Anda di halaman 1dari 10

Polimorfisme Gen Golongan Darah ABO Secara Keseluruhan:

Tiga Silsilah Alel Mayor Untuk Fenotip ABO yang Lazim


K. Ogasawara, M. Bannai, R. Yabe, N. Saitou, K. Nakata, M. Takenaka, K. Fujisawa, M.
Uchikawa, Y. Ishikawa, T. Juji, K. Tokunaga

Abstrak
Polimorfisme gen golongan darah ABO telah diinvestigasi pada 262 donor
sehat orang-orang jepang oleh suatu metode pencocokan untai tunggal reaksi rantai
polymerase ( PCR-SSCP), dan telah diidentifikasi 13 alel-alel yang berbeda. Jumlah
alel yang telah diidentifikasi pada setiap golongan darah yaitu 4 untuk A1
( dahulunya disebut ABO*A101, *A102, *A103 dan *A104 berdasarkan pada
pedoman untuk nomenklatur gen manusia), 3 untuk B ( ABO*B101, *B102 dan
*B103) dan 6 untuk O (ABO*O101, *O102, *O103, *O201, *O202 dan *O203).
Sequence nukleotida dari penjelasan fragmen-fragmen dengan gambaran SSCP yang
berbeda telah ditetapkan dengan sequencing secara langsung. Analisa hubungan
filogenetik mengungkapkan bahwa alel-alel tersebut dapat diklasifikasikan kedalam
tiga garis silsilah utama, *A/*O1, *B dan *O2. Pada orang-orang Jepang, telah
diamati *A102 dan *B101 merupakan alel-alel yang dominan dengan frekuensi
sebesar 83% dan 97% berturut-turut pada setiap golongan, sedangkan pada golongan
darah O, biasanya 2 alel, *O101 (43%) dan *O201 (53%). Hasil tersebut mungkin
digunakan untuk menetapkan genotif ABO, dan hal itu baru menggambarkan
indikator alel-alel ABO yang mungkin menguntungkan untuk populasi penelitian.

Pendahuluan
Gen yang menentukan golongan darah ABO tersebut, dan yang mengkode
suatu glikosiltransferase spesifik, telah diklon dan disequencing sebelumnya oleh
Yamamoto dkk. (1990). Sebagai hasil pengamatan tersebut, beberapa peneliti telah
mengembangkan metode genotyping ABO itu menggunakan analisa reaksi rantai
polimerase- restriksi panjang fragmen polimorfisme (PCR-RFLP) dan PCR spesifik
alel. Fischer dkk (1992) mengaplikasikan metode PCR-RFLP untuk mendiagnosis
keadaan golongan darah B yang didapat. Selanjutnya, Yamamoto dkk (1992, 1993)
menetapkan sequence alel-alel untuk golongan antigen yang lemah, seperti
A2,A3,B3,cis-AB, Ax dan B(A), serta tipe alel O lainnya.
Dari pengamatan tersebut, terlihat bahwa polimorfisme gen tersisa dalam
golongan darah ABO menjadi bahan penelitian. Oleh karena itu kami telah
mengembangkan suatu metode pencocokan polimorfisme untai tunggal (Single-
Strand Conformation Polimorphism/ SSCP)- PCR untuk menganalisa polimorfisme
gen golongan darah ABO secara keseluruhan.

Bahan dan Metode Penelitian


Sempel DNA
DNA genomik diperoleh dari sel leukosit darah tepi 262 donor sukarela
orang-orang Jepang yang tidak memiliki hubungan kekerabatan, dengan ekstraksi
fenolkloroform standard. Donor terdiri dari individu-individu dengan 74 golongan
darah A1, 73 golongan darah B, 61 golongan darah A1B, dan 54 golongan darah O.
Analisa dengan PCR-SSCP
Kondisi PCR dan sequencing semua primer diperlihatkan dalam Tabel 1 dan
2. Amplifikasi PCR dari empat fragmen (I-IV) dilakukan dengan 35 siklus
amplifikasi dalam 10 μl reaksi campuran PCR (Bannai dkk, 1994). Seperti yang
diperlihatkan pada Gambar 1, fragmen PCR I-IV mengcover dua exon terakhir (exon
6 dan 7) (Bennett dkk, 1995; Yamamoto dkk, 1995) dari gen ABO pada posisi
nukleotida berturut-turut 240-374, 375-564, 526-855, dan 845-1065. Keseluruhan
panjang exon 6 dan 7 adalah 826 bp (78% dari kode sequencing) sedangkan exon 1-5
adalah 239 bp (22%).
