Teknik Analisa DNA

PENENTUAN GMO (GENETIC MODIFIED ORGANISM)

Disusun oleh : Hendra Calista Eric Tanaya Asisten : Andrew Evelyn 7081016 7081853 7081804

FAKULTAS TEKNOBIOLOGI UNIVERSITAS SURABAYA 2010

PENENTUAN GMO (GENETIC MODIFIED ORGANISM)

I. Tujuan percobaan 1.Mahasiswa dapat melakukan isolasi kromosom tanaman 2.Mahasiswa dapat merancang metode PCR sehubungan dengan diperlukannya kontrol pada proses PCR 3.Mahasiswa dapat menentukan kandungan GMO dalam makanan menggunakan metode PCR. II. Dasar Teori Pangan hasil rekayasa genetika atau Genetically Modified

Organism (GMO) adalah pangan atau produk pangan yang diturunkan dari tanaman, atau hewan yang dihasilkan melalui proses rekayasa genetika. Rekayasa genetika adalah proses bioteknologi modern dimana sifat-sifat dari suatu mahluk hidup dirubah dengan cara memindahkan gen-gen dari satu spesies mahluk hidup ke spesies yang lain, ataupun memodifikasi gen-gen dalam satu spesies. Yang termasuk pangan hasil rekayasa genetika antara lain: hewan transgenik, bahan asal hewan transgenik dan hasil olahannya, ikan transgenik, bahan asal ikan transgenik dan hasil olahannya, tanaman transgenik, bagianbagiannya dan hasil olahannya, serta jasad renik transgenik (Lusimira, 2010). Tanaman transgenik dibuat membuat gen yang telah diidentikfikasi diisolasi dan kemudian dimasukkan ke dalam sel tanaman. Melalui suatu sistem tertentu, sel tanaman yangmembawa gen tersebut dapat dipisahkan dari sel tanaman yangtidak membawa gen. Tanaman pembawa gen ini kemudianditumbuhkan secara normal. Tanaman inilah yang disebut sebagai tanaman transgenik karena ada gen asing yang telah dipindahkan dari makhluk hidup lain ke tanaman tersebut (Lusimira, 2010). Secara sederhana Brown (1990) menguraikan perakitan tanaman transgenik sebagai berikut: 1) isolasi gen atau DNA target yang membawa sifat tertentu dari bakteri tertentu atau tanaman lain yang mempunyai sifat yang diinginkan, 2) ligasi DNA target ke dalam vektor sehingga terbentuk DNA rekombinan, 3) transformasi vektor (DNA rekombinan) pada bakteri tertentu dengan tujuan untuk memperbanyak kopi DNA

rekombinan, dan 4) penyisipan vektor dan DNA target ke dalam sel tanaman yang dikehendaki yang tidak mempunyai sifat tersebut. Proses transfer suatu gen asing ke dalam genom suatu tanaman target dimulai dengan pemasukan gen asing ke dalam sitoplasma sel tanaman target. Selanjutnya gen ini akan masuk ke dalam inti sel tanaman melalui pori-pori membran inti sel. Apabila gen asing tersebut berhasil masuk atau menyisip ke dalam kromosom tanaman target dan berintegrasi dengan baik (berada pada bagian yang aktif ditranskripsi), maka gen itu akan dapat diekspresikan oleh tanaman transforman. Tahap penting dalam mengetahui keberhasilan suatu proses transfer gen asing ke dalam genom suatu tanaman target adalah melalui analisis secara molekuler. Analisis molekuler dapat dilakukan pada tahap transisi (transient) di mana gen/DNA asing belum terintegrasi dalam kromosom tanaman target ataupun pada tahap stabil (stable transformant) di mana gen/DNA asing telah terintegrasi dalam kromosom tanaman target. Teknik molekuler yang biasa digunakan untuk mengkonfirmasi keberadaan gen di antaranya dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) atau dengan Southern Blot. Teknik PCR dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan suatu gen sisipan pada tanaman hasil transformasi. Teknik ini merupakan prosedur cepat untuk menggandakan atau memperbanyak urutan basa DNA spesifik secara in vitro sehingga dengan teknik ini memungkinkan analisis sampel dalam jumlah banyak dengan waktu relatif singkat untuk mengetahui keberadaan gen yang diintroduksi. Selain itu, test PCR terhadap tanaman transgenik dapat dilakukan secara dini, yaitu pada tahap kalus atau planlet dan merupakan metode yang sangat sensitive sehingga dengan hanya satu molekul DNA dapat memperbanyak DNA jutaan kali lipat setelah 30-an siklus PCR. Sedangkan analisis Southern Blot dapat digunakan untuk mengetahui pola integrasi dan jumlah salinan (copy number) gen asing yang disisipkan dan kejadian transformasi yang berbeda setelah pemotongan DNA sampel tanaman transgenik dengan enzim restriksi tertentu yang memotong pada situs tunggal dalam DNA plasmid. Jenis tanaman yang telah banyak direkayasa adalah kedelai dan jagung. Gen-gen yang diinsertkan memberikan tanaman transgenik kemampuan untuk bertahan pada lingkungan yang buruk, tahan hama, tahan herbisida dan sebagainya. Secara umum, pada proses rekayasa genetika, fragmen DNA yang diinsertkan ke dalam suatu sel akan

