Anda di halaman 1dari 18

[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

SISTEMATIKA
FUNGI
Istilah-istilah dalam sistematika fungi

TAKSONOMI : Studi mengenai prinsip-prinsip klasifikasi.

KLASIFIKASI : Pengelompokan organisme ke dalam unit-unit taksonomi (taksa)

IDENTIFIKASI : Membandingkan isolat yang belum diketahui dengan taksa yang

ada untuk menetapkan identitasnya.

NOMENKLATUR : Penamaan organisme

SISTEMATIKA : Penyusunan organisme ke dalam pohon filogenetik berdasarkan

studi taksonomi dan klasifikasi.

FILOGENI : Sejarah evolusi dari suatu kelompok taksa atau gen-gen dan nenek

moyangnya.

FILOGENETIK : Rekonstruksi sejarah evolusi dati sekelompok taksa atau gen-gen.

MONOFILETIK : Sekolompok taksa yang berasal dari satu nenek moyang.

POLIFILETIK : Sekelompok taksa yang berasal dari nenek moyang yang berbeda-

1 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

beda.

Apa itu fungi.?

Organisme yang disebut fungi yaitu organisme yang bersifat heterotrof,


dinding sel spora mengandung kitin, tidak berplastid, tidak berfotosintesis,
umumnya memiliki hifa berdinding yang dapat berinti banyak (multinukleat) atau
berinti tunggal (mononukleat) dan memperoleh nutrien dengan cara absorpsi.

Sejarah Sistem Klasifikasi Fungi

Klasifikasi organisme berdasarkan kekarabatan evolusi diawali oleh Whittaker


(1969) yang mengenalkan sistem lima kingdom (regnum (latin)) dan menumbangkan
system tiga kingdom. Menurut Whittaker, system tiga kingdom, yaitu Prokariota,
hewan, dan tumbuhan, tidak menunjukan hubungan kekerabatan di antara mereka.
Sistem lima kingdom yang diusulkannya, menunjukan hubungan kekerabatan evolusi
di antara kelima kingdom tersebut. Hal tersebut merupakan awal dalam usaha
menetapkan kelompok monofiletik untuk mengembangkan suatu klasifikasi yang
menunjukan kekerabatan evolusi antara kelompok-kelompok (klasifikasi filogenetik)
( Alexopoulos et al., 1996).

Dalam 20 tahun terakhir terjadi revolusi biologi molekuler yang banyak


mempengaruhi aspek-aspek sistematika dan klasifikasi fungi. Bukti-bukti molekuler
mendukung bahwa Oomycota dan Slime moulds (Myxomycetes), organisme yang
dahulu dianggap sebagai fungi karena memiliki cara hidup seperti fungi, secara
filogenetik ternyata berada jauh dari kelompok Eumycota (true fungi).

2 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Saat ini, Oomycota dimasukan kedalam kingdom STRAMENOPHYLA atau


CHROMISTA, sedangkan Slime moulds dimasukan kedalam kingdom PROTOZOA.
Sekuensi ribosomal RNA membuktikan bahwa kerabat dari fungi sejati adalah
Choanoflagellates kelompok yang dianggap nenek moyang dari metazoan (hewan
multiselular). Berdasarkan data sekuensi ternyata true fungi lebih dekat dengan
kingdom Animalia daripada kingdom Plantae.

Divergensi kingdom fungi

Divergensi kingdom fungi dari choanoflagellates diperkirakan dimulai sekitar


900 juta tahun lalu (Barbee & Taylor, 2001) berdasarkan analisis data molekuler,
yang termasuk true fungi adalah empat phyla chytridiomycetes, zygomycetes,
ascomycetes, basidiomycetes (Alexopoulos et al., 1996; Mclaughlin et al,. 2001).
Deuteromycetes (fungi inperfekti/ mitospric fungi/ conidial funig) juga termasuk
true fungi, akan tetapi, deuteromycetes secara filogenetik bukan merupakan suatu
kelompok taksonomi.

