Biodgradation et bioremdiation par les microorganismes

La biodgradation :
chaque anne environ 80 000 tonnes de produits phytosanitaires, dont environ 24 000 tonnes dherbicides et 48 000 de fongicides, sont appliques sur les 27,6 millions dhectares de terres agricoles du territoire franais (Rapport IFEN 2006, Lagriculture et la Sylviculture ; les pressions). Bien que lapplication de ces produits phytosanitaires assure une certaine qualit de la production vgtale (rendement, absence de toxines dues des maladies), elle contribue contaminer lenvironnement et notamment les ressources en eau. On peut citer le cas de latrazine, un herbicide dont lusage est interdit en France depuis septembre 2003 aprs un constat de pollution gnralise des eaux, mais dont la molcule et ses principaux mtabolites (dsthylatrazine et dsisopropylatrazine) sont toujours retrouvs dans les eaux 5 annes aprs son interdiction. Le devenir des produits phytosanitaires dans lenvironnement est conditionn par leur comportement dans le sol qui agit comme une zone de recharge des aquifres et qui est linterface avec latmosphre. Lapplication rpte de produits phytosanitaires sur les parcelles agricoles peut dans certains cas conduire ladaptation de la microflore tellurique qui acquiert le potentiel gntique permettant la dgradation de ces pesticides. Ladaptation de la microflore tellurique conduit la mise en place du phnomne de biodgradation acclre (BDA) qui se caractrise par la diminution de la demi-vie des molcules actives. Ainsi dans un sol adapt la biodgradation acclre de latrazine, la demi-vie de cet herbicide est de seulement quelques jours alors que dans un sol non adapt sa demi-vie varie de quelques semaines quelques mois. Du point de vue agronomique, la BDA peut parfois tre dommageable, diminuant lefficacit du traitement phytosanitaire. Du point de vue environnemental, la BDA est par contre intressante. En effet, en rduisant la persistance du produit phytosanitaire dans le sol, elle limite son transfert dans les diffrents compartiments de lenvironnement. La BDA reprsente donc la fois un enjeu agronomique et environnemental. Les microorganismes telluriques dgradent les produits phytosanitaires selon deux principaux modes daction. Le premier, le co-mtabolisme catalys par des enzymes non spcifiques, le plus souvent impliques dans la dtoxication cellulaire, contribue la dgradation partielle et fortuite du produit phytosanitaire et conduit gnralement laccumulation de mtabolites. Dans certains cas, ces mtabolites secondaires peuvent avoir un impact environnemental suprieur celui produit par la molcule mre. Citons par exemple trois mtabolites issus du co-mtabolisme microbien actuellement frquemment retrouvs dans les eaux de surface : la dsthylatrazine (DEA) et disopropylatrazine (DIA) rsultant de la transformation de latrazine, lacide aminomthylphosphonique (AMPA) rsultant de la dgradation du glyphosate. Le comtabolisme se caractrise par le fait que la molcule phytosanitaire ne sert pas de source de nutriments et dnergie aux microorganismes qui la dgradent ; il sagit dune dgradation dite fortuite. Le second, le mtabolisme catalys par des enzymes microbiennes spcifiques, contribue la dgradation complte (on parle de minralisation) du produit phytosanitaire en CO2 et NH4+. Dans ce cas, la molcule phytosanitaire est utilise comme source de nutriments et dnergie pour la croissance de populations microbiennes spcifiquement aptes la dgrader. Dans la plupart des cas, les deux processus microbiens se droulent de manire concomitante dans lenvironnement. Le co-mtabolisme tant non-spcifique, il est mis en place ds les premires applications des produits phytosanitaires. En revanche, le mtabolisme apparat suite lapplication rpte du produit phytosanitaire et le plus souvent, il ncessite un long historique de traitement ; citons par exemple le cas de latrazine, frquemment utilis depuis les annes 70 pour contrler le dveloppement de plantes adventices dans les cultures de mas, pour lequel la biodgradation acclre est seulement apparue au milieu des annes 90. Lintensit de ce mtabolisme augmente en fonction de la frquence des traitements phytosanitaires et il est grandement influenc par les caractristiques physico-chimiques du milieu et de la molcule phytosanitaire. Sa mise en place repose sur la construction de voie catabolique compose en gnral de plusieurs enzymes. Dans le cas de produits phytosanitaires prsentant des analogies structurales avec des molcules du vivant, la formation de la voie catabolique repose sur le recrutement et le rarrangement de gnes pr-existants au sein de la microflore tellurique. Ces phnomnes reposent sur des mcanismes dchange et de restructuration du matriel gntique, tels que la conjugaison plasmidique et la recombinaison gntique, qui aboutissent la formation doprons cataboliques. Ces phnomnes ont notamment t observs pour le 2,4-D, un herbicide prsentant une structure chimique analogue

