P. 1
Pemotongan Molekul DNA Menggunakan Enzim Restriksi Endonuklease

Pemotongan Molekul DNA Menggunakan Enzim Restriksi Endonuklease

|Views: 393|Likes:
Dipublikasikan oleh Luthfi fharuq Al Fairuz

More info:

Published by: Luthfi fharuq Al Fairuz on Jun 17, 2011
Hak Cipta:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PPTX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

04/13/2014

pdf

text

original

Pemotongan molekul DNA menggunakan Enzim Restriksi Endonuklease

Oleh: Kelompok 1

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

1

Apakah DNA itu ?
‡ Merupakan salah satu makromolekul yang memiliki peranan penting pada jasad hidup. ‡ Merupakan polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis. ‡ Merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan kepada keturunannya.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

2

Struktur DNA
Pertama kali oleh J. Waston dan F. Crick pada tahun 1953 yang membuat struktur untai ganda (double helix) yang tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang berpilin dan mempunyai orientasi yang berlawanan serta berikatan dengan ikatan hidrogen antara basa A dengan T dan C dengan G.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

3

Gambar struktur DNA dalam bentuk Watson and Crick

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

4

Sejarah pemotongan DNA
Pada akhir 1960-an, ilmuwan Stewart Linn dan Werner Arber mengisolasi dua contoh enzim yang berperan dalam menghambat pertumbuhan bakteriofag yang menyerang E. coli. Salah satu enzim bekerja memetilasi DNA, sedangkan enzim yang satunya bekerja memotong DNA yang tidak termetilasi pada beberapa lokasi di sepanjang molekul DNA. Enzim yang pertama disebut metilase (methylase), sedangkan enzim yang satunya disebut nuklease restriksi (restriction nuclease).Kemudian pada tahun 1968, H.O. Smith, K.W. Wilcox, dan T.J. Kelley, yang bekerja di John Hopkins University, mengisolasi dan mengkarakterisasi enzim nuklease restriksi pertama. Enzim ini berasal dari bakteri Haemophilus influenzae, dan diberi nama HindII. Enzim ini selalu memotong molekul DNA pada sekuen spesifik dengan panjang situs pengenalan enam pasang basa.
30/05/2011 luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar 5

Pemotongan DNA
‡ Melibatkan beberapa enzim nuklease dengan cara memutuskan ikatan fosfodiester antara nukleotida satu dengan nukleotida berikutnya. ‡ Enzim nuklease terbagi dua yaitu eksonuklease dan endonuklease (memotong bagian internal DNA pada ikatan fosfodiester).

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

6

Gambar pemotongan molekul DNA

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

7

Tipe enzim retriksi endonuklease
‡ Tipe I, bergerak secara acak, dan memotong DNA pada daerah yang berlainan dengan daerah pengenalannya. ‡ Tipe II, bergerak secara duplek, dan memotong DNA pada target sasaran tertentu di tempat atau di dekat daerah pengenalannya. ‡ Tipe III, memotong DNA pada bagian yang spesifik pada derah yang berdekatan dengan daerah pengenalannya.
30/05/2011 luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar 8

Perkiraan pemotongan DNA
‡ 6 cutters
Ezim restriksi yang tergolong dalam 6-cutters memiliki situs pemotongan yang spesifik pada 6 nukleotida. Ezim ini cocok digunakan untuk pekerjaan kloning sehari-hari karena enzim dapat memotong satu atau dua situs pada plasmid, tetapi jarang memotong bagian penting seperti titik asal replikasi (origin of replication) atau gen resisten ampisilin. Contoh enzim 6-cutters adalah HindIII (AAGCTT) yang memotong genome bakteriofage lambda (48 kbp) pada 7 situs.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

