Anda di halaman 1dari 71

1

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Makhluk hidup merupakan struktur kompleks dari kehidupan. ada yang uni seluler (bersel satu) dan juga ada multiseluler (bersel banyak) pada tumbuhan ataupun hewan. Sel merupakan unit terkecil atau unit dasar makhluk hidup baik secara stuktural maupun fungsional. Hal ini berarti bahwa secara structural, sel merupakan penyusun makhluk hidup, baik mahkluk bersel satu maupun bersel banyak. Selain itu, setiap sel melakukan aktivitas kehidupan. untuk menjaga kelangsungan aktivitasny, setiap selmempunyai struktur dan fungsi yang jelas. Sebuah sel mempunyai tiga bagian utama yaitu membrane sel (selaput plasma), sitoplasma, dan organel-organel sel. Sementara itu, nucleus atau inti sel merupakan organel terbesar. Sel memiliki bentuk dan ukuran yang bervariasi.bentuk sel biasanya sesuai dengan fungsinya. Ukuran sel pada umumnya sangat kecil dan hanya dapat dilihat dengan mikroskop. Struktur sel dibagi menjadi struktur sel prokariotik dan eukariotik. Setiap organisme tersusun dari salah satu tipe struktur sel tersebut, yaitu prokariotik atau eukariotik. Pada dasarnya, struktur penyusun sel pada tumbuhan dan hewan adalah sama. Namun ada beberapa organel sel yang terdapat pada tumbuhan namun tidak ditemukan pada sel hewan, dan sebaliknya.

Mempelajari dan mengetahui tentang sel serta struktur bagian-bagian didalamnya dapat mendorong kita agar lebih mencintai diri kita. Sel tersusun dari bagian inti yaitu membran plasma, nukleus, dan sitoplasma. Di dalam sitoplasma terdapat organel-organel sel yang masing- masing memiliki bentuk dan fungsi yang berbeda tetapi saling berhubungan. Organel- organel sel itu diantaranya: retikulum endoplasma, ribosom, kompleks golgi, mitokondria, badan mikro, plastida, lisosom, sitoskeleton, mikrofilamen, mikrotubul, dan filamen antara. Selain itu ada organel yang tidak dimiliki hewan tapi tidak dimiliki oleh tumbuhan dan sebaliknya. Misalnya, dinding sel, vakuola, dan sentriol.

B. Tujuan Adapun tujuan dari penyusunan makalah ini adalah untuk merampungkan tugas biologi yang diberikan oleh bapak Abdul kadir. Selain itu sebagai bahan pembelajaran untuk saya dan pembacanya kelak dalam menambah informasi dan memperkaya wawasan kita terutama dalam menjaga kesehatan kita, karena sel ini sangat erat kaitan nya dengan organ-organ vital dalam tubuh kita.

C. Permasalahan 1. Bagaimana struktur dan fungsi: a. Membran plasma b. Nukleus c. Sitoplasma

d. RE e. Ribosom f. Kompleks Golgi g. Mitokondria h. Badan mikro i. Plastida j. Lisosom k. Sitoskeleton 2. Benarkah Nukleus sebagai pengatur kegiatan sel? 3. Bagaimana struktur organel di dalam sitoplasma? 4. Bagaimana ribosom mensintesis protein? 5. Apakah ribosom dapat disebut dengan organel sel? 6. Bagaimana akibat dari kerusakan pada mitokondria? 7. Apakah kelainan pada lisosom dapat terjadi dan apa penyebabnya?

D. Manfaat Banyak ilmu dan manfaat yang dapat diperoleh dari membaca makalah ini salah satunya adalah memperkaya pengetahuan serta wawasan kita. Bahwa tubuh kita disusun oleh bagian kehidupan yang paling kecil dan dasar yaitu sel. Manfaat

selanjutnya adalah supaya kita bisa lebih mencintai diri kita dan merawat setiap anggota atau organ dari tubuh kita. Dengan makan makanan yang sehat dan rajin

berolah raga, supaya sel kita selalu sehat dan tetap melakukan aktivitas sesuai dengan fungsinya.

BAB II HASIL DAN PEMBAHASAN

Bagian-Bagian Sel dan Fungsinya - Bagian hidup (komponen protoplasma), terdiri atas inti dan sitoplasma termasuk cairan dan struktur sel seperti : mitokondria, badan golgi, dll - Bagian mati (inklusio), terdiri atas dinding sel dan isi vakuola mari kita bahas masing-masing bagian satu per satu. I. Membran Plasma Membran sel merupakan lapisan yang melindungi inti sel dan sitoplasma. Membran sel membungkus organel-organel dalam sel. Membran sel juga merupakan alat transportasi bagi sel yaitu tempat masuk dan keluarnya zat-zat yang dibutuhkan dan tidak dibutuhkan oleh sel. Struktur membran ialah dua lapis lipid (lipid bilayer) dan memiliki permeabilitas tertentu sehingga tidak semua molekul dapat melalui membran sel. Struktur membran sel yaitu model mozaik fluida yang dikemukakan oleh Singer dan Nicholson pada tahun 1972. Pada teori mozaik fluida membran merupakan 2 lapisan lemak dalam bentuk fluida dengan molekul lipid yang dapat berpindah secara lateral di sepanjang lapisan membran. Protein membran tersusun secara tidak beraturan yang menembus lapisan lemak. Jadi dapat dikatakan membran sel sebagai struktur yang dinamis dimana komponen-komponennya bebas bergerak dan dapat terikat bersama dalam berbagai bentuk interaksi semipermanen Komponen

penyusun membran sel antara lain adalah phosfolipids, protein, oligosakarida, glikolipid, dan kolesterol. Salah satu fungsi dari membran sel adalah sebagai lalu lintas molekul dan ion secara dua arah. Molekul yang dapat melewati membran sel antara lain ialah molekul hidrofobik (CO2, O2), dan molekul polar yang sangat kecil (air, etanol). Sementara itu, molekul lainnya seperti molekul polar dengan ukuran besar (glukosa), ion, dan substansi hidrofilik membutuhkan mekanisme khusus agar dapat masuk ke dalam sel. Banyaknya molekul yang masuk dan keluar membran menyebabkan terciptanya lalu lintas membran. Lalu lintas membran digolongkan menjadi dua cara, yaitu dengan transpor pasif untuk molekul-molekul yang mampu melalui membran tanpa mekanisme khusus dan transpor aktif untuk molekul yang membutuhkan mekanisme khusus. Transpor pasif Transpor pasif merupakan suatu perpindahan molekul menuruni gradien konsentrasinya. Transpor pasif ini bersifat spontan. Difusi, osmosis, dan difusi terfasilitasi merupakan contoh dari transpor pasif. Difusi terjadi akibat gerak termal yang meningkatkan entropi atau ketidakteraturan sehingga menyebabkan campuran yang lebih acak. Difusi akan berlanjut selama respirasi seluler yang mengkonsumsi O2 masuk. Osmosis merupakan difusi pelarut melintasi membran selektif yang arah perpindahannya ditentukan oleh beda konsentrasi zat terlarut total (dari hipotonis ke hipertonis). Difusi terfasilitasi juga masih dianggap ke dalam transpor pasif karena zat terlarut berpindah menurut gradien konsentrasinya.

Contoh molekul yang berpindah dengan transpor pasif ialah air dan glukosa. Transpor pasif air dilakukan lipid bilayer dan transpor pasif glukosa terfasilitasi transporter. Ion polar berdifusi dengan bantuan protein transpor.

Transpor aktif Transpor aktif merupakan kebalikan dari transpor pasif dan bersifat tidak spontan. Arah perpindahan dari transpor ini melawan gradien konsentrasi. Transpor aktif membutuhkan bantuan dari beberapa protein. Contoh protein yang terlibat dalam transpor aktif ialah channel protein dan carrier protein, serta ionophore. Yang termasuk transpor aktif ialah coupled carriers, ATP driven pumps, dan light driven pumps. Dalam transpor menggunakan coupled carriers dikenal dua istilah, yaitu simporter dan antiporter. Simporter ialah suatu protein yang mentransportasikan kedua substrat searah, sedangkan antiporter mentransfer kedua substrat dengan arah berlawanan. ATP driven pump merupakan suatu siklus transpor Na+/K+ ATPase. Light driven pump umumnya ditemukan pada sel bakteri. Mekanisme ini membutuhkan energi cahaya dan contohnya terjadi pada Bakteriorhodopsin. II. Nukleus Inti sel atau nukleus sel adalah organel yang ditemukan pada sel eukariotik. Organel ini mengandung sebagian besar materi genetik sel dengan bentuk molekul DNA linear panjang yang membentuk kromosom bersama dengan beragam jenis protein seperti histon. Gen di dalam kromosom-kromosom inilah yang membentuk

