Produk metabolit primer Metabolit primer adalah satu grup reaksi yang saling berhubungan dalam mikroorganisma yang

berhubungan dengan pertumbuhan dan mempertahankan hidup. Metabolit primer secara mendasar sama pada diseluruh mahluk hidup yang berhubungan dengan pelepasan energi dan sitesis makromolekul penting seperti protein, asam nukleat, dan material sel lainnya. Ketika metabolisme promer berhenti, maka organisma tersebut mati. Produk dari metabolisme primer berhubungan dengan pertumbuhan dan produksi maksimal yang terjadi pada fase logaritmik pada pertumbuhan dalam sistem kultur batch. Produk-produk katabolik meliputi alkohol, asam laktat, butanol sedangkan produk anabolik seperti asam amino, enzim dan asam nukleat. Protein sel tunggal dan khamir juga termasuk dalam kategori tersebut

: Para peneliti pendahulu berpendapat bahwa fotosintesis menghasilkan senyawa yang sederhana dan terdistribusi luas yang memiliki berat molekul rendah seperti asam karboksilat pada daur krebs, asam-asam amino, karbohidrat, lemak dan protein. Senyawa-senyawa itu pada umumnya dipandang sebagai domain bagi para biokimiawan. Senyawa-senyawa tersebut merupakan Senyawa metabolit primer senyawa awal atau senyawa induk atau dikenal sebagai precursor untuk metabolit sekunder. metabolitbiokimia (metabolit primer)

Metabolit sekunder adalah senyawa metabolit yang tidak essensial bagi pertumbuhan organisme, merupakan hasil metabolisme yang tidak digunakan untuk proses pertumbuhan, dan ditemukan dalam bentuk unik atau berbeda beda antara spesies yang satu dengan yang lainnya. Setiap organisme biasanya menghasilkan senyawa metabolit sekunder yang berbeda beda , bahkan mungkin satu jenis senyawa metabolit sekunder hanya ditemukan pada satu spesies dalam satu kingdom. Senyawa ini juga tidak selalu dihasilkan, tetapi hanya pada saat dibutuhkan saja atau pada fase fase tertentu. Karakteristik metabolit sekunder adalah heterogen struktur kimianya dan terbatas pada kelompok makhluk hidup bahkan jenis tertentu. Sintesisnya dibantu oleh enzim yang dikode oleh materi genetik khusus, serta terdapat kontrol pada biosintesisnya melalui regulasi aktivitas dan jumlah enzim, kompartemensasi enzim, prekursor, intermediat, serta produk yang terlibat dalam biosintesis, maupun penyimpanan dan penguraiannya. Umumnya, senyawa yang diharapkan memiliki fungsi obat pada tanaman berupa metabolit sekunder. Seperti kita ketahui bahwa senyawa metabolit sekunder diproduksi tanaman bukan sebagai kebutuhan hidup utamanya atau senyawa ini biasa diproduksi oleh tanaman sebagai bagian dari sistem pertahanan dirinya, baik terhadap perubahan lingkungan maupun serangan penyakit. Sesuai dengan fungsinya ini maka kandungan senyawa metabolit sekunder pada tanaman umumnya tidak setinggi metabolit primernya. Artinya, perbandingan antara jumlah tanaman yang dirusak atau bahkan ditebang dengan kandungan senyawa aktif yang diperoleh akan sangat besar. Manfaat senyawa metabolit sekunder :
1. untuk mempertahankan diri dari kondisi lingkungan yang kurang menguntungkan,

misalnya untuk mengatasi hama dan penyakit, menarik polinator dan sebagai molekul sinyal.

2. Untuk mempertahankan diri dan berkompetisi dengan makhluk hidup lain di sekitarnya.

Tanaman dapat menghasilkan metabolit sekunder (seperti: quinon, flavonoid, tanin, dll.) yang membuat tanaman lain tidak dapat tumbuh di sekitarnya. Hal ini disebut sebagai alelopati.
3. Sebagai obat atau model untuk membuat obat baru, contohnya adalah aspirin yang dibuat

berdasarkan asam salisilat yang secara alami terdapat pada tumbuhan tertentu.
4. Sebagai pestisida dan insektisida, contohnya adalah rotenon dan rotenoid. 5. Beberapa metabolit sekunder lainnya yang telah digunakan dalam memproduksi sabun,

parfum, minyak herbal, pewarna, permen karet, dan plastik alami adalah resin, antosianin, tanin, saponin, dan minyak volatil.[4] Senyawa metabolit sekunder diklasifikasikan menjadi 3 kelompok utama, yaitu:

