Anda di halaman 1dari 15

Biodisversitas Mikrobia dan Prospek Aplikasinya

Dalam Berbagai Bidang*


L. Sembiring, M.Sc., Ph.D.

Laboratorium Mikrobiologi
Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta, 55281.
e-mail: lsembiring@yahoo.com

Abstrak

Indonesia yang terletak di daerah tropis, terkenal sangat kaya akan biodiversitasnya sehingga
dijuluki sebagai salah satu hotspot megabiodiversity di dunia di samping Brazilia, dan Zaire. Namun
demikian, pemahaman kita akan kekayaan sumberdaya hayati tersebut pada kenyataannya masih
kurang memadai sehingga kita masih mengalami kesulitan dalam upaya pemanfaatan dan
pelestariannya. Kekurangan informasi ilmiah mengenai biodiversitas hayati di Indonesia disebabkan
oleh rendahnya minat kalangan ilmuwan dan lemahnya komitmen dukungan sumberdaya penelitian
yang bertujuan menyingkap kekayaan sumberdaya biodiversitas hayati tersebut khususnya
biodiversitas mikrobia. Padahal, biodiversitas mikrobia merupakan salah satu komponen biodiversitas
yang sangat mustahak perannya dalam mempertahankan kelestarian fungsi ekosistem hutan tropis dan
fungsi kehidupan pada umumnya serta potensi aplikasinya dalam berbagai bidang. Dalam makalah ini
diuraikan mengenai konsep biodiversitas pada umumnya dan biodiversitas mikrobia pada khususnya
yang meliputi tiga aras yaitu biodiversitas genetik, biodiversitas spesies dan biodiversitas ekosistem.
Selanjutnya diuraikan mengenai peranan sentral studi sistematika mikrobia modern sebagai instrumen
utama dalam menyingkap biodiversitas mikrobia secara komprehensif. Pemahaman biodiversitas
mikrobia yang memadai merupakan pintu masuk ke arah pemanfaatan potensi sumberdaya mikrobia
untuk peningkatan kualitas kesejahteraan umat manusia. Mengingat bahwa perkembangan dan
kemampuan studi sistematika dalam menjalankan fungsinya sangat dipengaruhi oleh kemajuan semua
cabang biologi dan di antaranya biokimia, teknik biokomia, biologi molekular, genetika molekular
dan evolusi serta aplikasi komputer dalam sistem penanganan dan manipulasi data maka diuraikan
pula peran mendasar cabang-cabang ilmu tersebut. Pembahasan secara mendalam terhadap
pendekatan studi biodiversitas mikrobia dilakukan berlandaskan pendekatan metode sistematik
polifasik yang terdiri dari sistematik numerik-fenetik, sistematik kimiawi (khemosistematik) dan
sistematik molekular-filogenetik. Sebagai konsekuensi aplikasi pendekatan sistematik mikrobia
modern telah terjadi terobosan besar dalam pemahaman paling mutakhir terhadap realitas
biodiversitas mikrobia yang telah dicapai sampai saat ini. Peran penting culture collection dalam
penelitian, pendidikan dan upaya pelestarian mikrobia baik secara ex situ maupun secara in situ juga
dipaparkan. Akhirnya, diuraikan secara garis besar mengenai potensi aplikasi biodiversitas mikrobia
dalam berbagai bidang yang meliputi pertanian, lingkungan, industri, pangan, dan kesehatan. Seiring
dengan itu, diulas pula secara sekilas mengenai hasil-hasil studi biodiversitas mikrobia di Indonesia
sebagai bagian dari upaya pemanfaatan dan pelestarian sumberdaya mikrobia di bumi nusantara ini.

