Tujuan Mata Kuliah:

Memberikan pengetahuan dan pemahaman tentang prinsip-prinsip serta proses-proses biokimia yang berhubungan dengan struktur dan fungsi pada makhluk hidup, serta kemampuan menggunakan pemahamannya tentang substansi dan proses biokimia yang terdapat pada mahluk hidup.

Materi perkuliahan:
1. 2. 3. 4. 5. 6.

7.

Pendahuluan Susunan Kimia Sel Karbohidrat Lipid Protein Asam nukleat Enzim dan koenzim U T S

9. 10. 11. 12. 13. 14. 15.

Nutrisi Pada Manusia Metabolisme karbohidrat Metabolisme lipid Metabolisme asam amino dan protein Mineral Vitamin Hormon UAS

PENILAIAN
UTS .......................... UAS ............................. PAPER ................... TUGAS ..........................

30 % 30 % 30 % 10 %

Apa itu Biokimia?

Definisi:
Websters dictionary: Bios = Yunani, artinya hidup Kimia mahluk hidup; Kimia yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan. WebNet dictionary: Biokimia adalah kimia dari bahan-bahan dan proses-proses yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai upaya untuk memahami proses kehidupan dari sisi kimia.

Apa itu biokimia?

Pemahaman bentuk dan fungsi biologis dari sudut pandang kimia Bertujuan untuk memahami interaksi molekul-molekul tak hidup yang menghasilkan fenomena kompleks dan efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan serta menjelaskan keseragaman kimia dari kehidupan yang beragam.

Hal-hal yang dipelajari

Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul biologi Interaksi antar biomolekul Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan pengkoordinasian aktifitasnya Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi informasi genetika

Sejarah Biokimia Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.

Unsur kimia utama penyusun mahluk hidup adalah bahan minor penyusun kerak bumi (kandungan utama 47% O, 28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe, dan 3.5% Ca).

Enam unsur utama penyusun sel hidup adalah: C, H, N, O, P, dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C Unsur H O N C Elektron bebas 1 2 3 4 Jumlah Fraksi 2/3 1/4 1/70 1/10

Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan membentuk ikatan paling kuat

Sejarah Biokimia

Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup

Asam Amino

Nukleotida

Karbohidrat

Lipida

Sejarah Biokimia mahluk hidup menjadi Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat
hidup

Pendahuluan

Pada makhluk hidup senantiasa terjadi aktivitas dan perubahanperubahan. Proses-proses yang terjadi pada makhluk hidup berhubungan dengan reaksi-reaksi kimia dalam sel Proses-proses serta seluruh aktivitas dalam makhluk hiudp bisa dipelajari dari aspek biokimia

Pengertian biokimia
Biokimia merupakan studi tentang susunan kimia sel, senyawasenyawa yang menunjang aktivitas makhluk hidup serta energi yang diperlukan atau dihasilkan Jadi kajian biokimia mencakup: struktur kimia serta reaksi-reaksi kimia yang terjadi pada organisme hidup

Ruang lingkup kajian Biokimia

1.

2.

3.

4.

Struktur kimia komponen-komponen sel makhluk hidup Hubungan antara fungsi biologi dengan struktur kimia Metabolisme, totalitas reaksi kimia yang terjadi pada makhluk hidup Proses-proses dan substansi kimia yang berhubungan dengan informasi penurunan sifat biologi

ASAL USUL BIOKIMIA

Istilah biokimia diperkenalkan oleh Neuberg ahli kimia Jerman pada tahun 1903 Para ahli biokimia harus membuktikan bahwa komponen kimia makhlukhidup dan makhluk tak hidup sangat berbeda Pada abad ke-18 ahli kimia Swedia Karl Wilhelm Scheele :analisis kimia jaringan tumbuhan dan hewan Pada abad ke-19 Friedrich Wohler melakukan penelitian pembentukan urea di laboratorium Pada abad ke-20 J.B. Sumner membuktikan enzim urease dapat dikristalkan