Cara untuk mengelompokkan fungi

Ada banyak cara untuk mengelompokan fungi. Pada taksonomi konvensional,


fungi dikelompokan berdasarkan informasi fenotipik yaitu informasi yang berasal
dari protein dan fungsinya, karakter-karakter kemotaksonomi, fisiologi dan
morfologi. Kemotaksonomi adalah penelompokan fungi dengan pendekatan
metode analitik untuk mengumpulkan informasi dari konstituen-konstituen kimia
dari sel. Karakteristi-karakteristik fenotipik yang sering digunakan adalah: morfologi

3 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

makroskopik dan mikroskopik; reproduksi seksual; sifat-sifat fisiologi dan biokimia.


Pengelompokan berdasarkan taksonomi konversional umumnya mempunyai
kelemahan, sulit untuk mendeteksi spesies baru atau sulit untuk mengidentifikasi
fungi anamorfik karena sering ditemukan variabilitas pada tingkatan strain.

Kelemahan-kelemahan tersebut umumnya dapat diatasi oleh taksonomi


modern yang mengelomokan fungi tidak saja berdasarkan informasi fenotipik, tetapi
juga informasi genotipik dan filogenetik dari suatu organisme. Informasi Genotipik

4 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

adalah semua informasi yang berasal dari asam nukleat (DNA dan RNA) yang ada
didalam sel.

Kapang, Khamir dan Cendawan

Berdasarkan penampakannya fungi dikelompokan ke dalam: kapang (moulds


or molds), khamir (yeast), dan cendawan (mushrooms). Adapun menurut analisis
molecular, kapang dan khamir adalah organisme yang secra filogenetik bersifat
diverse. Artinya, baik kapang dan khamir terdapat dalam setiap kelompok besar dari
Ascomycetes dan Basidiomycetes, sedangkan cendawan yang diartikan dari
mushrooms atau edible mushrooms umumnya termasuk dalam kelompok
homobasidiomycetes yang monofiletik. Sampai saat ini jumlah spesies fungi yang
sudah dideskripsi didunia masih kurang dari total 1,5 juta spesies yang diperkirakan
ada didunia oleh Hawksworth, 1991.

Perbedaan antara Khamir dan Ragi

Khamir tidak sama dengan ragi. Ragi adalah campuran mikroorganisme yang
terdiri dari kapang, khamir, dan bakteri. Sedangkan khamir adalah kel fungi yang
memeliki sel vegetatif uniseluler yang sering pula dapat membentuk miselium sejati,
atau miselium palsu (pseudomiselium).

5 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Klasifikasi Fungi

Fungi di klasifikasikan menjadi 4 filum.

1. Filum Chytridiomycota

2. Filum Zygomycota

3. Filum Ascomycota

4. Filum Basidiomycota

6 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Filum chytridiomycota

Filum chytridiomycota diduga merupakan nenek moyang langsung dari


kelompok fungi tingkat tinggi. Di antara anggota fungi, hanya kelompok chytrid yang
memiliki flagella. Menurut perkiraan berbee & taylor (2001) berdasarkan waktu
geologi dan molecular clock, divergensi kingdom fungi terjadi sebelum tumbuhan
mengkolonisasi daratan (zaman kambrian, sekitar 900 juta tahun yang lalu) filum
tersebut hanya mempunyai satu kelas yaitu chytridiomycetes terdir dari 5 ordo,
7 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”
[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

yaitu: chytridiales, spizellomycetales, blastocladiales, monoblepharidales, dan


neocallimastigales.

Chytrids bersifat uniseluler, berkoloni, atau merupakan organism berfilamen


yang mengambil nutrien dengan cara absorpsi dan mempunyai sebuah alat gerak
yang terletak di daerah posterior, chytrids demikian disebut zoospore berflagela
tunggal (uniflgellated zoospores). Beberapa spesies memiliki flagella dua atau lebih
(bi- dan poliflgellated zoospores).

