Bacalah:

Permintaan mendesak dari

Pendiri Wikipedia Jimmy Wales
Baca Sekarang

Elektroforesis
Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Belum Diperiksa
Langsung ke: navigasi, cari

Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan

perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik .[1] Medan listrik dialirkan pada suatu
medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. [2] Teknik ini dapat digunakan dengan
memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan
negatif. [2] Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, kemudian
dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka molekul tersebut
akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. [2] Kecepatan gerak molekul tersebut
tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk
molekulnya.[2] Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz, yang terkait dengan sifat-
sifat dasar elektris bahan yang diamati dan kondisi elektris lingkungan:
F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan yang dibawa oleh objek, E adalah medan listrik.

Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan memurnikan

fragmen DNA. [3]

[sunting] Jenis elektroforesis

Perangkat elektroforesis gel

Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase diam dan
partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah ion-ion kompleks. [4]
Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. [4]
Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas
penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan
adsorpsivitas zat terlarut. [5]

Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul. [6] Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kanji
(sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-protein. [6]
Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai
gel media. [6]

[sunting] Lihat pula

 Elektroforesis gel

[sunting] Referensi
1. ^ (en) Westermeier. 2004. Electrophoresis in Practice: A Guide to Theory and
Practice. New Jersey: John Wiley & Sons inc.
2. ^ a b c d Yuwono T. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.
3. ^ Fatchiyah. 2006. Gel Elektroforesis. Malang: Brawijaya Press
4. ^ a b Sulaiman, Hardi A & Kundari NA. 2007. Pemisahan dan karakterisasi spesi senyawa
kompleks ytrium-90 dan sstronsium-90 dengan elektroforesis kertas. JFN, Vol.1 No.2
5. ^ Khopkar SM. 2002. Konsep Dasar Kimia Analitik. Jakarta: UI-Press.
6. ^ a b c Yepyhardi. 2009. Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular.
Sciencebiotech.net[web]. http://sciencebiotech.net/elektroforesis-pintu-gerbang-
penelitian-biologi-molekular

Diperoleh dari "http://id.wikipedia.org/wiki/Elektroforesis"

Kategori: Elektromagnetisme | Elektroforesis | Kimia koloid

Elektroforesis dua dimensi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Belum Diperiksa
Langsung ke: navigasi, cari

Elektroforesis dua dimensi (2-DE atau elektroforesis 2-D) adalah suatu teknik analisa protein
dengan melakukan pemisahan protein menggunakan dua dimensi.[1] Teknik ini sering digunakan
untuk studi proteomika (analisa molekular terhadap keseluruhan protein yang dihasilkan dari
ekspresi gen dalam sel), deteksi marker penyakit, penelitian kanker dan obat, pemeriksaan
kemurnian, dan juga purifikasi (pemurnian) protein skala mikro.[2] Hal ini dikarenakan,
elektroforesis 2-D mampu memisahkan hingga ribuan protein secara bersamaan.[3]

[sunting] Prinsip dasar

Skema pemisahakan menggunakan elektroforesis 2-D

Dalam elektroforesis 2-D, dimensi pertama dalam pemisahan protein dilakukan berdasarkan titik
isoelektrik (atau muatan) protein tersebut. Sedangkan, pada dimensi kedua, protein akan
dipisahkan berdasarkan berat molekulernya. Pemisahan protein dengan teknik ini dilakukan
dalam kondisi terdenaturasi.[1]

Pada dimensi pertama, protein yang akan dianalisa dilarutkan dalam urea untuk memutuskan
ikatan hidrogen pada protein (agen pendenaturasi). Urea umum digunakan karena senyawa ini
tidak merubah dalam muatan protein sehingga pemisahan protein dapat dilakukan berdasarkan
muatannya. Dengan menggunakan medan listrik, protein dipisahkan melalui gel yang memiliki
gradien pH. Protein akan bergerak hingga berhenti pada titik dimana muatan protein tersebut
netral (titik isoelektriknya).[1]

Setelah melalui dimensi pertama, protein dipisahkan kembali melalui dimensi kedua. Biasanya
tahap ini dilakukan dengan gel poliakrilamida dan sodium dodesil sulfat (SDS). SDS akan
membuat seluruh protein bermuatan negatif sehingga pemisahan bisa dilakukan hanya
berdasarkan bobot molekulernya.[1]

Teknik elektroforesis 2-D yang sering digunakan adalah: untuk dimensi pertama dapat
menggunakan elektroforesis pemfokusan isoelektrik (isoelectric focusing, IEF) dan
nonequilibrium pH gradient electrophoresis (NEPHGE). Sedangkan untuk dimensi kedua,
biasanya digunakan elektroforesis gel poliakrilamida SDS (SDS-PAGE).[1]

[sunting] Visualisasi dan Evaluasi Hasil

Hasil elektroforesis 2-D dengan pewarna Coomasie.

