Anda di halaman 1dari 5

1.

Alasan mengapa RNA lebih cenderung mengikat urasil dibandinkan dengan timin

Urasil merupakan satu dari dua basa N pirimidina yang dijumpai pada RNA. Urasil hampir-hampir tidak terdapat pada DNA. Sebagaimana timina (5-metilurasil), urasil dapat berikatan dengan adenina melalui dua ikatan hidrogen. Meski urasil bukan penyusun DNA, deoksiuridina trifosfat (dUTP) -- suatu nukleotida urasil -- bersama-sama dengan enzim urasil-N-glikosilase (UNG) dapat diikutsertakan dalam PCR sebagai suatu cara pencegahan kontaminasi pindah-silang, yang penting dalam assay diagnostik klinis. Beberapa alasan dikemukakan untuk menjelaskan tidak digunakannya urasil sebagai basa N pada DNA: 1. Kebutuhan RNA sangat tinggi sehingga dipilih senyawa yang lebih sederhana (urasil lebih sederhana daripada timina) dan lebih cepat dibuat. 2. Degradasi sitosina (suatu basa N lain) dapat menghasilkan urasil, sehingga mutasi sitosin ke urasil bisa tidak terdeteksi dan kode genetik menjadi rusak. Dengan dipakainya timin, terjadinya mutasi pada sitosina dapat diperiksa oleh enzim-enzim pada proses replikasi DNA dan mutasi dikoreksi. 3. Metilasi (penambahan metil pada urasil, i.e. pembentukan timina) melindungi DNA dari enzim nuklease yang dihasilkan virus. Enzim ini mengenali dan memotong polinukleotida seperti DNA. Banyak nuklease yang tidak mampu mengenali basa DNA yang termetilasi sehingga serangan virus tidak efektif. 4. Gugus metil bersifat hidrofobik (sukar larut di air), tidak seperti bagian DNA lainnya, sehingga basa dengan metil berada di bagian dalam molekul. Akibatnya, timina hanya berpasangan dengan adenina. Urasil, karena lebih bebas, mampu berpasangan dengan gugus lain, bahkan dengan urasil lain dan perpasangan basa DNA menjadi kacau dan organisme dapat menjadi tidak normal. Pada RNA, keberadaan urasil tidak membahayakan karena umumnya RNA berada pada keadaan berkas tunggal (single-stranded).  Sumber : Wikipedia.com
2. Bagaimana mikroorganisme nonsimbiotik menjaga tekanan O2 agar proses fikasasi tetap berjalan? Populasi Azotobacter dalam tanah dipengaruhi oleh pemupukan dan jenis tanaman. Kelompok prokariotik fotosintetik, seperti sianobakter, mampu memper-tahankan kesuburan ekosistem pada kondisi alami lahan pertanian melalui kemampuannya mengikat N 2 (Albrecht 1998). Demikian pula bakteri diazotrof endofitik yang hidup dalam jaringan tanaman, dapat

mengeksploitasi substrat karbon yang disuplai oleh tanaman tanpa berkompetisi dengan mikroba lain. Bakteri ini berlokasi dalam jaringan akar atau berada pada jaringan yang kompak, seperti buku batang dan pembuluh xilem, (James et al. 2000). sehingga mampu tumbuh pada lingkungan dengan tekanan O 2 yang rendah yang sangat penting bagi aktivitas enzim nitrogenase (James and Olivers 1997). Beberapa bakteri diazotrof endofitik selain mampu mengikat N2 juga mampu mensekresikan hormon pertumbuhan asam indol-3-asetat (Ladha et al. 1997), dan umumnya tidak menyebabkan penyakit pada tanaman. Bakteri diazotrof endofitik, Herbaspirillum, yang diinokulasikan pada benih padi dalam larutan Hoagland yang mengandung 15 N-label dapat meningkatkan 40% total N tanaman. Infeksi Herbaspirillum spp pada biji tanaman padi terjadi melalui akar dan stomata, kemudian ditranslokasikan melalui xilem ke seluruh bagian tanaman (Olivares et al. 1996). Perlindungan Nitrogenase dari Oksigen Pada dasarnya penambatan nitrogen berlangsung secara anaerob atau mikroaerob. Hal demikian karena oksigen dapat menghambat aktivitas nitrogenase. Oleh karena itu, proses tambatan nitrogen adalah anaerob, sehingga beberapa prokariota yang melakukan tambatan secara aerob mampu melindungi nitrogenase dari serangan oksigen, yaitu: 1. Azotobacter (Prokariota akuatik hidup bebas) memperoleh mikroba yang melakukan tambatan nitrogen secara aerob. Azotobacter melindungi nitrogenasenya dari serangan oksigen adalah dengan mempercepat respirasi aerob, sehingga kadar oksigen sitoplasma menjadi rendah. Selain itu, Azotobacter juga menyintesis protein pelindung nitrogenase yang disebut Shethna atau FeS-II. 2. Pada sianobakteri berfilamen fototrof (Anabaena) perlindungan nitrogenase dari oksigen adalah dengan memisahkan aktivitas nitrogenase dengan aktivitas fotosintesis. Sianobakteri memberikan perlindungan dengan cara mengikat nitrogen melalui sel-sel nonfotosintetik yang disebut heterocyst. Jadi terdapat sel berbeda yang dipakai untuk menambat nitrogen dan fotosintesis. Akan tetapi, terdapat komunikasi antarkedua sel, sehingga sel yang melakukan tambatan nitrogen, dapat mentransfer amonia ke sel yang melakukan fotosintesis. Demikian sebaliknya, sel yang melakukan fotosintesis, dapat mentransfer senyawa organik ke sel yang melakukan tambatan nitrogen.

3. Perbedaan sintase dan sintetase Liase atau sintase, membentuk ikatan ganda yang menam bahkan/memindahkan suatu

kelompok kimia atau mengkatalisis pemecahan C-C, C-O, C-N, dan ikatan lain dengan eliminasi yang menghasilkan ikatan rangkap dan juga penambahan gugus apada ikatan rangkap. Sedangkan, Ligase atau Sintetase, menggandakan pembentukan berbagai ikatan kimia sampai pada gangguan ikatan pirofosfat didalam trifosfat adenosin atau sebuah nukleotida yang sama atau mengkatalisis penggabungan 2 molekul (pembentukan ikatan CC, C-O, C-S, C-N) oeh pasangan reaksi reaksi kondensasi ke pemecahan ATP

TUGAS INDIVIDU FISIOLOGI MOLEKULAR

NUR INSANA IMANIAR 11/322092/PMU/06976

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI FAKULTAS MULTI DISIPLIN SEKOLAH PASCA SARJANA UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYARTA 2011