Pembentukan Urea

NH4NCO amonium sianat

o H2N - C - NH2 Urea

TINGKATAN ORGANISASI MAKHLUK HIDUP DAN UKURANNYA

STRUKTUR ATOM YANG PENTING PADA MATERI HIDUP

CONTOH STRUKTUR PROTEIN

STRUKTUR LIPID

Perkembangan biokimia

Perkembangan kimia tak lepas dari penemuan alat bantu berupa mikroskop elektron, yang mengungkap tabir reaksireaksi kimia dalam sel Ditunjang pula oleh genetika : penemuan konsep gen ---kromosom yang terdiri dari senyawa protein dan asam nukleat Pada tahun 1953 James Watson dan Francis Crick menjelaskan struktur double helix DNA Selanjutnya berkembang dengan penemuan vitamin, enzim sebagai biokatalis serta struktur kimia senyawa organik lain

Manfaat Biokimia
Penerapan biokimia dalam bidang pertanian dan kedokteran Memecahkan masalah-masalah gizi Penyakit akibat kekurangan gizi Berperan dalam farmakologi obat

Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnya

Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat biomolekul. Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika untuk mempelajari struktur biomolekul. Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan makanan bagi mahluk hidup mempertahankan kehidupan normalnya. Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang keadaan sakit dari sudut pandang molekular.

Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnya

Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa organisme sel tunggal dan virus cocok untuk digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur metabolisme dan mekanisme pengendaliannya. Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan pada tingkat jaringan dan organisme. Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja biokimia dalam sel. Genetika, yang mempelajari mekanisme penyusunan identitas biokimia sel.

Tiga hal yang dibutuhkan sel

(1)ENERGI, hal yang perlu diketahui adalah cara:

Memperolehnya Mengubahnya Memanfaatkannya

Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA , hal yang perlu diketahui adalah cara:

Mengubahnya Mempolimerisasikannya Mendegradasinya

(3) MEKANISME KIMIA, untuk:

Memperoleh energi Menjalankan reaksi kimia secara berurutan Mensintesis & mendegradasi makromolekul Mempertahankan suatu keadaan steady state yang dinamis Swarakit kembali struktur yang kompleks Menggandakan diri secara akurat dan efisien Mempertahankan keteraturan proses biokimia

Strategi sel #1: mahluk hidup menggunakan sistem reaksi kimia berpasangan untuk mendorong reaksi yang sulit terjadi

Strategi sel #2: mahluk hidup menggunakan enzim untuk mempercepat reaksi yang semestinya lambat

Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan termodinamis

Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan mekanistis

Atom Karbon yang sangat lentur merupakan tulangpunggung kehidupan

Konversi isomer kimia membutuhkan pemutusan ikatan kovalen

Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi

Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi

Transformasi Biokimia dapat dikelompokkan ke dalam 5 kelompok besar

Reaksi

pemindahan Group Reaksi Oksidasi-reduksi Penyusunan kembali Rearrangements (isomerizations) Reaksi pemotongan Reaksi kondensasi

Biomolekul Struktur
Anabolic

Senyawa

Makromolekul
Polisakarida Protein (peptida) RNA or DNA Lipid

Pembangun Gula sederhana Asam amino Nukleotida Asam lemak

Catabolic

Biosintesis Membutuhkan molekul sederhana untuk dirangkai secara kovalen melalui berbagai kombinasi

Kekuatan ikatan kimia dipengaruhi oleh

1. Keelektronegatifan kedua atom
Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

3.5

P H Na

2.1 2.1 0.9

Cl
N C

3.0
3.0 2.5

0.8

2. Jumlah elektron yang berikatan

Kekuatan beberapa ikatan kimia:

Approx. Avg.
Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole Single: 350 kJ/mole

Gugus Fungsi yang Umum

Nukleofil Biologi yang Penting:

