Asam Nukleat

• Ada 2 tipe Asam Nukleat; DNA dan RNA

• Ikatan fosfodiester berfungsi untuk menghubungkan unit monomer asam
nukleat melalui residu fosfat yang berikatan pada gugus hidroksil atom C ke
5’ dan gugus hidroksil atom C ke 3’. (Fig 4.1)
• Residu pada molekul DNA dan RNA bermuatan negatip
• DNA dan RNA disebut asam karena mengandung gugus fosfat dengan pKa
1
• Residu gula merupakan tulang punggung molekul asam nukleat
• Ada 2 tipe basa pada asam nukleat (Fig 4.2):
1. Purin: A dan G
2. Pirimidin: C dan T
• RNA mempunya basa yang sama dengan DNA kecuali T diganti dengan U
Basa terikat pada atom C 1’
Nukleosida (Nukleosida 5 monofosfat) dan Nukleotida (Fig. 4.3)
Polinukleotida: Polimer nukleotida
Oligonukleotida: beberapa resIdu nukleotida
Sifat Fisikokimia Asam Nukleat
• Asam kuat
• Tautomer (Fig. 4.4). Tautomer: isomer
struktural yang berbeda dalam hidrogen
dan ikatan ganda
• Menyerap cahaya pada UV dekat
• Dapat terdenaturasi/renaturasi
• A DNA melting curve
Asam kuat
Tautomer
Menyerap Cahaya pada UV dekat
Spektrum Absorpsi UV
 A DNA Melting Curve
• Denaturasi dupleks DNA dapat dimonitor
dengan spektrum absorpsi UV sebagai fungsi
temperatur
 Stabilitas Pembentukan Ikatan
Fosfodiester
• Stabil terhadap hidrolisis tanpa katalisis
• Recovery DNA dapat ditemukan pada fosil
• Adanya asam hidrolisis DNA meningkat.
RNA labil dalam NaOH tapi tidak pada
DNA Nuklease: enzim yang dapat
menghidrolisis ikatan fosfodiester RNA
dan DNA
 Hukum Chargaff’s
Hubungan antara proporsi basa dalam sampel DNA
yaitu:residu A=T dan residu G=C, total purin =
total pirimidin.
Hasil percobaanya:

Rasio basa dalam sampel

Organisme DNA
A:T G:C
Sapi 1,04 1,00
Manusia 1,00 1,00
Salmon 1,02 1,02
E. coli 1,09 0,99
 Struktur Primer Asam Nukleat
• Rantai polinukleotida mempunyai arah
• Monomer polinukleotida (urutan
nukleotida) ditentukan berdasarkan urutan
basanya
Struktur Sekunder Asam Nukleat: 7
Ciri penting Heliks (Watson-Crick)
• 10 residu per putaran heliks (Fig. 4.10)
• Heliks ganda ini terdiri dari 2 pita DNA tiap
molekul
• Basa N terletak di dalam heliks
• Antar 2 pita DNA dihubungkan dengan ikatan
hidrogen melalui basa-basanya
• Heliks ganda memiliki 2 jenis lekukan yaitu:
lekukan minor (minor groove) dan lekukan
mayor (major groove)
• Arah putaran heliks ganda kekanan
• 2 pita heliks ganda ini adalah antiparalel
Bentuk Struktur Sekunder DNA
Bentuk Arah Jumlah Jarak Diameter
Putaran Basa antar Heliks (Å)
Per Pasang
Putaran Basa
A Kanan 11 2,6 23
B Kanan 10 3,4 19
C Kanan 9,3 3,3 19
Z Kiri 12 3,7 18
DNA -Z
 PALINDROM
• palindrome is a segment in which the sequence is the same on one strand
read right to left as on the other strand read left to right; thus, a back-to-back
pair of inverted repeats
Triple Heliks: DNA H
 3 TIPE MOLEKUL RNA
1. RIBOSOMAL (rRNA)
2. tRNA
3. mRNA

• rRNA dan tRNA bersifat stabil

• mRNA tidak stabil
 Struktur Ribosom

70S
70S tanpa tRNA
50S Protein

rRNA
Struktur Ribosom
Struktur tRNA