El término gen (gene en inglés) se lo debemos a Wihlhem Johannsen, que así acortó lo que Mendel llamó
«la partícula más pequeña que representa una característica hereditaria», lo que Darwin llamó gémulas,
o lo que de Vries denominó pangenes. En términos genéticos clásicos, el gen se definía como:
Ninguna de estas definiciones se ajusta al concepto molecular de gen. La primera definición molecular, un
gen, una enzima, se la debemos a Beadle y Tatum, pero como no todas las proteínas son enzimas, se
modificó por un gen, una proteína. Cuando se comprobó que las proteínas pueden estar compuestas por
varias subunidades, se definió un gen, un polipéptido. Pero pronto se juntaron pruebas de que el gen
como unidad de función no era indivisible, puesto que existían en él sitios de mutación específicos que
podían separarse entre sí por medio de la recombinación génica. Benzer llamó «cistrón» a la unidad de
función genética, «recón» a la unidad indivisible de recombinación y «mutón» a la menor unidad de
mutación, con lo que propone un nuevo concepto de gen como cistrón, y la hipótesis de «un cistrón, un
polipéptido» (más tarde redefinida como «un gen o cistrón, un mRNA, un polipéptido») .
El avance de la biología molecular ha puesto de manifiesto lo siguientes fenómenos que no cuadran con
las anteriores definiciones de gen:
lo que ha obligado a dar una definición molecular como un gen, un producto funcional. Sin embargo,
existen genes para los que se necesita forzar las definiciones establecidas para que tengan cabida. En
estos casos debemos acudir a una interpretación más funcional del concepto de gen en lugar de
perdernos en los detalles de la definición. Por ejemplo:
Dos genes pueden ser solapantes, compartiendo una región de DNA, bien sobre la misma
cadena, bien sobre cadenas distintas. Recordemos los promotores PR y PRM del fago λ que
comparten el operador OR.
Algunos genes pueden codificar varios productos distintos: los pre-rRNA da varios rRNA
funcionales distintos, los genes que inician la transcripción en distintos sitios, los ayustes
alternativos del mRNA, etc.
El caso más excepcional es el de la inmunoglobulinas en la que un fragmento de DNA
sufre reorganizaciones internas antes de ser transcrito, de forma que mediante la pérdida
de material genético se originan una gran variedad de transcritos y genes (los
anticuerpos).
En cualquier caso, no debe confundirse el término gen con el de unidad de transcripción, que incluye la
secuencia del DNA que se ha de transcribir más las dos secuencias consenso que la flanquean —lo que
se denimina promotor y terminador—. Es «impropio» (que no incorrecto) definir la unidad de transcripción
como región del DNA que se extiende entre el promotor y el terminador. En los eucariotas, el concepto de
gen y unidad de transcripción coinciden, mientras que en los procariotas se reserva el término operón
para la unidad de transcripción ya que éste y el gen no coinciden.
Los genes se escriben en minúsculas cuando son mutantes, mientras que se escriben las tres letras
en mayúsculas en el caso de genes silvestres eucariotas, o con sólo la primera en mayúsculas si es un
gen silvestre procariota.
Cuando hay varios genes que tienen el mismo nombre, se suele completar con una letra mayúscula en
procariotas o con números en eucariotas. Los proyectos de secuenciación de genomas necesitan
nombrar genes de función desconocida, con lo que siguen otros criterios para generar esos nombres que
se encuentran también normalizados como el de los genes de humanos
(http://www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature/guidelines.html) y ratones
(http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/).
En levaduras están los genes GAL1, GAL4 y GAL80 que intervienen en la regulación de la
asimilación de la galactosa.
En el caso del estudio de genética del desarrollo en Drosophila y Arabidopsis, es corriente
encontrarse genes que tienen más de tres letras y corresponden con un concepto en
inglés, ya que es más fácil recordar así la función de dicho gen. Por ejemplo, el
gen APETALA genera flores sin pétalos cuando se muta.