genom inti sel. Nukleus merupakan organel terbesar yang berada dalam sel. Nucleus berdiameter sekitar 10 m. Nucleus biasanya terletak di tengah sel dan berbentuk bulat atau oval. Pada umumnya sel organisme berinti tunggal, tetapi ada juga yang memiliki lebih dari satu inti. Berdasar jumlah nucleus, sel dapat dibedakan sebagai berikut. 1). Sel mononukleat (berinti tunggal), misalnya sel hewan dan tumbuhan. 2). Binukleat (inti ganda), contohnya Paramecium. 3). Multinukleat (inti banyak), misalnya Vaucheria (sejenis alga) dan beberapa jenis jamur. Di dalam nucleus terdapat matriks yang disebut nukleoplasma, nukleoulus, RNA, dan kromosom. Kromosom tersusun atas protein dan DNA. Setiap nucleus tersusun atas beberapa bagian penting sebagai berikut. a). Membrane Nucleus (selaput inti) Selaput inti merupakan bagian terluar inti yang memisahkan nukleoplasma dengan sitoplasma. Selaput inti terdiri atas dua membrane (bilaminair), setiap lapis merupakan lapisan bilayer. Ruang antara membrane disebut perinuklear atau sisterna. Pada membrane ini terdapat porus yang berfungsi untuk pertukaran molekul dengan sitoplasma. Berdasarkan ada tidaknya selaput inti, dibedakan dua tipe sel yaitu sel prokariotik (tidak memiliki selaput inti) dan seleukariotik (memiliki selaput inti). b). Nukleoplasma Nukleoplasma adalah cairan inti (karyotin) yang bersifat transparan semisolid(kental). Nukleoplasma mengandung kromatin, granula, nucleoprotein, dan senyawa kimia kompleks. Pada saat pembelahan sel, benang kromatin menebal dan

memendekserat mudah menyerap zat warna (disebut kromosom). Benang kromatin tersusun atas protein dan DNA. Di dalam benang DNA inilah tersimpan informasi kehidupan. DNA akan mentranskripsi diri( mengkopi diri) menjadi RNA yang selanjutnya akan dikeluarkan ke sitoplasma. c). Nukleolus Nukleolus atau anak inti tersusun atas fosfoprotein, orthosfat, DNA, dan enzim. Nucleolus terbentuk pada saat terjadi proses transkripsi (sintesis RNA) di dalam nucleus. Jika transkripsi berhenti, nucleolus menghilang atau mengecil. Jadi, nucleolus bukan merupakan organel yang tetap. Kromatin, Kromosom dan DNA Kromatin pada saat interfase tampak sebagai butir-butir yang tersebar pada seluruh inti tanpa adanya benang-benang kromosom. Namun sebaliknya, jika inti sel sedang bermitosis buti-butir kromatin tidak terlihat dan akan tampak benang-benang kromosom. Istilah kromosom diperuntukan bagi kromatin yang membentuk gambaran sebagai batang-batang halus saat pembelahan sel. Kromosom tersusun atas molekul DNA (16%), RNA (12%) dan nucleoprotein (72%). Nukleoprotein sendiri tersusun atas berbagai jenis protein, yaitu protamin, histon, nonhiston dan berbagai enzim di antaranya polymerase DNA dan RNA. Molekul DNA dikenal sebagai materi genetik yang menyimpan semua informasi penting tentang segala aktivitas sel yang harus dilakukan melangsungkan

10

sebuah kehidupan. DNA atau Deoxyribonucleic acid diibaratkan sebagai perpustakaan besar yang didalamnya terdapat buku-buku penting (gen) dan tersimpan rapi di dalam inti sel. Molekul DNA memiliki struktur berupa dua untai polinukleutida (double strand) yang masing-masing untai polinukleutida tersusun atas rangkain nukleutida dalam bentuk deoksiribonukleutida. Setiap molekul nukleutida terdiri atas tiga gugus, yaitu gugus gula pentosa dalam bentuk deoksibosa, gugus fosfat dan gugus basa nitrogen.

Fungsi utama nukleus adalah untuk menjaga integritas gen-gen tersebut dan mengontrol aktivitas sel dengan mengelola ekspresi gen. Selain itu, nukleus juga berfungsi untuk mengorganisasikan gen saat terjadi pembelahan sel, memproduksi mRNA untuk mengkodekan protein, sebagai tempat sintesis ribosom, tempat terjadinya replikasi dan transkripsi dari DNA, serta mengatur kapan dan di mana ekspresi gen harus dimulai, dijalankan, dan diakhiri. III. Sitoplasma (Plasma Sel) Fungsi utama kehidupan berlangsung di sitoplasma. Hampir semua kegiatan metabolisme berlangsung di dalam ruangan berisi cairan kental ini. Di dalam sitoplasma terdapat organel-organel yang melayang-layang dalam cairan kental (merupakan koloid, namun tidak homogen) yang disebut matriks. Organellah yang menjalankan banyak fungsi kehidupan: sintesis bahan, respirasi (perombakan), penyimpanan, serta reaksi terhadap rangsang. Sebagian besar proses di dalam sitoplasma diatur secara enzimatik.

11

Sitoplasma merupakan cairan yang terdapat di dalam sel, kecuali di dalam inti dan organel sel. Khusus cairan yang terdapat di dalam inti sel dinamakan nukleoplasma. Sitoplasma bersifat koloid, yaitu tidak padat dan tidak cair. Penyusun utama dari sitoplasma adalah air yang berfungsi sebagai pelarut zat-zat kimia serta sebagai media terjadinya reaksi kimia sel. Disamping air di dalamnya terlarut banyak molekul-molekul kecil, ion dan protein. Ukuran partikel terlarut antara 0,001-0,1 m dan bersifat transparan. Koloid sitoplasma dapat berubah dari sol ke gel begitu sebaliknya. Sol terjadi jika konsentrasi air tinggi, sedang gel saat konsentrasi air rendah. Sitoplasma merupakan plasma yang terdapat di dalam sel dan di luar nucleus; atau dengan perkataan lain, sitoplasma merupakan plasma yang terletak di antara membran plasma dan nucleus. Sitoplasma yang berada di dalam nucleus disebut nukleoplasma. Pada sel tumbuhan, sitoplasma dibedakan menjadi dua, yaitu yang berbatasan dengan selaput plasma disebut ektoplasma dan yang di bagian dalam disebut endoplasma. Ektoplasma lebih jernih dan kompak. Pada sel hewan ektoplasma berupa selaput plasma itu sendiri. Endoplasma sel tumbuhan banyak mengandung plastida (zat warna). Komponen utama penyusun sitoplasma sebagai berikut. 1). Cairan seperti gel (agar-agar/jeli)yang disebut sitosol. 2). Substansi simpana dalam sitoplasma. Substansi ini bervariasi bergantung tipe selnya.

12

3). Jaringan yang strukturnya seperti filament (benang) dan serabut yang saling berhubungan. Jaringan benang dan serabut (mikrofilamen, mikrotubulus, dan filament intermediar) disebut sitoskeleton yang berfungsi sebagai kerangka sel. 4). Organel-organel sel. Sitoplama dapat dibagi atas dua bagian, yaitu matriks sitoplasma/bahan dasar sitoplasma yang disebut sitosol dan bermacam organel. Sitosol disusun oleh partikel dengan ukuran 0,001-0,1 m, sedangkan partikel penyusun organel sel berukuran lebih besar dari partikel penyusun sitosol, yaitu lebih dari 0,1 m. Matriks sitoplasma dapat bertindak sebagai larutan penyangga (buffer). Sifat biologis matriks sitoplasma adalah mampu mengenali rangsang (iritabilitas) dan mengantar rangsang

(konduktivitas). Sitosol merupakan substansi koloid (kolla = lem; oides = seperti). Air yang merupakan zat pelarut adalah komponen terbesar dari sitosol sehingga di dalam sitosol mudah terjadi reaksi kimia. Oleh karena sitosol bersifat koloid; mka sitoplasma juga bersifat koloid. Beberapa sifat koloid sitoplasma adalah sebagai berikut. 1. partikel koloid bersifat transparan. 2. ukuran partikel koloid berkisar antara 0,001 sampai 0,1 m. Dengan demikian, ukuran partikel koloid lebih besar dari larutan murni, tetapi lebih kecil dari ukuran partikel suspensi. 3. komponen terbesar penyusun sitoplasma adalah air sehingga memudahkan terjadinya reaksi kimia.

13

4. sitoplasma bersifat elektrolit. Di dalam larutan elektrolit senyawa elektrolit akan mengalami elektolisis menjadi ion positif dan ion negative. Ion yang bermuatan beda ( positif dan negative) akan tarik-menarik sedangkan ion yang bermuatan sama (positif dan positif atau negative dan negative) akan tolak-menolak. 5. sitoplasma bergerak karena adanya gerak acak (gerak brown) dari partikelpartikelnya. 6. bentuk koloid dapat berubah dari bentuk cair (sol) ke bentuk kental (gel) atau sebaliknya. Selain organel, terdapat pula vakuola, butir-butir tepung, butir silikat dan berbagai produk sekunder lain. Vakuola memiliki peran penting sebagai tempat penampungan produk sekunder yang berbentuk cair, sehingga disebut pula cairan sel. Cairan yang mengisi vakuola berbeda-beda, tergantung letak dan fungsi sel. IV. Organel Sel Organel adalah struktur dengan ukuran mikro yang tidak dapat dilihat dengan mikroskop. Oleh karena itu, organel merupakan struktur submikroskopik yang hanya dapat dilihat dengan mikroskop electron. Organel mempunyai struktur dan fungsi yang khusus. Ada beberapa organel yang dipunyai baik hewan maupun tumbuhan. Organel tersebut adalah: reticulum endoplasma (RE), ribosom, kompleks golgi, mitokondria, dan badan mikro. Organel lain yang hanya dimiliki tumbuhan, misalnyadinding sel, plastida dan vakuola, sedangkan organel yang hanya dimiliki

