Asam nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (ADN) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (ARN). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada ARN gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada ADN gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa (Gambar 2.1.b). Perbedaan struktur lainnya antara ADN dan ARN adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada ADN maupun pada ARN, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada ADN, dan juga ARN, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara ADN dan ARN. Kalau pada ADN basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada ARN tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat a) gugus fosfat b) gula pentosa c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada

cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada ARN, maka nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin. Ikatan fosfodiester Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2.2). Gambar 2.2. Ikatan fosfodiester dan ikatan glikosidik pada asam nukleat Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula pentosa. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3 gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu.

Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Inilah alasan pemberian nama asam kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya, asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif. Sekuens asam nukleat Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. Selanjutnya, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5 di sebelah kiri atau ujung 3 di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu sekuens ADN dapat dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3 atau suatu sekuens ARN dituliskan 5GGUCUGAAUG-3. Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain 3 5).

Asam deoksiribonukleat (ADN)

Asam deoksiribonulkeat atau disingkat ADN merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. ADN sangat menarik perhatian para biologiwan modern dalam abad ini, seperti halnya ahli kimia serta fisika tertarik pada atom. Oleh karena ADN sangat erat hubungannya dengan hampir semua aktivitas biologi, maka banyak sekali penyeledikan telah dilakukan, bahkan saat ini masih berjalan untuk mengetahuilebih banyak lagi tentang ADN. ADN menempati tempat utama dalam sitologi (ilmu sel), Genetika, biologi molekul, mikrobiologi, biologi perkembangan, biokimia dan evolusi. Sejarah Molekul ADN pertama kali diisolir oleh F.Miescher (1869) dari sel spermatozoa dan dari nukleus sel-sel darah merah burung. Akan tetapi ia tidak dapat mengenal sifat kimianya yang pasti dan menamakannya sebagai nuklein. Dalam tahun 1880 Fischer dapat mengenal adanya zat-zat pirimidin dan purin di dalam asam nukleat. Kossel menemukan 2 pirimidin (yaitu cytosin dan timin) dan 2 purin (yaitu adenine dan guanine) di dalam asam nukleat itu, sehingga ia mendapatkan hadiah nobel pada tahun 1910. levine, seorang ahli biokimia kelahiran rusia mengenal gula 5 karbon ribose dpada tahun 1910 dan kemudian menemukan gula deoksiribose di dalam asam nukleat.

Ia juga menyatakan adanya asam fosfat dalam asam nukleat. Robert feulgen (1914) menunjukkan suatu teswarna untuk ADN, yang kemudian dikenal sebagai reaksi feulgen. Avery, Macleod dan McCarthy (1944) pertama kali membuktikan bahwa ADN mempunyai hubungan langsung dengan keturunan. Chargaff (1947) membuat studi kimiawi dari ADN. Ia membuktikan bahwa ADN terdiri dari bagian yang sama dari basa purin dan pirimidin dan bahwa adenin dan timin terdapat dalam proporsi yang sama, begitu pula sitosin dan guanin. Wilkins dan kawan-kawan (1950) dengan cara diffraksi sinar X menemukan, bahwa molekul ADN itu tidak berbentuk sebagai sebuah garis lurus, melainkan berpilin sebagai spiral dan setiap 34 A merupakan satu spiral penuh. Watson dan Crick (1953) menyatakan bahwa molekul ADN itu berbentuk spiral dobel yang berpilin (double helix) dan memperlihatkan berbagai aktivitas dari molekul ADN. Kornberg (1957) membuktikan kebenaran model double helix dari ADN yang dikemukakan Watson dan Crick dengan cara membuat molekul ADN dalam sistem sel bebas. Pada tahun 1967 Kornberg membuat molekul ADN dari 6000 nukleotida. Struktur ADN Bagian terbesar dari ADN terdapat di dalam kromosom. Sedikit ADN terdapat juga di dalam organel seperti mitokondria dari tumbuhan dan hewan, dan dalam kloroplast dari ganggang dan tumbuhan tingkat tinggi. Ada perbedaan nyata antara ADN yang terdapat di dalam kromosom dan di dalam mitokondria dan kloroplast tidak ada hubungannya dengan protein histon dan bentuk molekulnya bulat seperti yang terdapat pada bakteri dan ganggang biru. Sel tumbuhan dan hewan mengandung kirakira 1000 kali lebih banyak ADN daripada yang dimiliki sel bakteri. Asam nukleat tersusun atas nukleotida, yang bila terurai terdiri dari gula, fosfat, dan basa yang mengandung nitrogen. Karena banyaknya nukleotida yang menyusun molekul ADN, maka molekul merupakan suatu polinukleotida. 1. Gula. Molekul gula yang menyusun ADN adalah sebuah pentosa, yaitu deoksiribosa 2. Fosfat. Molekul fosfatnya berupa PO4 3. Basa. Basa nitrogen yang menyusun molekul ADN dibedakan atas : a. Kelompok pirimidin. Kelompok ini dibedakan atas basa : - Sitosin (S) - Timin (T) b. Kelompok purin. Kelompok ini dibedakan atas basa : - Adenin (A) - Guanin (G)