9

Lanjutan...
‡ 8 cutters
Enzim restriksi ini mempunyai situs pengenalan sepanjang 8 nukleotida; cocok digunakan untuk membentuk kromosom menjadi potongan-potongan yang spesifik dalam ukuran yang besar. Sebagai contoh: PacI (enzim 8-cutters) memotongmotong kromosom E. coli menjadi 20 bagian, sedangkan BamHI (enzim 6-cutters) memotong sekitar 300 bagian. Jika langsung menggunakan enzim 6-cutters, maka fragmen yang dihasilkan terlalu kecil dan banyak. Untuk itu digunakan enzim 8-cutters terlebih dahulu, kemudian dilanjutkan dengan menggunakan enzim 6-cutters
30/05/2011 luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar 10

Lanjutan...
‡ 4 cutters
Enzim restriksi ini cocok untuk percobaan yang menginginkan pemotongan pada beberapa situs yang potensial. Contohnya: jika ingin mengumpulkan fragmen DNA secara acak, dan pada potongan tersebut terdapat gen yang diinginkan; dapat dilakukan digestsi parsial (partial digestion) menggunakan enzim 4-cutters

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

11

Hasil pemotongan DNA
1. unjung blunt atau flush, menghasilkan fragmen yang double-stranded.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

12

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

13

Lanjutan...
Ujung tumpul
Enzim ini memotong secara simetris antara kedua utas DNA sehingga menghasilkan ujung tumpul. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah SmaI

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

14

Ujung tumpul

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

15

2. ujung sticky atau cohesive, menunjukkan enzim restriksi endonuklease pada posisi yang berbeda dari dua untai DNA yang komplementer. Beberapa pemotong ujung sticky menghasilkan ujung 5 atau ujung 3 yang menggantung.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

16

‡ Ujung menggantung 5 Enzim restriksi memotong secara asimetris pada situs pemotongan, menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada ujung 5 . Contoh enzim yang menghasilkan ujung menggantung 5 adalah BamHI

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

17

Ujung menggantung 5

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

18

Lanjutan...
‡ Ujung menggantung 3
Enzim restriksi ini juga memotong secara asimetris pada situs pengenalan, namun menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada ujung 3 . Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah KpnI

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

19

Ujung menggantung 3

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

20

Contoh enzim retriksi endonuklease

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

21

enzim restriksi dengan sekuens pengenal dan organisme asalnya
Nama Enzim Sekuens Pengenal
EcoRI HindIII HhaI TaqI BsuRI BalI G AATTC A AGCTT GCG C T CGA GG CC TGG CCA

Organisme Asal
Escherichia coli Haemophilus influenzae Haemophilus haemolyticus Thermis aquaticus Bacillus subtilis Brevibacterium albidum

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

22

Bagaimana jika sekuens DNA tidak dikenali ?
Jika sekuens pengenal pada urutan DNA tidak diketahui, maka dilakukan pengklasifikasian DNA untuk mengetahui daerah pengenal yang terdapat pada DNA tersebut.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

23

Tahapan Pengklasifikasian DNA
‡ Mentransfer fragmen restriksi dari gel agarosa ke nitroselulosa atau membrane nilon. ‡ Menyediakan hybrization probe (pelacakan DNA). Sekuens molekul DNA yang komplementer dengan DNA target dilabeli. Pelabelan ini dapat menggunakan oligonukleotida sintetik. Pelabelan kemudian dideteksi dengan menggunakan autoradiography.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

24

NAMA KELOMPOK
‡ ‡ ‡ ‡ ‡ LUTHFI MUALLIMAH LUTFIATUL HIDAYAT ANDI MUNAWIR HILDA
Renungilah apa yang telah anda kerjakan, Dan pikirkanlah apa yang akan anda lakukan. Sesungguhnya Kesempatan itu selalu menyertai anda, tetapi anda tidak menydarinya. Hari ini adalah hari yang baik untuk anda, Maka berbuat baiklah mulai hari ini. (luthfi/kata bijak 05)

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

25

sekian
Thank You
Assalamualaikum Wr.Wb.

30/05/2011

luthfi al fairuz/biologi UIN Makassar

26

You're Reading a Free Preview

Mengunduh
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->