A. Pengertian Biodiversitas
Biodiversitas (biodiversity) mengacu pada seluruh jasad hidup yang ada dalam
biosfer dan wujudnya dapat diamati berupa mikrobia, tumbuhan maupun hewan. Jadi,
biodiversitas hayati dapat didefinisikan sebagai totalitas variasi gena, spesies, dan
ekosistem yang dijumpai di suatu daerah. Dengan demikian, pengertian biodiversitas
termasuk di dalamnya biodiversitas mikrobia berada pada tiga aras yaitu
biodiversitas genetik, biodiversitas spesies dan biodiversitas ekosistem (Sembiring,
1998).
Menurut World Conservation Center (Anonimus, 1992) biodiversitas genetik
adalah variasi gena atau genom yang dimiliki oleh setiap individu anggota spesies,
sedangkan biodiversitas spesies adalah jumlah spesies yang terdapat dalam suatu
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
komunitas, dan biodiversitas ekosistem adalah jumlah atau variasi ekosistem yang
terdapat di suatu daerah. Walaupun demikian, dalam pembicaraan secara umum, yang
dimaksud dengan biodiversitas lebih sering mengacu kepada biodiversitas spesies saja
meskipun secara substansial, biodiversitas sesungguhnya mencakup ketiga tataran
tersebut.
Apabila kita mengacu kepada biodiversitas spesies maka sudah barang tentu,
tingkat biodiversitas sangat tergantung kepada konsep spesies yang kita gunakan.
Padahal, masalah konsep sepesies merupakan hal yang sangat kontroversial dalam
perdebatan para pakar dari waktu ke waktu seiring dengan perkembangan biologi
pada khususnya dan ilmu dan teknologi secara keseluruhan pada umumnya. Misalnya,
perkembangan pemikiran mengenai konsep spesies sampai yang paling mutakhir
seperti yang dipaparkan dalam buku yang disusun oleh para pakar yang berkompeten
dan diterbitkan oleh The Systematics Association (1997), ada sebanyak 22 konsep
spesies yang digunakan (Mayden, 1997). Oleh karena itu, dalam studi biodiversitas
mikrobia, khususnya untuk bakteri misalnya, para pakar berupaya keras merumuskan
suatu konsep spesies yang praktis sehingga dapat digunakan oleh para peneliti di
seluruh dunia (Goodfellow et al., 1997).
Jadi, jelas sekali bahwa tingkat biodiversitas mikrobia di suatu habitat sangat
dipengaruhi oleh konsep spesies yang digunakan dalam menganalisis strain mikrobia
yang diperoleh dari habitat tersebut (Sembiring, 2002). Dalam dunia mikrobia,
khususnya bakteri dan arkhaea ada 4 konsep spesies yang telah dan masih digunakan
dalam praktek yaitu konsep nomenspesies (nomenspecies concept), konsep
taksospesies (taxospecies concept), konsep genospesies (genospecies concept) dan
konsep spesies genomik (genomic species concept). Dengan demikian, setiap
informasi penelitian mengenai tingkat biodiversitas spesies mikrobia hendaknya
ditinjau dari konsep spesies yang digunakan dalam menganalisis hasil penelitian
tersebut. Akhirnya, dapat dikemukakan bahwa betapa penting kesamaan pemahaman
mengenai konsep spesies ini terutama dalam membahas kekayaan biodiversitas
spesies mikrobia di alam.
Biodiversitas mikrobiota di hutan tropis masih sangat kurang diketahui
dibandingkan dengan ekosistem hutan di daerah beriklim sedang (temperate forests).
Hal ini dapat diketahui dari fakta bahwa berdasarkan penelusuran yang dilakukan
dalam BIOSIS misalnya sejak tahun 1963 hanya ada 96 publikasi mengenai fungi
dan bakteri dari ekosistem hutan tropis dibandingkan dengan 2411 publikasi serupa
dari ekosistem hutan di daerah beriklim sedang (Lodge et al., 1996). Publikasi
tersebutpun umumnya berkaitan dengan mikrobia patogen pada tanaman hutan serta
deskripsi mengenai strain baru (novel strain) tetapi jarang mengenai peran
biodiversitas mikrobiota dalam fungsi ekosistem hutan tropis.
Pentingnya peran biodiversitas mikrobia (mikrobiota) secara ekologis sangat
berkaitan dengan kelestarian sistem kehidupan di planet bumi ini (Lovelock, 1988;
Stoltz et al., 1989; Truper, 1992). Namun demikian, peranan mikrobia dalam
ekosistem daratan (teresterial) belumlah sepenuhnya dapat dipahami meskipun kita
tahu bahwa mikrobia berperan aktif dalam siklus nutrien yang merupakan bagian
siklus biogeokimiawi sehingga mikrobia merupakan faktor penting dalam bidang
kesuburan tanah untuk pertanian (Stolz et al., 1989; Truper, 1992; Bull et al., 2000).
Sistematik mikrobia adalah ilmu yang mempelajari biodiversitas mikrobia serta
hubungan antar mikrobia baik hubungan similaritas (fenetik) maupun hubungan
kekerabatan (filogenetik) (Godfellow & O’Donnell,1993; Goodfellow, 2000).
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Sistematika terdiri dari tiga subdisiplin yaitu klasifikasi, identifikasi dan nomenklatur
(Cowan, 1955). Kemampuan studi sistematika mikrobia dalam menyingkap
biodiversitas mikrobia sangat dipengaruhi oleh perkembangan biologi pada umumnya
dan kimia, biokimia, biologi molekular, genetika molekular, evolusi molekular serta
aplikasi komputer dalam biologi (bioinformatika) untuk keperluan manipulasi data.
Perkembangan aplikasi komputer dalam sistematika mikrobia telah melahirkan
sistematik numerik (Sneath, 1957; Sokal, 1985) yang memungkinkan dilakukannya
klasifikasi dan identifikasi mikrobia secara kuantitatif dan lebih bersifat objektif.
Selanjutnya, aplikasi teknik biokimia dalam sistematik untuk menganalisis komponen
sel di antaranya penyusun dinding sel, lipid membran, dan protein misalnya telah
melahirkan sistematik kimiawi (khemosistematik) yang sangat penting dalam
pendefinisian genus pada bakteri dan arkhaea. Akhirnya, revolusi biologi molekular
telah menyumbangkan data yang sangat menentukan bagi lahirnya sistematika
molekular yang menggunakan informasi genetik yang terkandung dalam molekul
DNA dan RNA untuk melakukan klasifikasi dan identifikasi mikrobia. Tersedianya
data berupa sequences DNA, RNA dan protein dalam data base Internasional
(EMBL, DDBJ, RDP) yang dapat diakses via internet oleh khalayak ilmuwan di
seluruh dunia telah memicu lahir dan berkembangnya bidang kajian bioinformatika
yaitu pemanfaatan informasi biologis (sequences DNA, RNA dan protein) yang
semakin melimpah tersebut dengan menggunakan berbagai software komputer yang
telah tersedia untuk tujuan menyingkap potensi mahluk hidup (mikrobia) dalam
berbagai bidang bagi kepentinga kesejahteraan manusia.
Pendekatan klasifikasi dalam sistematik yang menggabungkan sistematik
numerik, sistematik kimiawi dan sistematik molekular untuk menghasilkan sistem
klasifikasi yang kokoh sebagai dasar penyusunan sistem identifikasi yang
berdayaguna dikenal dengan taksonomi polifasik (Colwell, 1970). Kongruensi hasil
klasifikasi antar ketiga pendekatan tersebut dianggap mampu memberikan dasar
klasifikasi yang lebih bermakna, bersifat prediktif dan bermafaat dalam mempelajari
biodiversitas mikrobia di alam.
Sistematika mikrobia modern yang berlandaskan pendekatan sistematik
polifasik sangat bermanfaat dalam berbagai bidang aplikasi, misalnya dalam studi
filogeni (Fox et al., 1977; Woese & Fox, 1977; Woese, 1987), yang telah menantang
pandangan dikotomis evolusi prokaryotik – eukaryotik (Chatton, 1937). Demikian
juga dalam diagnostik molekular untuk deteksi dan identifikasi dalam bidang
pertanian meliputi (i) biofertilizer yaitu mikrorhiza (Jeffries & Dodd, 2000) dan
bakteria bintil akar (Coutinho et al., 2000), (ii) bakteria agensia penyakit tanaman
(Young, 2000) dan (iii) agensia pengendali hayati bagi serangga hama ( Priest &
Dewar, 2000; Humber, 2000), dalam bidang lingkungan meliputi (i) bioremediasi
(Voordow, 2000; Ederer & Crawford, 2000) dan (ii) biomining (Goebel et al., 2000;
Kristijansson et al., 2000) serta pangan (Axelsson & Ahrne, 2000) dan medis
(Wayne, 2000).

B. Biodiversitas Mikrobia
Walaupun sering dianggap bahwa mikrobia merupakan jasad renik yang
berukuran relatif kecil sehingga hanya dapat dilihat dengan jelas di bawah mikroskop,
ternyata bahwa hal ini tidak sepenuhnya benar karena ada mikrobia yang berukuran
relatif besar karena memiliki panjang sekitar 650 µm yaitu bakteri anggota spesies
Epulopiscium fishelsoni bahkan ada yang mencapai diameter 750 µm, yaitu bakteri
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
anggotas spesies Thiomargaritta namibiensis (Prescott et al., 2002). Mikrobia
mencakup jasad dengan kisaran biodiversitas yang luas karena meliputi bakteria,
arkhaea, fungi, protozoa dan algae.
Pandangan ilmiah mengenai biodiversitas mikrobia berubah seiring dengan
perkembangan ilmu yang mendukung studi biodiversitas mikrobia tersebut. Secara
garis besar dapat dikemukakan bahwa sejarah klasifikasi mahluk hidup menunjukkan
bahwa pengetahuan mengenai jasad yang diklasifikasikan sangat menentukan metode
dan hasil klasifikasi yang diperoleh. Sejarah klasifikasi dapat ditelusuri dari yang
paling tua sampai yang dianggap paling mutakhir dewasa ini seperti yang diuraikan
dalam paragraf berikut.

C. Sejarah klasifikasi jasad hidup


Sistem klasifikasi yang dikembangkan oleh Linnaeus (1753) membagi jasad
hidup hanya atas dua dunia kehidupan yaitu Dunia Plantae (Tmbuhan, Algae, Fungi,
Bakteria dan Arkhaea) dan Dunia Animalia (Hewan dan Protozoa). Selanjutnya,
karena ditemukannya jasad (Euglena) yang tidak dapat digolongkan ke dalam salah
satu dunia kehidupan tersebut maka Haeckel (1866) mengusulkan sistem klasifikasi
atas 3 dunia yaitu dunia Plantae, dunia Animalia dan dunia Protista. Sebagai
konsekuensi perkembangan mikroskop elektron maka diketahuilah bahwa struktur
internal sel ternyata ada yang memiliki organela yang diselubungi membran dan ada
pula yang tidak memiliki organela, yaitu bakteria dan arkhaea. Chatton (1937)
menyebut kelompok pertama sebagai eukaryotik dan kelompok kedua disebut dengan
prokaryotik. Penggolongan dikotomis prokayotik-eukaryotik selanjutnya dianut oleh
sebagian besar pakar biologi yang bahkan secara dogmatis menganggap bahwa
perbedaan sifat tersebut bersifat fundamental secara evolusioner. Hasil penelitian
berdasarkan mikroskop elektron dan teknik biokimiawi juga mendukung kedua tipe
sel tersebut sehingga hal ini telah memberi inspirasi bagi para pakar untuk
mengajukan sistem klasifikasi baru bagi jasad hidup yang beranekaragam, termasuk di
dalamnya mikrobia (Solomon et al., 2008). Dengan demikian, mikrobia ada yang
tergolong jasad prokaryotik yaitu Bakteria dan Arkhaea dan ada yang tergolong ke
dalam jasad eukaryotik yaitu Fungi, Algae dan Protozoa.
Salah satu sistem klasifikasi mahluk hidup yang kemudian diajukan berdasarkan
pandangan dikotomis prokaryotik-eukaryotik adalah yang diajukan oleh R.H.
Whittaker (1969) yang membagi jasad hidup menjadi 5 dunia kehidupan. Dalam
sistem ini, Fungi yang mencakup cendawan (mushroom), kapang (mold) dan khamir
(yeast) dikeluarkan dari dunia Plantae untuk dimasukkan dalam dunia tersendiri yaitu
dunia Fungi. Hal ini dilakukan dengan pertimbangan bahwa fungi tidak
berfotosintesis, bersifat heterotrofik, dinding sel terdiri dari khitin, struktur tubuh serta
cara reproduksi. Lalu, diciptakan dunia Monera (Prokaryotae) untuk mengakomodasi
bakteria dan arkhaea yang secara fundamental dianggap berbeda dengan jasad yang
lain karena tidak memiliki organela. Dapat ditegaskan bahwa Whittaker (1969)
mengklasifikasi jasad hidup menjadi dunia Plantae, Animalia, Fungi, Protista dan
Monera hanya berdasarkan 3 aspek yaitu (i) struktur organisasi internal sel (ii)
struktur organisasi sel dan (iii) tipe nutrisi sel.