14

oleh hewan adalah lisosom, sentriol (terbentuk dari beberapa mikrotubul), dan mikrofilamen. Mikrotubul dan mikrofilamen merupakan penyusun sitoskeleton. Sitoskeleton merupakan organel sel berupa jalinan benang yang menyebar dalam sitoplasma. Stuktur dan fungsi organel akan dibicarakan berikut ini satu per satu. A. Retikulum Endoplasma Retikulum endoplasma adalah suatu kumpulan kantung seperti membran berbentuk pipa, gelembung dan kantung pipih yang meluas dalam sitoplasma sel eukariot. Retikulum endoplasma dibagi dua kategori yaitu retikul endoplasma kasar dan retikulum endoplasma halus. Kedua macam retikulum endoplasma ini menyusun suatu sistem membran yang melingkupi suatu ruang. Bagian dalam membran disebut dengan luminal atau ruang sisterna (cisternal space) dan daerah diluar membran yang disebut ruang sitosolik (cytololic space) Perbedaan morofologi antara retikulum endplasma kasar dan halu terletak apa ada tidaknya ribosom yang terikat pada membran yang berhadapan dengan ruang sitosolik. Retikulum endoplasma kasar merupakan organel berbatas membran yang terusun dari suatu kantong pipih yang disebut dengan sisterna. Sedangkan komponen membran dari retikulum endoplasma halus berbentuk tubular. Perbedaan jumlah antara kedua jenis retikulum endoplasma ditentukan oleh jenis sel. Sebagai contoh, sel yang mensekresi protein dalam jumlah besar seperti sel pancreas, kelenjar ludah mempunyai retikulum endoplasma yang banyak. Kalau dilihat secara menyeluruh, retikulum endoplasma kasar dan halus dibedakan tidak hanya berdasarkan ada tidaknya ribosom pada membrannya tetapi juga pada

15

susunannya dalam sitoplasma. Retikulum endoplasma kasar tampak berupa saluran panjang, berjajar melengkung teratur, sedangkan retikulum endoplasma halus berupak pembuluh (tubuler) atau gelembung (vesikuler) yang tidak teratur. Retikulum endoplasma kasar dan halus berhubungan di suatu tempat, karena dalam banyak hal kedua retikulum endoplasma ini bekerja sama dalam melakukan aktivitas sel. 1. Jenis-Jenis Retikulum endoplasma : -Retikulum endoplasma halus Retikulum endoplasma halus (SER) berkembang dalam sejumlah jenis sel seperti sel otot rangka, tubulus ginjal dan kelenjar steroid. Protein retikulum endoplasma bervariasi antara satu sel dengan sel lain bergantung kepada fungsi, seperti: sintesis hormon steroid pada kelenjar gonad dan korteks ginjal detoksifikasi pada hati memiliki komponen organik yang bervariasi seperti barbiturat dan etanol. Pelepasan glukosa dari glukosa 6 fosfat pada hati. Jejumlah besar glikogen di dalam hati disimpan sebagai granula yang terikat dengan membran luar retikulum endoplasma halus. -Retikulum endoplasma kasar Retikulum endoplasma kasar, karena pada membrannya melekat banyak sekali ribosom sehingga tampak kasar di bawah mikroskop dan tidak tampak licin.

16

Elemen karakteristik dari REG adalah berupa lembaran tipis yang terdiri dari 2 membran bersatu pada bagian tepi masing-masing dan dibatasi oleh suatu cavite berbentuk kantong yang aplatis (sakulus). Letak dan jumlah dari sakulus bervariasi, tergantung pada jenis sel dan fungsi dari aktivitasnya. Bila letak REG berkembang balk, letak sakulus menjadi sistematis, terarah, paralel satu dengan yang lainnya. Pada sel-sel glandula dari acini pankreas dan paratoide terdapat pada maxilla. Semua sakulus menempati bagian basal dari sitoplasma. Pada sel yang kurang aktif juga mengandung sakulus namun jumlahnya jarang. 2. Struktur Tabulair Retikulum Endoplasma Halus Berlawanan dengan penyusun lamellair dari REG, maka REL dibentuk dari satu labirynth berkanalikula halus, saling berhubungan, dan berinfiltrasi dalam semua sitoplasma. Tidak ada ribosom pada permukaan eksternal dari membrannya. REL memiliki sifat yang membuka kantak atau hubungan yang penting dengan mitokondria, tempat glikogen dan peroxysomes. Kesimpulan adalah: - REG memiliki suatu organisasi sakular dan membrannya ditutupi oleh ribosom. - REL adalah suatu jalinan tubuli-tubuli yang beranatomosis dan dikarakterisasi oleh tidak adanya ribosom. 3. Penyusun Kimia dari Membran Retikulum Endoplasma

17

Dengan teknik ultrasentrifugasi differentielle memisahkan membran RE dalam bentuk vesikula-vesikula kecil; mikrosom, tertutupi atau tidak oleh ribosom. Analisa hiokimia dari membran tersebut (ditraitmen dengan rihonuklease membran untuk RE

mengeliminasi mengandung:

Ribonukleoprotein),

memperlihatkan

bahwa

Protein yang terstruktur dan lemak (30% atau 50%). Enzim, yang dibutuhkan pada sintesa protein, pada metabolisme lemak, dan pada fenomena detoxifikasi. REL dan REG saling berhubungan, meskipun sukar untuk memisahkan membrannya, namun penyusun biokimianya dari kedua sistem tersebut berbeda, yaitu: Kandungan fosfolipida lebih tinggi pada REL dari REG. Perbandingan kuantitas fosfolipidal kuantitas kolesterol adalah 15 untuk REG dan 4 untuk REL. Glukosa 6-fosfat terutama terdapat pada REG. 5-nukleotidase terutama terdapat pada REL. Susunan dari lemak dan protein sesuai dengan model Singer - Nicolson.

Fungsi Retikulum Endoplasma : 1. Fungsi sintesa

18

Sintesa protein ini dilakukan bersama-sama dengan ribosom, di mana protein yang dibebaskan masuk dalam cavite RE. a. SINTESA lemak: RE bertanggung jawab pada sintesa lemak, membrannya mengandung sistem enzimatik yang bertanggung jawab pada pemanjangan dan saturasi dari asam lemak. b. Sintesa glyciprotein; protein disintesa oleh REG, dapat berasosiasi pada gula. Sintesa glycoprotein ini disebut glycosilasi. Berawal pada REG dan berakhir pada AG. c. Sintesa membran; Sistem membraner ini sangat berbeda di mana disintesa fosfolipida dan protein yang berasal dari pembentukan membran sel. 2. Fungsi Penyimpanan RE menyimpan dan mengkonsentrasikan substansi yang berasal dari miliu ekstraseluler, juga dapat dari intraseluler. 3. Fungsi detoxifikasi Membran RE (hati dan ginjal) mentransformasi molekul-molekul toksik menjadi molekul tidak toksik sebelum dieliminasi oleh organisme. Detoksifikasi terjadi misalnya melalui hydroxylosi. 4. . Fungsi transport, Elektron berkat suatu sistem transfer extramitokondrial (cytochrom P4;o,

cytochrom BS).

19

Substansi yang disebabkan oleh sel, dalam semua sel, mulai dari ruang

perinukleir sampai miliu ekstraseluler. B. Ribosom ribosom merupakan stuktur paling kecil yang tersuspensi dalam sitoplasma dan terdapat di sel eukariotik maupun prokariotik. Pada, sel eukariotik, ribosom terdapat bebas dalam sitoplasma atau terikat RE. ribosom tersusun atas protein dan RNA. Ribosom terdiri dari dua subunit, yaitu subunit kecil dan subunit besar. Tiaptiap subunit disintesis dalam nucleolus dan dikeluarkan melalui porus nucleus ke sitoplasma tempat kedua subunit bergabung. Ribosom berperan dalam sintesis protein. Ribosom merupakan partikel yang kampak/padat, terdiri dari

ribonukleoprotein, melekat atau tidak pada permukaan external dari membran RE, yang memungkinkan sintesa protein. a. Sifatnya Bentuknya universal, pada potongan longitudinal berbentuk elips. Pada teknik pewarnaan negatif, tampak adanya satu alur transversal, tegak lurus pada sumbu, terbagi dalam dua sub unit yang memiliki dimensi berbeda. Dengan ultrasentrifugasi yang menurun pada kedua sub unit ribosom tersebut dapat dipisahkan sehingga dapat penyusunnya dapat dideterminasis. Sub unitsub unit berasosiasi secara tegak iurus pada bagian sumbu dalam aiur yang memisahkannya.