RNA eucarióticos
Buena parte de las peculiaridades de la transcripción eucariótica se debe a que estas células producen
más tipos de RNA que los procariotas, lo que lleva a una clara distinción entre los que es un transcrito
primario(o RNA precursor) y un transcrito maduro que será el RNA funcional. En los
eucariotas, todos los transcritos primarios sufren algún tipo de maduración o procesamiento.
Localización intracelular
La localización intracelular también va a ser específica: en una célula eucariota, por ejemplo un
fibroblasto, encontramos aproximadamente 6 pg de DNA que corresponde a su material genético. En
cambio, encontramos 25 pg de RNA, de los que 3-4 pg están localizados en el núcleo y el resto en el
citoplasma. Todos los transcritos primarios y algunos de los maduros (por ejemplo los snRNA, véase más
adelante) se encuentran en el núcleo, mientras que en el citoplasma sólo se encontrarán formas
maduras de la mayoría de los transcritos. De los que se encuentran en el núcleo, los pre-rRNA se
encuentran en el nucléolo y los demás en el nucleoplasma.
Tipos de RNA
Además de los típicos y abundantes mRNA, rRNA y tRNA cuya función y definición es la misma que la de
procariotas, los eucariotas poseen:
hnRNA: es el precursor del mRNA. Su tamaño es muy heterogéneo (de 0,2 a 30 kb, aunque la mayoría
entre 5 y 8 kb) y la vida media muy breve. En cuanto se sintetiza, se le unen proteínas, formando
el hnRNP. Más del 70% del hnRNA se degrada en el núcleo sin conseguir madurar correctamente.
pre-rRNA: es el precursor de los rRNA (el más abundante en las células) y se localiza en el núcleo. La
mitad del que se sintetiza se degrada en el núcleo sin llegar a formar un rRNA maduro.
pre-tRNA: es el precursor de los tRNA (12 al 15% del RNA celular). Es muy poco abundante.
snRNA: se trata de RNA nucleares pequeños y monocatenarios que miden de 50 a 300 nt. Tienen sus
propios promotores. Uno de ellos (el snRNA 7SL) se ha descubierto que se encuentra finalmente en el
retículo endoplásmico para el transporte de proteínas, por lo que se le denomina frecuentemente scRNA.
snoRNA: RNA nucleolares pequeños y monocatenarios que se obtienen por el ayuste de los intrones,
aunque algunos tienen sus propios promotores. Actúan asociados a proteínas, formando las snoRNP.
Éstas sirven para ayudar a procesar el pre-rRNA 45S, guiar sus modificaciones covalentes (por ejemplo,
metilación de la ribosa en los rRNA o la formación de seudouridinas), y madurar los tRNA. También se
suele considerar que este tipo de RNA es el que hace de plantilla para los telómeros.
Muchos de los snRNA y snoRNA se están encontrando en lo que antes se denominaba DNA chatarra o
basura (junk DNA). Por ejemplo, el gen UHG de mamíferos que codifica los snoRNA U22 y U25 a U31 en
sus intrones, mientras que su mRNA maduro no codifica nada, degradándose rápidamente en la célula.
siRNA: son los RNA interferentes pequeños que se obtienen por la degradación de dsRNA en fragmentos
de 21 a 25 nt y que permiten degradar los mRNA complementarios a ellos. Estos siRNA surgen del corte
endonucleolítico de los RNA aberrantes celulares.
La subunidad mayor (Rpb1) pesa entre 180 y 210 kDa. Su secuencia es homóloga a la
subunidad ß’ de E. coli. Es la que interacciona directamente con el DNA. Es la que
interacciona directamente con el DNA y contiene el dominio CTD de la RNA-pol II.
La subunidad menor (Rpb2) pesa entre 130 y 150 kDa y es homóloga a la subunidad ß de
la de E. coli. En ella reside la actividad catalítica del complejo.
El heterodímero Rpb3/Rpb11 es homóloga a la subunidad α de la bacteriana.
