Our World | DNA

Copyright Carla Dora Calista carladc@webmail.umm.ac.id

http://carladc.student.umm.ac.id/2010/02/12/dna/

DNA

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA
terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya
adalah: DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein
histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak
berasosiasi dengan protein histon. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas
memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu.
Hal ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari
kedua orang tua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan
struktur DNA eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk
sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon (Klug
& Cummings 1994: 315--316; Raven & Johnson 2002: 94).

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan

komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan
pasangan basa. Pasangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin
dan pirimidin. 'Basa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki
struktur cincin-ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T)
yang memiliki struktur cincin-tunggal. Ketika Guanin berikatan dengan Sitosin,
maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika Adenin berikatan
dengan Timin maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen. Satu komponen
pembangun (building block) DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat
dan satu pasang basa yang disebut nukleotida (Lewis 2003: 176--178).

Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter
pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA)
yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. (Human
Genome Project 2005: 1)

- DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun pada tumbuhan. DNA
manusia dapat diisolasi melalui darah. Darah manusia terdiri atas plasma
darah, globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, protein dan hormon), dan
gas (oksigen, nitrogen dan karbon dioksida). Plasma darah terdiri atas eritrosit
(sel darah merah), leukosit (sel darah putih) dan trombosit (platelet).
Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih. Sel darah putih dijadikan
pilihan karena memiliki nukleus, di mana terdapat DNA di dalamnya. DNA pada
tumbuhan juga dapat diisolasi, contohnya pada tumbuhan bawang merah (

page 1 / 4
Our World | DNA
Copyright Carla Dora Calista carladc@webmail.umm.ac.id
http://carladc.student.umm.ac.id/2010/02/12/dna/

Allium cepa) dan pada pisang (Musa sp.) (Kimball 2005: 8; Kent & Carr 2001:
317).

- Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu:

- 1. Isolasi jaringan
- 2. Dinding dan membran sel dilisiskan
- 3. Diekstraksi dalam larutan
- 4. Dipurifikasi
- 5. Dipresipitasi

Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan

presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan
berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi
yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan
terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang
bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500
rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm (Kimball 2005: 4; Lewiston 2002:1--3;
LPCH 2005: 2).

Ada 5 tahap untuk melakukan isolasi DNA, yaitu: isolasi jaringan, pelisisan dinding
dan membran sel, pengekstraksian dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi.

Tahap pertama yang dilakukan yaitu mengisolasi jaringan yang ingin digunakan,
yaitu darah.

Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan larutan pelisis
sel darah merah. Setelah dilakukan inkubasi, darah yang telah bercampur dengan
pelisis sel darah merah tersebut lalu disentrifugasi selama 10 menit dengan
kecepatan 2500 rpm. Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan
kemudian dilakukan ekstraksi di dalam larutan. Hal tersebut bertujuan agar didapat
ekstrak nukleus sel darah putih.

Tahap berikutnya adalah purifikasi. Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel
darah putih dari zat-zat lainnya, dan tahap terakhir, yaitu presipitasi bertujuan
untuk mengendapkan protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi

page 2 / 4
Our World | DNA
Copyright Carla Dora Calista carladc@webmail.umm.ac.id
http://carladc.student.umm.ac.id/2010/02/12/dna/

menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA
menjadi terlihat (Kimball 2005: 4; Lewiston 2002:1--3; LPCH 2005: 2).

Tahap isolasi jaringan; untuk mengisolasi jaringan sel darah putih, maka darah yang
masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih. Karena itu ke dalam tabung yang
berisi darah diberikan larutan pelisis sel darah merah yang merupakan larutan
hipotonis. Karena larutan tersebut hipotonis, maka akan terjadi hemolisis. Larutan
pelisis sel darah merah terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang
akan membentuk kompleks (chelate) dengan ion logam, seperti Mg2+ yang
merupakan kofaktor DNAse. Selanjutnya tabung dibolak-balik denan gerakan
memutar yang membentuk angka 8 agar larutan dapat menyatu dengan sempurna
selama 10 menit. Darah yang telah bercampur dengan pelisis sel darah merah
tersebut lalu disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 2500 rpm.
Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang. Untuk melisiskan membran sel
dan membran nukleus sel darah putih yang terisolasi tadi, diberikan larutan pelisis
sel darah putih yang terdiri atas EDTA dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang
berfungsi untuk merusak lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur (Rybicki
& Purves 2005: 1; Harley 2005: 410).

Tahap selanjutnya yaitu purifikasi. Purifikasi bertujuan untuk membersihkan sel

darah putih dari zat-zat lainnya; Ke dalam larutan tadi kemudian diberikan RNAse
dan diinkubasi selama 15 menit pada suhu 37°C. Hal tersebut bertujuan untuk
mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Tahap
berikutnya yaitu presipitasi; Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan
larutan presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk
menghomogenkan larutan. Larutan presipitasi protein terdiri atas amonium asetat
yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa baru
yang memiliki kelarutan yang lebih rendah, sehingga menyebabkan protein
mengendap. Larutan tersebut kemudian disentrifugasi kembali selama 15 menit
dengan kecepatan 3000 rpm. Supernatan yang berisi DNA kemudian dituangkan ke
dalam tabung berisi isopropanol dingin dan tabung dibolak-balik kembali dengan
gerakan angka 8. Pemberian isopropanol bertujuan untuk visualisasi DNA.
Selanjutnya tabung disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 3000
rpm. Hasil dari sentrifugasi adalah terdapatnya pelet DNA pada dasar tabung yang
kemudian ditambahkan etanol 70% dan dibolak-balik kembali. Pemberian etanol
bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya. Setelah tercampur,
tabung kemudian disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 3000
rpm. Hasil akhirnya adalah DNA yang berada pada tepi dasar tabung. Langkah
akhirnya adalah dengan pemberian Tris-EDTA yang bertujuan untuk melarutkan
kembali DNA untuk dipreservasi (Harley 2005: 409--410; Lewiston 2002: 1--2).

page 3 / 4
Our World | DNA
Copyright Carla Dora Calista carladc@webmail.umm.ac.id
http://carladc.student.umm.ac.id/2010/02/12/dna/

Isolasi DNA genom buah pisang memiliki prinsip yang sama dengan isolasi DNA sel
darah putih. Langkah pertama adalah dengan memasukkan buah pisang ke dalam
blender dan blender selama 5 menit. Hasil blender kemudian ditambahkan air
dengan perbandingan 1:1 dan garam lalu diaduk selama 15 menit. Garam memiliki
fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk
memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Campuran tersebut
kemudian disaring dengan corong dan ditambahkan isopropanol yang berfungsi
untuk memvisualisasikan DNA dan menetralkan (desalted) sebab isopropanol tidak
memiliki muatan, sedangkan DNA bermuatan negatif (-). Kemudian tabung
dibolak-balik untuk mendapatkan DNA. Akan tetapi, setelah diberikan Tris-EDTA,
yang didapat oleh praktikan hanyalah pengotor yang tidak larut di dalamnya. Hal ini
dapat terjadi karena kurang teliti dalam mengerjakan proses isolasi tersebut (Harley
2005: 410).

page 4 / 4