20

Setiap sub unit dicirikan oleh koefisiensi sedimentasi yang dinyatakan dalam unit Svedberg (S). Sehingga koefisien sedimentasi dari prokariot adalah 70S untuk keseluruhan ribosom (50S untuk sub unit yang besar dan 30S untuk yang kecil). Untuk eukariot adalah 80S untuk keseluruhan ribosom (60S untuk sub unit besar dan 40S untuk yang kecil). Dimensi ribosom serta bentuk menjadi bervariasi. Pada prokariot, panjang ribosom adalah 29 nm dengan besar 21 nm. Dan eukariot, ukurannya 32 nm dengan besar 22 nm. Pada prokariot sub unitnya kecil, memanjang, bentuk melengkung dengan 2 ekstremitas, memiliki 3 digitasi, menyerupai kursi. Pada eukariot, bentuk sub unit besar menyerupai ribosom E. coli. b. Komposisi Kimia Asam nukleat ribosom: - Sub unit besar dibentuk dari protein dan RNA dalam kuantitas yang seimbang, mengandung 2 tipe rRNA, yakni: Satu rRNA 28S Satu rRNA SS

- Sub unit kecil mengandung r RNA 18s. Diketahui bahwa, dengan ketiadaan RNA 185, maka sub unit besar tidak dapat berasosiasi pada sub unit kecil. Sedangkan RNA 28s memungkinkan asosiasi tersebut. RNA SS melekat pada sequence asam nukleat ini yaitu tRNA. Bilamana

21

terbaca maka tRNA melekat pada site yang merupakan bagian RNA 285. Perpindahan dari tRNA yang melekat pada molekul mRNA menyebabkan pergerakan translasi mRNA masing-masing. Protein ribosomal a. Sub unit kecil (30S prokariot): 21 protein digambarkan berturut-turut dengan huruf S dan satu angka antara 1 dan 21 (S1, S2, S21). Berat moleku130.000 40.000 Dalton. Berada pada permukaan ribosom, mengelilingi rRNA. Protein memainkan peranan sebagai reseptor pada faktor pemanjangan sedangkan yang lainnya mengontrol transducti. b. Sub unit besar: 33 protein dikenal sebagai Li sampai L33. Terlibat dalam: Translokasi oleh adanya GTP (melekat pada ribosam) yang memberikan energi untuk memindahkan inRNA dan pembebasan tRNA asetil. Fiksasi (protein L7 dan L1z) dari suatu faktor pemanjangan (EF-6) Dalam pembentukan suatu ikatan peptida antar rantai peptida yang telah dibentuk dan suatu asetil-NH2 baru. Dalam konstruksi suatu alur longitudinal, menempatkan rantai protein dengan pembentukan dan melindunginya meiawan enzim proteolitik. Alur ini memiliki panjang sesuai dengan rantai polipeptida 35 asetilNH2.

22

SINTESIS PROTEIN Sebelum pembelahan sel, DNA di dalam kromosom mengganda sehingga setiap sel anak memiliki kromosom yang sama. DNA bertanggungjawab untuk mengkode semua protein. Setiap asam amino di kode oleh satu atau lebih triplet nukleotida. Kode ini dihasilkan dari satu untai DNA melalui proses yang disebut dengan transkripsi. Proses ini menghasilkan mRNA yang akan dibawa keluar dari inti untuk selanjutnya diterjemahkan menjadi protein. Hal ini dapat dilakukan karena pada sitoplasma terdapat kelompok ribosom yang disebut dengan poliribosom. Atau dapat dilakukan pada ribosom yang menempel pada reticulum endoplasma. Kode tersebut (gambar 4.4) kemudian diterjemahkan pada suatu struktur yang disebut ribosom yang juga dibuat di dalam inti. Ribosom ini merupakan tempat bagi mRNA di mana mRNA akan terikat. Asam amino untuk sintesis protein akan di bawa ketempat ini oleh RNA transfer (tRNA). Setiap tRNA memiliki triplet yang akan berikatan dengan urutan nuklotida yang sesuai pada mRNA. Sebagai contoh fenil alanin yang terikat pada tRNA yang miliki tiplet AAA (adenin-adenin-adenin) akan berikatan dengan urutan nukleotida yang sesuai pada mRNA yaitu UUU (urasil, urasil, urasil). Inisiasi Gambar 4.5 memperlihatkan proses inisiasi. Proses tersebut dimulai ketika ribosom subunit kecil berikatan dengan mRNA. Inisiator tRNA yang membawa

23

metionin berikatan pada daerah AUG yang mengkode asam amino metionin. Selanjutnya ribosom sub unit besar akan menempel Pada ribosom subunit kecil. Catatan, sisi A dan sisi P merupakan tempat pengikatan tRNA.

Elongasi Pada (gambar 4.6) terlihat bahwa komponen tRNA bergerak dari sisi A ke sisi P. Sisi A meruapakan tempat bagi tRNA berikitnya. Pada contoh ini adalah tRNA yang membawa prolin yang dibawa oleh tRNA yang memiliki kode GGC. tRNA ini akan berpasangan dengan urutan nukleotida CCG pada mRNA. Setelah menempel pada sisi A, metionin dan protein akan diikat oleh ikatan peptida. Selanjutnya tRNA yang pertama (yang membawa metionin) akan meninggalkan ribosom dan tRNA yang membawa prolin akan berpindah kesisi A. Ribosom selanjunya akan bergerak ke triplet berikutnya dengan arah 5' - 3' (ditunjukkan oleh arah panah pada mRNA). Sedangkan tRNA akan bergerak dari arah 3' 5 . Ribosom selanjutnya akan membaca kode dengan arah 5' - 3' dan menambahkan asam amino pada rantai peptide. Pada gambar tRNA yang membawa glisin yang dikode oleh CCA, berpasangan dengan basa GGU pada mRNA. Proses ini akan berjalan terus sampai mencapai stop codon. Pada (gambar 4.7) diperlihatkan dengan tanda merah. Akhir translasi (terminasi)

24

Ketika robosom mencapai stopkodon, dan tidak ada tRNA yang menempel maka ribosom sub uni kecil dan besar akan terpisah dan meninggalkan mRNA (gambar 4.8). Poliribosom Kelompok ribosom dapat menempel pada mRNA dan setiap ribosom mensintesis satu untui polipeptida.kelompok ini disebut dangan poliribosom. Ribosom merupakan suatu partikel ribonukleoprotein yang berukuran kecil (20 X 30 nm). Ribosom terdiri dari dua unit. Yang dihasilkan didalan nukleolus. Ribosom meninggalkan inti sebagai unit terpisah melalui pori inti. Ribosom utuh dibentuk di dalam sitoplasma. Penyatuan ribosom di ditoplasma adalah untuk mencegah terjadinya sintesis protein didalam inti. C. Badan Golgi (Aparatus Golgi) Badan Golgi (disebut juga aparatus Golgi, kompleks Golgi atau diktiosom) adalah organel yang dikaitkan dengan fungsi ekskresi sel, dan struktur ini dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya biasa. Organel ini terdapat hampir di semua sel eukariotik dan banyak dijumpai pada organ tubuh yang melaksanakan fungsi ekskresi, misalnya ginjal. Setiap sel hewan memiliki 10 hingga 20 badan Golgi, sedangkan sel tumbuhan memiliki hingga ratusan badan Golgi. Badan Golgi pada tumbuhan biasanya disebut diktiosom. Struktur badan Golgi berupa berkas kantung berbentuk cakram yang bercabang menjadi serangkaian pembuluh yang sangat kecil di ujungnya. Karena

25

hubungannya dengan fungsi pengeluaran sel amat erat, pembuluh mengumpulkan dan membungkus karbohidrat serta zat-zat lain untuk diangkut ke permukaan sel. Pembuluh itu juga menyumbang bahan bagi pembentukan dinding sel. Badan golgi dibangun oleh membran yang berbentuk tubulus dan juga vesikula. Dari tubulus dilepaskan kantung-kantung kecil yang berisi bahan-bahan yang diperlukan seperti enzim-enzim pembentuk dinding sel. Badan Golgi merupakan suatu bagian sel yang hampir serupa dengan Retikulum Endoplasma. Hanya saja, Badan Golgi terdiri dari berlapis-lapis ruangan yang juga ditutupi oleh membran. Badan Golgi mempunyai 2 bagian, yaitu bagian cis dan bagian trans. Bagian cis menerima vesikel-vesikel [vesicle] yang pada umumnya berasal dari Retikulum Endoplasma Kasar. Vesikel ini akan diserap ke ruanganruangan di dalam Badan Golgi dan isi dari vesikel tersebut akan diproses sedemikian rupa untuk penyempurnaan dan lain sebagainya. Ruangan-ruangan tersebut akan bergerak dari bagian cis menuju bagian trans. Di bagian inilah ruangan-ruangan tersebut akan memecahkan dirinya dan membentuk vesikel, dan siap untuk disalurkan ke bagian-bagian sel yang lain atau ke luar sel. Badan Golgi ditemukan oleh seorang ahli histologi dan patologi berkebangsaan Italia yang bernama Camillo Golgi tahun 1898 di dalam sitoplasma sel saraf. beberapa fungsi badan golgi antara lain :

26

1. Membentuk kantung (vesikula) untuk sekresi. Terjadi terutama pada sel-sel kelenjar kantung kecil tersebut, berisi enzim dan bahan-bahan lain. 2. Membentuk membran plasma. Kantung atau membran golgi sama seperti membran plasma. Kantung yang dilepaskan dapat menjadi bagian dari membran plasma. 3. Membentuk dinding sel tumbuhan 4. Fungsi lain ialah dapat membentuk akrosom pada spermatozoa yang berisi enzim untuk memecah dinding sel telur dan pembentukan lisosom. 5. Tempat untuk memodifikasi protein 6. Untuk menyortir dan memaket molekul-molekul untuk sekresi sel 7. Untuk membentuk lisosom. Dalam badan golgi terdapat variasi coated vesicle, antara lain: Clathrin-coated adalah yang pertama ditemukan dan diteliti. tersusun dari clathrin dan adaptin. interaksi lateral antara adaptin dengan clatrin membentuk formasi tunas. jika tunas clathrin sudah tumbuh, protein yang larut dalam sitoplasma termasuk dynamin akan membentuk cincin di setiap leher tunas dan memutusnya.

