Pembangkitan Subkey dan S-box Blowfish mengunakan panjang kunci berkisar antara 32-448 bit.

Kunci tersebut digunakan untuk menghasilkan 18 subkey dengan ukuran 32 bit P1, P2, ..., P18 dan empat buat S-box dengan ukuran 32 bit yang mempunyai entry sebanyak 256 buah. S1,0, S1,1, ..., S1,255 S2,0, S2,1, ..., S2,255 S3,0, S3,1, ..., S3,255 S4,0, S4,1, ..., S4,255 Total untuk subkey dan S - kotak adalah nilai 1042 32 - bit, 4168 bytes. Tahapan pembangkitan subkey dan S-box ini adalah sebagai berikut: 1) Inilialisasi P-array dan kemudian empat S-box secara berurutan dengan string yang tetap. String ini terdiri atas digit hexadesimal dari Pi. Misal :
P1 = 0x243f6a88 P2 = 0x85a308d3 : P17 = 0x9216d5d9 P18 = 0x8979fb1b S1,0 = 0xd1310ba6 . . . S1,255 = 0x6e85076a S2,0 = 0x4b7a70e9 . . . S2,255 = 0xdb83adf71

S3,0 = 0xe93d5a68 . . . S3,255 = 0x406000e0 S4,0 = 0x3a39ce37 . . . S4,255 = 0x3ac372e6