D. Klasifikasi jasad hidup dalam era biologi molekular


Ditemukannya struktur double-helix molekul DNA oleh Watson dan Crick
(1953) telah memicu perkembangan biologi molekular yang selanjutnya sangat
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 4
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
mempengaruhi pandangan para pakar dalam melihat biodiversitas jasad hidup. Carl
Woese (1970-an) dari Universitas Illinois (USA) menggunakan teknik biologi
molekular yaitu analisis sequence rRNA subunit kecil (SSU rRNA) untuk
mempelajari hubungan kekerabatan jasad hidup. Woese menggunakan analisis variasi
molekul universal (rRNA) tersebut untuk menantang pandangan (dogma) lama yang
menganut bahwa semua jasad prokaryotik sangat berkerabat dekat dan sangat mirip
satu sama lain. Berdasarkan hasil analisis variasi molekul rRNA maka Woese (1987)
mengajukan bahwa sesungguhnya jasad prokaryotik terdiri dari dua kelompok yang
berbeda secara fundamental yaitu Archaebacteria dan Eubacteria. Dengan demikian
maka selanjutnya diusulkan bahwa prokaryotae mencakup dua di antara tiga garis
evolusi kehidupan yang ditemukan berdasarkan analisis rRNA yaitu Archaea,
Bacteria dan Eukarya (Woese et al., 1990).
Usulan klasifikasi jasad hidup menjadi 3 domain oleh Woese et al., (1990)
selanjutnya mendapatkan dukungan hasil penelitian Carol J. Bult (1996) yang
melaporkan bahwa kemiripan sequence genom salah satu anggota Domain Arkhaea
(Metahnococcus janashii) dengan sequence genom anggota Domain Bacteria kurang
dari 50%. Atas dasar bukti molekular inilah sebagian besar pakar biologi masa kini
setuju untuk membagi prokaryotae menjadi Domain Arkhaea dan Domain Bacteria.
Berdasarkan perbedaan fundamental secara molekular antara arkhaea, bacteria
dan eukarya maka banyak pakar sistematika masa kini, khususnya sistematika
mikrobia menggunakan satu hirarki takson di atas dunia (Kingdom = Regnum) yaitu
Domain. Dengan demikian, jasad hidup diklasifikasikan menjadi 3 Domain yaitu
Domain Arkhaea, Domain Bacteria dan Domain Eukarya. Hasil analisis sequence
rRNA menunjukkan bahwa anggota domain Arkhaea memiliki gena yang merupakan
kombinasi antara gena yang mirip gena bakteri dan gena yang mirip gena eukaryot
bahkan ada kecenderungan anggapan bahwa secara filogenetis Domain Arkhaea lebih
mirip dengan Eukarya dari pada dengan Domain Bacteria.
Akhirnya, sebagai konsekuensi perkembangan biologi modern maka dewasa ini
banyak pakar yang setuju dengan klasifikasi jasad hidup atas tiga domain dan 6 dunia
kehidupan. Sebagai contoh bahwa isu tersebut telah dianggap mantap untuk diterima
oleh kalangan pakar biologi, maka dalam salah satu buku teks Biologi mutakhir yang
ditulis oleh Solomon et al. (2002; 2008) menggunakan sistem tiga domain dan 6 dunia
kehidupan yaitu Dunia Bacteria, Dunia Arkhaea, Dunia Fungi, Dunia Protista,
Dunia Plantae dan Dunia Animalia. Dalam konstelasi sistem klasifikasi ini maka
mikrobia meliputi tiga domain dan empat dunia yaitu, dunia Bakteria, Arkhaea,
Fungi dan Protista.
Berdasarkan perkembangan analisis sistematika molekular-filogenetik lebih
lanjut maka biodiversitas Domain Arkhaea digolongkan ke dalam satu Dunia
Arkhaea yang terdiri dari 2 Phylum yaitu Phylum Crenarcheota dan Phylum
Euryarcheota. Sedangkan Domain Bacteria dimasukkan dalam satu Dunia yaitu
dunia Bakteria yang dibagi ke dalam 23 Phylum (Prescott et al., 2002). Perbedaan
mendasar dalam tataran struktural dan molekular (molecular signature) antara ketiga
domain jasad hidup tersebut sangat mendukung keberadaan sistem klasifikasi ini.
Selanjutnya, analisis sistematika molekular (Atlas, 1997) juga telah
menghasilkan terobosan dalam pemahaman mengenai mikrobia eukaryotik (Protozoa,
Algae dan Fungi). Klasifikasi filogenetik berdasarkan sequence 18S rRNA Protozoa
ternyata terdiri dari dua garis evolusi sehingga diklasifikasikan menjadi Dunia
Archeozoa yang terdiri dari 3 Phylum dan Dunia Protozoa yang terdiri dari 7
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 5
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Phylum. Demikian pula Algae ternyata tidak bersifat monofiletik tetapi bersifat
polifiletik karena berdasarkan klasifikasi filogenetik (18S rRNA) maka sebagian
Algae bersama-sama dengan Slime molds masuk ke dalam Protozoa, sebagian masuk
ke Dunia Plantae dan sisanya bersama-sama dengan Water molds diusulkan untuk
dmasukkan ke dalam dunia tersendiri yaitu Dunia Chromista.