Gugus fungsi yang kaya elektron

Tata Tertib Kuliah

Tepat waktu, toleransi maks. 15 menit Tidak Berisik HP tidak diaktifkan Hadir minimal 70% Paham bahasa Indonesia & Inggris Baca salah satu / dua buku acuan Kerjakan Tugas, Mid, & Ujian

Kesimpulan
Karbon dengan struktur tetrahedral memiliki sifat ikatan yang luwes Senyawa yang memiliki banyak atom dapat memiliki bentuk isomerik Untuk konversi perlu terjadinya pemecahan ikatan kimia Molekul berukuran besar dibentuk oleh molekul berukuran kecil melalui pembentukan ikatan baru

PENGENALAN METABOLISME
Bagian A: Metabolisme, Energi, dan Kehidupan

Bagian A: Metabolisme, Energi, dan Kehidupan

1. Secara kimiawi, kehidupan diorganisasikan dalam jalur-jalur metabolisme 2. Organisme mampu mengubah bentuk energi 3. Perubahan energi dalam kehidupan merupakan bagian dari hukum termodinamika 4. Organisme hidup dalam kebutuhan akan energi bebas 5. ATP membangkitkan kegiatan dalam sel melalui pasangan reaksi eksergonik dan endergonik

Aliran Energi

Tiga Tahapan dalam Metabolisme

1. Jalur metabolisme dalam kehidupan

Keseluruhan reaksi kimia dalam organisme dinamakan metabolisme. Metabolisme sel adalah serangkaian jalur-jalur reaksi kimia dalam sel. Jalur Metabolik mengubah berbagai molekul dalam beberapa langkah (reaksi).

 Enzim secara selektif mempercepat jalannya reaksi.

Aktivitas enzim diatur untuk menyeimbangkan antara suplai dan kebutuhan.

Jalur Katabolik membebaskan energi dengan memecah molekul kompleks menjadi senyawa yang lebih sederhana.
Energi disimpan dalam bentuk molekul organik sampai diperlukan lagi untuk melakukan kerja dalam sel.

Jalur Anabolik membutuhkan energi untuk membangun molekul kompleks dari senyawa sederhana. Energi yang dibebaskan jalur katabolik digunakan untuk mengarahkan jalur anabolik.

Metabolisme

HUBUNGAN ANTARA Katabolisme dan Anabolisme

ENERGYYIELDING NUTRIENTS Carbohydrates Fats Proteins CELL MACROMOLECULES Polysaccharides Lipids Proteins Nucleic acids

CHEMICAL ENERGY ATP NADH/NADPH FADH2

Catabolism

Anabolism
PRECURSOR MOLECULES Amino acids Sugars Fatty acids Nitrogenous base

ENERGY-POOR END PRODUCTS CO2 H 2O NH3

Perbandingan Jalur Metabolisme Katabolik dan Anabolik

2. Organisme mengubah energi

Energi : kemampuan melakukan kerja. Energi Kinetik adalah energi karena adanya gerakan.

Obyek dalam gerakan, contohnya photon (cahaya), dan panas.

Energi Potensial adalah energi yang terkandung dalam suatu benda, karena tempatnya atau strukturnya.

Energi Kimia merupakan energi potensial dalam molekul karena susunan dari atomatom.

 Energi dapat dikonversi dari satu bentuk ke bentuk lain.

Contoh, anak yang memanjat anak tangga di perosotan mengubah energi kinetik menjadi energi potensial. Ketika dia meluncur kebawah, energi potensial diubah kembali menjadi energi kinetik. Energi potensial terdapat dalam makanan yang telah dimakan sebelumnya dan menyediakan energi sehingga mampu menaiki tangga.