Analisa SSCP pada dasarnya dilakukan seperti yang dijelaskan sebelumnya
(Bannai dkk, 1994), menggunakan 12,5%-15% gel poliakrilamid dengan atau tanpa
gliserol 5%. Secara singkat, 1 μl larutan DNA amplifikasi yang telah dicampur
dengan 7 μl larutan denaturasi, dipanaskan dalam temperature 95 oC selama 5 menit,
dengan segera didinginkan di es; 1 μl campuran itu diletakkan pada gel poliakrilamid
elektroforesis. Salinan fragmen DNA untai tunggal dalam gel dapat diperlihatkan
dengan pewarnaan perak
.
Kelompok PCR Spesifik
Seperti ditunjukkan pada tabel 2, tiga kumpulan primer yang digunakan untuk
kelompok PCR spesifik: GS-AB dan ABO-10 untuk golongan A dan B. GS-O dan
ABO-10 untuk golongan O, dan GS-AO dan ABO-10 untuk sebagian alel A dan O.
Sense primer (GS-AB, GS-O dan GS-AO) tersebut berada pada fragmen I, dan
antisense primer 3’-terminal (ABO-10) berada pada basa 19 dari 3’-terminal fragmen
IV (gambar 1). Jadi, amplifikasi fragmen tersebut termasuk fragmen II hingga IV
secara lengkap. Kelompok PCR spesifik dilakukan dengan kondisi yang sama seperti
PCR-SSCP kecuali bahwa 5% (volumenya) dimethylsulfoxide (DMSO) dibuat untuk
PCR campuran.
Sequencing Langsung
Template DNA untuk siklus sequencing dihasilkan oleh tambahan PCR.
Untuk contoh-contoh proses hanya satu alel tunggal, fragmen-fragmen ( kira-kira 2,5
kb termasuk fragmen I sampai IV dan dua intron) diamplifikasi menggunakan
sepasang primer generik ABO-9 dan ABO-10. Untuk contoh-contoh proses dua alel
yang berbeda, suatu fragmen 737 bp (fragmen II sampai IV) diamplifikasi dengan
sepasang primer ABO-3 dan ABO-8 menggunakan hasil kelompok PCR spesifik
sebagai template. Amplifikasi DNA tersebut dimurnikan seperti contoh sebelumnya
(Bunnai dkk,1994) menggunakan 1% pelarut gel agarose bersuhu rendah (BRL,
Gaithersburg, Md., USA). Pemurnian DNA dan kemudian sequence secara langsung
sekurang-kurangnya dua kali untuk setiap petunjuk dengan satu metode siklus
sequencing dengan primer yang sama seperti yang digunakan untuk PCR-SSCP,
menggunakan suatu alat sequencing DNA automatis (373A; Aplikasi Biosistem,
Foster City, Calif., USA).
Klasifikasi Sementara Alel-alel ABO
Temuan alel-alel secara sementara dinamakan berdasarkan petunjuk
(guidelines) untuk nomenklatur gen manusia (Shows dkk, 1987).
Analisis Filogenetik
Maximum parsimony method (Fitch, 1977) dan metode hubungan filogenetik
(Bandelt, 1994) digunakan untuk menggambarkan hubungan alel-alel. Metode
hubungan filogenetik secara tertutup berhubungan dengan maximum parsimony
method, meskipun hal itu menghasilkan hubungan yang lebih sulit. Metode ini dapat
dipertimbangkan untuk generalisasi dari diagram yang terpecah (Fitch, 1977).
Program computer PAUP 3.1.1 (Univ. Illinois National History Survey) telah
digunakan dalam analisa sementara, yang mana hubungan filogenetik tersebut
dihasilkan secara manual.