mengandung, promoter, gen interest dan terminator. Promoter berperan untuk memulai transkripsi sedangkan terminator berperan untuk mengakhiri transkripsi. Tipe promoter yang dipilih, umumnya adalah promoter yang memiliki tingkat ekspresi gen yang tinggi. Selain itu, promoter tersebut juga harus dapat dikenali oleh properti ekspresi gen pada sel tanaman yang bersangkutan. Promoter yang memenuhi kedua kriteria ini bisa berasal dari tanaman itu sendiri atau dari virus yang menyerang tanaman (viral promoter). Promoter merupakan suatu materi genetic yang berperan sebagai pengganti untuk mengaktifkan gen. Setiap gen memerlukan promoter. Cara kerja promoter tidak sesederhana seperti dalam menyalakan lampu yang hanya memiliki 2 posisi, yaitu menyala atau tidak. Promoter memiliki bagian-bagian yang berbeda atau moduls yang berperab sebagai sensor, untuk memungkinkan terjadinya respon, yang tidak sepenuhnya dapat dimengerti, untuk menangkap informasi dari gen lain atai dari lingkungan. Informasi ini member tahu promoter kapan dan dimana harus bekerja, seberapa kuat dan seberapa lama. Dalam keadaan khusus, promoter dapat di non aktifkan. Peran promoter dalam gen normal pada organisme adalah untuk memungkinkan gen dapat bekerja dengan tepat. Ketika peneliti mentrasfer gen lain ke suatu organism untuk membuat GMO, mereka selalu menaruh promoter di depan gen yang dimasukkan. Promoter yang sering kali digunakan pada rekayas genetika tanaman CaMV 35S. Promoter ini berasal dari cauliflower mosaic virus. Cauliflower mosaic virus (CaMV) merupakan DNA untai ganda virus yang menginfeksi secara luas pada tanaman crucifers, terutama golongan brassicas seperti kubis dan brokoli. Untuk dapat mendapatkan DNA virus dan hasil replikasinya dalam sel tanaman, virus tersebut harus dapat menjebak sel molecular tanaman itu sendiri. Untuk itu virus ini memiliki 2 promoter 35S dan 19S di bagian depan gennya, yang menyebabkan tanaman akan mengira bahwa gen tersebut merupakan gennya sendiri. Setelah ditranskripsi, DNA virus tersebut tidak dapat dimatikan atau diregulasi oleh sel tanaman. Promoter yang paling banyak digunakan adalah 35S karena lebih kuat. Lebih kuat di sini artinya memiliki tingkat atau level ekepresi gen yang lebih tinggi. Kelebihan lain dari promoter CaMV 35S selain memiliki tingkat ekspresi yang tinggi adalah aktivitasnya tidak dipengaruhi oleh tipe jaringan, kondisi lingkungan maupun mekanisme regulasi