Untuk melihat hasil pemisahan protein menggunakan elektroforesis 2-D, dapat dilakukan
pewarnaan gel dengan coomasie atau pewarnaan perak. Teknik visualisasi lain yang dapat
digunakan adalah fluorografi dan autoradiografi (penggunaan radioaktif). Di dalam satu gel, bisa
terdapat ribuan titik protein yang dapat dianalisa atau diambil (dipisahkan) menggunakan
perangkat lunak (sofware) tertentu. Setelah dilakukan pemilihan dan pemisahan protein (berupa
titik pada gel), analisa lebih lanjut biasanya dilakukan dengan melakukan digesti protein dan
kemudian melalui tahap analisa menggunakan spektofotometer massa (MALDI-TOF).

[sunting] Referensi
1. ^ a b c d e (en)Thierry Rabilloud (1999). Proteome Research: Two-Dimensional Gel
Electrophoresis and Identification Methods (Principles and Practice). Springer. ISBN
978-3-540-65792-7.
2. ^ (en)Andrew J. Link (1999). 2-D Proteome Analysis Protocols (Methods in Molecular
Biology). Humana Press. ISBN 978-0-89603-524-9.
3. ^ 2-D Electrophoresis using immobilized pH gradients: Principles and Methods

Elektroforesis
Posted by admin on Friday, June 19, 2009 · 2 Comments 

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen/molekul bermuatan berdasarkan perbedaan

tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik (Westermeier, 2004). Kecepatan molekul yang
bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan, bentuk dan ukuran. Dengan demikian
elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein dan asam nukleat).
Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi,
atau pun dilakukan kuantifikasi dengan densitometer.

Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk mencegah terjadinya

difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan. Gel poliakrilamid dan agarosa
merupakan matriks penyangga yang banyak dipakai untuk separasi protein dan asam nukleat.
Banyak molekul biologi bermuatan listrik yang besarnya tergantung pada pH dan komposisi
medium dimana molekul  biologi  tersebut  terlarut. Bila berada dalam suatu medan listrik,
molekul  biologi  yang  bermuatan  positif  akan bermigrasi ke elektroda negatif dan sebaliknya.
Prinsip inilah yang dipakai dalam elektroforesis untuk memisahkan molekul-molekul
berdasarkan muatannya. Dalam hal ini protein diberi muatan negatif. Sampel protein dimasukkan
ke dalam slot atau sumuran pada ujung agar. Karena sampel ini memiliki berat, mereka akan
turun ke dasar sumuran.

Elektroforesis Protein
Seperti halnya dengan elektroforesis DNA, elektroforesis protein memungkinkan kita untuk
memisahkan protein berdasarkan ukurannya dan memperlihatkan hasilnya. Akan tetapi protein
jauh lebih beragam dalam ukuran dan strukturnya, karena itu tekniknya jauh lebih rumit.

Pada dasarnya alat elektroforesis terdiri atas 2 bagian utama yaitu bagian electric transformer
yang mengubah arus AC ke DC dan bagian tanki elektroforesis yang berisi flat bed, slab,
column, dan selang.

Beberapa faktor yang mempengaruhi pemisahan komponen pada elektroforesis protein :

1. Densitas muatan molekul - berbeda diantara pH media dan pl molekul.

2. Pengaruh buffer

-          pH - akan mempengaruhi densitas muatan protein dan akibatnya mempengaruhi tingkat
dan arah pergerakannya

-          Kekuatan ionik - mempengaruhi tingkat pemisahan

-          Komposisi - bisa berinteraksi dengan protein menyebabkan perubahan dalam densitas
muatan sebagai contoh ion borak dan glikoprotein.