27

COPI-coated memaket tunas dari bagian pre-golgi dan antar cisternae. beberapa protein COPI-coat memperlihatkan sekuens yang bermiripan dengan adaptin, dapat diduga berasal dari evolusi yang bermiripan. COPII-coated memaket tunas dari retikulum endoplasma. Terdapat 2 protein dalam badan golgi. Protein Snare V-snare menuju T-snare dan akan bergabung. Tsnare adalah protein yang ada di target sedangkan V-snare adalah vesikel snare. Vsnare akan mencari T-snare dan kemudian akan berfusi menjadi satu. Protein Rab termasuk ke dalam golongan GTP-ase. protein Rab memudahkan dan mengatur kecepatan pelayaran vesikel dan pemasangan v-snare dan t-snare yang diperlukan pada penggabungan membran. Beberapa penelitian membuktikan bahwa AG tidak hanya berfungsi sebagai alat transport materi ke luar sel. Akan tetapi banyak reaksi yang berlangsung di dalam lumen AG, antara lain proses biosintesis- glikoprotein dan glikolipid yang dikatalisis oleh enzim glikosil transferase, kedua proses ini sering dinamakan glikosilasi. Di dalam AG juga terjadi proses penambaKan gugus sulfat pada karbohidrat yang dikatalisis oleh enzim sulfat tansferase. Seiain itu, di dalam lumen AG terjadi proses sintesis proteoglikan yang merupakan komponen matriks ekstra sel. Pada sel tumbuhan yang sedang membelah, AG berperanan dalam pembentukan komponen dinding sel yang baru.

28

Molekul-molekul protein dan lipid yang telah mengalami modifikasi kimiawi di dalam lumen AG akan di packing oleh membran Golgi dan ditransfer dalam bentuk vesikel. ' Ada tiga macam protein yang dihasilkan oleh Golgi, antara lain: 1) protein membran inti, membran plasma dan protein membran organel 2) protein sekretori yang disimpan dalam bentuk vesikel 3) protein enzim yang disimpan dalam vesikel (lisosom) D. Mitokondria Mitokondria adalah badan energi sel yang berisi protein dan benar-benar merupakan "gardu tenaga". "Gardu tenaga" ini mengoksidasi makanan dan mengubah energi menjadi adenosin trifosfat atau ATP. ATP menjadi agen dalam berbagai reaksi termasuk sistesis enzim. Mitokondria penuh selaput dalam yang tersusun seperti akordion dan meluaskan permukaan tempat terjadinya reaksi. (Sumber: Time Life, 1984) Wikipedia Indonesia, (ensiklopedia bebas berbahasa Indonesia; diakses pada 22 Agustus 2007) memberi pengertian mitokondria sebagai tempat di mana fungsi respirasi pada makhluk hidup berlangsung. Respirasi merupakan proses perombakan atau katabolisme untuk menghasilkan energi atau tenaga bagi berlangsungnya proses hidup. Dengan demikian, mitokondria adalah "pembangkit tenaga" bagi sel. Oleh karena itu mito kondria sering disebut sebagai The Power House.

29

Mitokondria merupakan penghasil (ATP) karena berfungsi sebagai tempat di mana respirasi pada makhluk hidup berlangsung. Bentuk mitokondria beraneka ragam, ada yang bulat, oval, silindris, seperti gada, seperti raket dan ada pula yang tidak beraturan. Namun secara umum dapat dikatakan bahwa mitokondria berbentuk butiran atau benang. Mitokondria mempunyai sifat plastis, artinya bentuknya mudah berubah. Ukuran seperti bakteri dengan diameter 0,5 1 m. Mitokondria baru terbentuk dari pertumbuhan serta pembelahan mitokondria yang telah ada sebelumnya (seperti pembelahan bakteri). Penyebaran dan jumlah mitokondria di dalam tiap sel tidak sama dari hanya satu hingga beberapa ribu. Pada sel sperma, mitokondria tampak berderet-deret pada bagian ekor yang digunakan untuk bergerak. Mitokondria banyak terdapat pada sel yang memilki aktivitas metabolisme tinggi dan memerlukan banyak ATP dalam jumlah banyak, misalnya sel otot jantung. Jumlah dan bentuk mitokondria bisa berbeda-beda untuk setiap sel. Struktur

mitokondria terdiri dari empat bagian utama, yaitu membran luar, membran dalam, ruang antar membran, dan matriks yang terletak di bagian dalam membran [Cooper, 2000]. Membran luar terdiri dari protein dan lipid dengan perbandingan yang sama serta mengandung protein porin yang menyebabkan membran ini bersifat permeabel terhadap molekul-molekul kecil yang berukuran 6000 Dalton. Dalam hal ini, membran luar mitokondria menyerupai membran luar bakteri gram-negatif. Selain

30

itu, membran luar juga mengandung enzim yang terlibat dalam biosintesis lipid dan enzim yang berperan dalam proses transpor lipid ke matriks untuk menjalani oksidasi menghasilkan Asetil KoA. Membran dalam yang kurang permeabel dibandingkan membran luar terdiri dari 20% lipid dan 80% protein. Membran ini merupakan tempat utama pembentukan ATP. Luas permukaan ini meningkat sangat tinggi diakibatkan banyaknya lipatan yang menonjol ke dalam matriks, disebut krista [Lodish, 2001]. Stuktur krista ini meningkatkan luas permukaan membran dalam sehingga meningkatkan

kemampuannya dalam memproduksi ATP. Membran dalam mengandung protein yang terlibat dalam reaksi fosforilasi oksidatif, ATP sintase yang berfungsi membentuk ATP pada matriks mitokondria, serta protein transpor yang mengatur keluar masuknya metabolit dari matriks melewati membran dalam. Ruang antar membran yang terletak diantara membran luar dan membran dalam merupakan tempat berlangsungnya reaksi-reaksi yang penting bagi sel, seperti siklus Krebs, reaksi oksidasi asam amino, dan reaksi -oksidasi asam lemak. Di dalam matriks mitokondria juga terdapat materi genetik, yang dikenal dengan DNA mitkondria (mtDNA), ribosom, ATP, ADP, fosfat inorganik serta ion-ion seperti magnesium, kalsium dan kalium Untuk kehidupan sel, mitokondria berperan menghasilkan energi yang digunakan untuk melakukan berbagai fungsi sel.

31

Semua jaringan dan sel yang hidup dengan berbagai derajat yang berbeda menurut fungsi masing-masing memerlukan energi dalam bentuk ATP yang dihasilkan mitokondria melalui proses fosforilasi oksidatif. Disfungsi mitokondria dapat terjadi pada semua sistem organ, maka manifestasi klinik kelainan mitokondria dapat bervariasi menurut organ yang terlibat. Gangguan ini bisa berupa gangguan fungsi sampai kerusakan sistem organ. Hal itu disampaikan oleh dr David Handojo Muljono dari Lembaga Biologi Molekuler Eijkman Jakarta dalam suatu seminar tentang Mitokondria. Dengan berkembangnya imunologi, diketahui bahwa kerusakan hati pada primary biliary cirrhosis (PBC) terjadi karena kerusakan mitokondria akibat antibodi terhadap protein mitokondria. Selanjutnya terungkap bahwa penyakit hati yang disebabkan oleh penimbunan lemak, terjadi melalui kerusakan mitokondria sel hati. Kelainan mitokondria ini terjadi sebagai akibat peningkatan sintesis asam lemak yang diikuti mekanisme kompensasi sel berupa fat disposal melalui esterifikasi lemak menjadi trigliserida dan oksidasi di tiga organel sel yakni mitokondria, peroksisom dan mikrosom. Kelainan pada mitokondria itu juga terjadi karena pembentukan bahan-bahan yang bersifat toksik terhadap berbagai protein respirasi, fosfolipid dan DNA mitokondria. Selain akibat penimbunan lemak, kelainan mitokondria pada penyakit hati juga diakibatkan pengaruh obat. Obat merupakan bahan kimia yang bekerja dengan

32

berbagai cara yakni langsung pada reseptor, memodulasi enzim atau berikatan dengan protein sel untuk menimbulkan efek baru. Di lain pihak, hati merupakan organ yang bertugas menetrasisasi bahan-bahan toksik yang memasuki tubuh. Kegagalan suatu sistem akan menyebabkan akumulasi bahan tertentu yang akan merupakan bahan toksis untuk enzim pada organel tertentu atau pada organel berikutnya. E. Badan Mikro Badan mikro hampir menyerupai lisosom, berbentuk agak bulat, diselubungi membrane tunggal, dan di dalamnya berisi enzim katalase dan oksidase. Disebut badan mikro karena ukurannya yang kecil, hanya bergaris tengah 0,3-1,5 m. Terdapat dua tipe badan mikro, yaitu peroksisom dan glioksisom. Peroksisom terdapat pada sel hewan, fungi, dan daun tanaman tingkat tinggi. Peroksisom berperan dalam oksidasi substrat menghasilkan H2O2 (bersifat racun bagi sel) yang selanjutnya dipecah menjadi H2O+O2. peroksisom penting dalam penyerapan cahaya dan respirasi sehingga berhubungan erat dengan kloroplas dan mitokondria. Peran lain peroksisom selain melindungi sel dari H2O2, juga berperan dalam perubahan lemak menjadi karbohidrat dan perubahan purin dalam sel. Glioksisom terdapat pada sel tanaman, terutama terdapat pada jaringan yang mengandung lemak, misalnya bijibijian yang mengandung lemak. Fungsi glioksisom yaitu berperan dalam metabolisme asam lemak dan tempat terjadinya siklus glioksilat. Untuk keperluan

