ENZIM-ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI

Enzim-enzim yang dikode gen recA, recB, dan recC Protein recA merupakan enzim yang berperan dalam rekombinasi maupun pada perbaikan DNA. Enzim ini mengkatalis pembentukan struktur jembatan silang Holliday yang diikuti dengan migrasi jembatan silang tersebut . Dalam peoses rekombinasi, enzim recA berikatan dengan molekul DNA unting ganda maupun unting tunggal dengan menggunakan energi hasil hidrolisis ATP. Karena enzim ini membuka unting ganda, maka memungkinkan terjadinya perpasangan dengan DNA unting tunggal melalui sinaps molekul DNA yang memiliki urutan pasangan nukleotida yang mirip. Protein recA mengkatalis bentukan serupa angka delapan yang memperatarai peristiwa rekombinasi. Bentukan angka delapan ini tidak terbentuk pada plasmid yang memiliki gen recA-, namun terbentuk pada plasmid yang memiliki gen recB- dan recC-. Fenomena semacam ini menunjukkan bahwa produk dari gen recB dan recC baru akan bekerja setelah protein recA bekerja. Gen recB dan recC berfungsi untuk mengkode dua subunit nuklease yang tergantung ATP. Nuklease ini beperat sebagai suatu resolvase yang memotong jembatan silang pada struktur Holliday untuk menyempurnakan proses rekombinasi. Protein recA juga berperan dalam perbaiakan DNA yang diaktivasi oleh DNA unting tunggal. Protein recA memiliki memiliki aktivitas proteolitik untuk memotong minimal dua macam molekul repressor. Repressor tersebut antara lain repressor profag lambda dan repressor produk gen lex A. repressor profag lambda menyebabkan induksi profag dan repressor produk gen lex A mengatur tingkat eksppresi gen recA dan gen lain yang berperan dalam perbaikan DNA serta mekanisme survival SOS. Pada saat sel terancam mengalami kerusakan DNA, aktivitas proteolitik protein recA diaktivasi menghancurkan repressor lex A untuk terbentuknya induksi gen uvr yang membantu pemulihan sel. Jika enzim recB dan recC tidak ada, maka hasil rekombinan berkurang hingga ratusan kali lebih sedikit. Kedua enzim ini memiliki aktivitas endonuklease dan membuka DNA sehingga memunculkan DNA unting tunggal

yang berujung bebas yang nantinya mendorong enzim recA melaksanakan reaksi perpasangan. Enzim recBC melakukan pembukaan lilitan hanya pada DNA yang memiliki ujung dupleks yang bebas dengan memanfaatkan ATP untuk bergerak sepanjang dupleks sambil mdmbuka DNA atau melilitkan kembali. Aktivitas recBC dalam membuka lilitan sangat penting dalam proses rekombinasi. Enzim ini mendorong terjadinya rekombinasi pada DNA yang mengandung tapak chi. Dalam hal ini recBC memotong unting tunggal DNA di dekat tapak chi yang sedang terbuka dan memunculkan suatu untaian tunggal berujung bebas. Namun pada umumnya tapah chi berfungsi sebagai konjugasi, sehingga meskipun setiap DNA memiliki banyak tapak chi, enzim recBC tidak memiliki peluang banyak untuk memotong unting tunggal DNA tersebut. Ketika terjadi konjugasi, tapak chi pada ujung DNA dimasukkan pada sel resipien dan enzim recBC bergerak menyusuri DNA yang diinjeksikan dan memotong pada tapak chi. Hal ini mengakibatkan terjadinya rekombinasi antara DNA yang diinjeksi den DNA sel resipien. Selain itu, pada proses rekombinasi ada beberapa enzim lain yang berperan, antara lain protein SSB yang membantu fungsi dari recA. Enzim pada insersi ke dalam genom E. coli yang terjadi melalui rekombinasi Insersi DNA fag ke dalam genom E. coli terjadi melalui rekombinasi pada tapak spesifik di kedua genom DNA yang dikatalis oleh enzim integrase dari fag . Hasil dari rekombinasi ini adalah molekul DNA sirkuler baru yang lebih besar. Dalam proses insersi ini genom fag juga memerlukan protein HIF dan ion magnesium. Tapak insersi ini adalah attp pada genom fag dan attb pada genom E. coli. Enzim integrase berperan sebagai enzim topoisomerase untuk membuat pemutusan dalam posisi menyamping. Dalam prosesnya enzim integrase dan HIF berikatan pada posisi sepanjang tapak attp dan membentuk semacam strukru nukleosom terkondensasi. Jika urutan nukleotida pada kedua tapak ini mengalami perubahan, maka laju rekombinasi sangat berkurang, hal ini dikarenakan enzim integrase membutuhkan urutan yang khas pada tempat perlekatannya. Eksisi merupakan keadaan dimana DNA fag dan bakteri terlepas satu sama lain karena integrasi teralihkan. Kondisi ini terjadi jika profag diinduksi

untuk tumbuh. Dalam hal ini profag mengekspresikan protein eksionase yang memungkinkan enzim integrase mengkatalisasi rekombinasi yang melibatkan tapak perlekatan hybrid dari profag. Kompleks gabungan antara enzim integrase dan eksionase mendukung kemampuan enzim untuk melakukan reaksi balik.

PERTANYAAN DAN JAWABAN 1. Bagaimanakah peran urutan nukleotida pada tapak attp dan attb dalam proses rekombinasi? Jawab : urutan nukleotida pada tapak-tapak perlekatan attp dan attb sangat menentukan laju rekombinasi. Dalam prosesnya enzim integrase dan HIF berikatan pada posisi sepanjang tapak attp dan membentuk semacam strukru nukleosom terkondensasi. Jika urutan nukleotida pada kedua tapak ini mengalami perubahan, maka laju rekombinasi sangat berkurang, hal ini dikarenakan enzim integrase membutuhkan urutan yang khas pada tempat perlekatannya. 2. Apakah yang dimaksud dengan eksisi dan bagaimanakah proses terjadinya eksisi? Jawab : Eksisi merupakan keadaan dimana DNA fag dan bakteri terlepas satu sama lain karena integrasi teralihkan. Kondisi ini terjadi jika profag diinduksi untuk tumbuh. Dalam hal ini profag mengekspresikan protein eksionase yang memungkinkan enzim integrase mengkatalisasi rekombinasi yang melibatkan tapak perlekatan hybrid dari profag. Kompleks gabungan antara enzim integrase dan eksionase mendukung kemampuan enzim untuk melakukan reaksi balik. 3. Bagaimanakah mekanisme kerja enzim yang dikode oleh gen recA, recB, dan recC dalam proses rekombinasi? Jawab : Protein recA, recB, dan recC merupakan enzim yang berperan dalam rekombinasi. Protein recA mengkatalis bentukan serupa angka delapan yang memperatarai peristiwa rekombinasi dan juga berperan dalam perbaiakn DNA yang diaktivasi oleh DNA unting tunggal.Gen recB dan recC berfungsi untuk mengkode dua subunit nuclease yang tergantung ATP. Nuclease ini beperat sebagai suatu resolvase yang memotong jembatan silang pada struktur Holliday untuk menyempurnakan proses rekombinasi.