Anda di halaman 1dari 12

BAHAN AJAR BIOKIMIA

PROTEIN
Proicin mcrualan lomoncn uiama scl Icwan aiau manusia. OlcI
larcna scl mcrualan cnyusun iuluI liia, mala roicin yang icrdaai
dalam malanan lcrfungsi sclagai zai uiama dalam cmlcniulan dan
criumluIan iuluI (Anna Pocdjadi,2005}.
Proicin scndiri mcrualan malromolclul yang aling lcrlimaI di
dalam scl dan mcnyusun lcliI dari scicngaI lcrai lcring ada Iamir scmua
organismc. Proicin adalaI insirumcn yang mcngclsrcsilan informasi gcnciil
(LcIningcr, 1982}.
Proicin icrdiri dari asam amino yang mcmlcniul olimcr yang
diIulunglan dcngan ilaian ciida (Agarwal ci al. 2008}.

Asam amino sccrii iclaI discluilan di aias mcrualan monomcr
cnyusun olimcr roicin. Fungsi dari asam amino adalaI sclagai ;
Pcnyusun roicin
crangla dasar scjumlaI scnyawa cniing dalam mcialolism (
viiamin, Iormonc, dan asam nullcai }
Pcngilai ion logam cniing yang dicrlulan dalam rcalsi
cnzimaiil ( lofalior }.
Asam amino lisa juga disclui sclagai asam larlolsilai yang
mcmunyai gugus amino. Asam amino yang icrdaai sclagai lomoncn
roicin mcmunyai gugus NH2 ada aiom larlon - dari osisi gugus COOH.



Fa Faniai saming
Ania Cugus larlolsil



Cugus amina

Sccara umum, ada asam amino scluaI aiom C mcngilai cmai gugus
yaiiu . gugus larlolsil, gugus amina, saiu luaI aiom Iydrogcn dan saiu
gugus sisa (raniai saming, gugus F}. Faniai saming ada asam amino
(gugus F} yang lcrlcda-lcda ada asam amino mcncniulan siruliur,
uluran, muaian clcliril dan sifai lclaruian dalam air.
Aias dasar siruliur raniai saming ini, mala asam amino dilagi dalam
7 lclomol .
1. Mcrualan raniai larlon yang alifaiil
2. Mcngandung gugus Iidrolsil
3. Mcngandung aiom lclcrang
4. Mcngandung gugus asam aiau amidanya
5. Mngandung gugus lasa
6. Mcngandung cincin aromaiic
7. Mcmlcniul ilaian dcngan aiom N ada gugus amino.

SIFAT-SIFAT ASAM AMINO

1. crsifai oiic aliif ( lccuali Clysin}
Yaiiu daai mcmuiar lidang caIaya icrolarisasi ( liral }
2. Larui dalam clarui air dan iidal iidal larui dalam clarui organic
non olar sccrii cicr
3. Tiiil didiI dan iiiil lclur iinggi.
4. Sifai 2 dan 3 mcnunjullan laIwa asam amino ccndcrung
mcmunyai siruliur yang lcrmuaian dan mcmunyai olariias
iinggi.
5. crsifai clclirolii.
6. Dalam air mcmlcniul zwiiicr ion, icrganiung cnamlaIan zainya.
Jila diiamlaI lasa alan asam amino alan icrdaai dalam lcniul (I}
larcna lonscnirasi ion OH
-
iinggi mamu mcngilai ion-ion H+ yang
icrdaai ada gugus NH3
+
. Sclalilnya jila diiamlaIlan asam,
mala lonscnirasi H+ yang iinggi mamu lcrilaian dcngan ion
COO-, scIingga icrlcniul gugus COOH. ( dalam lcniul II}.





PEPTIDA
Ilaian ciida yalni raniai cndcl dari dua aiau lcliI asam amino yang
diIulunglan olcI ilaian lovalcn.

P
2
nCPCCC


8
ualam keadaan basa (l)
+
P
3
nCPCCCP
8
ualam keadaan asam(ll)
STRUKTUR PROTEIN
crdasarlan siruliurnya, roicin dilagi mcnjadi 4 lcniul, yaiiu .
siruliur rimcr
Siruliur rimcr. Siruliur rimcr didcfinisilan sclagai lcniul linicr dari
susunan raniai oliciida asam amino (Agarwal, 2008; LcIningcr,
1982}, sirulur rimcr mcnunjulan jumlaI, jcnis, dan uruian asam
amino dalam molclul roicin (Pocdjiadi, 1994}.
Hanya mcmunyai ilaian ciidc.