Terpenoid (Sebagian besar senyawa terpenoid mengandung karbon dan hidrogen serta disintesis melalui jalur metabolisme asam mevalonat.) Contohnya monoterpena, seskuiterepena, diterpena, triterpena, dan polimer terpena. Fenolik (Senyawa ini terbuat dari gula sederhana dan memiliki cincin benzena, hidrogen, dan oksigen dalam struktur kimianya.) Contohnya asam fenolat, kumarina, lignin, flavonoid, dan tanin. Senyawa yang mengandung nitrogen. Contohnya alkaloid dan glukosinolat.

Metabolit sekunder dari mikroba ternyata merupakan bahan baku obat yang tak ternilai harganya, perlu terus menerus mendapat perhatian kita semua. Pemanfaatan teknologi bioteknologi terhadap mikroba di rasa sangat membantu untuk memperoleh metabolit sekunder. Produksi metabolit sekunder dapat dilakukan secara in vitro dalam skala besar. Demikian pula rekayasa genetika dan transformasi genetik dapat meningkatkan produksi metabolit sekunder. Peran mikroba yang dapat memproduksi metabolit sekunder berupa antibiotik dapat dilakukan dengan berbagai cara. Salah satunya dengan teknik fermentasi yang sangat potensial untuk terus dikembangkan guna memperoleh metabolit sekunder yang dapat digunakan untuk mengobati berbagai jenis penyakit Berlawanan dengan metabolisme primer yang berhubungan dengan pertumbuhan dari sel dan kelangsungan hidup organisma, metabolisme sekunder, yang pertama kali diteliti pada tanaman tingkat tinggi memiliki karakteristik sebgai berikut : - Metabolisme sekunder tidak memiliki fungsi yang jelas pada organisma. Organisma akan terus hidup walaupun metabolisme sekunder diblok oeh bahan biokimia yang sesuai. - Metabolit sekunder diproduksi sebagai respon terhadap terbatasnya bahan makanan. Oleh karena itu diproduksi setelah fase pertumbuhan, pada akhir fase pertumbuhan logaritmik dan pada fase stasioner (pada sistem kultur batch). Produk ini dapat lebih mudah dikontrol pada kultur kontinu. - Metabolisme sekunder muncul hanya pada beberapa spesies tumbuhan dan mikroorganisme (pada kasus tertentu pada binatang). Oleh karena itu produk dari metabolit sekunder digunakan sebagai karakteristik dari suatu spesies. - Metabolit sekunder biasanya memiliki keanehan seperti struktur kimia yang tidak biasa dan beberapa berhubungan dengan metabolit yang dihasilkan oleh tipe strain asli (wild). Penelitian lanjut menunjukkan adanya keberadaan variasi alternatif siklus yang ada. - Kemampuan dalam memproduksi metabolit sekunder tertentu, terutama pada strain yang digunakan dalam industri, mudah hilang. Fenomena ini dikenal dengan degenerasi strain. - Kehilangan kemampuan dalam mensintesa metabolit sekunder terjadi terutama karena perlakuan penambahan pewarna acridin, terkena panas tinggi atau perlakuan lainnya yang menginduksi kehilangan plasmid. Produksi metabolit sekunder dipercayai dikontrol oleh plasmid (pada beberapa kasus) daripada disebabkan oleh kromosom organisma. Konfirmasi dari kemungkinan oelh plasmid dalam mengontrol metabolit sekunder terjadi pada kasus leupetin, dimana kehilangan kemampuan dalam menghasilkan metabolit akibat iradiasi dapat dikembalikan dengan cara mengkonyugasikannya dengan induknya. - Faktor-faktor yang menyebabkan metabolisme sekunder, penginduksi, juga menyebabkan terjadinya perubahan (morphogenesis) morfologi pada organisma. Induksi Metabolit Sekunder

Ribuan metabolit sekunder dengan berbagai jenis unsure kimia dan efek-efek fisiologi telah ditemukan. Walaupun yang paling diminati dari produk metabolit sekunder tersebut adalah antibiotic. Pada kenyataannnya, manfaat yang besar dari metabolit sekunder hingga saat ini belum diidentifikasi dan belum dimanfaatkan, hal tersebut mungkin disebabkan oleh metode screening yang kebanyakan bertumpu pada penemuan bahan-bahan antibiotic