El núcleo enzimático va acompañado de 10 a 14 subunidades más pequeñas (10 a 50 kDa), de las que
sólo 5 son comunes a las tres polimerasas (Rpb5, Rpb6, Rpb8, Rpb10 y Rpb12) y son absolutamente
esenciales. Las RNA-polimerasas son incapaces de reconocer los promotores, por lo que existe un
aparato básico de transcripción, cuyo funcionamiento debe ser dirigido por los factores de transcripción.
Los factores de transcripción son incapaces de reconocer sus secuencias diana si están unidas a
nucleosomas. Cada RNA-polimerasa una reconoce distintos promotores para iniciar la transcripción.
El tamaño final de la holoenzima (600 kDa) es mayor que el del nucleosoma (260 kDa). La velocidad total
de polimerización es unas 20 veces mayor que la de las DNA-polimerasas puesto que las tres RNA-
polimerasas están funcionando simultáneamente. La siguiente tabla resume las principales características
de las RNA-polimerasas eucarióticas.
La RNA-polimerasa I se localiza en el nucléolo por ser donde se transcriben activamente los rRNA. Es
muy abundante y es la más activa. La cromatina que transcribe está totalmente desprovista de
nucleosomas para permitir la transcripción rápida y continua de estos genes.
La RNA-polimerasa II transcribe todos los genes que se traducen y los snRNA de tipo U (menos el U6
que lo hace la RNA-polimerasa III), por lo que se considera la más representativa y es a la que se suele
aludir cuando no se especifica el tipo de polimerasa. Es menos activa que la RNA-polimerasa I porque
debe eliminar los nucleosomas a su paso.
Puede estar fosforilada en su subunidad mayor, donde presenta un dominio C-terminal con múltiples
repeticiones (50 en mamíferos) de la secuencia Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Thr llamado CTD (C-terminal
domain) que es clave para la iniciación y la enlongación. Seis de las subunidades adicionales de la RNA-
pol II de humanos son capaces de sustituir sus homólogas en levaduras, ya que la mayoría de los
polipéptidos que componen esta holoenzimas están muy conservados a lo largo de las especies. A
diferencia de sus equivalentes bacterianas, las RNA-pol I y II tienen que ser muy procesivas porque los
genes transcritos a veces son muy grandes (13 kb la I y hasta 1000 kb la II).
En la imagen de la derecha puedes analizar en más detalle la estructura de la RNA-polimerasa II de
levaduras. El centro activo lo puedes localizar en el centro de la proteína gracias a la presencia del átomo
de Mg. Cada subunidad está representada de un color diferente. En torno al Mg contactan las dos
subunidades mayores (Rbp1 y Rbp2). Las subuniddes Rpb1, Rpb5 y Rpb9 forman un par de mandíbulas
que sujetan el DNA, mientras que Rbp1, Prb2 y Pbp6 forman una pinza que sujeta el DNA cerca del sitio
catalítico. Esta doble sujección del DNA es lo que le da su gran procesividad.
La RNA-polimerasa III es la más compleja y menos abundante, y trancribe todo tipo de RNA pequeños
Etapas de la transcripción
Al igual que en procariotas, las etapas básicas son la iniciación, la elongación y la terminación. Los
procesos enzimológicos también son los mismos, por lo que vamos a ver cuáles son las diferencias
esenciales que caracterizan al proceso eucariótico.
Hasta no hace mucho, los promotores se analizaban por deleciones seriadas desde el extremo 5' del gen,
por lo que se consideraba que el promotor empezaba a partir del nucleótido más distal cuya deleción
provocaba la pérdida de la capacidad transcriptora. Siguiendo este criterio, quedaban excluidos del
promotor muchos elementos reguladores que no influían decisivamente sobre la transcripción del gen.
Para la transcripción se necesitan una serie de factores de transcripción que se nombran empezando por
la abreviatura TF, le sigue el número de la polimerasa que reconoce, y termina por una letra que sirve
para distinguirlos unos de otros. Por razones históricas, existen muchas excepciones a esta regla.