Hasil Penelitian
Alel-alel ABO yang diidentifikasi dengan PCR-SSCP
DNA genomik dari 262 donor dengan fenotip ABO yang diketahui, yang
ditentukan dengan serologi, telah diuji dengan PCR-SSCP. Suatu gambaran khas
SSCP diperoleh dari sempel seorang individu yang memiliki alel tunggal yang
menunjukan dua pita/ band, bersamaan pada untai sense dan antisense, dan fragmen
diperoleh dari dua alel yang berbeda yang menunjukan empat pita/band (Gambar 2).
Pada beberapa kasus, gambaran tiga pita/band telah diamati, meskipun sampel hanya
dengan alel tunggal (Gambar 2a). Hal ini mungkin saja terjadi karena begitu banyak
DNA yang dielekroforesis, atau karena penyeimbang dari dua penyesuaian yang
berbeda fragmen DNA untai tunggal. Jumlah perbedaan gambaran SSCP diamati
setiap empat kali untuk fragmen I, empat kali untuk fragmen II, enam kali untuk
fragmen III dan dua kali untuk fragmen IV. Alel-alel diamati berdasarkan pada
kombinasi gambaran SSCP pada keempat fragmen tersebut. Saat gambaran SSCP
dari fragmen I-IV menunjukan hanya gambaran tunggal dengan dua pita/band,
sampel biasanya dinilai sebagai pembawa alel homozigot. Empat puluh empat dari
262 sampel dinilai sebagai alel homozygot yang normal dan 195 sampel sebagai alel-
alel heterozygot yang normal.
Alel-alel yang tidak normal diidentifikasi dengan mengurangi gambaran alel-
alel yang normal dari pengamatan tersebut dengan sisa 23 sampel heterozygot. Alel-
alel yang jarang tersebut lebih lanjut dianalisa untuk mengkonfirmasi kombinasi
fragmen I-IV menggunakan kumpulan PCR. Dengan kelompok PCR spesifik hanya
satu dari dua alel heterozygot yang bisa secara khusus diamplifikasi (PCR pertama);
dengan sepasang primer GS-AB/ABO-10 untuk golongan darah A dan B, GS-
O/ABO-10 untuk golongan darah O, dan GS-AO/ABO-10 untuk sebagian dari alel A
dan O. Fragmen DNA yang diperoleh dari alel tunggal termasuk fragmen II-IV
kemudian menjadi subjek analisa PCR-SSCP untuk setiap fragmennya (PCR kedua).
Jadi, gambaran SSCP dari fragmen tersebut hanya menunjukan dua pita/band seperti
diperlihatkan dalam Gambar 2b,c.
Seperti ditunjukan pada Tabel 3, gambaran SSCP yang terlihat dalam
golongan darah A yang secara sementara disebut Ia dan Ib untuk fragmen I, IIa, IIb
dan IIc untuk fragmen II, IIIa untuk fragmen III, dan IVa untuk fragmen IV. Maka
dari itu pada golongan darah A, kami mengidentifikasi empat alel-alel yang berbeda,
ABO*A101, *A102, *A103 dan *A104, berdasarkan pada kombinasi gambaran
SSCP. Diantara keempat alel tersebut, ABO*A101 dan *A102 terlihat pada keadaan
homozygot.
Pada golongan darah B, terlihat gambaran SSCP yaitu Ib untuk fragmen I, IId
untuk fragmen II, IIIb dan IIIc untuk fragmen III, dan IVb untuk fragmen IV.
Diantara fragmen tersebut, IId, IIIb dan IIIc hanya terlihat pada golongan darah B.
Karena itu pada golongan darah B, kami mengidentifikasi tiga alel-alel yang berbeda,
dengan ABO*B101 yang sangat dominan.
Pada golongan darah O, terlihat gambaran SSCP yaitu Ic dan Id untuk
fragmen I, IIa untuk fragmen II, IIIa, IIId,IIIe dan IIIf untuk fragmen III, dan IVa
untuk fragmen IV. Diantara fragmen-fragmen tersebut, Ic dan Id terbatas untuk
golongan darah O. Dua dari enam alel-alel golongan darah O, ABO*O101 dan
*O201, yang lebih sering terlihat.
