Mekanisme Metilasi DNA dan Peran Metilasi DNA dalam Silencing Genome

Kelompok 30

FEFI FEBRIANI INDAH SARI APRIANA TITIK P. CITRA DEWI FEBRIANI

BIJ006143 BIJ006145 BIJ006149

KODE RINGKASAN

: :

K30-MG-07

Modifikasi kromatin bukanlah satu-satunya proses yang menyebabkan gen tidak terekspresikan (silencing genome). Mekanisme lain yang menyebabkan silencing genome adalah metilasi DNA. Metilasi DNA melibatkan enzim DNA metiltransferase yang bertanggung jawab menambahkan grup metil. Pada eukaryot, penambahan grup metil pada basa sitosin dalam molekul DNA kromosomal menyebabkan basa sitosin berubah menjadi 5-metilsitosin. Aktivitas enzim DNA metiltransferase dapat dilihat pada gambar berikut :

Gambar 1. Sequence 5-GC-3 jarang berada pada DNA manusia karena metilasi C diikuti dengan deaminasi yang menyebabkan penambahan T. Sumber : Figure 5.25 (Brown, 2002)

Pola metilasi DNA tidak terjadi secara acak, melainkan terbatas pada sitosin dalam sequence 5-CG-3 dan pada tumbuhan dalam sequence 5-CNG-3. Metilasi DNA meliputi 2 tipe aktivitas metilasi, antara lain : 1. Maintenance methylation Mekanisme ini bertanggung jawab dalam menambahkan grup metil pada untai DNA yang baru disintesis pada posisi metilasi yang berlawanan dengan untai induknya setelah DNA direplikasi. Hal ini menyebabkan semua DNA anak mempertahankan pola metilasi dari molekul induknya. 2. De novomethylation Mekanisme ini melibatkan penambahan semua grup metil pada posisi yang baru, sehingga merubah pola metilasi. Artinya, molekul DNA anak memiliki pola metilasi yang berbeda dengan molekul DNA induk. Gambaran mengenai kedua mekanisme di atas dapat dilihat pada gambar berikut :

Gambar 2. Maintenance methylation dan De novomethylation Sumber : Figure 8.11 (Brown, 2002)

Dnmt1 adalah DNA metiltransferase yang ditemukan pertama kali dan merupakan enzim yang berperan dalam kedua tipe aktivitas metilasi pada sel mamalia, namun kemudian ditemukan bahwa mencit memiliki gen penginaktivasi Dnmt1 yang bertanggung jawab terhadap de novomethylation. Hal ini mendorong pencarian enzim baru yang bertanggung jawab terhadap de novomethylation dan akhirnya ditemukanlah Dnmt 3a dan Dnmt 3b, sedangkan Dnmt1 bertanggung jawab utama terhadap aktivitas maintenance . Metilasi mampu menekan aktivitas gen. Eksperimen yang dilakukan melalui gen termetilasi dan tak termetilasi yang dimasukkan ke dalam sel melalui kloning menunjukkan hasil pengukuran level ekspresi gen dimana ekspresi gen tidak terjadi jika sequence DNA dimetilasi. Selain itu, pengujian pola metilasi pada DNA kromosomal menunjukkan bahwa lokasi gen yang aktif adalah pada daerah yang tak termetilasi. Contohnya yaitu ekspresi gen manusia yang sering terjadi pada CpG island yang tak termetilasi. Pola metilasi tetap dipertahankan setelah pembelahan sel, sehingga informasi mengenai gen yang seharusnya diekspresikan diwarisi oleh sel anakannya. Metilasi DNA berperan penting dalam mempelajari penyakit pada manusia. ICF (immunodeficiency, centromere instability and facial anomalies) adalah salah satu contoh penyakit yang disebabkan oleh mutasi gen Dnmt3b. Selain itu, hipermetilasi dapat menyebabkan perubahan pola ekspresi pada penyakit kanker tertentu. Metilasi mempengaruhi ekspresi genom melalui methyl -CpG- binding proteins (MeCps) yang merupakan komponen dan kompleks deasetilasi histon baik Sin3 maupun NuRD. Penemuan ini mendorong adanya model CpG island yang termetilasi sebagai target dalam melengkapi kompleks HDAC, sehingga dapat memodifikasi kromatin agar gen-gen yang berdekatan tak dapat diekspresikan. Lebih jelasnya, dapat dilihat pada gambar berikut :

Gambar 3. Model yang memperlihatkan hubungan antara DNA metilasi dan ekspresi genom. Sumber : Figure 8.12 (Brown, 2002)

Daftar Pustaka http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6282 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.6866 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6891 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6892 Diakses tanggal 18 November 2008 Situs Terkait http://www.nimblegen.com/news/events/webinar/weber.swf http://www.nature.com/nrg/journal/v1/n1/images/nrg1000_011a_a1.swf Diakses tanggal 22 November 2008