Iniciación
Principios generales
Más adelante se verá que cada RNA-polimerasa reconoce un promotor específico y forma un complejo
holoenzimático polimerasa diferente y característico. La determinación de los elementos que hay en un
promotor se realiza mediante mutaciones, deleciones seriadas y huellas genéticas de protección.
La falta de homologías en las secuencias promotoras de este tipo de genes hace que sean promotores
muy específicos de especie y no sean reconocidos por la maquinaria de transcripción de especies
heterólogas.
Los factores que reconocen este promotor para facilitar la entrada de la RNA-polimerasa I son:
UBF (upstream binding factor): es un homodímero que reconoce la UCE y provoca un giro
de 360° que acerca esta región al promotor basal, con lo que mejora la eficacia de la
transcripción al interaccionar con el otro factor de transcripción (SL1). Otros autores
proponen que UBF reconoce a la vez el promotor basal y el UCE, y por eso induce el giro
en el DNA.
SL1 (selective factor, también denominado TIF-IB o Rib1 en otras especies): es un
heterotetrámero formado por la TBP (TATA binding protein) y tres TAFI (TBP associated
factors). La unión del SL1 reconoce el promotor como funcional y permite que se una la
RNA-polimerasa I para comenzar la transcripción; por eso, la función del SL1 recuerda la
del factor σ de la RNA polimerasa bacteriana.
El TFIIIA es una proteína de 37 kDa con 9 dedos de zinc como dominio de unión al DNA en su región N-
terminal, que ocupa casi toda la proteína.
El TFIIIC es un complejo proteínico de más de 500 kDa con al menos 5 subunidades diferentes.
Muchos autores prefieren definir los promotores sólo como los elementos basales y proximales, dejando a
los terceros exclusivamente como secuencias reguladoras.
El promotor basal
La caja TATA (caja de Hogness; no se debe confundir con la caja TATA (Pribnow) de
procariotas que está a –10) se sitúa entre la posición –15 y –25, aunque en levaduras
varía mucho más (desde –40 a –120). La secuencia consenso es TATANAA, y la mutación
de uno de sus nucleótidos siempre estropea la actividad promotora. Su función es marcar
el fragmento del cromosoma en el que puede comenzar la transcripción, así como el sitio
preciso en el que iniciará la transcripción, pero no determina el sentido de la transcripción
debido a la simetría de su secuencia. Solo aparece en al 10-15% de los genes conocidos
de los humanos
La secuencia iniciadora Inr se sitúa entre las posiciones –3 y +5, su secuencia
consenso es NYYAN(TA)YY o (Y)2CA(Y)5, donde la A es el primer nucleótido que se
transcribe
La orientación de la transcripción la proporciona la secuencia BRE (elemento de
respuesta al TFIIB). Suele aparecer en algunos de los promotores con caja TATA, con lo
que la contienen tan solo el 12% de los promotores. Se localiza entre las posiciones –32 y
–37, muy cerca de la caja TATA. A veces se puede encontrar detrás de la caja TATA.
la secuencia DPE (downstream core promoter element) se encuentra ya en la zona
codificante entre las posiciones +28 to +32. Suele aparecer sobre todo en los promotores
que carecen de caja TATA. Cuando hay DPE, actúa sinérgicamente con Inr. Por ejemplo,
es la caja que promueve la transcripción de los LINE.
el motivo MTE (motif ten element) funciona en sinergia y dependencia de la secuencia
Inr, y aparece en los promotores sin caja TATA.
Los distintos tipos de promotores basales combinan distintas posibilidades, siendo la más frecuente que la
ausencia de caja TATA implique presencia de Inr, DPE y MTE
Los elementos proximales
Estos elementos no especifican la posición del inicio, sino la frecuencia con la que se produce el inicio por
ser reconocidas por diversos factores de transcripción que favorecen la interacción de la RNA-polimerasa
II con el punto de inicio. Su presencia y secuencia es aún mas variable que las de los elementos basales.