Secara keseluruhan, kami mengidentifikasi 13 alel-alel yang berbeda. Selain
itu, PCR-SSCP menganalisa fragmen I dan II, atau fragmen I dan III, membuat kami
dapat menentukan genotif ABO yang biasa: Gambaran SSCP Ic dan Id untuk
golongan darah O, IId dan IIIb atau IIIc untuk golongan darah B, dan gambaran
fragmen I-III lainnya untuk golongan darah A.
Urutan Nukleotida dari Alel-alel ABO
Semua fragmen-fragmen DNA yang membedakannya dari yang lainnya
dengan analisa SSCP telah diurutkan agar mengungkapkan beberapa tanda-tanda
khas dari laporan sequence sebelumnya. Gambar 3 menunjukan suatu skema
ringkasan hasil sequencing.
Pada golongan darah A, ABO*A101 memiliki suatu tanda sequence identik
yaitu dari cDNA klon FY-66-1 seperti yang dijelaskan oleh Yamamoto dkk (1990).
Alel ABO*A102 memiliki suatu pengganti nukleotida tunggal pada kodon 156
sebagai perbandingan dengan alel ABO*A101; ABO*A102 memiliki tanda CTG
untuk leusin, sedangkan ABO*A101 memiliki tanda CCG untuk prolin. Pengganti
yang sama telah diamati pada FY-59-5 (Yamamoto dkk,1990), tapi urutan klon ini
berbeda dengan delesi tiga basa pada posisi nukleotida 240-242 dari klon yang
lainnya (Yamamoto dkk, 1990) dan juga pada alel-alel termasuk ABO*A102.
[Mengenai sistem penomoran nukleotida pada gen ABO, nomor sebelumnya
(Yamamoto dkk, 1990) berbeda dari nomor yang sekarang digunakan dalam
penelitian ini] (Yamamoto, 1992, 1993a-d). Alel ABO*A103 memiliki satu
pengganti nukleotida tunggal pada posisi 564 sebagai perbandingan dengan
ABO*A102. ABO*A104 dan *A101 berbeda dengan pengganti tunggal pada posisi
297 (berturut-turut G dan A).
Pada golongan darah B, ABO*B101 memiliki suatu tanda sequence identik
yaitu dari yang digambarkan alel B sebelumnya (Yamamoto dkk, 1990). Sedangkan
ABO*B102 dan *B103 memiliki pengganti yang berbeda dari *B101 pada posisi
berturut-turut yaitu 930 (A menjadi G) dan 657 (T menjadi C).
Pada golongan darah O, keseluruhan enam alel tersebut berbagi suatu delesi
nukleotida tunggal (G) pada posisi 261, mengakibatkan suatu perubahan dalam
pembacaan kerangka/ badan yang membawa gambaran penghentian codon pada
posisi 353-355. Keenam alel-alel tersebut dapat dikelompokkan, berdasarkan
penggantian dan hubungan filogenetik yang digambarkan dibawah, ke dalam dua sub
kelompok, yaitu ABO*O1 dan *O2. Alel ABO*O101 berbeda dari ABO*O201
dengan lima pengganti nukleotida pada posisi 297,646, 681, 771 dan 829, dan kedua
alel tersebut identik terhadap gambaran alel O sebelumnya (yamamoto dkk,
1990,1993). Alel ABO*O102 dan *O103 memiliki satu nukleotida pengganti
dibandingkan dengan ABO*O101 pada posisi berturut-turut 579 (T menjadi C) dan
297 (A menjadi G). Kesamaannya, alel ABO*O202 dan *O203 memiliki satu
nukleotida pengganti dibandingkan dengan alel ABO*O201 pada posisi berturut-
turut yaitu 297 (G menjadi A) dan 721 (C menjadi T).
Selanjutnya, 9 dari 13 alel-alel (ABO*A102,*A103,*A104,*B102,*B103,
*O102, *O103, *O202 dan *O203) disequence lagi alel-alel ABO, tetapi tidak
terdapat penggantian nukleotida pada alel-alel tersebut, kecuali untuk posisi 467 dari
*A102 dan *A103, yang membawa pada perubahan asam amino.