 Respirasi seluler dan jalur katabolik lainnya mengeluarkan simpanan energi dalam gula dan senyawa komplek lainnya. Energi ini memungkinkan untuk kerja sel. Energi kimia yang tersimpan dalam molekul organik pertama kali diperoleh dari energi cahaya oleh tanaman selama fotosintesis. Kemampuan utama dari makhluk hidup adalah kemampuannya untuk mengubah energi.

3. Transformasi energi dalam kehidupan bagian dalam termodinamika

Termodinamika mempelajari transformasi energi. Istilah sistem menunjukkan bendanya dan sekeliling adalah semua yang berada diluar sistem. Sistem tertutup, seperti air dalam termos, dibatasi dari sekeliling. Sistem terbuka, energi (dan benda) dapat dipindahkan antara sistem dan sekeliling.

 Organisme adalah sistem terbuka.

Mereka menyerap energi - cahaya atau kimia dalam molekul organik - dan melepaskan panas serta sisa produk metabolik.

Hk. 1 termodinamika : energi dapat dipindahkan dan diubah bentuk, tetapi tidak dapat diciptakan atau dimusnahkan.
Tanaman mengubah bentuk energi cahaya menjadi kimia; mereka tidak membuat energi.

 Hk. 2. termodinamika: setiap perubahan energi akan menghasilkan lebih ketidak beraturan dalam alam.
Entropi digunakan untuk mengukur ketidak teraturan dan keacakan. Semakin acak dari sekumpulan benda, entropinya semakin besar. Kebanyakan kenaikan entropi di alam menghasilkan kenaikan panas, yaitu energi dari pergerakan molekul yang acak.

 Perubahan bentuk energi, energi dikonversi sebagian kecil menjadi panas.

Kendaraan bermotor mengkonversi 25% energi bensin menjadi gerak; sisanya hilang sebagai panas. Pemecahan metabolik dari makanan membebaskan panas, meskipun sebagian dikonversi menghasilkan kerja dari organisme.

Panas adalah energi dalam bentuk yang paling acak. Kombinasi dari 2 hukum termodinamika, kuantitas dari energi konstan, tetapi kualitas nya tidak.

4. Organisme hidup membutuhkan energi bebas

Suatu proses yang spontan adalah proses yang dapat terjadi tanpa bantuan dari luar.

Proses-proses dapat menghambat kerja.

Proses yang tidak spontan adalah yang hanya terjadi bila ada energi dari luar sistem. Proses-proses spontan menaikkan stabilitas sistem dan proses-proses tidak spontan menurunkan stabilitas.

 Reaksi kimia dapat digolongkan dalam eksergonik atau endergonik berdasar energi bebas. Reaksi eksergonik menghasilkan enegi bebas dan delta G nya negatif.

 Reaksi endergonik menyerap enegi bebas dari sekelilingnya.

Reaksi Endergonik menyimpan energi, delta G nya positif, dan reaksinya tidak spontan.

5. ATP membangkitkan kerja sel oleh reaksi eksergonik menjadi endergonik

Sel memiliki tiga macam kerja:

Mekanik, gerak cilia, kontraksi sel otot, dan gerakan kromosom. Transpor, memompa substansi melewati membran, berlawanan arah dengan arah pergerakan spontan. Kimiawi, reaksi endergonik seperti sintesis polimer dari monomernya.

Sumber energi yang dapat membangkitkan kerja sel adalah ATP (Adenosin Tri Pospat).

ATP (adenosine triphosphate)

adalah nukleotida yang tersusun dari basa nitrogen adenine, gula ribosa, dan rantai dari tiga grup phosphat.

 Ikatan antara grup phosphat dapat diputus dengan hidrolisis.

Hidrolisis ujung akhir grup phosphat membentuk adenosine diphosphate [ATP -> ADP + Pi] dan melepaskan 7.3 kcal energi per mol ATP. dalam sel delta G sekitar -13 kcal/mol.

Reaksi berpasangan

TUGAS
Mengerjakan soal Membuat paper tentang pokok bahasan yang telah ditentukan

TERIMA KASIH