu cAMP menurun sehingga
tidak terbentuk asosiasi cAMP-CAP, dan CAP tidak dapat berperan sebagai aktivator dan
transkripsi operon laktosa tidak berlangsung.
Pada kenyataannya regulasi oleh laktosa dan glukosa atau oleh lac-i dan crp berjalan secara
simultan. Protein inhibitor dan aktivator bekerja secara bersamaan dalam mempengaruhi kerja
transkriptase. Pada tabel diperlihatkan hasil kombinasi kerja antara kedua gen tersebut. Terlihat
bahwa β-galaktosidase akan disintesis hanya pada kondisi kehadiran laktosa dan tidak ada
glukosa.
SISTEM REGULASI OPERON TRP
Pada operon trp terdapat lima gen struktural yaitu trp-E, trp-D, trp-C, trp-B, dan trp-A, dan satu
gen pengawal yaitu trp-L yang berfungsi dalam regulasi. Gen trp-E sampai trp-A keseluruhannya
menyandikan enzim yang berperan dalam satu lintasan metabolisme triptofan. Trp-L
merupakan gen yang paling dekat pada promoter.
Regulasi ekspresi operon trp berbeda dengan regulasi lac; pada operon lac regulasi dilakukan
pada tigkat inisiasi atau pada tingkat promoter, sedangkan regulasi operon trp berlangasung
pada tingkat RNA hasil transkripsi.
Pada operon trp satu gen pengawal (trp-L) yang terletak tepat di belakang promoter, berfungsi
sebagai regulator. Inisiasi transkripsi, pada promoter, akan berjalan tanpa hambatan dan
trasnkriptase masuk ke ruas trp-L.
Regulasi berlangsung pada saat enzim transkriptase berada pada ruas trp-L, yang akan
menentukan apakah trasnkripsi akan berhenti pada trp-L atau dilanjutkan ke ruas gen yang ada
di belakangnya (trp-E sampai trp-A).
Dalam keadaan sel kekurangan triptofan dengan adanya ekspresi gen-gen pada operon trp
maka akan terjadi peningkatan kuantitas triptofan dalam sel. Kuantitas triptofan dalam sel akan
mengendalikan ekspresi gen-gen pada operon ini, yaitu pada konsentrasi tertentu triptofan
akan mengehentikan ekspresi gen-gen tersebut.
Regulasi oleh triptofan berhubungan denga ruas trp-L. Pada ruas trp-L terdapat dua kodon
berhubungan dengan asam amino triptofan yaitu kodon yang terletak pada basa 54 dan 59.
Saat trasnkripsi sedang berjalan pada ruas gen trp-L, RNA yang dihasilkan transkripsi tersebut
juga mulai dibaca oleh ribosom atau ditranslasikan.
Ribosom akan berjalan membaca kodon-kodon yang terdapat RNA tersebut dan meragkaikan
berbagai asam aino yang sesuai. Pergerakan ribosom akan berjalan lancar selama tersedia
amino-asil-tRNA yang cocok dengan kodon yang dibaca ribosom tersebut.
Pada saat kuantitas triptofan dalam sel belum mencukupi tidak akan terbentuk triptofan-tRNA
(amino-asil-tRNA untuk triptofan), sehingga ketika ribosom mencapai kodon trp, basa 54 sampai
basa 59, tidak akan ada tRNA yang berasosiasi pada ribosom, dan ribosom akan berhenti pada
kodon tersebut.
Ketika jumlah triptofan sudah mencukupi maka akan terbentuk triptofan-tRNA dan ribosom
dapat membaca kedua kodon ItrpI tersebut (basa 54 sampai basa 59) dan melanjutkan translasi
kodon-kodon selanjutnya. Kejadian berhenti atau berjalannya ribosom pada kodon ItrpI akan
menentukan apakah proses trasnkripsi operon trp akan berjalan masuk ke gen trp-E atau
berhenti pada ruas gen trp-L.
Ruas gen pengawal trp-L terbagai atas 4 ruas. Keempat ruas tersebut homolog satu dengan
yang lainnya, sehingga ruas-ruas RNA yang ditrasnlasikannya dapat membentuk pasangan satu
sama lain. Ruas-2 dapat berpasangan dengan ruas-1 dan ruas-3, sedangkan ruas-3 selain
berpasangan dengan ruas-2 juga dapat berpasangan dengan ruas-4. Ruas-3 dan ruas-4
merupakan bentuk dari terminator dari gen trp-L, sehingga bila RNA kedua ruas ini berpasangan
(pasangan 3-4) maka akan terbentuk struktur jepit rambut, yang merupakan signal akhir
trasnkripsi, yang akan berakibat transkripsi berhenti.
Regulasi pada tingkat RNA berlangsung melalui pengaturan pembentukan psangan 3-4 (struktur
jepit rambut terminator). Terjadinya perpasangan 3-4 dapat disegah seandainya ruas-3
berpasangan dengan ruas-2.
Keberadaan ribosom pada basa 54-59 (pada trp-L) akan menentukan apakah trasnkripsi operon
ItrpI akan berhenti pada ruas trpi-L atau berlanjut ke trp-E.