Perkiraan Frekuensi Alel
Kami menyeleksi sampel dari total 262 donor sehat orang jepang, yang terdiri
dari 74 fenotip A, 73 fenotip B, 61 AB dan 54 fenotip O, dan frekuensi alel pada
setiap golongannya telah diuji dengan analisa PCR-SSCP (Tabel 4). Pada golongan
darah A, ABO*A102 lebih sering muncul dengan frekuensi 83%. Walaupun
ABO*A101 memiliki tanda identik sequencing untuk alel A yang dijelaskan oleh
Yamamoto dkk. (1992), diperkirakan frekuensinya pada orang-orang Jepang lebih
rendah dibandingkan ABO*A102 (kira-kira satu-lima). Dalam golongan darah B,
alel ABO*B101 merupakan alel yang dominan dengan frekuensi 97%. Berbeda
dengan golongan darah O, keduanya alel ABO*O101 dan alel *O201 biasanya
dengan frekuensi yang sama (berturut-turut, 43% dan 53%).
Pohon Filogenetik Alel-alel ABO
Pertama kami menggunakan maximum parsimony method terhadap
sequencing data 13 alel-alel ABO untuk merekonstruksi pohon filogenetik. Tiga
puluh tujuh pohon yang sama sifatnya dihasilkan menggunakan PAUP 3.1.1 dengan
pilihan cabang dan ikatan. Saat cabang bagian dalam dengan panjang nol diabaikan,
maka, jumlah pohon topologis jelas berkurang sebanyak 16 (pohon yang tidak
terlihat). Jelasnya maximum parsimony method tidak tepat menggambarkan sifat
dasar polimorfisme alel-alel ABO yang kompleks.
Kami juga menggunakan metode hubungan filogenetik (phylogenetic
network method), dan menghasilkan hubungan tunggal yang dipresentasikan pada
Gambar 4. Terdapat tiga persegi panjang dalam hubungan tersebut, mengindikasikan
adanya posisi yang saling bertentangan. Sebagai contoh, persegi panjang yang terdiri
dari 3 alel-alel B dihasilkan karena konfigurasi nukleotida pada tempat ke 8 (dalam
Gambar 3 posisi 657), tidak konsisten dengan yang pada tempat ke 16 (dalam
Gambar 3 posisi 930). Tiap tempat diasumsikan mengalami penggantian yang sama.
Pada beberapa kasus, keseluruhan 16 pohon yang sama sifatnya dapat dibuat dari
hubungan tunggal ini.

Diskusi
Sejak ditetapkan struktur molekular gen golongan darah ABO yang diuraikan
sebelum ini, beberapa metode DNA typing termasuk analisa RFLP-PCR dan PCR
spesifik alel telah dijelaskan. Metode tersebut mungkin dapat dipakai dalam ilmu
forensik (Lee dan Chang, 1992; Masuki dkk,1994; Fukumori dkk, 1995), diagnosis
laboraturium (fischer dkk, 1992) dan penelitian masyarakat (Grunnet dkk, 1994;
Franco dkk, 1994) dengan alel-alel ABO yang terbatas sebagai subjek. Walaupun
metode RFLP-PCR dan PCR spesifik alel digunakan untuk mendeteksi variasi dalam
menilai kepastian sequence enzim-enzim restriksi atau primer-primer spesifik, hal itu
secara keseluruhan tidak dapat digunakan untuk mendeteksi alel-alel dengan
pengganti yang tidak diketahui dalam amplifikasi fragmen DNA. Baru-baru ini,
Johnson dan Hopkinson (1992) menjelaskan perbedaan empat alel-alel golongan
darah O, seperti juga dua alel golongan darah B dan satu golongan darah A dari
orang-orang Eropa yang tidak memiliki hubungan kekeluargaan dengan memakai gel
elektroforesis denaturasi tinggi, tapi tidak melakukan analisa sequencing. Dari
pengamatan mereka dan komunikasi perorangan (K.Kobayashi), jumlah alel-alel
yang berbeda pada sistem golongan darah ABO diperkirakan lebih banyak dari pada
yang secara luas disangka sebelumnya.