Para atom dalam struktur kode warna oleh elemen dan struktur rinci dari dua pasangan basa ditunjukkan di kanan bawah.

Struktur bagian dari DNA heliks ganda

Struktur kimia ADN. obligasi Hidrogen ditampilkan sebagai garis putus-putus.

Atas, dasar GC pasangan dengan tiga ikatan hidrogen . Bawah, pasangan basa AT dengan dua ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen kovalen non-antara pasangan akan ditampilkan sebagai garis putus-putus.

Morfologi Molekul ADN dari sel-sel dengan nukleus sejati mempunyai bentuk seperti benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan pada sel-sel tanpa nukleus sejati, mitokondria dan plastida molekul ADN berbentuk lingkaran. Ukuran molekul ADN berbeda-beda dari satu spesies ke spesies lainnya. Pada mitokondria, molekul ADN mempunyai ukuran 5 u, pada virus lebih panjang, sedang molekul ADN tunggal tunggal pada sel bakteri berukuran 1,4 mm. Dalam sel-sel yang berinti sejati, beberapa orang peneliti menemukan molekul ADN dari berbagai ukuran, yaitu 50-60 u (solari, 1966).

Susunan kimiawi ADN ADN merupakan susunan kimia makromolekuler yang komplek, yang terdiri dari 3 macam molekul, yaitu sbb : 1. Gula pentose, yang dikenal sebagai deoksiribosa 2. Asam fosfat 3. Basa nitrogen, yang dapat dibedakan atas dua tipe dasar. Lokasi ADN ADN umumnya terdapat di dalam kromosom.

Replikasi ADN Pembelahan sel sangat penting bagi organisme untuk tumbuh, namun, ketika sel membelah, harus mereplikasi ADN dalam genom sehingga dua sel anak memiliki informasi genetik yang sama sebagai orangtua mereka. ADN menyediakan mekanisme sederhana untuk replikasi ADN. Di sini, dua untai dipisahkan dan kemudian masingmasing untai ini ADN komplementer urutan diciptakan oleh enzim yang disebut ADN polimerase . Enzim ini membuat untai komplementer dengan menemukan dasar yang benar melalui perpasangan basa komplementer, dan ikatan itu ke untai asli. Sebagai ADN polimerase hanya dapat memperpanjang untai ADN dalam 5 'ke 3' arah, mekanisme yang berbeda digunakan untuk menyalin antiparalel untai dari helix ganda. [80] Dengan cara ini, dasar pada untai lama menentukan yang mendasarkan muncul pada untai baru, dan sel berakhir dengan salinan sempurna dari ADN-nya.

Replikasi ADN. Helix ganda dibatalkan oleh helikase dan topoisomerase . Selanjutnya, salah satu ADN polimerase menghasilkan untai terkemuka salinan. Lain ADN polimerase mengikat untai lagging . Enzim ini membuat segmen diskontinu (disebut fragmen Okazaki ) sebelum ADN ligase bergabung dengan mereka bersamasama.