33

proses tersebut,glioksisom menghasilkan enzim-enzim dan glioksilat, termasuk di dalamnya enzim katalase dan glikolat oksidase. Peroksisom adalah kantong yang memiliki membran tunggal. Peroksisom berisi berbagai enzim dan yang paling khas ialah enzim katalase. Katalase berfungsi mengkatalisis perombakan hydrogen peroksida (H2O2). Hidrogen peroksida merupakan produk metabolism sel yang berpotensi membahayakan sel. Peroksisom juga berperan dalam perubahan lemak menjadi karbohidrat. Peroksisom terdapat pada sel tumbuhan dan sel hewan. Pada hewan, peroksisom banyak terdapat di hati dan ginjal, sedang pada tumbuhan peroksisom terdapat dalam berbagai tipe sel. Glioksisom hanya terdapat pada sel tumbuhan, misalnya pada lapisan aleuron biji padi-padian. Aleuron merupakan bentuk dari protein atau kristal yang terdapat dalam vakuola. Glioksisom sering ditemukan di jaringan penyimpan lemak dari biji yang berkecambah. Glioksisom mengandung enzim pengubah lemak menjadi gula. Proses perubahan tersebut menghasilkan energi yang diperlukan bagi perkecambahan. F. Plastida Plastida adalah organel sel yang menghasilkan warna pada sel tumbuhan. Tidak terdapat pada hewan, fungi, maupun prokariota seperti bakteri dan ganggang hijau-biru. Bentuk plastida bulat, oval, atau cakram. Diameternya antara empat sampai enam micrometer. Organel ini mempunyai membrane rangkap yang disebut amplop. Di dalam amplop terdapat system membrane dan matriks.

34

ada tiga macam plastida, yaitu : - leukoplast adalah plastida yang tidak mengandung pigmen dan berfungsi sebagai tempat penyimpanan atau sebagai gudang. Berdasarkan bahan yang dikandung, leukoplas dapat di bedakan atas: a). amiloplas, bila bahan yang disimpan di dalamnya berupa tepung atau amilum b). elaioplas, bila bahan yang disimpan di dalamnya berupa minyak c). aleuroplas, bila bahan yang disimpan berupa protein. - kloroplast : plastida yang umumnya berwarna hijau. terdiri dari : klorofil a dan b (untuk fotosintesis).

- kromoplast : plastida yang mengandung pigmen yang bukan pigmen fotosintesis, misalnya: Fikosianin menimbulkan warna biru misalnya pada Cyanophyta. Fikoeritrin menimbulkan warna merah misalnya pada Rhodophyta. Karoten menimbulkan warna keemasan misalnya pada wortel dan Chrysophyta. Xantofil menimbulkan warna kuning misalnya pada daun yang tua. Fukosatin menimbulkan warna pirang misalnya pada Phaeophyta. G. Lisosom

35

Lisosom adalah organel sel berupa kantong terikat membran yang berisi enzim hidrolitik yang berguna untuk mengontrol pencernaan intraseluler pada berbagai keadaan. Lisosom ditemukan pada tahun 1950 oleh Christian de Duve dan ditemukan pada semua sel eukariotik. Di dalamnya, organel ini memiliki 40 jenis enzim hidrolitik asam seperti protease, nuklease, glikosidase, lipase, fosfolipase, fosfatase, ataupun sulfatase. Semua enzim tersebut aktif pada pH 5. Fungsi utama lisosom adalah endositosis, fagositosis, dan autofagi. - Endositosis ialah pemasukan makromolekul dari luar sel ke dalam sel melalui mekanisme endositosis, yang kemudian materi-materi ini akan dibawa ke vesikel kecil dan tidak beraturan, yang disebut endosom awal. Beberapa materi tersebut dipilah dan ada yang digunakan kembali (dibuang ke sitoplasma), yang tidak dibawa ke endosom lanjut. Di endosom lanjut, materi tersebut bertemu pertama kali dengan enzim hidrolitik. Di dalam endosom awal, pH sekitar 6. Terjadi penurunan pH (5) pada endosom lanjut sehingga terjadi pematangan dan membentuk lisosom. - Proses autofagi digunakan untuk pembuangan dan degradasi bagian sel sendiri, seperti organel yang tidak berfungsi lagi. Mula-mula, bagian dari retikulum endoplasma kasar menyelubungi organel dan membentuk autofagosom. Setelah itu, autofagosom berfusi dengan enzim hidrolitik dari trans Golgi dan berkembang menjadi lisosom (atau endosom lanjut). Proses ini berguna pada sel hati, transformasi berudu menjadi katak, dan embrio manusia.

36

- Fagositosis merupakan proses pemasukan partikel berukuran besar dan mikroorganisme seperti bakteri dan virus ke dalam sel. Pertama, membran akan membungkus partikel atau mikroorganisme dan membentuk fagosom. Kemudian, fagosom akan berfusi dengan enzim hidrolitik dari trans Golgi dan berkembang menjadi lisosom (endosom lanjut). Berbagai kelainan turunan yang disebut sebagai penyakit penyimpangan lisosom (lysosomal storage disease) mempengaruhi metabolism lisosom. Seseorang yang ditimpa penyakit penyimpangan ini kekurangan salah satu enzim hidrilitik aktif yang secara normal ada dalam lisosom. Lisosom melahap substat yang tidak tercerna yang mulai mengganggu fungsi seluler lainnya. Pada penyakit Pompe misalnya, hati dirusak oleh akumulasi glikogenakibat ketiadaan enzil lisosomyang dibutuhkan untuk memecah polisakarida. Pada penyakit Tay-Sachs, enzim pencerna lipid hilang atau inaktif, dan otak dirusak oleh akumulasi lipid dalam sel. Untunglah penyakit penyimpangan ini jarang ada pada populasi umum. Pada masa mendatang mungkin kita dapat mengobati penyakit penyimpangan ini dengan menyuntikkan enzim yang hilang bersama dengan molekul adaptor yang menargetkan enzim-enzim untuk penelanan oleh sel dan penggabungan dengan lisosom. Pembentukan lisosom Enzim lisosom adalah suatu protein yang diproduksi oleh ribosom dan kemudian masuk ke dalam RE. Dari RE enzim dimasukkan ke dalam membran

37

kemudian dikeluarkan ke sitoplasma menjadi lisosom. Selain ini ada juga enzim yang dimasukkan terlebih dahulu ke dalam golgi. Oleh golgi, enzim itu dibungkus membran kemudian dilepaskan di dalam sitoplasma. Jadi proses pembentukan lisosom ada dua macam, pertama dibentuk langsung oleh RE dan kedua oleh golgi. H. Sitoskeleton sitoskeleton berupa rangkaian benang-benang yang tersusun atas silium dan flagellum dan berfungsi sebagai penyokong sel serta mempertahankan bentuk sel. Hal ini terutama penting bagi sel hewan karena sel hewan tidak mempunyai dinding sel. Benang-benang sitoskeleton tidak hanya merupakan tulang sel, tapi juga merupakan otot. Benang penyusun sitoskeleton dapat dibedakan atas 3 jenis benang,yaitu mikrotubul(merupakan benang yang paling tebal),mikrofilamen (sering juga disebut filament aktin, merupakan benang yang tipis), dan filament antara (merupakan benang yang berukuran di antara mikrotubul dan mikrofilamen).

I.

Mikrofilamen atau filamen aktin

Mikrofilamen adalah rantai ganda protein yang saling bertaut dan tipis, terdiri dari protein yang disebut aktin. Mikrofilamen berdiameter antara 5-6 nm. Karena kecilnya sehingga pengamatannya harus menggunakan mikroskop elektron. Mikrofilamen seperti mikrotubulus (pengertian mikrotubulus dibawah), tetapi lebih lembut. Terbentuk dari komponen utamanya yaitu protein aktin dan miosin

38

(seperti pada otot). Mikrofilamen berperan dalam pergerakan sel k. dan peroksisom (Badan Mikro). Organel ini senantiasa berasosiasi dengan organel lain, dan banyak mengandung enzim oksidase dan katalase (banyak disimpan dalam sel-sel hati). J. Mikrotubulus Mikrotubulus berbentuk benang silindris, kaku, berfungsi untuk

mempertahankan bentuk sel dan sebagai "rangka sel". Contoh organel ini antara lain benang-benang gelembung pembelahan. Selain itu mikrotubulus berguna dalam pembentukan sentriol, flagela dan silia. Sentriol berbentuk silindris dan disusun oleh mikrotubulus yang sangat teratur. Pada saat membelah, sentriol akan membentuk benang-benang gelendong inti. Silia dan flagella merupakan tonjolan yang dapat bergerak bebas dan dijulurkan. Pengertian lain, mikrotubulus adalah rantai protein yang berbentuk spiral. Spiral ini membentuk tabung berlubang. Mikrotubulus tersusun atas bola-bola molekul yang disebut tubulin. Diameter mikrotubulus kira-kira 25 nm. Mikrotubulus merupakan serabut penyusun sitoskeleton terbesar. Mikrotubulus mempunyai fungsi mengarahkan gerakan komponen-komponen sel, mempertahankan bentuk sel, serta membantu pembelahan sel secara mitosis. K. Filamen antara (Serabut antara)

39

Filamen antara adalah rantai molekul protein yang berbentuk untaian yang saling melilit. Filamen ini berdiameter 8-10 nm. Disebut serabut antara karena berukuran diantara ukuran mikrotubulus dan mikrofilamen. Serabut ini tersusun atas protein yang disebut fimetin. Akan tetapi, tidak semua sel tersusun atas fimetin, contohnya sel kulit tersusun oleh protein keratin. Perbedaan Sel Hewan dan Sel Tumbuhan 1. Sel Hewan : * tidak memiliki dinding sel * tidak memiliki butir plastid * bentuk tidak tetap karena hanya memiliki membran sel yang keadaannya tidak kaku * jumlah mitokondria relatif banyak * vakuolanya banyak dengan ukuran yang relatif kecil * sentrosom dan sentriol tampak jelas 2. Sel Tumbuhan * memiliki dinding sel * memiliki butir plastid