Sumber utama dari karbon dan energy untuk media industri adalah karbohidrat. Akihr-akhir ini sering digunakan hydrocarbon sebagai sumber penganti. Katabolisme dari senyawa-senyawa tersebut akan diterangkan di bawah ini secara singkat karena merupakan rangka karbon dari sintesis metabolit primer dan sekunder. Hubungan antara siklus dari metabolism primer dengan metabolism sekunder juga akan diterngakan secara singkat di bawah ini. 5.5.1 Katabolisme dari karbohidrat Empat siklus dari kaatbolisme dari karbohidrat hingga menjadi asam piruvat telah diketahui. Empat siklus tersebut terjadi pada bakteri, aktinomicetes dan fungi termasuk juga khamir. Empat siklus tersebut adalah Embden-Meyerhof-Parmas, Siklus Pentose Phosphate, sikus Entner Duodoroff dan siklus Phosphoketolase. Walaupun siklus tersebut untuk memecah glukosa, tetapi karbohidrat lainnya juga dapat dianggap sama siklus pemecahan yang terjadi

Beberapakarakteristik tumbuhan metabolit sekunder adalah: Cenderung dihasilkan pada akhir fase pertumbuhan pada media batch culture atau pada pertumbuhan yang substratnya dibatasi pada media continuous culture. Diproduksi dari bahan metabolit intermediet tetapi dengan bantuan enzim-enzim khusus yang dikode oleh gen tertentu.. Tidak bersifat esensial untuk pertumbuhan atau metabolisme normal. Spesifik untuk genus, spesies bahkan strain tertentu

Produk metabolit primer

Metabolit primer adalah satu grup reaksi yang saling berhubungan dalam mikroorganisma yang berhubungan dengan pertumbuhan dan mempertahankan hidup. Metabolit primer secara mendasar sama pada diseluruh mahluk hidup yang berhubungan dengan pelepasan energi dan sitesis makromolekul penting seperti protein, asam nukleat, dan material sel lainnya. Ketika metabolisme promer berhenti, maka organisma tersebut mati. Produk dari metabolisme primer berhubungan dengan pertumbuhan dan produksi maksimal yang terjadi pada fase logaritmik pada pertumbuhan dalam sistem kultur batch. Produk-produk katabolik meliputi alkohol, asam laktat, butanol sedangkan produk anabolik seperti asam amino, enzim dan asam nukleat. Protein sel tunggal dan khamir juga termasuk dalam kategori tersebut

Para peneliti pendahulu berpendapat bahwa fotosintesis menghasilkan senyawa yang sederhana dan terdistribusi luas yang memiliki berat molekul rendah seperti asam karboksilat pada daur krebs, asam-asam amino, karbohidrat, lemak dan protein. Senyawa-senyawa itu pada umumnya dipandang sebagai domain bagi para biokimiawan. Senyawa-senyawa tersebut merupakan Senyawa metabolit primer senyawa awal atau senyawa induk atau dikenal sebagai precursor untuk metabolit sekunder. metabolitbiokimia (metabolit primer) Sumber utama dari karbon dan energy untuk media industri adalah karbohidrat. Akihr-akhir ini sering digunakan hydrocarbon sebagai sumber penganti. Katabolisme dari senyawa-senyawa tersebut akan diterangkan di bawah ini secara singkat karena merupakan rangka karbon dari sintesis metabolit primer dan sekunder. Hubungan antara siklus dari metabolism primer dengan metabolism sekunder juga akan diterngakan secara singkat di bawah ini. 5.5.1 Katabolisme dari karbohidrat Empat siklus dari kaatbolisme dari karbohidrat hingga menjadi asam piruvat telah diketahui. Empat siklus tersebut terjadi pada bakteri, aktinomicetes dan fungi termasuk juga khamir. Empat siklus tersebut adalah Embden-Meyerhof-Parmas, Siklus Pentose Phosphate, sikus Entner Duodoroff dan siklus Phosphoketolase. Walaupun siklus tersebut untuk memecah glukosa, tetapi karbohidrat lainnya juga dapat dianggap sama siklus pemecahan yang terjadi

Empat siklus tersebut adalah Embden-Meyerhof-Parmas, Siklus Pentose Phosphate, sikus Entner Duodoroff dan siklus Phosphoketolase. Walaupun siklus tersebut untuk memecah glukosa, tetapi karbohidrat lainnya juga dapat dianggap sama siklus pemecahan yang terjadi.