Hifa kapang chytridiomycota adalah soenositik (coenocyctic), septum baru


dibentuk apabila fungi akan membuat alat reproduksi sporangium. Mula-mula
sporangium mengandung protoplasma berinti banyak yang kemudian membelah
menjadi bagian-bagian kecil berinti tunggal yang selanjutnya memperoleh flagella
posterior dan disebut zoospore. Zoospore keluar dari sporangium melalui papillae
atau melalui lubang di dinding sporangium, dan berenang sebelum menjadi kista.
Kista tersebut akan berkecambah menjadi hifa baru.

Reproduksi seksual berlangsung dengan cara kopulasi antara planogamet-


planogamet yang memiliki morfologi yang sama (isogamete) atau tidak sama
(anisogamet) dengan menghasilkan zigot yang akan tumbuh kembali menjadi hifa.

Sebagian besar spesies chytridiomycota, terdapat di tanah sebagai saprofit


yang hidup pada bahan organic. Chytridiomycota bersama zygomycota merupakan
pengurai awal bahan-bahan organic yang ada di alam, seperti kitin, keratin, selulosa,
dan hemiselulosa. Beberapa diantaranya hidup sebagai halofil yang ditemukan di
estuaria. Banyak chytrid hidup di dalam alat pencernaan rumen hewan. Banyak juga
yang bersifat parasit pada mikroflora dan mikrofauna, seperti alga dan rotifer, dan
beberapa parasit pada tumbuhan berpembuluh.

8 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Filum Zygomycota

9 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Zygomycota adl salah satu divisi fungi, terdiri dari dua kelas, yaitu
Trichomycetes dan Zygomycetes. ciri khas dari fungi Zygomycetes adl menghasilkan
zigospora berdinding tebal pada reproduksi seksual dan pada reproduksi aseksual
menghasilkan sporangium yang umum besar berbentuk bulat dan semibulat yang
dibentuk pada hifa fertil khusus yang disebut sporangiospor. ada juga spesies
dengan sporangium berukuran kecil yang terbentuk secara simultan, disebut
sporangiola.

Zygomycetes bersifat saprofilik, atau haustorial, atau parasitik non haustorial


pada hewan, pada tumbuhan dan fungi.

Zygomycetes bersifat kosmopolitan dan dapat menggunakan substrat dengan


spektrum yang luas. Misalnya dalam kotoran hewan dan tanah dapat ditemukan
Mucorales, Dimargaritales, kickxellales.

Tricomycetes adalah simbion di dalam usus, atau kadang-kadang di sekitar


daerah anal dari arthropoda, termasuk serangga dan larvanya.

Berdasarkan perbedaan morfologi vegetatif dan reproduksinya, trichomycetes


dibagi ke dalam empat ordo : Amoebidiales, Asellariales, Eccrinales, dan Harpellales.

Filum Ascomycota

Fungi Ascomycota mengalami meiosis setelah pembentukan zigot yang


berumur pendek dan menghasilkan meiospora dengan pembentukan sel bebas dlam
sebuah meiosporangium yang disebut askus. Ascomycota menunjukan
kompatibilitas seksual bipolar dan memiliki dinding sel yang terdiri dari dua lapisan
(bi-layered). Pohon filogenetik berdasarkan sekuens 18s rDNA menunjukan bahwa

10 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

ascomycota dan basidiomycota mengalami divergensi satu dengan yang lainnya


pada era paleozoic, sekitar 500 juta tahun yang lalu (Barbee & Taylor, 2001).

Ascomycota dibagi menjadi tiga kelas, yaitu : archiascomycetes,


Hemiascomycetes, dan Euascomycetes.

Kelas archiascomycota

Anggota Archiascomycetes mempunyai karakter-karakter yng menarik,


yaitu : memiliki tahapan seksual askogenos (ascogenous), tetapi tidak memiliki
hifa ascogenous.

Kelas Archiascomycetes terdiri dari lima ordo, yaitu: Pneumocystidales,


Scizosaccharomycetes, Neolectales, Protomycetales, dan Taphrinales.