40

* bentuk tetap karena memiliki dinding sel yang terbuat dari cellulose * jumlah mitokondria relatif sedikit karena fungsinya dibantu oleh butir plastid * vakuola sedikit tapi ukurannya besar * sentrosom dan sentriolnya tidak jelas 1. Dinding sel Dinding sel hanya terdapat pada sel tumbuhan. Dinding sel terdiri daripada selulosa yang kuat yang dapat memberikan sokongan, perlindungan, dan untuk mengekalkan bentuk sel. Terdapat liang pada dinding sel untuk membenarkan pertukaran bahan di luar dengan bahan di dalam sel. Dinding sel itu tipis, berlapislapis, dan pada tahap awalnya lentur. Lapisan dasar yang terbentuk pada saat pembelahan sel terutama adalah pektin, zat yang membuat agar-agar mengental. Lapisan inilah yang merekatkan sel-sel yang berdekatan. Setelah pembelahan sel, tiap belahan baru membentuk dinding dalam dari serat selulosa. Dinding ini terentang selama sel tumbuh serta menjadi tebal dan kaku setelah tumbuhan dewasa. (Sumber: Time Life, 1984). Pada dinding sel ada bagian yang tidak menebal, yaitu bagian yang disebut noktah. Melalui noktah ini terjadi hubungan antara antara sitoplasma satu dengan

41

yang lain yang disebut plasmodesmata. Plasmodesmata berupa juluran plasma, yang berfungsi menjadi pintu keluar masuknya zat. Sebagian besar isi dari sel berupa air. Tekanan air atau isi sel terhadap dinding sel disebut tekanan turgor. Dinding sel dan vakuola berperan dalam turgiditas sel. Dinding sel adalah struktur di luar membran plasma yang membatasi ruang bagi sel untuk membesar. Dinding sel merupakan ciri khas yang dimiliki tumbuhan, bakteri, fungi (jamur), dan alga, meskipun struktur penyusun dan kelengkapannya berbeda. Dinding sel menyebabkan sel tidak dapat bergerak dan berkembang bebas, layaknya sel hewan. Namun demikian, hal ini berakibat positif karena dindingdinding sel dapat memberikan dukungan, perlindungan dan penyaring (filter) bagi struktur dan fungsi sel sen Dinding sel terbuat dari berbagai macam komponen, tergantung golongan organisme. Pada tumbuhan, dinding-dinding sel sebagian besar terbentuk oleh polimer karbohidrat (pektin, selulosa, hemiselulosa, dan lignin sebagai penyusun penting) dan garam karbonat, silikat dari Ca dan Mg. Pada bakteri, peptidoglikan (suatu glikoprotein) menyusun dinding sel. Fungi memiliki dinding sel yang terbentuk dari kitin. Sementara itu, dinding sel alga terbentuk dari glikoprotein, pektin, dan sakarida sederhana (gula).diri. Dinding sel mencegah kelebihan air yang masuk ke dalam sel. Dinding sel juga berfungsi untuk menyokong tumbuhan yang tidak berkayu. 2. Vakuola

42

Vakuola merupakan ruang dalam sel yang berisi cairan (cell sap dalam bahasa Inggris). Cairan ini adalah air dan berbagai zat yang terlarut di dalamnya. Vakuola ditemukan pada semua sel tumbuhan namun tidak dijumpai pada sel hewan dan bakteri, kecuali pada hewan uniseluler tingkat rendah. .Vakuola ini diselimuti oleh membran tonoplas. Vakuola besar sel tumbuhan berkembang dengan adanya penggabungan dari vakuola-vakuola yang lebih kecil, yang diambil dari retikulum endoplasma dan aparatus golgi. Melalui hubungan ini, vakuola merupakan bagian terpadu dari sistem endomembran. Pada beberapa spesies dikenal adanya vakuola kontraktil dan vakuola non kontraktil. Protista mirip hewan (protozoa), memiliki vakuola kontraktil atau vakuola berdenyut yang menetap. Vakuola kontraktil berfungsi sebagai osmoregulator, yaitu pengatur nilai osmotik sel atau ekskresi. Vakuola non kontraktil atau vakuola makanan berfungsi mencerna makanan dan mengedarkan hasil pencernaan. Vakuola berisi: gas, asam amino, garam-garam organik,

43

glikosida, tanin (zat penyamak), minyak eteris (misalnya jasmine pada melati, roseine pada mawar zingiberine pada jahe), alkaloid (misalnya kafein pada biji kopi, kinin pada kulit kina, nikotin pada daun tembakau, tein pada daun teh, teobromin pada buah atau biji coklat, solanin pada umbi kentang, likopersin dan lain-lain), enzim, butir-butir pati. fungsi vakuola adalah : 1. memelihara tekanan osmotik sel 2. penyimpanan hasil sintesa berupa glikogen, fenol, dll 3. mengadakan sirkulasi zat dalam sel 3. Sentriol (sentrosom) Sentorom merupakan wilayah yang terdiri dari dua sentriol (sepasang sentriol) yang terjadi ketika pembelahan sel, dimana nantinya tiap sentriol ini akan bergerak ke

44

bagian kutub-kutub sel yang sedang membelah. Pada siklus sel di tahapan interfase, terdapat fase S yang terdiri dari tahap duplikasi kromoseom, kondensasi kromoson, dan duplikasi sentrosom. Terdapat sejumlah fase tersendiri dalam duplikasi sentrosom, dimulai dengan G1 dimana sepasang sentriol akan terpisah sejauh beberapa mikrometer. Kemudian dilanjutkan dengan S, yaitu sentirol anak akan mulai terbentuk sehingga nanti akan menjadi dua pasang sentriol. Fase G2 merupakan tahapan ketika sentriol anak yang baru terbentuk tadi telah memanjang. Terakhir ialah fase M dimana sentriol bergerak ke kutub-kutub pembelahan dan berlekatan dengan mikrotubula yang tersusun atas benang benang spindel.

45

BAB III KESIMPULAN

Bagian utama penyusun sel ialah membrane plasma, nucleus ( inti sel), dan sitoplasma. Sedangkan organel-organel lain di antaranya ialah reticulum endoplasma (RE), ribosom, kompleks golgi, mitokondria, badan mikro, plastida, lisosom, dan sitoskeleton. Membrane plasma tersusun dari dua lapis molekul fosfolipid di bagian tengah dan selapis molekul protein di masing-masing bagian tepi. Konstruksi membrane yang terdiri dari protein-lipid-protein tersebut dinamakan satuan membrane. Nucleus mengandung nucleolus (anak inti) dan nukleoplasma. Dalam nukleoplasma terdapat kromosom yang mengandung substansi genetic. Fungsi nucleus adalah mengontrol seluruh aktivitas sel dan pewarisan factor keturunan. Sitoplasma merupakan plasma yang terletak di antara membrane plasma dan nucleus, terdiri dari matriks yang disebut sitosol, dan organel.

46

Reticulum endoplasma yang memiliki ribosom disebut RE kasar yang fungsinya untuk transport dan sintesis protein, sedangkan yang tidak memiliki ribosom disebut RE halus yang berfungsi untuk transport serta sintesis lemak dan steroid. Ribosom merupakan partikel yang kampak/padat, terdiri dari

ribonukleoprotein, melekat atau tidak pada permukaan external dari membran RE, yang memungkinkan sintesa protein. Ribosom terdiri dari nucleoprotein yang tersusun atas rRNA dan protein. Bentuknya universal, pada potongan longitudinal berbentuk elips. Pada teknik pewarnaan negatif, tampak adanya satu alur transversal, tegak lurus pada sumbu, terbagi dalam dua sub unit yang memiliki dimensi berbeda. Kompleks Golgi Badan Golgi (disebut juga aparatus Golgi, kompleks Golgi atau diktiosom) adalah organel yang dikaitkan dengan fungsi ekskresi sel, dan struktur ini dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya biasa. berfungsi untuk sekresi polisakarida, protein, dan lendir. Mitokondria merupakan penghasil (ATP) karena berfungsi sebagai tempat di mana respirasi pada makhluk hidup berlangsung. Bentuk mitokondria beraneka ragam, ada yang bulat, oval, silindris, seperti gada, seperti raket dan ada pula yang tidak beraturan. Namun secara umum dapat dikatakan bahwa mitokondria berbentuk butiran atau benang. Mitokondria mempunyai sifat plastis, artinya bentuknya mudah berubah. Mitokondria berperan dalam respirasi sel serta tranpor electron.