tanaman itu sendiri. Sehingga, gen interest bisa senantiasa diekspresikan pada sel tanaman yang bersangkutan. Sedangkan terminator yang sering digunakan adalah NOS terminator. NOS terminator adalah kodon terminasi yang biasanya digunakan dalam rekayasa genetika tanaman untuk menghentikan ekspresi dari gen yang diinsertkan. NOS terminator biasanya ditemukan dalam bakteri spesies Agrobacterium tumafaciens, tepatnya untuk proses terminasi transkripsi enzim nopaline synthetase. Kelebihan dari NOS terminator adalah selain mengandung sequence yang berperan sebagai sinyal terminasi, terminator ini juga mengandung sinyal untuk polyadenylation dari mRNA yang dihasilkan. Percobaan ini menggunakan kedelai (tempe) sebagai bahan yang akan di uji untuk mengetahui apakah bahan tersebut merupakan GM food atau tidak. Analisanya berdasarkan teknik PCR. PCR merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun 1994 berkat temuannya tersebut. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 2030 kali siklus. Setiap siklus terdiri atas tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap bekerjanya PCR dalam satu siklus: 1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi. Pada tahap ini (berlangsung pada suhu tinggi, 9496 C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi berberkas tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) untuk memastikan semua berkas DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat ("patokan") bagiprimer. Durasi tahap ini 12 menit. 2. Tahap penempelan atau annealing. Primer menempel pada bagian DNA templat yang komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu antara 45 60 C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat menyebabkan

tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap ini 12 menit. 3. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA polimerase(ditunjukkan oleh P pada gambar) yang dipakai. Dengan Taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76 C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit. Setelah tahap 3, siklus diulang kembali mulai tahap 1. Akibat denaturasi dan renaturasi, beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi primer lain. Akhirnya terdapat berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh primer yang dipakai. Jumlah DNA yang dihasilkan berlimpah karena penambahan terjadi secaraeksponensial. (Erlich, 1989). Gambar untuk PCR : Langkah-langkah PCR dilakukan satu per satu, dalam beberapa Siklus. Siklus 1 :

Siklus 2 :

Siklus 3 :

Tempe terbuat dari bahan baku kedelai yang diberi ragi dan kemudian difermentasikan. Jadi, pengecekan produk tempe akan mengecek apakah kedelai

yang digunakan dalam produksi termasuk ke dalam GMO atau tidak. Percobaan ini menggunakan kontrol positif yang berperan untuk memastikan bahwa sampel yang dicek memang mengandung kedelai dan keberhasilan isolasi DNA kromosom. Dengan demikian, jika hasil yang diperoleh adalah negatif, hasil ini tidak disebabkan oleh kegagalan isolasi kromosom melainkan benar-benar karena makanan tersebut bukan GM food. Kontrol positif ini menggunakan gen lectin. Lectin memiliki berat molekul 60000-100000 MW, dan terdapat pada beberapa jenis tanaman, terutama Leguminosae. Kedelai merupakan salah satu anggota Leguminosae atau Fabaceae, oleh karena itu dapat gen lectin dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan gen kedelai dalam sampel. Lectin dalam tanaman berperan dalam aktivitas enzimatik, menyimpan protein, mekanisme pertahanan, penambahan dinding sel, stimulasi mitogenik, transport karbohidrat, dan penyimpanan dan mobilisasi dari materi simpanan. Fungsi utamanya dalam tanaman adalah kemampuan mengikat nitrogen oleh bakteri pada akar Legume. Simbiosis dari Rhizobium dan tanaman spesifik dipengaruhi adanya interaksi lectin. Lectin memiliki aktivitas biologis dimana dapat mengenali ion logam dimana merupakan komponen dari struktur Leguminosae lectin. III.Alat dan Bahan Alat : 1. Blender 2. Tabung eppendorf 3. Tabung PCR 4. Parafilm 5. Tip putih 6. Satu set peralatan elektroforesis horisontal 7. Mikropipet 1-10 L 8. Satu set peralatan pembuatan gel agarosa 9. Erlenmeyer 10. Isolasi