Siruliur sclundcr
crlcniul siral, disclui --Iclis. Diiandai dcngan adanya ilaian
Iydrogcn aniara asam amino dalam raniai ciidc.


Siruliur icrsicr
Siruliur ini icrlcniul aalila saiu uniaian --Iclils mcliai dan
lcrsilang lclcraa lali scIingga icrlcniul gumalan. Didalamnya
icrjadi ilaian ciidc, ilaian Iydrogcn, clclirosiaiil, dan ilaian
Vandcrwaals.



Siruliur luaricncr
Siruliur ini mcnunjullan crscluiuan unii-unii roicin. Siruliur ini
icrdiri dari lclcraa raniai oliciida yang icrisaI yang lcrinicralsi
mcmlcnil crscluiuan

PENCCOLONCAN PFOTEIN
1. crdasarlan lcniul dan sifai sifai fisil icricniu
Proicin Clolular.
Faniai oliciida lcrliai-liai mcmlcniul glolular ( lulai adai }.
Proicin ini lcrsifai larui dalam air.
Proicin scralui
Scralui anjang dcngan Faniai oliciida yang mcmanjang ada
saiu sumlu dan iidal icrliai-liai. Proicin ini iidal larui dalam air
Proicin galungan
Proicin yang lcrilaian dcngan scnyawa yang lulan roicin. Cugus
yang lulan roicin ini disclui gugus rosiciil.

2. crdasarlan fungsi liologis
Enzim
crfungsi sclagai laialisaior. ConioI . Clulosa olsidasc
Proicin criaIanan
Proicin nuiricni
Disclui juga sclagai roicin cnyimanan. Proicin ini lcrfungsi
sclagai cadangan malanan uniul crlcmlangan dan criumluIan.
ConioI ovallumin ( roicin ada uiiI iclur}
Proicin iransori
Proicin yang mcngilai aiau mcmlawa ion-ion yang lIas dari saiu
organ lc organ lain. ConioInya adalaI mioglolin yang mcmlawa
olsigcn lc oioi.
Proicin loniraliil
Proicin yang lcrfungsi uniul lcrgcral sccrii aliin dan myosin.
Proicin siruliur
crfungsi uniul mcnyangga aiau mcmlcniul siruliur liologi
malIlul Iidu. ConioInya lolagcn.
Proicin rcgulaior

3. crdasarlan lomosisi limianya
Simlc roicin
Mcngandung 1-- asam amino aiau dcrivainya. ConioI . allumin
Conjugaicd roicin
ai yang lcrgalung dcngan yang lulan roicin ( gugus rosiciil }.
ConioI . Nullcoroicin.

PEMISAHAN PFOTEIN
1. romaiografi criularan ion
cmisaIan lcrdasarlan muaian roicin ada H yang
digunalan.
2. romaiografi clsllusi uluran
PcmisaIan lcrdasarlan uluran . molclul lcruluran lcsar lcliI
ccai mcnyususri lolom.
3. romaiografi afiniias
PcmisaIan lcrdasarlan cngilaian olcI ligan. Proicin yang
iidal diinginlan alan lcluar. Dan roicin yang icrilai alan
diclusi olcI laruian ligan.
4. clcliroforcsis
cmisaIan lcrdasarlan ianda dan muaian jumlaI lisiril ada
gugus F dan gugus icrminal amino dan icrminal larlolsil yang
lcrmuaian. Pada sciia H icricniu suaiu camuran roicin
mcngandung lclcraa gugus yang lcrmuaian ioial
ncgaiivc/ioial osiiivc/ iidal lcrmuaian. Jila camuran ini
diicmailan dalam mcdan yang lcrmuaian lisiril, mala roicin
lcrmuaian osiiif alan lcrmigrasi mcnuju clcliroda ncgaiivc,
lcgiiu juga sclalilnya. Scdang yang iidal lcrmuaian alan
diam.