47

Glioksisom dan peroksisom merupakan komponen badan mikro. Fungsi glioksisom untuk metabolisme lemak, sedangkan peroksisom berperan dalam metabolisme glikolat hasil fotosintesis. Plastida terbagi menjadi proplastida, leukoplas, kromoplas, dan kloroplas. Berdasarkan kandungan bahannya, leukoplas dibedakan atas amiloplas, elaioplas, dan aleuroplas. Lisosom adalah organel sel berupa kantong terikat membran yang berisi enzim hidrolitik yang berguna untuk mengontrol pencernaan intraseluler pada berbagai kegiatan yang membutuhkan enzim. Sitoskeleton berfungsi sebagai penyokong sel dan mempertahankan bentuk sel. Komponen penyusun sitoskeleton adalah mikrotubul, mikrofilamen, dan sel. Komponen penyusun sitoskeleton adalah mikrotubul, mikrofilamen, dan filamen antara untuk memperkuat bentuk sel dan menetapkan posisi organel tertentu. Dinding sel, plastida, dan vakuola besar hanya terdapat pada sel tumbuhan, sedangkan sentriol hanya terdapat pada sel hewan. Dinding sel tersusun dari selulosa yang bersifat permeable, dan vakuola dilapisi tonoplas yang bersifat semipermeabel. Sentriol berfungsi untuk pergerakkan kromatid atau kromosom pada proses pembelahan inti.

48

SITASI PUSTAKA

Struktur membran sel yaitu model mozaik fluida (Singer dan Nicholson ,1972).

Mitokondria penuh selaput dalam yang tersusun seperti akordion dan meluaskan permukaan tempat terjadinya reaksi (Time Life, 1984).

mitokondria sebagai tempat di mana fungsi respirasi pada makhluk hidup berlangsung (Wikipedia Indonesia, 2007).

Mitokondria banyak terdapat pada sel yang memilki aktivitas metabolisme tinggi dan memerlukan banyak ATP dalam jumlah banyak, misalnya sel otot jantung. Jumlah dan bentuk mitokondria bisa berbeda-beda untuk setiap sel. Struktur mitokondria terdiri dari empat bagian utama, yaitu membran luar, membran dalam, ruang antar membran, dan matriks yang terletak di bagian dalam membran [Cooper, 2000].

49

Membran dalam yang kurang permeabel dibandingkan membran luar terdiri dari 20% lipid dan 80% protein. Membran ini merupakan tempat utama pembentukan ATP. Luas permukaan ini meningkat sangat tinggi diakibatkan banyaknya lipatan yang menonjol ke dalam matriks, disebut krista [Lodish, 2001]. Setelah pembelahan sel, tiap belahan baru membentuk dinding dalam dari serat selulosa. Dinding ini terentang selama sel tumbuh serta menjadi tebal dan kaku setelah tumbuhan dewasa (Time Life, 1984).

50

Table.1.1 Karakteristik Mikrotubul, Mikrofilamen, dan Filament Antara Sifat Struktur Mikrotubul Berupa tabung/pipa: Dinding tersusun dari 13 kolom protein tubulin 25 nm -tubulin -tubulin Motilitas sel; Gerak kromosom; Penempatan dan pergerakkan organel; Mempertahankan bentuk sel Mikrofilamen Berupa dua untaian aktin 7 nm 6- aktin Kontraksi otot; Gerak ameboid; Pembelahan sel( formasi alur pembelahan); Mempertahankan bentuk sel;mengubah bentuk sel Filamen antara Berupa tabung/pipa

Diameter Monomer Fungsi

8-10 nm 5 protein yang berbeda, tergantung pada jenis selnya Fungsi structural sitoskeleton; Mempertahankan bentuk sel

Perbedaan sel tumbuhan, sel hewan, dan sel bakteri


Table 1.2 Perbedaan sel tumbuhan, hewan dan bakteri Sel tumbuhan, sel hewan, dan sel bakteri mempunyai beberapa perbedaan seperti berikut: Sel tumbuhan Sel hewan Sel bakteri

51

Sel tumbuhan lebih besar daripada sel hewan. Mempunyai bentuk yang tetap. Mempunyai dinding sel [cell wall] dari selulosa.

Sel hewan lebih kecil daripada sel tumbuhan. Tidak mempunyai bentuk yang tetap. Tidak mempunyai dinding sel [cell wall].

Sel bakteri sangat kecil. Mempunyai bentuk yang tetap. Mempunyai dinding sel [cell wall] dari lipoprotein. Tidak mempunyai plastida.

Mempunyai plastida. Tidak mempunyai plastida. Tidak mempunyai vakuola [vacuole], Mempunyai vakuola walaupun terkadang sel beberapa hewan [vacuole] atau uniseluler memiliki vakuola (tapi tidak rongga sel yang sebesar yang dimiliki tumbuhan). Yang besar. biasa dimiliki hewan adalah vesikel atau [vesicle]. Menyimpan tenaga Menyimpan tenaga dalam bentuk butiran dalam bentuk butiran (granul) glikogen. (granul) pati. Tidak Mempunyai sentrosom Mempunyai sentrosom [centrosome]. [centrosome]. Tidak memiliki Memiliki lisosom [lysosome]. lisosom [lysosome]. Nukleus lebih kecil Nukleus lebih besar daripada vesikel. daripada vakuola.

Tidak mempunyai vakuola.

Tidak Mempunyai sentrosom [centrosome].

Tidak memiliki nukleus dalam arti sebenarnya.

Tabel 1.3 Perbedaan pertumbuhan dan perkembangan sel hewan dan tanaman Secara umum, perbedaan tersebut dapat dinyatakan sebagai berikut: Hewan Terdapat sentriol Tidak ada pembentukan dinding sel Ada kutub animal dan vegetal Tumbuhan Tidak ada sentriol Terdapat sitokinesis dan pembentukan dinding sel Tidak ada perbedaan kutub embriogenik, yang ada semacam epigeal dan hipogeal

52

Jaringan sel hewan bergerak menjadi bentuk yang berbeda Terdapat proses gastrulasi Tidak terdapat jaringan embrionik seumur hidup Terdapat batasan pertumbuhan (ukuran tubuh)

Jaringan sel tumbuhan tumbuh menjadi bentuk yang berbeda Terdapat proses histodifferensiasi Meristem sebagai jaringan embrionik seumur hidup Tidak ada batasan pertumbuhan, kecuali kemampuan akar dalam hal menopang berat tubuh bagian atas

Apoptosis untuk perkembangan Tidak ada "Apoptosis", yang ada lebih ke arah jaringan, melibatkan mitokondria dan proteksi diri, tidak melibatkan mitokondria caspase

53

Gambar 1 bagian-bagian sel

Gambar 1 Membrane plasma

54

Gambar 1.1 Phospolipid Bilayer (sumber : www.prism.gatech.edu)

Gambar 2 Nukleus

55

Gambar 2.1 Struktur nukleus

Gambar 2.2 Struktur Membran Inti (sumber: micro.magnet.fsu.edu)

Gambar 2.3 Struktur Pori Nuklues (Sumber: micro.magnet.fsu.edu)

56

Gambar 2.4 Nukleolus (Sumber: ibiblio.org)

Gambar 2.5 Kromatin dan Kromosom (sumber: micro.magnet.fsu.edu)

57

Gambar 2.6 Struktur Untai Ganda DNA (sumber: sinauislam)

Gambar 2.7 Struktur DNA (Sumber:library.thinkquest.org )

58

Gambar 3 Retikulum Endoplasma

Gambar 4 Ribosom

59

Gambar 4.1 Ribosom, memiliki 2 sub unit besar dan kecil

Gambar 4.2 Ribosom. Sub Unit Kecil dan besar bersatu

60

Gambar 4.3 Ribosom melekat pada RE dan ribosom bebas

Gambar 4.4

61

Gambar 4.5

Gambar 4.6

62

Gambar 4.7

Gambar 4.8

Gambar 5 Kompleks Golgi

63

Gambar 6 Mitokondria

Gambar 6.1 Struktur mitokondria

64

Gambar 7. Lisosom, tampak pada sel

Gambar 7.1 Penampang Peroksisom (Salah satu Badan mikro)

65

Gambar 7.2. Pembentukan Lisosom dan Aktivitasnya

Gambar 8. Kloroplas (merupakan salah satu jenis plastida pada tumbuhan).

66

Gambar 8.1 Kloroplas dan Klorofil

Gambar 9 Struktur Mikrotubulus (Salah satu sitoskeleton)

67

Gambar 9.1 Bagian-bagian dari Mikrotubulus

Gambar 10 Penampang Sel Hewan

68

Gambar 11 Sel Tumbuhan

Gambar 11.1 Struktur sel tumbuhan Keterangan: 1. kloroplas 2. vakuola 3. nukleus a. plasmodesmata b. membran plasma c. dinding sel d. membran tilakoid e. amilum f. vakuola g. tonoplas h. mitokondrion (mitokondria) i. peroksisoma j. sitoplasma k. vesikel kecil bermembran l. retikulum endoplasma kasar m. pori-pori nukleus n. membran inti o. nukleolus p. ribosom q. retikulum endoplasma halus r. vesikel golgi s. badan golgi t. sitoskeleton

Gambar 12. Sentriol

DAFTAR PUSTAKA Purnomo,dkk. 2005. Biologi Kelas XI. Jakarta: Sunda Kelapa Pustaka. Supeni, Tri.dkk. 1996. Buku Pelajaran SMU Biologi. Jakarta: Erlangga.

LAMPIRAN

Ribosom

merupakan suatu partikel ribonukleoprotein yang berukuran kecil (20 X 30 nm). Ribosom terdiri dari dua unit.

Kodon inisiasi :

Uruttan DNA tertentu yaikni AUG yang mengkode asam amino metionin yang mengawali terjadinya sintesis protein.

Kodon

Tiga urutan basa nitrogen pada mRNA yang mengkode asam amino tertentu

Antikodom

Tiga urutan basa nitrogen pada tRNA yang akan berpasangan dengan kodom pada mRNA dalam proses sintesis protein

Stop kodon

Kodon yang tidak mengkode asam amino