11. PCR 12. dll Bahan : 1. Taq DNA polimerase 2. Stok dNTP 3. Buffer PCR 10 X (tanpa MgCl2) 4. Stok MgCl2 25mM 5. Primer untuk kontrol positif dan penentuan GMO IV. Cara Kerja 1. Isolasi kromosom Menimbang sampel seberat 30 gram kemudian blender selama 10 menit dengan 200 ml akuades. Hasil blender diambil sebanyak 4 eppendorf. Lalu sentrifugasi pada 10000 rpm selama 10 menit. Mengambil supernatan dari keempat tabung dan memindahkan masing-masing ke tabung eppendorf steril yang lain. Menambahkan 500 L larutan PCI ke dalam tabung eppendorf membolak-baliknya sebentar lalu sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 10 menit. Dari hasil sentrifugasi, mengambil larutan dari bagian atas tabung sebanyak 400-500 L dan memindahkan ke tabung eppendorf steril yang lain. Menambahkan etanol abosolut dingin sebanyak 2x volume larutan ke dalam larutan yang dipindahkan ini lalu didiamkan di dalam freezer selama 30 menit. Setelah 30 menit, sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 10 menit. Meresuspensi pelet dengan etanol 70%. Tabung dibolak-balik kemudian sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 10 menit. Mengeringkan pelet yang didapat dengan menggunakan evaporator. Meresuspensi pelet yang telah kering dengan ddH2O sebanyak 20 L. DNA pada keempat tabung eppendorf lalu dijadikan satu. Larutan DNA ini kemudian disimpan di dalam freezer sampai waktu penggunaan. 2. PCR Ada 2 tabung yang di-PCR. Pertama, tabung yang diisi primer untuk control positif dan kedua, tabung yang diisi primer untuk penentuan GMO. Memasukkan DNA template hasil isolasi ke dalam tabung PCR sebanyak 5 L, dNTP 1 L, MgCl2

3L, buffer PCR 2,5 L, primer reverse dan forward masing-masing 1 L (jenis primer yang digunakan berbeda untuk kedua tabung), enzim taq polimerase 1 L dan ddH2O 10,5 L. Memasukkan tabung PCR tersebut lalu ke dalam mesin PCR. Kondisi PCR diset dengan suhu denaturing 95C, suhu annealing 60C dan suhu polimerisasi 72C serta melakukan siklus sebanyak 40x. 3. Elektroforesis Membuat Gel agarosa 1 % dengan menimbang powder agarosa seberat 0,4 gr pada gelas beker dan melarutkan ke dalam 40 ml TAE 1x. panaskan larutan sembari diaduk sampai agarosa benar-benar larut. Mendiamkan larutan agarosa yang telah larut hingga mendingin sampai 600C. Kemudian ditambahkan 2 L EtBr (konsentrasi EtBr di dalam gel agarosa = 0,5 L) dan gelas beker digoyanggoyangkan sampai homogen. Memasukkan larutan agarosa yang telah mengandung EtBr ke dalam cetakan. Ke dalam cetakan disisipkan sisir untuk pembentukan sumur. Memasukkan larutan gel sampai memadat. Sisir diangkat dan gel agarosa yang telah memadat dimasukkan ke dalam chamber electrophoresis. Mengisi Chamber dengan TAE 1x sampai gel agarosa terbenam. Selanjutnya melakukan pencampuran antara 3L loading buffer dan 10 L larutan DNA sampel atau marker pada sebuah parafilm. Memasukkan campuran yang terbentuk kemudian ke dalam sumur-sumur gel agarosa pada chamber dengan menggunakan mikropipet. Chamber electrophoresis ditutup dan kabel-kabelnya dipasang. Menjalankan arus listrik dengan tegangan 5V/cm. Menunggu indikator bromophenol blue (berwarna biru) sampai mencapai bagian bawah gel agarosa kemudian barulah arus listrik dimatikan. Mendiamkan gel agarosa dari chamber dan diamati di bawah UV transiluminator.

V. Hasil Percobaan Marker

Kontrol positif 35S Kontrol positif NOS

VI. Perhitungan
Jarak migrasi (cm) 4.4 5.5 5.9 6.2 6.6 7.1 7.7 8.5 9.4 10.5 11.6 Ukuran DNA (bp) 1500 1000 900 800 700 600 500 400 300 200 100 Log bp 3.176091 3 2.9542425 2.9030899 2.845098 2.77815125 2.69897 2.6020599 2.477121255 2.3010299 2

Chart Title 3.5 3 2.5 log bp 2 1.5 1 0.5 0 0 5 10 15 Jarak migrasi (cm) y = -0.1524x + 3.8586 R2 = 0.9869 Jarak migrasi DNA vs Ukuran DNA Linear (Jarak migrasi DNA vs Ukuran DNA)