Sampai saat ini baru 6 genera yang termsuk dalam kelas tersebut, yaitu:
Pneumocystis, Saitoella, Schizosaccharomyces, Neolecta, Protomyces, dan
Taphrina.

Ordo Taphrinales

Terdiri dari satu famili Taphrinaceae, dng genus tunggal Taphrina, trdiri
dari hampir 100 spesies (Kramer, 1973). Genus Taphrina adlah parasit yang
bersifat dimorfik, membentuk miselia dikaryotik dan askus terbuka (naced
asci) pada fase parasitik dan membentuk pertunasan sel khamir pada fase
saprobiknya, yaitu fase haploid (Kramer, 1987). Taphrina merupakan parasit
pada berbagai jenis tumbuhan berpembuluh, khususnya paku-pakuan, Rosales
dan Fagales.

Ordo Protomycetales
11 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”
[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Terdiri dari satu famili protomycetaceae dengan 5 genera yang terdiri dari
20 spesies. Fungi tersebut merupakan parasit pada tumbuhan berpembuluh.
Khususnya famili Asteraceae dan Apiaceae. Studi filogenetik menunjukan
kekerabatan yang sangat dekat antara protomycetales dengan Taphrinales
(Sjamsuridzal et al., 1997; 1998).

Ordo Schizosaccharomycetales

Fungi ini lebih dikenal sebagai fission yeasts karena reproduksi


vegetatifnya dengan pembelahan sel. Secara filogenetik fission yeasts
berkerabat jauh dengan hemiascomycetes dan euascomycetes, yang
menyebabkan penempatan fission yeasts ke dalam ordo yang terpisah,
Schizosaccharomycetales (Erikkson et al,. 1993; Kurtzman, 1993; Kurtzman and
Robnett, 1994).

Ordo Pneumocystidales

Pneumocystis carinii Delanoe & Delanoe, adalah penyebab utama pada


pasien HIV, yang dahulu dianggap sebagai protozoa. Edman et al,. (1988)
menempatkannya ke dalam kingdom fungi berdasarkan sekuens gen rRNA.
Siklus hidup P. carinii memiliki kemiripan dengan siklus hidup
Schizosaccharomyces pombe karena memiliki tipe fision dari ontogeni
konidiumnya. Analisis filogenetik membuktikan bahwa pneumocystis dan
Schizosaccharomyces berkerabat dekat (Sjamsuridzal et al., 1997; 1998).

Ordo Neolectales
12 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”
[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Sebelumya genus ini ditempatkan pada ordo Helotiales dari kelas


Discomycetes (Korf, 1973) dan Redhead (1977) membuat famili baru
Noelectaceae dan dimauskan ke dalam ordo Lecanorales, Landvik (1993)
menamakan ordo baru yaitu Neolectales, dan pada tahun 1996 berdasarkan
sekuens gen 18s rRNA ia menemukan bahwa neolecta termasuk ke dalam
kelompok basal ascomycetes. Hingga kini belum jelas apakah bentuk
anomorfik dari Neolecta adalah yeast-like, bahkan kerabat terdekat dari genus
Neolecta belu diketahui.

Kelas Hemiascomycetes

Hemiascomycetes mempunyai karakter sebagai berikut : aski tidak


terbungkus di dalam atau pada tubuh buah. Secara filogenetik kelas tersebut
terdiri dari budding yeasts dengan genera yang yeast-like seperti Ascoidea dan
Cephaloascus. Kelas tersebut hanya mempunyai 1 ordo, yaitu :
Saccharomycetales, atau Endomycetales. Anggota hemiascomycetes tidak
menghasilkan askogonium maupun askomata.

Kelas Euascomycetes

Umumnya fungi euascomycetous berfilamen, komposisi dinding selnya


didominasi oleh kitin dan glukan.

Euascomycetes dapat membentuk askogonia dan askomata; kebanyakan


menghasilkan hifa pada medium buatan; beberapa tumbuh seperti sel khamir,
yaitu kelompok khamir hitam (black yeasts). Euascomycetes terdiri dari tiga
subkelas, yaitu: Plectomycetes, Hymenoascomycetes, dan
Loculoascomycetes.