Bila kuantitas triptofan di dalam sel belum berhenti pada basa 54-59, ruas-2 akan terbebas dari
ribosom sehingga dapat berpasangan dengan ruas-3 (pasangan 2-3). Pada kondisi ini tidak akan
terbentuk psangan 3-4 atau struktur jepit rambut terminator, sehingga trasnkripsi tidak
berhenti pada ujung trp-L; melainkan terus dilanjutkan ke ruas gen trp-E dan seterusnya.
Bila triptofan dalam sel telah mencukupi maka ribosom tidak akan berhenti pada basa 54-59,
karena akan tersedia triptofan-tRNA; ribosom akan bergerak masuk ke ruas-2. Akibat kehadiran
ribosom pada ruas-2 maka ruas-3 terbebas dari perpasangan dengan ruas-3, dan akan
berpasangan dengan ruas-4 membentuk pasangan 3-4 atau struktur jepit rambut. Dalam
kondisi ini maka transkripsi akan berakhir pada ujung trp-L, sehingga ruas trp-E dan yang lainnya
tidak akan tertranskripsikan.
REGULASI ATENUASI
Jika Triptopan Tinggi
Represor berikatan dengan triptopan, komplesk ikatan ini akan menempel pada operon
triptopan.
RNA polimerase tidak dapat berikatan dengan operon karena operon telah berikatan dengan
represor yang membentuk kompleks ikatan dengan triptopan.
Namun dapat pula ketika ada triptopan tinggi, RNA polimerase dapat memulai transkripsi dan
harus dihentikan oleh atenuasi.
ketika mulai ribosom menyalin urutan atenuasi, ribosom dengancepat mencapai bagian 2 dari
menyebabkan pelepasan RNA polimerase,rebosome dan peptida dibatalkan.
operon ini juga dikendalikan oleh redaman, bila ada triptofanrendah, transkripsi leluasa
bila ada sedikit triptofan, kios-kios ribosom pada kodon trptandem di segmen 1 (karena ada lettle tr
p-tRNA untuk mengikatribosom). ini memungkinkan pembentukan jepit
rambut antarasaction 2 dan 3 mengarah ke urutan antitermination
BAB 5.
PEMINDAHAN MATERI GENETIK
Pemindahan materi genetik (DNA) di antara dua sel bakteri melalui proses berikut ini :
1. Konjugasi
Suatu mekanisme pemindahan gen yang membutuhkan kontak langsung antara sel donor
dan sel resipien dengan membentuk jembatan untuk pemindahan materi genetik.
Terjadi transfer DNA dari sel bakteri donor ke sel bakteri penerima melalui ujung pilus.
Ujung pilus akan melekat pada sel peneima dan DNA dipindahkan melalui pilus tersebut.
Kemampuan sel donor memindahkan DNA dikontrol oleh faktor pemindahan ( transfer
faktor = faktor F ).
Prosesnya :
1) Terdapat 2 sel yang kompartibel yaitu adanya sel donor dan sel resipien.
2) Sel donor memiliki plasmid sehingga membentuk pilus. Sel donor disebut sel F + .
3) Sel resipien memiliki reseptor di sekeliling sel. Sel resipien disebut sel F - .
4) Sel donor mendekati reseptor pada sel resipien sehingga terbentuk hubungan antara 2
sel tersebut melalui melekatnya pilus (F) pada sel resepien melalui reseptor.
5) 1 untaian DNA dari sel donor di alirkan ke sel resepien sehingga akan memiliki sifat
yang sama dengan sel donor. Memiliki plasmid dan pilus sehingga menjadi sel F + (sel
kelamin).
2. Transformasi
Merupakan mekanisme masuknya DNA telanjang dari sel bakteri yang satu ke sel bakteri
yang lain.
Pada proses transformasi tersebut DNA bebas sel bakteri donor akan mengganti sebagian
dari sel bakteri penerima, tetapi tidak terjadi melalui kontak langsung. Misalnya pada
bakteri Pneumococci yang menyebabkan Pneumonia dan pada bakteri patogen yang
semula tidak kebal antibiotik dapat berubah menjadi kebal antibiotik karena
transformasi. Proses ini pertama kali ditemukan oleh Frederick Grifith tahun 1982.
3. Transduksi
Pemindahan materi genetik dari satu bakteri ke bakteri yang lain melalui perantara virus.
Selama transduksi, kepingan ganda DNA dipisahkan dari sel bakteri donor ke sel bakteri
penerima oleh bakteriofage (virus bakteri). Bila virus – virus baru sudah terbentuk dan
akhirnya menyebabkan lisis pada bakteri, bakteriofage yang nonvirulen (menimbulakan
respon lisogen) memindahkan DNA dan bersatu dengan DNA inangnya, Virus dapat
menyambungkan materi genetiknya ke DNA bakteri dan membentuk profag.
Ketika terbentuk virus baru, di dalam DNA virus sering terbawa sepenggal DNA bakteri
yang diinfeksinya. Virus yang terbentuk memiliki dua macam DNA yang dikenal dengan
partikel transduksi (transducing particle). Proses inilah yang dinamakan Transduksi. Cara
ini dikemukakan oleh Norton Zinder dan Jashua Lederberg pada tahun 1952.
BAB 6.
http://find.galegroup.com/gtx/retrieve.do?contentSet=IAC-Documents&qrySerId=Locale%2528en
%252C%252C%2529%253AFQE%253D%2528K0%252CNone%25