La caja CAAT se localiza entre –50 y –100. Su consenso es CC(CT)ACCTCT. Fue uno de los primeros
módulos descritos como importantes para el promotor. Se puede encontrar en muchas posiciones y su
papel es más importante que el de la caja TATA en proporcionar eficacia al promotor, pero, curiosamente,
no siempre está presente.
La caja GC suele aparecer varias veces (hasta 6 copias). Su secuencia suele ser de tipo GGGCGG, con
la C sin metilar. Pueden encontrarse tanto delante como detrás de la caja CAAT (pero siempre delante del
promotor mínimo) y son más frecuentes en promotores sin TATA, como la mayoría de los genes de
mantenimiento (housekeeping). Su función es permitir una expresión constante, pero baja.
Las secuencias distales específicas (SDE) son las más alejadas de todas (–100 a –200) y suelen
constar de 6 a 10 nt. Son reconocidas específicamente por determinadas proteínas. Funcionalmente no
se distinguen de los elementos distales, pero se diferencian de éstos en que se localizan en la zona
proximal. Un ejemplo son las secuencias Oct1 y Oct2 reconocidas por los homeodominios que se verán
en el tema siguiente.
Cuando los promotores carecen de estos elementos proximales se dice que son genes constitutivos o de
mantenimiento. Da igual que los genes constitutivos se expresen de forma muy abundante, como que se
transcriban a baja velocidad, puesto que lo importante es que lo hagan de manera continua y no regulada.
Elementos distales
Parece que su acción se ejerce al formar «lazos» aislados en la cromatina que definen el dominio sobre el
que se puede ejercer su regulación. Estos dominios se establecen por interacción entre aisladores, entre
el aislador y la membrana, o entre el aislador y las proteínas que se unen a un potenciador. No solo son
capaces así de evitar el efecto de potenciadores indebidos, sino incluso de evitar el efecto silenciador del
DNA superenrollado cercano.
Los silenciadores y los potenciadores pueden encontrarse muy próximos entre sí. En otras ocasiones
pueden incluso funcionar como potenciador y como silenciador, como en el caso del elemento de
respuesta a estrógenos, que es potenciador si a él se une el receptor de las hormonas esteroideas, pero
es silenciador si se le une el receptor de las hormonas tiroideas (se verá en otro capítulo). Los
potenciadores víricos son los más potentes y de más amplio espectro: el primer potenciador se describió
en el virus SV40 en 1981, que sirve para activar los genes tempranos del virus durante la infección. En el
caso de las inmunoglobulinas se ha detectado un elemento distal «dentro» del propio transcrito del gen,
aunque sólo funciona como tal en los linfocitos B.
Los factores generales, al reconocer las secuencias más conservadas, son a su vez, los más
conservados. Promueven la formación del complejo de inicio, mediando la fijación de la polimerasa y el
correcto punto de comienzo de transcripción. Véase un esquema general del proceso.
La secuencia de unión de estos factores comienza con la unión del TFIID al surco menor del DNA (libre
de histonas) a través de la caja TATA (o del MTE/DPA) a través de la TBP, protegiendo unos 35 pb. Esta
etapa es la crítica en el proceso. El TFIID está muy conservado y parece ser el único que reconoce
específicamente una secuencia de DNA, la caja TATA, aunque también se une a promotores que no la
tienen, uniéndose, en tal caso, al elemento Inr. Su tamaño es de unos 800 kDa. Uno de sus componentes
es la TBP que aquí sí reconoce específicamente la caja TATA. La TBP tiene un dominio de unión a DNA
un poco especial que se conoce como «silla de montar». In vitro basta la TBP para iniciar una
transcripción. Los otros componentes del TFIID son varias moléculas de TAFII (de 9 a 12 distintas) que
varían enormemente de unos promotores a otros. Una buena parte de las TAF son proteínas reguladoras
y factores específicos de tejido u órgano y otras median entre el complejo basal de la RNA-polimerasa y
algunos reguladores. Por tanto, las TAFIIson necesarias para responder a la regulación de los
promotores.
Si quieres conocer mejor su estructura y modo de acción de la TBP, consulta una estupenda
guía elaborada por Jordi Oliver y Pilar Roca (UIB).