13 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Subkelas Plectomycetes

Fungi ini askusnya terdapat bebas di miselium, askokarpnya berupa


cleitothecium dan askosporanya tidak berseptum. Misalnya Monascus sp., dan
Emericella sp. Subkelas ini terdiri dari tiga ordo, yaitu : Ascosphaerales,
Onygenales, dan Eurotiales.

Subkelas Hymenoascomycetes dan Loculoascomycetes

Kedua subkelas tersebut dibedakan berdasarkan morfologi dan anatomi


dari asal askusnya yaitu ascohymenial atau ascolocular dari ascomata, dan
askus yang unitunikata pada Hymenoascomycetes atau bitunikata pada
Loculoascomycetes.

Subkelas Hymenoascomycetes terdiri dari ordo-ordo sebagai berikut:


Caliciales, Lecanorales, dan yang lainnya (ordo Lichenized Apothecioid) ordo-
ordo nonlichenized Apothecioid: Pezizales, Erysiphales, Leotiales, dan yang
lainnya.; ordo-ordo Perithecioid: Xylariales, Calosphaerales,
Trichosphaeriales, Phylachorales, dll.

Subkelas Loculoascomycetes terdiri dari ordo Apothecioid : Arthoniales,


Pateralliales, Lehmiales; ordo-ordo perithecioid: melanommatales,
Pleosporales, Verrucariales, Chaetothyriales, Trichothyriales, dll.

Filum Basidiomycota

14 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Kelompok fungi basidiomycota sering disebut jamur oleh orang awam karena
banyak jenis yang karpusnya (tubuh buahnya) besar dan dapat dilihat dengan kasat
mata. Basidiomycota terdiri dari anggota yang makro maupun mikro. Basidiomycota
yang mikro adalah yang basidiokarpnya kecil dan halus, yang kebanyakan patogen
pada tanaman antara lain smut fungi dan rust fungi (jamur karat), dan yang bersifat
saprobik antara lain Rhodotorula dan Bullera.

Pohon filogenetik berdasarkan analisis sekuen nukleat small subunit ribosomal


DNA dengan jelas memperlihatkan bahwa fungi tingkat tinggi (higher fungi) adalah
kelompok yang monofiletik dengan dua sister grup yang monofiletik, yaitu,
Ascomycota dan Basidiomycota.

Filum basidiomycota dibagi ke dalam tiga kelompok utama, yaitu,


Urediniomycetes, Hymenomycetes dan Ustilagionomycetes Sjamsuridzal 2001.

Kelas Urediniomycetes

Kelas Urediniomycetes memiliki karakter khusus, yaitu septa yang


sederhana (simple) menyerupai diafragma (diaphragma-like) dan tidak adanya
woronin bodies. Komposisi gula sederhana dalam hidrolisat keseluruhan sel
adalah sebagai berikut; mannosa dominan dan tidak terdapatnya xylosa, tetapi
gula-gula fukosa, dan galaktosa.

Kelas Urediniomycetes dibagi ke dalam enam kelompok Swann et al,.


(2001), yaitu, Ordo Atractiellales; Mixiaceae; Subkelas Microbotryomycetidae;
Subkelas Agaricostilbomycetidae; Erythrobasidium, Naohidae, Sakaguchia; dan
subkelas Urediniomycetidae. Urediniomycetes secara morfologi dan ekologi
merupakan kelompok yang beragam. Urediniomycetes terdiri dari
mykoparasit, fitoparasit dan saprofit.