ASAM NULEAT





PEFEDAAN DNA DAN FNA
crlcdaan DNA FNA
lcial Di dalam inii scl,
miiolondria,
scniriol,dan llorolas
Di dalam inii scl,
siiolasma,rilosom
gula Dcolsirilosa Filosc
nukLLC1luA
nukLLCSluA
Ln1CSA
8ASA
u8ln/l8lMluln
ASAM lCSlA1
asam
nukleaL
unA
8nA
lasa Purin sama Adcnin dan
guaninc
Pirimidinc .Siiosin dan
iimin
Pirimidinc . siiosin urasil
fungsi Sinicsis roicin
Sinicsis FNA
Pcwaisan sifai
Sinicsis roicin
cniul Polinullcoiida ganda
anjang yang lcrilin
Polinullcoiida iunggal
cndcl


SIIat-sIIat beIIx ganda

Dua rantaI poIInukIeotIda saIIng meIIIIt mengItarI sumbu (InI
garIs ImajIner)
Dua rantaI tersebut tersusun antIparaIeI, jadI ujung S' darI saIab
satu rantaI berpasangan dengan ujung 3' darI rantaI
pasangannya.
Basa-basa darI kedua rantaI tersusun rata, dan tegak Iurus
terbadap sumbu; mendatar; basa-basa tersebut tersusun
bertumpuk satu dI atas yang IaIn, dan jaraknya 3,4 (0,34 nm)
dan terIetak dI sebeIab daIam beIIks.
Basa nItrogen darI rantaI yang berbadapan membentuk pasangan
sebagaI akIbat adanya Ikatan bIdrogen; pada ADN banya ada
pasangan A=T dan GC.
Satu putaran Iengkap beIIks panjangnya 34 (3,4 nm); dengan
demIkIan dapat dIsImpuIkan babwa daIam satu putaran terdapat
10 pasangan basa.
Pada setIap segmen moIekuI terdapat cekungan mayor dan
cekungan mInor, kedua cekungan InI tersusun bergantIan.
DIameter doub1e e11 InI memIIIkI berukuran 20 (2,0 nm)

IOSINTESIS PFOTEIN
PFOAFIOTI
DOCMA PUSAT

DNA lcrclilasi lcmudian lcrianslrisi dan iranslasi scIingga mcngIasillan
roicin.
1. Fclilasi
Hclilasc mcmoiong uniai doullc Iclils mcnjadi 2, lcmudian singlc
sirandcd DNA linding roicin daiang mcngunci uniai Iclils yang
icrisaI agar iidal lcrgalung lcmlali. cmudian icrjadilaI rclilasi
aiau cmlcniulan DNA laru olcI olymcrasc 3. larcna raniai
lcrlcniul aniiaralcl mala icrlcniul lcading sirand dan lagging sirand.
Pada lcading sirand mlcniulan DNA laru dari ujung 5'-3' disinicsis
lcrlclanjuian scdang ada lagging sirand discnicsis icruius, yaiiu
disinicsis dalam lcmlaran cndcl yang disclui fragmcn olazali.
Pcriama FNA rimasc yang mcncmcl ada Iclilasc mcnsinicsis FNA
rimcr, lcmudian olymcrasc 3 mclanjuilan dcngan mcmlcniul DNA
laru. cmudian olymcrasc 1 mcrclaccd FNA rimcr dcngan DNA laru
lcmudian DNA ligasc linl fragmcni

2. Translrisi
proses penggandaan/penyalinan inIormasi dalam DNA menjadi mRNA(mesenjer RNA)
transkripsi ini terjadi dalam nukleolus(anak inti)lalu mRNA ini "di kirim ke Sitoplasma
melalui pori-pori nukleus untuk proses translasi di ribosom
berikut proses Transkripsi secara rinci:


Translasi
di mana DNA diicrjcmaIlan mcnjadi lodc-lodc dalam lcniul lasa
niirogcn mcmlcniul raniai FNA yang lcrsifai singlc sirain. Namun, ada
raniai FNA yang icrlcniul lasa Timin diganiilan dcngan lasa Urasil.
Proscs iranslrisi mclilailan lclcraa lunci molclul, dianiaranya m-
FNA,i-FNA,small unii dan largc unii rilosom dan rclcasc facior.
Proscs iranslasi
m-FNA mcnyialan ccialan( lodon}, lcmudian small unii rilosom
mcncmcl ada m-FNA uniul mcmudaIlan i-FNA mcncmcl ada m-FNA.
i-FNA yang mcmilili anii lodon mcncmcl ada lodon m-FNA lcmudian
largc unii rilosom mcmlulus rcalsi icrsclui dan dimulailaI cmlacaan
roicin ( iranslasi }. Proicin-roicin yang icrlcniul dari FNA saiu dan
sclanjuinya lcrgalung mcngalami cranjangan ( clongasi} samai
dilacanya facior rclcasc uniul mcngIcniilan cmlacaan.