E. Menuju Era Sistematika Mikrobia Modern (Polyphasic Systematics)


Sistematika mikrobia adalah ilmu yang mempelajari biodiversitas dan hubungan
yang ada antara sesama mikrobia baik hubungan similaritas maupun hubungan
filogenetis. Dalam studi biodiversitas tersebut sistematika memiliki 3 subdisiplin yaitu
klasifikasi, identifikasi dan tatanama. Dalam prakteknya, ketiga subdisiplin tersebut
saling berkaitan satu sama lain.
Klasifikasi adalah proses dan hasil penggolongan strain mikrobia ke dalam
takson berdasarkan kemiripan atau perbedaan karakter. Sedangkan taksonomi adalah
ilmu yang mempelajari teori klasifikasi (Simpson, 1961). Jadi, dapat dikatakan bahwa
klasifikasi adalah praktek taksonomi dan sebaliknya. Identifikasi adalah proses
penentuan apakah strain yang diteliti identik dengan strain mikrobia yang telah
ditemukan sebelumnya atau tidak. Tatanama adalah aturan internasional mengenai
metode pemberian nama ilmiah yang benar bagi mikrobia yang ditemukan.
Sistematika mikrobia telah mengalami perkembangan yang spektakular seiring
dengan penggunaan metode kimiawi dan biokimiawi, biologi molekular serta aplikasi
komputer dalam sistem manipulasi data untuk merevisi dan mengembangkan sistem
klasifikasi dan identifikasi mikrobia. Sistem klasifikasi yang lebih baik telah
memberikan manfaat yang besar bagi kemudahan identifikasi mikrobia yang penting
dalam bidang pertanian dan lingkungan, dalam bidang medis serta dalam bidang
industri.
Kemajuan sistematika mikrobia ini dapat ditelusuri dari digunakannya komputer
untuk mengembangkan sistematik numerik (Sneath, 1957a; 1957b: Sokal, 1985)
diikuti dengan dipakainya metode kimiawi dan biokimiawi dalam klasifikasi mikrobia
untuk mengembangkan sistematik kimiawi (Goodfellow & O’Donnell, 1994) serta
dimanfaatkannya data molekular dalam mendemostrasikan peran sistematika
molekular dalam menyingkap biodiversitas mikrobia (Woese, 1987). Kongruensi
antara ketiga pendekatan dianggap merupakan dasar yang mantap untuk menghasilkan
sistem klasifikasi mikrobia yang bermakna yang selanjutnya dapat digunakan sebagai
dasar untuk mengkonstruksi sistem identifikasi yang bermanfaat dalam berbagai
bidang aplikasi mikrobia.

E.1. Sistematika Numerik


Klasifikasi mikrobia ke dalam unit taksonomi dengan metode numerik yang
didasarkan atas karakter yang dimiliki bersama (shared characters) dilakukan
pertama kali oleh Sneath (1957a ; 1957b). Metode klasifikasi numerik bertujuan
menggolongkan setiap strain mikrobia ke dalam kelompok takson yang homogen
yaitu taksospesies, berdasarkan sejumlah besar data fenotipik (politetik) lalu
menggunakan hasil klasifikasi tersebut sebagai dasar untuk menghasilkan sistem
indentifikasi yang lebih baik. Jika dibandingkan dengan sistem klasifikasi tradisional-
konvensional yang ada sebelumnya maka sistem klasifikasi numerik sangat berbeda
khususnya dalam hal mendefinisikan taksospesies atas dasar sebanyak-banyaknya
karakter (politetik) yang diperlakukan setara (unweighted) bukan seperti metode
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 6
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
tradisional yang mendasarkan diri atas karakter tunggal (monotetik) yang dipilih
secara subjektif. Dasar teoritis sistematik numerik terdokumentasikan dengan baik
dalam beberapa pustaka (Sokal, 1985; Sackin & Jones, 1993; Stackebrandt et al.,
2000).
Aplikasi metode sistematik numerik telah meningkatkan kualitas sistem
klasifikasi mikrobia secara signifikan, khususnya bakteria. Sebagai konsekuensi
aplikasi tersebut telah dilakukan revisi terhadap beberapa genera bakteri yang telah
diklasifikasikan sebelum tahun 1960-an yaitu di antaranya Bacillus (White et al.,
1993) dan Rhodococcus (Goodfellow et al., 1998). Telah terbukti bahwa sistematik
numerik sangat bermanfaat dalam merevisi jumlah spesies dalam genus Streptomyces
(Williams et al., 1983; Sembiring & Goodfellow, 2001a; Goodfellow et al., 2007)
serta dalam menyingkap biodiversitas strain di antaranya yang diisolasi dari Indonesia
(Sembiring, 2000; Sembiring et al., 2000) dan isolat dari New Caledonia (Saintpierre
et al., 2003). Namun, aplikasi sistematik numerik relatif masih sedikit dilakukan
dalam kelompok mikrobia lain seperti fungi dan protozoa (Goodfellow & Dickinson,
1985).
Dapat disimpulkan bahwa aplikasi metode sistematik numerik telah membuat
terobosan besar dalam mendefinisikan spesies secara lebih objektif dan terukur yaitu
dikembangkannya konsep taksospesies. Berdasarkan konsep ini maka taksospesies
adalah sekelompok strain mikrobia yang memiliki indeks similaritas ≥ 70%.

E.2. Sistematika Kimiawi (Chemosystematics)


Data kimiawi yang diperoleh dari hasil analisis total sel mikrobia atau
komponen sel mikrobia dengan metode fisiko-kimiawi seperti kromatografi gas (GC),
Thin layer Chromatography (TLC), High Performance Liquid Chromatography
(HPLC) dapat digunakan untuk mengklasifikasikan mikrobia atas dasar distribusi
komponen yang berbeda baik intra maupun intertakson (Goodfellow & O’Donnell.,
1994). Analisis khemotaksonomi terhadap makromolekul khususnya asam amino dan
peptida, polisakarida, protein, enzim, dan senyawa polimer kompleks lainnya seperti
isoprenoid quinones sangat bermanfaat dalam klasifikasi dan identifikasi mikrobia
(Goodfellow, 2000).
Sidikjari kimiawi yang bernilai taksonomis dapat diperoleh dengan
menggunakan teknik analisis kimiawi seperti Curie-point pyrolysis mass
spectrometry (PyMS) (Magee, 1993). Kecepatan dan reprodusibilitas PyMS serta
kemudahan aplikasinya terhadap berbagai mikrobia patogen menyebabkan teknik ini
sangat berguna dalam identifikasi antar strain pada studi epidemiologis (Goodfellow
et al., 1997). Metode kimiawi lain yang bermanfaat dalam klasifikasi dan identifikasi
mikrobia adalah analisis asam lemak (Stead et al., 1992), analisis protein (Vauterin et
al., 1993) serta analisis enzim dan profil metabolit volatil (James, 1994; Larsen &
Frisvad, 1995).
Pentingnya data kimiawi dalam klasifikasi mikrobia juga didemonstrasikan
dalam deskripsi genus pada bakteri yang mengandalkan perbedaan distribusi
komponen kimiawi sel. Artinya, pendefinisian genus pada bakteri terutama
mendasarkan diri atas data sistematik kimiawi (Holt et al., 1994).