lauxine, une hormone vgtale. Pour les produits phytosanitaires ne prsentant pas danalogie structurale avec des molcules naturelles, la mise en place de la voie catabolique repose sur sa cration de novo impliquant des mcanismes tels que la mutation, la dltion, ou la recombinaison de gnes mosaques. Dans la plupart des cas, chez les microorganismes impliqus dans la biodgradation, le potentiel gntique dgradant est organis en opron catabolique localis sur des plasmides cataboliques dune taille relativement importante (en gnral suprieure 100 kb). Lexpression de la voie catabolique conduit une fonction microbienne reprsentant un avantage slectif. En effet, elle permet laccs des molcules organiques dorigine anthropique reprsentant une source de nutriments et dnergie substantielle dans un milieu oligotrophe, amliorant ainsi les capacits de dveloppement des populations microbiennes impliques. Toutefois, le cot nergtique engendr par le maintien de la voie catabolique qui, dans certains cas sexprime un niveau basal, est important, diminuant lavantage slectif apport par la dgradation de la molcule organique notamment lorsque celle-ci disparat en liminant ainsi la pression de slection. De ce fait, le potentiel gntique dgradant est souvent partag au sein de la microflore en tant distribu dans diffrents populations microbiennes divergentes taxonomiquement et fonctionnant en consortium. Par consquent, une des particularits de la microflore dgradante est lchange quasi permanent dinformations gntiques codant des gnes cataboliques via des transferts horizontaux et des recombinaisons de gnes. Cette capacit de transfert et de recombinaison illustre la plasticit des gnomes microbiens et leur capacit coloniser la plante. La dgradation de molcules organiques utilises pour leurs proprits phytosanitaires est ralise par des communauts microbiennes relativement complexes organises en consortia impliquant deux types de mtabolismes, et dont le fonctionnement est plac sous linfluence de facteurs environnementaux abiotiques (proprits physicochimiques du sol et de la molcule organique, climat,) et biotiques (plante, vers de terre). Ainsi latrazine ou lisoproturon sont trs faiblement dgrads dans des sols prsentant un pH infrieur 6.5 alors quils sont dgrads trs rapidement dans des sols prsentant un pH suprieur 7. La dgradation de latrazine est augmente dans la rhizosphre du mas alors quelle est diminue dans les compartiments du sol visits par les vers de terre. Pour ces deux cas, nous avons montr que lactivit de dgradation de latrazine tait en accord avec le potentiel gntique dgradant, illustrant ainsi le fait que les mcanismes adaptatifs de la microflore tellurique leur permettent de rpondre des stress naturels et dorigine anthropique. Dune manire plus gnrale, les travaux conduits sur des communauts microbiennes fonctionnelles telles que celles qui dgradent les pesticides, montrent que la biodiversit microbienne ne se limite pas aux seules espces microbiennes identifies ou identifiables, dont la dfinition est toujours un sujet de discussion anim au sein des microbiologistes, mais quelle rside dans le rservoir de gnes fonctionnels qui peuvent tre hbergs dans diffrents sacs gnes (populations microbiennes) selon les conditions environnementales et les proprits intrinsques rencontres dans un environnement considr.