3. Bentuk dan ukuran molekul

4. media pendukung

-          Restriksi pada mobilitas

-          Pengaruh difusi

-          Elektroendosmosis

-          Mikro-heterogenitas molekuler spesies

Polyacrilamide Gel Elektroforesis (PAGE)

Sistem yang digunakan dalam PAGE

-          Flat Bed

-          Rod atau Column

-          Vertical Slab

-          Capillary
Faktor yang mempengaruhi resolusi

1. Konsentrasi Gel Poliakrilamid

-          Konsentrasi monomer - proporsional terhadap porositas gel akhir

-          Persentase Cross-linker pada Monomer - mempunyai pengaruh pada porositas gel akhir

-          kimia alam untuk Cross-linker - dapat mempengaruhi porositas dan penangan selanjutnya
pada gel akhir

-          Kemurnian monomer - sering terkontaminasi dengan asam akrilat yang menyebakan efek
elektroendosmosis pada gel final.

2. Buffer

-          pH

-          Penggunaan sistem buffer kontnyu atau diskontinyu

-          Komposisi buffer

-          Inklusi agen disosiasi : Urea, detergen non ionic, Sodium Dodecyl Sulphate (SDS)

Buffer sistem

Buffer ini dapat digunakan dengan atau tanpa SDS meskipun inklusi SDS sering umum
digunakan belakangan ini. Laemmli Buffer - Tris, Glycine HCl buffer - adalah buffer yang
banyak digunakan secara luas terutama dengan SDS. Resolusinya sangat jelek dengan ukuran
MW dibawah 10KDa.

Schaegger & Von Jagow Buffer system - Tricine, Tris , HCl buffer - dengan komposisi gel yang
benar sistem buffer ini dapat menguraikan peptida hingga 1 KDa dan umumnya memberikan
memberikan reolusi yang lebih baik hingga 100 KDa.

Penggunaan agen disosiasi

1.    Sodium Dodecyl Sulphate (SDS)

-          Resolusi pemisahan tinggi

-          Estimasi berat molekuler

2.    Urea atau Detergen Non Ionik (Tween 20)

Membantu melarutkan material yang tidak larut dalam media cair seperti protein membran sel
Struktur Protein

Di dalam sel, protein berada dalam bentuk 3 dimensional. Struktur primer protein merupakan
sekuen sederhana dari asam amino. Asam amino ini dapat membentuk struktur umum seperti
alpha heliks, akibat ikatan hidrogen. Struktur protein juga dapat lebih lanjut terpengaruhi oleh
interaksi elektrostatik dan hidrofobik,  sekaligus juga gaya yang lebih kuat seperti ikatan kovalen
disulfide, ini dikenal dengan sebutan struktur tersier protein.

Teknik elektroforesis

Untuk mempelajari protein, kita perlu mengurutkan dan memvisualisasikannya. Salah satu cara
paling umum untuk melakukannya dikenal dengan SDS-PAGE (sodium dodecylsulfate
polyacrylamide gel electrophoresis). 

Semua teknik elektroforesis membutuhkan arus listrik untuk menggerakkan molekul bermuatan
melalui matriks atau gel. Pada laboratorium sederhana kita bisa menggunakan gel agarose utnuk
memisahkan fragmen DNA. Dalam kasus ini, kita memerlukan matriks yang terang/bening untuk
memisahkan molekul. Matriks yang bening ini terbuat dari polimer akrilamid.  Sehingga PAGE
diartikan sebagai proses pemisahan protein dalam sebuah gel akrilamid melalui aplikasi arus
listrik. Seperti halnya pada elektroforesis DNA, molekul yang lebih kecil akan bergerak lebih
cepat dan karena itu akan lebih jauh pada gel.

Tidak seperti DNA, protein yang diisolasi ini tidak akan memiliki muatan negatif yang sama.
Karena itu perlu untuk melindungi semua protein dengan sesuatu untuk memberikan muatan
negatif, yang memungkinkan mereka bergerak menuju ujung positif arus listrik.

Untuk memisahkan protein secara akurat berdasarkan ukurannya, akan sangat penting jika kita
mendenaturasi protein sebelum mengisikannya dalam gel. Untuk melakukan hal ini, kita akan
menggunakan loading buffer dengan 2 bahan penting, SDS dan DTT (ditiotreitol). DTT adalah
agen pereduksi yang kuat yang memutus ikatan disulfida. Selain itu untuk mempergunakan 2
agen kimia untuk mendenaturasi protein, kita juga harus memanaskan beberapa sampel hingga
95oC untuk membantu mendenaturasi protein secara sempurna, menghasilkan molekul linier
yang akan bermigrasi berdasarkan bobot molekulnya.

Filed under BIOLOGI · Tagged with elektroforesis, laboratorium, protein, teknik