E.3. Sistematika Molekular


Teknik sequencing asam nukleat telah berkembang secara pesat sehingga
perbandingan sequence gena homolog merupakan prosedur standar dalam sistematik
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 7
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
mikrobia modern dewasa ini. Gena yang bersifat conserved seperti gena yang
mengkode rRNA telah digunakan secara luas untuk menganalisis hubungan antar
mikrobia mulai dari aras spesies sampai di atas genus ( Woese, 1987). Sequence asam
nukleat telah didepositkan dalam squence database seperti data Bank of Japan (Tateno
et al., 1998), the European Molecular Biology Laboratories Database (Strosser et al.,
1999), the Gene Bank Database (Benson et al., 1998) dan the Ribosomal Database
Project (Maidak et al., 1997) sehingga dapat diretrieve dan digunakan sebagai acuan
dalam penelitian.
Telah diketahui bahwa gena rDNA adalah sangat esensial bagi kehidupan semua
jasad hidup. Gena ini sangat bersifat conserved baik pada jasad prokaryot maupun
jasad eukaryot sehingga digunakan untuk mengkonstruksi pohon filogeni universal
bagi semua jasad hidup. Filogeni yang didasarkan atas gena rDNA dapat digunakan
untuk tujuan klasifikasi maupun identifikasi mikrobia dan terbukti mampu
menyingkap biodiversitas streptomisetes yang berasosiasi dengan rizosfer tanaman
sengon (Paraserianthes falcataria) (Sembiring, 2000; Sembiring et al., 2000;
Sembiring & Goodfellow, 2001b) dan menyingkap kekeliruan dalam identifikasi
anggota genus Streptomyces (Goodfellow et al., 2007)
Rantai komplementer DNA dapat didenaturasi menjadi rantai tunggal dan
kemudian direnaturasi kembali menjadi rantai ganda pada kondisi tertentu. Pasangan
komplementer spesifik terjadi antara A-T dan G-C sehingga persentase
kekomplementeran pasangan dua rantai tunggal DNA (DNA-DNA relatedness) dapat
digunakan sebagai ukuran kemiripan antar rantai yang berasal dari dua jasad yang
berbeda. Teknik untuk mengukur tingkat kemiripan antar rantai DNA ini dilakukan
dengan hibridisasi. Oleh karena itu, nilai DNA-DNA relatedness ini telah digunakan
sebagai dasar untuk mendefinisikan spesies mikrobia yang dikenal dengan konsep
genomic species. Kosep ini mendefinisikan spesies sebagai suatu kelompok strain
mikrobia yang memiliki nilai DNA-DNA relatedness ≥ 70% dengan nilai ∆Tm ≤
5oC. Konsep genomic species telah digunakan untuk menjelaskan klasifikasi ke
dalam genus dan spesies pada Streptomyces (Labeda, 1998).
Selanjutnya, metode sidikjari DNA telah banyak pula dikembangkan untuk
keperluan identifikasi, khususnya untuk typing antar strain mikrobia (Gurtler &
Stanisich, 1996; Towner & Cockayne, 1993). Hal ini sangat penting terutama dalam
mengidentifikasi (biotyping) mikrobia patogen.

E.4. Pendekatan Sistematika Polifasik


Sistematik mikrobia berawal dari pendekatan yang bersifat intuitif namun
selanjutnya semakin obyektif sebagai akibat perkembangan teknik pendekatan yang
diuraikan di atas. Perkembangan terkini, khususnya sistematik molekular telah
memicu munculnya pemikiran akan perlunya membandingkan hasil klasifikasi antara
yang sudah ada sebelumnya dengan pendekatan klasifikasi mikrobia terkini (Murray
et al., 1990). Upaya ini bahkan mendorong munculnya pandangan bahwa klasifikasi
mikrobia pada setiap hierarki taksonomis sebaiknya didasarkan atas penggunaan data
fenotipik maupun genotipik secara terintegrasi (Vandamme et al., 1996; Goodfellow
et al., 1997a). Pendekatan ini dikenal dengan istilah taksonomi polifasik yang
diperkenalkan oleh Colwel (1970). Data genotipik diperoleh dari hasil analisis asam
nukleat sedangkan data fenotipik dihasilkan dari hasil analisis karakter kultural,
khemotaksonomi, morfologis, nutrisional dan karakter terekspresi yang lain
(Goodfellow, 2000). Kongruensi antar kedua pendekatan inilah yang dianggap paling
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 8
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
kokoh untuk menghasilkan sistem klasifikasi dan identifikasi yang bermakna dan
bermanfaat.

F. Peran Culture Collection dalam studi biodiversitas dan pelestarian mikrobia


Peran penting Culture Collection dalam studi biodiversitas mikrobia adalah
untuk menyimpan dan memelihara semua mikrobia yang telah dikenal dan memiliki
arti penting dalam bidang lingkungan, pertanian, industri maupun kesehatan, baik
berupa type strain maupun non type strain. Oleh akrena itu, setiap mikrobia yang
akan dipublikasikan sebagai anggota takson baru maka ada keharusan untuk
mendepositkan kultur murninya di dua Culture Collection yang telah diakui
reputasinya secara internasional. Semua informasi mengenai mikrobia yang disimpan
di Culture Collection merupakan public domain sehingga dapat diakses oleh semua
khalayak yang berkepentingan. Jadi, peran dalam menyediakan strain acuan bagi
berbagai mikrobia baik yang type strain maupun yang non-type strain sangat penting
dalam mendukung penelitian biodiversitas mikrobia di seluruh dunia.
Dengan demikian, sesungguhnya Culture Collection juga berperan penting
sebagai tempat pelestarian biodiversitas mikrobia secara ex situ. Walaupun
demikian, mengingat keterbatasan kemampuan teknik mengkultur dan mengisolasi
mikrobia maka pelestarian secara in situ jauh lebih penting dan mendesak untuk
dilakukan. Tanpa pelestarian secara in situ sangat dikhawatirkan bahwa akan semakin
banyak biodiversitas mikrobia yang sudah akan punah sebelum kita dapat menemukan
dan memanfaatkannya.
Ironis memang bahwa di Indonesia belum tersedia Culture Collection yang
representatif bagi biodiversitas mikrobia tropis, padahal kita dianggap memiliki
biodiversitas mikrobia yang salah satu tertinggi di dunia. Ini menjadi tantangan bagi
kita semua.

G. Potensi Aplikasi Biodiversitas Mikrobia dalam berbagai bidang


Secara umum peran mikrobia di alam sangat besar dalam memeprtahankan
semua proses kehidupan di bumi yaitu dalam menjaga tetap berlangsungnya aliran
energi dan siklus materi dalam ekosistem. Namun, secara lebih spesifik, potensi
aplikasi mikrobia dalam berbagai aspek kehidupan manusia akan ditinjau secara garis
besar dalam uraian berikut ini.
Sumberdaya biodiversitas mikrobia selular (Bakteria, Arkhaea, Fungi, dan
Protista) dan mikrobia aselular (virus) memiliki potensi yang sangat besar dan luas
dalam kehidupan manusia. Secara garis besar dapat disampaikan bahwa kajian potensi
aplikasi mikrobia yang mencakup berbagai bidang dalam kaitannya dengan
kesejahteraan manusia dapat dikelompokkan ke dalam bidang pertanian,
lingkungan, industri, pangan, bioteknologi dan kesehatan.
Nilai kepentingan mikrobia dalam bidang pertanian mulai dari (i) aspek
kesuburan tanah yaitu biodegradasi dan pengomposan, biofertilizer (Rhizobium,
Mycorrhyza, Actinorrhyza dan bakteri diazotrof endofit) (ii) aspek kesehatan tanaman
(Phytopathology) yaitu terkait dengan agensia penyakit tanaman pertanian dan
kehutanan (bakteri, fungi dan virus) dan pengendalian hayati hama tanaman pertanian
dan kehutanan (Bacillus thuringiensis, Metarrhyzium anisolpliae, Beauveria basiana)
(iii) agensia penyakit dan pembuatan vaksin pada ikan (Vibrio, Aeromonas) (iv)
nutrisi ternak (Rumen microbiology) (v) kesehatan hewan ternak.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 9
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Bidang lingkungan meliputi biodegradasi, bioremediasi, dan biomining dan
pengolahan limbah organik (residu pestisida, limbah rumah tangga, industri pertanian,
industri pangan, industri tekstil, industri kulit, industri minyak) dan anorganik
(limbah industri tekstil, industri logam, industri cat). Aplikasi potensi mikrobia dalam
bidang industri (produksi etanol, bio-detergen, antibiotik, asam amino dan obat-
obatan), pangan (pengawetan dan produksi pangan, makanan sublemen-probiotik,
minuman beralkohol), dan bioteknologi (rekayasa genetika). Aplikasi potensi
mikrobia dalam bidang kesehatan menacakup mikrobiologi kedokteran yaitu
identifikasi (typing) agensia penyakit secara tepat (diagnostic microbiology) sebagai
dasar tindakan pengobatan, dan immunologi yaitu studi sistem imun pada manusia
dalam kaitannya dengan pencegahan dan pengendalian (vaksin) mikrobia agensia
penyakit (bakteri).