La bioremdiation :
Les approches et techniques de bioremediation rsultent du constat que la dgradation des pesticides dans les sols et autres environnements naturels, est majoritairement le rsultats de lactivit des micro-organismes. Lutilisation dun inoculum microbien pour aider la dpollution dun sol a dailleurs t suggr ds le dbut des annes 50. A ct des tudes de bioremdiation portant sur les produits ptroliers et leurs drivs, l'atrazine est vraisemblablement le produit phytosanitaire pour lequel de nombreuses techniques de bioremdiation ont t proposes. Ces techniques restent encore, dans leur grande majorit, l'tat de "prototypes" applicables aux conditions du laboratoire. La technologie choisie dpend dune analyse pralable des causes de la pollution que lon peut classer en trois catgories principales : le produit est prsent sous une forme chimique ou dans un tat ou compartiment qui le rend inaccessible aux populations microbiennes susceptibles de le dgrader, bien que prsents, les populations microbiennes dgradantes ne sont pas suffisamment actives, il ny a pas, ou pas suffisamment, de populations microbiennes dgradantes. A ces diffrentes situations, diffrentes solutions peuvent tre envisages : lorsque la prsence de populations microbiennes dgradantes nest pas le facteur limitant, la solution peut consister soit augmenter laccessibilit biologique du contaminant par des apports de diffrents mouillants ou ternsioactifs tel que cela se pratique avec les produits ptroliers soit stimuler lactivit biologiques des populations microbiennes par lapport de diffrents substrats carbons et nergtiques. Ces techniques sont regroupes sous le terme gnrique de "biostimulation".

Lorsque la prsence de micro-organismes dgradants est en cause, les techniques d'inoculation prennent alors le relai, contribuant globalement aux techniques dites de "bioaugmentation". Ce sont les premires qui ont t mise en uvre ds le milieu des annes 90, reposant sur lutilisation de souches microbiennes pures ou de consortium microbiens dgradants. Il faut galement signaler les techniques de phytoremediation, utilises pour purer les sols pollus par des lments traces mtalliques, par absorption de ces lments par des plantes, dont on commence explorer les possibilits daccumulation et de transformation de divers pesticides. Il est possible aussi de prparer et de tester des plantes gntiquement modifies dans cette optique. Quelles qu'elles soient, ces diffrentes techniques peuvent tre appliques in situ directement sur le site ou l'aire contamine ou ex situ, aprs excavation et traitement dlocalis du sol contamin sur des aires spcialement amnages ou des racteurs-pilotes. Les approches in situ ont l'avantage d'un moindre cot mais sont gnralement d'une efficacit plus rduite amenant des temps de traitement relativement long et des rsultats localement plus alatoires en raison de la variabilit naturelle des sols. Par comparaison, les traitements ex situ compensent un cot lev par une efficacit accrue lie la possibilit d'homogniser, de trier, de mlanger etc Plus gnralement, ils permettent d'intervenir de faon plus efficace sur la totalit du volume de sol trait par un contrle plus strict du degr d'aration, de saturation en eau, de niveau des nutriments, de la temprature, pour ne citer que les principaux paramtrers qui rgulent la vie et l'activit microbiennes. Le cot de ces techniques en restreint l'usage au traitement de pollution ponctuelles.

En conclusion, les techniques de bioremdiation semblent avoir un bel avenir. Leur cot, compar celui des techniques physico-chimiques, est favorable. Les progrs dans ce domaine dpendront de ceux qui seront faits en cologie microbienne. Comme toute technique mergente, la bioremdiation se dveloppe dans un contexte scientifique qui est encore loin d'tre parfaitement matris. Les questions qui restent poses sont essentiellement de deux ordres. L'une de nature oprationnelle concerne le transfert des techniques mises au point en laboratoire vers les milieux naturels. Une parfaite connaissance du site, de ses caractristiques physiques, chimiques et biologiques est seule susceptible de permettre d'identifier les facteurs limitants. L'autre, plus cologique, est relative aux consquences possibles sur la communaut microbienne indigne qui peuvent tre lies l'introduction dans le sol de souches slectionnes voire modifies, question en lien avec lthique et le principe de prcaution.

Halos de dgradation de substrats organiques autour de colonies bactriennes