VISI Mewujudkan fakultas ekonomi UNCEN sebagai lembaga pendidikan dalam bidang manajemen, ilmu ekonomi dan akuntansi

yang unggul, bermutu dan terdepan di Papua dan terbaik kedua di Indonesia Timur pada tahun 2013. MISI 1. Mengembangkan kemampuan sumber daya manusia (dosen) yang unggul dan professional dalam bidang manajemen, ilmu ekonomi dan akuntansi pada kegiatan pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. 2. Mengembangkan kemampuan sumber daya manusia (tenaga administrasi) yang terampil dan professional dalam menunjang kegiatan tri dharma perguruan tinggi. 3. Mengembangkan sumber daya manusia (mahasiswa dan lulusan) yang unggul dan bermutu dalam bidang manajemen, ilmu ekonomi dan akuntansi. 4. Mengembangkan jaringan kerja sama antar lembaga dan perorangan (alumini) untuk merealisasikan visi dan misi fakultas ekonomi Uncen.