H. Studi biodiversitas mikrobia di Indonesia


Di antara hasil penelitian mengenai studi biodiversitas mikrobia di Indonesia
adalah biodiversitas Streptomisetes yang berasosiasi dengan sistem perakaran sengon
(Paraserianthes falcataria) dan meranti (Shorea sp.) (Sembiring, 1997 ; 1999 ; 2000).
Hasil yang diperoleh adalah sebanyak 607 isolat yang dapat dikelompokkan atas 44
multimembered colourgroup (493 isolat) dan 114 single-membered colour group.
Satu kelompok di antaranya (96 isolat) diketahui mirip dengan anggota Streptomyces
violaceusniger clade yang dikenal luas sebagai penghasil bahan bioaktif berupa
antibiotik maupun imunosupressor seperti rapamycin.
Studi sistematik terhadap representatif strain dari kelompok ini telah
menghasilkan temuan 6 spesies baru (novel species) Streptomyces dan telah
dipublikasikan di jurnal internasional, yaitu Streptomyces asiaticus DSM 41761T
Sembiring et al. 2000, S. cangkringensis DSM 41769T Sembiring et al. 2000, S.
indonesiensis DSM 41759T Sembiring et al. 2000, S. javensis DSM 41764T Sembiring
et al. 2000, S. rhizosphaerius DSM 41760T Sembiring et al. 2000 dan
S.yogyakartensis DSM 41766T Sembiring et al. 2000 (Sembiring et al., 2000 ; 2001).
Semua strain type masing-masing spesies ini telah didepositkan di dua Culture
Collection yang diakui secara internasional yaitu DSM (Deutch Samlung
Mikroorganismen und Zelkulturen) di Jerman dan NCIB (National Collection of
Industrial Bacteria) di Scotland (UK).
Selanjutnya dapat disampaikan studi biodiversitas bakteri asam asetat, khususnya
anggota genus Gluconobacter (Yamada et al., 1999) dan Acetobacter (Lisdiyanti et
al., 2000). Berdasarkan analisis sistematik molekular dengan teknik DNA-DNA
relatedness, di antara 45 strain angota genus Acetobacter yang diisolasi dari Indonesia
terbagi ke dalam 8 kelompok. Ada dua spesies baru (novel species) yang telah
dipublikasikan yaitu Acetobacter indonesiensis NRIC 0313T dan A. tropicalis NRIC
0312T (Lisdiyanti et al., 2000). Sedangkan spesies baru bakteri asam asetat dari
Indonesia yang merupakan anggota kelompok α-Proteobacteria adalah Asaia
bogorensis JCM 10569T (Yamada, et al., 2000).
Terkait dengan studi potensi aplikasi mikrobia dapat disampaiakn beberapa
contoh yang diuraikan berikut ini. Dalam bidang pertanian, penelitian mengenai
detesksi, karakterisasi dan identifikasi bakteri endofit diazotrof pada tebu telah
berhasil mengungkap biodiversitas bakteri endofit yang terdapat dalam jaringan tebu
serta mengetahui kemampuan isolate tersebut untuk digunakan sebagai kandidat
biofertilizer bagi pengkayaan bibit tebu (Widayati et al., 2006). Lalu dalam bidang
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 10
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
perikanan, penelitian mengenai karakterisasi, identifikasi dan pembuatan vaksin dari
protein bakteri Aeromonas hydrophila untuk ikan lele dumbo (Olga et al., 2004),
untuk ikan Jambal Siam (Olga et al., 2007) dan pembuatan vaksin Vibrio
alginoliticus untuk ikan Kerapu Macan (Desrina et al., 2007). Penelitian yang terkait
dengan aplikasi mikrobia dalam bidang pangan yaitu karakterisasi dan identifikasi
bakteri asam laktat yang berpotensi menghasilkan bakteriosin diisolasi dari buah
masak (Sarkono et al., 2006). Akhirnya, aplikasi mikrobia dalam bidang lingkungan
misalnya dapat disebutkan atara lain kajian mengenai potensi isolat anggota genus
Acinetobacter pendegradasi Hidrokarbon aspaltik (Febrianti et al., 2003), kapang
pendegradasi katekin (Nurnawati & Sembiring, 2003), isolat bakteri anggota genus
Pseudomonas pendegradasi detergen Alkilbenzen sulfonat linier (Suharjono et al.,
2007), dan isolat bakteri anggota genus Bacillus pendegradasi fungisida (TCMTB)
(Susilawati et al., 2007).
Demikian sekelumit tentang hasil penelitian mengenai biodiversitas mikrobia di
Indonesia yang tentu masih sangat sedikit sekali walaupun belum semua dapat
disampaikan dalam tulisan ini. Oleh karena itu, masih banyak yang harus dilakukan
dalam studi biodiversitas mikrobia di Indonesia bila kita hendak melakukan
pemanfaatan dan pelestarian sumber daya hayati mikrobia. Dalam konteks inilah
maka sistematika mikrobia modern sangat diperlukan untuk menyingkap biodiversitas
sebagai jalan menuju pemanfaatan dan pelestarian baik secara ex situ (culture
collection) maupun secara in situ (cagar alam).
Referensi
Anonimus, 1992. World Conservation Monitoring Center, Global Biodiversity: Status of the Earth
Living Resources, Chapman & Hall., London.
Axelson, L. & Ahrne, S. 2000. Lactic Acid Bacteria. In: Applied Microbial Systematics, pp: 367-388
(F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Bull, A.T., Ward, A.C. & Goodfellow, M. 2000. Search and discovery strategies for biotechnology:
The paradigm shift. Microbiology and Molecular Biology Review. 64:
Chatton, E. 1937. Titres et travaux scientifiques (1906 – 1937) de Edouard Chatton. Sette, Italy, E.
sottano.
Claridge, M.F., Dawah, H.A., & Wilson, M.R. (Eds.). 1997. Species: The units of biodversity, The
Systematics Associatiaon Special volume Series 54, Chapman & Hall., London.
Colwell, R. R. 1970. Polyphasic Taxonomy of bacteria. In Culture Collections of Microorganisms, pp:
421 – 436 (H. Iizuka & T. Hasegawa, Eds.), University of Tokyo Press, Tokyo.
Coutinho, H.L.C., De Oliveira, V.M. & Moreira, F.M.S. 2000. Systematics of Legume Nodule
Nitrogen Fixing Bacteria: Agronomic and Ecological Application. In: Applied Microbial
Systematics, pp: 107-134 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic
Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Cowan, S.T. 1955. The principles of microbial classification. Introduction: the philosophy of
classification. Journal of General Microbiology 12: 314 – 319.
Desrina, Taslihan, A., Ambariyanto, Yudiati, E., Caessar, Y.D., Sumanta, R.B.S.,
Triyanto, Situmeang, J. & Sembiring, L. 2007. Isolasi purifikasi dan
Imunogenitas Protein outer membran Vibrio alginoliticus pada ikan kerapu macan
(Epinephelus fuscoguttatus). Jurnal Perikanan 9(1): 8-16.
Ederer, M. M. & Crawford, R.L. 2000. Systematics of Sphingomonas Species. In: Applied Microbial
Systematics, pp: 333-365 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic
Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Fox, G.E., Pechman, K.G. & Woese, C.R. 1977. Comparative cataloguing of 16S Ribosomal
ribonucleic acid molecular approach to prokaryotic systematics. International Journal of
Systematic Bacteriology 27: 44 – 57.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 11
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Febrianti, N., Prijambada, I.D., Sembiring, L., & Widianto, D. 2003. Isolasi,