A continuación se unen el TFIIA y el TFIIB para definir el punto de inicio o abortar el proceso si no se ha
encontrado un verdadero punto de inicio. El DNA está protegido desde –80 hasta +10. La estructura
asimétrica del complejo define el sentido de la transcripción. El TFIIA es un complejo de 3 subunidades
que sirve para estabilizar la interacción entre el TFIID y el DNA. No es esencial pero muchos reguladores
interaccionan con él. El TFIIB es le que orienta el sentido de la transcripción del promotor. En su región N-
terminal hay motivos de dedo de Zn para unirse al DNA y presenta un canal de salida del RNA, de forma
análoga a la que presenta la subunidad σ procariótica.
A continuación se unen la RNA-polimerasa II y el TFIIF, lo que lleva la protección del DNA hasta +20. La
subunidad mayor del TFIIF tiene actividad helicasa y la otra se parece mucho a la subunidad σ de la RNA-
polimerasa bacteriana. Su principal función es la de deshacer interacciones inespecíficas entre la RNA-
polimerasa y el DNA, estabilizar las interacciones correctas, definir el sitio de iniciación y aumentar la
velocidad de polimerización de los primeros nucleótidos.
Sobre este complejo entra el TFIIE, llevando la protección hasta +30. Se trata del momento de máxima
protección y se le denomina complejo promotor cerrado.
La entrada del TFIIH/TFIIK, que está compuesto por al menos 9 subunidades que le proporcionan
actividad helicasa y cinasa, separa las dos cadenas del DNA en torno a la caja TATA en unos 12 pb. La
subunidad con actividad cinasa es la TFIIK, puesto que no aparece en el TFIIH que interviene en la REN.
La TFIIK, que se une y separa reversiblemente del complejo, fosforila el dominio CTD de la RNA-
polimerasa una vez formado elcomplejo promotor abierto.
En los promotores con elemento Inr, también intervienen las IBP (Inr binding proteins), que son un
conjunto de factores entre los que se encuentran TAF150, TFII-I e YY1.
La fosforilación del CTD marca el fin de la inicación. Al comenzar la polimerización, se separan la mayoría
de los TFII y se pasa a la elongación. El promotor basal y los factores generales de transcripción bastan
para transcribir un gen, pero con muy poca intensidad. La fuerza del promotor va a depender de la unión
de factores a los elementos proximales y distales del promotor.
Son los que contribuyen a aumentar la eficacia de la formación del complejo de inicio, o bien
favorecen la actividad de la propia polimerasa. Cada promotor necesita un conjunto preciso de estos
factores para su funcionamiento óptimo. A modo de ejemplos:
CTF (también conocido como NF1): interacciona con la caja CAAT y hace aumentar la
eficacia del promotor. El dominio que hace de activador es del tipo rico en Pro (20%) de la
secuencia.
CBP, ACF, CP1 y CP2 también interaccionan con la caja CAAT en distintos tipos
celulares, por lo que se sugiere que debe existir una familia de de proteínas capaces de
discriminar las distintas cajas CAAT.
SP1 (monómero de 105 kDa): se une a las cajas GC, pero no a todas, por lo que las
secuencias adyacentes han de influir de alguna manera en esta interacción, ya que su
unión protege unos 20 nt, cuando el motivo GC es sólo de 6-8 nt. Contacta con TFIID,
activando la transcripción. El motivo de unión a DNA de SP1 son 3 dedos de Zn en la zona
C-terminal. El dominio activador tiene un 25% de Gln.
Los factores que reconocen los elementos distales facilitan (o impiden) la formación del complejo de
inicio de transcripción. A diferencia de los anteriores, sólo están presentes en momentos específicos o en
células que lo requieren. O sea, son reguladores y se verán ejemplos característicos en el tema de la
regulación eucariótica.