A = 3.858639378 B = -0,152388242 R2 = 0,98693833 Y = -0,152388242 x + 3.858639378 Log Bp = -0,152388242 Jarak migrasi + 3.858639378 Kontrol positif 35 S : Jarak migrasi : 10,7 cm Log Bp = -0,152388242 x Jarak migrasi + 3.858639378 Log Bp = -0,152388242 x 10,7 + 3.858639378 Log Bp = 2,228085189 Bp = 169,1 bp

Kontrol positif NOS : Jarak : 10,8 cm Log Bp = -0,152388242 x Jarak migrasi + 3.858639378 Log Bp = -0,152388242 x 10,8 + 3.858639378 Log Bp = 2,212846364 Bp = 163,25 bp

VII. Pembahasan Pada percobaan kali ini praktikan bertujuan untuk menentukan sampel makanan yang dipakai merupakan produk GMO atau tidak. Sampel yang digunakan adalah tempe. Penentuan diliat berdasarkan keberadaan promoter 35S dan NOS terminator, sedangkan gen lectin hanya digunakan untuk mengetahui apakah DNA dari kromosom kedelai berhasil diisolasi. Praktikan mengawali percobaan dengan : 1. Isolasi kromosom Sampel bahan makanan yang dipakai adalah tempe. Pada tahap ini dilakukan pemblenderan untuk menghancurkan dinding sel tanaman sehingga kita dapat mengambil DNA kromosom yang ada di dalam sel tanaman itu. Dalam pemblenderan kita tidak boleh menambahkan banyak air karena hal itu dapat mengurangi jumlah DNA kromosom yang ada. Hasil blender harus disimpan pada suhu dibawah 40C agar DNAse tidak merusak DNAkromosom. Penambahan larutan PCI ke dalam tabung eppendorf setelah sentifugasi paling pertama berfungsi yaitu isoamil alcohol sebagai penstabil kloroform yang dapat menghindarkan adanya busa apabila ektraksi hanya menggunakan fenol dan kloroform, phenol sebagai penghilang sisa-sisa protein yang masih ada di dalam sampel, choroform yang berfungsi memfasilitasi pemisahan fase organik dan aqeous, Proses ekstraksi ini dilakukan agar sampel-sampel DNA bebas dari pengotorpengotor yang berupa protein. Hasil ekstraksi berupa supernatan yang telah bebas protein diambil lalu dilakukan purifikasi DNA dengan penambahan etanol absolut agar pengotor-pengotor yang berupa garam atau glukosa dapat dipisahkan. Kemudian dilakukan inkubasi selama 30 menit dalam lemari es yang berfungsi untuk membantu pengedapan karena sifat pengendapan senyawa organik berbanding lurus dengan suhu. Sehingga dengan kita menurunkan suhu lingkungan maka proses kelarutan akan berkurang. Kemudian dilakukan sentrifuge agar DNA kromosom yang terikat oleh etanol dapat terpisah dari pengotor-pengotor lainnya seperti garam dimana DNA akan mengendap pengotor lainnya akan berada di bagian supernatan. berada pada pelet akibat berat jenisnya lebih berat daripada pengotor-pengotor lainnya. Sedangkan pengotor-

Pelet akan dicuci dengan etanol 70% untuk melarutkan debris sel, garam, dan sisa-sisa SDS yang mungkin masih terdapat bersama DNA. Dimana prinsip pemisahan dari pengotor ini hampir sama dengan yang terjadi pada etanol absolut yaitu berdasarkan sifat kepolaritasannya. Sehingga akan didapat DNA kromosom yang bebas dari kontaminan gula, garam, dan protein. Apabila DNA kromosom ini tidak langsung digunakan, maka kita harus menyimpannya dengan cara menambahkan ddH2O karena larutan ini bebas dari mineral-mineral yang mana dapat mengganggu stabilitas dari DNA. Setelah itu kita simpan pada suhu -20C. Pada suhu ini, DNA akan lebih stabil sehingga DNA tidak akan mudah rusak. 2. PCR Lalu dilakukan PCR untuk mengamplifikasi gen 35 S, NOS, dan lectin sehingga dapat ditentukan apakah sampel berasal dari kedelai GMO atau tidak. Ada 3 tabung yang di-PCR, masing-masing berisi primer forward dan reverse untuk kontrol positif (lectin), promotor CaMV 35 S dan terminator NOS. Adapun beberapa komponen penting dalam melakukan proses PCR yaitu : - Componen master mix Componen master mix merupakan semua bahan-bahan yang digunakan dalam proses PCR.yang isinya adalah : 1. ddH2O : sebagai pelarut 2. Buffer PCR : untuk memberikan pH optimum bagi enzim taq polimerase 3. MgCl2 : penyumbang ion Mg2+ untuk membentuk kompleks dengan dNTP. Kompleks ini memiliki energi yang sangat tinggi. 4. dNTP : sebagai penyumbang nukleotida bagi pembentukan rantai DNA baru (mengandung dTTP, dCTP, dATP, dGTP) 5. Enzim taq polimerase : sebagai DNA polimerase yang berasal dari Thermus aquaticus yang berfungsi untuk menambahkan dNTP ke DNA template - DNA template DNA template merupakan suatu urutan DNA yang akan kita amplifikasi. Pada praktikum kami menggunakan DNA template sebanyak 5L.