Karakterisasi, Klasifikasi dan Identifikasi bakteri pendegradasi fraksi aspaltik
hidrokarbon lumpur minyak bumi. Biologi 3 (2): 115 – 127.
Goebel, B.M., Norris, P.R. & Burton, N.P. 2000. Acidophiles in Biomining. In: Applied Microbial
Systematics, pp: 293-314 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic
Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Goodfellow, M. 2000. Microbial Systematics: Background and Uses. In Applied Microbial
Systematics, pp: 1 – 18 (F.G. Priest & M. Goodfelow, Eds.), Kluwer Academic Publishers,
Dordrecht, Netherlands.
Goodfellow, M., Alderson, G. & Chun, J. 1998. Rhodococcal systematics: problems and
developments. Antonie van Leeuwenhoek 74: 1 – 18.
Goodfellow, M. & Dickinson, C.H. 1985. Delineation and description of microbial populations using
numerical methods. In Computer-assisted Bacterial Systematics, pp: 165 – 225
(M.Goodfellow, D. Jones & F.G. Priest, Eds.), Academic Press Ltd., London.
Goodfellow, M., Freeman, R. & Sisson, P.R. 1997. Currie-point mass spectrometry as a tool in
clinical microbiology. Zentralblatt fur Bakteriologie 285: 133-156.
Goodfellow, M., Manfio, G.P. & Chun, J. 1997. Towards a practical species concept for cultivable
bacteria. In Species: The units of biodversity pp: 25 – 59 (M.F. Claridge, H.A. Dawah &
M.R. Wilson, Eds.). The Systematics Associatiaon Special volume Series 54, Chapman &
Hall., London.
Goodfellow, M. & O’Donnel, A.G. 1993. The roots of bacterial systematics. In Hanbook of New
bacterial Systematics, pp: 3-54 (M. Goodfellow & A.G. O’Donnell, Eds.) Academic Press
Ltd., London.
Goodfellow, M. & O’Donnell, A.G. 1994. Chemical Methods in Prokaryotic Systematics, John Wiley
& Sons. Chichester.
Goodfellow, M., Kumar, Y., Labeda, D.P. & Sembiring, L. 2007. The Streptomyces violaceusniger
clade: a home for streptomycetes with rugose ornamented spores. Antonie van Leeuwenhoek
92: 173-179.
Holt, J.G., Krieg, N.R., sneath, P.H.A., Staley, J.T. &Williams, S.T. 1994. Bergey’s manual of
Determinative Bacteriology, 9th ed., williams & Wilkins, Baltimore.
Humber, R.A. 2000. Fungal Pathogens and Parasites of Insects. In: Applied Microbial Systematics, pp:
203-230 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht,
Netherlands.
James, A.L. 1994. Enzymes in taxonomy and diagnostic bacteriology. In Chemical Methods in
Prokaryotic Systematics, pp: 471 – 492 (M. Goodfellow & A.G. O’Donnell., Eds.) John
Wiley & Sons. Chichester.
Jeffries, P. & Dodd, J.C. 2000. Molecular Ecology of Mycorrhyzal Fungi. In: Applied Microbial
Systematics, pp: 73-105 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers,
Dodrecht, Netherlands.
Kristijansson, J.K., Hreggvidsson, G.O. & Grant, W.D. 2000.Taxonomy of Extremophiles. In:
Applied Microbial Systematics, pp: 231 -291 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer
Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Labeda, D.P. 1998. DNA relatedness among the Streptomyces fulvissimus dan Streptomyces
griseoviridis phenotypic cluster groups. International Journal of Systematic Bacteriology
48: 829-832.
Larsen, T.O. & Frisvand, J.C. 1995. Characterisation of volatile metabolites from 47 Penicillium
taxa. Mycological Research. 99: 1153 – 1166.
Lisdiyanti, P., Kawasaki, H., Seki, T., Yamada, Y., Uchimura, T & Komagata, K. 2000.
Systematic study of the genus Acetobacter with descriptions of Acetobacter indonesiensis
sp. nov., A. tropicalis sp. nov., A. orleanensis (Henneberg 1906) comb. nov. A. lovaniensis
(Frateur 1950) comb. nov., and A. estunensis (Carr 1958) comb. nov. Journal of General
and Applied Microbiology 46: 147 – 165.
Lodge, D.J., Hawksworth, D.L. & Ritchie, B.J. 1996. Microbial diversity and Tropical Forest
Functioning. In Biodiversity and Ecosystem Processes in Tropical Forests pp: 69 – 100
(G.H. Orians, R. Dirzo & J.H. Cushman, Eds.), Springer, New York.
Lovelock, J.M. 1988. The ages of gaia. Oxford University Press, Oxford., UK.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 12
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Magee, J.T. 1993. Whole-organisms fingerprinting. In Hanbook of New bacterial Systematics, pp:
383-427 (M. Goodfellow & A.G. O’Donnell, Eds.) Academic Press Ltd., London.
Mayden, R.L. 1997. A hierarchy of species concepts: the denouement in the saga of the species
problem. In Species: The units of biodversity pp: 381 – 422 (M.F. Claridge, H.A. Dawah &
M.R. Wilson, Eds.). The Systematics Associatiaon Special volume Series 54, Chapman &
Hall., London.
Murray, R.G.E., Brenner, D.J., Colwell, R.R., De Vos, P., Goodfellow. M., Grimont, P.A.D.,
Pfennig, N., Stackebrandt, E. & Zavarzin, G.A. 1990. Report of the Ad hoc committee
on approaches to taxonomy within the Proteobacteria. International Journal of Systematic
Bacteriology 40: 213-215.
Nurnawati, E. & Sembiring, L. (2003). Isolasi dan karakterisasi jamur pendegradasi
katekin dari seresah pinus. Biota 8(3): 119 – 130.
Olga, Rini, R.K., Akbar, J., Isnansetyo, A. & Sembiring, L. 2007. Protein
Aeromonas hydrophyla sebagai vaksin untuk pengendalian MAS (Motile
Aromonas Septicemia) pada ikan jambal siam (Pangasius hypophthalamus).
Jurnal Perikanan 9(1):17-24
Olga, Sembiring, L. & Triyanto. 2004. Pengendalian penyakit MAS (Motile Aeromonas
Septicemia) pada Lele Dumbo (Clarias gariepinus) melalui vaksinasi. Sains dan
Sibernetika 17(3): 467-476.
Prescott, L.M., Harley, J.P. & Klein, D.A. 2002. Microbiology. Fifth edition., McGrawHill. Boston,
USA.
Priest, F.G. & Dewar, S.J. 2000. Bacteria and Insects. In: Applied Microbial Systematics, pp: 165-202
(F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Sackin, M.J. & Jones, D. 1993. Computer-assisted classification. In Hanbook of new Bacterial
Systematics, pp: 281 – 313 ((M. Goodfellow & A.G. O’Donnell, Eds.) Academic Press Ltd.,
London.
Saintpierre, D., Amir, H., Pineau, R., Sembiring, L. & Goodfellow, M. 2003. Streptomyces yatensis
sp. nov., a novel bioactive streptomycete isolated from a New-caledonian ultramafic soil.
Antonie van Leeuwenhoek 83: 21 – 26.
Sarkono, Sembiring, L. & Sutriswati, E.R. 2006. Isolasi, Seleksi, Karakterisasi dan
Identifikasi Bakteri asam laktat Penghasil bakteriosin dari berbagai buah masak.
Sains dan Sibernetika 19(2): 223 – 242.
Sembiring, L. 1998. Biodiversitas Hayati (Mikrobia), Laboratorium Mikrobiologi, Fakultas Biologi
UGM, Yogyakarta, Presentasi pada Semiloka Guru SMU (MGMP Biologi) di Kab. Klaten
dan Kab. Magelang, 30 Mei 1998.
Sembiring, L. 2000. Selective Isolation and Characterization of Streptomycetes Associated with the
Rhizosphere of the tropical legume, Paraserianthes falcataria (L) Nielsen, Ph.D. Thesis
University of Newcastle, Newcastle upon Tyne, Uk.
