Efektivitas dan efisiensi pembawaan minyak ikan terkadang membuat minyak menjadi lebih mudah teroksidasi.

Teknik Mikroenkapsulasi dapat mengatasi kelemahan minyak ikan yang bersifat sangat sensitif terhadap oksigen dan memiliki aroma yang tidak enak dengan menghasilkan produk berbentuk padatan berukuran mikro sehingga dapat dengan mudah dicampur dengan 2 makanan lain, selain itu mikroenkapsulasi ini juga mempermudah penyimpanan dan distribusi. Menurut Risch (1995) terdapat beberapa teknik mikroenkapsulasi yang dapat digunakan yaitu pengeringan semprot (spray-drying), pendinginan semprot (spray-chilling), ekstruksi dan koaservasi. Diantara teknik-teknik tersebut, divariasikan sebuah metode pengeringan beku. Pengeringan beku sebuah teknik pengeringan dengan udara vakum dan dengan udara dingin atau pembekuan yang dapat menjaga agar minyak tak mudah teroksidasi sehingga mutu minyak dapat dipertahankan

Mikroenkapsulasi adalah suatu teknik untuk memerangkap droplet cair, partikel atau gelembung gas bahan inti (core) dalam film bahan penyalut yang membuat partikel-partikel inti mempunyai sifat fisika dan kimia seperti yang dikehendaki (Shargel et al 1988 diacu dalam Wahyuni, 1998). Menurut Bakan (1986), mikrokapsul berukuran antara puluhan sampai 5000 m. Ukuran mikrokapsul ini bervariasi dan tergantung pada metode mikroenkapsulasi yang digunakan. Sedangkan Thies (1996) menyatakan bahwa mikrokapsul mempunyai diameter 3 - 800 m. Berbagai bahan pangan yang dapat dijadikan sebagai inti mikrokapsul antara lain asam, basa, asam amino, zat warna, enzim, mikroorganisme, flavor minyak/lemak, vitamin dan mineral Pengeringan beku (freeze drying) adalah salah satu metoda pengeringan yang mempunyai keunggulan dalam mempertahankan mutu hasil pengeringan, khususnya untuk produk-produk yang sensitif terhadap panas. Pengeringan beku merupakan proses pengeluaran air dalam keadaan beku dari suatu produk melalui cara sublimasi, yang dilakukan pada suhu dan tekanan rendah (Fajri 2002).

Minyak dapat dikering bekukan menjadi sebuah endapan setelah minyak menjadi sebuah emulsi. Emulsi minyak ini kemudian mengkristal dan menjadi sebuah endapan padatan. Perubahan nyata dalam proses pembekuan adalah kehilangan struktur yang mempengaruhi struktur kristal es yang besar. Seperti retrogradasi, pembentukan kristal es yang besar disebabkan karena proses pembekuan yang lambat. Freeze drying mengakibatkan kernel terbuka lebih lebar dan ini dapat direhidrasi dalam beberapa menit tanpa pendidihan (Kobs, 2000). Pembekuan pada suhu 0C (32F) selama 1-3 jam dapat menghasilkan struktur kristal es yang besar dan memecahkan struktur koloid minyak.
Dengan demikian, minyak ikan dapat dimanfaatkan untuk keperluan industri farmasi dan pangan. Minyak ikan dapat diolah menjadi kapsul

konsentrat asam lemak omega-3. Dengan teknik mikroenkapsulasi, minyak ikan dapat diproses menjadi tepung minyak ikan yang memudahkan di dalam penanganan, penyimpanan dan pemanfaatannya (Irianto dan Giyatmi, 2003) Selain dari badan ikan, minyak ikan juga dapat dihasilkan dari organ hati ikan, terutama hati ikan hiu. Minyak hati ikan hiu, di samping memiliki kandungan skualen yang tinggi juga dapat dipakai sebagai sumber vitamin A dan D yang banyak diperlukan untuk memenuhi kebutuhan vitamin manusia. Sumberdaya perikanan Indonesia memiliki potensi yang sangat baik untuk berkontribusi di dalam pemenuhan gizi masyarakat Indonesia. Pada umumnya ikan memiliki kandungan gizi yang baik, yaitu protein yang tersusun atas asam amino esensial yang lengkap dan lemak yang tersususun sebagian besar oleh asam lemak tak jenuh omega-3 yang berkhasiat terhadap berbagai penyakit dan membantu perkembangan otak. Teknologi pengolahan, selain meningkatkan nilai tambah komoditas perikanan juga memberikan pilihan produk untuk dikonsumsi oleh masyarakat, sehingga kontribusi perikanan di dalam pemenuhi kebutuhan gizi masyarakat melalui produk pangan hewani dapat tercapai.