Pada penelitian ini, kami mengaplikasikan suatu metode PCR-SSCP untuk
mendeteksi perbedaan alel-alel golongan darah ABO. Metode ini memungkinkan
kita untuk mendeteksi point mutasi (mutasi titik) pada berbagai posisi dalam
amplifikasi fragmen, dan hal itu bisa digunakan untuk menetapkan genotif ABO
seperti juga untuk mendeteksi alel-alel golongan darah ABO yang tidak dapat
digambarkan. Pada analisa PCR-SSCP ini, kami mengidentifikasi 13 alel-alel
golongan darah ABO yang berbeda dan jumlah alel-alel dalam golongan darah A, B
dan O yaitu berturut-turut 4, 3 dan 6. Empat dari diantaranya, ABO*A101, *B101,
*O101 dan O*201, memiliki sequencing alel-alel golongan darah ABO yang identik
dengan yang mereka tetapkan sebelumnya (Yamamoto dkk, 1990). Kesembilan alel-
alel lainnya, ABO*A102, *A103, *A104, *B102, *B103, *O102, *O103, *O202 dan
*O203 baru diteliti.
ABO*A102 memiliki sequencing yang sama dengan ABO*A101 kecuali
untuk penggantian basa tunggal pada posisi nukleotida 467 (C menjadi T).
ABO*A103 dan *A104 memiliki hanya satu atau dua pengganti nukleotida
dibandingkan dengan ABO*A101 atau *A102, demikian keempat alel-alel ABO*A
dapat termasuk menjadi suatu silsilah evolusioner tunggal.
Yamamoto dkk (1990) menjelaskan suatu alel golongan darah B dengan tujuh
pengganti nukleotida dibandingkan dengan alel A, dan empat diantaranya membawa
perubahan asam amino yang mungkin bertanggung jawab untuk spesifisitas
transferase golongan darah A atau B. Keempat pengganti nukleotida tersebut terlihat
pada tiga alel-alel golongan darah B yang diamati dalam penelitian sekarang ini.
ABO*B102 dan *B103 hanya memiliki satu pengganti nukleotida dibandingkan
dengan ABO*B101. Jadi, ketiga alel-alel ABO*B tersebut termasuk kepada suatu
silsilah evolusioner tunggal, yang berbeda dari silsilah ABO*A.
Pada golongan darah O, kami mengidentifikasi enam alel-alel yang berbeda,
yang semuanya mengalami suatu delesi nukleotida tunggal pada posisi 261.
Dibandingkan pada sampel orang-orang Jepang yang diteliti sekarang ini, kami tidak
dapat menemukan tipe alel golongan darah O lainnya yang disebut O 2 (Yamamoto
dkk, 1993; Franco dkk, 1994). ABO*O101 memiliki sequencing yang sama dengan
ABO*A101 kecuali untuk suatu delesi nukleotida tunggalnya. ABO*O102 dan
*O103 memiliki satu pengganti nukleotida dibandingkan dengan AO*O101. Jadi,
ketiga alel-alel tersebut dapat termasuk kepada silsilah evolusioner yang sama
seperti pada ABO*A. Sebaliknya, ABO*O201 memiliki lima pengganti nukleotida
dibandingkan dengan ABO*O101. Lebih lanjut, ABO*O202 dan *O203 memiliki
satu pengganti nukleotida relatif terhadap ABO*O201, dan jadi ketiga alel-alel
tersebut dapat termasuk kedalam silsilah lainnya, yang berbeda dari silsilah golongan
darah A atau golongan darah B.
Hasil ini mengindikasikan bahwa alel-alel golongan darah ABO orang-orang
Jepang dibagi kedalam tiga silsilah mayor, *A/*O1, *B dan *O2. Analisa hubungan
filogenetik dari alel-alel golongan darah ABO tersebut didukung hipotesis yang
tertera diatas.
Metode PCR-SSCP kami mungkin berguna untuk menguraikan berbagai
macam gen ABO seperti juga penentuan genotip ABO. Selanjutnya, metode tersebut
dapat diaplikasikan untuk mengidentifikasi alel-alel yang ditentukan berfenotip tidak
lazim.
Pernyataan Terima Kasih
Kami berterima kasih kepada Mrs. Hiroko Ogata untuk bantuan teknisnya
pada persiapan DNA genomik.