(i) The Embden-Meyerhof-Parnas (EMP Pathways): Hasil akhir dari siklus ini adalah mendegradasi glukosa (C6) menjadi pyruvat (C3) (Gambar 5.3). Daalm kondisi aerobic biasanya fungsinya tergabung dengan siklus asam Trikarboksilat yang akan mengoksidasi piruvat menjadi CO2 dan H2O. Dalam kondisi anaerobic piruvat difermentasi menjadi berbagai macam produk fermentasi, beberapa merupakan produk penting dalam industry. (ii)

(ii) The pentose Phosphate Pathway (PP): Disebut juga HexoseMonophosphate Pathway (HMP) atau siklus phosphogluconate. JIka prouk akhir dari siklus EMP adalah piruvat senyawa C3, pada siklus PP tidak ada prduk akhir, tetapi gabungan dari triosa (C3), pentose (C5), heksosa (C6) dan heptosa (C7) fofat. Tujuan utama dari swiklus PP utamanya adalah untuk menghasilkan energy dalam pembentukan NADP2 untuk biosintesis dan tujuan-tujun lainnya dan pentose fosfa untuk sintesis nukleotida (Fig 5.4)

Gambar 5.4. Pentose Phosphate pathway (iii) The Entner-Duodoroff Pathway (ED): Siklus ini hanya terbatas pada beberapa bakteri terutama Pseudomonas, tapi juga dapat terjadi pada beberapa fungi. Digunakan oleh beberapa organisma pada pemecahan glukosa dalam kondisi anaerobic dan yang lain hanya pada kondisi metabolism glukonat (Gambar 5.5.)

(iv) The Phosphoketolase Pathway: `PAda beberapa bakteri fermentasi glukosa menghasilkan asam laktat, ethanol dan CO2. Pentosa juga difermentasi menjadi asam laktat dan asam asetat, sebagai contoh adalah Leuconostoc mesenteroides. (Gambar 5.6)

Siklus yang digunakan oleh mikroorganisma Dua siklus uang digunakan oleh mikroorganisma untuk metabolisme karbohidrat adalah EMP dan PP. Masing-masing mikroorganisma menggunakan siklus-siklus tersebut dengan berbeda cara. Saccharomyces cerevisiaedalam kondisi aerobic umumnya menggunakan siklus EMP; dalam kondisi anaerobic hanya sekitar 30% dari glukosa di katabolisasi menggunakan siklus ini. PAda PEnicillium crysogenum, sekitar 66% dari glukosa dimanfaatkan menggunakan siklus PP. Siklus PP juga digunakan oleh Actobacter, yaitu bakteri asam asetat. Bakteri hmofermentatif memanfaatkan siklus EMP untuk pemecahan glukosa. Siklus ED terutama digunakan oleh Pseudomonas
Ada dua jalur utama metabolisme pemecahan gula: a) Jalur Embden-Meyerhof (EM).

b) Jalur Pentosa-Phosphat (PP).

Kedua jalur ini mempunyai produk hasil akhir sama yaitu gliseraldehid-3-fosfat, namun

kedua jalur itu digunakan untuk keperluan berbeda. Jalur EM merupakan jalur utama untuk menghasilkan energi sementara jalur PP adalah untuk keperluan biosintesis, misalnya menghasilkan senyawa intermidiet ribose-5-fosfat untuk sintesis asam-asam nukleat dan eritrose-4-fosfat untuk sintesis asam amino aromatik.
Jalur EM dimulai dari gula berkarbon 6 (C6) misalnya glukosa. Glukosa akan

mengalami fosforilasi menjadi fruktosa-1,6-difosfat dengan memakai energi sebesar 2 molekul ATP. Selanjutnya, fruktosa-1,6-difosfat dipecah menjadi dua senyawa berkarbon 3 yang akan berubah menjadi 2 molekul asam piruvat. Pada proses ini dihasilkan 4 molekul ATP. Jadi total energi yang diperoleh hingga tahap ini adalah 2 ATP (untuk

setiap molekul glukosa hingga dihasilkannya asam piruvat). Semua reaksi ini terjadi di dalam sitoplasma.
Pada kondisi oksidatif, kedua molekul asam piruvat ini akan masuk kedalam mitokondria