Lo habitual es que el contacto no sea directo entre el factor distal y la polimerasa, sino que esté mediado
por un coactivador que interacciona simultáneamente con la polimerasa y con el factor distal. Un
coactivador se define como «aquellos factores que se necesitan para ejercer el efecto de los activadores
que se unen al DNA, pero que no son necesarios para la transcripción basal per se, ni muestran una
unión específica de sitio por sí mismos».
Los coactivadores suelen estar formados por muchas subunidades proteicas. Puesto que el mismo
coactivador puede recibir señales de distintos potenciadores, son distintas subunidades de éste las que
van a interaccionar con los elementos distales. Uno de los coactivadores holoproteicos más conocidos en
humanos recibe el nombre de Mediador. Se trata de un complejo de más de 20 subunidades (más
grande que la propia RNA-polimerasa) tan conservado que es capaz de reconocer señales que provienen
de activadores de distintas especies. Se ha visto que se organiza en módulos que se pueden disociar del
conjunto (coincidiendo con los colores de los dibujos anteriores y con la recogida y envío de las señales).
Tras la fosforilación, la polimerasa se libera de todos los factores de iniciación excepto la helicasa del
TFIIF y comienza su avance por el DNA. En torno al elemento Inr pueden quedarse los TFII A, B y D así
como otros activadores de la transcripción, listos para reiniciar otro ciclo de transcripción —esta vez más
abreviado puesto que las primeras estapas no han de repetirse—.
Una actividad helicasa sigue abriendo el DNA por delante, lo que genera importantes tensiones en la
molécula que se compensan por la acción de las topoisomerasas. Por detrás de la polimerasa el RNA
recién sintetizado se va desapareando del DNA molde y quedando en forma de cadena sencilla de RNA.
Las dos cadenas de DNA se vuelven a aparear y gracias a la asistencia de otra topoisomerasa, se
rebobina de nuevo el DNA.En esta etapa intervienen al menos 16 factores de elongación cuyo
mecanismo exacto se desconoce. Su función siempre aparece relacionada con 3 fenómenos principales:
Está claro que la elongación, la terminación y la maduración del mRNA están íntimamente
interconectados y necesitan estar coordinados con precisión.
Terminación
Las secuencias terminadoras propiamente dichas están aún poco caracterizadas, pero se ha visto que
provocan dos efectos:
Terminación de la RNA-polimerasa I
Los rRNA se expresan mucho debido al confinamiento de estos genes en el nucléolo, la ausencia de
nucleosomas en su región codificante y el estar repetidos en tándem. Por otra parte, el acoplamiento
entre el fin de la transcripción de un pre-rRNA con el comienzo del siguiente (posición en tándem) acelera
aún más esta transcripción: cuando la terminación de la transcripción de un gen acaba cerca del promotor
del siguiente, se activa la transcripción del segundo gen ya que resulta más rentable polimerizar
secuencia inútil que soltar el DNA y volver a iniciar otra transcripción.
La señal de terminación de los rRNA es una secuencia de 18 pb duplicada que se encuentra triplicada, de
la que hay dos copias cerca del extremo 3’ del gen 28S (T1 y T2) y la tercera a 200 pb del inicio de
transcripción del gen siguiente (T3).
En una secuencia indeterminada se une una proteína terminadora (Reb1p en las levaduras o TTF-I en los
mamíferos) que detiene el avance de la RNA-polimerasa. Una vez detenida, una región rica en T en la
cadena codificante facilita la separación del RNA. No se ha observado que se formen horquillas.
Terminación de la RNA-polimerasa II
Si es un promotor de tipo «a», el TFIIIA atrae los factores de terminación específicos que
van a reconocer las T si van precedidas de un palíndromo de GC.
Si es un promotor de tipo «b» es TFIIIC el que atrae los factores de terminación.
Si es un promotor de tipo «c», SNAPc es la que va a reclutar los factores de terminación
que van a reconocer las T dentro de una zona rica en A puesto que se ha visto que la
presencia de G inhibe la terminación en este caso.
A diferencia de la terminación de las otras dos polimerasas, estos transcritos no van a sufrir ninguna
modificación en su extremo 3’, por lo que todos acaban en varias UUU.