Dampak transmigrasi (negatif)

terjadinya marjinalisasi terhadap penduduk setempat Kecemburuan antara penduduk setempat dengan para transmigran yang memperoleh tunjangan pemerintah yang cukup besar pada tahun-tahun pertamanya Pada awal Era Reformasi konflik laten ini meledak menjadi terbuka antara lain dalam bentuk konflik Ambon dan konflik Madura-Dayak di Kalimantan gejolak di Papua yang dipicu oleh rasa diperlakukan tidak adil dalam pembagian keuntungan pengelolaan sumber alamnya, juga diperkuat oleh ketidaksukaan terhadap para transmigran

 Menyebabkan konflik di Aceh (GAM) pada masa reformasi konflik antara pendatang dan pribumi, kebanyakan pendatang lebih berhasil, lebih mau bekerja keras dibandingkan dengan penduduk asli

Dampak Transmigrasi (positif)

mengurangi kepadatan penduduk yang tidak merata Meningkatkan persatuan & kesatuan dengan cara melakukan transmigrasi dari daerah yang padat penduduknya seperti Jawa, Bali dan Madura ke luar Jawa, terutama ke Kalimantan, Sulawesi, Timor Timur, dan Irian Jaya Memproduksi beras dalam kaitan pencapaian swasembada pangan