Berdasarkan pengamatan beberapa ahli dikenal beberapa hipotesa mengenai replikasi ADN, yaitu 1. Secara semikonservatif. Double helix dari molekul ADN yang lama membuka dengan perantara enzim, kemudian disamping tiap pita yang lama dibentuk pita ADN baru. Cara ini sesuai dengan pendapat Watson dan Crick. 2. Secara konservatif. Molekul ADN yang lama tetap, artinya double helix tidak membuka. Di samping molekul ADN yang lain dibentuk molekul ADN baru. 3. Secara dispertif. Molekul ADN putus menjadi beberapa bagian dan untuk potongan-potongan itu dibentuk ADN baru. Transkripsi dan Translasi Gen adalah urutan ADN yang mengandung informasi genetik dan dapat mempengaruhi fenotipe organisme. Dalam gen, urutan basa sepanjang untai ADN mendefinisikan ARN urutan, yang kemudian mendefinisikan satu atau lebih sekuens protein. Hubungan antara urutan nukleotida dari gen dan asam amino protein urutan ditentukan oleh aturan penerjemahan , dikenal secara kolektif sebagai kode genetik . Kode genetik terdiri dari kodon 'kata' tiga huruf disebut terbentuk dari urutan tiga nukleotida (misalnya ACT, CAG, TTT). Dalam transkripsi, kodon gen yang disalin menjadi ARN oleh ARN polimerase. Salinan ARN ini kemudian diterjemahkan oleh ribosom yang membaca urutan ARN oleh basis-pasangan RNA utusan untuk ARN transfer yang membawa asam amino. Karena ada 4 basa dalam 3-huruf kombinasi, ada 64 kodon mungkin (4 3 kombinasi). Menyandikan ini dua puluh asam amino standar , memberikan asam amino yang paling lebih dari satu kodon mungkin. Ada juga kode 'berhenti' atau kodon stop menandakan akhir dari daerah pengkodean , yakni UAA, UGA dan kodon UAG. Fungsi ADN : ADN berfungsi memberi informasi/keterangan genetik

Asam Ribonukleat ARN

Struktur ARN Struktur dasar ARN mirip dengan ADN. ARN merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselangseling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain.

Perbedaan ARN dengan ADN terletak pada satu gugus hidroksil cincin gulapentosa, sehingga dinamakan ribosa, sedangkan gugus pentosa pada ADN disebut deoksiribosa. Basa nitrogen pada ARN sama dengan ADN, kecuali basatimina pada ADN diganti dengan urasil pada ARN. Jadi tetap ada empat pilihan: adenina, guanina, sitosina, atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi ARN tidak berupa pilin ganda sebagaimanaADN, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya. Susunan kimia ARN Molekul ARN juga merupakan polimer nukleotida. Perbedaannya dengan ADN adalah a. Gula yang menyusunnya bukan deoksiribosa, melainkan ribosa. b. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti pada ADN, melainkan urasil (disingkat dengan U)

Watson-Crick pasangan basa dalam RNA (atom hidrogen tidak ditampilkan)

Struktur sekunder dari RNA telomerase

Struktur kimia RNA

Tipe-tipe ARN ARN hadir di alam dalam berbagai macam/tipe. Sebagai bahan genetik, ARN berwujud sepasang pita (Inggris double-stranded RNA, dsRNA). Genetika molekular klasik mengajarkan, pada eukariota terdapat tiga tipe RNA yang terlibat dalam proses sintesis protein:[2] 1. RNA-kurir (bahasa Inggris: messenger-RNA, mRNA), yang disintesis dengan RNA polimerase I. 2. RNA-ribosom (bahasa Inggris: ribosomal-RNA, rRNA), yang disintesis dengan RNA polimerase II 3. RNA-transfer (bahasa Inggris: transfer-RNA, tRNA), yang disintesis dengan RNA polimerase III Lokasi ARN a. ARN duta (ARNd) atau mRNA terdapat dalam nukleus. ARNd dicetak oleh salah satu pita AND yang berlangsung di dalam nukleus. Jika urutan basa dalam pita AND ysng mencetak adalah GTSAT 5- 3 maka urutan basa dalam ARNd hasil cetakan adalah 3-5SAGUA b. ARN pemindah (ARNp) atau ARNt terdapat di dalam sitoplasma. Molekul ARNp mempunyai daun seperti semanggi. Oleh Holley yang menemukannya dalam tahun 1965 dikatakan bahwa pada beberapa bagian, basa-basa memperlihatkan pasangan tetapi tidak membentuk double helix seperti pada molekul AND c. ARN ribosom (ARNRr) terdapat terutama di dalam ribosom. Molekulnya berupa pilin tunggal, tidak bercabang dan mempunyai bagian, dimana basa-basa komplementernya membentuk pasangan-pasangan tetapi tidak berupa double helix Fungsi ARN Pada sekelompok virus (misalnya bakteriofag), ARN merupakan bahan genetik. Ia berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik, sebagaimana ARN pada organisme hidup lain. Ketika virus ini menyerang sel hidup, ARN yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang kemudian ditranslasi oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru. Namun demikian, peran penting ARN terletak pada fungsinya sebagai perantara antara ADN dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini, ARN diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen ADN dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi

dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer yang menyusun protein. Lihat ekspresi genetik untuk keterangan lebih lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi ARN menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia ARN, yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi, ARN merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai ADN.