15 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Ordo Uredinales

Ordo Uredinales disebut rust fungi (jamur karat). Kebanyakan di antaranya


patogen untuk tanaman sehingga menyebabkan kerugian besar pada usaha
pembudidayaan tanaman ekonomi. Ordo ini terdiri dari kurang lebih 5.000
spesies yang terdiri dari 200 genera. Semua spesies yang dikenal merupakan
organisme obligat yang tidak mampu hidup sebagai saprofit. Suatu spesies
jamur karat dapat memiliki dua tumbuhan inang yang berbeda dan memiliki
empat jenis spora seksual, yaitu aeciospora, basidiospora, teliospora dan
urediniospora.

Kelas Ustulaginomycetes

Kelas Ustilaginomycetes dibagi ke dalam tiga kelompok utama


berdasarkan ultrastruktur dan sekuens large sub unit ribosomal DNA (bauer et
al,. 1997 & 2001) dan begerow et al,. (1997), yaitu, Entorrhizomycetidae,
Ustilaginomycetidae, dan Exobasidiomycetidae. Basidia dari kelas
ustilaginomycetes umumnya phragmobasidia, yaitu internal, atau holobasidia,
yaitu basidia tidak mempunyai septa internal.

Ordo ustilaginales.

Kelompok Ustilaginales disebut juga Smut fungi. Banyak di antaranya


patogen untuk tanaman ekonomi dan tanaman berbunga. ± 1.000 spesies
yang telah diketahui.

Kelas Hymenomycetes

16 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Kelas Hymenomycetes dibagi ke dalam dua subkelas berdasarkan analisis


sekuens dari Small Sub Unit ribsomal DNA (swann & Taylor, 1995), yaitu,
Hymenomycetes dan Tremellomycetidae. Tremellomycetidae dan
Dacrymycetales adalah dua kelompok yang menghasilkan bentuk khamir
(yeast state).

Ordo Agaricales

Ordo Agaricales memiliki spesies, diantaranya ada yang menghasilkan


racun yang sangat berbahaya, antara lain amanita phalloides, dan Coprinus
cinereus. Akan tetapi banyak pula yang dapat dimakan seperti pleurotus
flabellatus, agaricus bisporus, dan flammulina velutipes. Anggota dari ordo ini
adalah famili boletaceae (boletus illudens), hygrophoraceae (hygroporus sp)
tricholomataceae (flammulina velutipes, termitomyces sp, armillaria sp,
pleurotus flabellatus), amanitaceae (amanita phalloides), agaricaceae
(agaricus bisporus, agaricus brunnescens), strophariaceae (psilocybe cubensis,
P. mexicana), coprinaceae (coprinus comatus), plutacea (pluteus cervinus,
volvariella volvaceae), dan cortinaceae.

Ordo Aphyllophorales

Ordo ini bersifat polifiletik dan mempunyai spesies yang dikenal sebagai
polypores, cantharalles, tooth fungi, coral fungi, dan corticoids. Spesies-spesies
dalam ordo ini menghasilkan sejumlah tipe basidiospora yang berbeda, yaitu
ada yang besar dan ada yang kecil. Ordo ini mempunyai 30 familia. Famili
Ganodermataceae mempunyai basidiospora yang ovoid, umumnya trunkat
pada salah satu ujungnya, dan berwarna coklat keemasan (Alexopoulos et al.,
1996). Spesies yang paling terkenal adalah ganoderma lucidum yang sudah
dimanfaatkan sebagai obat di negeri cina sejak berabad-abad tahun yang lalu.

17 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”


[MATERI PRESENTASI] May 5, 2011

Taksonomi Fungi Anamorfik

Semua fungi yang belum ditemukan fase seksualnya dikelompokkan sebagai


fungi anamorfik (fungi yang tidak menghasilkan askospora atau basidiospora =
mitotic asexual morph) atau conidial fungi, biasanya adl fungi yg bersporulasi secara
aseksual atau secara mitosis (mitosporik fungi). Secara tradisional diklasifikasikan ke
dalam Fungi Imperfecti. Atau Deuteromycotina. Moore-Landecker (1996) membagi
fungi anamorfik ke dalam tiga form-klasis, yaitu blastomycetes, Hyphomycetes, dan
Coelomycetes.

18 Tugas Mikologi “Sistematika Fungi”