- Primer R dan F Primer R (Reverse) dan F (Forward) merupakan urutan sequence DNA yang mana telah diketahui urutannya dan digunakan untuk mengawali proses amplifikasi DNA template. 3. Elektroforesis Dari hasil elektroforesis, kami mendapatkan hasil smear baik pada well promotor 35S, NOS terminator maupun gen lectin. Dimana seharusnya melalui perhitungan jika sampel merupakan GMO maka pada well promotor 35S terdapat 1 band dengan ukuran 169,1 bp dan pada well NOS terminator terdapat juga 1 band dengan ukuran 163,25 bp sesuai dengan kontrol positif yang didapat. Sedangkan untuk gen lectin kami tidak bisa menghitung kontrol positifnya karena semuanya didapatkan hasil smear. Dengan mendapatkan hasil percobaan seperti ini membuat praktikan tidak dapat menentukan apakah sampel makanan yang diuji termasuk GMO atau tidak, karena bisa saja seharusnya terdapat band yang berhasil dipisah namun dengan adanya smear membuat band itu tidak tampak. Smear yang didapat pada hasil percobaan ini bisa disebabkan oleh banyak hal, yaitu : adanya kontaminasi nuklease yang dapat mendegradasi DNA sampel, masih adanya garam maupun protein yang tersisa meskipun ekstraksi sudah dilakukan. Selain itu bisa juga disebabkan karena jumlah DNA yang diload ke dalam well terlalu banyak ataupun tegangan elektroforesis terlalu tinggi, tapi untuk 2 masalah ini seharusnya bukan menjadi faktor yang dipermasalahkan karena selama percobaan praktikan selalu bekerja dengan benar dan memperhatikan proses elektroforesis yang sedang berlangsung. VIII. Kesimpulan Isolasi DNA kromosom dilakukan dengan memecah dinding sel dengan cara pemblenderan lalu disentrifugasi dan setelah itu ditambahkan PCI untuk mengekstrak DNA. Dilakukan sentrifugasi dan ditambahakan dengan etanol absolut untuk mengendapkan DNA, lalu pelet diresuspensi dengan etanol 70 %. Mengeringkan pellet dan terakhir diberi ddH2O.

Dilakukan PCR untuk mengamplifikasi promotor 35S, NOS terminator, serta gen lectin untuk mengetahui apakah sampel berasal dari kedelai GMO atau tidak. Adanya promotor 35S dan NOS terminator juga menunjukkan bahwa sampel yang diuji adalah GMO. Dari hasil yang praktikan dapat tidak dapat disimpulkan apakah sampel yang diuji merupakan GMO atau bukan dikarenakan hasil yang didapat pada well promotor 35S, NOS terminator dan gen lectin berupa smear. Dimana seharusnya pada well promotor 35S terdapat band dengan ukuran 169,1 bp dan pada well NOS terminator terdapat juga 1 band dengan ukuran 163,25 bp sesuai dengan kontrol positif yang ada.

Daftar Pustaka (Lusimira, 2010)

http://lusimira.blogspot.com/2010/06/implikasi-genetically-modified-organism.html diunduh tanggal 13 oktober 2010 (Erlich,1989) Erlich, H.A. 1989. PCR technology: principles and applications for DNA amplifications. Stockton Press, NY. http://id.wikipedia.org/wiki/Reaksi_berantai_polimerase diunduh tanggal 13 oktober 2010