Sembiring, L. 2002. Kedudukan Bakteri dalam Klasifikasi mahluk Hidup., Laboratorium
Mikrobiologi, Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta., Presentasi pada Forum Guru Biologi
SMU (MGMP Biologi) se eks Karesidenan Surakarta, 3 Agustus 2002 di SMUN 4
Surakarta, Jawa Tengah.
Sembiring, L. & Goodfelow, M. 2001a. Application of Numerical systematics in Unraveling
Streptomycete Divesity. Jurnal Mikrobiologi Indonesia. 6: 1-7.
Sembiring, L. & Goodfelow, M. 2001b. The application of molecular biology in the development of
streptomycete systematics. Biologi 2 (11):629 -653.
Sembiring, L., Goodfellow, M., Ward, A.C. & Rahayu, E.S. 1997. Diversity of actinomycetes
(streptomycetes) associated with the rhizosphere of Paraserianthes falcataria and Shorea
sp. Proceedings of National Conference of Indonesian Association for Microbiology,
Denpasar, Bali, Indonesia, 8 – 10 December 1997.
Sembiring, L., Goodfellow, M. & Ward, A.C.1999. Selective Isolation and characterisation of
streptomycetes associated with the rhizosphere of the tropical angiosperm, Paraserianthes
falcataria. The 11th International Symposium on the Biology of Actinomycetes (ISBA), 24-28
October, 1999. Sissi, Heraklion. Crete, Greece.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 13
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Sembiring, L., Ward, A.C. & Goodfellow, M. 2000. Selective isolation and characterization of
members of the Streptomyces violaceusniger clade associated with the roots of
Paraserianthes falcataria. Antonievanleeuwenhoek 78: 353 – 366.
Sembiring, L., Ward, A.C. & Goodfellow, M. 2001. Streptomyces violaceusniger clade sp. nov. In
validation of publication of new names and new combinations previously effectively
published outside the IJSEM. List No. 82. International journal of Systematics and
Evolutionary Microbiology 51: 1619 -1620.
Simpson, G.G. 1961. Principles of Animal Taxonomy. New York, Columbia University Press.
Sneath, P.H.A. 1957a. The applications of computers to taxonomy. Journal of General Microbiology
17: 201 – 226.
Sneath, P.H.A. 1957b. Some thoughts on bacterial classifications. Journal of General Microbiology
17: 184 – 200.
Sokal, R.R. 1985. The principles of Numerical Taxonomy. Twenty-five years later. In Computer-
assisted Bacterial Systematics, pp: 1 – 20 (M.Goodfellow, D. Jones & F.G. Priest, Eds.),
Academic Press Ltd., London.
Solomon, E.P., Berg, L.R. & Martin, D.W. 2002. Biology 6th Ed., Brooks/Cole Thompson Learnig.
Solomon, E.P., Berg, L.R. & Martin, D.W. 2008. Biology 8th Ed., International Student Edition,
Thompson Brooks/Cole.
Stackebrandt, E., Tindall, B., Ludwig, W. & Goodfellow, M. 1999. Diversity and Systematics. In
Biology of the Prokaryotes pp: 674 – 720 ( J.W. Langeler, G. Drews, & H.G. Schlegel,
Eds.), Thieme, Stuttgart.
Stead, D.E., Selwood, J.E., Wilson, J. & Viney, I. 1992. Evaluation of a commercial microbial
identification system based on fatty acid profiles for rapid, accurate identification of plant
pathogenic bacteria. Journal of Applied Bacteriology 72: 315 – 321.
Stoltz, J.F., Botkin, D.B., Dastoor, M.N. 1989. The integral biosphere. In Global Ecology (M.B.
Rambler, L. Margulis & R. Festre, Eds.) Academic Press, San Diego, USA.
Suharjono, Subagja, J., Sembiring, L., Retnaningdyah, C., & Putra, I.K.J.W. 2007.
Pengaruh Konsentrasi nitrogen dan Fosfor terhadap Potensi Pseudomonas
Pendegradasi Alkilbenzen sulfonat linier. Berkala Penelitian Hayati 12(2): 107-113.
Susilawati, L., Sembiring, L. & Suhartanti D. 2007. Characterization, Selectin and
Identification of TCMTB degrading bacteria from industrial tanning waste.
International Seminar on Natural Sciences and Applied Natural Sciences, February
7, 2007, Hosted by Faculty of Mathematics and Natural Science, Universitas
Ahmad Dahlan, Yogyakarta.
Towner, K.J. & Cockayne, A. 1993. Molecular Methods for Microbial Identification and Typing.
Chapman & Hall, London,
Truper, H.G. 1992. Prokaryotes: an overview with respect to biodiversity and environmental
importance. Biodiversity and Concervation 1: 227 – 236.
Vandamme, P., Pot, B., Gilis, M., De Vos P., Kersters, K. & Swings, J. 1996. Polyphasic
Taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics. Microbiological Reviews 60:
407-438.
Vauterin, L., Swings, J. & Kersters, K. 1993. Protein electrophoresis and classification. In Hanbook
of New bacterial Systematics, pp: 252-280 (M. Goodfellow & A.G. O’Donnell, Eds.)
Academic Press Ltd., London.
Voordow, G. 2000. Microbial Communities in Oil Fields. In: Applied Microbial Systematics, pp: 315-
332 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht,
Netherlands.
Wayne, L.G. 2000. A Slow Ramble in the Acid Fast-Lane: The Coming of Age of Mycobacterial
Taxonomy. In: Applied Microbial Systematics, pp: 389-419 (F.G. Priest & M. Goodfellow,
Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
White,D., Sharp, R.J. & Priest, F.G. 1993. A polyphasic taxonomyc study of thermophilic bacilli
from a wide geographic area. Antonie van Leeuwenhoek 64: 357 – 386.
Widayati, W. E., Sembiring, L. & Soedarsono, J. 2006. Identifikasi Bakteri Diazotrof
Endofit dari tebu dengan Repetitive-PCR Sequence dan Sequencing 16S rDNA.
Jurnal Mikrobiologi Indonesia 11(1):44-50.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 14
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Woese, C.R. & Fox, G.E. 1977. Phylogenetic Structure of the prokaryotic domain: the primary
kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 74: 5088 – 5090.
Woese, C.R. 1987. Bacterial evolution. Microbiological Reviews 51: 221 – 271.
Woese, C.R., Kandler, O. & Wheelis, M.L. 1990. Towards a natural system of organisms: Proposal
for domains Archaea, Bacteria and Eukarya. Proceedings of the National Academy of
Sciences. USA 87: 4576-4579.
Yamada, Y., Hosono, R., Lisdiyanti, P., Widyastuti, W., Saono, S., Uchimura, T. & Komagata, K.
1999. Identification of acetic acid bacteria isolated from Indonesia sources, especially of
isolates classified in the genus Gluconobacter. The Journal of General and Applied
Microbiology 45: 23 – 28.
Yamada, Y., Katsura, K., Kawasaki, H., Widyastuti, Y., Saono, S., Seki, T., Uchimura, T. &
Komagta, K. 2000. Asaia bogorensis gen. Nov., sp. nov., an unusual acetic acid bacterium
in the α-Proteobacteria. International journal of Systematic and Evolutionry Microbiology
50: 823 – 829.
Young, J.M. 2000. Recent Systematic Developments in Systematics and their Implications for Plant
Pathogenic Bacteria. In: Applied Microbial Systematics, pp: 135-163 (F.G. Priest & M.
Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 15
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.