dan diubah menjadi dua molekul asetil-coenzim A (CoA) (C2) dengan melepaskan 2 molekul CO2. Asetil co A kemudian bergabung dengan oksaloasetat (C4) membentuk asam sitrat (C6). Dari sini proses akan berulang-ulang dengan bantuan sebuah siklus siklus asam trikarboksilat (TCA). Setiap kali satu putaran siklus selesai akan dihasilkan energi sebesar 2 molekul ATP. JALUR-JALUR PROSES TERJADINYA METABOLIT SEKUNDER Biosintesis metabolit sekunder sangat beragam tergantung dari goIongan senyawa yang bersangkutan. Jalur yang biasanya dilalui dalam pembentukan metabolit sekunder ada tiga jalur, yaitu jalur asam asetat, jalur asam sikimat, dan jalur asam mevalonat. Jalur asam asetat. 1. Poliketida meliputi golongan yang besar bahan alami yang digolongkan berdasarkan pada biosintesisnya. Keanekaragaman struktur dapat dijelaskan sebagai turunan rantai poli--keto, terbentuk oleh koupling unit-unit asam asetat (C2) via reaksi kondensasi. 2. Termasuk poliketida adalah asam temak, poliasetilena, prostaglandin, antibiotika makrolida, dan senyawa aromatik seperti antrakinon dan tetrasiklina. 3. Pembentukan rantai poli--keto dapat digambarkan sebagai sederet reaksi Claisen, keragaman melibatkan urutan -oksidasi dalam metabolisme asam lemak. Jadi, 2 molekul asetil-KoA dapat ikut serta datam reaksi Claisen membentuk asetoasetilKoA, kemudian reaksi dapat berlanjut sampai dihasilkan rantai poli--keto yang cukup . Akan tetapi studi tentang enzim yang terlibat dalam biosintesis asam Iemak belum terungkap secara rinci. Namun demikian, dalam pembentukan asam lemak melibatkan enzim asam Iemak sintase seperti yang dibahas. Jalur asam sikimat Jalur asam sikimat merupakan jafur alternatif menuju senyawa aromatik, utamanya Lfenilalanin. L-tirosina. dan L-triptofan. Jalur ini berlangsung dalam mikroorganisme dan tumbuhan, tetapi tidak berlangsung dalam hewan, sehingga asam amino aromatik merupakan asam amino esensial yang harus terdapat dalam diet manusia maupun hewan. Zantara pusat adalah asam sikimat, suatu asam yang ditemukan dalam tanaman IlIicium sp. beberapa tahun sebelum perannya dalam metabolisme ditemukan. Asam ini juga terbentuk dalam mutan tertentu dari Escherichia coli. Adapun contoh reaksi yang terjadi dalam biosintesis asam polifenolat. Dalam biosintesis L-triptofan dan asam 4hidroksibenzoat juga terjadi zantara asam korismat.

Jalur asam mevalonat

Terpenoid merupakan bentuk senyawa dengan keragaman struktur yang besar dalam produk alami yang diturunkan dan unit isoprena (C5) yang bergandengan dalam model kepala ke ekor (head-to-tail), sedangkan unit isoprena diturunkan dari metabolisme asam asetat oleh jalur asam mevalonat (mevalonic acid : MVA). Adapun reaksinya adalah sebagai berikut:

Gambar 1. Jalur asetat dalam pembentukan IPP yang merupakan batu bata pembentukan terpenoid

JALUR-JALUR PROSES TERJADINYA METABOLIT PRIMER Metabolit primer adalah senyawa yang merupakan produk akhir yang mempunyai berat molekul rendah dan dihasilkan pada fase eksponensial oleh mikroba. Senyawa metabolit primer digunakan untuk mebentuk makromolekul atau yang dikonversikan menjadi koenzim senyawa intermediet/antara seperti asam amino nukleotida purin, pirimidin, vitamin, asam organk, seperti asam sitrat, asam fumarat, aseton butanol asam asetat dan enzim termasuk metabolit primer. Metabolit primer lainnya adalah yang termasuk senyawa antara pada jalur reaksi embden Meyerhof, jalur pentosafosfat, dan siklus asam trikarboksilat (siklus krebs). Dalam memproduksi senyawa metabolit prmer harus dipilih mikroba yang potensial untuk fermentasi.

JALUR METABOLISME